Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HOÀNG THỊ HẢI YẾN LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Thái Nguyên - 2014 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HOÀNG THỊ HẢI YẾN Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60.42.01.21 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: GS.TS Chu Hoàng Mậu Thái Nguyên - 2014 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu tơi số kết cộng tác với nhóm nghiên cứu Các số liệu kết trình bày luận văn trung thực, trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Tác giả luận văn Hoàng Thị Hải Yến XÁC NHẬN CỦA XÁC NHẬN CỦA CÁN BỘ HƢỚNG KHOA CHUN MƠN DẪN KHOA HỌC GS.TS Chu Hồng Mậu Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ LỜI CẢM ƠN Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới GS.TS Chu Hồng Mậu tận tình hƣớng dẫn, giúp đỡ tơi hồn thành luận văn Tơi xin chân thành Đại học Tây Bắc Xin cảm ơn t NCS Lò Thị Mai Thu, giảng viên Trƣờng cán Phịng Cơng nghệ , Phịng thí nghiệm Trọng điểm Quốc gia Công nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học - Viện Hàn Lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam nhiệt tình giúp đỡ tơi q trình thực thí nghiệm đề tài Tơi xin chân thành cảm ơn thầy cô Bộ môn Di truyền&Sinh học đại, Ban chủ nhiệm Khoa Sinh - KTNN, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Đại học Thái Nguyên tạo điều kiện thuận lợi, tận tình bảo, giúp đỡ tơi q trình học tập hồn thành luận văn Cuối cùng, bày tỏ lời cảm ơn đến đồng nghiệp, bạn bè toàn thể gia đình giúp đỡ, động viên tơi suốt thời gian học tập Thái Nguyên, ngày 03 tháng 06 năm 2014 Tác giả Hồng Thị Hải Yến Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt iv Danh mục bảng v Danh mục hình vi MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu Nội dung nghiên cứu Chƣơng TỔNG QUAN TÀI LIỆU TƢƠNG 1.1.1 Đặc điểm sinh học đậu tƣơng 1.1.2 Giá trị kinh tế đậu tƣơng 1.1.3 Tình hình sản xuất đậu tƣơng giới Việt Nam BEAN MOSAIC VIRUS (SMV) 1.2.1 Bệnh virus hạ , kí chủ 1.2.3 Triệu chứng bệ ế truyền bệnh 11 13 1.2.4 Biện pháp phòng trừ 14 15 15 1.3.2 Protein vỏ (CP) gen mã hóa protein vỏ SMV 17 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 VẬT LIỆU, HÓA CHẤT, THIẾT BỊ 19 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu 19 2.1.2 Hoá chất thiết bị 19 2.1.3 Địa điểm nghiên cứu 19 2.2 PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 2.2.1 Phƣơng pháp thu mẫu 20 20 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 29 3.1 KẾT QUẢ THU THẬP MẪU 29 CP CP 30 30 CP 32 3.3 Ự ĐA DẠNG CỦA CÁC DÒNG SMV 40 CP 40 ễn từ CP 42 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 45 Kết luận 45 Đề nghị 45 TÀI LIỆU THAM KHẢO 46 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, TỪ VIẾT TẮT DNA : Deoxyribonucleic Acid RNA : Ribonucleic Acid bp : Cặp bazơ cDNA : Sợi bổ sung DNA (Complementary DNA) tổng hợp từ mARN nhờ Enzym phiên mã ngƣợc CP : Coat protein cs : cộng DEPC dNTP : Diethy pyrocarbonate Kb : Kilo bazơ LB : Luria Bertani PCR : Polymerase chain reaction - Phản ứng chuỗi polymerase : Reverse trancriptase - Polymerase chain reaction (PCR ngƣợc) RTPCR Rase : Deoxynucleotide : Ribonuclease SMV : Soybean mosaic virus X-gal : 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactopyranoside IPTG : isopropylthio-β-galactoside RNAi : RNA interference TN : Thái Nguyên SL3 : Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Tình hình sản xuất đậu tƣơng Việt Nam giai đoạn 2008 - 2012 Bảng 1.2 Một số virus gây bệnh đậu tƣơng 11 2.1 22 Bảng 2.2 Trình tự cặp mồi sử dụng nghiên cứu 23 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng PCR 23 Bảng 2.4 Chu kỳ nhiệt cho phản ứng PCR 23 Bảng 2.5 Thành phần gắn gen CP vào vector tách dòng pBT 25 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng colony – PCR 27 Bảng 2.7 Chu trình nhiệt phản ứng colony - PCR 27 Bảng 3.1 Các vị trí sai khác trình tự đoạn gen CP SMV dịng SL3 so với trình tự có mã số X63771 36 Bảng 3.2 Các vị trí sai khác trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV dòng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 38 CP 41 gen CP 41 Bảng 3.5 Hệ số tƣơng đồng hệ số sai khác trình tự amino CP Số hóa Trung tâm Học liệu 43 http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1.1 Sơ đồ gen hệ gen SMV 16 Hình 1.2 Hình ảnh 3D protein vỏ SMV 17 Hình 2.1 Sơ đồ vector pBT 25 Hình 3.1 Hình ản 29 sản phẩm PCR gel agarose 31 Hình 3.3 Hình ảnh điện di sản phẩm colony-PCR từ khuẩn lạc 33 Hình 3.4 So sánh trình tự đoạn gen CP thu tỉnh Sơn La trình tự gen CP dịng virus SMV đƣợc đăng ký GenBank có mã số X63771 35 Hình 3.5 So sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV dòng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 GenBank 36 protein có mã số CAA45307 GenBank 37 Hình 3.7 Kết so sánh Nucleotide blast đoạn gen CP SMV dòng SL3 NCBI 39 Hình 3.8 Kết so sánh Protein blast trình tự amino acid suy diễn từ gen CP SMV dòng SL3 NCBI 40 CP 42 Hình 3.10 Sơ đồ hình thiết lập dựa trình tự amino acid suy diễn từ gen CP 10 dòng SMV 43 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài Đậu tƣơng (Glycine max (L.) Merrill) công nghiệp ngắn ngày, có giá trị kinh tế hàm lƣợng dinh dƣỡng cao Tỉ lệ khối lƣợng chất khô hạt đậu tƣơng có đến 30 - 45% protein với đầy đủ cân đối loại axit amin cần thiết, 19 - 25% lipit, 20% gluxit, - 5% chất khoáng vitamin (B1, B2, C, D, E, K ) Hạt đậu tƣơng cung cấp nguồn dinh dƣỡng phong phú cho ngƣời động vật Rễ đậu tƣơng có nốt sần chứa vi khuẩn có khả cố định nitơ khơng khí, trồng đậu tƣơng góp phần cải tạo đất bảo vệ mơi trƣờng Với giá trị to lớn đó, đậu tƣơng đƣợc đánh giá trồng quan trọng sản xuất nông nghiệp đời sống xã hội nhiều nƣớc giới Hiện Việt Nam, đậu tƣơng chiếm vị trí quan trọng cấu trồng nông nghiệp, đƣợc gieo trồng vùng nơng nghiệp nƣớc với mục đích giải vấn đề thiếu protein cho ngƣời gia súc, xuất cải tạo đất Những năm gần đây, suất đậu tƣơng bình quân giới nƣớc ta bị giảm sút đáng kể nhiều nguyên nhân nhƣ tác động xấu môi trƣờng, sâu bệnh, chất lƣợng hạt giống, kỹ thuật canh tác… Trong nguyên nhân trên, bệnh nhiễm virus gây tổn thất lớn suất, chất lƣợng đậu tƣơng chƣa có biện pháp hiệu để phòng trừ Đậu tƣơng trồng dễ bị nhiễm nhiều loại virus, nhƣ bệnh khảm (Soybean mosaic virus - SMV), bệnh khảm vàng (Bean yellow mosaic virus BYMV), bệnh xoăn số bệnh