- Việc cấp GCN trước đây thực hiện theo chủ trương hộ gia đình tự kê khai, hoặc trích đo bằng thước dây, không có bản đồ địa chính vì vậy có rất nhiều sai sót về mặt hình thể, diện tích, cấp sai vị trí và diện tích đất được giao.
- Bản đồ, hồ sơ địa chính cấp GCN trước đây đến nay đã được khoảng 20 năm, có nhiều biến động về chủ sử dụng, về hình thể và diện tích thửa đất nhưng không kịp thời được chỉnh lý vì vậy việc cấp đổi GCN sau đo đạc bản đồ gặp rất nhiều khó khăn trong việc lập, thẩm định và xét duyệt hồ sơ.
- GCN trước đây được cấp chung cho nhiều thửa đất, nhiều loại đất dẫn đến tình trạng có những hộ gia đình, cá nhân được công nhận đất ở không đúng thửa đất sử dụng để làm nhà ở.
- Kết quả xét duyệt hồ sơ cấp đổi GCN ở một số địa phương mới chỉ dừng ở việc thực hiện xét duyệt đối với các trường hợp cấp đổi GCN và đối với các trường hợp không có biến động về chủ sử dụng, hình thể thửa đất, diện tích đất tăng giảm so với GCN đã cấp không lớn, chưa thực hiện việc xử lý cấp đổi đối với những sai sót trên GCNQSDĐ đã cấp.
- Trong quá trình thực hiện việc giao đất để làm nhà ở do giao không đúng các quy định về hành lang an toàn giao thông dẫn đến diện tích đất dôi dư lớn nhưng quá trình xét duyệt hồ sơ cấp đổi GCN không thực hiện đồng thời với việc xử lý thu tiền sử dụng đất.
- Trong quá trình thực hiện cấp đổi GCN các địa phương không thực hiện việc lồng ghép với xử lý những biến động trước đây mà chỉ thực hiện việc xử lý sau khi được đổi GCN mới vì vậy gây phiền hà và không đáp ứng được yêu cầu của người sử dụng đất sau khi được cấp đổi GCN, gây lãng phí tiền của Nhà nước.