Cập nhật các phương pháp xét nghiệm vi sinh mới trong thực hành lâm sàng

Cập nhật phương pháp xét nghiệm vi sinh thực hành lâm sàng Phạm Hùng Vân Khảo sát trực tiếp Bệnh phẩm KQ nhanh Độ nhạy Đặc hiệu Hoá miễn dịch KQ nhanh Tự động Độ nhạy Đặc hiệu Huyết học KQ nhanh Tự động Độ nhạy Đặc hiệu Nuôi cấy phân lập KQ chậm Tiêu chẩn vàng Độ nhạy Mâu thuẩn kết thực tế kết cấy với khác thực tế điều trị  Có thể có mẫu thuẩn bệnh phẩm loại bệnh phẩm có tạp nhiễm đàm, phân, quệt âm đạo, quệt họng, quệt mủ hay trình lấy xét nghiệm bị ngoại nhiễm cấy máu, cấy DNT…và vi khuẩn cấy vi khuẩn gây bệnh mà vi khuẩn quần cư hay tạp nhiễm  Có thể có mâu thuẩn PTN khơng có đầy đủ mơi trường phân lập để cấy vi khuẩn thường tác nhân gây bệnh lại khó mọc VI SINH CAP CAP/COPD KẾT QUẢ NUÔI CẤY Nghiên cứu REAL 2016-2017 (N=271) Website HHH TP.HCM 12.18 11.81 9.59 7.75 5.17 2.95 2.58 2.21 1.11 0.37 0.74 0.74 1.11 0.37 Mâu thuẩn kết thực tế “soi không thấy, cấy không ra” lâm sàng có nhiễm khuẩn Tác nhân vi sinh gây CAP trẻ em KÊT QUẢ NUÔI CẤY KHÔNG GIÚP CHO LÂM SÀNG  Trần Quang Khải (2016) Luận văn Thạc Sĩ nhi Thực BV NĐ1 Đối tượng: 66 bệnh nhi xác định viêm phổi thùy Mẫu cấy: NTA tin cậy Cả 66 trường hợp cho KQ cấy [-]  Ngơ Chí Thịnh (2016) Luận văn CKII nhi Thực BV NĐ1 Đối tượng: 48 bệnh nhi viêm phổi nặng không đáp ứng điều trị Mẫu cấy: NTA tin cậy Cả 48 trường hợp cho KQ cấy [-]  Bùi Lê Hữu Bích Vân (2015) Luận văn Thạc Sĩ nhi Thực BV NĐ1 Đối tượng: 32 bệnh nhi CAP không đáp ứng KS bước đầu Mẫu cấy: NTA tin cậy Chỉ trường hợp cho KQ cấy [+] Đa số trường hợp tiêu chảy xét nghiệm vi sinh thường âm tính     Tiêu chảy nguyên nhân khác virus (rotavirus, norovirus), thẩm thấu, đau bao tử, hay rối loạn tiêu hoá khác Tiêu chảy tác nhân vi khuẩn ngồi khả phịng thí nghiệm: E coli (EPEC, ETEC, EIEC, EHEC, VETEC), S aureus tiết enterotoxin; Campylobacter Jejuni, Clostridium difficille, Y enterocolitica; Không dùng phương tiện để lấy chuyên chở bệnh phẩm, Bệnh nhân dùng kháng sinh trước lấy mẫu nên cấy vi khuẩn gây bệnh có phân Tác nhân lây truyền đường tình dục hạn chế phương pháp vi sinh truyền thống     Những tác nhân C trachomatis, Mycoplasma, Ureaplasma, HSV… có vai trị bệnh lý muộn, nhiễm trùng sinh dục KSTT giới hạn cho G vaginalis, Candida, N gonorrhoeae, T vaginalis KSTT có lợi điểm KQ nhanh, có độ nhạy độ đặc hiệu thấp Khơng có khả phát tác nhân khơng thấy hay khơng cấy Khơng có hổ trợ từ kết vi sinh LẠM DỤNG KHÁNG SINH THẤT BẠI KS KINH NGHIỆM LẠM DỤNG KS THẤT BẠI ĐIỀU TRỊ ĐỀ KHÁNG KS LÝ DO NUÔI CẤY THẤT BẠI LÝ DO CHỦ QUAN KHÓ KHẮC PHỤC LÝ DO KHÁCH QUAN KHÔNG THỂ KHẮC PHỤC Tác nhân thường gặp lại khó ni cấy (S pneumoniae, Bệnh nhân dùng trước phân nên khuẩn H influenzae), đòi kháng hỏi sinh mơi trường lập ítvicó sẵn khơng mẫumẫu đàmnếu (nhưng Khơng đánhcịn giá sống độ tintrong cậy mẫu bị cịn tạp dịch