Khảo sát độ nhiễm khuẩn và khả năng kháng kháng sinh của escherichia coli phân lập trong thực phẩm được kiểm nghiệm tại viện pasteur thành phố hồ chí minh​

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT ĐỘ NHIỄM KHUẨN VÀ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ESCHERICHIA COLI PHÂN LẬP TRONG THỰC PHẨM ĐƯỢC KIỂM NGHIỆM TẠI VIỆN PASTEUR THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Chuyên ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn : TS BS Cao Hữu Nghĩa Sinh viên thực : Huỳnh Lê Trung MSSV: 1211100222 Lớp: 12DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2016 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HCM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC – THỰC PHẨM – MÔI TRƯỜNG  ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT ĐỘ NHIỄM KHUẨN VÀ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ESCHERICHIA COLI PHÂN LẬP TRONG THỰC PHẨM ĐƯỢC KIỂM NGHIỆM TẠI VIỆN PASTEUR THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Ngành: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn: TS BS CAO HỮU NGHĨA Họ tên sinh viên: HUỲNH LÊ TRUNG Mã số sinh viên: 1211100222 Lớp: 12DSH01 Tp Hồ Chí Minh, Năm 2016 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HCM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC – THỰC PHẨM – MÔI TRƯỜNG  ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT ĐỘ NHIỄM KHUẨN VÀ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ESCHERICHIA COLI PHÂN LẬP TRONG THỰC PHẨM ĐƯỢC KIỂM NGHIỆM TẠI VIỆN PASTEUR THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn: TS BS CAO HỮU NGHĨA Họ tên sinh viên: HUỲNH LÊ TRUNG Mã số sinh viên: 1211100222 Lớp: 12DSH01 Tp Hồ Chí Minh, Năm 2016 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung KHOA: CÔNG NGHỆ SINH HỌC – THỰC PHẨM – MÔI TRƯỜNG PHIẾU GIAO ĐỀ TÀI ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP Họ tên sinh viên giao đề tài HUỲNH LÊ TRUNG MSSV: 1211100222 Lớp: 12DSH01 Ngành: Công nghệ sinh học Tên đề tài: Khảo sát độ nhiễm khuẩn khả kháng kháng sinh Escherichia coli phân lập thực phẩm kiểm nghiệm Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh Các liệu ban đầu: Các mẫu thực phẩm khách hàng địa bàn thành phố Hồ Chí Minh tỉnh khác đem đến Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh để kiểm nghiệm Các yêu cầu chủ yếu: - Xác định tỷ lệ nhiễm E.coli mẫu thực phẩm - Khảo sát khả kháng kháng sinh chủng E.coli phân lập - So sánh tỷ lệ nhiễm tỷ lệ kháng kháng sinh E.coli với nghiên cứu trước Kết tối thiểu phải có: - Tỷ lệ nhiễm E.coli mẫu thực phẩm - Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng E.coli phân lập - Tỷ lệ nhiễm tỷ lệ kháng kháng sinh E.coli so với nghiên cứu trước Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan báo cáo nghiên cứu riêng Các số liệu kết đồ án tốt nghiệp có để bàn luận trung thực, khơng chép đồ án, khố luận tốt nghiệp khác hình thức Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời can đoan Tác giả đồ án Huỳnh Lê Trung Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung LỜI CẢM ƠN Đồ án tốt nghiệp hoàn thành với giúp đỡ tận tình, q báu từ Thầy cơ, Anh chị Viện Pasteur Thành Phố Hồ Chí Minh Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành lịng biết ơn sâu sắc đến: TS BS Cao Hữu Nghĩa, Trưởng khoa Xét nghiệm Sinh Học lâm Sàng, Viện Pasteur Thành Phố Hồ Chí Minh tận tâm hướng dẫn giúp đỡ suốt thời gian thực đồ án tốt nghiệp Quý Thầy, Cô giảng viên Khoa Công Nghệ Sinh Học - Thực Phẩm - Môi Trường, Trường Đại Học Cơng Nghệ TP Hồ Chí Minh tận tình dạy dỗ, truyền đạt kiến thức quý báu