Như đã trình bày, KTNB nói chung có vai trò quan trọng và cần thiết, nhưng những hiểu biết của chúng ta về lĩnh vực này còn quá ít. Một phần là do các văn bản pháp lý điều chỉnh hoạt động KTNB ở Việt Nam vẫn còn rất sơ sài, làm cho các doanh nghiệp gặp nhiều lúng túng trong quá trình triển khai, một số khác lại chưa thực sự quan tâm.
Thực ra, từ thời điểm những năm 1997, 1998, Nhà nước đã quan tâm đến việc xây dựng bộ máy KTNB trong các doanh nghiệp nhà nước. Với việc ban hành Quyết định số 832/TC-QĐ-CĐKT ngày 28/10/1997; Thông tư số 52/1998/TT-BTC ngày 16/04/1998 và Thông tư 171/1998/TT-BTC ngày 22/12/1998, Bộ Tài chính đã bước đầu tạo ra một hành lang pháp lý cho hệ thống KTNB trong các doanh nghiệp nhà nước. Trong đó, Quyết định số 832/TC-QĐ-CĐKT trên cơ sở luật ngân sách, quy chế quy định đầy đủ về loại hình kiểm toán từ các ràng buộc trách nhiệm đến các quy định về nội dung, trình tự, phương pháp cũng như tổ chức bộ máy và tổ chức thực hiện của KTNB. Nhìn chung, Quyết định này đã đề cập tương đối đầy đủ và rõ ràng về các yếu tố liên quan đến bộ phận KTNB trong doanh nghiệp, xứng đáng là một trong những văn bản pháp quy đầu tiên trong lĩnh vực này.
Tiếp sau đó, Thông tư số 171/1998/TT-BTC, hướng dẫn thực hiện KTNB tại doanh nghiệp nhà nước đã quy định: "KTNB là công việc thường xuyên của doanh nghiệp, do doanh nghiệp tổ chức thực hiện, nhằm đảm bảo độ tin cậy của các số liệu kế toán và các thông tin trong báo cáo tài chính của doanh nghiệp... Tùy thuộc vào quy mô sản xuất kinh doanh, địa bàn hoạt động tập trung hay phân tán, điều kiện cụ thể và trình độ năng lực của đội ngũ kế toán..., doanh nghiệp có thể lựa chọn bộ
máy KTNB cho phù hợp và có hiệu quả thiết thực. Bộ máy KTNB chịu sự chỉ đạo trực tiếp của tổng giám đốc (giám đốc doanh nghiệp)". Như vậy, việc tổ chức bộ máy KTNB là không bắt buộc đối với doanh nghiệp.
Thế nhưng nhận thấy sự cần thiết của KTNB, từ thời điểm các văn bản pháp quy về KTNB ra đời, KTNB đã được triển khai ở một số doanh nghiệp nhà nước. Đa số các tổng công ty có quy mô lớn đều xây dựng bộ máy KTNB như Tổng công ty xăng dầu, Tổng công ty điện lực, Tổng công ty vật liệu xây dựng, Tổng công ty bưu chính viễn thông,…Vào cuối năm 2002, có khoảng 100 doanh nghiệp nhà nước trung ương và địa phương tổ chức bộ máy KTNB.
Tuy nhiên, chỉ sau một thời gian ngắn thực hiện, mô hình KTNB trong các doanh nghiệp nhà nước đã sớm "phá sản" bởi các doanh nghiệp nhà nước phản ánh, nếu thực hiện đúng quy định, biên chế sẽ tăng lên rất nhiều. Đây là nguyên nhân khiến đến tận hôm nay, hầu hết các tổng công ty, tập đoàn kinh tế nhà nước vẫn còn xem nhẹ KTNB. Kết quả khảo sát quản trị và giám sát tại các tập đoàn kinh tế và doanh nghiệp nhà nước được Viện Nghiên cứu và quản lý kinh tế Trung ương công bố ngày 12/11/2010 cho thấy chỉ có 31% sử dụng kiểm toán nội bộ.4 Điều này cũng góp phần làm cho công tác khai báo và minh bạch thông tin của các doanh nghiệp nhà nước còn tồn đọng nhiều yếu kém, công tác quản lý điều hành còn nhiều bất cập.
Các tập đoàn, tổng công ty nhà nước - lực lượng được coi là đầu tàu của nền kinh tế còn như vậy, nên thật dễ hiểu khi quy định về KTNB vẫn khá xa lạ với hầu hết doanh nghiệp niêm yết. Thừa nhận hiện đang có khoảng trống pháp lý về KTNB trong công ty niêm yết, một chuyên gia trong lĩnh vực kiểm toán cho biết, Luật doanh nghiệp năm 2005 và Quy chế quản trị công ty niêm yết do Ủy ban Chứng khoán Nhà nước ban hành, hai văn bản điều chỉnh hoạt động của doanh nghiệp niêm yết không có quy định bắt buộc phải thành lập bộ phận KTNB trong loại hình doanh nghiệp này.
Riêng với hệ thống ngân hàng, do mức độ nhạy cảm của hoạt động tín dụng trong nền kinh tế, nên gần đây, Ngân hàng Nhà nước đã quan tâm đến việc thiết lập hệ thống KTNB, văn bản gần đây nhất là Thông tư số 44/2011/TT-NHNN ngày 29/12/2011 quy định về hệ thống KSNB và KTNB của hệ thống tổ chức tín dụng và chi nhánh ngân hàng nước ngoài.
Thêm một văn bản nữa đề cập tới vấn đề KTNB, là Luật Kiểm toán độc lập năm 2011 (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2012). Nhằm hỗ trợ cho kiểm toán độc lập hoạt động hiệu quả, Điều 57 của Luật này quy định về trách nhiệm của đơn vị có lợi ích công chúng như sau: "1. Xây dựng và vận hành hệ thống KSNB phù hợp và có hiệu quả. 2. Tổ chức KTNB theo quy định của pháp luật để bảo vệ an toàn tài sản; đánh giá chất lượng và độ tin cậy của thông tin kinh tế, tài chính, việc chấp hành pháp luật, chế độ, chính sách của Nhà nước và quy định của đơn vị".
Tuy nhiên, từng đó quy định là chưa đủ để các doanh nghiệp niêm yết có được nhận thức đúng đắn về KTNB, chưa nói tới việc thực hiện xây dựng, vận hành tổ chức này một cách nghiêm túc, chuyên nghiệp.
Tóm lại hoạt động KTNB ở Việt Nam từ khi xuất hiện đến nay vẫn chưa có được những kết quả rõ ràng. Một mặt, do chúng ta mới tiếp cận với lĩnh vực này nên phải vừa làm, vừa rút kinh nghiệm trong điều kiện nguồn tài liệu tham khảo còn tương đối ít ỏi và không thích hợp với tình hình cụ thể của nền kinh tế quốc gia. Mặc khác, đa số các doanh nghiệp chưa quan tâm đúng mức đến nhu cầu KTNB. Nguyên nhân chủ yếu là do tiến trình cải cách doanh nghiệp còn quá chậm chạp, chưa đạt yêu cầu, doanh nghiệp chưa phát triển đến quy mô và trình độ đủ để nắm bắt và thiết lập công cụ quản lý hữu ích này. Đây cũng đồng thời là thực trạng của KTNB trong doanh nghiệp có ứng dụng ERP nói riêng.