Hướng dẫn một số thao tác trên các phần mềm NTSYSpc 2.1

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀMNTSYSpc 2.1, WINBOOT VÀ MEGA 6.0 1.. Tạo file dạng .dat - Mở file Data2.xls  chọn Save as  lưu file dưới dạng Text Tab delimited - Đến thư mụ

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ THAO TÁC TRÊN CÁC PHẦN MỀM

NTSYSpc 2.1, WINBOOT VÀ MEGA 6.0

1 Phần mềm NTSYSpc 2.1

a So sánh tương đồng

- Mở phần mềm NTSYSpc 2.1  chọn Similarity  chọn Qualitative data  Input file (Data1.xls)  Output file (đặt tên file Data1.NTS)  Compute

b Vẽ sơ đồ nhánh

- Chọn Clustering  chọn SAHN  Input file (Data1.NTS)  Output file (đặt tên Data1b.NTS)  Compute

- Có 2 cách:

• Chọn biểu tượng Plot tree ở góc dưới bên trái để hiển thị hình vẽ

• Chọn Graphics  Chọn Tree plot  Input file (Data1b.NTS)  Compute

2 Phần mềm Winboot

a Tạo file dạng dat

- Mở file Data2.xls  chọn Save as  lưu file dưới dạng Text (Tab delimited)

- Đến thư mục đã lưu file, chuyển Data2.txt thành Data2.dat

b Chỉ số bootstrap

- Mở phần mềm Winboot  Input file format chọn Tab  Browse  File name chọn Data2.dat

 Ok  Coefficient chọn Dice  Samples chọn 2000  Compute

3 Phần mềm Mega 6.0

a So sánh trình tự

- Align  Edit/Build Alignment  Ok  DNA  Edit  Insert Sequence From File  chọn file text chứa các trình tự định dạng FASTA  Đánh dấu các trình tự muốn so sánh (hoặc Ctrl

A để chọn tất cả trình tự)  Alignment  Align by ClustalW  Ok  Save file  thoát

b Xây dựng cây phả hệ

- File  Open A File/Session  chọn file đã save  Analysis  Phylogeny  Construct/Test Maximum Likelihood Tree  Yes  Compute

4 Vẽ giản đồ phả hệ bằng ClustalX 1.81

Mở phần mềm ClustalX  chèn trình đầu tiên vào thì chọn Load sequences, khi chèn nhiều trình tự vào chương trình thì bắt đầu từ trình tự thứ 2 phải chọn Append Sequence

Tab Alignment  Do Complete Alignment  Align

5 Phần mềm BioPro

Nhập số cột (Samples) và số hàng (Species) tương ứng với số mẫu và số mẫu band trong thí

nghiệm  Dán bảng hệ nhị phân vào vị trí này

Menu Tools  chọn Options  Cluster analysis

Show Distance và Show Similarities  Show Distance  Distance Equation theo Jacard  Ok Trở lại  menu Multivariate  Cluster Analysis

Chỉ số bootstrap: là tần số xuất hiện của một nhóm (cluster) trên sô lần giản đồ được thiết lập Đơn vị tính là % (phần trăm) Theo Felsenstein (1985) bootstrap là một công cụ hỗ trợ cho việc xây dựng cây phát sinh loài Chỉ số bootstrap nói lên độ tin cậy của sự gần gũi các thành viên của nhóm của cây phả hệ