Đề tài này nghiên cứu phân tích đa dạng di truyền và mối quan hệ di truyền của 36 cây Na thu tại 5 huyện tỉnh Thái Nguyên trên cơ sở 12 chỉ thị phân tử RAPD... Kết quả phân tích đã chỉ ra với việc sử dụng 12 mồi RAPD đã nhân bản được tổng số 1471 băng ADN. Mời các bạn cùng tham khảo!
Công nghệ sinh học & Giống trồng ĐA DẠNG DI TRUYỀN CÁC MẪU NA (Annona squamosa) TẠI TỈNH THÁI NGUYÊN BẰNG KĨ THUẬT RAPD Nguyễn Thị Huyền1, Bùi Văn Thắng1, Vũ Thị Nguyên2, Phùng Thị Kim Cúc2, Hà Bích Hồng1 Trường Đại học Lâm nghiệp Công ty TNHH Xây dựng & Phát triển Nông nghiệp Xanh Thái Ngun TĨM TẮT Cây Na trồng nơng nghiệp có giá trị kinh tế tỉnh Thái Nguyên, đặc biệt Na trồng huyện Võ Nhai Việc sử dụng thị phân tử để đánh giá mức độ đa dạng di truyền mẫu Na tỉnh Thái Ngun góp phần phục vụ cơng tác đánh giá, bảo tồn làm sở cho chọn tạo giống Na nhằm phát triển kinh tế địa phương Trong nghiên cứu này, chúng tơi phân tích đa dạng di truyền mối quan hệ di truyền 36 Na thu huyện tỉnh Thái Nguyên sở 12 thị phân tử RAPD Kết phân tích với việc sử dụng 12 mồi RAPD nhân tổng số 1471 băng ADN Trong đó, có 1363 băng ADN đa hình chiếm 92,66% Số phân đoạn ADN trung bình nhân mẫu dao động lớn từ 0,8 đến 8,1 Hệ số tương đồng di truyền 36 mẫu Na dao động từ 0,54 - 0,94 phát sinh chủng loại phân thành nhóm Trong đó, nhóm gồm 33 mẫu chia thành phân nhóm 1a gồm mẫu 1b gồm 29 mẫu; nhóm gồm mẫu Các mẫu Na huyện Võ Nhai có mức độ tương đồng di truyền cao tương đối khác biệt so với mẫu Na huyện khác tỉnh Thái Nguyên Từ khóa: đa dạng di truyền, kĩ thuật RAPD, Na, Thái Nguyên ĐẶT VẤN ĐỀ Việt Nam nằm vành đai nhiệt đới gió mùa ẩm tạo nên đa dạng sinh thái, khí hậu có nhiều nét độc đáo đa dạng, tài nguyên đất, nước phong phú Điều kiện tự nhiên thuận lợi cho việc phát triển ăn quả, có Na Ở số tỉnh như: Thái Nguyên, Lạng Sơn… Na xếp vào loại ăn chủ lực, thúc đẩy phát triển kinh tế, góp phần xóa đói giảm nghèo Cây Na sớm cho quả, sản lượng cao, dễ dàng tiêu thụ nên chiếm vị trí quan trọng sản xuất nơng nghiệp phát triển kinh tế nhiều địa phương Thái Nguyên Tuy nhiên, nguồn gen Na Thái Nguyên phân bố rộng nhiều huyện nên phức tạp khơng đồng Do đó, việc nghiên cứu đa dạng di truyền nguồn gen Na Thái Nguyên có ý nghĩa việc bảo tồn tính đa dạng sinh học sử dụng có hiệu nguồn gen quý phục vụ cho công tác chọn, tạo nhân giống địa phương để phát triển kinh tế Trên giới, thị phân tử sử dụng phổ biến để nghiên cứu đa dạng di truyền loài thuộc chi Annona Ronning cộng (1995) nghiên cứu đa dạng số loài ăn chi Annona địa Mỹ sử dụng kĩ thuật RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA- DNA đa hình nhân ngẫu nhiên) Brown cộng (2003) sử dụng thị RAPD để nghiên cứu mối quan hệ di truyền chín lồi Annona muricata L., có mẫu thu thập Venezuela mẫu thu Brazil Ahmad cộng (2010) nghiên cứu đánh giá mối quan hệ di truyền bốn loài Annona thu thập từ nhiều nơi khác miền Nam đảo Andaman