(Luận văn thạc sĩ) nghiên cứu giám định một số loài giổi ăn hạt (michelia spp ) ở việt nam bằng chỉ thị hình thái và phân tử​

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT TRƢỜNG ĐẠI HỌC LÂM NGHIỆP TRẦN THỊ THU HIỀN NGHIÊN CỨU GIÁM ĐỊNH MỘT SỐ LOÀI GIỔI ĂN HẠT (Micheliaspp.) Ở VIỆT NAM BẰNG CHỈ THỊ HÌNH THÁI VÀ PHÂN TỬ CHUYÊN NGÀNH: CÔNG NGHỆ SINH HỌC M SỐ 42 02 01 LUẬN VĂN THẠC SỸ CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS TS VŨ QUANG NAM PGS TS BÙI VĂN THẮNG Hà Nội – 2018 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi, hướng dẫn khoa học giảng viên PGS.TS Vũ Quang Nam PGS.TS Bùi Văn Thắng – Viện Công nghệ sinh học trường Đại học Lâm nghiệp Các nội dung nghiên cứu, kết nêu đề tài trung thực chưa công bố nghiên cứu khác Luận văn sử dụng thông tin, số liệu từ báo nguồn tài liệu tác giả khác có trích dẫn thích nguồn gốc đầy đủ Nếu nội dung nghiên cứu trùng lặp với cơng trình nghiên cứu khác cơng bố, tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm tn thủ kết luận đánh giá luận văn hội đồng khoa học N i g y th g Người cam đoan Trần Thị Thu Hiền ii LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình học tập nghiên cứu trường Đại học Lâm nghiệp, thân l nh hội nhiều kiến thức qu báu nhận quan tâm, giúp đ từ phía nhà trường, gia đình bạn b đồng nghiệp Tơi xin gửi lời cảm n chân thành đến toàn th qu Thầy Cơ giáo trong, ngồi nhà trường, đến gia đình, bạn b đồng nghiệp ủng hộ, giúp đ , tạo điều kiện vật chất, tinh thần cho suốt thời gian vừa qua Luận văn tốt nghiệp hỗ trợ phư ng diện từ đề tài nghiên cứu khoa học c bản, tài trợ Quỹ Phát tri n khoa học công nghệ Quốc gia (NAFOSTED), giai đoạn 2017 – 2020, Mã số: 106.03– 2017.16 PGS.TS Vũ Quang Nam làm Chủ trì với tên “Nghiên cứu giám định loài Giổi hạt Việt Nam (Michelia spp.) bằ g phươ g ph p hì h thái, phân tử v si h th i” Tôi xin chân thành cảm n giúp đ qu báu đó! Tơi xin bày tỏ lòng biết n sâu sắc tới giáo viên hướng dẫn: PGS.TS Vũ Quang Nam PGS.TS Bùi Văn Thắng – Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp, Trường Đại học Lâm nghiệp hướng dẫn, bảo tạo điều kiện thuận lợi giúp đ tơi từ hình thành tưởng, q trình thực hoàn thành đề tài nghiên cứu khoa học Đặc biệt, xin cảm n cô giáo Th.S Nguyễn Thị Hải Hà cô giáo Th.S Nguyễn Thị Th Viện Công nghệ sinh học Lâm nghiệp trực tiếp hướng dẫn tơi thực thí nghiệm phân tử, phân tích số liệu đ luận văn hồn thành Mặc dù có nhiều cố gắng, đề tài nghiên cứu khoa học h n khơng tránh khỏi nh ng thiếu sót Kính mong nhận đóng góp kiến qu Thầy Cô giáo, bạn b đồng nghiệp đ đề tài nghiên cứu khoa học tơi hồn thiện h n Tôi xin trân trọng cảm n! N i g y th g Học vi n Trần Thị Thu Hiền iii MỤC LỤC Trang TRANG PHỤ BÌA LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC BẢNG CÁC TỪ VIẾT TẮT v DANH MỤC CÁC BẢNG vi DANH MỤC CÁC HÌNH vii Đ T VẤN ĐỀ Chƣơng TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1 Khái quát đối tượng nghiên cứu Ng h h Ng (Magnoliaceae) (Magnolioideae)……………………………………5 1.1.3 Chi iổi (Michelia L.) Lo i iổi hạt (Michelia spp.) 1.2 Tổng quan DNA mã vạch (DNA barcode) 12 iới thiệu DNA ã vạ h 12 C đặ điể bả ủ trì h tự DNA ã vạ h…………………… 14 M t số o us đượ sử dụ g tro g phươ g ph p DNA ã vạ h thự vật 16 1.3 Một số DNA mã vạch sử dụng nghiên cứu thực vật 19 1.4 Một số thành tựu nghiên cứu DNA mã vạch thực vật 24 1.5 Một số nghiên cứu loài Giổi ăn hạt 25 M t số ghiê ứu go i ướ …………………………………… 25 M t số ghiê ứu Việt N 26 iv Chƣơng NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 30 2.1 Nội dung nghiên cứu 30 2.2 Vật liệu nghiên cứu 30 2.3 Hóa chất thiết bị sử dụng nghiên cứu 31 ó 2.3 hất 31 2.3.2 Các thiết bị