Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)

Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)Nghiên cứu tính kháng kháng sinh nhóm betalactam và gen mã hóa betalactamase của Escherichia coli và Klebsiella pneumoniae ở bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết (Luận án tiến sĩ)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG VIỆN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Y DƯỢC LÂM SÀNG 108 TRỊNH VĂN SƠN NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH NHĨM BETA-LACTAM VÀ GEN MÃ HÓA BETA-LACTAMASE CỦA ESCHERICHIA COLI VÀ KLEBSIELLA PNEUMONIAE Ở BỆNH NHÂN NHIỄM KHUẨN HUYẾT LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC Hà Nội - 2021 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ QUỐC PHÒNG VIỆN NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Y DƯỢC LÂM SÀNG 108 TRỊNH VĂN SƠN NGHIÊN CỨU TÍNH KHÁNG KHÁNG SINH NHĨM BETA-LACTAM VÀ GEN MÃ HÓA BETA-LACTAMASE CỦA ESCHERICHIA COLI VÀ KLEBSIELLA PNEUMONIAE Ở BỆNH NHÂN NHIỄM KHUẨN HUYẾT Chuyên ngành: Truyền nhiễm bệnh nhiệt đới Mã số: 62 72 01 53 LUẬN ÁN TIẾN SĨ Y HỌC HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Lê Hữu Song TS Nguyễn Đăng Mạnh Hà Nội - 2021 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi với hướng dẫn khoa học tập thể cán hướng dẫn Các kết nêu luận án trung thực công bố phần báo khoa học Luận án chưa công bố Nếu có điều sai tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm Tác giả NCS Trịnh Văn Sơn ii LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc, Phịng sau đại học, Bộ mơn Truyền nhiễm bệnh nhiệt đới – Viên Nghiên cứu Khoa học Y Dược lâm sàng 108/Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 cho phép tạo điều kiện thuận lợi cho tơi suốt q trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận án Tơi tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới người thầy hướng dẫn là: PGS TS Lê Hữu Song, TS Nguyễn Đăng Mạnh tận tình hướng dẫn, tạo điều kiện tốt cho tơi q trình học tập hồn thiện luận án Tơi xin chân thành cảm ơn Bác sỹ, Điều dưỡng, Kỹ thuật viên Viện Lâm sàng bệnh Truyền nhiễm, Khoa Sinh học phân tử, Khoa Vi sinh Y học, Trung tâm Nghiên cứu Y học Việt Đức - Bệnh viện Trung ương Quân đội 108 Tôi xin trân trọng cảm ơn thầy, cơ, bạn đồng nghiệp ngồi sở đào tạo đóng góp ý kiến quý báu cho luận án Cuối cùng, vô quan trọng, xin trân trọng gửi lời cảm ơn tới gia đình, người ln bên cạnh động viên tơi lúc khó khăn Luận án quà thể tình cảm xâu sắc xin gửi đến người vợ khuấn gái thân yêu Hà Nội, ngày 20 tháng 04 năm 2021 NCS Trịnh Văn Sơn iii MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan ……………………………………………………………… i Lời cảm ơn ………………………………………………………………… ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng ix Danh mục biểu đồ xii Danh mục sơ đồ …………………………………………………………… xiii Danh mục hình …………………………………………………………… xiii ĐẶT VẤN ĐỀ Chương 1: TỔNG QUAN Tình hình nguyên gây nhiễm khuẩn huyết 1.1.1 Tình hình nhiễm khuẩn huyết 1.1.2 Căn nguyên gây nhiễm khuẩn huyết Kháng sinh kháng kháng sinh 1.2.1 Kháng sinh: khái niệm chế tác dụng 1.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 1.2.3 Kháng kháng sinh nhóm beta-lactam 1.2.4 Tình hình kháng kháng sinh 12 Họ vi khuẩn đường ruột khả sinh enzym beta-lactamase 17 1.3.1 Họ vi khuẩn đường ruột (Enterobacteriaceae) 17 1.3.2 Enterobacteriaceae sinh betalactamase 17 1.3.3 Các báo cáo gen mã hóa beta-lactamse Enterobacteriaceae 21 iv Phương pháp phát vi khuẩn đặc tính kháng kháng sinh chúng nhiễm khuẩn huyết 24 1.4.1 Phương pháp xác định vi khuẩn gây nhiễm khuẩn huyết 24 1.4.2 Phương pháp xác định tính kháng kháng sinh cúa vi khuẩn 28 1.4.3 Phương pháp khác định danh vi khuẩn kháng/nhạy kháng sinh 34 Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 37 Đối tượng nghiên cứu 37 2.1.1 Đối tượng 37 2.1.2 Tiêu chuẩn lựa chọn 37 2.1.3 Tiêu chuẩn loại trừ 37 Địa điểm thời