MỘT số đặc điểm DỊCH tễ BỆNH TAY CHÂN MIỆNG và SINH học PHÂN tử VÙNG GEN VP1 của EV a71, CV a16 CV a6 lưu HÀNH tại hà nội, năm 2015 2018

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TRẦN THỊ NGỌC ÁNH MéT Số ĐặC ĐIểM DịCH Tễ BệNH TAY CHÂN MIệNG Và SINH HäC PH¢N Tư VïNG GEN VP1 CđA EVA71, CV-A16 & CV-A6 LƯU HàNH TạI Hà NộI, NĂM 20152018 LUN VĂN THẠC SỸ Y HỌC HÀ NỘI, 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y H NI TRN TH NGC NH MộT Số ĐặC ĐIểM DịCH Tễ BệNH TAY CHÂN MIệNG Và SINH HọC PHÂN Tư VïNG GEN VP1 CđA EVA71, CV-A16 & CV-A6 L¦U HàNH TạI Hà NộI, NĂM 20152018 Chuyờn ngnh: Vi sinh y học Mã số : 60720115 LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: 1.TS.BS Nguyễn Thị Kiều Anh 2.TS.BS Phạm Hồng Nhung HÀ NỘI - 2019 LỜI CẢM ƠN Với lòng người học trò, em xin bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới TS Nguyễn Thị Kiều Anh, TS Phạm Hồng Nhung hướng dẫn tận tình, giúp đỡ chia sẻ khó khăn em suốt trình học tập nghiên cứu để thực đề tài Sự hướng dẫn tận tình kiến thức q báu đóng vai trị vơ quan trọng trình học tập, nghiên cứu khoa học để em hoàn thành luận văn Em xin gửi cám ơn toàn thể anh chị nhân viên, kỹ thuật viên khoa Xét nghiệm- Chẩn đoán hình ảnh & Thăm dị chức năng, Trung tâm Kiểm soát Bệnh tật Thành phố Hà Nội, TS Trần Thị Nguyễn Hòa anh chị - Khoa Vi rút đường ruột Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương giúp đỡ nhiệt tình, tạo điều kiện mặt trình thực luận văn Em xin cảm ơn tập thể thầy cô, chị kỹ thuật viên giúp đỡ, tạo điều kiện, động viên em trình học tập thực luận văn Em xin cám ơn Ban Giám Hiệu, phòng Đào tạo Sau đại học, phòng ban chức Trường đại học Y Hà Nội giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi cho em hoàn thành luận văn Cuối cùng, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến người thân gia đình bạn bè ln ủng hộ em suốt q trình làm đề tài Hà Nội, ngày 20 tháng 10 năm 2019 Trần Thị Ngọc Ánh LỜI CAM ĐOAN Tôi Trần Thị Ngọc Ánh, cao học khóa 26, trường đại học Y Hà Nội, chuyên ngành Vi sinh y học Tôi xin cam đoan: Đây luận văn thân trực tiếp thực hướng dẫn TS Nguyễn Thị Kiều Anh TS Phạm Hồng Nhung Các số liệu thông tin nghiên cứu hồn tồn xác, trung thực khách quan, chấp thuận sở nơi nghiên cứu Tơi xin cam đoan điều trình bày hồn tồn trung thực xác Hà Nội, ngày 20 tháng 10 năm 2019 Trần Thị Ngọc Ánh MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cương bệnh tay chân miệng .3 1.1.1 Sơ lược bệnh tay chân miệng 1.1.2 Tác nhân gây bệnh tay chân miệng .5 1.1.3 Điều trị phòng bệnh 1.2 Dịch tễ học bệnh tay chân miệng .5 1.2.1 Tình hình bệnh tay chân miệng giới .5 1.2.2 Tình hình bệnh tay chân miệng Việt Nam 1.2.3 Một số nghiên cứu đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng giới Việt Nam 1.3 Vi rút đường ruột gây bệnh tay chân miệng .9 1.3.1 Phân loại .9 1.3.2 Hình thái cấu