sử dụ g tro g ghiê ứu 32 2.4 Phư ng pháp nghiên cứu 33 2.4 hươ g ph p ghiê ứu hì h th i v vị trí ph 2.4 hươ g ph p ghiê ứu ph oại 33 tử 34 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 39 3.1 Kết nghiên cứu giám định loài Giổi ăn hạt 39 3.1.1 Về ph oại v hệ thố g h thự vật hi iổi ………………………39 3.1.2 Đặ trư g bả hì h th i ủ 3.1.3 Đặ điể hì h th i bả ủ o i tro g hi iổi ………… 42 o i iổi hạt……………………42 3.1.4 Khóa tra phân loại cho m t số lồi Giổi Việt Nam 52 3.2 Kết nghiên cứu giám định loài Giổi ăn hạt thị phân tử 53 3.2.1 Kết x 3.2.2 X đị h đoạ DNA ã vạ h ủ đị h v ph 3.2.3 X y dự g o i iổi hạt 53 tí h trì h tự u eotide ủ đoạ DNA ã vạ h 58 y ph t si h hủ g oại 67 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 71 Kết luận 71 Kiến nghị 72 TÀI LIỆU THAM KHẢO v DANH MỤC BẢNG CÁC TỪ VIẾT TẮT Viết đầy đủ Từ viết tắt Bp base pair CBOL Consortium for the Barcode of Life CTAB Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide DNA Deoxyribonucleic acid EDTA Ethylenediaminetetraacetic acid ITS Internal Transcribed Spacer kb kilobase NCBI National Centre for Biotechnology Information PCR Polymerase Chain Reaction PVP Polyvinyl pyrrolidone rDNA ribosome deoxyribonucleic acid RNA Ribonucleic acid Rnase Ribonuclease RUBISCO Rubilose – 1,5 – bisphosphate cacboxylase/oxygenase SDS Sodium dodecyl sulphate TAE Tris – Acetic acid – EDTA TE Tris – Ethylenediaminetetraacetic acid UV Ultra Violet v/p vòng/phút VNTR Variable number tandem repeat RFLP Restriction Fragment Length Polymorphisms LSC Large single – copy region SSC Small single – copy region vi DANH MỤC CÁC BẢNG T n bảng TT Trang 1.1 Phân bố số loài thuộc chi Giổi Việt Nam 2.1 Các mẫu Giổi ăn hạt Việt Nam nghiên cứu 30 2.2 Thành phần đệm tách A 31 2.3 Thành phần đệm tách B 32 2.4 Thành phần đệm TE (TE Buffer) 32 2.5 Trình tự thơng tin cặp mồi nghiên cứu 36 2.6 Thành phần phản ứng PCR 36 2.7 Chu kỳ phản ứng PCR 37 3.1 Kết đo hàm lượng độ mẫu DNA tổng số 54 Trình tự nucleotide gen atpB – rbcL phân lập từ mẫu Giổi ăn hạt 59 Kết so sánh trình tự nucleotide đoạn gen atpB – rbcL 3.3 mẫu Giổi ăn hạt với trình tự nucoleotide gen atpB – rbcL lồi Michelia alba với mã số Genbank AB623323.1 61 Trình tự nucleotide gen trnH – psbA phân lập từ mẫu Giổi ăn hạt 62 Kết so sánh trình tự nucleotide đoạn gen trnH – psbA 3.5 mẫu Giổi ăn hạt nghiên cứu với trình tự nucoleotide gen trnH – psbA loài Magnolia insignis (KY921716.1) 63 3.2 3.4 Kết so sánh trình tự nucleotide đoạn gen trnL intron mẫu Giổi ăn hạt với trình tự nucoleotide gen trnL intron loài 3.6 Michelia champaca (AY009041.1), Michelia baillonii 64 (AY009042.1), Magnolia laevifolia (MF583748.1) 3.7 So sánh trình tự nucleotide gen trnL – trnF mẫu Giổi ăn hạt nghiên cứu 66 vii DANH MỤC CÁC HÌNH TT 1.1 3.1A 3.1B Tên hình Cây Giổi xanh rừng tự nhiên Kon Hà Nừng Gia Lai Một phần Phylogeny hình thái th mối quan hệ phát sinh loài Michelia Một phần Phylogeny phân tử (ndhF sequences) th mối quan hệ phát sinh loài Michelia Trang 10 41 41 3.2 Cành mang hoa loài Giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis) 42 3.3 Một số đặc trưng hình thái chi Michelia L 43 3.4A 3.4B Hình thái non chồi búp loài thuộc chi Michelia L Một số đặc trưng hình thái vết sẹo lồi thuộc chi Michelia L 44 44 3.5 Giản đồ phát sinh chồi cành syllepsis prolepsis 45 3.6 Hình thái c quan sinh sản lồi thuộc chi Michelia 46 3.7 Hình thái lồi Giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis A.Chev) 49 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 Đặc m hình thái nhụy hoa số loài Giổi ăn hạt DNA tổng số mẫu Giổi ăn hạt tách chiết điện di gel agarose 1% Sản phẩm PCR nhân đoạn gen atpB – rbcL điện di gel agarose 1% Sản phẩm PCR nhân đoạn gen trnH – psb A điện di gel agarose 1% Sản phẩm PCR nhân đoạn gen trnL intron điện di gel agarose 1% 53 54 55 56 57 viii 3.13 3.14 3.15 3.16 3.17 Sản phẩm PCR nhân đoạn gen trnL – trn F điện di gel agarose 1% Cây phân loại dựa đoạn gen atpB – rbcL xây dựng MEGA (phư ng pháp Neighbor – joining) Cây phân loại dựa đoạn gen trnH – psbA xây dựng MEGA (phư ng pháp Neighbor – joining) Cây phân loại dựa đoạn gen trnL intron xây dựng MEGA (phư ng pháp Neighbor – joining) Cây phân loại dựa đoạn gen trnL – trnF xây dựng MEGA (phư ng pháp Neighbor – joining) 58 67 68 69 39 Đ T VẤN ĐỀ Lí chọn đề tài Đất nước Việt Nam tiếng với nhiều hệ sinh thái môi trường sống đa dạng, thiên nhiên ưu đãi có khí hậu nhiệt đới nóng ẩm gió mùa, đất đai màu m , n i có điều kiện tự nhiên khí hậu thích hợp cho nhiều lồi cối phát tri n Một quốc gia có hệ thực vật vô phong phú mang lại nhiều giá trị kinh tế cao, có lồi Giổi ăn hạt, nh ng loài mang nhiều giá trị không nghiên cứu khoa học mà thực tiễn đời sống Loài Giổi ăn hạt đề cập đến số tài liệu phân loại thực vật, thuốc, lâm đặc sản, Trong tài liệu đó, chúng nhắc đến lồi có phân bố khu vực miền núi phía Bắc tỉnh: Hịa Bình, Phú Thọ, V nh Phúc, Tuyên Quang, Hà T nh số tỉnh khác Việt Nam Loài Giổi ăn hạt nh ng loài số c quan tổ chức nghiên cứu phát tri n bảo tồn như: Vườn quốc gia Bến En (Thanh Hóa), Vườn quốc gia Xuân S n (Phú Thọ), Vườn quốc gia Tam Đảo (V nh Phúc) hay Sở Khoa học Công nghệ tỉnh Hịa Bình, v.v… Từ nh ng nghiên cứu trên, cộng thêm thông tin từ tài liệu liên quan Giổi ăn hạt lồi có giá trị, có th dùng làm thuốc gia vị, nghiên cứu, phát tri n Tuy nhiên, nh ng nghiên cứu hay phát tri n nguồn gen loài Giổi dừng lại quy mô hẹp, chưa đưa nh ng khuyến cáo c sở khoa học cần thiết cho việc bảo tồn phát tri n nguồn gen quý loài quy mô rộng H n n a, hầu hết nguồn hạt Giổi xuất phát từ số hộ gia đình số địa phư ng, mang tính tự phát, nhỏ lẻ đến từ thu gom lẻ tẻ số bà vùng núi cao; nhu cầu hạt Giổi ngày lớn Trong hầu hết tài liệu thống khơng thống thực 67 Michelia có trình tự gen atpB – rbcL, trnH – psbA, trnL intron trnL – trnF công bố ngân hàng Genbank (NCBI) Dựa vào đoạn trình tự nucleotide gen atpB – rbcL, trnH – psbA, trnL intron trnL – trnF, phư ng pháp Neighbor – joining (MEGA) xây dựng phát sinh tư ng ứng cho đoạn gen th mối quan hệ gi a loài nghiên cứu với số lồi cơng bố ngân hàng Genbank, sau: Hình 3.14 Cây phân loại dựa tr n đoạn gen atpB – rbcL xây dựng MEGA (phƣơng pháp Neighbor – joining) Cây phát sinh xây dựng dựa trình tự nucleotide gen atpBrbcL (Hình 3.13) cho thấy mẫu Mi.t.HN, Mi.t.HB, Mi.t.TH, Mi.t.GL (loài Michelia tonkinensis) mẫu Mi.c.GL (lồi Michelia citrata) phân nhóm với lồi Michelia alba (AB623323.1), có tỉ lệ nucleotide tư ng đồng 100% Các loài Magnalia insignis (KY921716.1), Michelia odora (JX280398.1) phân nhóm riêng lồi Magnalia sieboldii (AB055575.1) nhóm Kết cho thấy đoạn trình tự gen atpB – 68 rbcL phân tích có chiều dài 399 nucleotide giống 100% gi a loài Michelia tonkinensis, Michelia citrata Michelia alba nên thị khơng có đặc trưng cho lồi Hình 3.15 Cây phân loại dựa tr n đoạn gen trnH – psbA xây dựng MEGA (phƣơng pháp Neighbor – joining) Xây dựng phát sinh dựa trình tự nucleotide gen trnH – psbA (Hình 3.14) cho thấy mẫu Mi.t.HN, Mi.t.HB, Mi.t.TH, Mi.t.GL (loài Michelia tonkinensis) phân nằm nhóm, giống 100% khác biệt với lồi cịn lại Michelia citrata, Michelia alba, Magnolia insignis Magnolia utilis; loài khác nh u phân thành nhóm khác Kết cho thấy đoạn trình tự gen trnH – psbA phân tích đặc trưng cho lồi nên có th sử dụng trình tự gen trnH – psbA