gian nghiên cứu 39 2.2.1 Địa điểm 39 2.2.2 Thời gian 39 Phương pháp nghiên cứu 39 2.3.1 Thiết kế nghiên cứu 39 2.3.2 Thu thập tiêu nghiên cứu 40 2.3.3 Phương tiện, sinh phẩm quy trình kỹ thuật 46 Phương pháp xử lý số liệu 56 Đạo đức nghiên cứu 57 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 58 Đặc điểm chung 58 3.1.1 Đặc điểm lâm sàng 58 3.1.2 Đặc điểm cận lâm sàng 59 3.1.3 Đáp ứng điều trị 60 Đặc điểm kháng kháng sinh phân bố gen mã hóa beta-lactamase 61 3.2.1 Đặc điểm kháng kháng sinh 61 3.2.2 Đặc điểm phân bố gen mã hóa sinh beta-lactamase 64 v Liên quan kiểu gen mã hóa sinh beta-lactamase với kiểu hình kháng kháng sinh vi khuẩn đáp ứng điều trị 66 3.3.1 Liên quan kiểu gen kiểu hình kháng beta-lactam 66 3.3.2 Giá trị gen mã hóa sinh beta-lactamase chẩn đốn kiểu hình kháng kháng sinh nhóm beta-lactam 73 3.3.3 Liên quan kiểu gen kháng kháng sinh với đáp ứng điều trị76 Chương 4: BÀN LUẬN 85 Đặc điểm chung 85 4.1.1 Đặc điểm lâm sàng 85 4.1.2 Đặc điểm cận lâm sàng 87 4.1.3 Đáp ứng điều trị 88 Đặc điểm kháng kháng sinh phân bố gen mã hóa beta-lactamase 90 4.2.1 Đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam 90 4.2.2 Phân bố gen mã hóa beta-lactamase 95 Liên quan kiểu gen mã hóa beta-lactamase với kiểu hình kháng kháng sinh vi khuẩn đáp ứng điều trị 102 4.3.1 Liên quan kiểu gen kiểu hình kháng kháng sinh 102 4.3.2 Giá trị chẩn đốn kiểu gen với kiểu hình kháng kháng sinh 107 4.3.3 Liên quan kiểu gen mã hóa beta-lactam với đáp ứng điều trị 111 Điểm mạnh hạn chế nghiên cứu 114 KẾT LUẬN 115 KIẾN NGHỊ 116 DANH MỤC CÁC CƠNG TRÌNH NGHIÊN CỨU CỦA TÁC GIẢ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN ……………………………………… t1 TÀI LIỆU THAM KHẢO ………………………………………………… t2 PHỤ LỤC vi DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Phần viết đầy đủ STT Phần viết tắt Chủng mang gen TEM, SHV 1-POS 2-POS 3-POS Chủng mang gen TEM, SHV CTX-M Accu Accuracy (Độ xác) AM Ampicillin AMC Amoxicillin/Acid clavulanic CAZ Ceftazidime CTX-M Chủng mang gen TEM, SHV CTX-M Centers for Disease Control and Prevention CDC (Trung tâm kiểm sốt phịng ngừa bệnh tật Mỹ) CLSI 10 CN 11 CRE Clinical and Laboratory Standards Institute (Viện tiêu chuẩn vi sinh lâm sàng) Chủng mang đồng thời CTX-M NDM Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (Chủng Enterobacteriaceae kháng Carbapenem) 12 CTX Cefotaxime 13 CTX-M CTX: Cefotaxim -M: Munich 14 E coli Escherichia coli European Centre for Disease Prevention and 15 ECDC Control (Trung tâm kiểm sốt phịng ngừa bệnh tật Châu Âu) vii Phần viết đầy đủ STT Phần viết tắt Extended-Spectrum Beta-lactamase (beta16 ESBL lactamase phổ rộng/enzyme kháng beta-lactam phổ rộng) 17 Etest Epsilometer test 18 ETP Ertapenem 19 FEP Cefepime 20 GES Guiana extended spectrum beta-lactamase 21 IPM Imipenem 22 K pneumoniae Klebsiella pneumoniae 23 KPC Klebsiella pneumoniae carbapenemase 24 MBL Metallo-beta-lactamase 25 MEM Meropenem 26 MIC Minimum Inhibitory Concentration (Nồng độ ức chế tối thiểu) 27 NDM New Delhi Metallo-beta-lactamase 28 NKH Nhiễm khuẩn huyết 29 NoC Chủng mang gen NDM và/hoặc CTX-M 30 NoS Chủng mang gen NDM và/hoặc SHV 31 NoT Chủng mang gen NDM và/hoặc TEM 32 NPV 33 OXA 34 PCR 35 PPV Negative predict value (Giá trị tiên đốn âm tính) Oxacillinase Polymerase Chain Reaction (Phản ứng khuếch đại chuỗi) Positive predict value (Giá trị tiên đốn dương tính) viii Phần viết đầy đủ STT Phần viết tắt 36 Sen Sensitivity (Độ nhạy) 37 SGPT Serum glutamic pyruvate transaminase 38 SGOT Serum glutamic oxaloacetic transaminase 39 SHV Sulfhydrine variable 40 Spe Specificity (Độ đặc hiệu) 41 SOFA Sequential organ failure assessment 42 TC Chủng mang đồng thời CTX-M TEM 43 ToC Chủng mang gen TEM và/hoặc CTX-M 44 TEM 45 TSCN Temoniera (Từ tên bệnh nhân, người phân lập vi khuẩn mang gen này) Chủng mang gen CTX-M, TEM, SHV NDM-1 46 TZP Piperacillin/Tazobactam 47 VEB Vietnamese extended-spectrum