NGÔ THỊ THU HIỀN NGHIÊN cứu đa DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN của cây BA KÍCH (morinda officinalis how ) ở MIỀN bắc VIỆT NAM

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC DƯỢC HÀ NỘI NGÔ THỊ THU HIỀN NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN CỦA CÂY BA KÍCH (Morinda officinalis How.) Ở MIỀN BẮC VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ DƯỢC HỌC HÀ NỘI 2016 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC DƯỢC HÀ NỘI NGÔ THỊ THU HIỀN NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN CỦA CÂY BA KÍCH (Morinda officinalis How.) Ở MIỀN BẮC VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ DƯỢC HỌC CHUYÊN NGÀNH: DƯỢC HỌC CỔ TRUYỀN MÃ SỐ: 60720406 Người hướng dẫn khoa học: PGS TS Trần Văn Ơn HÀ NỘI 2016 LỜI CẢM ƠN Em xin bày tỏ lịng kính trọng, biết ơn lời cảm ơn sâu sắc tới PGS TS Trần Văn Ơn - Bộ môn Thực vật, Trường Đại học Dược Hà Nội, thầy tận tình hướng dẫn, định hướng, truyền cảm hứng giúp đỡ em nhiều trình thực luận văn Em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới thầy Nghiêm Đức Trọng, cô Phạm Thị Linh Giang – Bộ môn Thực Vật, Trường Đại học Dược Hà Nội Cảm ơn Ths.Kim Ngọc Quang, anh Nguyễn Trường Khoa - viện Di truyền Nông Nghiệp Việt Nam, anh Lê Quân, em sinh viên Đặng DuyViệt– K68, Trường Đại học Dược Hà Nội sẵn sàng hỗ trợ em trình thực Em xin gửi lời cảm ơn chân thành tới thầy cô, chị kĩ thuật viên, em sinh viên nghiên cứu khoa học - Bộ môn Thực vật, Trường Đại học Dược Hà Nội anh chị viện Di truyền Nông Nghiệp Việt Nam giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi để em hồn thành tốt trình làm thực nghiệm Lời sau cùng, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới bố mẹ, anh chị bạn bè bên cạnh ủng hộ, động viên em suốt học tập, nghiên cứu hoàn thành đề tài Do thời gian làm thực nghiệm kiến thức thân cịn có hạn, luận văn cịn có nhiều thiếu sót Em mong nhận góp ý thầy cơ, bạn bè để khóa luận hồn thiện Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 14 tháng 09 năm 2016 Học viên NGÔ THỊ THU HIỀN MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Chương 1: TỔNG QUAN 1.1 CÂY BA KÍCH 1.1.1 Đặc điểm thực vật 1.1.2 Phân bố đặc tính sinh thái 1.1.3 Bộ phận dùng 1.1.4 Thành phần hóa học 1.1.5 Tác dụng dược lý 1.1.6 Tác dụng Y học cổ truyền 1.2 TỔNG QUAN VỀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN 1.2.1 Phản ứng chuỗi trùng hợp PCR 1.2.2 Giới thiệu vùng rDNA vùng ITS 1.2.3 Giới thiệu sơ lược Kỹ thuật giải trình tự GEN (DNA sequencing) 1.2.4 Nghiên cứu đa dạng di truyền Ba kích 11 Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 13 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 13 2.1.1 Mẫu nghiên cứu 13 2.1.2 Dung mơi, hóa chất 14 2.1.3 Thiết bị dùng nghiên cứu 14 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 2.2.1 Phân tích hình thái 15 2.2.2 Phân tích hóa học 16 2.2.3 Đánh giá đa dạng di truyền dựa thị ITS 17 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 21 3.1 TÍNH ĐA DẠNG SINH HỌC DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI 21 3.1.1 Đa dạng sinh học mẫu thuộc lồi Morinda officinalis dựa vào đặc điểm hình thái 21 3.1.2 Đặc điểm hình thái mẫu thuộc chi Polygala 36 3.1.3 So sánh đặc điểm hình thái mẫu thuộc loài Morinda officinalis How mẫu Polygala sp 37 3.2 SẮC KÝ LỚP MỎNG CỦA CÁC MẪU BA KÍCH THUỘC LOÀI MORINDA OFFICINALIS HOW VÀ POLYGALA SP 38 3.3 KẾT QUẢ PHÂN TÍCH ADN 40 3.3.1 Kết tách chiết ADN tổng số 40 3.3.2 Kết phân tích sản phẩm khuếch đại gel agarose 41 3.3.3 Kết giải trình tự