Kèm theo pháp lệnh, điều lệ và các quy định trên của Nhà nước, Bộ NN&PTNT đã ban hành những quy định của Bộ về công tác quản lý thuốc BVTV như :
Quyết định 91/2002/QĐ – BNN quy định về việc cấp chứng chỉ hành nghề sản xuất, gia công, sang chai, đóng gói buôn bán thuốc BVTV.
Quyết định 150/NN – BVTV/QĐ rồi 193/1998/QĐ – BNN – BVTV, tiếp đến quyết định 34/2001/QĐ – BNN bị thay thế bằng quyết định 50/2003/QĐ – BNN quy định về kiểm định chất lượng, dư lượng thuốc BVTV và khảo nghiệm thuốc BVTV .
Để kiểm soát chặt chẽ hơn nữa chất lượng, dư lượng thuốc BVTV, Bộ NN&PTNT ngày 08/08/2003 ra Quyết định 79/2003/QĐ sửa đổi khoản 2&3 điều 11 trong 50/2003/QĐ – BNN quy định “Kiểm định chất lượng, dư lượng thuốc BVTV” nhằm mục đích đăng ký ở Việt Nam.
Để quản lý chặt chẽ hơn các loại thuốc hạn chế sử dụng, Cục bảo vệ thực vật đã gửi công văn số 286/HD – BVTV ngày 19/04/2004 hướng dẫn sử dụng các loại thuốc BVTV bị hạn chế dùng ở Việt Nam.
Trong giai đoạn gần đây, Bộ NN&PTNT cũng ban hành một số văn bản để bổ sung, hoàn thiện hệ thống quy định về lĩnh vực Bảo vệ và kiểm dịch thực vật như:
Quyết định số 89/2006/QĐ – BNN ngày 02/10/2006 về việc Ban hành về quy định về quản lý thuốc bảo vệ thực vật. Quyết định này thay thế Quyết định số 145/2002/QĐ – BNN ngày 18 tháng 12 năm 2002 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT và mục I, Phần II của Thông tư số 75/2000/TT – BNN – KHCN ngày 17/7/2000 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT.
Quyết định 63/2007/QĐ – BNN của Bộ NN&PTNT về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của quy định về quản lý thuốc bảo vệ thực vật ban hành theo Quyết định 89/2006/QĐ–BNN ngày 02/10/2006 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT.
Thông tư số 38/2010/TT – BNNPTNT ngày 28/06/2010 của Bộ NN&PTNT về việc quy định về quản lý thuốc bảo vệ thực vật và Công văn số 1538/BVTV – QLT ngày 8/9/2010 hướng dẫn thi hành Thông tư số 38/2010/TT – BNNPTNT
Trong những văn bản nói trên đã chứng tỏ Nhà nước ta rất coi trọng việc quản lý thuốc BVTV. Đồng thời Nhà nước ta cũng đòi hỏi các nhà sản xuất, kinh doanh lưu thông và người sử dụng (nông dân) thuốc BVTV phải quán triệt để nghiêm chỉnh thực hiện.
Để bảo đảm cho việc thi hành hệ thống pháp lý nói trên, ngày 18/12/1993, Bộ Nông nghiệp & Công nghiệp thực phẩm đã ra Quyết định số 703/NN – BVTV/QĐ về quy chế tổ chức và hoạt động của Thanh tra chuyên ngành về công tác bảo vệ và kiểm dịch thực vật. Trong văn bản này đã ghi rõ: Hệ thống thanh tra được thành lập ở 2 cấp Trung ương (Cục Bảo vệ thực vật) và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương (Chi cục Bảo vệ thực vật); nhận sự chỉ đạo trực tiếp của Cục trưởng Cục Bảo vệ thực vật và Chánh thanh tra Bộ (ở Trung ương); của Chi cục trưởng Chi cục Bảo vệ thực vật và Chánh thanh tra Sở Nông nghiệp về công tác nghiệp vụ thanh tra. Trong Quy định này cũng quy định rõ nội dung quyền hạn của thanh tra các cấp, tiêu chuẩn thanh tra viên. Một trong những nhiệm vụ quan trọng của thanh tra chuyên ngành BVTV là thanh tra thuốc BVTV.
Quyết định số 412/NN – BVTV/QĐ của Bộ Nông nghiệp & Công nghiệp thực phẩm quy định rõ sắc phục, phù hiệu, cấp hiệu, thẻ thanh tra và chế độ cấp phát, sử dụng đối với viên chức thanh tra chuyên ngành Bảo vệ và kiểm dịch thực vật.