và giải trình tự vùng its

... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG ... 16S 23S có tính bảo tồn cao Ngƣợc lại, vùng ITS tiến hóa nhanh có nhiều biến động Do đó, primer đƣợc thiết kế dựa trình tự vùng bảo tồn để khuếch vùng ITS, dùng nghiên cứu đa dạng di truyền, ... 3.5.5.1 Khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS vi khuẩn Phản ứng tiến hành với cặp mồi không chuyên biệt đƣợc thiết kế nhằm khuếch đại trình tự vùng ITS (intergenic spacer sequence) nằm vùng rDNA 16S...

Ngày tải lên: 19/03/2014, 18:20

... rau họ thập tự Cụ thể mở rộng địa bàn (Đồng Bằng Sông Cửu Long, Lâm Đồng, Long An tỉnh có canh tác rau), nghiên cứu phổ kí chủ rộng (cây họ thập tự) Hoàn thành đề tài mức giải trình tự vùng 16S ... pháp PCR khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA có kích thƣớc 1,1 kb sử dụng cặp primer Xan1330 Xan322 làm vật liệu giải trình tự Thực phản ứng với thành phần nêu Bảng 3.1 theo chu trình nhiệt Bảng 3.2 ... 1,1kb Hình 4.8 Kết khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA 1: CC1, 2: CC2, 3: CC3, 4: Ladder 1,5kb, 5: HM1, 6: HM2, 7: Q12-1, 8: DC Sản phẩm PCR đƣợc tinh đọc trình tự Trình tự DNA có đƣợc so sánh với liệu...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 02:20

... 16S 23S có tính bảo tồn cao Ngƣợc lại, vùng ITS tiến hóa nhanh có nhiều biến động Do đó, primer đƣợc thiết kế dựa trình tự vùng bảo toàn để khuếch vùng ITS, dùng nghiên cứu đa dạng di truyền, ... 3.5.5.1 Khuếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS vi khuẩn Phản ứng tiến hành với cặp mồi không chuyên biệt đƣợc thiết kế nhằm khuếch đại trình tự vùng ITS (intergenic spacer sequence) nằm vùng rDNA 16S ... gốc phát sinh nhƣ quan hệ loài Ngoài ra, vùng ITS đƣợc sử dụng giải trình tự, đối chiếu với liệu ngân hàng gen để định danh sinh vật 15 Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP 3.1 Thời gian địa điểm 3.1.1.Thời...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 02:20

... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ***000*** PHÂN LẬP VÀ ĐỊNH DANH TÁC NHÂN GÂY BỆNH ĐỐM LÁ CÂY CẢI NGỌT TẠI TP HCM BẰNG KỸ THUẬT PCR VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VÙNG ... dòng vi khuẩn gây bệnh đốm vùng trồng rau thuộc huyện Củ Chi, Hóc Mơn quận 12, Tp HCM Sử dụng kỹ thuật PCR khuyếch đại vùng 16S – 23S rDNA ITS làm vật liệu giải trình tự gen hrpF đặc trƣng vi khuẩn ... tác nhân gây bệnh đốm cải Tp HCM phƣơng pháp PCR giải trình tự vùng 16S – 23S rDNA” Đề tài phần chƣơng trình nghiên cứu bệnh vi khuẩn họ thập tự Bộ môn Bảo Vệ Thực Vật, Đại Học Nơng Lâm Tp HCM...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 02:20

... lệch hai kết trình tự 3.8 So sánh với sở liệu GeneBank Sau hiệu chỉnh sai lệch, trình tự liên ứng (consensus) đƣợc rút từ hai kết giải trình tự kiểm tra sai lệch Trình tự liên ứng trình tự xác cho ... trình tự cần đƣợc ngƣời trực tiếp thực nhằm khắc phục tối đa việc xác định sai trình tự Hình 2.7 Sơ đồ tóm tắt quy trình giải trình tự máy tự động (Richard, 2004) 19 2.6 Kỹ thuật hiệu chỉnh trình ... ∞ Giải trình tự sản phẩm PCR • Sản phẩm PCR sau thu nhận đƣợc gửi giải trình tự chiều (chiều xi chiều ngƣợc) công ty Nam Khoa 3.7 Hiệu chỉnh trình tự Loại bỏ tín hiệu khơng xác hai đầu trình tự...