trúc đặc điểm phân tử vi rút đường ruột 12 1.3.3 Các kỹ thuật chẩn đoán tác nhân gây bệnh tay chân miệng .14 1.3.4 Một số nghiên cứu đặc điểm phân tử số týp VRĐR gây bệnh tay chân miệng giới Việt Nam .16 CHƯƠNG 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .21 2.1 Đối tượng nghiên cứu .21 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 21 2.3 Vật liệu 21 2.4 Phương pháp nghiên cứu 24 2.4.1 Thiết kế nghiên cứu: Nghiên cứu mô tả kết hợp phân tích 24 2.4.2 Quy trình nghiên cứu 24 2.4.3 Các số nghiên cứu .26 2.4.4 Các bước thực xác định týp vi rút giải trình tự gen vùng VP1 26 2.4.5 Phân tích đặc điểm di truyền vùng gen VP1 EV-A71, CV-A6, CVA16 từ mẫu năm 2015-2018 27 2.5 Đạo đức nghiên cứu 31 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 32 3.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng Hà Nội, năm 2015-2018 32 3.1.1 Một số đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng Hà Nội, năm 20152018 .32 3.1.2 Tỷ lệ týp vi rút đường ruột gây bệnh tay chân miệng Hà Nội, năm 2015- 2018 .36 3.1.3 Một số yếu tố dịch tễ học lưu hành týp vi rút đường ruột bệnh nhân tay chân miệng, 2015-2018 39 3.2 Đặc điểm phân tử vùng gen VP1 số chủng EV-A71, CV-A6, CVA16 lưu hành Hà Nội từ năm 2015 đến năm 2018 43 3.2.1 Đặc điểm di truyền phả hệ EV-A71, CV-A6, CV-A16 lưu hành Hà Nội, năm 2015-2018 .45 3.2.2 Mức độ tương đồng nucleotide acid amin số chủng EV-A71, CV-A16, CV-A6 lưu hành Hà Nội, năm 2015 - 2018 với chủng chuẩn Việt Nam giới 50 3.2.3 Sự xuất đột biến nucleotide acid amin chủng EV-A71, CVA16 CV-A6 lưu hành Hà Nội từ 2015-2018 51 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 61 4.1 Đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng Hà Nội từ năm 2015-2018 61 4.1.1 Một số đặc điểm dịch tễ học mẫu nghiên cứu .61 4.1.2 Tỷ lệ týp vi rút đường ruột gây bệnh tay chân miệng Hà Nội, năm 2015- 2018 .66 4.1.3 Một số yếu tố dịch tễ học lưu hành týp vi rút đường ruột bệnh nhân tay chân miệng, 2015-2018 69 4.2 Đặc điểm phân tử vùng gen VP1 EV-A71, CV-A6, CV-A16 Hà Nội từ năm 2015 đến năm 2018 72 4.2.1 Đặc điểm di truyền phả hệ EV-A71, CV-A6, CV-A16 lưu hành Hà Nội, năm 2015-2018 .75 4.2.2 Mức độ tương đồng nucleotide, acid amin đột biến nucleotide, acid amin EV-A71, CV-A16, CV-A6 Hà Nội, năm 2015 - 2018 với chủng chuẩn Việt Nam giới 79 KẾT LUẬN 83 KIẾN NGHỊ 84 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT aa ADN ARN CV-A CV-B E EV IC IFA KSBT Nt PTN PV QĐ RT PCR rRT-PCR SHPT TCM TTYT UTR VP VRĐR VSDTTW Acid amin Acid Deoxyribose Nucleic Acid Ribonucleic Coxsackievirus A Coxsackievirus B Echovirus Enterovirus Intenal control Indirect Fluorescent Assa Kiểm soát bệnh tật Nucleotide Phịng thí nghiệm Poliovirus Quyết định Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction Realtime Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction Sinh học phân