virus khác Soybean mosaic virus (SMV) loại virus gây bệnh nghiêm trọng đậu tƣơng Sau nhiễm SMV, đậu tƣơng suy giảm khả sinh trƣởng, phát triển, giảm suất chất lƣợng hạt Nghiên cứu hệ gen SMV cung cấp gợi ý để xác định yếu tố định đến Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Hình 3.4 So sánh trình tự đoạn gen CP (cDNA) SMV thu tỉnh Sơn La trình tự gen CP dịng virus SMV đƣợc đăng ký GenBank có mã số X63771 (X63771: Trình tự gen CP SMV GenBank; SL3: SMV dòng SL3-Việt Nam) Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Bảng 3.1 Các vị trí sai khác trình tự đoạn gen CP SMV dịng SL3 so với trình tự có mã số X63771 Vị trí nucleotide X63771 SL3 11 G T 278 A T 708 G C 712 A T Protein có mã số CAA45307 GenBank đƣợc suy diễn từ trình tự gen mã số X63771 virus SMV có 267 amino acid vùng Poty-coat protein CP có 232 amino acid (từ vị trí 33 đến 264) Protein suy diễn từ trình tự đoạn gen CP SMV dịng SL3 có 240 amino acid có 208 amino acid vùng Poty-coat (từ vị trí 33 đến 240) Kết so sánh đƣợc trình bày hình 3.5 3.6 Hình 3.5 So sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV dịng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 GenBank (Pr-CAA45307: Trình tự amino acid coat protein SMV có mã số CAA45307 GenBank; Pr-SL3: trình tự amino acid protein suy diễn từ đoạn gen CP SMV dịng SL3) Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Hình 3.6 - tein có mã số CAA45307 GenBank (Poty-coat-CAA45307: Trình tự amino acid vùng poty-coat coat protein SMV có mã số CAA45307 GenBank; Poty-coat-SL3: trình tự amino acid vùng poty-coat suy diễn từ đoạn gen CP SMV dòng SL3) Hình 3.5 cho thấy, trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV dòng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 GenBank gần 99% ( 3.2) Sự sai khác vị trí nucleotide 708 gen CP khơng dẫn dến sai khác amino acid Nếu so sánh trình tự amino acid suy diễn -coat hai dịng SMV (Hình 3.6) tƣơng đồng 99% với vị trí sai khác 61 206 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Bảng 3.2 Các vị trí sai khác trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV dịng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 Vị trí amino acid 93 238 CAA45307 SL3 G V (Glycine) (Valine) Y F (Tyrosine) (Phenylalanine) I F (Isoleucine) (Phenylalanine) Từ kết phân tích trên, chúng tơi khẳng định trình tự đoạn gen CP mã hóa protein vỏ từ SMV dịng SL3 gây bệnh khảm đậu tƣơng thu tỉnh Sơn La Hiện nay, nhà khoa học quan tâm nghiên cứu chuyển gen có nguồn gốc từ virus gây bệnh để tạo chuyển gen kháng virus dựa theo RNAi (RNA interference) Vì vậy, việc nghiên cứu gen mã hoá protein virus (CP, ) giúp tạo vật liệu sở cho việc tạo trồng chuyển gen có khả kháng lại virus Trình tự nucleotide đoạn gen CP SMV dòng SL3 đƣợc so sánh với trình tự nucleotide Genbank cơng cụ Nucleotide blast NCBI Kết (Hình 3.7) cho thấy, trình tự nucleotide gen CP dịng SMV có tƣơng đồng cao Vùng bảo thủ gen CP SMV dòng SL3 nằm khoảng 713bp (từ vị trí đến 719), nguyên liệu để thiết kế vector mang cấu trúc RNAi chứa đoạn gen mã hóa protein vỏ nhằm phục vụ tạo chuyển gen kháng virus gây bệnh khảm đậu tƣơng Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Hình 