Ngày tải lên: 21/10/2017, 03:29

... trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef 43 4.6.2 Kết giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 48 4.6.3 Kết giải trình tự vùng Tef1fw – Tef2rev dòng T4 50 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ ... 1997) Vùng ITS2 khám phá sau vùng ITS1 , vùng ITS2 có tính bảo tồn cao vài vùng 18S (Hershkovitz ctv., 1999)  Chiều dài trình tự vùng ITS rDNA đƣợc cho vùng tiến hố nhanh biến đổi Vùng ITS đƣợc ... đại vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 Bƣớc đọc trình tự vùng ITS1 -5,8SITS2 so sánh với sở liệu NCBI để xác định tên loài Tuy nhiên, dựa vào vùng rDNA -ITS ko hồn tồn xác lồi có tƣơng đồng trình tự vùng...

Ngày tải lên: 05/11/2012, 13:58

... trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef 43 4.6.2 Kết giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 48 4.6.3 Kết giải trình tự vùng Tef1fw – Tef2rev dòng T4 50 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ ... 1997) Vùng ITS2 khám phá sau vùng ITS1 , vùng ITS2 có tính bảo tồn cao vài vùng 18S (Hershkovitz ctv., 1999)  Chiều dài trình tự vùng ITS rDNA đƣợc cho vùng tiến hố nhanh biến đổi Vùng ITS đƣợc ... đại vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 Bƣớc đọc trình tự vùng ITS1 -5,8SITS2 so sánh với sở liệu NCBI để xác định tên loài Tuy nhiên, dựa vào vùng rDNA -ITS ko hồn tồn xác lồi có tƣơng đồng trình tự vùng...

Ngày tải lên: 19/11/2012, 15:13

... trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef 43 4.6.2 Kết giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 48 4.6.3 Kết giải trình tự vùng Tef1fw – Tef2rev dòng T4 50 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ ... 1997) Vùng ITS2 khám phá sau vùng ITS1 , vùng ITS2 có tính bảo tồn cao vài vùng 18S (Hershkovitz ctv., 1999)  Chiều dài trình tự vùng ITS rDNA đƣợc cho vùng tiến hố nhanh biến đổi Vùng ITS đƣợc ... đại vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 Bƣớc đọc trình tự vùng ITS1 -5,8SITS2 so sánh với sở liệu NCBI để xác định tên loài Tuy nhiên, dựa vào vùng rDNA -ITS ko hồn tồn xác lồi có tƣơng đồng trình tự vùng...

Ngày tải lên: 10/03/2014, 15:20

... ITS4 – ITS5 Hình 4.5 Sản phẩm PCR đƣợc tinh trƣớc đọc trình tự DNA 4.6 Kết giải trình tự vùng ITS- rDNA vùng Tef 4.6.1 So sánh trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef Sản phẩm khuếch đại vùng ... 100% , vùng ITS2 cho thấy sai khác nhiều dù xét vùng rITS – rDNA trình tự nucleoted có tƣơng đồng 98% Qua cho thấy vùng ITS2 có biến đổi nhiều vùng ITS – rDNA 4.6.3 Kết giải trình tự vùng Tef1fw ... xác, trình tự DNA vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 đối chiếu sở liệu NBCI chƣa thật đáng tin cậy mà dựa trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 (vùng bảo tồn sinh vật) Do phải phân tích thêm trình tự DNA vùng...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 02:21

... nghiên cứu để giải mã gen ngƣời dựa vào đóng góp PCR  Kỹ thuật PCR cơng cụ hữu ích để khuếch đại trình tự đoạn gen chứa vùng ITS1 -5,8S -ITS2 vùng Tef qua sử dụng cặp primer ITS4 ITS5 primer ELONG ... Quy trình khuếch đại vùng ITS- rDNA primer ITS4 ITS5 Elong R vàElong F ( với T= 560C đới với cặp primer ITS4 ITS5 T=580C với cặp primer Elong R vàElong F 35 3.8 Đọc trình tự sản phẩm PCR 3.8.1 ... khuếch đại vùng ITS – rDNA dòng nấm Trichoderma 3.7.1 Vật liệu thành phần hoá chất cho phản ứng PCR  Primer: Primer Trình tự primer theo chiều 5’- 3’ ITS4 TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC ITS5 GGA AGT...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 02:21

