Huyện Cờ Đỏ là vùng sản xuất nông nghiệp trọng điểm của thành Cần Thơ. Diện tích đất sản xuất của huyện chiếm 77,3% diện tích tự nhiên, chủ yếu phục vụ cho ngành nông nghiệp. Trên địa bàn huyện có Viện lúa đồng bằng sông Cửu Long - nơi quy tụ những nhà khoa học đầu ngành trong lĩnh vực nông nghiệp; Trung tâm giống Cần Thơ; Nông trƣờng Sông Hậu - đơn vị luôn đi đầu trong ứng dụng khoa học - kỹ thuật, công nghệ tiên tiến vào sản xuất nông nghiệp. Đó là những điều kiện thuận lợi để huyện Cờ Đỏ đẩy mạnh chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, phát triển kinh tế huyện nhà.
Huyện đã thực hiện quy hoạch vùng lúa chất lƣợng cao, với cơ cấu giống chủ yếu năm 2013 gồm Jasmine 85, OM 4218, OM 6976, VD20, IR50404, OM5472... Sản xuất nông nghiệp ở Cờ Đỏ trƣớc đây chủ yếu là trồng lúa, một năm, nông dân huyện sản xuất 3 vụ lúa, nhƣng do đây là vùng đất trũng nên hiệu quả canh tác không cao. Từ năm 2010, một số xã trên địa bàn huyện đã chuyển
đổi phƣơng thức canh tác - nuôi cá trên diện tích trồng lúa. Nhiều đồng lúa đã trở thành những ao cá bạt ngàn, nối tiếp nhau. Huyện Cờ Đỏ nuôi nhiều loài các khác nhau nhƣ: cá lóc, các tra, cá rô… trên diện tích gần 140 ha, góp phần mang lại thu nhập đáng kể cho nhiều hộ gia đình. Nuôi cá trên đồng ruộng không những thúc đẩy nhanh quá trình chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp, góp phần tăng thu nhập cho từng nông hộ mà còn giúp nông dân sử dụng tài nguyên đất hợp lý, hạn chế tình trạng sản xuất 3 vụ lúa/năm làm suy thoái đất, ô nhiễm môi trƣờng. Đây là một hƣớng đi mới, hợp lý của huyện Cờ Đỏ góp phần xây dựng một nền nông nghiệp chất lƣợng cao, phát triển bền vững.
Thị trấn Cờ Đỏ có nhiều tiềm năng phát triển về thƣơng mại-dịch vụ, là vùng sản xuất lúa trọng điểm của thành phố. Thế nhƣng, suốt một thời gian dài, do cơ sở hạ tầng kém, đầu tƣ chƣa đúng mức, nên đời sống ngƣời dân còn khó khăn, trên 11% dân số của huyện thuộc diện hộ nghèo.