Sau quá trình thu thập các thông tin thông qua việc kiểm tra tài liệu quản lý, bảng hỏi khảo sát và thanh tra nhà máy các kiểm toán viên cần phải tổng hợp lại tất cả các thông tin đã thu thập được, sau đó lựa chọn ra các thông tin quan trọng, cần thiết nhất để tiến hành tìm hiểu kỹ hơn các vấn đề đó bằng cách tiến hành các cuộc phỏng vấn với nội dụng sâu hơn, tiến hành các cuộc thảo luận hoặc thực hiện việc thanh tra bổ xung đối với các vị trí đặc biệt. Từ các thông tin tổng hợp và lựa chọn nhóm kiểm toán phải đưa ra được các bằng chứng kiểm toán.
* Bằng chứng kiểm toán:
Bằng chứng kiểm toán (hay còn gọi là chứng cứ) là “các thông tin được xác minh về số lượng hoặc chất lượng, các bản ghi hoặc tuyên bố về sự kiện dựa trên các cuộc phỏng vấn, thẩm tra tài liệu, quan sát các hoạt động và hoàn cảnh, các đo đạc thực nghiệm hoặc các biện pháp khác nằm trong phạm vi kiểm toán (ISO 14011/1996).
Các bằng chứng kiểm toán cần phải đảm bảo tính tính đầy đủ và thích hợp với các thông tin thu thập được (hay các kết quả kiểm toán).
Một bằng chứng kiểm toán được coi là đầy đủ (có giá trị) khi nó mang các đặc điểm như:
- Thích đáng: tức là phù hợp với các mục tiêu kiểm toán mà các kiểm toán viên đã xác định.
- Nguồn gốc của bằng chứng: thông thường các bằng chứng được cung cấp từ bên ngoài cơ sở bị kiểm toán sẽ đáng tin cậy hơn là từ bên trong cơ sở.
- Mức độ khách quan: những bằng chứng có tính khách quan sẽ đáng tin cậy hơn những chứng cứ cần phải có sự phân tích, phán xét đáng kể thì mới đi đến kết luận đúng hay sai.
- Bằng chứng được thu thập gián tiếp hay trực tiếp: những chứng cớ đưa ra do kiểm toán viên trực tiếp thu nhận được thông qua việc xem xét, đánh giá, quan sát, điều tra, tính toán sẽ có giá trị hơn các tài liệu, thông tin do do nhà máy hoặc người khác cung cấp.
- Bằng chứng được cung cấp do các cá nhân có đủ trình độ chuyên môn sẽ được đánh giá có giá trị hơn do cá nhân hoặc kiểm toán viên có trình độ chuyên môn thấp.
Tính đầy đủ của bằng chứng kiểm toán được thể hiện qua số lượng các bằng chứng kiểm toán mà kiểm toán viên thu thập được và dựa vào đó để có thể đưa ra các ý kiến nhận xét. Hiện nay chưa có một thước đo tuyệt đối để xem xét bằng chứng đã đầy đủ hay chưa nhưng số lượng thu thập được sẽ quyết định tính đầy đủ của chúng.
* Phát hiện kiểm toán:
Căn cứ vào các bằng chứng kiểm toán thu thập được thì nhóm kiểm toán phải chỉ ra được các phát hiện kiểm toán. Phát hiện kiểm toán là “kết quả đánh giá bằng chứng kiểm toán thu được thông qua việc so sánh chúng với các tiêu chuẩn kiểm toán đã thỏa thuận. Các phát hiện kiểm toán tạo cơ sở cho báo cáo kiểm toán” (ISO 14012/1996).
Sau khi tổng hợp tất cả các phát hiện kiểm toán thì nhóm kiểm toán cần phải chỉ rõ những phát hiện nào là quan trọng và nổi bật nhất, những phát hiện nào là những phát hiện phụ không quan trọng lắm. Đồng thời tất cả các phát hiện này cần phải được các kiểm toán viên ghi thành văn bản và chích dẫn, dẫn chứng cụ thể, rõ ràng và chính xác.
Thông qua các phát hiện kiểm toán thì nhóm kiểm toán cũng phải chỉ ra các kết quả đáng chú ý nhất của cuộc kiểm toán, tức là chỉ ra các khuyết điểm, hạn chế đang tồn tại trong hệ thống quản lý môi trường của nhà máy. Từ đó đưa ra các biện pháp cải thiện thích hợp nhất.
Sau khi hoàn tất các vấn đề trên thì việc tiếp theo phải làm của nhóm kiểm toán là phải sắp xếp và chuẩn bị các tài liệu cho cuộc họp kết thúc với lãnh đạo và cán bộ, công nhân viên nhà máy.