Luật sửa đổi, bổ sung một số điều BLTTDS năm 2011 đã bổ sung quy định không áp dụng thời hiệu khởi kiện đối với một số loại tranh chấp. Lý do luật quy định các tranh chấp trên không áp dụng thời hiệu khởi kiện xuất phát từ quan niệm cho rằng những quan hệ này có tính đặc thù nên không thể quy định thời hiệu cụ thể thời hiệu khởi kiện như các quan hệ khác. Vì vậy, sửa đổi này đã khắc phục được hạn chế về việc quy định thời hiệu chung cho tất cả các quan hệ pháp luật như BLTTDS năm 2004.
Tuy nhiên, điều luật lại quy định rất khái quát về các loại tranh chấp không áp dụng thời hiệu khởi kiện nên thực tiễn đã có nhiều cách hiểu khác nhau và thiếu thống nhất trong việc xác định cụ thể những tranh chấp không áp dụng thời hiệu khởi kiện như: tranh chấp về quyền sở hữu tài sản có phải chỉ là tranh chấp ai là người có quyền sở hữu tài sản đó hay bao gồm cả tranh chấp về chuyển đổi, chuyển nhượng, cho thuê, cho thuê lại, tặng cho, thế chấp, bảo lãnh, góp vốn bằng tài sản đó; tranh chấp về quyền sử dụng đất theo quy định của pháp luật về đất đai chỉ là tranh chấp ai là người có quyền sử dụng đất hay bao gồm cả tranh chấp về chuyển đổi, chuyển nhượng, cho thuê, cho thuê lại, thừa kế, tặng cho,… bằng quyền sử dụng đất.
Xuất phát từ thực trạng trên, Hội đồng thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao đã ban hành Nghị quyết số 03/2012/NQ-HĐTP trong đó xác định rõ ràng, cụ thể những trường hợp không áp dụng thời hiệu khởi kiện. Việc xác định cụ
thể các loại tranh chấp này có ý nghĩa quan trọng cho công tác xét xử của Tòa án, giúp Tòa án thống nhất trong áp dụng pháp luật, bảo đảm tốt hơn quyền, lợi ích hợp pháp của đương sự trong vụ án dân sự. Theo đó, tại khoản 2, Điều 23 của Nghị quyết này quy định:
2. Đối với các tranh chấp dân sự sau đây thì không áp dụng thời hiệu khởi kiện:
a) Tranh chấp về quyền sở hữu tài sản là tranh chấp ai có quyền chiếm hữu, sử dụng, định đoạt tài sản đó;
Ví dụ: Tranh chấp ai có quyền sở hữu nhà ở; nếu có khởi kiện thì Tòa án thụ lý vụ án; việc chấp nhận hay không phải căn cứ vào các quy định của pháp luật.
b) Tranh chấp về đòi lại tài sản do người khác quản lý, chiếm hữu là tranh chấp về tài sản thuộc quyền sở hữu, quyền sử dụng hợp pháp của mình nhưng do người khác quản lý, chiếm hữu tài sản đó;
Ví dụ: Ngôi nhà thuộc quyền sở hữu của A nhưng do B đang quản lý; A có tài liệu chứng minh ngôi nhà thuộc quyền sở hữu của A và khởi kiện đòi nhà thì Tòa án thụ lý; việc chấp nhận hay không phải căn cứ vào các quy định của pháp luật.
c) Tranh chấp về quyền sử dụng đất theo quy định của pháp luật về đất đai là tranh chấp ai có quyền sử dụng đất đó. [22, Điều 23]
Nội dung hướng dẫn trên là phù hợp với tinh thần của điều luật vì nếu quy định quá nhiều trường hợp không áp dụng thời hiệu khởi kiện thì sẽ gây ra hậu quả là quy định thời hiệu khởi kiện sẽ không còn ý nghĩa trên thực tế và làm tăng rủi ro cho các đương sự trong quá trình tố tụng cũng như gây khó khăn cho Tòa án trong công tác xét xử. Đồng thời, về nguyên tắc, Điều 159 BLTTDS sửa đổi quy định về thời hiệu áp dụng cho những quan hệ mà BLDS và các luật chuyên ngành khác không quy định, đồng thời, nội dung quy định
tại điều này không được mâu thuẫn, chồng chéo với quy định thời hiệu trong BLDS và các luật chuyên ngành khác. Vì vậy, nếu những tranh chấp về quyền sở hữu tài sản; tranh chấp về đòi lại tài sản do người khác quản lý, chiếm hữu; tranh chấp về quyền sử dụng đất theo quy định của pháp luật về đất đai mà phát sinh từ hợp đồng thì BLDS năm 2005 đã có quy định về thời hiệu khởi kiện đối với tranh chấp về hợp đồng dân sự. Quy định về việc không áp dụng thời hiệu không đương nhiên thay thế các quy định về thời hiệu khởi kiện tại các văn bản chuyên ngành khác, bao gồm BLDS hiện hành.