Do các loại thuốc BVTV thường là các chất hoá học có độc tính cao nên mặt trái của thuốc BVTV là rất độc hại với sức khoẻ cộng đồng và là một đối tượng có nguy cơ cao gây ô nhiễm môi trường sinh thái nếu không được quản lý chặt chẽ và sử dụng đúng cách. Dư lượng thuốc BVTV quá giới hạn cho phép trong nông sản, thực phẩm là mối đe dọa đối với sức khoẻ con người.
Vì vậy, giải quyết hài hoà giữa việc sử dụng thuốc BVTV để bảo vệ sản xuất nông nghiệp với việc bảo vệ sức khoẻ cộng đồng và môi trường là một đòi hỏi và thách thức lớn đối với cơ quan quản lý nhà nước về bảo vệ thực vật.
Những năm gần đây, do thâm canh tăng vụ, tăng diện tích, do thay đổi cơ cấu giống cây trồng nên tình hình sâu bệnh diễn biến phức tạp hơn. Vì vậy số lượng và chủng loại thuốc BVTV sử dụng cũng tăng lên. Nếu như trước năm 1985 khối lượng thuốc BVTV dùng hàng năm khoảng 6.500 đến 9.000 tấn thành phẩm quy đổi và lượng thuốc sử dụng bình quân khoảng 0,3 kg hoạt chất /ha thì thời gian từ năm 1991 đến nay lượng thuốc sử dụng biến động từ 25 – 38 ngàn tấn. Đặc biệt năm 2006 lượng thuốc BVTV nhập khẩu là 71.345 tấn. Cơ cấu thuốc BVTV sử dụng cũng có biến động, thuốc trừ sâu giảm trong khi thuốc trừ cỏ, trừ bệnh gia tăng cả về số lượng lẫn chủng loại (Vương Trường Giang và Bùi Sỹ Doanh, 2011) [3].
– Không khí có thể dễ dàng bị ô nhiễm bởi thuốc BVTV dễ bay hơi, thậm chí không bay hơi như DDT sẽ bay hơi rất nhanh vào không khí trong điều kiện khí hậu thời tiết nóng. Ở các vùng nhiệt đới khoảng 90% thuốc BVTV phospho hữu cơ có thể bay hơi nhanh hơn. Các thuốc diệt cỏ cũng bị bay hơi nhất là trong quá trình phun (Đỗ Hàm và cộng sự, 2007)[5].
– Trong đất có tới 50% thuốc BVTV được phun để bảo vệ mùa màng hoặc sử dụng diệt cỏ đã phun không đúng vị trí và rải trên mặt đất.
– Nước có thể bị ô nhiễm bởi việc đổ các thuốc BVTV thừa sau khi phun xong. Đổ nước rửa dụng cụ sau khi phun xuống ao hồ. Cây trồng đươc phun thuốc BVTV ở ngay cạnh mép nước, sự dò rỉ, xói mòn từ đất đã sử lý bằng thuốc BVTV hoặc thuốc BVTV rơi xuống từ không khí bi ô nhiễm
Trên thực tế hiện tượng sử dụng thuốc BVTV không theo chỉ dẫn ở nhiều nơi hiện nay đã gây nên tình trạng ô nhiễm môi trường nghiêm trọng. Kết quả định lượng thuốc BVTV ở một số địa phương cho thấy dư lượng thuốc BVTV trong đất, nước và ở thực vật đang ở mức báo động và có nguy cơ ra tăng. Chính vì vậy, nhiễm độc thuốc BVTV đang là vấn đề đáng lưu tâm trong công tác bảo vệ và chăm sóc sức khỏe người lao động nông nghiệp.