làm trình tự DNA mã vạch cho việc định danh lồi Michelia tonkinensis; cịn lồi Michelia citrata tiếp tục nghiên cứu thị với số mẫu nhiều h n có th đưa kết luận xác h n 69 Kết xây dựng phát sinh dựa trình tự nucleotide gen trnL intron (Hình 3.15) gen trnL – btrnF (Hình 3.16) Hình 3.16 Cây phân loại dựa tr n đoạn gen trnL intron xây dựng MEGA (phƣơng pháp Neighbor – joining) Hình 3.17 Cây phân loại dựa tr n đoạn gen trnL – trnF xây dựng MEGA (phƣơng pháp Neighbor – joining) Kết cho thấy mẫu nghiên cứu Mi.t.HN, Mi.t.HB, Mi.t.TH Mi.t.GL thuộc loài Michelia tonkinensis Michelia citrata phân thành nhóm với lồi Magnolia insignis Magnolia balansae Trình tự nucleotide gen trnL intron gen trnL – trnF có mức độ tư ng đồng cao gi a loài chi Michelia Magnolia 70 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận 1) Đã xác định phân loại, hệ thống học thực vật chi Giổi (Michelia L.) Mô tả đặc m hình thái c lồi chi Giổi, đặc biệt số đặc trưng c quan sinh sản hoa, hạt Giổi Xác định tên khoa học, tên đồng ngh a (synonym) loài Giổi ăn hạt xác định cung cấp thông tin thực vật học 02 loài Giổi mà hạt dùng làm gia vị, làm thuốc Việt Nam, là: lồi Giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis) loài Giổi xanh to (Michelia citrata) 2) Đưa minh chứng có khác biệt hình thái gi a loài Giổi xanh (Michelia mediocris) so với loài Giổi ăn hạt (Michelia tonkinensis) loài Giổi xanh to (Michelia citrata) nhụy dạng trụ dài, với nhiều nỗn rời, dạng trứng, khơng có cuống quả, khơng có eo thắt dạng “củ lạc” Từ đó, Khóa tra phân loại cho 03 lồi Michelia tonkinensis, Michelia citrata Michelia mediocris xây dựng 3) Nhân xác định trình tự gen atpB – rbcL, trnH –psbA, trnL intron trnL – trnF mẫu Giổi ăn hạt Việt Nam thuộc loài Michelia tonkinensis lồi Michelia citrata Kích thước đoạn gen khác nhau: gen atpB – rbcL 399 bp, trnH – psbA 332 bp, trnL intron 525 bp trnL – trnF 916bp Trình tự nucleotide gen trnH – psbA đặc trưng cho lồi, có khác biệt gi a loài chi Giổi Từ kết nghiên cứu có th sử dụng trình tự gen trnH – psbA làm thị đ giám định loài/ loài Giổi ăn hạt Việt Nam 4) Xây dựng phát sinh chủng loại dựa kết phân tích đoạn gen atpB – rbcL, trnH – psbA, trnL intron trnL – trnF, th mối quan hệ loài Giổi ăn hạt Việt Nam (Michelia tonkinensis Michelia 71 citrata) với số lồi thuộc chi Michelia Magnolia cơng bố ngân hàng gen NCBI 5) Từ kết nghiên cứu giám định loài Giổi ăn hạt thị hình thái phân tử, bước đầu cung cấp c sở d liệu khoa học phục vụ cho cơng tác bảo tồn phát tri n lồi/các loài Giổi ăn hạt Việt Nam Kiến Nghị 1) Tiếp tục có nh ng nghiên cứu nhằm hồn thiện, cung cấp cơng cụ xác việc giám định nhiều h n n a loài Giổi ăn hạt Việt Nam đặc m hình thái 2) Tiếp tục nghiên cứu đ xác định thêm thị DNA mã vạch phục vụ cho việc giám định loài Giổi ăn hạt Đăng k mã số trình tự DNA mã vạch xác định ngân hàng gen quốc tế NCBI đ cung cấp c sở d liệu trình tự DNA loài Giổi ăn hạt Việt Nam Bởi ngân hàng gen NCBI chưa có trình tự DNA mã vạch cơng bố loài Michelia tonkinensis Michelia citrata TÀI LIỆU THAM KHẢO TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT Nguyễn Tiến Bân (2003) D h ụ o i thự vật Việt N , NXB Nông nghiệp, Hà Nội Nguyễn Tiến Bân (2007), S h Đỏ Việt Nam, phần II – Thực vật NXB Khoa học tự nhiên Công nghệ, Hà Nội, 268 – 276 Võ Văn Chi (2003); Từ điể thự vật thô g dụ g Tập (2), từ G – Z; NXB Khoa học kỹ thuật Phạm, Mỹ Chinh (2018)."Nghiên cứu thành phần hóa h c hoạt tính sinh h c tinh dầu m t số b phận Giổi Xanh (Michelia mediocris Dandy) tỉnh Quảng Bình Trần Hồng Dũng, Lưu Phư ng Nam, Huỳnh Văn Hiếu (2014), “Mã vạ h DNA v hướ g ghiê ứu ứ g dụ g Việt N ”, Hội thảo quốc