Khảo sát phổ đột biến ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới

Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là một trong số ít bệnh lý ác tính có tiên lượng khá tốt nếu được phát hiện và điều trị sớm. Thời gian sống của bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh ở thời điểm được chẩn đoán. Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân có thể sống thêm 5 năm. Tỷ lệ này chỉ còn 60% ở giai đoạn III và 5-15% ở giai đoạn IV

Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 Nghiên cứu Y học KHẢO SÁT PHỔ ĐỘT BIẾN Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG GIAI ĐOẠN SỚM BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI Lê Gia Hoàng Linh1, Lương Bắc An1, Hồ Quốc Chương1, Ngô Quốc Đạt2, Nguyễn Hữu Thịnh2, Nguyễn Thị Quỳnh Thơ2, Nguyễn Hoài Nghĩa1, Giang Hoa3, Trần Diệp Tuấn2, Đỗ Thị Thanh Thủy3 TÓM TẮT Mục tiêu: Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) số bệnh lý ác tính có tiên lượng tốt phát điều trị sớm Thời gian sống bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh thời điểm chẩn đoán Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân sống thêm năm Tỷ lệ 60% giai đoạn III 5-15% giai đoạn IV Chính việc chẩn đoán sớm quan trọng giúp cải thiện tỉ lệ khỏi bệnh, thời gian sống chất lượng sống bệnh nhân Hiện nay, ứng dụng cơng nghệ giải trình tự gen hệ mới, nhiều bảng gen khác sử dụng khảo sát đột biến gen UTĐTT Trong nghiên cứu sử dụng bảng 20 gen, dựa mục tiêu khảo sát gen có khả biểu kiểu hình cao (high penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT gen liên quan đến tiên lượng tiên đốn đáp ứng với điều trị nhắm trúng đích phân tử Đối tượng phương pháp: 20 đối tượng chẩn đoán UTĐTT giai đoạn I, II, III thu mẫu FFPE giải trình tự bảng 20 gen phương pháp giải trình tự hệ Kết quả: Chúng phát 12/20 bệnh nhân mang đột biến gen thuộc panel gen thiết kế Trong đột biến phát gen TP53, APC chiếm tần suất >25%; gen KRAS, PIK3CA chiếm 11,5%; BRAF, FBXW7, KMT2D chiếm 3,8% Kết luận: Chuẩn bị thành cơng thư viện giải trình tự lai-bắt giữ trình tự 20 gen mục tiêu thiết kế, bước đầu khảo sát đột biến gen bệnh nhân ung thư trực tràng giai đoạn sớm Từ khóa: ung thư đại trực tràng, giải trình tự hệ mới, đột biến sinh ung, phổ đột biến ABSTRACT INVESTIGATION OF MUTATION IN EARLY STAGE COLORECTAL CANCER WITH NEXTGENERATION SEQUENCING Le Gia Hoàng Linh, Luong Bac An, Ho Quoc Chuong, Ngo Quoc Dat, Nguyen Huu Thinh, Nguyen Thi Quynh Tho, Nguyen Hoai Nghia, Giang Hoa, Tran Diep Tuan, Do Thi Thanh Thuy * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Vol 25 - No - 2021: 118-125 Objectives: Colorectal cancer is one of the few malignancies that has a fairly good prognosis if detected and treated early The patient's life time depends mainly on the stage of the disease at the time of diagnosis In stage I and II, patients can live for years This rate is only 60% in stage III and 5-15% in stage IV Therefore, early diagnosis is very important to help improve the cure rate, survival time as well as the patient's quality of life