... trình tự nucleotid vùng ITS – rDNA vùng Tef 43 4.6.2 Kết giải trình tự vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 48 4.6.3 Kết giải trình tự vùng Tef1fw – Tef2rev dòng T4 50 PHẦN 5: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ ... 1997) Vùng ITS2 khám phá sau vùng ITS1 , vùng ITS2 có tính bảo tồn cao vài vùng 18S (Hershkovitz ctv., 1999)  Chiều dài trình tự vùng ITS rDNA đƣợc cho vùng tiến hố nhanh biến đổi Vùng ITS đƣợc ... đại vùng ITS1 – 5,8S – ITS2 Bƣớc đọc trình tự vùng ITS1 -5,8SITS2 so sánh với sở liệu NCBI để xác định tên loài Tuy nhiên, dựa vào vùng rDNA -ITS ko hồn tồn xác lồi có tƣơng đồng trình tự vùng...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 02:21

... genotype HBV, đăng nhập trình tự giải lên local blast phần mềm miễn phí Bio-edit chúng tơi có cài thư viện genotype HBV, sau truy cập dể so sánh trình tự giải với trình tự thư viện, nhờ xác định ... heterozygote Sau dùng chức investigator CEQ8000 để thực đối chiếu so sánh trình tự giải với trình tự tham chiếu thành lập từ trình tự gene polymerase HBV dòng khơng đột biến để phát vị trí đột biến, ... mềm kèm theo máy CEQ8000 Trong chức này, chúng tơi so sánh trình tự giải với trình tự tham chiếu chúng tơi thành lập cách thu thập trình tự phần rt gene polymerase chủng HBV không đột biến (wild...

Ngày tải lên: 01/08/2014, 03:21

... tương đồng trình tự vùng ITS – rDNA 40 4.2.2.1 Sự tương đồng trình tự vùng ITS1 40 4.2.2.2 Sự tương đồng trình tự vùng ITS2 44 4.2.2.3 Sự tương đồng trình tự tồn vùng ITS – rDNA ... (%) trình tự DNA tồn vùng ITS – rDNA MPT thuộc loài Trichoderma 49 Bảng 4.10 Kết định danh theo hình thái trình tự vùng ITS ech42 57 Bảng 4.11 Tỷ lệ tương đồng (%) trình tự DNA vùng ... truyền nấm Trichoderma spp dựa vào trình tự vùng ITS ech42” thực Sự đa dạng di truyền Trichoderma Việt Nam vùng địa lý khác phân tích dựa vào khác biệt trình tự DNA vùng ITS ech42 1.2 Mục tiêu nghiên...

Ngày tải lên: 11/12/2017, 22:07

... thước vùng ITS từ sở liệu 541 nu, phần trình tự chưa đọc 130 nu nằm vùng ITS1 ITS2 , nên việc so sánh biến đổi trình tự hai vùng ITS1 ITS2 tương đối 4.5.4 So sánh trình tự vùng ITS1 - 5,8 S - ITS2 ... 2001) Kích thước vùng ITS1 ITS2 122 nu 131 nu Tỷ lệ G+C vùng ITS1 58,2 %, vùng ITS2 68,7 %, vùng 5,8 S 48,7 % Tỷ lệ G+C tồn vùng trình tự đọc 57,9 % Trình tự vùng ITS1 - 5,8 S - ITS2 đọc 411 nu, ... HL cộng (2002) giải trình tự hồn tồn gene mã hóa 5.8 S rDNA vùng ITS lân cận dòng Beauveria bassiana Sự giống tồn vùng trình tự giải hai dòng 96 % Sự giống vùng ITS1 96 %, vùng ITS2 100 % Sự tương...

Ngày tải lên: 31/10/2012, 09:26

... thực giải trình tự, sau so sánh ngân hàng gen để có kết luận cuối 34 4.4 Kết giải trình tự trực tiếp sản phẩm RT-PCR Kết giải trình tự cho ta trình tự dạng chữ (A, G, T, C) trình tự dạng peak Trình ... hợp với trình tự dạng peak để hồn chỉnh đoạn gen mong muốn Dƣới kết so sánh trình tự giải đƣợc từ primer Hình 4.4 So sánh kết giải trình tự từ primer *: Trình tự tƣơng đồng -: Trình tự khơng ... 4.2 Kết giải trình tự dạng peak Sense primer 34 Hình 4.3 Kết giải trình tự dạng peak Antisense primer 34 Hình 4.4 So sánh kết giải trình tự từ primer 35 Hình 4.5 Trình tự sợi...