với tổng cộng 30 mồi ISSR 20 mồi RAPD Suratman cộng (2015) nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền Mãng cầu xiêm (A muricata L.) thu thập từ quần thể khác Java, Indonesia cách sử dụng thị RAPD tổng cộng 70 cá thể thu từ quần thể khu vực khác Brisibe cộng (2016) nghiên cứu đa dạng di truyền loài A muricata Linn Hasan cộng (2017) phân tích đa dạng di truyền loài A muricata L khu vực Tây Java Indonesia thị RAPD Ở nước ta, việc ứng dụng thị phân tử để nghiên cứu loài ăn thực nhiều (Nguyễn Bá Phú cộng sự, 2011; Trần Nhân Dũng Trần Thị Lệ Quyên, 2012; Vũ Văn Hiếu cộng sự, 2015) Các nghiên cứu chủ yếu sử dụng thị RAPD SSR để đánh giá mức độ đa dạng di truyền TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 Công nghệ sinh học & Giống trồng số loài ăn cam, quýt Trên đối tượng Na, nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền Việt Nam hạn chế Do đó, kết nghiên cứu cung cấp sở khoa học cho công tác chọn tạo giống quản lý nguồn gen, tạo tiền đề để phát triển giống Na cho hiệu kinh tế cao Thái Nguyên PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 Bảng Kí hiệu mẫu Na sử dụng cho nghiên cứu Kí hiệu Địa điểm thu mẫu N1.1 Xã Quang Sơn - Huyện Đồng Hỷ N1.2 Xã Quang Sơn - Huyện Đồng Hỷ N2.1 Xã Sông Cầu - Huyện Đồng Hỷ N2.2 Xã Sông Cầu - Huyện Đồng Hỷ N3.1 Xã Hóa Thượng - Huyện Đồng Hỷ N3.2 Xã Hóa Thượng - Huyện Đồng Hỷ N4.1 Xã Nhã Lộng - Huyện Phú Bình N4.2 Xã Nhã Lộng - Huyện Phú Bình N5.1 Xã Thượng Đình - Huyện Phú Bình N5.2 Xã Thượng Đình-Huyện Phú Bình N6.1 Xã Tân Hịa - Huyện Phú Bình N6.2 Xã Tân Hịa - Huyện Phú Bình N7.1 Xã n Đổ - Huyện Phú Lương N7.2 Xã Yên Đổ - Huyện Phú Lương N8.1 Xã Yên Ninh - Huyện Phú Lương N8.2 Xã Yên Ninh - Huyện Phú Lương N9.1 Xã Yên Trạch - Huyện Phú Lương N9.2 Xã Yên Trạch - Huyện Phú Lương N10.1 Xã Lâu Thượng - Huyện Võ Nhai N10.2 Xã Lâu Thượng - Huyện Võ Nhai N11.1 Xã La Hiên - Huyện Võ Nhai N11.2 Xã La Hiên - Huyện Võ Nhai N12.1 Xã Phú Thượng - Huyện Võ Nhai N12.2 Xã Phú Thượng - Huyện Võ Nhai N13.1 Xã Tràng Xá - Huyện Võ Nhai N13.2 Xã Tràng Xá - Huyện Võ Nhai N14.1 Xã Bình Long - Huyện Võ Nhai N14.2 Xã Bình Long - Huyện Võ Nhai N15.1 Xã Dân Tiến - Huyện Võ Nhai N15.2 Xã Dân Tiến - Huyện Võ Nhai N16.1 Xã Tiên Hội - Huyện Đại Từ N16.2 Xã Tiên Hội - Huyện Đại Từ N17.1 Xã Hồng Nơng - Huyện Đại Từ N17.2 Xã Hồng Nơng - Huyện Đại Từ N18.1 Xã An Khánh - Huyện Đại Từ N18.2 Xã An Khánh - Huyện Đại Từ 2.2 Phương pháp nghiên cứu 2.2.1 Tách chiết ADN tổng số 2.1 Vật liệu nghiên cứu Trong nghiên cứu này, thu thập 36 mẫu Na trưởng thành (cây sai quả, to, ngọt) huyện Đồng Hỷ, Phú Bình, Phú Lương, Võ Nhai Đại Từ tỉnh Thái Nguyên (Bảng 1) Các mẫu đánh số, bảo quản túi nhựa dẻo có chứa silicagel thực địa chuyển đến phịng thí nghiệm giữ nhiệt độ phịng đến phân tích ADN ADN tổng số tách chiết theo phương pháp CTAB (Cetyl trimethyl ammonium TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 