Nguồn vốn: Xây dựng NTM là chủ trương đúng đắn của Đảng và nhà
nước, để xây dựng thành công thì cần rất nhiều kinh phí triển khai thực hiện. Thực tiễn triển khai cho thấy, nguồn vốn có ảnh hưởng rất lớn đến việc triển khai thực hiện xây dựng NTM và hầu hết các địa phương đều gặp vô vàn khó khăn trong việc huy động các nguồn lực cho Chương trình. Mặc dù, một số công trình đã có sự hỗ trợ từ NSNN nhưng lượng chỉ có hạn nên cần huy động từ nhiều nguồn khác nhau. Việc huy động nguồn vốn cũng không đơn giản.
Cơ chế quản lý vốn: Cơ chế quản lý, thanh quyết toán vốn xây dựng NTM Các thủ tục thanh quyết toán các dự án đầu tư xây dựng NTM còn phức tạp, nhiều thủ tục rườm rà, chậm điều chỉnh để phù hợp với thực tế, các xã khó thực hiện, mất nhiều thời gian ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện Chương trình.
Thông tư số 28/2012/TT-BTC ngày 24/2/2012 của Bộ Tài chính quy định về quản lý vốn đầu tư thuộc thẩm quyền vốn ngân sách xã, phường, thị
trấn, trong đó tại điểm b. mục 7 Điều 5 quy định về thời hạn thanh toán vốn đầu tư như sau: “Căn cứ hồ sơ đề nghị thanh toán... trong thời gian 7 ngày làm việc đối với trường hợp kiểm soát trước, thanh toán sau và trong 3 ngày làm việc đối với trường hợp thanh toán trước, kiểm soát sau...”. Như vậy,
việc quy định về thời hạn thanh toán đối với các dự án thuộc nguồn vốn ngân sách xã cũng giống như đối với các dự án đầu tư từ các nguồn vốn khác. Bên
cạnh đó, các dự án đầu tư xây dựng NTM thường có quy mô nhỏ, do vậy, đề nghị Bộ Tài chính nghiên cứu, sửa đổi, bổ sung về thời hạn thanh toán để đẩy nhanh tiến độ giải ngân.
Xây dựng NTM là Chương trình MTQG, khác với các cấp ngân sách (thành phố, huyện) và xã chưa thực hiện xây dựng NTM theo quy định của các cấp có thẩm quyền, do vậy, về nội dung công tác chuẩn bị đầu tư các dự án thành phần và thực hiện đầu tư cũng như bố trí kế hoạch vốn cho các dự án
thành phần thuộc đề án XD NTM trong Thông tư 26/2011/TTLT cần sửa đổi, bổ sung làm rõ quy trình từ chuẩn bị đầu tư, quyết định đầu tư và giao kế hoạch vốn các dự án “được phép thực hiện theo cơ chế đặc thù”, vì hiện nay
theo các văn bản về quản lý dự án đầu tư xây dựng cơ bản của Trung ương, hướng dẫn của Bộ Tài chính thì cấp xã sẽ gặp nhiều vướng mắc khó khăn về thủ tục, hồ sơ xây dựng cơ bản.