Ngày tải lên: 20/03/2013, 11:00

... 4: Đọc kết Kết giải trình tự dạng peak (mỗi peak đại diện cho nucleotide) dạng ký tự (A, T, G, C) Sau có trình tự ta tiến hành kiểm tra cách so sánh trình tự giải đƣợc với trình tự có sẵn ngân ... Việc giải trình tự tiến hành trực tiếp từ sản phẩm RT-PCR, theo nguyên tắc Sanger Phƣơng pháp sử dụng primer (hoặc sense antisense) cho lần giải trình tự Trong đề tài này, ta tiến hành giải trình ... hàng gen (NCBI) Qua ta biết đƣợc trình tự giải đƣợc có phải virus PLRV khơng biết đƣợc mức độ tƣơng đồng trình tự ta có với trình tự ngân hàng gene 27 PHẦN KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 4.1 Tình hình canh...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 06:20

... thuật RT-PCR, giải trình tự chƣa đƣợc áp dụng phổ biến cơng tác chẩn đốn virus PLRV 2.4.2 Nghiên cứu nƣớc virus PVX, PVY, PLRV - Nie Singh (2002) dùng kỹ thuật RT-PCR việc xác định trình tự nucleotide ... cách chuyển gen CryIIIA từ Bacillus thuringensis hai trình tự ORF1, ORF2 từ PLRV , trình chuyển gen đƣợc thực nhờ Agrobacterium 14 PHẦN VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 3.1 Thời gian địa điểm ... (100 µl / giếng) cho vào cột số (substrate) - Cho 100 µl đối chứng dƣơng vào PC (Positive control) - Cho 100 µl đối chứng âm vào NC (Negative control) - Cho dịch trích mẫu vào (100 µl / giếng)...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 06:20

... xác định trình tự nucleotide gen Hai phƣơng pháp xác định trình tự phƣơng pháp hóa học Maxam Gilbert (1977) phƣơng pháp enzyme học Sanger cộng (1977) - Nguyên tắc phƣơng pháp hóa học dựa vào phản ... Oligonucleotic dT (để bắt cặp với đuôi poly A phân tử RNA), mà hexanucleotide (trình tự gồm nucleotide) bắt cặp ngẫu nhiên với trình tự ngắn RNA Sau cDNA đƣợc khuếch đại nhờ Taq polymerase Ngƣời ta sử dụng ... phản ứng hóa học thủy giải đặc hiệu phân tử DNA, tạo thành tập hợp nhiều phân đoạn có kích thƣớc khác - Nguyên tắc enzyme học Sanger dựa vào tổng hợp mạch bổ sung cho trình tự cần xác định nhờ...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 06:20

... 4.2 Kết giải trình tự dạng peak Sense primer 34 Hình 4.3 Kết giải trình tự dạng peak Antisense primer 34 Hình 4.4 So sánh kết giải trình tự từ primer 35 Hình 4.5 Trình tự sợi ... virus PLRV kỹ thuật RT-PCR Đã giải đƣợc trình tự đoạn gen 336 bp cho kết tƣơng đồng 100% sau so sánh với trình tự gen virus PLRV ngân hàng gen iv MỤC LỤC PHẦN TRANG Trang tựa Lời cảm tạ ... pháp giải trình tự gen 11 2.4 Nghiên cứu nƣớc PVX, PVY PLRV khoai tây 12 2.4.1 Nghiên cứu nƣớc virus PVX, PVY PLRV 12 2.4.2 Nghiên cứu nƣớc virus PVX, PVY, PLRV 13 VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG...

Ngày tải lên: 28/07/2014, 06:20

... ảnh minh họa kỹ thuật giải trình tự theo phương pháp Sanger [13] Giải trình tự DNA chia làm bước lớn: PCR giải trình tự đọc trình tự máy tự động Bước 1: PCR giải trình tự Thành phần hỗn hợp phản ... Chạy điện di kiểm tra sản phẩm Bước 4: Giải trình tự sản phẩm PCR gồm bước: - Thực phản ứng PCR giải trình tự - Tinh sản phẩm PCR giải trình tự - Giải trình tự trực tiếp máy ABI-3100 2.3 Dụng cụ, ... dài nucleotid Sản phẩm PCR giải trình tự điện di đọc kết máy Bước 2: Đọc trình tự máy tự động Để thực đọc trình tự máy tự động mạch DNA đơn sản sinh ống phản ứng giải trình phải đánh dấu huỳnh...

Ngày tải lên: 07/10/2014, 01:31