beta-lactamase 48 VIM 49 WGS 50 WHO Verona intergron encoded metallo-betalactamase Whole genome sequencing (giải trình tự tồn bộ gen) World Health Organization (Tổ chức Y tế giới) t.12 83 Jacoby, G.A and L.S Munoz-Price (2005) The new beta-lactamases N Engl J Med, 352(4): p 380-391 84 Poirel, L., T Naas, and P Nordmann (2008) Genetic support of extended-spectrum beta-lactamases Clin Microbiol Infect, 14 Suppl 1: p 75-81 85 Livermore, D.M and N Woodford (2006) The beta-lactamase threat in Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Acinetobacter Trends Microbiol, 14(9): p 413-420 86 Maltezou, H.C (2009) Metallo-β-lactamases in Gram-negative bacteria: introducing the era of pan-resistance? International Journal of Antimicrobial Agents, 33(5): p 405.e1-405.e7 87 Paterson, D.L and R.A Bonomo (2005) Extended-spectrum betalactamases: a clinical update Clinical microbiology reviews, 18(4): p 657-686 88 Bonnet, R (2004) Growing group of extended-spectrum betalactamases: the CTX-M enzymes Antimicrobial agents and chemotherapy, 48(1): p 1-14 89 Zhao, W.H and Z.Q Hu (2013) Epidemiology and genetics of CTX-M extended-spectrum beta-lactamases in Gram-negative bacteria Crit Rev Microbiol, 39(1): p 79-101 90 Denisuik, A.J., P.R Lagace-Wiens, J.D Pitout et al (2013) Molecular epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase-, AmpC betalactamase- and carbapenemase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolated from Canadian hospitals over a year period: CANWARD 2007-11 J Antimicrob Chemother, 68 Suppl 1: p i57-65 t.13 91 Brolund, A., P.J Edquist, B Mäkitalo et al (2014) Epidemiology of extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli in Sweden 2007–2011 Clinical Microbiology and Infection, 20(6): p O344-352 92 Sepp, E., R Andreson, A Balode et al (2019) Phenotypic and molecular epidemiology of ESBL-, AmpC-, and Carbapenemase-producing Escherichia coli in northern and eastern Europe Front Microbiol, 10: p 2465 93 Bevan, E.R., A.M Jones, and P.M Hawkey (2017) Global epidemiology of CTX-M β-lactamases: temporal and geographical shifts in genotype J Antimicrob Chemother, 72(8): p 2145-2155 94 Chong, Y., S Shimoda, and N Shimono (2018) Current epidemiology, genetic evolution and clinical impact of extended-spectrum betalactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae Infect Genet Evol, 61: p 185-188 95 Yigit, H., A.M Queenan, G.J Anderson et al (2001) Novel Carbapenem-Hydrolyzing β-Lactamase, KPC-1, from a CarbapenemResistant Strain of Klebsiella pneumoniae Antimicrob Agents Chemother, 45(4): p 1151-1161 96 Grundmann, H., C Glasner, B Albiger et al (2017) Occurrence of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli in the European survey of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (EuSCAPE): a prospective, multinational study Lancet Infect Dis, 17(2): p 153-163 97 CDC (2015) Facility Guidance for Control of Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) Centers for Disease Control and Prevention, https://www.cdc.gov/hai/pdfs/cre/CRE-guidance-508.pdf t.14 98 Guh, A.Y., S.N Bulens, Y Mu et al (2015) Epidemiology of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in US communities, 20122013 JAMA, 314(14): p 1479-14787 99 Mataseje, L.F., K Abdesselam, J Vachon et al (2016) Results from the Canadian nosocomial infection surveillance program on carbapenemaseproducing Enterobacteriaceae, 2010 to 2014 Antimicrob Agents Chemother, 60(11): p 6787-6794 100 Hsu, L.