Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)

Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)Đặc điểm của đoạn gen mã hóa protein vỏ phân lập từ soybean mosaic virus ( Luận án tiến sĩ)

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HOÀNG THỊ HẢI YẾN LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Thái Nguyên - 2014 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HOÀNG THỊ HẢI YẾN Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60.42.01.21 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: GS.TS Chu Hoàng Mậu Thái Nguyên - 2014 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu số kết cộng tác với nhóm nghiên cứu Các số liệu kết trình bày luận văn trung thực, trích dẫn luận văn ghi rõ nguồn gốc Tác giả luận văn Hoàng Thị Hải Yến XÁC NHẬN CỦA XÁC NHẬN CỦA CÁN BỘ HƢỚNG KHOA CHUN MƠN DẪN KHOA HỌC GS.TS Chu Hồng Mậu Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ LỜI CẢM ƠN Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS.TS Chu Hồng Mậu tận tình hƣớng dẫn, giúp đỡ tơi hồn thành luận văn Tơi xin chân thành Đại học Tây Bắc Xin cảm ơn t NCS Lò Thị Mai Thu, giảng viên Trƣờng cán Phòng Cơng nghệ , Phòng thí nghiệm Trọng điểm Quốc gia Công nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học - Viện Hàn Lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam nhiệt tình giúp đỡ tơi q trình thực thí nghiệm đề tài Tơi xin chân thành cảm ơn thầy cô Bộ môn Di truyền&Sinh học đại, Ban chủ nhiệm Khoa Sinh - KTNN, Trƣờng Đại học Sƣ phạm Đại học Thái Nguyên tạo điều kiện thuận lợi, tận tình bảo, giúp đỡ tơi q trình học tập hồn thành luận văn Cuối cùng, bày tỏ lời cảm ơn đến đồng nghiệp, bạn bè toàn thể gia đình giúp đỡ, động viên tơi suốt thời gian học tập Thái Nguyên, ngày 03 tháng 06 năm 2014 Tác giả Hồng Thị Hải Yến Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt iv Danh mục bảng v Danh mục hình vi MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục tiêu nghiên cứu Nội dung nghiên cứu Chƣơng TỔNG QUAN TÀI LIỆU TƢƠNG 1.1.1 Đặc điểm sinh học đậu tƣơng 1.1.2 Giá trị kinh tế đậu tƣơng 1.1.3 Tình hình sản xuất đậu tƣơng giới Việt Nam BEAN MOSAIC VIRUS (SMV) 1.2.1 Bệnh virus hạ , kí chủ 1.2.3 Triệu chứng bệ ế truyền bệnh 11 13 1.2.4 Biện pháp phòng trừ 14 15 15 1.3.2 Protein vỏ (CP) gen mã hóa protein vỏ SMV 17 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 2.1 VẬT LIỆU, HÓA CHẤT, THIẾT BỊ 19 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu 19 2.1.2 Hoá chất thiết bị 19 2.1.3 Địa điểm nghiên cứu 19 2.2 PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 2.2.1 Phƣơng pháp thu mẫu 20 20 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 29 3.1 KẾT QUẢ THU THẬP MẪU 29 CP CP 30 30 CP 32 3.3 Ự ĐA DẠNG CỦA CÁC DÒNG SMV 40 CP 40 ễn từ CP 42 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 45 Kết luận 45 Đề nghị 45 TÀI LIỆU THAM KHẢO 46 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, TỪ VIẾT TẮT DNA : Deoxyribonucleic Acid RNA : Ribonucleic Acid bp : Cặp bazơ cDNA : Sợi bổ sung DNA (Complementary DNA) tổng hợp từ mARN nhờ Enzym phiên mã ngƣợc CP : Coat protein cs : cộng DEPC dNTP : Diethy pyrocarbonate Kb : Kilo bazơ LB : Luria Bertani PCR : Polymerase chain reaction - Phản ứng chuỗi polymerase : Reverse trancriptase - Polymerase chain reaction (PCR ngƣợc) RTPCR Rase : Deoxynucleotide : Ribonuclease SMV : Soybean mosaic virus X-gal : 5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactopyranoside IPTG : isopropylthio-β-galactoside RNAi : RNA interference TN : Thái Nguyên SL3 : Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC CÁC BẢNG Trang Bảng 1.1 Tình hình sản xuất đậu tƣơng Việt Nam giai đoạn 2008 - 2012 