tử Tay chân miệng Trung tâm Y tế Vùng không dịch mã Viral protein Vi rút đường ruột Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Phân bố bệnh nhân theo giới tính, nhóm tuổi tính chất học 33 Bảng 3.2 Phân bố bệnh nhân TCM Hà Nội từ 2015-2018 theo phân độ lâm sàng 35 Bảng 3.3 Tỷ lệ týp VRĐR gây bệnh TCM Hà Nội, 2015-2018 37 Bảng 3.4 Sự phân bố theo phân độ lâm sàng týp VRĐR gây bệnh TCM 42 Bảng 3.5 Kết thực giải trình tự vùng gen VP1 44 117 Đào Thị Hải Anh, Trần Thị Nguyễn Hòa (2016) Sự tái trội kiểu gene c4a vi rút đường ruột típ 71 tỉnh miền bắc Việt Nam Tạp chí Y học Dự phòng, 28(7), 115–125 118 Cobbin J C A., Britton P N., Burrell R., et al (2018) A complex mosaic of enteroviruses shapes community-acquired hand, foot and mouth disease transmission and evolution within a single hospital Virus Evolution, 4(2) 119 Foo D G W., Alonso S., Phoon M C., et al (2007) Identification of neutralizing linear epitopes from the VP1 capsid protein of Enterovirus 71 using synthetic peptides Virus Research, 125(1), 61–68 120 Tan X., Huang X., Zhu S., et al (2011) The Persistent Circulation of Enterovirus 71 in People’s Republic of China: Causing Emerging Nationwide Epidemics Since 2008 PLoS ONE, 6(9), e25662 121 Chen M., Zuo X., Tan Y., et al (2019) Six amino acids of VP1 switch along with pandemic of CV-A6-associated HFMD in Guangxi, southern China, 2010-2017 The Journal of Infection, 78(4), 323–337 122 Perera D., Yusof M A., Podin Y., et al (2007) Molecular phylogeny of modern coxsackievirus A16 Archives of Virology, 152(6), 1201–1208 PHỤ LỤC 1: PHIẾU ĐIỀU TRA BỆNH TAY CHÂN MIỆNG Họ tên bệnh nhân: ……… …… Ngày tháng năm sinh: ……/……./… Giới tính: Nam  Nữ Dân tộc: ………………… Họ tên mẹ (bố, người chăm sóc): ………………………… … Điện thoại: …………………… Địa chỉ: Thơn/xóm/tổ: ………………… Xã: …………… Huyện: ……………… Tỉnh: ………… Ngày khởi bệnh: …… /……./…… Ngày vào viện …… /… /……… 10 Tên sở điều trị: ……………… 11 Địa sở điều trị: …………… … 12 Lý vào viện: 13 Những triệu chứng từ lúc khởi phát đến nhập viện: -  Sốt -  Ban dạng nước -  Dấu hiệu màng não -  Đau họng +  tay +  chân -  Quấy khóc -  Mệt mỏi +  mơng +  đầu gối -  Giật -  Chán ăn -  Loét miệng -  Co giật -  Tiêu chảy - Ban dạng khác -  Liệt mềm cấp -  Nôn -  Rối loạn tim mạch, hô hấp -  Rối loạn tri giác 14 Phân độ lâm sàng nhập viện: 1 2a 2b 3 4 15 Trẻ có học khơng (mầm non, nhà trẻ, mẫu giáo, nhóm trẻ gia đình): có khơng 16 Lấy mẫu kết xét nghiệm: Phân Ngày lấy: ……./……/…… Kết (nơi làm XN điền): Dịch ngoáy họng: Ngày lấy: …/…/……Kết (nơi làm XN điền): 17 Phân độ lâm sàng nặng trình bị bệnh : 1 2a 2b 3 4 Ngày điều tra: ……./……/……… Người điều tra (Ký, ghi rõ họ tên) PHỤ LỤC Bảng chủng tham chiếu lấy từ Genbank Trình tự gen VP1 chủng so sánh chủng đại diện cho số khu vực giới công bố ngân hàng gen giới (GenBank) địa website: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ với mã đăng ký tên chủng sau: Nước - Vùng Sơn Đông Sơn Đông Sơn Đông Thái Châu Thái Châu Quảng Đông Thượng Hải Phúc Kiến Trường Sa Vân Nam Đài Loan Trung Vân Nam Quốc CVQuý Châu A6 Bắc Kinh Bắc Kinh Hồng Kông Sơn Đông Thái Lan Kyoto Nhật Bản Kyoto Kyoto Anh Tây Ban Valencia Valencia Nha Phần Lan - Năm 2004 1992 1996 2010 2008 2011 2009 2010 2011 2012 2014 2010 2017 2017 2015 2014 2016 2015 2105 2015 2014 2014 1999 2003 2009 2013 2008 2008 2008 Tên chủng Gdula 92022/SD/CHN/1992 96188/SD/CHN/1996 10032/SD/CHN/2010/CA6 2008-EV-390 11MF7_Q1_2011 2009-EV-106 SHAPHC1203/SH/CHN/10 2011FJQZ495 CS655/HN/CHN/12 R23-YN-CHN-2014 TW/409/10 38-YN-CHN-2017 XS-45 56-GZ/CHN-2015AFP CVA6/S2534/BJ/CHN/2014 CVA6/S3571/BJ/CHN/2016 HK458288/2015 SDWH/15024/China/2015 DY005R/Shandong/China/2015 TH/CU1368/A/2014 TH/CU1243/A/2014 Kyoto1 Kyoto2 Kyoto4 V13/Ed/UK/201 ESP08/54698 ESP08/54694 Finland/2008 Mã chủng AY421764 JQ364886 JQ364887 JQ364889 KM079502 KJ609188 KM079505 JX495122 KJ743211 KJ784508 LC013470 JQ946055 LC413124 MH536772 MF455511 MF285644 MF285676 MH049748 MH086164 KY126090 KX212494 KX212491 AB779614 AB779616 AB779617 KP144339 FR797988 FR797987 KM114057 Ấn Độ Đồng Nai Đồng Nai Long An Bình Dương Tiền Giang Hồ chí Minh Hồ chí Minh Hồ chí Minh Việt Nam Hồ chí Minh Hồ chí Minh Hồ chí Minh Hồ chí Minh Hồ chí Minh 2014 2014 2012 2014 2015 2015 2014 2014 2014 2014 2011 2014 N-313 VN25 VN33 VN46 VN73 VN32 VN90 VNM/1.1/2014 VN53 VN10 VNM/4.1/2014 VN1 VN93 VNM/2.1/2014 JN203517 MF578306 MF578314 MF578327 MF578354 MF578313 MF578371 KX430795 MF578334 MF578291 KX430801 MF578282 MF578374 CVA6 - Trung Quốc CVA16 Trung Quốc 2014 1994 Hà Nam 2010 Fuyang 2008 Thượng Hải 2017 2008 2009 2009 Phía nam 2008 2011 2010 Trường Sa 2012 Thượng Hải 2009 2011 Changsha 2012 Thâm Quyến Trường Sa Vân Nam Thâm 2011 2012 2008 Quyến Thâm 2017 Quyến Thâm 2017 2017 Quyến G-10 CA16/HN1539/CHN/2010 FY18 CVA16/Shenzhen259/CHN/2017 QH0269T/QH/CHN/2008 LC0017F/SD/CHN/2009/CA16 SD09-05 SZ/HK08-7 HN11-03 NJ10-75 CS397/HN/CHN/12 SH/CHN/2009 BJ11/03 CS722/HN/CHN/12 SHZH2011-0701 S425/HN/CHN/12 KMM/08 Shenzhen375/CHN/2017 KX430797 U05876 JF695007 EU812514 MH004029 GQ429268 GQ253389 KF193621 GQ279371 KF193623 KC755233 KJ156348 JQ034149 JX068830 KJ156345 JX473419 KJ156347 HQ423141 MH004037 Shenzhen292/CHN/2017 22/SZLG/2017 MH004032 MH644626 CVA16 Vân Nam Vân Nam Vân Nam Sơn Đông Thái Lan Malaysia Sarawak Sarawak Toyama 2016 2016 2016 2009 2000 2017 2014 2015 1997 2005 1998 1999 1998 Nhật Bản 2006 2007 1995 2016 2006 2008 459/Toyama/2007 392/Toyama/1995 C138/CHW/AUS/2016 NSW-V43-2006 CVA16_B_BUD22_HUN_2008 AB465402 AB465404 AB465370 MH111071 MF678332 LT617093 2008 ESP08/54682 FR798001 2014 2014 2014 2014 2005 2013 2012 2010 2008 2008 2012 2011 2017 2017 2017 2017 2017 PMB104117_FRA14 LT577786 VNM/9.2/2014 KX430812 VNM/11.2/2014 KX430816 