vùng ITS-rDNA 41 3.3.4 Cây phân loại trình tự ITS-rADN 53 Chương 4: BÀN LUẬN 55 4.1 Về phân tích hình thái 55 4.2 Về phân tích đặc điểm hóa học 56 4.3 Về phân tích đa dạng di truyền thị ITS 56 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 60 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt ADN CTAB dATP dCTP dGTP dNTP dTTP EDTA EtBr ETS HNIP HPTLC IGS ITS LSU NCBI PCR RAPD rDNA Rf rRNA SSU TAE TLC TWINSPAN Tên đầy đủ Acid Deoxyribo Nucleic Cetyl trimethylammonium bromide 2’-deoxyadenosin triphosphat 2’-deoxycytidin-5’-triphosphat 2’-deoxyguanosin triphosphat deoxynucleotide Triphosphate 2’-deoxythymin triphosphat Ethylendiamin Tetraacetic Acid Ethidium bromide External Transcribed Spacer High performance thin layer chromatography Intergenic spacer Internal Transcribed Spacer Large subunit National Center for Biotechnology Information Polymerase Chain Reaction Random Amplification of Polymorphic DNA Ribosomal Deoxyribo Nucleic Acid Retention factor Ribosomal Ribonucleic Acid Small subunit Tris base-acetate-EDTA Thin-layer chromatography Two way indicator species analysis Diễn giải Acid Deoxyribo Nucleic Cetyl trimethylammonium bromide 2’-deoxyadenosin triphosphat 2’-deoxycytidin-5’-triphosph i.e group *01011 **************** THIS IS THE END OF THE DIVISIONS REQUESTED **************** ************************************************************************* *** ORDER 21 bmdpl 12 ddcl sot 23 gpl sqtb 24 mstn 14 ktlr 27 OF SPECIES INCLUDING RARER ONES doma | 18 bmgc | 35 bmq | 29 bmtr | 16 bmcl | mstg | crpl bmt | 25 st | 11 dkcl | 10 36 shtb | 32 svn | 30 sob | 28 | 22 cdpl | 19 scgp | 15 bmtpl | 13 ddlk | bmlk | 31 bmb | 26 bmd | 34 cspl | hdlk | 20 hgcb | mslk | mpl | cdlk | 33 cmq | 17 lm | hdt | BK4 BK5 | | BK6 BK7 ORDER OF SAMPLES BK9 | BK8 | 10 BK10 | 11 BK11 BK1 | | TWO-WAY ORDERED TABLE 1 91346812570 21 18 35 29 16 12 25 11 10 doma bmgc bmq bmtr bmdpl bmcl bmt st dkcl ddcl 111111 22222211112 12222212111 22212211211 22222211111 22222211121 22222111111 21122211211 21111111112 33323233333 11 1011 1010 1010 1010 1010 1010 100 011 011 BK3 BK2 | | 36 32 30 28 23 22 19 15 13 31 26 34 24 20 14 33 17 27 mstg shtb svn sob sot crpl cdpl scgp bmtpl gpl ddlk bmlk bmb bmd sqtb cspl hdlk hgcb mslk mstn mpl cdlk cmq lm ktlr hdt 22221122212 22222222223 22222222222 22222222222 22222222222 22222222222 43333334343 33333333333 12111111111 22122211222 22222222222 22222222212 22212211221 22212211221 11223222222 21222222222 12222222222 11122221111 11222221121 11122222121 11111111211 11111112111 11222121222 11222122222 11221122211 11111111112 011 01011 01011 01011 01011 01011 01011 01011 01011 01011 01011 01011 01010 01010 01001 01001 01001 01000 01000 01000 0011 0011 0010 0010 0010 000 00000011111 00111100001 ********** TWINSPAN completed ********** ... DƯỢC HÀ NỘI NGÔ THỊ THU HIỀN NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN NGUỒN GEN CỦA CÂY BA KÍCH (Morinda officinalis How.) Ở MIỀN BẮC VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ DƯỢC HỌC CHUYÊN NGÀNH: DƯỢC HỌC CỔ TRUYỀN MÃ... Kỹ thu? ??t giải trình tự GEN (DNA sequencing) 1.2.4 Nghiên cứu đa dạng di truyền Ba kích 11 Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 13 2.1 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU 13 2.1.1 Mẫu nghiên. .. Đánh giá đa dạng di truyền dựa thị ITS 17 Chương 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 21 3.1 TÍNH ĐA DẠNG SINH HỌC DỰA TRÊN ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI 21 3.1.1 Đa dạng sinh học mẫu thu? ??c lồi