Bảng 1.2 Một số virus gây bệnh đậu tƣơng 11 2.1 22 Bảng 2.2 Trình tự cặp mồi sử dụng nghiên cứu 23 Bảng 2.3 Thành phần phản ứng PCR 23 Bảng 2.4 Chu kỳ nhiệt cho phản ứng PCR 23 Bảng 2.5 Thành phần gắn gen CP vào vector tách dòng pBT 25 Bảng 2.6 Thành phần phản ứng colony – PCR 27 Bảng 2.7 Chu trình nhiệt phản ứng colony - PCR 27 Bảng 3.1 Các vị trí sai khác trình tự đoạn gen CP SMV dòng SL3 so với trình tự có mã số X63771 36 Bảng 3.2 Các vị trí sai khác trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV dòng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 38 CP 41 gen CP 41 Bảng 3.5 Hệ số tƣơng đồng hệ số sai khác trình tự amino CP Số hóa Trung tâm Học liệu 43 http://www.lrc-tnu.edu.vn/ DANH MỤC CÁC HÌNH Trang Hình 1.1 Sơ đồ gen hệ gen SMV 16 Hình 1.2 Hình ảnh 3D protein vỏ SMV 17 Hình 2.1 Sơ đồ vector pBT 25 Hình 3.1 Hình ản 29 sản phẩm PCR gel agarose 31 Hình 3.3 Hình ảnh điện di sản phẩm colony-PCR từ khuẩn lạc 33 Hình 3.4 So sánh trình tự đoạn gen CP thu tỉnh Sơn La trình tự gen CP dòng virus SMV đƣợc đăng ký GenBank có mã số X63771 35 Hình 3.5 So sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV dòng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 GenBank 36 protein có mã số CAA45307 GenBank 37 Hình 3.7 Kết so sánh Nucleotide blast đoạn gen CP SMV dòng SL3 NCBI 39 Hình 3.8 Kết so sánh Protein blast trình tự amino acid suy diễn từ gen CP SMV dòng SL3 NCBI 40 CP 42 Hình 3.10 Sơ đồ hình thiết lập dựa trình tự amino acid suy diễn từ gen CP 10 dòng SMV 43 Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài Đậu tƣơng (Glycine max (L.) Merrill) công nghiệp ngắn ngày, có giá trị kinh tế hàm lƣợng dinh dƣỡng cao Tỉ lệ khối lƣợng chất khô hạt đậu tƣơng có đến 30 - 45% protein với đầy đủ cân đối loại axit amin cần thiết, 19 - 25% lipit, 20% gluxit, - 5% chất khoáng vitamin (B1, B2, C, D, E, K ) Hạt đậu tƣơng cung cấp nguồn dinh dƣỡng phong phú cho ngƣời động vật Rễ đậu tƣơng có nốt sần chứa vi khuẩn có khả cố định nitơ khơng khí, trồng đậu tƣơng góp phần cải tạo đất bảo vệ môi trƣờng Với giá trị to lớn đó, đậu tƣơng đƣợc đánh giá trồng quan trọng sản xuất nông nghiệp đời sống xã hội nhiều nƣớc giới Hiện Việt Nam, đậu tƣơng chiếm vị trí quan trọng cấu trồng nông nghiệp, đƣợc gieo trồng vùng nơng nghiệp nƣớc với mục đích giải vấn đề thiếu protein cho ngƣời gia súc, xuất cải tạo đất Những năm gần đây, suất đậu tƣơng bình quân giới nƣớc ta bị giảm sút đáng kể nhiều nguyên nhân nhƣ tác động xấu môi trƣờng, sâu bệnh, chất lƣợng hạt giống, kỹ thuật canh tác… Trong nguyên nhân trên, bệnh nhiễm virus gây tổn thất lớn suất, chất lƣợng đậu tƣơng chƣa có biện pháp hiệu để phòng trừ Đậu tƣơng trồng dễ bị nhiễm nhiều loại virus, nhƣ bệnh khảm (Soybean mosaic virus - SMV), bệnh khảm vàng (Bean yellow mosaic virus BYMV), bệnh xoăn số bệnh virus khác Soybean mosaic virus (SMV) loại virus gây bệnh nghiêm trọng đậu tƣơng Sau nhiễm SMV, đậu tƣơng suy giảm khả sinh trƣởng, phát triển, giảm suất chất lƣợng hạt Nghiên cứu hệ gen SMV cung cấp gợi ý để xác định yếu tố định đến Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ ... Xuất phát từ lí trên, chúng tơi lựa chọn tiến hành đề tài: Đặc điểm gen mã hóa protein vỏ Soybean mosaic virus Mục tiêu nghiên cứu Xác định đƣợc đặc điểm trình tự -coat CP phân lập từ SMV gây... diễn từ gen CP phân lập từ SMV dòng SL3 trình tự amino acid protein có mã số CAA45307 GenBank 36 protein có mã số CAA45307 GenBank 37 Hình 3.7 Kết so sánh Nucleotide blast đoạn gen. .. nucleotide gen CP; trình tự amino acid poty-coat protein đoạn gen CP mã hóa đƣợc với GenBank 3.5 trình tự nucleotide -coat protein Số hóa Trung tâm Học liệu gen CP; trình tự amino acid gen CP mã hóa