Công nghệ sinh học & Giống trồng bromide) Saghai Maroof cộng (1984) với thay đổi nhỏ theo điều kiện phịng thí nghiệm Khoảng 100 mg mơ nghiền cối chày sứ 600 l đệm CTAB (4% CTAB thay 2%, 20 mM EDTA PH 8.0, 1,4M NaCl, 1% beta-mercaptoethanol, 100 mM Tris-HCl pH 8.0) Mẫu chuyển vào ống eppendorf 1,5 ml ủ 650C bể ổn nhiệt 30 phút, sau để nguội nhiệt độ phòng chiết xuất với thể tích chloroform:isoamylalcohoh (tỷ lệ thể tích 24:1) Các mẫu ly tâm 10.000 vòng/phút, 15 phút Pha dung dịch chuyển sang ống eppendorf 1,5 ml ADN kết tủa cách thêm 500 l isopropanol lạnh 60 phút -200C ly tâm 10.000 vòng/phút, 15 phút AND kết tủa sau rửa cồn 70% Làm khơ hịa tan ADN 100 l đệm TE 2.2.2 Phản ứng PCR-RAPD Phản ứng PCR thực máy PCR 9700 (GeneAmp PCR System 9700, Mỹ) với thành phần chu kì nhiệt trình bày bảng bảng Tên mồi, trình tự nucleotide mồi RAPD nhiệt độ gắn mồi mồi sử dụng nghiên cứu thể bảng Sản phẩm PCR-RAPD điện di gel agarose 1,5% Sau điện di, gel agarose nhuộm Ethilium bromide chụp ảnh Bảng Thành phần phản ứng PCR với mồi RAPD Thành phần Thể tích (μl) Nước deion khử trùng 7,5 Mồi (10 pmol) 1,5 PCR Master mix 2x 10,0 ADN tổng số 1,0 Tổng thể tích 20 Bước TT 10 11 12 Bảng Chu kì phản ứng PCR Phản ứng Nhiệt độ (oC) Biến tính ADN sợi kép thành 94 sợi đơn Biến tính ADN sợi kép thành 94 sợi đơn Gắn mồi 35 - 40 Tổng hợp (kéo dài) 72 Hoàn tất kéo dài chuỗi 72 Kết thúc phản ứng Tên mồi CP08 CP13 CP03 CP06 CP09 CP10 CP11 OPE20 RA142 OPB18 OPD11 RA159 Thời gian Chu kỳ phút 45 giây 45 giây phút phút ∞ 35 chu kỳ Bảng Trình tự mồi RAPD sử dụng nghiên cứu Trình tự mồi (5’-3’) Nhiệt độ gắn mồi AGGGAACGAG 38oC TGGACCGGTG 38oC AGGTGACCGT 38oC TGCGCCCTTC 38oC CCACAGCAGT 38oC GTGAGGCGTC 38oC CCGCATCTAC 38oC AACGGTGACC 35oC CCTTGACGCA 36oC CCACAGCAGT 35oC AGCGCCATTG 37oC GTTCACACGG 40oC TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 Công nghệ sinh học & Giống trồng 2.2.3 Phân tích số liệu Để đánh giá đa dạng di truyền mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu, sản phẩm PCR - RAPD xác định sau: = phân đoạn DNA xuất = phân đoạn DNA không xuất điện di sản phẩm PCR - RAPD 36 mẫu Na với 12 mồi RAPD Xác định hệ số tương đồng di truyền theo Nei Li (1979) lập biểu đồ hình để phân tích mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu tính theo hệ số di truyền Jaccard Jaccard kiểu phân nhóm UPGMA phần mềm NTSYS 2.1 (Exeter Software, Mỹ) KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Tách chiết ADN tổng số Nagori cộng (2014) nghiên cứu tách chiết ADN tổng số loài Na (Annona reticulate) cho thấy cơng việc khó khăn diện polysaccharides, tannin, polyphenol chất chuyển hóa thứ cấp khác làm cản trở trình tách chiết Trong nghiên cứu này, dựa phương pháp CTAB, ADN tổng số chiết xuất thành công từ tất mẫu Na nghiên cứu (Hình 1) Băng ADN thu tương đối sắc nét, tập trung phía đầu giếng không xuất vệt sáng giếng gel agarose 1% Các