Currently, applying next-generation sequencing technology, many different gene panel are used in the survey of genetic mutations of colorectal cancer In this study, we use a panel of 20 genes, based on the goal of examining genes with high penetrance expression susceptibility to colorectal cancer and genes related to prognosis or predictive response with molecular targeting therapy Trung tâm Y Sinh Học Phân Tử, ĐH Y Dược TP Hồ Chí Minh 3Viện Di truyền Y học TP Hồ Chí Minh Khoa Y, ĐH Y Dược TP Hồ Chí Minh Tác giả liên lạc: BS Đỗ Thị Thanh Thủy ĐT: 0908 487 425 Email: thuydo@gmail.com 118 Chuyên Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 Methods: 20 patients diagnosed with colorectal cancer in stage I, II and III were collected FFPE samples and panel of 20 genes using next-generation sequencing method Results: From 20 FFPE samples, we detected mutations in 12 samples (60%) The frequency of mutation in APC was 26.9%; in TP53 was 38.5%; in KRAS and PIK3CA was 11.5%; in BRAF, FBXW7, KMT2D was 3.8% Conclusion: We successful preparation of sequencing library and hybrid-capture sequence of 20 designed target genes, initially investigating genetic mutations in early stage colorectal cancer patients Keywords: colorectal cancer, next-generation sequencing, carcinoma, mutation ĐẶT VẤN ĐỀ Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) loại ung thư chẩn đoán phổ biến thứ ba nam giới thứ hai nữ giới, với ước tính 1,4 triệu trường hợp bệnh phát 0,7 triệu bệnh nhân tử vong năm 2018(1) Tỷ lệ nam giới cao nữ giới hầu hết nghiên cứu toàn cầu Khoảng 5% đến 10% người bị UTĐTT có mang đột biến gen di truyền gây hội chứng ung thư gia đình Các hội chứng di truyền phổ biến có liên quan đến UTĐTT hội chứng đa polyp tuyến gia đình (FAP) hội chứng Lynch; hội chứng gặp khác làm tăng nguy UTĐTT Phần lớn UTĐTT thể bệnh ngẫu nhiên đơn lẻ (sporadic), khơng có chứng rõ ràng rối loạn có tính di truyền Khoảng 25% bệnh nhân cịn lại có bệnh sử UTĐTT gia đình, cho thấy có đóng góp nguyên nhân di truyền, phơi nhiễm với yếu tố nguy chung thành viên gia đình, kết hợp hai Các đột biến gen di truyền xác định nguyên nhân gây nguy ung thư di truyền số gia đình UTĐTT; đột biến gây bệnh chiếm khoảng 5% đến 6% tổng số trường hợp UTĐTT Các trường hợp cịn lại gen chưa phát khác, kết hợp với yếu tố nguy khơng di truyền, đóng góp vào phát sinh UTĐTT gia đình Các gen xem gen liên quan UTĐTT chúng yếu tố cần đủ để gây bệnh, gen có mang đột biến gây bệnh quan trọng(2) Chức gen liên quan UTĐTT mơ tả chi tiết thập niên vừa qua Ba nhóm gen ung thư đề xuất nhóm gen ức chế khối u, nhóm gen sinh ung nhóm gen sửa chữa DNA Nhóm gen ức chế khối u tạo thành nhóm gen quan trọng chịu trách nhiệm cho hội chứng ung thư di truyền đại diện cho nhóm gen gây bệnh đa polyp tuyến gia đình (FAP familial adenomatous polyposis), hội chứng đa polyp vị thành niên (JPS - juvenile polyposis syndrome) nhiều hội chứng khác Các đột biến dòng mầm gây bệnh gen sinh ung nguyên nhân di truyền quan trọng UTĐTT, số đột biến sinh dưỡng chúng có mặt hầu hết dạng