Xã Quảng Phú chịu tác động sâu sắc của quá trình công nghiệp hóa nông
nghiệp nông thôn đang thay đổi tận gốc nếp làm ăn, nếp suy nghĩ của mỗi người. Chuyển dịch cơ cấu sản xuất, phát triển chăn nuôi gia cầm, gia súc, phát triển kinh tế hộ gia đình, kinh tế trang trại đã tác động mạnh mẽ tới môi trường nông thôn.
Những vấn đề môi trường nước tại khu vực đều liên quan tới tập quán và thay đổi trong thâm canh nông nghiệp, chuyển đổi cơ cấu đất nông nghiệp... Hơn nữa, một lượng lớn chất thải chăn nuôi, vệ sinh môi trường không được cải thiện.
Một thực tế có thể thấy đó là số lượng chăn nuôi gia súc, gia cầm của xã Quảng Phú tương đối lớn. Theo nguồn từ UBND xã Quảng Phú năm 2010 thì số lượng đàn trâu bò có 810 con, số lượng gia cầm 75.858 con. Như vậy, phân thải và nước thải chăn nuôi rất lớn. Phát triển chăn nuôi cải thiện kinh tế gia đình trong điều kiện đầu tư chuồng trại không hợp lý là một trong những nguyên nhân khiến cho nguồn nước ngầm của khu vực nông nghiệp trù phú có biểu hiện ô nhiễm bởi hàm lượng các chất hữu cơ, chất dinh dưỡng và vi sinh vật. Nguy cơ dịch bệnh gia súc, nhiễm bệnh từ gia súc là mối lo ngại nếu không có các biện pháp quản lý chất thải và vệ sinh chuồng trại. Bên cạnh những bệnh dịch thường xuyên gặp như ỉa chảy, kiết lị, một số năm gần đây xuất hiện những bệnh dịch đặc biệt nguy hiểm như dịch cúm A, lở mồm long móng, bệnh “tai xanh” ở lợn bùng phát nhanh.
Đặc trưng ô nhiễm phát sinh từ hoạt động nông nghiệp cũng chứa các thành phần hạt rắn lơ lửng, chất hữu cơ, một số kim loại nặng trong quá trình sử
dụng hóa chất bảo vệ thực vật... Cho đến nay, phần lớn nước thải của làng nghề nói chung và nước thải chăn nuôi nói riêng đều thải thẳng ra ngoài không qua bất kỳ khâu xử lý nào. Nước thải này tồn đọng ở cống rãnh thường bị phân hủy yếm khí gây ô nhiễm không khí, ngấm xuống lòng đất gây ô nhiễm môi trường đất và suy giảm môi trường nước ngầm.