tế: hợp tác khoa học cơng nghệ phát tri n bền v ng nơng nghiệp Lâm Đồng – Tây Ngun Phạm Hồng Hộ, (1991, 1999) Cây cỏ Việt Nam, tập –3 NXB trẻ, Tp Hồ Chí Minh Bùi Văn Hư ng, Lưu Đàm Ngọc Anh, Nguyễn Thiên Tao, Từ Bảo Ngân (2014), Nghiê ủ ứu ph bố si h th i si h h v hiệ trạ g bảo tồ o i iổi chanh –Michelia citrata (noot & chalermglin) xã Tùng Vài, huyện quân Ba, tỉnh Hà Giang Tạp chí khoa học cơng nghệ ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên Công nghệ,Tập 30, Số 6S, – Nguyễn Tiến Hiệp, Nguyễn Trung Thành, Từ Bảo Ngân (2014), “Ghi hậ t số o i thu hi Mi he i L h Ng ” khu bảo tồn Bát Đại S n, huyện Quảng Bạ, tỉnh Hà Giang, Tạp chí Khoa học ĐHQGHN, Khoa học tự nhiên & Công nghệ, tập 30, số ,61 – 70 Nguyễn Quang Hiếu, Nguyễn Tiến Hiệp, Từ Bảo Ngân, Nguyễn Sinh Khang, (2015), “ Kết nghiên cứu bướ đầu thành phần loài (M g o i e e Juss )” tỉnh Hà Giang đánh giá thu c h Ng tình trạng bảo tồn chúng, Hội nghị Khoa học toàn quốc lần thứ sáu Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Hà Nội,: 130 – 136 10 Triệu văn Hùng (2007) “L sản gỗ Việt N ” dự án hỗ trợ chuyên ngành lâm sản ngồi gỗ Việt Nam 11 Nguyễn Đình Hưng, Nguyễn Bá (1991 1995), Cấu tạo giải phẫu gỗ m t số đại diện h Ng c lan (magnoliaceae), h hồi (illiciaceae) ghi đặ điểm phân loại Kết nghiên cứu khoa học công nghệ lâm nghiệp 1991 – 1995 – Tr.79 12 Nguyễn Đức Kiên, Ngô Văn Chính (2009); “Kết đ h gi si h trưở g ủ iổi x h Re g trê ô hì h rừ g trồ g” Trung tâm Nghiên cứu Giống rừng Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam 13 Đinh Đoàn Long, Đỗ Lê Thăng (2008), Cơ sở di truyề h phân tử tế bào, NXB Đại học Quốc gia Hà Nội, Hà Nội 14 Đỗ Tất Lợi (2006), Những thuốc vị thuốc Việt Nam, NXB Y học, Hà Nội 15 Vũ Quang Nam, Xia Nian – He (2010), “Bổ sung loài Michelia Fulva Chang et B.L Chen (h M c Lan – Magonoliaceae Juss.) cho hệ thực vật Việt N ” Tạp Chí sinh học, 32(2): 63 – 67 16 Vũ Quang Nam, Xia Nianhe, (2011), Bổ sung loài Michelia citrata (Noot & Chalermglin) Q N Vu & N H Xia(h M c lan– Magnoliaceae Juss.) cho hệ thực vật Việt Nam, Tạp chí sinh học, 33(4), 42 – 44 17 Vũ Quang Nam, (2012) M t số dẫn liệu loài giổi hạt thu c h M c lan (Magnoliaceae) Việt Nam, Tạp chí nơng nghiệp phát tri n nơng thơn, 3: 86 – 91 18 Vũ Quang Nam (2014) Khóa tra phân loại: Minh chứng từ h Ng c lan Việt Nam Tạp chí Nơng nghiệp Phát tri n nông thôn, 11: 130 – 136.) 19 Vũ Quang Nam, Đào Ngọc Chư ng 2017 M t số loài giổi hạt (Michelia spp.) Việt Nam Kỷ yếu Hội thảo quốc gia Sinh thái Tài nguyên sinh vật, lần thứ Hà Nội, trang 283 – 288 20 Nguyễn Hoàng Ngh a & cs (2010), h tí h đ dạng di truyền lồi Giổi xươ g (Michelia baillonii (Pierre) Fin.et Gagnep) thị phân tử Rapd cpSSR, Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam 21 Nhiều tác giả (2004), Cây thuố v đ ng vật làm thuốc Việt Nam, tập I, NXB khoa học kỹ thuật – Hà Nội, 872 – 873 22 Lê Đình Phư ng (2013), “Nghiên cứu m t số đặ điểm sinh vật h c kỹ thuật gieo ươ o i iổi (Michelia tonkinensis A.Chev)” vường quốc gia Bến Én, tỉnh Thanh Hóa, Luận văn thạc sỹ khoa học Lâm Nghiệp, trường đại học Lâm Nghiệp 23 Hoàng Thị Sản (2006); Phân oại h thự vật; NXB Đại học sư phạm 24 Bùi Văn Thắng, Nguyễn Thị Hải Hà, Vũ Quang Nam, Nguyễn Thế Đại, Phan Văn Quynh, Nguyễn Ngọc Ánh (2017) i định m t số o i Nư Thanh Hóa dẫn liệu hình thái phân tử Tạp chí Khoa học Công nghệ Lâm nghiệp (Trường ĐHLN, tháng 2017), 3: – 17 25 Nguyễn Ngh a Thìn (2007), C phươ g ph p ghiê ứu thực vật, NXB Đại học Quốc gia Hà Nội TÀI LIỆU TIẾNG NƢỚC NGOÀI 26 Baharum, S.N (2012), “Application of 16s rDNA and cytochrome b ribosomal markers in studies of lineage and fish populations