ung thư đường tiêu hoá Các gen ổn định, đặc biệt gen sửa chữa lỗi bắt cặp sai (MMR – mismatch repair genes) bị đột biến gây hội chứng Lynch (còn gọi UTĐTT khơng đa polyp gia đình: HNPCC - hereditary nonpolyposis colorectal cancer), chiếm phần đáng kể UTĐTT di truyền(3) MUTYH ví dụ quan trọng khác gen ổn định dẫn đến nguy UTĐTT dựa vào sai sót khả sửa chữa lỗi sai(4) Giải trình tự gen hệ (NGS: Next generation sequencing) cơng nghệ giải trình tự gen tiên tiến, cho phép giải trình tự đồng thời hàng triệu phân mảnh DNA phản ứng, giúp giảm giá thành giải trình tự xuống đáng kể, đạt đến $0,1 cho triệu nucleotide so với mức giá $2.400 phương pháp giải trình tự Sanger truyền thống Việc giải trình tự đồng thời hàng triệu phân mảnh DNA cho phép hàng trăm gen giải trình tự phản ứng Đây tiền đề cho phát triển y học cá thể hóa (personalized medicine) điều trị chẩn đoán ung thư Hiện phương pháp giải trình tự trúng đích (targeted sequencing) thay giải Chun Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử 119 Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 trình tự gen (whole genome sequencing: WGS) sử dụng phổ biến giải trình tự gen mục tiêu(5) Trong phương pháp giải trình tự trúng đích, phân mảnh DNA từ gen mục tiêu làm giàu thông qua bước nhân PCR mẫu dò đặc hiệu gắn biotin trước giải trình tự Ưu điểm phương pháp giảm lượng gen giải trình tự giải trình tự vùng gen mục tiêu làm giàu Giải trình tự tồn thể gen (WGS) giải trình tự tồn exon (WES) sử dụng để tìm đột biến sinh dưỡng khối u giúp tiên lượng và/hoặc tìm kiếm phương pháp điều trị trúng đích, xác định đột biến dòng mầm gây nguy ung thư Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải trình tự gen hệ mới, nhiều bảng gen khác sử dụng khảo sát đột biến gen UTĐTT Do đột biến ung thư đa dạng, nên việc lựa chọn tổ hợp gen khảo sát (bao gồm số lượng gen gen nào) để nhận dạng đột biến mẫu mô u yếu tố quan trọng định độ nhạy phương pháp phát ung thư giai đoạn sớm(6) Để lựa chọn gen khảo sát, dựa gen có tần suất đột biến cao UTĐTT tổng 20 gen lựa chọn chiếm 80% tổng tần suất đột biến xuất UTĐTT Do sở liệu di truyền phổ đột biến ung thư người Việt chưa đầy đủ, gen lựa chọn để khảo sát nghiên cứu dựa công bố trước sở liệu COSMIC (Catalogue of Somatic Mutation in Cancer) Trong nghiên cứu sử dụng bảng 20 gen chia làm phân nhóm chính: nhóm gen kháng ung thư (APC, TP53, FAT4, LRP1B, TGFBR, FAT1); nhóm gen gây ung thư (BRAF); nhóm quy định cấu trúc NST (KMT2C, KMT2D, ARID1A, TRRAP); nhóm nhân tố phiên mã (ZFHX3, TCF7L2); nhóm gen liên quan đến đường tín hiệu nội bào (KRAS, PIK3CA, ACVR2A, FBXW7, RNF43, SMAD4, PREX2) Theo bảng gen này, dựa mục tiêu khảo sát gen có 120 Nghiên cứu Y học khả biểu kiểu hình cao (high penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT gen liên quan đến tiên lượng tiên đoán đáp ứng với điều trị nhắm trúng đích phân tử ĐỐITƯỢNG- PHƯƠNG PHÁPNGHIÊNCỨU Đối tượng nghiên cứu Mẫu sử dụng nghiên cứu mẫu mô u 20 bệnh nhân UTĐTT giai đoạn I, II III bệnh viện Đại học Y Dược TP Hồ Chí Minh thời gian từ tháng 09/2019 đến tháng 