VNM/10.1/2014 KX430813 1018T/VNM/05 AM292441 BrCr AB777928 CS156/HN/CHN/1 KJ784499 10/EV71/YN/CHN/2010 JN251923 Fuyang22 EU913466 CY11/BJ/CHN/200 FJ469153 CS591/HN/CHN/12 KJ156339 C4-NHRIH2011053-V120603591 KF306099 shzh04-3 AY895142 H25-CHN-00 AB115492 J32-YN-CHN-2017 LC413061 EV71/CZTN01/CHN/2017 LC412876 P13-YN-CHN-2017 LC413075 26/SZLG/2017 MH644612 0070_WZH_GX_CHN_2017 MK838983 Australia Hungary Tây Ban Nha Pháp Toyama Toyama Valencia Hồ Chí Minh Việt Nam Hồ Chí Minh Hồ Chí Minh Miền Nam Trung Changsha Vân Nam Quốc Fuyang Bắc Kinh Trường Sa Đài Loan Thâm Quyến Vân Nam Vân Nam Trung EVVân Nam Quốc A71 Thượng Hải - J73-YN-CHN-2016 J44-YN-CHN-2016 J51-YN-CHN-2016 LC0036F/SD/CHN/2009 TS1-2000/THAI/00 CA16/TH/MUMT-1/2017 SiICRC01/TH/2014 CA16/TH/MUMT-1/2015 MY823-3/SAR/97 PM-31376-05 UM16809/MAL/98 UM12593/MAL/99 S10432/SAR/98 418/Toyama/2006 LC412321 LC412314 LC412315 GQ253390 AM292477 MH879032 KM675925 MH879030 AM292433 JQ746677 AM292483 AM292478 AM292455 2017 2013 2017 EV71/sHFMD04/Shenzhen/2017 EV71-10/SZLG/2017 EV71-23/SZLG/2017 EV71-21/SZLG/2017 S0254a EV71/CZTN01/CHN/2017 MH716157 MH644600 MH644609 MH644607 MK307505 MG431943 2002 ES03/GC/W/02 HQ676157 Miền Nam Phần Lan Anh Hungary Hoa Kỳ Singapore Malaysia Brunei Thái Lan An Giang Cà Mau Bắc Giang Đồng Tháp Bà Rịa 2011 2007 2006 2008 1998 2000 2006 2017 2014 2013 2012 2013 2013 KOR-EV71-01 03-KOR-00 FI07/ns/W/07 H0/6290/135/2006 Hungary 78 1410-CA-86 NUH0083/SIN/08 3799/SIN/98 S21082/SAR/00 BRU/2006/35334 THA/CU2638/2017 SiICRC02/TH/2014 B5-746P-2013 B5-ND-160 B5-746P-2013 B5-527P-2013 B5-744N-2013 AY125966 DQ341356 HQ676169 AM939605 AB059815 AF009525 FJ461781 AF376117 AF376084 JN992282 MG843954 KM675917 KU888148 KU159511 KU159446 KU888072 Vũng Tàu Hà Nội Hưng Yên Vĩnh Long Tây Ninh Tiền Giang Bình Phước Bến Tre Vĩnh Phúc Bắc Giang Vũng Tàu Vĩnh Long Trà Vinh Hưng Yên Đồng Tháp Bắc Ninh 2013 2012 2012 2013 2012 2013 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 2012 Tây Ban Nha Thượng Hải Thượng Hải Thượng Hải Thượng Hải Hồ Nam Thường Châu 2017 2017 - Hàn Quốc Việt Nam EVA71 B5-ND-17 B5-ND-12 B5-703P-2013 B5-ND-124 B5-456P-2013 C4-ND-55 C4-ND-158 C4-ND-20 C4-ND-126 C4-ND-137 C4-ND-152 C4-ND-106 C4-ND-21 C4-ND-109 C4-ND-22 KU888147 KU159454 KU159451 KU888139 KU159493 KU888059 KU159468 KU159439 KU159456 KU159495 KU159435 KU159437 KU159485 KU159457 KU159487 KU159458 An Giang Cà Mau Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Bình Dương Việt Nam Hà Nội Hà Nội Miền Nam Miền nam 2013 2012 2015 2015 2015 2015 2015 2015 2014 2014 2015 2015 2005 B5-746P-2013 B5-ND-160 088TS/NHP 140TS/NHP B5-102 034TS/NHP 023TS/NHP 009TS/NHP B5-93 B5-109 079TS/NHP 069TS/NH 933V/VNM/05 2005 1277S/VNM/05 KU888148 KU159511 MH557127 MH557155 MH716359 MH557114 MH557108 MH557102 MH716350 MH716366 MH557121 MH557117 AM490161 EVA71 AM490148 CVA10 - - 2003 Kowalik AY421767 PHỤ LỤC 5: Bảng độ tương đồng nucleotide acid amin chủng EV-A71, CV-A6, CV-A16 lưu hành Hà Nội từ 2015-2018 so với chủng Việt Nam giới Phụ lục 5a: Độ tương đồng nucleotide acid amin chủng EV-A71 lưu hành Hà Nội từ năm 2015-2018 so với chủng Việt Nam giới Các chủng thu thập Hà Nội, 2015-2018 Số đăng ký Chủng 2018 Chủng 2015 Týp EV Nước Năm Ký hiệu gene Nt a.a Nt a.a bank (%) (%) (%) (%) 2012 Hanoi/2012 KU159454 97,8-98,1 99,3-99,7 EV -A71_ B5 Việt Nam 2012 HungYen/2012 KU159451 97,8-98,1 99,0-99,3 - - 2012 TayNinh/2012 KU159493 97,2-97,5 98,3-98,6 - - 2012 CaMau/2012 KU159511 94,6-94,9 98,6-99,0 - - 2013 AnGiang/2013 KU888148 97,2-97,4 99,0-99,3 - - 2013 BacGiang/2013 KU159446 97,2-97,3 98,6-99,0 - - 2013 DongThap/2013 KU888072 96,9-97,1 99,7-100,0 - - 2013 BaRia/2013 KU88814 96,8-97,0 99,3-99,7 - - 2013 VinhLong/2013 KU888139 96,2-96,9 98,6-99,0 - - 2013 TienGiang/2013 KU888059 96,6-97,1 98,6-99,0 - - 2013 2014 VinhLong_2013 Vietnam_2014 KU888073 MH716366 98,9-99,0 98,3-98,4 99,3-99,7 99,7-100,0 - - Số đăng ký Týp EV Nước Năm Ký hiệu gene bank _B5 CV-A71_ Nt a.a Nt a.a (%) (%) (%) - 2014 B5-93_Binhduong MH716350 98,9-99,0 99,7-100,0 (%) - 2015 B5-102_vietnam MH716359 98,2-99,4 99,3-99,7 - - 2015 069TS/NHP_Hanoi MH557117 98,8-99,3 99,3-100,0 - - 2015 088TS/NHP_Hanoi MH557127 98,3-99,9 99,7-100,0 - - 2015 009TS/NHP_Hanoi MH557102 98,5-98,6 99,7-100,0 - - 2015 079TS/NHP_Hanoi MH557121 98,4-99,8 99,3-100,0 - - 2015 140TS/NHP_Hanoi MH557155 98,3-99,5 99,3-99,7 - - 2015 023TS/NHP_Hanoi MH557108 98,1-99,3 99,7-100,0 - - 2015 034TS/NHP_Hanoi MH557114 97,9-99,2 99,3-99,7 - - Singapore 2008 NUH0083/SIN/08 FJ461781 95,7-96,1 99,7-100,0 - - Brunei 2006 BRU/2006/35334 JN992282 94,2-94,3 99,0-99,3 - - Việt Nam Trung 2012 TraVinh/2012 KU159485 - - 93,8-94,2 97,9-98,3 2017 23/SZLG MH644609 - - 98,6-99,1 99,3-100,0 Quốc 2017 2017 10/SZLG 26/SZLG MH644600 MH644612 - - 97,8-98,3 97,9-98,2 99,0-99,7 99,0-99,7 Việt Nam EV-A71 Các chủng thu thập Hà Nội, 2015-2018 Chủng 2018 Chủng 2015 Số đăng ký Týp EV Nước Năm Ký hiệu gene bank C4 Trung Quốc EVA71_C4 Các chủng thu thập Hà Nội, 2015-2018 Chủng 2018 Chủng 2015 Nt a.a Nt a.a (%) (%) (%) (%) 2017 CZTN01/CHN/ MG431943 - - 96,4-97,0 98,3-99,0 2017 sHFMD04/Shenzhen MH716157 - - 98,0-98,5 99,0-99,7 2017 0070_WZH_GX MK838983 - - 98,0-98,4 99,3-100,0 2017 P13-YN-CHN LC413075 - - 97,8-98,4 99,3-100,0 2017 J32-YN-CHN LC413061 - - 97,8-98,3 99,3-100,0 2016 J92-YN-CHN LC412876 - - 96,8-97,5 99,3-100,0 2013 S0254a MK307505 - - 93,9-94,5 99,0-99,7 2012 CS591/HN/CHN/12 KJ156339 - - 94,6-95,2 99,0-99,3 2012 CS156/HN/CHN/12 KJ784499 - - 94,6-95,2 99,0-99,3 2011 C4-CHN/2011 KF306099 - - 93,5-94,1 98,6-99,0 2010 10/EV71/YN JN251923 - - 94,3-95,0 99,0-99,3 2008 CY11/BJ/CHN/2008 FJ469153 - - 94,3-95,0 98,3-99,7 2009 Fuyang22 EU913466 - - 94,5-95,2 