Theo Quyết định thành lập thì hầu hết các VPĐKQSDĐ hiện nay đều có đầy đủ chức năng, nhiệm vụ theo hướng dẫn tại thông tư số 38/2004/TTLT/BNV- BTNMT; tuy nhiên trên thực tế, chức năng, nhiệm vụ của các VPĐKQSDĐ ởđịa phương vẫn còn nhiều bất cập;
(1) Phần lớn các VPĐKQSDĐ các cấp sau khi thành lập đều đã đi vào hoạt động nhưng còn lúng túng, chưa triển khai thực hiện hết các nhiệm vụđược giao; chủ yếu mới thực hiện việc tiếp nhận và giải quyết thủ tiệc cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các đối tượng thuộc thẩm quyền và thực hiện thống kê, kiểm kê đất đai;
(2) Nhiều địa phương VPĐKQSDĐ cấp tỉnh còn có sự chồng chéo hoặc chưa phân định rõ chức năng, nhiệm vụ với các đơn vị khác của Sở gây nên khó khăn, lúng túng, chậm trễ và những bất cập trong triển khai thực hiện như:
- Chồng chéo với trung tâm Thông tin Tài nguyên và Môi trường trong việc quản lý, lưu trữ hồ sơđịa chính;
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 28 - Chồng chéo chức năng với các phòng chuyên môn của Sở trong việc tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính vềđất đai; thậm chí có VPĐKQSDĐ của Sở, còn thực hiện thủ tục đăng ký biến động đất đai của hộ gia đình và cá nhân.
Một số tỉnh còn giao cho VPĐKQSDĐ một số nhiệm vụ khác như: Định giá đất khi thi hành án, tham gia thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng, lập quy hoạch kế hoạch sử dụng đất, dịch vụ tư vấn (như Nam Định, Tiền Giang, Hậu Giang, Kiên Giang).
(3) Nhiều VPĐKQSDĐ cấp huyện được thành lập nhưng chưa phân định rõ, hoặc còn chồng chéo chức năng với Phòng Tài nguyên và Môi trường. Nhiều địa phương lãnh đạo Phòng TN&MT coi VPĐKQSDĐ như bộ máy giúp việc của Phòng để thực hiện tất cả các công việc quản lý nhà nước vềđất đai.
(4) Một số VPĐKQSDĐ các cấp chưa thực hiện đúng chức năng xác nhận, chỉnh lý biến động trên Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất: có địa phương VPĐKQSDĐ cấp tỉnh làm thủ tục để Lãnh đạo Sở ký xác nhận (như Hà Nội): có địa phương VPĐKQSDĐ cấp tỉnh hoặc cấp huyện xác nhận cả những trường hợp thuộc thẩm quyền xác nhận của Sở hoặc Phòng TN&MT (trường hợp chuyển mục đích sử dụng đất); nguyên nhân có sự lẫn lộn này một phần do quy định phân cấp chỉnh lý Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tại Điều 57 của Nghịđịnh số 181/2004/NĐ-CP hiện nay chưa hợp lý.