10/2020 Tiêu chuẩn chọn mẫu Được chẩn đoán xác định UTĐTT giai đoạn I, II, III (theo tiêu chuẩn AJCC VII) Có đầy đủ thơng tin hành chính, tiền căn, giai đoạn bệnh, kết giải phẫu bệnh Đồng ý tham gia nghiên cứu Tiêu chuẩn loại trừ UTĐTT giai đoạn IV di Không đồng ý tham gia nghiên cứu Phương pháp nghiên cứu Thiết kế nghiên cứu Nghiên cứu mô tả cắt ngang Phương pháp thực Tách chiết DNA từ mô u (FFPE) kiểm tra nồng độ dsDNA DNA từ mô u (FFPE) tách chiết kit QiaAmp DNA FFPE kit (Qiagen) Quy trình tách chiết tiến hành theo hướng dẫn kit Các mẫu DNA tiến hành kiểm tra nồng độ lưu trữ -30oC Hệ thống QFX Fluorometer (Denovix, USA) dựa nguyên lí định lượng phân tử DNA gắn chèn chất nhuộm huỳnh quang Nồng độ DNA phản ánh thông qua số mật độ huỳnh quang đo Bộ kít Denovix dsDNA HS (High Sensitivity) assay có độ chọn lọc cao mạch đơi DNA (dsDNA) định lượng xác mẫu DNA có nồng độ ban đầu từ 5pg/µl đến 25 ng/µl Kết nồng độ DNA thu sau tách Chuyên Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 chiết ghi nhận lại Quy trình thực theo hướng dẫn nhà sản xuất chất lượng giải trình tự tối ưu cluster passing filter đạt >90% Tạo thư viện giải trình tự - Estimated Yield: Khối lượng liệu dự kiến thu DNA tách chiết từ mẫu FFPE phân mảnh enzyme fragmentase (NEBNext dsDNA Fragmentase) Phản ứng phân cắt thực 370C 24 phút Sản phẩm sau phân cắt kiểm tra điện di gel Agarose, kích thước sản phẩm tập trung 150bp-300bp Sản phẩm DNA sau phân mảnh tiến hành sửa đuôi (NEBNext FFPE DNA Repair Mix) chuẩn bị thư viện (NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina) Các bước tiến hành theo hướng dẫn nhà sản xuất Giải trình tự hệ thống giải trình tự NextSeq 550 Các mẫu thư viện gộp chung (pooling) biến tính (denatured) với dung dịch NaOH 0,2N để thư viện tách mạch tạo chuỗi đơn Thư viện sau pha lỗng nồng độ 1,5pM (đối với kít giải trình tự NextSeq550 Mid Output 150 Cycles) trước nạp vào cartridge Quá trình giải trình tự trải qua bước chính: tạo cụm (clustering) giải trình tự (sequencing) Trong nghiên cứu này, để đảm bảo khả phát đột biến có tần suất thấp thấp, chúng tơi sử dụng hóa chất NextSeq Mid output kit (150 cycles) độ sâu ~1.000X Thơng tin giải trình tự hiển thị qua thông số: - Quality Scores: Tiêu chuẩn Q30 (nghĩa độ xác giải trình tự cho nucleotide 99,9%) phải lớn 90% - Cluster Density: Mật độ cụm tạo mm2 (tối ưu với kít Mid Output 150 cycles: 170220K/mm2) - Clusters Passing Filter (%): Thể phần trăm số cụm vượt qua yêu cầu chất lượng base giải trình tự (Q30) tín hiệu cụm khơng bị chồng lên Thơng thường, Phân tích liệu giải trình tự Dữ liệu giải trình tự xuất định dạng base call file (bcl), cặp trình tự (pair-end reads - PE) mẫu khác phân nhóm (demultiplex) thơng qua trình tự nhận diện 8-bp (barcode) có trình tự index P7 P5 định dạng fastq công cụ bcl2fastq (Illumina) Các cặp trình tự (PE reads) xếp (align/map) lên trình tự gen người phiên số 19 (human genome version hg19) thuật toán BWA 0.7.1 (Burrows Wheeler Aligner) Những cặp trình tự xếp lên vị trí gen (uniquely mapped pair-end reads) sử dụng để xác định