băng ADN có độ sáng cho thấy hàm lượng mẫu đồng Kết điện di cho thấy ADN tổng số bị đứt gãy ít, có độ tinh cao đủ tiêu chuẩn để sử dụng làm khuôn cho phản ứng PCR – RAPD Hình Hình ảnh điện di ADN tổng số 36 mẫu Na gel agarose 1% (giếng 1-36 thứ tự xếp 36 mẫu Na) 3.2 Đa hình phân đoạn ADN nhân từ 12 mồi RAPD Phân tích mối quan hệ di truyền 36 mẫu Na thu thập Thái Nguyên 12 thị RAPD cho thấy tất mồi ngẫu nhiên sử dụng nghiên cứu cho kết khuếch đại băng ADN tất mẫu với tổng số 1471 băng ADN nhân Trong đó, 1363 băng ADN đa hình (chiếm tỉ lệ 92,66%) với số phân đoạn ADN đa hình (các phân đoạn với kích thước khác so với thang chuẩn ADN 100 bp) 116 phân đoạn Số phân đoạn ADN trung bình mẫu dao động lớn từ 0,8 (ở mồi OPD11) đến 8,1 (ở mồi CP08) Từ tỉ lệ đa hình cao (75 - 100%) số phân đoạn ADN trung bình/ mẫu khác biệt lớn cho thấy mức độ đa dạng di truyền mẫu Na nghiên cứu hiệu sử dụng mồi RAPD cho kết tốt Ahmad Israr cộng (2010) sử dụng 20 mồi RAPD để đánh giá mối quan hệ di truyền bốn loài Na thu thập từ nhiều vùng địa lý khác miền Nam đảo Andaman nằm (giữa Ấn Độ Myanmar), kết tỷ lệ số phân đoạn đa hình chiếm 52% Tỷ lệ thấp so với mẫu Na sử dụng nghiên cứu Tương tự, Suratman cộng (2015) đánh giá đa dạng di truyền 70 cá thể Mãng cầu xiêm (A muricata L.) từ quần thể Java, Indonesia sử dụng thị phân tử RAPD Kết tạo 151 băng DNA đa hình với tỷ lệ phần trăm đa hình cho mồi dao động từ 95% đến 100% Tỷ lệ tương đương so với mẫu giống Na sử dụng nghiên cứu Từ thấy, chi Annona loài khác hay xuất xứ khác mức độ đa dạng truyền cá thể quần thể khác biệt TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 Công nghệ sinh học & Giống trồng Bảng Kết phân tích đa hình mồi RAPD nghiên cứu TT Tên mồi Số phân đoạn DNA khuếch đại Số phân đoạn đa hình Tỉ lệ đa hình (%) Tổng số băng DNA đa hình/mồi 10 11 12 CP08 CP13 CP03 CP09 CP10 OPE20 RA142 OPD11 RA159 OPB18 CP11 CP06 Tổng số 16 10 13 12 11 13 11 119 16 6 13 12 11 13 11 116 100 100 75 90 100 100 100 100 100 100 100 100 97,1 290 82 81 63 106 217 83 29 41 146 143 82 1363 Số phân đoạn DNA TB/mẫu 8,1 2,3 4,3 2,8 2,9 6,0 2,3 0,8 1,1 4,1 4,0 2,3 Hình Kết điện di sản phẩm PCR – RAPD với mồi CP03 (giếng 1-36 thứ tự xếp 36 mẫu Na; M-Marker 100 bp) Hình Kết điện di sản phẩm PCR – RAPD với mồi CP09 (giếng 1-36 thứ tự xếp 36 mẫu Na; M-Marker 100 bp) TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 Công nghệ sinh học & Giống trồng 3.3 Mối quan hệ di truyền 36 mẫu Na với thị phân tử RAPD Các số liệu phân tích PCR-RAPD xử lý phân tích chương trình NTSYSpc version 2.1 nhằm tìm khoảng cách di truyền mẫu nghiên cứu thông qua hệ số tương đồng di truyền biểu đồ hình Kết so sánh hệ số tương đồng di truyền theo cặp cho thấy, hệ số tương đồng cặp mẫu Na nghiên cứu nằm khoảng từ 0,21 (mẫu N9.1 thu xã Yên Trạch, huyện Phú Lương N16.2 thu xã Tiên Hội, huyện Đại Từ) đến 0,94 (các cặp mẫu N15.2 N15.1, N15.2 N13.1, cặp