HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀM NTSYSpc 2.1, WINBOOT VÀ MEGA 6.0 Phần mềm NTSYSpc 2.1, 2. Phần mềm Winboot 3. Phần mềm Mega 6.0 4. Vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81 5. Phần mềm BioPro
HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀM NTSYSpc 2.1, WINBOOT VÀ MEGA 6.0 Phần mềm NTSYSpc 2.1 a So sánh tương đồng - Mở phần mềm NTSYSpc 2.1 chọn Similarity chọn Qualitative data Input file (Data1.xls) Output file (đặt tên file Data1.NTS) Compute b Vẽ sơ đồ nhánh - Chọn Clustering chọn SAHN Input file (Data1.NTS) Output file (đặt tên Data1b.NTS) Compute - Có cách: • Chọn biểu tượng Plot tree góc bên trái để hiển thị hình vẽ • Chọn Graphics Chọn Tree plot Input file (Data1b.NTS) Compute Phần mềm Winboot a Tạo file dạng dat - Mở file Data2.xls chọn Save as lưu file dạng Text (Tab delimited) - Đến thư mục lưu file, chuyển Data2.txt thành Data2.dat b Chỉ số bootstrap - Mở phần mềm Winboot Input file format chọn Tab Browse File name chọn Data2.dat Ok Coefficient chọn Dice Samples chọn 2000 Compute Phần mềm Mega 6.0 a So sánh trình tự - Align Edit/Build Alignment Ok DNA Edit Insert Sequence From File chọn file text chứa trình tự định dạng FASTA Đánh dấu trình tự muốn so sánh (hoặc Ctrl A để chọn tất trình tự) Alignment Align by ClustalW Ok Save file thoát b Xây dựng phả hệ - File Open A File/Session chọn file save Analysis Phylogeny Construct/Test Maximum Likelihood Tree Yes Compute Vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81 Mở phần mềm ClustalX chèn trình vào chọn Load sequences, chèn nhiều trình tự vào chương trình bắt đầu từ trình tự thứ phải chọn Append Sequence Tab Alignment Do Complete Alignment Align Phần mềm BioPro Nhập số cột (Samples) số hàng (Species) tương ứng với số mẫu số mẫu band thí nghiệm Dán bảng hệ nhị phân vào vị trí Menu Tools chọn Options Cluster analysis Show Distance Show Similarities Show Distance Distance Equation theo Jacard Ok Trở lại menu Multivariate Cluster Analysis Chỉ số bootstrap: tần số xuất của mợt nhóm (cluster) sơ lần giản đồ thiết lập Đơn vị tính % (phần trăm) Theo Felsenstein (1985) bootstrap một công cụ hỗ trợ cho việc xây dựng phát sinh loài Chỉ số bootstrap nói lên đợ tin cậy của gần gũi thành viên của nhóm của phả hệ ... Do Complete Alignment Align Phần mềm BioPro Nhập số cột (Samples) số hàng (Species) tương ứng với số mẫu số mẫu band thí nghiệm Dán bảng hệ nhị phân vào vị trí Menu Tools chọn Options... Compute Vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81 Mở phần mềm ClustalX chèn trình vào chọn Load sequences, chèn nhiều trình tự vào chương trình bắt đầu từ trình tự thứ phải chọn Append... Trở lại menu Multivariate Cluster Analysis Chỉ số bootstrap: tần số xuất của mợt nhóm (cluster) sơ lần giản đồ thiết lập Đơn vị tính % (phần trăm) Theo Felsenstein (1985) bootstrap một