đột biến di truyền Đột biến điểm đột biến mất/thêm đoạn ngắn xác định quy trình tính tốn VarScan qua nhiều bước kiểm tra để tăng độ tin cậy đột biến tìm thấy Đột biến chuyển đoạn dung hợp đoạn xác định quy trình FACTERA qua bước: 1) xác định cặp trình tự xếp bất hợp lý trình tự gen người (discordant reads) - trình tự bao phủ vùng chuyển đoạn dung hợp đoạn nên có chiều dài chèn bất thường, hay xếp nhiễm sắc thể khác nhau, cặp trình tự dùng xác lập vùng gen có nhiều khả chuyển đoạn hay dung hợp đoạn; 2) xác định vị trí chuyển đoạn/dung hợp đoạn mức độ nucleotide - vùng gen có nhiều khả chuyển đoạn hay dung hợp đoạn xếp hạng dựa độ sâu vị trí chuyển đoạn hay dung hợp đoạn (tối thiểu 2X), sau cặp trình tự xếp gần vùng sử dụng để xác định xác vị trí nucleotide mà tượng chuyển đoạn/dung hợp đoạn xảy ra; 3) kiểm tra đột biến chuyển đoạn/dung hợp đoạn phương pháp giả lập máy tính - tạo Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đốn Hình Ảnh-Xét Nghiệm 121 Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 trình tự giả lập đột biến chuyển đoạn/dung hợp đoạn tái xếp cặp trình tự lên trình tự giả lập để kiểm tra mức độ định vị cặp trình tự Tỉ lệ định vị cao (quality alignment) thể độ xác việc xác định đột biến chuyển đoạn/dung hợp đoạn Tần suất đột biến điểm đột biến mất/thêm đoạn tính tốn dựa tỉ lệ loại nucleotide vị trí đột biến phần mềm SAMtools Xử lý số liệu Số liệu nhập vào lưu trữ phần mềm Microsorf Excel (phiên 15.30) Về phân tích số liệu, sử dụng phần mềm R (phiên 4.0.0) Giá trị p 40 Tuổi ≤ 40 Giai I đoạn bệnh II 122 n=20 13 20 1 % 65% 35% 100% 0% 5% 5% 30% Nghiên cứu Y học Đặc điểm lâm sàng III n=20 IV Chưa phân loại Carcinôm tuyến Mô học Carcinôm tế bào thần kinh nội tiết Đại tràng Vị trí Trực tràng khối u Ống hậu mơn 19 % 40% Không thỏa tiêu chuẩn chọn mẫu nên loại khỏi nghiên cứu Không thỏa tiêu chuẩn chọn mẫu nên loại khỏi nghiên cứu 95% 5% 14 70% 25% 5% Dựa vào kết mô học, phần lớn bệnh nhân UTĐTT tham gia nghiên cứu tập trung vào giai đoạn I II Trong đó, giai đoạn (5%) trường hợp, giai đoạn I có (5%) trường hợp giai đoạn II có (30%) trường hợp Phần lớn số lượng bệnh nhân giai đoạn sớm (chiếm 35% số mẫu thu được), đặc tính mẫu nghiên cứu đảm bảo đáp ứng yêu cầu phát giai đoạn UTĐTT đề tài (Bảng 1) Phần lớn khối u nằm đại tràng 14 trường hợp chiếm 70%, trường hợp khối u trực tràng chiếm 25% trường hợp khối u ống hậu môn chiếm 5% Nghiên cứu tương đồng với nghiên cứu Phipps cộng sự, khảo sát 3284 trường hợp cho thấy phần lớn khối u nằm phần đại tràng chiếm 66% trực tràng chiếm 34% Trong 20 mẫu FFPE thu được, ghi nhận 12 trường hợp có mang đột biến Như vậy, độ nhạy quy trình số mẫu UTĐTT mang đột biến tổng số mẫu bệnh nhân UTĐTT tham gia nghiên cứu: 12/20= 60% (Bảng 2) Bảng 2: Kết giải trình tự 20 mẫu FFPE bệnh nhân UTĐTT Tên mẫu Giai đoạn CRCB02 I CRCB03 II Đột biến Tần suất TP53 (R175H) 26,3% KMT2D (Q3934_Q3939del) 10,6% PIK3CA (R88Q) 59,9% APC(S439*) 25,6% APC (S143fs) 24,1% APC(R1432*); 30,5% TP53(R213*) 18,6% FBXW7 (R479L) 22,9% Chun Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 