mẫu thu huyện Võ Nhai) Hệ số tương đồng di truyền phản ánh quan hệ di truyền mẫu Na Hệ số tương đồng mẫu lớn khoảng cách di truyền nhỏ ngược lại mẫu có hệ số tương đồng thấp mối quan hệ di truyền chúng xa Mẫu N9.1 (thu xã Yên Trạch, huyện Phú Lương) có khoảng cách di truyền xa với mẫu khác từ 0,24 (1 - 0,76) đến 0,79 (1 0,21), có khoảng cách di truyền xa với mẫu N16.2 thu xã Tiên Hội, huyện Đại Từ, mẫu thu từ huyện khác Phú Lương Đại Từ nên thấy mẫu có vị trí xuất xứ khác có khác biệt lớn Trong 36 mẫu nghiên cứu, có số cặp mẫu có hệ số tương đồng di truyền cao 90% cặp: mẫu N15.1 N15.2, N15.2 N13.1 (hệ số tương đồng di truyền 0,94), N3.2 N3.1 (hệ số tương đồng di truyền 0,93), N14.1 N14.2, N15.2 N10.2 (hệ số tương đồng di truyền 0,93) Có thể nhận thấy đặc điểm chung cặp mẫu có hệ số tương đồng di truyền cao 90% cặp mẫu đa số có địa điểm lấy mẫu theo cấp xã cấp huyện, theo vùng phân bố địa lý địa phương gần Hình Sơ đồ hình thể mối quan hệ di truyền 36 mẫu Na Sơ đồ hình tính theo hệ số Jaccard kiểu phân nhóm UPGMA mức độ sai khác di truyền 36 mẫu Na Các mẫu có hệ số di truyền giống tương tự xếp thành nhóm, nhóm lại có liên hệ với Qua hình cho thấy 36 mẫu Na chia thành nhóm (kí hiệu Nhóm Nhóm 2) với mức độ tương đồng di truyền 0,54 (54%) Nhóm gồm có 33 mẫu chia thành phân nhóm (phân nhóm 1a 1b) với mức TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CƠNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 Công nghệ sinh học & Giống trồng tương đồng di truyền tương đối 0,62 (62%): Phân nhóm 1a gồm mẫu: N16.1, N9.1, N18.1, N18.2; Phân nhóm 1b gồm 29 mẫu chia làm nhánh B1 B2 Trong đó, nhánh B2 gồm mẫu: N7.1, N7.2, N8.1, N8.2 N1.1 với hệ số tương đồng di truyền với mẫu khác phân nhóm 0,75 Các mẫu nhánh thu huyện Phú Lương huyện Đồng Hỷ hai địa phương có vị trí địa lý sát đồ hành tỉnh Thái Ngun Nhánh cịn lại B1 có 24 mẫu, bao gồm 12 mẫu thu huyện Võ Nhai, mẫu thu huyện Phú Bình, mẫu huyện Đồng Hỷ mẫu huyện Phú Lương Kết thu từ nhánh B1 cho thấy mẫu thu huyện Võ Nhai có quan hệ di truyền gần gũi có khác biệt lớn với mẫu Na thu từ địa phương khác Nhóm gồm mẫu N16.2, N17.1 N17.2, mức độ tương đồng di truyền 0,54 (54%) với nhóm Cả mẫu thu huyện Đại Từ Qua kết thu sơ thấy mẫu Na phân bố huyện Đại Từ có khác biệt di truyền lớn so với mẫu Na thu từ địa phương khác Kết phân tích cho thấy hệ số tương đồng di truyền mẫu dao động từ 0,54 đến 0,94 hay nói cách khác khoảng cách di truyền 36 mẫu nghiên cứu dao động từ 0,06 (6%) đến 0,46 (46%) Như vậy, mẫu Na phân tích có khoảng cách di truyền cao Kĩ thuật RAPD nhiều tác giả giới sử dụng để phân tích đa dạng di truyền loài chi Annona (Brown cộng sự, 2003; Ahmad cộng sự, 2010; Hasan cộng sự, 2017) Một số nghiên cứu trước như: Brown cộng (2003) sử dụng chị thị phân tử RAPD xác định mối quan hệ di truyền giống thuộc loài A muricata L., có giống thu thập Venezuela Brazil Mức độ tương đồng