nước lót phế nang mô phổi) nhiễm (đàm, tiểu, sinhhay dục) Tác nhân cấy gửi cácđến phịng  Bệnh phẩmkhơng đượcni cấy chậm PTN, thí nghiệmđược lâm cấy sàngngay (vi khuẩn khơng điển hình, virus) khơng  Không biết cách đánh giá kết nuôi cấy để chọn VK gây bệnh    Tỷ lệ tác nhân phát 142 trường hợp [+] 60 54.9 50 40 31.7 30 20 14.1 8.5 10 2.1 0.7 0.7 8.5 1.4 1.4 2.8 1.4 3.5 0.7 9.2 6.3 1.4 2.1 1.4 0.7 TIÊU CHẢY NGƯỜI LỚN PHÂN TÍCH KẾT QUẢ 250 CASE 25 EH ED DF GL SAL SHI C je 20 15 10 E histolytica E dispar D fragilis G lamblia Salmonella Shigella C jejuni 0.4 1.2 EH ED 19.2 9.6 7.2 5.2 2.4 1.6 DF GL 7.2 2.4 SAL 2.4 SHI ETEC STEC EPEC 12 C coli C je 10.8 PHÁT HIỆN ĐƯỢC TÁC NHÂN: 162 (64.8%) 10 EIEC 0.8 6 1.2 Rota A 0.4 Rota C 1.6 1.2 Noro I Noro II Astro 2.4 1.2 Sapo 0.4 0.4 Aichi Parecho Entero Boca 1.2 Safford CAS ĐẶC BIỆT Trường hợp cháu 8th tiêu đàm máu kéo dài Bệnh nhi nam 8th, tiêu chảy phân đàm máu kéo dài nhiều tháng, có lúc bớt trở lại Làm xét nghiệm cấy phân MEDIC, kết khơng tìm thấy vi khuẩn gây bệnh Bác sĩ có đợt cho cháu Cipro bớt lại tái phát Được chẩn đốn tiêu chảy khơng hợp với sửa khuyến cáo đổi sửa Ngày 4/9/18, dược khuyên làm realtime PCR phát tác nhân tiêu chảy Kết Salmonella Giải trình tự S enteritica real-time PCR phát tác nhân gây STD GIẢI PHÁP TOÀN DIỆN Mẫu thử Quệt SD, Ntiểu Tách chiết NA Thực Real-time PCR MPL1 NGR, CHL N gonorrhoeae C trachomatis MPL2 HSV, TP HSV1 HSV2 T pallidum MPL2 TV, CA, GV, GBS T vaginalis C albicans G vaginalis Streptococci G B MPL4 MG, LGV, UU UP M genitalium M hominis U urealyticum U parvum TÁC NHÂN STD KẾT QUẢ TRÊN 277 MẪU XÉT NGHIỆM 60 50 50.54 40 30 MGE UU UP GV MH CHL NG CA GBS HSV1 HSV1 POS M genilatum U urealyticum U parvum G vaginalis M hominis C trachomatis N gonorrhoeae C albicans Group B strep Herpes simplex Herpes simplex Positive [+] 0.72 5.11 tác nhân tác nhân 10.95 tác nhân tác nhân 51.09 tác nhân 32.12 27.08 18.05 20 8.66 10 7.94 7.94 3.25 2.89 4.33 1.08 2.89 1.08 POS MGE UU UP CA GV HSV1 HSV2 CHL NG GBS MH CAS ĐẶC BIỆT Trường hợp loét họng lậu Bệnh nhân nữ làm xét nghiệm vết loét họng lâu lành Xét nghiệm tìm GAS (Group A streptococci) [-] Làm xét nghiệm STD kết [+] N gonorrhoeae Ni cấy tìm N gonorrhoeae Thời đại 4.0 nên hành vi SEX thay đổi, bệnh lý thay đổi đến bất ngờ Rubella virus Measles virus Zika virus Varicella-Zoster CMV EBV HHV6 Parvovirus B19 Adenovirus T Pallidum T gondii real-time PCR phát TORCH GIẢI PHÁP GIẢI QUYẾT MỐI LO CHO SẢN PHỤ Mẫu thử MÁU, ỐI, QUỆT Tách chiết NA Thực Real-time PCR MPL1 RUB, MEA, ZIKA Rubella virus Measles virus Zika virus MPL2 VZV, CMV, EBV, HHV6 Varicella-Zoster CMV EBV HHV6 MPL3 B19, TP, Tgon, Adeno Parvovirus B19 Adenovirus T Pallidum T gondii CAS ĐẶC BIỆT Song thai IVF có thai T pallidum [+] Một cặp vợ chồng làm IVF song thai Một hôm vợ thấy mẫn đỏ da giống phát ban