Khảo sát độ nhiễm khuẩn và khả năng kháng kháng sinh của pseudomonas aeruginosa phân lập trong nước uống được kiểm nghiệm tại viện pasteur thành phố hồ chí minh​

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HCM KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC - THỰC PHẨM - MÔI TRƯỜNG  - - ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT ĐỘ NHIỄM KHUẨN VÀ KHẢ NĂNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA PSEUDOMONAS AERUGINOSA PHÂN LẬP TRONG NƯỚC UỐNG ĐƯỢC KIỂM NGHIỆM TẠI VIỆN PASTEUR THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Ngành: CƠNG NGHỆ SINH HỌC Giảng viên hướng dẫn: TS BS CAO HỮU NGHĨA Họ tên sinh viên: KHANG BẢO KHÁNH Mã số sinh viên: 1211100099 Lớp: 12DSH02 Thành phố Hồ Chí Minh, 2016 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan báo cáo nghiên cứu riêng Các số liệu kết đồ án tốt nghiệp có để bàn luận trung thực, không chép đồ án, khóa luận tốt nghiệp khác hình thức Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan Sinh viên thực Khang Bảo Khánh LỜI CẢM ƠN Đồ án tốt nghiệp hồn thành với giúp đỡ tận tình, q báu từ Thầy cô, Anh chị Viện Pasteur Thành Phố Hồ Chí Minh Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành lòng biết ơn sâu sắc đến: TS BS Cao Hữu Nghĩa, Trưởng khoa Xét nghiệm Sinh Học lâm Sàng, Viện Pasteur Thành Phố Hồ Chí Minh tận tâm hướng dẫn giúp đỡ suốt thời gian thực đồ án tốt nghiệp Quý Thầy, Cô giảng viên Khoa Công Nghệ Sinh Học - Thực Phẩm - Môi Trường, Trường Đại Học Công Nghệ TP Hồ Chí Minh tận tình dạy dỗ, truyền đạt kiến thức quý báu cho suốt thời gian học tập trường ThS Nguyễn Thị Nguyệt ThS Vũ Lê Ngọc Lan, khoa Xét nghiệm Sinh học lâm sàng, Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh nhiệt tình hướng dẫn, truyền đạt kiến thức giúp đỡ tơi hồn thành đồ án Các Cơ, Anh Chị Phòng Vi sinh Nước – Thực phẩm Phòng Vi sinh Bệnh Phẩm, Viện Pasteur TP Hồ Chí Minh nhiệt tình giúp đỡ tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành đồ án tốt nghiệp Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến Ba Mẹ nuôi dạy, yêu thương, động viên chỗ dựa vững cho Sinh viên thực Khang Bảo Khánh MỤC LỤC MỤC LỤC i DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT iv DANH MỤC CÁC BẢNG .v DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ .vi DANH MỤC CÁC HÌNH vii DANH MỤC SƠ ĐỒ, QUY TRÌNH viii MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu nghiên cứu 2.1 Mục tiêu tổng quát 2.2 Mục tiêu cụ thể CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Tình hình nhiễm khuẩn nước uống 1.1.1 Trong nước 1.1.2 Thế giới 1.2 Tình hình kháng kháng sinh P aeruginosa 1.2.1 Trong nước 1.2.2 Trong nước 1.3 Khái quát Pseudomonas aeruginosa 1.3.1 Hình thái cấu trúc 1.3.2 Đặc điểm 1.3.3 Khả đề kháng 10 1.3.4 Kháng nguyên 11 1.3.5 Các yếu tố độc lực 11 1.3.6 Khả gây bệnh 13 1.3.7 Phòng bệnh 14 1.3.8 Điều trị 14 i 1.4 Kháng sinh chế kháng kháng sinh vi khuẩn 15 1.4.1 Giới thiệu kháng sinh 15 1.4.2 Cơ chế tác động kháng sinh 16 1.4.3 Cơ chế kháng kháng sinh vi khuẩn 17 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 21 2.2 Đối tượng nghiên cứu 21 2.3 Cỡ mẫu 21 2.4 Thiết bị, hóa chất, môi trường 21 2.4.1 Thiết bị dụng cụ 22 2.4.2 Hóa chất, mơi trường thí nghiệm 23 2.5 Phương pháp thực 21 2.5.1 Nguồn mẫu 25 2.5.2 Đánh giá kết 25 2.5.3 Xử lý số liệu 26 2.5.4 Phương pháp định lượng P aeruginosa nước uống 26 2.5.5 Phương pháp thực kháng sinh đồ 28 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 33 3.1 Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nước uống 36 3.1.1 Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nước uống 36 3.1.2 Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa loại nước uống 36 3.1.2.1 Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nhóm nước uống 36 3.1.2.2 Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa loại nước uống 36 3.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa nước uống .36 3.2.1 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa nước uống .36 3.2.