Nghiên cứu Y học Tên mẫu Giai đoạn CRCB04 CRCB06 II CRCB09 III CRCB14 III CRCB15 II CRCB16 III CRCB17 CRCB18 CRCB19 III II III CRCB20 II CRCB22 CRCB23 CRCB25 II III III CRCB28 III CRCB29 II Đột biến KRAS(G12V) APC (E1228*) TP53 (R213*) BRAF (V600E) KRAS (G12V) APC (I1557*fs) TP53 (R342*) PIK3CA (Q546R) APC (R564*) TP53 (R210*) TP53 (R342*) TP53(R213*) (-) TP53 (R248Q) APC(R1432*) TP53 (R282G) (-) (-) (-) PIK3CA (R88Q) KRAS (G12V) TP53 (c.993+1G>C) (-) Tần suất 37,8% 33,3% 21,7% 8,3% 30% 32,2% 25% 22,9% 23,2% 32,4% 9,6% 60,7% 15,4% 4% 8,6% 26,6% 29,6% 34,3% Phần lớn đột biến xuất gen TP53 APC chiếm tỉ lệ 38,5% 26,9% Phần lại đột biến gen PIK3CA, KRAS FBXW7, BRAF, KMT2D Thống kê phổ đột biến thể Hình Hình 1: Phổ đột biến từ 12 mẫu FFPE bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm BÀN LUẬN Việt Nam nước có tỉ lệ UTĐTT tương đối cao, đứng hàng thứ hai bệnh lý ác tính đường tiêu hố vấn đề lớn sức khoẻ cộng đồng Theo báo cáo tổ chức Y tế Thế giới thực năm 2018 Việt Nam tỉ lệ UTĐTT 11,47/100.000 dân nam, đứng thứ tư sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư dày; tỉ lệ nữ 6,11/100.000 dân, đứng thứ năm sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư vú ung thư dày(8) Có nhiều số liệu khác phân bố ung thư biểu mô tuyến khung đại tràng theo quốc qua chủng tộc Nhìn chung số liệu thống UTĐTT xảy bên trái nhiều bên phải, nhiều trực tràng Một nghiên cứu bệnh viện Đại học Y Dược TP Hồ Chí Minh cho tỉ lệ ung thư trực tràng 39,2%, đại tràng chậu hông 18,75%, đại tràng xuống 14,77%, đại tràng ngang 5,11%, đại tràng lên 12,5% manh tràng 9,65%(9) Đặc điểm tương đồng với lâm sàng nghiên cứu, tỷ lệ vị trí khối u đại tràng 70%, trực tràng 25% UTĐTT nguyên phát phần lớn ung thư biểu mô tuyến (adenocarcinôm), chiếm khoảng 90-95% Ngồi loại sarcơm gặp: phát sinh từ mô trơn (leiomyosarcoma), mô mỡ (liposarcoma), mạch máu (hemangiosarcoma), bạch mạch (lymphangio-sarcoma), mô lưới (reticulosarcoma), mô lymphô (lymphosarcoma) Về mặt đại thể có dạng chồi sùi, thể loét, thể thâm nhiễm dạng vòng nhẫn Tuy nhiên, kết hợp thể với thường gặp Trong đó, thể chồi sùi dạng thường gặp nhất(10) Theo Hình 1, phần lớn đột biến xuất gen TP53 APC, chiếm tỉ lệ 38,5% 26,9% Do đối tượng nghiên cứu bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm nên giải thích phổ đột biến xuất nhiều gen APC TP53 Vai trò APC TP53 ghi nhận nhiều nghiên cứu trước UTĐTT UTĐTT bệnh không đồng nhất, tiên lượng gắn liền với việc phân chia giai đoạn lâm sàng nhiều thập niên qua Gần đây, nghiên cứu giải trình tự exon đích 1.321 gen liên quan đến ung thư Chun Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đốn Hình Ảnh-Xét Nghiệm 123 Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 Nghiên cứu Y học từ 468 mẫu khối u, Schell MJ xác định nhóm gồm 17 gen giúp phân loại UTĐTT tốt nhất, APC đóng vai trị trung tâm dự đốn sống cịn tồn bộ(11) Gen APC mang 0, đột biến cắt cụt protein (truncating mutation), dạng có tác động khác đến sống cịn Các khối u khơng có đột biến APC có tiên lượng xấu so với khối u mang