di truyền trung bình 0.5333, (0,2627 1.000) Ahmad cộng (2010) đánh giá mối quan hệ bốn loài thuộc chi Annona thu thập từ nhiều nơi khác miền Nam đảo Andaman với 20 mồi RAPD, kết phân tích cho thấy mức độ tương đồng di truyền dao động từ 0,31 đến 0,83 Gần đây, Hasan cộng (2017) phân tích đa dạng di truyền cá thể loài A muricata L khu vực Tây Java Indonesia thị phân tử RAPD Kết hệ số tương đồng di truyền loài dao động từ 0,451 đến 0,902 cho thấy mối quan hệ mẫu nghiên cứu chặt chẽ So với kết nghiên cứu cho thấy mức độ tương đồng di truyền mẫu Na nghiên cứu có khoảng cách di truyền xa Khoảng cách di truyền xa có ý nghĩa quan trọng công tác bảo tồn, nghiên cứu chọn tạo giống, đặc biệt lai tạo giống KẾT LUẬN - 12 mồi RAPD sử dụng, tất mồi cho tỉ lệ đa hình phân đoạn ADN cao, dao động từ 75 - 100% - Mức độ tương đồng di truyền 36 mẫu Na với 12 mồi RAPD dao động từ 0,54 đến 0,94, tương tứng với mức độ sai khác di truyền từ 6% đến 46% - Biểu đồ hình 36 mẫu Na phân làm 02 nhánh rõ ràng (nhánh I nhánh II) Trong đó, nhóm gồm 33 mẫu, nhóm gồm mẫu N16.2, N17.1 N17.2 với mức độ tương đồng di truyền với nhóm 0,54 (54%) TÀI LIỆU THAM KHẢO Ahmad Israr, Bhagat S., Sharma T.V.R.S., Krishna Kumar, Simachalam P and Srivastava R.C , 2010, ISSR and RAPD marker based DNA fingerprinting and diversity assessment of Annona spp in South Andamans, Indian Hort J 67(2), 147-151 Brisibe Ebiamadon Andi, Nneka Constance Ogbonna, Peter Nkachukwu Chukwurah, 2016, Characterization and selection of exploitable genetic diversity in soursop (Annona muricata Linn.) accessions based on phenotypic attributes and RAPD markers, Agroforestry Systems, 91(4), 781–793 Brown Jennifer, Hernán Laurentín, Martha Dávila, 2003, Genetic relationships between nine Annona muricata L accessions using RAPD markers, Fruits vol 58, 255 – 259 Hasan A E Z., Bermawie N., Julistiono H., Riyanti E I., Hasim, Artika I M and Khana P , 2017, Genetic Diversity Analysis of Soursop (Annona muricata L.) in West Java Region of Indonesia Using RAPD Markers, Annual Research & Review in Biology, 14(6), - TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 Công nghệ sinh học & Giống trồng Nagori R., Sharma P., Habibi N., Purohit D., 2014, An Efficient Genomic DNA Extraction Protocol for Molecular Analysis in Annona reticulate, National Academy Science Letters 37, 137–140 Nguyễn Bá Phú, Nguyễn Bảo Vệ, Bùi Thị Cẩm Hường, Trần Nhân Dũng, 2011, Nhận diện xác định mối quan hệ di truyền hai cá thể quýt đường không hột phát Đồng sông Cửu Long dấu phân tử DNA, Tạp chí Khoa học, 20a, 108 - 118 Ronning C.M and Schnell R.J., 1995, Using Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers to Identify Annona Cultivars, J AMER SOC HORT SCI 120(5),726 - 729 Suratman, Ari Pitoyo, Sri Mulyani, Suranto, 2015, Assessment of genetic diversity among soursop (Annona muricata) populations from Java, Indonesia using