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa loại nước uống 38 3.2.3 Tỷ lệ đa kháng kháng sinh P aeruginosa loại nước uống 42 ii 3.4 Thảo luận 43 3.4.1 Tình hình nhiễm P aeruginosa nước uống 45 3.4.2 Tình hình kháng kháng sinh P aeruginosa nước uống .45 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHI 49 4.1 Kết luận 49 4.1 Kiến nghị 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO 51 PHỤ LỤC 55 iii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT BHI Brain - heart infusion BYT BộYTế CFU Colony - Forming Unit CLSI Clinical and Laboratory Standards Institute DNA Deoxyribonucleic acid E.coli Escherichia coli kDa Kilodalton QCVN Quy chuẩn Việt Nam S Susceptible I Intermediate R Resistant ISO International Organization for Standardization MH Mueller Hinton NA Nutrient agar NUĐC Nước uống đóng chai NUCT Nước uống công ty NUTH Nước uống trường học NUGĐ Nước uống gia đình RNA Ribonucleic acid PBP Penicillin binding proteins P aeruginosa Pseudomonas aeruginosa QCVN Quy chuẩn Việt Nam TCVN Tiêu chuẩn Việt Nam UV Ultra Violet VSATTP Vệ sinh an toàn thực phẩm iv DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1: Số mẫu nước uống phân tích 22 Bảng 2.2: Chỉ tiêu kiểm tra vi sinh vật nước uống áp dụng theo QCVN 6-1:2010/BYT 25 Bảng 2.3: Các kháng sinh thử nghiệm kháng sinh đồ 29 Bảng 3.1: Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nước uống 33 Bảng 3.2: Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nhóm nước uống đóng chai nhóm nước uống xử lý 34 Bảng 3.3: Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa loại nước uống 35 Bảng 3.4: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống 36 Bảng 3.5: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống đóng chai 38 Bảng 3.6: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống công ty 39 Bảng 3.7: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống trường học 40 Bảng 3.8: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống gia đình 41 Bảng 3.9: Tỷ lệ đa kháng kháng sinh chủng P aeruginosa loại nước uống 42 Bảng 3.10: So sánh tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nước uống 43 Bảng 3.11: So sánh tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nhóm nước uống 43 Bảng 3.12: Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa loại nước uống 44 Bảng 3.13: So sánh tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa nước uống 46 v DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ Biểu đồ 3.1: Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nước uống 33 Biểu đồ 3.2: Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nhóm nước uống 34 Biểu đồ 3.3: Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa loại nước uống 35 Biểu đồ 3.4: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống 37 Biểu đồ 3.5: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống đóng chai 38 Biểu đồ 3.6: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống công ty 39 Biểu đồ 3.7: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống trường học 40 Biểu đồ 3.8: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống gia đình 41 vi DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1: Pseudomonas aeruginosa Hình 2.1: Thiết bị lọc vi sinh vật với vị trí đặt phễu lọc 23 Hình 2.2: Tủ ấm 23 Hình 2.3: Đèn UV 24 Hình 2.4: Tủ an tồn sinh học cấp 24 Hình 2.5: Đĩa mơi trường Mueller Hinton đĩa kháng sinh 30 vii Đồ án tốt nghiệp Trang web : [26] http://www.medinet.hochiminhcity.gov.vn/data/news/2009/4/6470/nhiem- khuan-khang-sinh.htm [27] http://vietnamnet.vn/vn/bao-ve-nguoi-tieu-dung/79538/nuoc-uong- dong-chai-nhiem-khuan-mu-xanh.html [28] http://antoanthucpham.quangtri.gov.vn/index.php/vi/news/Tin-tuc-su- kien/Thuc-trang-nguyen-nhan-nhiem-Pseudomonas-Aeruginosa-trong-nuocuong-dong-chaiThuc-trang-nguyen-nhan-nhiem-Pseudomonas-Aeruginosatrong-nuoc-uong-dong-chai-629/ [29] http://congannghean.vn/kinh-te-xa-hoi/201511/than-trong-voi-nuoc- dong-chai-nhiem-khuan-647278/ [30] http://nhipcauduoclamsang.blogspot.com/2016/04/tinh-hinh-khang-thuoc- khang-sinh-hien.html [31] http://www.benhvien103.vn/vietnamese/bai-giang-chuyen- nganh/vi-sinh-vat/pseudomonas-aeruginosa-whitmore/1176/ [32] http://www.medinet.hochiminhcity.gov.vn/TinTuc/tintuc/Lists/Posts/Post.aspx ?C ategoryId=1&ItemID=1398&PublishedDate=2009-05-26T00:00:00Z 54 Đồ án tốt nghiệp PHỤ LỤC Phụ lục 1: Mơi trường hóa chất Mơi trường Pseudomonas agar - Gelatin pepton - Casein hydrolysat - KH2SO4 - MgCl2 - Glyxerol - Agar - Nước - cetrimid - Axit nalidixic Môi trường King’s B - Gelatin pepton - Glyxerol - K2HPO4 - MgSO4.7H2O - Agar - Nước cất Acetamide broth Dung dịch A - KH2PO4 - MgSO4 - Acetamid - NaCl - Nước - pH 55 Đồ án tốt nghiệp Dung dịch B - Na2MoO4.2H2O - FeSO4.7H2O - Nước -900 mlĐể dung chuẩn bị môi trường acetamide broth, thêm ml dung dịch B vào dịch A - Que thử Oxydase N,N,N’,N’ Tetramethyl – p – phenylenediamine dihydrochlride 56 Đồ án tốt nghiệp Phụ lục 2: Một số hình ảnh trình thử nghiệm Hình 1: Khuẩn lạc P aeruginosa mơi trường Pseudomonas agar phát huỳnh quang đèn UV Hình 2: Phản ứng sinh ammoniac dương tính thử nghiệm oxydase 57 Đồ án tốt nghiệp Hình 3: Kết định danh P aeruginosa kit API 10S Hình 4: Kết sau đặt đĩa giấy kháng sinh (trước sau ủ) 58 Đồ án tốt nghiệp Hình 5: Kết kháng sinh đồ của số chủng P aeruginosa 59 Đồ án tốt nghiệp Phụ lục 3: Xử lý số liệu thống kê Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nhóm (nước uống đóng chai) nhóm (nước xử lý dùng để uống) NHOM Frequency Expected Cell Chi-Square Percent NHOM1 NHOM2 Total Statistics for Table of NHOM by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Continuity Adj Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.4927 > 0.05 → khác biệt khơng có ý nghĩa thống kê 60 Đồ án tốt nghiệp Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa loại nước uống Table of LOAINUOC by TYLE LOAINUOC TYLE Frequency Expected Cell Chi-Square Percent NUDC NUCT NUTH NUGD Total Statistics for Table of LOAINUOC by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.07 > 0.05 → khác biệt khơng có ý nghĩa thống kê 61 Đồ án tốt nghiệp Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nước uống năm 2012 – 2016 NAM Frequency Expected Cell Chi-Square Percent NAM2012 NAM2016 Total Statistics for Table of NAM by TYLE Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Continuity Adj Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p < 0.0001, < 0.05 → khác biệt có ý nghĩa thống kê 62 Đồ án tốt nghiệp Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nhóm nước uống đóng chai xử lý năm 2012 – 2016 NAM Frequency Expected Cell Chi-Square Percent NAM2012 NAM2016 Total Statistics for Table of NAM by NHOM Statistic Chi-Square Likelihood Ratio Chi-Square Continuity Adj Chi-Square Mantel-Haenszel Chi-Square Phi Coefficient Contingency Coefficient Cramer's V Chi-Square có p = 0.1712 > 0.05 → khác biệt khơng có ý nghĩa thống kê 63 Đồ án tốt nghiệp Phụ lục 4: Kết thử nghiệm kháng sinh đồ Nước u Mã chủng 347 N/2 70 N/3 PRL 26 (S) 21 (S) TIM 22 (I) 22 (I) FEP 28 (S) 29 (S) ATM 27 (S) 23 (S) MEM 25 (S) 28 (S) CT 14 (S) 11 (S) CN 28 (S) 18 (S) TM 24 (S) 20 (S) AK 26 (S) 22 (S) CIP 32 (S) 28 (S) Kháng sinh 64 Đồ án tốt nghiệp Mã chủng 139 N/2 141 N/2 142 N/2 PRL 26 (S) 23 (S) 22 (S) TIM 22 (I) 19 (I) 24 (S) FEP 31 (S) 23 (S) 26 (S) ATM 26 (S) 24 (S) 24 (S) MEM 30 (S) 23 (S) 31 (S) CT 14 (S) (R) (R) CN 18 (S) 22 (S) 23 (S) TM 22 (S) 20 (S) 16 (S) AK 23 (S) 20 (S) 23 (S) CIP 30 (S) 27 (S) 28 (S) Kháng sinh 65 Đồ án tốt nghiệp 66 Đồ án tốt nghiệp Phụ lục ... aeruginosa phân lập nước uống kiểm nghiệm Viện Pasteur Thành Phố Hồ Chí Minh” Mục tiêu nghiên cứu 2.1 Mục tiêu tổng quát Khảo sát tình hình nhiễm khuẩn khả kháng kháng sinh P aeruginosa mẫu nước. .. aeruginosa nước uống Kết kháng sinh đồ cho thấy, chủng P aeruginosa phân lập nước uống xuất hiện tượng kháng kháng sinh: Bảng 3.4: Tỷ lệ kháng kháng sinh chủng P aeruginosa nước uống Kháng Sinh Kết... nhiễm P aeruginosa loại nước uống 36 3.1.2.1 Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa nhóm nước uống 36 3.1.2.2 Tỷ lệ nhiễm P aeruginosa loại nước uống 36 3.2 Tỷ lệ kháng kháng sinh P aeruginosa nước uống