Vì lượng công việc quá nhiều làm không kịp lô hàng, khâu chuẩn bị và kiểm tra chứng từ là giai đoạn mất nhiều thời gian và chi phí giao dịch (điện thoại, fax…), ban giám đốc giao cho phòng XNK bố trí nhân viên chứng từ vừa phụ trách chứng từ nhập khẩu và xuất khẩu. Khi HQ phát hiện sai sót của chứng từ thì họ trả về chỉnh sửa lại. Có trường hợp thiếu chứng từ cũng như các chứng từ không hợp lệ, làm kéo dài thời gian giao nhận, phát sinh các chi phí không đáng có. Việc hiệu chỉnh chứng từ thông thường mất khoảng 1 ngày làm việc. Điều
này gây thiệt hại cho công ty như: làm tăng chi phí lưu kho bãi đặc biệt là hàng container. Đồng thời điều này cũng ảnh hưởng đến tiến độ kinh doanh, làm chậm quy trình giao nhận hàng hóa, bỏ lỡ một số thị trường hàng hóa khá quan trọng.
Các khâu nhận hàng tại cảng khi có sự tham gia của đối tác vận tải chưa có hợp đồng qui định cụ thể nghĩa vụ, biên bản chứng nhận tình trạng hàng hóa khi nhận tại cảng với đối tác vận tải nên dễ gây ra tranh chấp khi có sự cố phát sinh. Đồng thời ở khâu giao hàng cho khách hàng, cũng chưa có biên bản chứng nhận tình trạng hàng hóa lúc giao hàng để tránh tranh chấp khi có sự cố.
Phương tiện vận tải tuy có nhưng vẫn ít, chỉ mới đáp ứng được một phần nhu cầu chuyên chở hàng hóa của công ty.
Khách hàng chưa nhận được sự hỗ trợ, tư vấn tốt về chứng từ, qui định pháp luật hiện hành. Gói dịch vụ, giá cước chưa có tính cạnh tranh cao.
Công ty lại thiếu nguồn nhân lực được đào tạo chuyên nghiệp. Kiến thức của các nhân viên có được là tự đúc kết kinh nghiệm, học từ bạn đồng nghiệp.
Chi phí bỏ ra cho việc giao nhận chưa mang tính cạnh tranh cao. Đôi lúc nhân viên chứng từ vẫn hay áp mã thuế sai ảnh hưởng tới chi phí làm hàng.