3.7 Kết so sánh Nucleotide blast đoạn gen CP SMV dòng SL3 NCBI Protein suy diễn từ trình tự đoạn gen CP SMV dòng SL3 đƣợc so sánh Protein blast NCBI Kết (Hình 3.8) cho thấy, trình tự amino acid protein vỏ dịng SMV có tƣơng đồng cao Trên protein vỏ SMV có vùng poty-coat vùng đặc trƣng cho virus thuộc chi Potyvirus Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Hình 3.8 Kết so sánh Protein blast trình tự amino acid suy diễn từ gen CP SMV dịng SL3 NCBI SỰ ĐA DẠNG CỦA CÁC DỊNG SMV 3.3 3.3.1 S gen CP Chúng tiến hành so sánh trình tự nucleotide đoạn gen CP SMV dịng SL3-Việt Nam với trình tự gen CP công bố Ngân hàng gen quốc tế (B 3.3) Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ SMV CP STT SL3 2013 B2013-TN04-05 X63771 1992 Chu U25673 1995 Chu cs AB100445 2003 Kanematsu cs AB100447 2003 Kanematsu cs AB206830 2008 Saruta cs AB206833 2008 Saruta cs AB206834 2008 Saruta cs AJ609297 2003 Choi 10 AJ609298 2003 Choi Xử lý phần mềm CP (Bảng 3.4) 3.4 CP Số hóa Trung tâm Học liệu 10 SMV http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Kết cho thấy hệ số tƣơng đồng trình tự nucleotide đoạn gen CP 10 dịng SMV đem phân tích có mức giao động nhỏ từ 92,7% đến 99,7% Hệ số sai khác giao động nhỏ từ 0,3% đến 7,3% CP 10 dịng SMV thể hình 3.9 3.9 CP Hình 3.9 cho thấy, 10 dịng SMV làm nhóm với khoảng cách di truyền 4,2% Dịng SL3-Việt Nam, dịng có mã số X63771 dịng có mã số U25673 phân bố nhóm với hệ số tƣơng đồng từ 98,5% đến 99,4% từ đo CP Chúng tơi tiếp tục so sánh trình tự amino acid suy diễn từ đoạn gen CP 10 dòng SMV nhằm xác định hệ số tƣơng đồng, hệ số sai khác khoảng cách di truyền 10 dòng SMV Kết xác định hệ số tƣơng đồng hệ số sai khác phần mềm DNAstar đƣợc thể bảng 3.5 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Bảng 3.5 CP Kết cho thấy hệ số tƣơng tƣơng đồng 10 dịng SMV phân tích có biên độ giao động nhỏ (95,1% - 99,6%), hệ số sai khác dao động từ 0,4% đến 4,9% Mối quan hệ di truyền 10 dòng SMV dựa liệu phân tích trình tự amino acid suy diễn gen CP đƣợc thể sơ đồ hình (Hình 3.10) Hình 3.10 Sơ đồ hình thiết lập dựa trình tự amino acid suy diễn từ gen CP 10 dịng SMV Sơ đồ hình hình 3.10 cho thấy dịng SL3-Việt Nam hai dịng có nguồn gốc từ Trung Quốc có protein suy diễn với mã số CAA45307 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ AAA70095 phân bố nhóm với hệ số tƣơng đồng từ 97,9% 98,8% Nhƣ vậy, dựa trình tự nucleotide gen CP trình tự amino acid suy diễn, dịng SMV-SL3 thu tỉnh Sơn La Việt Nam có quan hệ gần với hai dịng Trung Quốc có mã số X63771 U25673 Ngân hàng gen quốc tế Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Kết luận 1.1 hân bản, tách dòng xác định trình tự đoạn gen CP mã hóa protein vỏ từ SMV dòng SL3 gây bệnh khảm đậu tƣơng thu Sơn La Đoạn gen CP có kích thƣớc 720 nucleotide, mã hóa 240 amino acid vùng poty-coat coat protein có 208 amino acid CP amino acid (61, 206) poty-coat CP CAA45307 GenBank 1.3 10 SMV dịng SL3-Việt Nam có quan hệ gần phân bố nhóm với hai dịng SMV Trung Quốc có mã số X63771 U25673 Ngân hàng gen quốc tế 3, X63771 U25 4,2% Đề nghị Tiếp tục thu mẫu bệnh khảm đậu tƣơng nhiều vùng trồng đậu tƣơng nƣớc thiết kế vector mang cấu trúc RNAi