cho suốt thời gian học tập trường ThS Nguyễn Thị Nguyệt ThS Vũ Lê Ngọc Lan, khoa Xét nghiệm Sinh học lâm sàng, Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh nhiệt tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức giúp đỡ tơi hồn thành đồ án Các Cơ, Anh Chị phịng vi sinh Nước – Thực phẩm phòng vi sinh Bệnh Phẩm, Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh nhiệt tình giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành đồ án tốt nghiệp Các bạn lớp 12DSH01 12DSH02 giúp đỡ, động viên Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Ba Mẹ nuôi dạy, yêu thương, động viên chỗ dựa vững cho Tác giả đồ án Huỳnh Lê Trung Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt BTNMT BYT CFU DNA E.coli EHEC EMB EPEC ETEC I ISO KIA LB MH MR pH QCVN R RNA S SP STEC TBX TCVN TLS TP.HCM TSA Đồ án tốt nghiệp Chữ viết tắt VP VSATTP VTEC WHO SV: Huỳnh Lê Trung Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung MỤC LỤC Trang MỤC LỤC .i DANH MỤC CÁC BẢNG v DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ vi DANH MỤC CÁC HÌNH vii DANH MỤC SƠ ĐỒ - QUY TRÌNH vii MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu nghiên cứu .2 2.1 Mục tiêu tổng quát 2.2 Mục tiêu cụ thể .2 CHƯƠNG - TỔNG QUAN 1.1 Các khái niệm an toàn thực phẩm 1.2 Nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm 1.2.1 Ngộ độc thực phẩm nhiễm chất hố học 1.2.2 Ngộ độc ăn phải thực phẩm có sẵn chất độc .4 1.2.3 Ngộ độc ăn phải thức ăn bị biến chất, thức ăn ôi thiu .4 1.2.4 Ngộ độc thực phẩm ăn phải thức ăn nhiễm vi sinh vật 1.3 Triệu chứng ngộ độc thực phẩm .5 1.4 An toàn thực phẩm sức khoẻ kinh tế xã hội 1.4.1 An toàn thực phẩm đối với sức khoe 1.4.2 An tồn thực phẩm đới với kinh tế – xã hội i Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung 1.5 Thực trạng nhiễm E.coli 1.5.1.Tình hình nhiễm khuẩn E.coli giới 1.5.2.Tình hình nhiễm khuẩn E.coli ở Việt Nam 1.6 Mức độ kháng kháng sinh 1.6.1.Mức độ kháng kháng sinh của E.coli giới 1.6.2.Mức độ kháng kháng sinh của E.coli ở Việt Nam 1.7 Tổng quan Escherichia coli 1.7.1.Đặc tính sinh lý 1.7.2.Đặc tính sinh hoá 1.7.3 1.7.4.Đặc tính gây bệnh 1.8 Tổng quan kháng sinh 1.8.1 1.8.2 1.8.3.Cơ chế tác động 1.9 Sự đề kháng kháng sinh 1.9.1.Hình thức đề kháng kháng sinh 1.9.2.Cơ chế đề kháng kháng sinh 1.9.3.Một số biện pháp hạn chế nguy kháng kháng sinh CHƯƠNG - PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tượng – Địa điểm – Thời g 2.1.1.Đối tượng nghiên cứu 2.1.2.Địa điểm nghiên cứu ii Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Phụ lục 2: Hình ảnh Hình44.1 Phản ứng IMViC dương tính E.coli Khuẩn lạc đặc trưng E.coli mơi trường EMB Hình54.2 Kh̉n lạc đặc trưng tím ánh kim E.coli môi trường EMB 69 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Khuẩn lạc đặc trưng E.coli môi trường EMB Hình64.3 Khuẩn lạc đặc trưng tím ánh kim E.coli mơi trường EMB Hình74.4 Khuẩn lạc đặc trưng E.coli môi trường BCP 70 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Hình84.5Một vài hình ảnh thể khả kháng kháng sinh E.coli môi trường MH 71 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung 72 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Phụ lục 3: Số liệu Bảng164.4 Kết vịng vơ kh̉n ghi nhận tiến hành kháng sinh đồ với 35 chủng E.coli Kháng sinh AK AMP Chủng 22 (S) 20 (S) Chủng 23 (S) (R) Chủng 23 (S) (R) Chủng 22 (S) 18 (S) Chủng 23 (S) (R) Chủng 24 (S) (R) Chủng 21 (S) (R) Chủng 24 (S) 19 (S) Chủng 23 (S) (R) Chủng 10 26 (S) (R) Chủng 11 23 (S) 17 (S) Chủng 12 20 (S) (R) Mẫu 73 Đồ án tốt nghiệp Kháng sinh AK AMP Chủng 13 22 (S) 16 (I) Chủng 14 