Đối với lợn con khoẻ mạnh, vi khuẩn E.coli và các vi khuẩn khác cư trú ở đoạn ruột già và phần cuối đoạn ruột non. Phần đầu và phần giữa ruột non hầu như không có vi khuẩn. Chỉ có rất ít liên cầu khuẩn, tụ cầu khuẩn,
lactobacillus (Nguyễn Hữu Vũ (2000)[20].
Việc bú sữa không kịp thời, chất lượng sữa đầu kém, thiếu chất dinh dưỡng và globulin miễn dịch cũng là điều kiện để phát triển bệnh. Như vậy, để gây ra E.coli bacillosis rõ rang phải có chủng E.coli cường độc và đều sản sinh ra một số yếu tố bám dính lên tế bào biểu bì của màng niêm mạc kế tiếp.
Theo một số nghiên cứu của trường Đại học Nông Nghiệp I thì cơ quan tiêu hoá của của lợn con chưa hoàn thiện do một số men tiêu hoá thức ăn chưa có hoạt tính mạnh nhất là ở 3 tuần tuổi đầu. Bên cạnh đó, cơ năng điều tiết nhiệt của lợn con cúng phát triển chưa hoàn chỉnh, thân nhiệt lợn con chưa ổn định, sinh và thải nhiệt chưa cân bằng, mặt khác, ở giai đoạn này tốc độ sinh trưởng phát dục của lợn con lại rất nhanh.
Quá trình sinh bệnh liên quan tới nhiều đặc điểm sinh lý của cơ thể lợn con. Hệ thống thần kinh của lợn con hoạt động với chức năng chưa thành thục, việc điều khiển thần kinh hầu như bằng phản xạ không điều kiện. Ngoài ra, có những đặc điểm đáng chú ý như: Độ toan của dịch vị dạ dày thấp, độ thẩm thấu của thành ruột biểu bì cao, chức năng điều tiết của gan kém, chức năng thu nhận của tế bào nội võng quá dễ dàng. Sự thu nhận quá dễ dàng qua hàng rào bảo vệ đã tạo điều kiện cho sự xâm nhập của vi khuẩn E.coli phát triển mạnh mẽ cả về số lượng và động lực.Tất cả các tác động đó đổ dồn vào ống tiêu hoá khiến cho cơ thể lợn con phải tự điều chỉnh và phản ứng lại bằng cách tăng nhu động co bóp ở dạ dày và ruột non để đẩy nhanh các tác nhân gây bệnh ra ngoài cơ thể. Tuy tiêu chảy là phản xạ có lợi nhằm bảo vệ cơ thể (bằng cách đẩy các tác nhân gây bệnh ra ngoài cơ thể), nhưng vì sự hoạt động không ngừng của các tác nhân khiến cho tần số, chu kỳ của bộ phận này tăng cao gây tổn thương niêm mạc đường tiêu hoá, các men tiêu hoá, các chất dinh dưỡng cũng bị đẩy ra ngoài khiến cho “tiêu chảy”chuyển sang có hại cho cơ thể lợn. Tiếp theo là rối loạn cân bằng hệ vi sinh vật đường ruột, vi khuẩn lên men sinh thối càng
nhiều sẽ làm rối loạn sự giải độc gan. Nguy kịch hơn nữa là hiên tượng ỉa chảy liên tiếp sẽ dẫn đến hiện tượng mất nước, rối loạn cân bằng điện giải.
Như vậy, 3 quá trình rối loạn: Rối loạn chức năng tiêu hoá, rối loạn cân bằng hệ vi sinh vật đường ruột, rối loạn cân bằng điện giải đã làm cho cơ thể lợn bị nhiễm độc, truỵ tim mạch và chết.
Nếu con lợn nào có qua khỏi nhưng vì bị tổn thương hệ tiêu hoá và các chức năng sống do đó cũng làm giảm năng suất, chất lượng.