phục vụ chuyển gen nhằm cải thiện khả kháng SMV Số hóa Trung tâm Học liệu đậu tƣơng Việt Nam http://www.lrc-tnu.edu.vn/ TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Ngô Thế Dân (1999), Cây đậu tương, Nxb Nông nghiệp Trần Văn Điền (2007), Giáo trình Cây đậu tương, Nxb Nơng nghiệp, Hà Nội Chu Hồng Hà, Nguyễn Minh Hùng, Bùi Chi Lăng, Lê Trần Bình (2004), “Đánh giá tính đa dạng dịng virus gây bệnh đốm vịng đu đủ Việt Nam thơng qua tách dịng, xác định so sánh trình tự gen mã hố protein vỏ (CP)”, Tạp chí Cơng nghệ sinh học, 2(4):451-459 Vũ Triệu Mẫn, Lê Cƣơng Tế (1998), Giáo trình bệnh nông nghiệp, Nxb Nông nghiệp, Hà Nội Chu Hoàng Mậu, Nguyễn Thị Thúy Hƣờng, Nguyễn Vũ Thanh Thanh, Chu Hồng Hà (2011), Gen đặc tính chịu hạn đậu tương (Glycine max (L.) Merrill), Nxb Đại học Quốc gia Hà Nội Chu Hoàng Mậu (2008), Phương pháp phân tích di truyền đại chọn giống trồng, Nxb Đại học Thái Nguyên Trần Đình Long (2000), Cây đậu tương, Nxb Nơng nghiệp, Hà Nội Nguyễn Thị Hải Yến, Phạm Thị Vân, Chu Hồng Hà, Chu Hồng Mậu, Lê Trần Bình (2009) “Thiết kế vector cấu trúc RNAi mang gen virus gây bệnh xoăn cà chua”, Hội nghị Công nghệ sinh học toàn quốc: 473-477 Nguyễn Thị Hải Yến, Phạm Thị Vân, Chu Hoàng Hà, Chu Hoàng Mậu, Lê Trần Bình, (2008), “Phân lập gen mã hóa protein vỏ virus gây bệnh xoăn vàng cà chua thu thập cà chua dại tỉnh Thái Nguyên” Tạp chí Cơng nghệ Sinh học (4): 467-474 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Tài liệu tiếng Anh 10 Amy Kendall, Michele McDonald, Wen Bian, Timothy Bowles, Sarah C Baumgarten, Jian Shi, Phoebe L Stewart, Esther Bullitt, David Gore, Thomas C Irving, Wendy M Havens, Said A Ghabrial, Joseph S Wall, and Gerald Stubbs (2008), “Structure of Flexible Filamentous Plant Viruses”, J.Virol, 82(19), pp 9546–9554 11 Arif, M & Hassan, S (2002), “Evaluation of resistance in soybean germplasm to Soybean mosaic potyvirus under field conditions”, Journal of Biological Sciences, 2, pp 601-604 12 Barnett, O.W (1991), “Potyviridae, a proposed family of plant viruses” Arch Virol, 118, pp: 139-141 13 Bos, L (1972), Soybean mosaic virus - Descriptions of Plant Viruses, no 93 Commonwealth Mycological Institute and Association of Applied Biologists, Kew, England 14 Cho, E.K & Goodman, R.M (1979), “Strains of Soybean mosaic virusclassification based on virulence in resistanct soybean cultivars”, Phytopathology,69, pp 467-470 15 Cho, E.K & Goodman, R.M (1982), “Evaluation of resistance in soybeans to Soybean mosaic virusstrains”, Crop Science, 22, pp 1133–1136 16 Eggenberger, A.L., Stark, D.M., and Beachy, R.N (1989), “The nucleotide sequence of a soybean mosaic virus coat protein-coding region and its expression in Escherichia coli, Agrobacterium tumefaciens andtobacco callus”, J Gen Virol, 70, pp 1853-1860 17 Gagarinova, A.G., Babu, M., Poysa, V., Hill, J.H & Wang, A (2008a), “Identification and molecular characterization of two naturally occurring Soybean mosaic virusisolates that are closely related but differ in their ability to overcome Rsv4resistance”, Virus Research, 138, pp 50-56 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 18 Galvez, G.E (1963), “Host range, purification, and