RAPD markers, Biodiversitas, 16, 247 - 253 Trần Nhân Dũng Trần Thị Lê Quyên, 2012, Nghiên cứu đa dạng di truyền giống, dòng măng cụt dựa dấu phân tử ISSR tỉnh Bình Dương, Tạp chí Khoa học, 23a, 253 – 261 10 Vũ Văn Hiếu, Nông Thị Huệ, Nguyễn Thị Oanh, Ninh Thị Thảo, Vũ Quang Sáng, Nguyễn Thị Phương Thảo, 2015, Phân tích đa dạng di truyền mẫu giống mẫu cam sành Hà Giang thị RAPD ISSR, Tạp chí Khoa học Phát triển, 13(6), 867 – 875 GENETIC DIVERSITY OF SUGAR APPLE (Annona squamosa) GENOTYPESIN THAI NGUYEN PROVINCE BY RAPD MARKERS Nguyen Thi Huyen1, Bui Van Thang1, Vu Thi Nguyen2, Phung Thi Kim Cuc2, Ha Bich Hong1 Vietnam National University of Forestry Thai Nguyen Green Agriculture Development and Construction Limited Liability Company SUMMARY Sugar apples (Annona squamosa) in Thai Nguyen province are one of the most valuable agricultural crops Assessing the genetic diversity of sugar apples may contribute to the evaluation and conservation as well as provide genetic information, which could be used for sugar apple breeding programss serving for local economic development 12 RAPD markers were used to analyze genetic diversity and genetic relationship of 36 trees of Sugar apples from five districts, Thai Nguyen province The results showed that 12 RAPD primers generated polymorphic patterns of PCR products A total of 1471 DNA bands were amplified from 36 sugar apple samples In which, there were 1363 polymorphic DNA bands (accounting for 92.66%) The average number of DNA fragments per genotype ranged from 0.8 to 8.1 The results also indicated that the similarity coefficient of 36 samples ranging from 0.54 to 0.94 and Cluster analysis using unweight pair group method with arithmetic average (UPGMA) revealed two groups from 36 the collected individuals in Thai Nguyen province In which, group consists of 33 genotypes and group includes genotypes Sugar apples in Vo Nhai district have a high level of genetic similarity but also relatively different from sugar apple samples in other districts of Thai Nguyen province Keywords: Annona squamosa, genetic diversity, RAPD, Thai Nguyen province Ngày nhận Ngày phản biện Ngày định đăng 10 : 07/9/2020 : 17/10/2020 : 03/11/2020 TẠP CHÍ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ LÂM NGHIỆP SỐ - 2020 ... giá đa dạng di truyền mối quan hệ di truyền mẫu nghiên cứu, sản phẩm PCR - RAPD xác định sau: = phân đoạn DNA xuất = phân đoạn DNA không xuất điện di sản phẩm PCR - RAPD 36 mẫu Na với 12 mồi RAPD. .. cặp mẫu thu huyện Võ Nhai) Hệ số tương đồng di truyền phản ánh quan hệ di truyền mẫu Na Hệ số tương đồng mẫu lớn khoảng cách di truyền nhỏ ngược lại mẫu có hệ số tương đồng thấp mối quan hệ di truyền. .. di truyền mẫu dao động từ 0,54 đến 0,94 hay nói cách khác khoảng cách di truyền 36 mẫu nghiên cứu dao động từ 0,06 (6%) đến 0,46 (46%) Như vậy, mẫu Na phân tích có khoảng cách di truyền cao Kĩ