99-99,3 2000 - H25-CHN-00 shzh04-3 AB115492 AY895142 - - 90,4-90,9 88,9-89,4 98,3-99,6 98,3-99,6 Số đăng ký Týp EV Nước Năm Ký hiệu gene bank Thái Lan 2014 2017 SiICRC02/TH THA/CU2836/2017 KM675917 MG843954 Các chủng thu thập Hà Nội, 2015-2018 Chủng 2018 Chủng 2015 Nt a.a Nt a.a (%) (%) (%) (%) - - 94,0-94,7 95,4-95,9 99,0-99,3 99,0% Phụ lục 5b Độ tương đồng nucleotide acid amin chủng CV-A6 lưu hành Hà Nội từ năm 2015-2018 so với chủng Việt Nam giới Chủng thu thập Hà Nội năm 2015-2018 Số đăng ký Chủng Chủng 2017 Chủng 2018 Chủng 2016 Nước Năm Ký hiệu gene 2015 N a.a N a.a N a.a N a.a bank (%) (%) (%) (%) (%) (%) (%) (%) 2015 VN90-HCM MF578371 96,1 100,0 98,1-98,5 98,7 93,0-94,1 96,7-98,7 96,0 98,7 2015 VN32-Tiengiang MF578313 95,9 100,0 97,7-98,0 98,7 92,9-94,0 96,7-98,7 95,8 98,7 2014 2014 VN33-Đongnai VN25-Đongnai MF578314 MF578306 96,5 100,0 97,1 99,7 96,9-97,2 98,7 96,5-96,9 98,7 93,6-94,7 94,1-95,2 96,7-98,7 96,3-98,3 96,2 98,7 97,3 99,0 Nước Việt Nam Thái Lan Trung Quốc Năm Ký hiệu Số đăng ký gene bank Chủng 2015 Chủng thu thập Hà Nội năm 2015-2018 Chủng 2017 Chủng 2018 Chủng 2016 2014 VN53-HCM MF578334 N a.a (%) (%) 98,8 100,0 N a.a (%) (%) 95,9-96,3 98,7 N (%) a.a (%) 96,7-98,7 N (%) 95,9 a.a (%) 98,7 94,9-95,9 2014 VN10-HCM MF578291 98,8 99,7 96,2-96,5 99,0 94,9-95,9 96,3-98,3 95,9 98,7 2014 VN93-HCM MF578374 97,3 100 96,7-97,1 98,7 94,2-95,3 96,7-98,7 96,7 98,7 2014 VN73-Binhdương MF578354 98,0 99,7 95,8-96,2 98,3 94,5-95,5 96,3-98,3 95,8 98,3 2014 VNM/2.1-HCM KX430797 97,4 100,0 96,9-97,2 98,7 94,4-95,4 96,7-98,7 96,6 98,7 2014 VNM/1.1-HCM KX430795 97,3 99,7 95,6-95,9 98,3 94,0-95,1 96,3-98,3 95,3 98,3 2014 VNM4.1-HCM KX430801 98,0 99,7 95,8-96,2 98,3 94,4-95,3 96,7-98,3 95,7 98,7 2011 VN1-HCM MF578282 97,4 100,0 95,5-96,0 98,7 95,0-95,9 96,7-98,7 95,7 98,7 2012 VN46-Long An MF578327 97,1 100,0 95,6-95,9 98,7 95,0-95,8 96,7-98,7 95,6 98,7 2014 TH/CU1368 KX212494 97,1 99,3 95,5-95,7 98,0 95,0-96,0 96,0-98,0 96,2 98,0 2014 TH/CU1243 KX212491 97,4 99,7 95,8-96,0 98,3 95,3-96,4 96,3-98,3 96,3 98,3 2017 A38-YN LC413124 96,1 99,3 93,4-92,8 98,0 98,2-98,8 97,3-99,3 93,9 98,0 2017 CHN-XS-45 MH536772 95,9 99,3 93,694,0 98,0 95,9-96,7 97,3-99,3 94,0 98,0 2016 2015 S3571/BJ 56-GZ MF285676 MF455511 98,2 100,0 97,2 99,7 95,2-95,6 98,7 95,4-95,8 98,3 96,5-97,5 95,3-96,4 97,0-99,0 96,7-98,7 95,6 98,7 95,8 98,3 Nước Anh Năm Ký hiệu Số đăng ký gene bank Chủng 2015 Chủng thu thập Hà Nội năm 2015-2018 Chủng 2017 Chủng 2018 Chủng 2016 2015 HK458288 MH049748 N (%) 97,5 a.a (%) 99,7 N a.a (%) (%) 95,8-96,2 98,3 N (%) a.a (%) 96,7-98,7 N (%) 96,0 a.a (%) 98,3 95,1-96,1 2015 SDWH/15024 MH086164 96,5 100 94,7-95,1 98,7 95,7-96,7 97,0-99,0 95,8 98,7 2014 S2534/BJ MF285644 97,3 100 96,0-96,2 98,7 94,5-95,6 96,7-98,7 96,2 98,7 2014 2012 2011 R23-YN CS655/HN 2011FJQZ495 LC013470 KJ784508 KJ743211 96,7 