-Y., A Apisarnthanarak, E Khan et al (2017) CarbapenemResistant Acinetobacter baumannii and Enterobacteriaceae in South and Southeast Asia Clinical microbiology reviews, 30(1): p 1-22 101 Lại Thị Quỳnh Lê Văn Phủng (2007) β-lactamase phổ rộng chủng Escherichia coli, Klebsella pneumoniae Enterobacter spp Tạp chí Nghiên cứu Y học, 52(5): tr 45-51 102 Đoàn Thị Hồng Hạnh, Bùi Hữu Tạo, Lê Văn Phủng cs (2008) Điều tra tỷ lệ vi khuẩn mang β-lactamase phổ rộng chủng vi khuẩn Escherichia coli K pneumoniae phân lập bệnh viện Việt Nam Thụy Điển ng Bí Tạp chí Y học Việt Nam, 1/2008: tr 6-11 103 Nguyễn Đắc Trung (2013) Phát gen blaTEM blaCTX-M chủng Escherichia coli Klebsiella pneumoniae phản ứng multiplex-PCR Tạp chí Y-Dược học Quân sự, 9/2013: tr 76-84 104 CDC (2012) Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae containing New Delhi metallo-beta-lactamase in two patients - Rhode Island, March 2012 MMWR Morb Mortal Wkly Rep, 61(24): p 446-448 105 Isozumi, R., K Yoshimatsu, T Yamashiro et al (2012) bla(NDM-1)positive Klebsiella pneumoniae from environment, Vietnam Emerg Infect Dis, 18(8): p 1383-1385 t.15 106 CLSI (2007) Principles and procedures for blood cultures; approved guidline Clinical and Laboratory Standards Institute, M47-A 107 Dellinger, R.P., M.M Levy, A Rhodes et al (2013) Surviving sepsis campaign: international guidelines for management of severe sepsis and septic shock: 2012 Crit Care Med, 41(2): p 580-637 108 Lamy, B., S Dargère, M.C Arendrup et al (2016) How to optimize the use of blood cultures for the diagnosis of bloodstream infections? A state-of-the art Frontiers in microbiology, 7: p 697-697 109 Kothari, A., M Morgan, and D.A Haake (2014) Emerging technologies for rapid identification of bloodstream pathogens Clinical infectious diseases, 59(2): p 272-278 110 Dubourg, G., D Raoult, and F Fenollar (2019) Emerging methodologies for pathogen identification in bloodstream infections: an update Expert Rev Mol Diagn, 19(2): p 161-173 111 Mullis, K., F Faloona, S Scharf et al (1986) Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction Cold Spring Harb Symp Quant Biol, 51 (Pt 1): p 263-273 112 Ishmael, F.T and C Stellato (2008) Principles and applications of polymerase chain reaction: basic science for the practicing physician Ann Allergy Asthma Immunol, 101(4): p 437-443 113 Nadkarni, M.A., F.E Martin, N.A Jacques et al (2002) Determination of bacterial load by real-time PCR using a broad-range (universal) probe and primers set Microbiology, 148(Pt 1): p 257-266 114 Chamberlain, J.S., R.A Gibbs, J.E Ranier et al (1988) Deletion screening of the Duchenne muscular dystrophy locus via multiplex DNA amplification Nucleic Acids Res, 16(23): p 11141-11156 t.16 115 Liesenfeld, O., L Lehman, K.P Hunfeld et al (2014) Molecular diagnosis of sepsis: New aspects and recent developments European journal of microbiology & immunology, 4(1): p 1-25 116 Mancini, N., S Carletti, N Ghidoli et al (2010) The era of molecular and other non-culture-based methods in diagnosis of sepsis Clinical microbiology reviews, 23(1): p 235-251 117 Trung, N.T., T.T Hien, T.T Huyen et al (2016) Enrichment of bacterial DNA for the diagnosis of blood stream infections BMC Infect Dis, 16: p 235(1-9) 118 Sande, M.G., T Çaykara, C.J Silva et al (2020) New solutions to capture and enrich bacteria from complex samples Medical microbiology and immunology, 209(3): p 335-341 119 CLSI (2018) Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; 28th ed CLSI document M100-S28 Clinical and Laboratory Standards Institute, Wayne, PA Clinical and Laboratory Standards Institute 120 Nachnani, S., A Scuteri, M.G Newman et al (1992) E-test: a new technique for antimicrobial susceptibility testing for periodontal microorganisms J Periodontol, 63(7): p 576-583 121 CLSI (2014) Performance standards for antimicrobial susceptibility testing; twenty fourth informational supplement, M100S24 Clinical and Laboratory Standards Institute 122 FDA (2009) Antimicrobial Susceptibility Test (AST) Systems - Class II Special Controls Guidance for Industry and FDA Food and Drug Administration t.17 123 Blondel-Hill, E., C Hetchler, D Andrews et al (2003) Evaluation of VITEK for analysis of Enterobacteriaceae using the Advanced