24 (S) (R) Chủng 15 23 (S) (R) Chủng 16 22 (S) (R) Chủng 17 22 (S) 14 (I) Chủng 18 23 (S) (R) Chủng 19 24 (S) (R) Chủng 20 23 (S) (R) Chủng 21 22 (S) (R) Chủng 22 23 (S) 20 (S) Chủng 23 20 (S) 21 (S) Chủng 24 21 (S) 21 (S) Chủng 23 (S) 18 (S) Chủng 20 (S) 18 (S) Mẫu 74 Đồ án tốt nghiệp Kháng sinh AK AMP Chủng 23 (S) 18 (S) Chủng 26 (S) (R) Chủng 22 (S) 18 (S) Chủng 23 (S) 17 (S) Chủng 20 (S) 18 (S) Chủng 23 (S) 17 (S) Chủng 23 (S) 18 (S) Chủng 23 (S) 21 (S) Chủng 24 (S) 19 (S) Mẫu 75 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Tỷ lệ nhiễm E.coli nhóm thực phẩm NHOM Frequency Expected Cell Chi-Square‚ Percent THIT RAU THUYSAN NGUCOC Total Statistics for Table of Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.0012 < 0.05 => khác biệt có ý nghĩa thống kê 76 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Tỷ lệ nhiễm E.coli nhóm thịt THIT Frequency Expected Cell Chi-Square‚ Percent NHOM1 NHOM2 NHOM3 Total Statistics for Table of THIT by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p < 0.0001 < 0.05 => khác biệt có ý nghĩa thống kê 77 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Tỷ lệ nhiễm E.coli nhóm rau RAU Frequency Expected Cell Chi-Square‚ Percent NHOM1 NHOM2 Total Statistics for Table of RAU by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Continuity Adj Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.0543 > 0.05 => khác biệt khơng có ý nghĩa thống kê 78 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Tỷ lệ nhiễm E.coli nhóm cá, hải sản sản phẩm từ hải sản CA Frequency Expected Cell Chi-Square‚ Percent NHOM1 NHOM2 NHOM3 Total Statistics for Table of CA by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.6839 > 0.05 => khác biệt khơng có ý nghĩa thống kê 79 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Tỷ lệ nhiễm E.coli nhóm ngũ cốc NGUCOC Frequency Expected Cell Chi-Square‚ Percent NHOM1 NHOM2 Total Statistics for Table of NGUCOC by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Continuity Adj Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.4487 > 0.05 => khác biệt khơng có ý nghĩa thống kê 80 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Tỷ lệ nhiễm E.coli năm 2014 - 2016 Table of NAM by TYLE NAM TYLE Frequency ‚ Expected ‚ Cell Chi-Square‚ Percent NAM2016 NAM2014 Total Statistics for Table of NAM by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Continuity Adj Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.9806 > 0.05 => khác biệt khơng có ý nghĩa thống kê 81 Đồ án tốt nghiệp SV: Huỳnh Lê Trung Quy định giới hạn tối đa tiêu E.coli thực phẩm Bảng174.5 Quyết định số 46/2007/QĐ-BYT STT Nhóm – Phân nhóm Thịt sản phẩm thịt Thịt tươi, đông lạnh xử lý nhiệt nhiệt Cá thuỷ sản Cá thuỷ sản tươi SP chế biến từ cá thuỷ sản Thuỷ sản khô sỏ chế Ngũ cốc SP ngũ cốc Bảng184.6 QCVN số 8-3/2011/ STT Nhóm – Phân nhóm Rau sản phẩm rau Rau ăn uống Quả ăn 82 ... TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT ĐỘ NHIỄM KHUẨN VÀ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA ESCHERICHIA COLI PHÂN LẬP TRONG THỰC PHẨM ĐƯỢC KIỂM NGHIỆM TẠI VIỆN PASTEUR THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Giảng... kiểm nghiệm Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh Các liệu ban đầu: Các mẫu thực phẩm khách hàng địa bàn thành phố Hồ Chí Minh tỉnh khác đem đến Viện Pasteur Thành phố Hồ Chí Minh để kiểm nghiệm. .. lệ nhiễm E .coli mẫu thực phẩm - Khảo sát khả kháng kháng sinh chủng E .coli phân lập - So sánh tỷ lệ nhiễm tỷ lệ kháng kháng sinh E .coli với nghiên cứu trước Kết tối thiểu phải có: - Tỷ lệ nhiễm