structure of aquatic species”, Molecular biology reports, 39 (5), pp 5225 – 5232 27 Barcodes, P.P (2007), “Wanted: a barcode for plants”, Science, 318 (5848), pp 190 28 Bhargava, M and Sharma A (2013), “DNA barcoding in plants: Evolution and applications of in silico approaches and resources”, Molecular phylogenetics and evolution, 67 (3), pp 631– 641 29 Brown, B., Emberson R.M., and Paterson A.M (1999), “Mitochondrial COI and II provide useful markers for Wiseana (Lepidoptera: Hepialidae) species identification”, Bulletin of Entomological Research, 89 (04), pp 287 – 293 30 Burgess, K.S., Fazekas A.J., et al (2011), “Discriminating plant species in a local temperate flora using the rbcL + matK DNA barcode”, Methods in Ecology and Evolution, (4), pp 333 – 340 31 Borsch T., Hilu K W., Quandt D., Wilde V., Neinhuis C., Barthlott W (2003), “Noncoding plastid trnT – trnF sequeces reveal a well resolved phylogeny of basal angiosperms”, J Evol Biol (6), pp 558 – 576 32 Chen, B.L 1987 Four new species of Michelia from Yunnan, China Acta Sci Nat Univ Sunyatseni 3: 86 – 91 33 Chase, M.W., Cowan R.S., et al (2007), “A proposal for a standardised protocol to barcode all land plants”, Taxon, 56 (2), pp 295 – 299 34 Chase, M.W., Salamin N., et al (2005), “Land plants and DNA barcodes: short – term and long – term goals”, Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 360 (1462), pp 1889 – 1895 35 Chen, S., Yao H., et al (2010), “Validation of the ITS2 region as a novel DNA barcode for identifying medicinal plant species”, PloS one, (1), pp e8613 36 Chiou, S –J., Yen J –H., Fang C –L., Chen H –L., and Lin T –Y (2007), “Authentication of medicinal herbs using PCR – amplified ITS2 with specific primers”, Planta medica, 73 (13), pp 1421 – 1426 37 Clegg, M.T., Gaut B.S., Learn G.H., and Morton B.R (1994), “Rates and patterns of chloroplast DNA evolution”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 91 (15), pp 6795 – 6801 38 Fazekas, A.J., Burgess K.S., et al (2008), “Multiple multilocus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plant species equally well”, PLoS One, (7), pp e2802 39 Fazekas, A.J., Kesanakurti P.R., et al (2009), “Are plant species inherently harder to discriminate than animal species using DNA barcoding markers?”, Molecular Ecology Resources, (s1), pp 130 – 139 40 Ford, C.S., Ayres K.L., et al (2009), “Selection of candidate coding DNA barcoding regions for use on land plants”, Botanical Journal of the Linnean Society, 159 (1), pp 1– 11 41 Group, C.P.W., Hollingsworth P.M., et al (2009), “A DNA barcode for land plants”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 106 (31), pp 12794 – 12797 42 Hebert, P.D., Cywinska A., and Ball S.L (2003), “Biological identifications through DNA barcodes”, Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 270 (1512), pp 313 – 321 43 Hebert, P.D., Ratnasingham S., and De Waard J.R (2003), “Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit divergences among closely related species”, Proceedings of the Royal Society of London B: Biological Sciences, 270 (Suppl 1), pp S96 – S99 44 Hollingsworth, M.L., Andra Clark A., et al (2009), “Selecting barcoding loci for plants: evaluation of seven candidate loci with species – level sampling in three divergent groups of land plants”, Molecular Ecology Resources, (2), pp 439 – 457 45 Hollingsworth, P.M (2007), “DNA barcoding: potential users”, Genomics, Society and Policy, (2), pp 44 – 47 46 Hollingsworth, P.M (2011), “Refining the DNA barcode for land plants”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 108 (49), pp 19451 – 19452 47 