Expert System (AES) versus interpretive susceptibility guidelines used at Dynacare Kasper Medical Laboratories, Edmonton, Alberta Clin Microbiol Infect, 9(11): p 1091-1103 124 Barry, J., A Brown, V Ensor et al (2003) Comparative evaluation of the VITEK Advanced Expert System (AES) in five UK hospitals J Antimicrob Chemother, 51(5): p 1191-1202 125 Pitout, J.D and K.B Laupland (2008) Extended-spectrum betalactamase-producing Enterobacteriaceae: an emerging public-health concern Lancet Infect Dis, 8(3): p 159-166 126 Piddock, L.J.V (2016) Assess drug-resistance phenotypes, not just genotypes Nature Microbiology, 1: p 16120(1-2) 127 Nordmann, P (2014) Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: overview of a major public health challenge Med Mal Infect, 44(2): p 51-56 128 Nomura, F., S Tsuchida, S Murata et al (2020) Mass spectrometrybased microbiological testing for blood stream infection Clin Proteomics, 17: p 14 129 Hou, T.Y., C ChiangNi, and S.H Teng (2019) Current status of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical microbiology Journal of food and drug analysis, 27(2): p 404-414 130 Dubourg, G and D Raoult (2016) Emerging methodologies for pathogen identification in positive blood culture testing Expert Rev Mol Diagn, 16(1): p 97-111 t.18 131 Wielinga, P.R., R.S Hendriksen, F.M Aarestrup et al (2017) Global microbial identifier Applied Genomics of Foodborne Pathogens: p 1331 132 Su, M., S.W Satola, and T.D Read (2019) Genome-based prediction of bacterial antibiotic resistance J Clin Microbiol, 57(3): p e01405-01418 133 Bộ Y tế (2015) Hướng dẫn chẩn đốn xử trí hồi sức tích cực; sốc nhiễm khuẩn Bộ Y tế: p 73-79 134 Singer, M., C.S Deutschman, C.W Seymour et al (2016) The third international consensus definitions for sepsis and septic shock (Sepsis3) JAMA, 315(8): p 801-810 135 Bazzicalupo, M., and S Fancelli, (1997) DNA Extraction from Bacterial Cultures Springer: p 41-45 136 Trung, N.T., T.T Hien, T.T Huyen et al (2015) Simple multiplex PCR assays to detect common pathogens and associated genes encoding for acquired extended spectrum betalactamases (ESBL) or carbapenemases from surgical site specimens in Vietnam Ann Clin Microbiol Antimicrob, 14: p 23(1-7) 137 Trevethan, R (2017) Sensitivity, specificity, and predictive values: foundations, pliabilities, and pitfalls in research and practice Frontiers in public health, 5: p 307-307 138 Dagher, G.A., M Saadeldine, R Bachir et al (2015) Descriptive analysis of sepsis in a developing country International journal of emergency medicine, 8: p 19-25 139 Park, D.W., B.C Chun, J.M Kim et al (2012) Epidemiological and clinical characteristics of community-acquired severe sepsis and septic shock: a prospective observational study in 12 university hospitals in Korea Journal of Korean medical science, 27(11): p 1308-1314 t.19 140 Tumbarello, M., T Spanu, M Sanguinetti et al (2006) Bloodstream Infections caused by extended-spectrum-β-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae: Risk factors, molecular epidemiology, and clinical outcome Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 50(2): p 498-504 141 Phạm Thị Ngọc Thảo (2013) Giá trị tiên lượng cytokine TNFα, IL-6, IL-10 bệnh nhân nhiễm khuẩn huyết nặng Tạp chí Y học TP Hồ Chí Minh, Tập 17(Phụ số 2): tr 7-14 142 McPherson, D., C Griffiths, M Williams et al (2013) Sepsis-associated mortality in England: an analysis of multiple cause of death data from 2001 to 2010 BMJ Open, 3(8): p e002586(1-7) 143 Pano-Pardo, J.R., B Lopez Quintana, F Lazaro Perona et al (2016) Community-onset bloodstream and other infections, caused by carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: epidemiological, microbiological, and clinical features Open Forum Infect Dis, 3(3): p ofw136(1-7) 144 Zhang, Q., H.Y Gao, D Li et al (2019) Clinical outcome of Escherichia coli bloodstream