đột biến APC; nhiên, khối u mang hai đột biến APC kèm với đột biến KRAS TP53 lại có tiên lượng xấu Sự tăng sinh tế bào mức đột biến gen APC tạo polyp đại tràng Mặc dù hầu hết người mang đột biến gen APC phát sinh UTĐTT, số lượng polyp khoảng thời gian chúng trở nên ác tính phụ thuộc vào vị trí đột biến gen BRAF không đáp ứng với thuốc kháng thể đơn dòng chống EGFR cetuximab panitumumab Đột biến BRAF báo cáo nhiều đột biến V600E Đột biến gen BRAF, KMT2D, FBXW7 chiếm tỷ lệ 3,8% nghiên cứu Đột biến gen KRAS gặp khoảng 36 40% UTĐTT, nghiên cứu đột biến KRAS chiếm 11,5% Phần lớn đột biến xảy codon 12, 13 61 gen KRAS Các đột biến tạo nên tình trạng kích hoạt liên tục đường dẫn truyền tín hiệu KRAS Đột biến KRAS làm cho tế bào kháng với điều trị kháng thể đơn dòng chống EGFR(12,13) Bệnh nhân UTĐTT mang đột biến gen KRAS có tiên lượng thuốc điều trị nhắm trúng đích khơng hoạt động khối u Các đột biến gen RAS PI3K làm tăng khả di tế bào ung thư(14) Trong nghiên cứu đột biến gen PIK3CA chiếm 11,5%, đột biến sinh dưỡng gen PIK3CA phát 10 - 30% UTĐTT, đột biến thường xảy exon exon 20, gây kháng với điều trị kháng thể đơn dòng chống EGFR(15) Các đột biến gen BRAF làm cho tế bào ung thư ác tính Vì người có tế bào ung thư mang đột biến gen BRAF có tiên lượng xấu Khoảng - 15% UTĐTT có mang đột biến BRAF(16,17) Đột biến BRAF có liên quan với UTĐTT bên phải làm giảm tỷ lệ sống toàn Bệnh nhân UTĐTT mang đột biến 124 KẾT LUẬN Bước đầu khảo sát phổ đột biến bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm mẫu FFPE Ở giai đoạn nghiên cứu, chúng tơi thu thập cỡ mẫu lớn để thống kê vị trí đột biến “nóng” (hotspot mutation) Trong tương lai, chúng tơi có đủ thơng tin để đưa nhìn tổng qt vị trí “hot-spot” gen khảo sát TÀI LIỆU THAM KHẢO Delman K A (2020) Introducing the "Virtual Tumor Board" series in CA: A Cancer Journal for Clinicians CA Cancer J Clin, 70(2):77 Markowitz SD, Bertagnolli MM (2009) Molecular origins of cancer: Molecular basis of colorectal cancer New England Journal of Medicine, 361(25):2449-2460 Win AK, Jenkins MA, Buchanan DD, Clendenning M, Young JP, Giles GG, et al (2011) Determining the frequency of de novo germline mutations in DNA mismatch repair genes Journal of Medical Genetics, 48(8):530-534 Wang L, Baudhuin LM, Boardman LA, Steenblock KJ, Petersen GM, Halling KC, et al (2004) MYH mutations in patients with attenuated and classic polyposis and with young-onset colorectal cancer without polyps Gastroenterology, 127(1):9-16 Johnson B, Cooke L, Mahadevan D (2017) Next generation sequencing identifies 'interactome' signatures in relapsed and refractory metastatic colorectal cancer Journal of Gastrointestinal Oncology, 8(1):20-31 Zhang J, Zhang S (2017) Discovery of cancer common and specific driver gene sets Nucleic Acids Research, 45(10):e86 Phipps AI, Lindor NM, Jenkins MA, Baron JA, Win AK, Gallinger S, et al (2013) Colon and rectal cancer survival by tumor location and microsatellite instability: the Colon Cancer Family Registry Diseases of the Colon and Rectum, 56(8):937-944 Ferlay