95,2 95,6 99 97,7 99,3 95,0-95,3 97,7 94,3-95,6 96,3 94,3-94,6 98,0 94,6-95,7 92,9-93,9 95,6-97,7 95,3-97,3 95,4 97,7 93,3-94,2 96,0-98,0 95,6 95,6 96,3 98,0 2010 SHAPHC1203 KM114057 95,2 98,7 94,6-95,0 97,3 93,4-94,4 95,0-97,0 94,0 97,3 2013 V13/Ed/UK KP144339 97,2 99,7 95,4-95,8 98,3 94,1-95,2 96,3-98,3 95,2 98,3 Phần Lan 2008 Finland/2008 KM114057 94,1 98,7 92,8-93,1 97,3 92,5-93,5 95,3-97,3 92,6 97,3 Phụ lục 5c Độ tương đồng nucleotide acid amin chủng CV-A16 lưu hành Hà Nội từ năm 2015-2018 so với chủng Việt Nam giới 2017 2016 Số đăng ký N a.a N a.a Nước Năm Ký hiệu gene bank (%) (%) (%) (%) Việt Nam 2014 VNM/10.1_HCM KX430813 97,6-98,4 97,3-99,6 97,4 99,7 2014 VNM/9.2_HCM KX430812 96,8-97,6 97,3-99,6 96,5 99,7 Nước Thái Lan Trung Quốc Nhật Bản Năm Ký hiệu Số đăng ký gene bank 2017 2016 N a.a N a.a (%) (%) (%) (%) 2014 VNM/11.2_HCM KX430816 96,5-97,3 97,3-99,6 96,5 99,7 2005 VNM/05_miennam AM292441 93,7-94,8 96,4-98,8 93,6 99 2014 SiICRC01/TH/2014 KM675925 96,4-97,4 97,3-99,6 96,4 99,7 2015 TH/MUMT-1/2015 KM675925 96,5-97,4 97,3-99,6 96,3 99,7 2017 TH/MUMT-1/2017 MH879032 97,6-98,8 96,9-99,2 97,5 99,3 2017 Shenzhen292 MH004032 98,1-98,7 97,6-99,6 97,8 99,7 2017 Shenzhen375 MH004037 97,9-98,7 97,3-99,6 97,8 99,7 2017 Shenzhen259 MH004029 97,9-98,7 97,3-99,6 97,8 99,7 2017 22/SZLG/2017 MH644626 97,9-98,7 97,3-99,6 97,8 99,7 2016 J44-YN-CHN LC412314 98,6-99,2 97,3-99,6 98,5 99,7 2016 J51-YN-CHN LC412315 98,4-99,1 97,3-99,6 98,5 99,7 2016 J73-YN-CHN LC412321 97,8-98,7 97,3-99,6 97,8 99,7 2009 LC0017F/SD GQ253389 92,8-97,7 96,2-98,4 93,2 98,6 2008 CHN-KMM/08 HQ423141 93,5-94,3 96,4-98,8 93,8 99 2009 2006 LC0036F/SD/CHN/2009 418/Toyama/2006 GQ253390 AB465402 93,8-94,7 93,6-95,0 96,6-98,8 96,2-98,4 93,9 94,3 99,0 98,6 Nước Năm Ký hiệu Số đăng ký gene bank 2017 2016 N a.a N a.a (%) (%) (%) (%) 2007 459/Toyama/JAN/2007 AB465404 92,6-93,0 96,2-98,4 92,7 98,6 2016 C138/CHW/AUS MH111071 97,9-98,7 96,2-98,8 97,9 98,6 2006 AUS-NSW-V43 MF678332 93,6-94,3 96,4-98,8 93,6 99 Hungary 2017 BUD22_HUN_2008 LT617093 93,3-94,2 96,2-98,4 93,1 98,6 Pháp 2014 PMB104117_FRA14 LT577786 96,9-97,8 97,3-99,6 96,7 99,7 Tây Ban Nha 2008 ESP08/54682 FR798001 94,2-95,0 96,2-98,4 94,0 98,6 Australia ... năm 2015 - 2018? ?? với hai mục tiêu cụ thể sau: Mô tả số đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng Hà Nội, năm 2015 đến 2018 Mô tả số đặc điểm phân tử vùng gen VP1 EV- A71, CV- A6 & CV- A16 lưu hành Hà Nội,. ..HÀ NỘI, 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TRẦN THỊ NGỌC NH MộT Số ĐặC ĐIểM DịCH Tễ BệNH TAY CHÂN MIệNG Và SINH HọC PHÂN Tử VùNG GEN VP1 CủA EVA71, CV- A16 & CV- A6 LƯU HàNH TạI. .. bệnh TCM địa bàn Trước nhu cầu thực tế đó, chúng tơi tiến hành nghiên cứu: ? ?Một số đặc điểm dịch tễ bệnh tay chân miệng sinh học phân tử vùng gen VP1 EV- A71, CV- A6 & CV- A16 lưu hành Hà Nội, năm