Lo sợ nên đến khám nơi làm IVF BS cho chọc ối để làm real-time PCR phát Rubella Do phịng xét nghiệm Nam Khoa có TORCH real-time PCR nên làm tất tác nhân TORCH Kết không ngờ thai bên trái cho kết bình thường, thai bên phải lại [+] T pallidum với nồng độ cao (Ct#28) làm xét nghiệm lần cho kết BS cho làm xét nghiệm huyết học tìm kháng thể đặc hiệu giang mai vợ chồng cho kết [+] real-time PCR phát định type HPV GIẢI PHÁP TIÊN TIẾN KHÔNG KHÁC ÂU MỸ Mẫu thử Quệt CTC, SD Tách chiết NA Thực Real-time PCR MPLdetection 16, 18, 6, 11, HR, LR Phát HPV (16, 18, 6, 11, low risk thêm 3, high risk thêm 13) Real-time PCR dùng mồi taqman probe có độ nhạy độ đặc hiệu cao MPLgenotype 20 genotype 6, 11, 16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 42, 43, 44, 45, 51, 52, 55, 56, 58, 66, 68 Qui trình xét nghiệm H pylori QUI TRÌNH VI SINH + SHPT NKPylori test NKHPcarrier Xét nghiệm SHPT • • • Cấy phân lập vào MT chuyên dụng cho HP (NKHPAgar) Phát HP (cagA/vacA) Kiểu gen CYP2C19 Phát ClaR, LevoR Kết sau 24 Ủ 37oC/vi hiếu khí/4 ngày Khơng VK mọc Có VK mọc KQ cấy [-] Định danh KSĐ CUNG CẤP GIẢI PHÁP TOÀN DIỆN CHO MỘT BỆNH LÝ THƯỜNG GẶP KQ cấy [+] KQ KSĐ sau ngày Real-time PCR vi sinh lâm sàng GIẢI PHÁP KHÔNG THỂ THIẾU ĐƯỢC CHO NHIỀU BỆNH LÝ  Chẩn đoán xác định tác nhân vi sinh trong: Dịch não tủy, máu, nhiễm trùng mắt, nấm móng…  Chẩn đốn xác định nhiễm lao, NTM  Giúp định theo dõi điều trị HBV, HCV  Nhanh chóng phát tác nhân gây dich phòng xét nghiệm lâm sàng (không ATSH CIII) Zika, cúm, SXH, Liên cầu lợn… Kết real-time PCR GIÚP CHỌN KHÁNG SINH ĐIỀU TRỊ?  S pneumoniae: kháng macrolide, cephalo 2nd, Co-tromoxazol, Tetracycline Nhạy tốt với Amox/clav, Cephalo 3rd, FQ…  H influenzae, M catarrhalis: Kháng Ampi Amox; nhạy cao Amox/clav, Cephalo 2nd, Macrolide thề hệ  E coli, K pneumoniae ESBL nên ưu tiên carbapenem nhóm  S aureus có tỷ lệ cao MRSA nên khơng dùng kháng sinh beta-lactam  P aeruginosa Pseudomonas ưu tiên cephalo 3rd hay FQ hướng  A baumannii XDR nên dùng phối hợp carbapnem nhóm + Colistin hay sulbactam Real-time PCR vi sinh lâm sàng THUẬN LỢI HƠN VI SINH TRUYỀN THỐNG  Bệnh phẩm dễ lưu trữ vận chuyển o Có thể lưu tủ mát không 24 o Nếu giữ -18 đến -20oC lâu o Rất thuận lợi để chuyển từ xa  Qui trình xét nghiệm dễ chuẩn hóa  Kết ngày nhận buổi sáng  Giúp sớm điều chỉnh KS bước đầu mà không cần phải dùng liệu pháp kinh nghiệm KẾT LUẬN  Vi sinh truyền thống (KSTT, cấy, huyết ) xét nghiệm cần thiết hữu dụng lâm sàng  Tuy nhiên vi sinh truyền thống có hạn chế khó thể khắc phục  Các giải pháp định danh – KSĐ tự động, cấy máu tự động, định danh nhanh MADI-TOF không giúp nhiều chất lượng phòng xét nghiệm VSLS  Rất cần thiết phải áp dụng real-time PCR giải pháp giúp phòng VSLS nâng cao hẳn chất lượng  KSTT y tế quận phường – nuôi cấy y tế tỉnh thành – vi sinh đại y tế trung ương quốc tế