Phan Bội Chõu dự tiếp nhận tư tưởng dõn chủ, tiờn tiến của cỏc triết gia, nhà tư tưởng Phương Tõy, nhưng vẫn cũn những điểm hạn chế nhất định cần phải nhỡn nhận thất sự khỏch quan, đú là đề cao chủ nghĩa yờu nước theo tư tưởng Nho giỏo, và chuẩn mực quyền con người phải khộp theo tư tưởng Nho giỏo với việc trung quõn vụ điều kiện. Tất nhiờn, Phan Bội Chõu khụng chỉ bú hẹp trong chuẩn mực nhõn, nghĩa, lễ, trớ, tớn, mà nú được mở rộng, đào sõu và được nõng lờn bởi cỏc chuẩn mực giỏ trị mới trờn cơ sở tiếp thu những yếu tố tớch cực của tư tưởng tư sản phương Tõy, của chủ nghĩa yờu nước truyền thống Việt Nam. Đối với quan niệm về con người trong xó hội, bờn cạnh con người cộng đồng cũn là con người cỏ nhõn. Phan Bội Chõu chỳ trọng đề cao quyền của mỗi con người trong xó hội. Nhưng, xó hội đú được xõy dựng trờn chuẩn mực cũ, chưa cú biện phỏp cải cỏch triệt để để xõy dựng xó hội mới, con người mới.
Một hạn chế khỏc là trong phạm vi nhỡn nhận bú hẹp nờn Phan Bội Chõu chưa đủ điều kiện để vươn lờn tiếp nhận ỏnh sỏng của quan điểm đấu tranh giai cấp, giải phúng dõn tộc, giải phúng con người của tư tưởng mỏc-xớt về bản chất của con người, mà trong "Luận cương về phoiơbắc", C.Mỏc đó viết: “Trong tớnh hiện thực của nú, bản chất con người là tổng hoà những quan hệ xó hội”. Phan Bội Chõu chưa lý giải được bản chất xó hội của con
người, chưa vạch ra được nguyờn nhõn xó hội là nguyờn nhõn sõu xa nhất, cơ bản nhất tạo ra nỗi bất hạnh của con người, hay chưa thấy đấu tranh giai cấp là để đi đến giải phúng loài người thoỏt khỏi ỏp bức và là một trong những động lực thỳc đõy sự phỏt triển của xó hội cú giai cấp.
Phan Bội Chõu chủ trương giải phúng con người, sau khi giải phúng đất nước phải bảo vệ được quyền con người. Điều này khiến cho mục đớch rất lớn, nhưng để cú con đường như thế nào để đi đến mục đớch đú thỡ cụ Phan Bội Chõu lại chưa tỡm ra. Hoặc tỡm ra cú thể mang tớnh thỏa hiệp với chế độ cầm quyền vốn hà khắc, gian ỏc, khụng chịu thỏa hiệp. Hoặc, mưu cầu viện trợ về mọi mặt của nước ngoài mà chưa biết vận dụng sức mạnh của nhõn dõn với vai trũ làm chủ cỏch mạng, là người quyết định vận mệnh của chớnh mỡnh. Quan điểm người cai trị phải tụn trọng người bị trị “dõn vi quý”, dường như chỉ để mà núi, chứ khụng thể cú ý nghĩa trờn thực tế.
Những hạn chế trờn đõy khụng làm mất đi nột riờng biệt đặc sắc trong tư tưởng của Phan Bội Chõu về bản tớnh của con người, quyền của con người trong xó hội, đất nước. Xuất phỏt từ chủ nghĩa yờu nước Việt Nam là truyền thống nhõn nghĩa của dõn tộc, trờn cơ sở tiếp thu những yếu tố tớch cực trong cỏc trào lưu triết học phương Tõy, Phan Bội Chõu cho rằng, bản tớnh con người là "thiờn lương". Hàm chứa trong khỏi niệm "thiờn lương" là những dấu hiệu cơ bản mà ở đú, ngoài dấu hiệu trước đõy Nho giỏo đó từng nờu lờn, cũn cú những dấu hiệu mới như tự do, bỡnh đẳng... Tất cả những dấu hiệu đú đều thấm đượm chủ nghĩa yờu nước, đều hướng tới một mục đớch chung là khơi đậy và phỏt huy nguồn sức mạnh của con người Việt Nam vào sự nghiệp cứu nước giải phúng đất nước, giải phúng đồng bào, giải phúng cho chớnh mỗi con người, khẳng định quyền con người trong xó hội. Dự cú những điểm hạn chế như đó nờu ở trờn, nhưng tư tưởng quyền con người của Phan Bội Chõu đó đúng gúp rất to lớn vào cụng cuộc đấu tranh giải phúng dõn tộc ở Việt Nam.
Cựng với những tỏc phẩm của mỡnh, Phan Bội Chõu đó “nõng tầm” cỏch nhỡn của mỗi con người về đất nước, về con người trong xó hội vốn đang chỡm đắm trong đờm trường nụ lệ thực dõn Phỏp.