infection in cancer patients with/without biofilm formation: a single-center retrospective study Infect Drug Resist, 12: p 359-371 145 Quan, J., D Zhao, L Liu et al (2016) High prevalence of ESBLproducing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in communityonset bloodstream infections in China Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 72(1): p 273-280 146 Cars, O., S Molstad, and A Melander (2001) Variation in antibiotic use in the European Union Lancet, 357(9271): p 1851-1853 t.20 147 Mol, P.G., J.E Wieringa, P.V Nannanpanday et al (2005) Improving compliance with hospital antibiotic guidelines: a time-series intervention analysis J Antimicrob Chemother, 55(4): p 550-557 148 Thu, T.A., M Rahman, S Coffin et al (2012) Antibiotic use in Vietnamese hospitals: a multicenter point-prevalence study Am J Infect Control, 40(9): p 840-844 149 Sidjabat, H.E and D.L Paterson (2015) Multidrug-resistant Escherichia coli in Asia: epidemiology and management Expert Rev Anti Infect Ther, 13(5): p 575-591 150 Papp-Wallace, K.M., A Endimiani, M.A Taracila et al (2011) Carbapenems: Past, Present, and Future Antimicrob Agents Chemother, 55(11): p 4943-4960 151 Temkin, E., A Adler, A Lerner et al (2014) Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae: biology, epidemiology, and management Annals of the New York Academy of Sciences, 1323(1): p 22-42 152 Falagas, M.E., G.S Tansarli, D.E Karageorgopoulos et al (2014) Deaths attributable to carbapenem-resistant Enterobacteriaceae infections Emerging infectious diseases, 20(7): p 1170-1175 153 McDanel, J., M Schweizer, V Crabb et al (2017) Incidence of extended-spectrum beta-Lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli and Klebsiella Infections in the United States: A Systematic Literature Review Infect Control Hosp Epidemiol, 38(10): p 1209-1215 154 Somily, A.M., H.A Habib, M.M Absar et al (2014) ESBL-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae at a tertiary care hospital in Saudi Arabia J Infect Dev Ctries, 8(9): p 1129-1136 155 Chander, A and C.D Shrestha (2013) Prevalence of extended spectrum beta lactamase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae t.21 urinary isolates in a tertiary care hospital in Kathmandu, Nepal BMC Research Notes, 6(1): p 487-493 156 Kim, D., J.Y Ahn, C.H Lee et al (2017) Increasing resistance to extended-spectrum cephalosporins, fluoroquinolone, and carbapenem in Gram-negative bacilli and the emergence of carbapenem nonsusceptibility in Klebsiella pneumoniae: analysis of Korean antimicrobial resistance monitoring system (KARMS) Data From 2013 to 2015 Ann Lab Med, 37(3): p 231-239 157 Tian, L., Z Sun, and Z Zhang (2018) Antimicrobial resistance of pathogens causing nosocomial bloodstream infection in Hubei Province, China, from 2014 to 2016: a multicenter retrospective study BMC Public Health, 18(1): p 1121 158 Jean, S.S., W.S Lee, P.R Hsueh et al (2018) Ertapenem nonsusceptibility and independent predictors of the carbapenemase production among the Enterobacteriaceae isolates causing intraabdominal infections in the Asia-Pacific region: results from the Study for Monitoring Antimicrobial Resistance Trends (SMART) Infection and drug resistance, 11: p 1881-1891 159 Li, Y., H Shen, C Zhu et al (2019) Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae infections among ICU admission patients in central China: prevalence and prediction model Biomed Res Int, 2019: p 97673(1-10) 160 Bush, K and G.A Jacoby (2010) Updated functional classification of beta-lactamases Antimicrobial agents and chemotherapy, 54(3): p 969976 161 Ghafourian, S., N Sadeghifard, S Soheili et al (2015) Extended spectrum beta-lactamases: definition, classification and epidemiology Curr Issues Mol Biol, 17: p 11-21 t.22 162 Kiratisin, P., A Apisarnthanarak, C Laesripa et al (2008) Molecular characterization