J, Soerjomataram I, Dikshit R, Eser S, Mathers C, Rebelo M, et al (2015) Cancer incidence and mortality worldwide: sources, methods and major patterns in GLOBOCAN 2012 International Journal of Cancer, 136(5):E359-E386 Nguyễn Thúy Oanh, Lê Quang Nghĩa (2003) Kết chẩn đoán 176 trường hợp ung thư qua nội soi đại tràng ống soi mềm Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 7(1):148-154 10 Quách Trọng Đức, Nguyễn Trường Kỳ (2015) Đặc điểm nội soi mô bệnh học ung thư đại trực tràng: nghiên cứu loạt ca 1.033 trường hợp Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 19(1):114119 Chuyên Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử Nghiên cứu Y học 11 Schell MJ, Yang M, Teer JK, Lo FY, Madan A, Coppola D, et al (2016) A multigene mutation classification of 468 colorectal cancers reveals a prognostic role for APC Nature Communications, doi: 10.1038/ncomms11743 12 Amado RG, Wolf M, Peeters M, Van Cutsem E, Siena S, Freeman DJ, et al (2008) Wild-type KRAS is required for panitumumab efficacy in patients with metastatic colorectal cancer Journal of Clinical Oncology, 26(10):1626-1634 13 Tan C, Du X (2012) KRAS mutation testing in metastatic colorectal cancer WJG, 18(37):5171-5180 14 Lan YT, Jen-Kou L, Lin CH, Yang SH, Lin CC, Wang HS, et al (2015) Mutations in the RAS and PI3K pathways are associated with metastatic location in colorectal cancers Journal of Surgical Oncology, 111(7):905-910 15 Normanno N, Rachiglio A, Lambiase M, Martinelli E, Fenizia F, Esposito C, et al (2015) Heterogeneity of KRAS, NRAS, BRAF and PIK3CA mutations in metastatic colorectal cancer and Y Học TP Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số * 2021 potential effects on therapy in the CAPRI GOIM trial Annals of Oncology, 26(8):1710-1714 16 Bamford S, Dawson E, Forbes S, Clements J, Pettett R, Dogan A, et al (2004) The COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) database and website British Journal of Cancer, 91(2):355358 17 Iacopetta B, Li W, Grieu F, Ruszkiewicz A, Kawakami K (2006) BRAF mutation and gene methylation frequencies of colorectal tumours with microsatellite instability increase markedly with patient age Gut, 55(8):1213-1214 Ngày nhận báo: 10/12/2020 Ngày nhận phản biện nhận xét báo: 20/02/2021 Ngày báo đăng: 10/03/2021 Chun Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đốn Hình Ảnh-Xét Nghiệm 125 ... Bệnh nhân UTĐTT mang đột biến 124 KẾT LUẬN Bước đầu khảo sát phổ đột biến bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm mẫu FFPE Ở giai đoạn nghiên cứu, chúng tơi thu thập cỡ mẫu lớn để thống kê vị trí đột biến. .. thứ tư sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư dày; tỉ lệ nữ 6,11/100.000 dân, đứng thứ năm sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư vú ung thư dày(8) Có nhiều số liệu khác phân bố ung thư biểu mô... đích, xác định đột biến dòng mầm gây nguy ung thư Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải trình tự gen hệ mới, nhiều bảng gen khác sử dụng khảo sát đột biến gen UTĐTT Do đột biến ung thư đa dạng, nên