Hollingsworth, P.M., Graham S.W., and Little D.P (2011), “Choosing and using a plant DNA barcode”, PloS one, (5), pp e19254 48 Hu, H.H (1940) & Cheng W.C (1951) Paramichelia and Paramanglietia, a new genus of Magnoliaceae Sunyatsenia 4: 142 – 145; 1(3 – 4): 255 –256 49 Karp, A., Seberg O., and Buiatti M (1996), “Molecular techniques in the assessment of botanical diversity”, Annals of Botany, 78 (2), pp 143 – 149 50 Kaur, S (2015), “DNA Barcoding and Its Applications”, International Journal of Engineering Research and General Science, (2), pp 602 – 604 51 Kolodner, R and Tewari K (1979), “Inverted repeats in chloroplast DNA from higher plants”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 76 (1), pp 41 – 45 52 Kress, W.J and Erickson D.L (2007), “A two-locus global DNA barcode for land plants: the coding rbcL gene complements the noncoding trnH – psbA spacer region”, PLoS one, (6), pp e508 53 Lahaye, R., Van Der Bank M., et al (2008), “DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 105 (8), pp 2923 – 2928 54 Law, Y.H (1979) A new genus of Magnoliaceae from China Acta Phytotax Sin 17(4): 72-74 317 – 320 and Law, Y.W (1997) Woonyoungia Law - A new genus of Magnoliaceae from China Acta Phytotax Sin 17(4): 353 – 356 55 Lee, S.Y., Ng W.L., Mahat M.N., Nazre M., and Mohamed R (2016), “DNA Barcoding of the Endangered Aquilaria (Thymelaeaceae) and Its Application in Species Authentication of Agarwood Products Traded in the Market”, PloS one, 11 (4), pp e0154631 56 Li, X., Yang Y., Henry R.J., Rossetto M., Wang Y., and Chen S (2015), “Plant DNA barcoding: from gene to genome”, Biological Reviews, 90 (1), pp 157 – 166 57 Miwa, H., Odrzykoski I.J., et al (2009), “Adaptive evolution of rbcL in Conocephalum (Hepaticae, bryophytes)”, Gene, 441 (1), pp 169 – 175 58 Nicolalde – Morejón, F., Vergara – Silva F., González – Astorga J., and Stevenson D.W (2010), “Ch r ter-based, population-level DNA barcoding in Mexi spe ies of Z i L (Z i e e: Cy d es)” Mitochondrial DNA, 21 (sup1), pp 51 – 59 59 Nicolalde – Morejón, F., Vergara – Silva F., González – Astorga J., Stevenson D.W., Vovides A.P., and Sosa V (2011), “A h r terbased approach in the Mexican cycads supports diverse multigene o bi tio s for DNA b r odi g”, Cladistics, 27 (2), pp 150 – 164 60 Nooteboom, H P (1985, 1993) Notes on Magnoliaceae with a revision of Pachylarnax and Elmerrillia and the Malesian species of Manglietia and Michelia Blumea 31: 65 – 121; pp 391 – 401 61 Ole S and Gitte P (2009), “ ow y o i does it t ke to DNA barcode a crocus?” PloS ONE 4(2), pp.4598 62 Pang, X., Liu C., et al (2012), “Utility of the trnH – psbA intergenic spacer region and its combinations as plant DNA barcodes: a meta – analysis”, PLoS One, (11), pp e48833 63 Schoch, C.L., Seifert K.A., et al (2012), “Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi”, Proceedings of the National Academy of Sciences, 109 (16), pp 6241 – 6246 64 Seifert, K.A (2009), “Progress towards DNA barcoding of fungi”, Molecular ecology resources, (s1), pp 83 – 89 65 Shaw, J., Lickey E.B., Schilling E.E., and Small R.L (2007), “Comparison of whole chloroplast genome sequences to choose noncoding regions for phylogenetic studies in angiosperms: the tortoise and the hare III”, American journal of botany, 94 (3), pp 275 – 288 66 Shen, Y –Y., Chen X., and Murphy R.W (2013), “Assessing DNA barcoding as a tool for species identification and data quality control”, PLoS One, (2), pp e57125 67 Suárez – Díaz, E and Anaya-Munoz V.H (2008), “History, objectivity, and the construction of molecular phylogenies”, Studies in History and Philosophy of Science