and epidemiology of extended-spectrum-beta- lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae isolates causing health care-associated infection in Thailand, where the CTX-M family is endemic Antimicrobial agents and chemotherapy, 52(8): p 2818-2824 163 Pourakbari, B., S Mamishi, M.R Shokrollahi et al (2019) Molecular characteristics and antibiotic resistance profiles of Escherichia coli strains isolated from urinary tract infections in children admitted to children's referral hospital of Qom, Iran Ann Ig, 31(3): p 252-262 164 Sugawara, Y., Y Akeda, N Sakamoto et al (2017) Genetic characterization of blaNDM-harboring plasmids in carbapenem-resistant Escherichia coli from Myanmar PLoS One, 12(9): p e0184720(1-15) 165 Chang, Y.T., L.K Siu, J.T Wang et al (2019) Resistance mechanisms and molecular epidemiology of carbapenem-nonsusceptible Escherichia coli in Taiwan, 2012-2015 Infect Drug Resist, 12: p 2113-2123 166 Lin, C.F., S.K Hsu, C.H Chen et al (2010) Genotypic detection and molecular epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase- producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in a regional hospital in central Taiwan J Med Microbiol, 59(Pt 6): p 665-671 167 Xia, S., X Fan, Z Huang et al (2014) Dominance of CTX-M-type extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli isolated from patients with community-onset and hospital-onset infection in China PLoS One, 9(7): p e100707(1-7) t.23 168 Knothe, H., P Shah, V Krcmery et al (1983) Transferable resistance to cefotaxime, cefoxitin, cefamandole and cefuroxime in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and Serratia marcescens Infection, 11(6): p 315-317 169 Jean, S.S., P.R Hsueh et al (2016) Distribution of ESBLs, AmpC βlactamases and carbapenemases among Enterobacteriaceae isolates causing intra-abdominal and urinary tract infections in the Asia-Pacific region during 2008–14: results from the study for monitoring antimicrobial resistance trends (SMART) Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 72(1): p 166-171 170 Beigverdi, R., L Jabalameli, F Jabalameli et al (2019) Prevalence of extended-spectrum β-lactamase-producing Klebsiella pneumoniae: First systematic review and meta-analysis from Iran Journal of Global Antimicrobial Resistance, 18: p 12-21 171 Yong, D., M.A Toleman, C.G Giske et al (2009) Characterization of a new metallo-beta-lactamase gene, bla(NDM-1), and a novel erythromycin esterase gene carried on a unique genetic structure in Klebsiella pneumoniae sequence type 14 from India Antimicrob Agents Chemother, 53(12): p 5046-5054 172 Chen, L., B Mathema, K.D Chavda et al (2014) Carbapenemaseproducing Klebsiella pneumoniae: molecular and genetic decoding Trends in microbiology, 22(12): p 686-696 173 Dortet, L., L Poirel, and P Nordmann (2014) Worldwide dissemination of the NDM-type carbapenemases in Gram-negative bacteria Biomed Res Int, 2014: p 249856(1-12) t.24 174 Logan, L.K and R.A Weinstein (2017) The Epidemiology of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae: the impact and evolution of a global menace J Infect Dis, 215(suppl_1): p S28-36 175 Malchione, M.D., L.M Torres, D.M Hartley et al (2019) Carbapenem and colistin resistance in Enterobacteriaceae in Southeast Asia: review and mapping of emerging and overlapping challenges Int J Antimicrob Agents: p s0924-8579 176 Koh, T.H., D Cao, Q.Y Shan et al (2013) Acquired carbapenemases in Enterobactericeae in Singapore, 1996-2012 Pathology, 45(6): p 600603 177 Netikul, T., H Sidjabat, D Paterson et al (2014) Emergence of novel bla(KPC-13) among carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in Thailand Int J Antimicrob Agents, 44(6): p 568-569 178 Kollenda, H., H Frickmann, R Ben Helal et al (2019) Screening for carbapenemases in ertapenem-resistant Enterobacteriaceae collected at a Tunisian hospital