electron microscopy of Soybean mosaic virus”, Phytopathology, 53, pp 388-393 19 Gardner, M.W & Kendrick, J B (1921), “Soybean mosaic virus” Journal of Agricultural Research, 22, pp 111-114 20 Gooding, G V Jr., C E Main, and L A Nelson (1981), “Estimating losses caused by TVMV in burlcy tobacco” Plant Dis, 65, pp 889-891 21 Gunyuzlu, P.L., Tolin, S.A., and Johnson, J.L (1987), “The nucleotide sequence of the 3’ terminus of soybean mosaic virus” (Abstr.) Phytopathology , 77, pp 1766 22 Hajimorad M., Eggenberger A L and Hill J.H (2006), “Soybean mosaic virus strain G7, complete sequence”, Virology, 345(1), pp 156-166 23 Hill, J (1999), Soybean mosaic, pp 70-71, In Hartman, G.L., Sinclair, J.B., and Rupe, J.C (eds.) Compendium of soybean diseases 4th edition APS Press St Paul, MN 24 Hill, J., Bailey, T.B., Benner, H.I., Tachibana, H., and Durand, D.P (1987), “Soybean mosaic virus: Effects of primary disease incidence on yield and seed quality” Plant Disease ,71, pp 237-239 25 Jayaram, Ch., Hill, J H & Miller, W A.(1992), “Complete nucleotide sequences of two Soybean mosaic virus strains differentiated by response of soybean containing the Rsv resistance gene”, J Gen Virol, 73, 2067–2077 26 Phillip W (2003), Common Soybean Diseases in Oklahoma, Oklahoma State University 27 Qusus, S.(1997), Molecular Studies on Soybean Mosaic Virus-Soybean Interactions Ph.D Dissertation.Virginia Polytechnic Institute and State University, 163p Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ 28 Saghai Maroof, M.A., Tucker, D.M & Tolin, S.A (2008), Genomics of viral– soybean interactions, Genetics and Genomics of Soybean 2, pp 293-319 29 Shukla, D.D., Ward, C.W., and Brunt, A.A (1994), The Potyviridae, CAB International, University Press, Cambridge, UK 30 Steinlage, T.A., Hill, J.H & Nutter, F.W Jr (2002), “Temporal and spatial spread of Soybean mosaic virus(SMV) in soybeans transformed with the coat protein gene of SMV”, Phytopathology, 92, pp 478-486 31 Tolin, S.A & Lacy, G.H (2004), Viral, bacterial, and phytoplasmal diseases of soybean In Soybean: Improvement, Production, and Uses, (3rd ed), pp.765-819, ASA-CSSA-SSSA, Madison, WI 32 Wang, Y., R.L Nelson and Y Hu (1998), “Genetic analysis of resistance to soybean mosaic virus in four soybean cultivars from China” Crop Sci, 38, pp 922-925 33 Won-Seok Lim, Yul-Ho Kim1 and Kook-Hyung Kim (2003) “Complete Genome Sequences of the Genomic RNA of Soybean mosaic virus Strains G7H and G5” Plant Pathol J 19(3), pp 171-176 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ... Xuất phát từ lí trên, chúng tơi lựa chọn tiến hành đề tài: ? ?Đặc điểm gen mã hóa protein vỏ Soybean mosaic virus? ?? Mục tiêu nghiên cứu Xác định đƣợc đặc điểm trình tự -coat CP phân lập từ SMV gây... bảo tồn genome potyvirrus gen mã hóa protein nhƣ gen CI, gen NIb, gen CP Gen CP SMV giống với gen CP Potato virus Y Tobacco etch virus, nhƣng tổng thể hệ gen SMV tƣơng tự nhƣ Plum pox virus [25]... nucleotide gen CP; trình tự amino acid poty-coat protein đoạn gen CP mã hóa đƣợc với GenBank 3.5 trình tự nucleotide -coat protein Số hóa Trung tâm Học liệu gen CP; trình tự amino acid gen CP mã hóa