Part C: Studies in History and Philosophy of Biological and Biomedical Sciences, 39 (4), pp 451468 68 Savolainen V., and Chase M W (2003), “ A decade of progress in plant molecular phylogenetics”, Trends Genet, (19), pp, 717 – 724 69 Taberlet, P., Coissac E., et al (2007), “Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding”, Nucleic acids research, 35 (3), pp14 70 V Q N., (2017), Michelia Plants of Việt Nam Lambert Academic Publishing, Germany, pp 80 71 Vijayan K, and Tsou C H (2010) “DNA barcoding in plants: taxonomy in a new perspective” Current scence, vol 99, pp 1530 – 1540 72 Van DeWiel C C M., Van Der Schoot J., Van Valkenburg J L., Duistermaat C H., Smulders(2009), “DNA barcoding discriminates the noxious invasive plants species, floating pennywort (Hydrocotyleranunculoides L.f.), from non – invasive relative” Molecular Ecology Resources(9), pp.1086 – 1091 73 Van den Berg C., Higgins W E., Dressler R L., Whitten W M., Soto Arenas M A., Culham A., Chase M W (2000), “A phylogenetic analysis of Laeliinae (Orchidaceae) base on sequence data from nuclear internal trancribed spacers (ITS) of ribosomal DNA”, Lindleyana (15), pp 96114 74 Wang, W., Wu Y., Yan Y., Ermakova M., Kerstetter R., and Messing J (2010), “DNA b r odi g of the Le e e f i y of qu ti o o ots” BMC Plant Biology, (10), pp 205 75 Xia N H., Liu Y H and Nooteboom H P,(2008), Magnoliaceae, Flora of China, Science Press (Beijing) & Missouri Botanical Garden Press (St Louis) 7, 48 – 91 76 Xingfeng Zhao, Yongpeng Ma, Weibang Sun, Xiangying Wen, ADN Richard Milne (2012), “High Genetic Diversity ADN Low Differentiation of Michelia coriacea (Magnoliaceae), a Critically Endangered Endemic in Southeast Yunnan, China”, Int J Mol Sci 13, 4396 – 4411; doi:10.3390/ijms13044396 77 Yao, H., Song J., et al (2010), “Use of ITS2 region as the universal DNA barcode for plants and animals”, PloS one, (10), pp.13102 78 Yu, J., Xue J.H., and Zhou S.L (2011), “New universal matK primers for DNA barcoding angiosperms”, Journal of Systematics and Evolution, 49 (3), pp 176 – 181 79 Yong H L., Jinlan R., Shilin C., Jingyuan S., Kun L., Dong L and Hui Y.(18 December, 2010) “Authentication of Taxillus chinensis using DNA barcoding technique”, Journal of Medicinal Plants Research Vol 4(24), pp 2706 – 2709 80 Zhang X, Shen S, Wu F ADN Wang Y (2017), “Inferring Genetic Variation ADN Demographic History of Michelia yunnanensis Franch (Magnoliaceae) from Chloroplast ADN Sequences ADN Microsatellite Markers”, Front Plant Sci 8:583 doi: 10.3389/fpls.2017.00583 81 Zhang, X.H & H.N Xia 2007 Leaf architecture of subtribe Micheliinae (Magnoliaceae) from China and its taxonomic significance Acta Phytotax Sin 45(2): 167 – 190 82 Zhang, X.H & H.N Xia 2007 A karyomorphological study of the genera Michelia and Manglietia (Magnoliaceae) Caryologia 60(1-2): 52 – 63 83 Zhang, Z.R., L.C Luo, D Wu & Z.Y Zhang 2009 Two genetically distinct units of Sinomanglietia glauca (Magnoliaceae) detected by chloroplast PCR – SSCP J Sys Evol 47(2): 110 – 114 ... xác thị hình thái phân tử, từ góp phần quan trọng việc bảo tồn phát tri n loài/ các loài Giổi ăn hạt Việt Nam Mục tiêu nghiên cứu  Mục tiêu tổng quát Nghiên cứu giám định số loài Giổi ăn hạt Việt. .. quả, hạt Xuất phát từ lý luận thực tiễn nói trên, tơi thực đề tài: ? ?Nghiên cứu giám định số loài Giổi ăn hạt (Michelia spp. ) Việt Nam thị hình thái phân tử” Kết nghiên cứu cung cấp nh ng c sở d... 3 - Xác định số thị DNA mã vạch (DNA barcoding) số loài Giổi ăn hạt Việt Nam - Xây dựng phát sinh hình thái phân loại dựa nh ng đoạn gen phân lập từ mẫu thu thập loài Giổi ăn hạt Việt Nam Đối