between 2014 and 2018 Eur J Microbiol Immunol (Bp), 9(1): p 9-13 179 Delarampour, A., Z Ghalehnoo, F Khademi et al (2019) Molecular detection of carbapenem-resistant genes in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae Annali di igiene, 31: p 349-355 180 Hong, J.S., W Song, H.M Park et al (2019) Clonal spread of extendedspectrum cephalosporin-resistant Enterobacteriaceae between companion animals and humans in South Korea Frontiers in microbiology, 10: p 1371-1371 181 Palmer, A.C., R Chait, and R Kishony (2018) Nonoptimal gene expression creates latent potential for antibiotic resistance Mol Biol Evol, 35(11): p 2669-2684 t.25 182 Chong, Y., H Yakushiji, Y Ito et al (2011) Clinical and molecular epidemiology of extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in a long-term study from Japan Eur J Clin Microbiol Infect Dis, 30(1): p 83-87 183 Eskandari-Nasab, E.M., M.M Moghadampour, and A.M Tahmasebi (2018) Prevalence of bla(CTX-M) Gene among Extended-Spectrum βLactamases Producing Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates in Iran: A Meta-Analysis Iranian journal of medical sciences, 43(4): p 347354 184 Anjum, M.F., E Zankari, and H Hasman (2017) Molecular methods for detection of antimicrobial resistance Microbiol Spectr, 5(6): p 1-17 185 Ellington, M.J., O Ekelund, F.M Aarestrup et al (2017) The role of whole genome sequencing in antimicrobial susceptibility testing of bacteria: report from the EUCAST Subcommittee Clin Microbiol Infect, 23(1): p 2-22 186 Suzuki, S., T Horinouchi, and C Furusawa (2014) Prediction of antibiotic resistance by gene expression profiles Nature Communications, 5: p 5792(1-12) 187 Mak, S., Y Xu, and J.R Nodwell (2014) The expression of antibiotic resistance genes in antibiotic-producing bacteria Mol Microbiol, 93(3): p 391-402 188 Evans, S.R., A.M Hujer, H Jiang et al (2016) Rapid molecular diagnostics, antibiotic treatment Ddecisions, and developing approaches to inform empiric therapy: PRIMERS I and II Clin Infect Dis, 62(2): p 181-189 t.26 189 Zankari, E., H Hasman, R.S Kaas et al (2013) Genotyping using wholegenome sequencing is a realistic alternative to surveillance based on phenotypic antimicrobial susceptibility testing J Antimicrob Chemother, 68(4): p 771-777 190 Rhodes, A., L.E Evans, W Alhazzani et al (2017) Surviving sepsis campaign: international guidelines for management of sepsis and septic shock: 2016 Intensive Care Med, 43(3): p 304-377 191 Depardieu, F., I Podglajen, R Leclercq et al (2007) Modes and modulations of antibiotic resistance gene expression Clinical Microbiology Reviews, 20(1): p 79-114 192 Nolivos, S., J Cayron, A Dedieu et al (2019) Role of AcrAB-TolC multidrug efflux pump in drug-resistance acquisition by plasmid transfer Science, 364(6442): p 778-782 193 Hanberger, H., M Antonelli, M Holmbom et al (2014) Infections, antibiotic treatment and mortality in patients admitted to ICUs in countries considered to have high levels of antibiotic resistance compared to those with low levels BMC infectious diseases, 14: p 513513 194 Founou, R.C., L.L Founou, and S.Y Essack (2017) Clinical and economic impact of antibiotic resistance in developing countries: A systematic review and meta-analysis PloS one, 12(12): p e0189621e0189621 ... điểm kháng kháng sinh phân bố gen mã hóa beta-lactamase 61 3.2.1 Đặc điểm kháng kháng sinh 61 3.2.2 Đặc điểm phân bố gen mã hóa sinh beta-lactamase 64 v Liên quan kiểu gen mã hóa sinh. .. 1.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn Cùng với việc sử dụng kháng sinh cách rộng rãi, chủng vi khuẩn phát triển chế đề kháng với kháng sinh 9 Có bốn chế gây đề kháng kháng sinh vi khuẩn thể hình... chế kháng kháng sinh vi khuẩn 1.2.3 Kháng kháng sinh nhóm beta-lactam 1.2.4 Tình hình kháng kháng sinh 12 Họ vi khuẩn đường ruột khả sinh enzym beta-lactamase 17 1.3.1 Họ vi khuẩn