Tách dòng gene lumbrokinase của các loài giun đất

BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH HỌC Tách dịng gene lumbrokinase loài giun đất CHỌN GENE BIỂU HIỆN TÍNH TRẠNG Vào trang https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, gõ tìm gene “lumbrokinase” mục Nucleotide, tìm trình tự gen lumbrokinase loài giun đất Eisenia fetida (mã số DQ234061), Lumbricus bimastus (mã số AY187629) Lumbricus rubellus (mã số U25644) GenBank Trình tự nucleotide FASTA DQ234061 Trình tự nucleotide FASTA AY187629 Trình tự nucleotide FASTA U25644 Tìm vùng bảo thủ gene Chọn set of DNA Nhập trình tự gen gen chọn Submit Tìm đoạn mồi gene - Chọn trình tự Nu U25644 làm gốc + Forward primer from 40 to 96 + Reverse primer from 618 to 669 + PCR product size: 70; max 1000 + Primer melting temperatures (Tm): 57; Opt 60; max 63; Max Tm difference - Cho chạy chương trình tìm đoạn mồi đáp ứng đủ yêu cầu sau: + Độ dài từ 18-24 bp +Nhiệt độ bắt mồi mồi độ C (thỏa mãn: ko chênh lệch độ C) + Tỉ lệ GC thuộc 40-60% (thỏa mãn) + Nu cuối đầu 3’ có GC (thỏa mãn) Tìm đoạn mồi gene Tìm mồi phù hợp Thực phản ứng PCR Chọn đoạn mồi số 1, vào trang https://www.bioinformatics.org/sms2/pcr_ products.html để tiến hành chạy PCR: Dịch Nucleotit phản ứng PCR Protein Nhập trình tự Nucleotit phản ứng PCR vào ô Enter Query Sequence trang https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PR OGRAM=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC =blasthome Chọn “Blast” Dịch Nucleotit phản ứng PCR Protein Nhập trình tự Nucleotit phản ứng PCR vào ô Enter Query Sequence trang https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx &PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome Chọn “Blast” Trình tự Protein gene tách dịng mã hóa Tìm Khối lượng phân tử, điểm đẳng nhiệt Tìm Khối lượng phân tử, điểm đẳng nhiệt Điểm đẳng điện: 4.57 Khối lượng phân tử: 255500.3 Vị trí protein tế bào Vào trang https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi, chọn phần Copy kết PCR test cho chạy chương trình Vị trí protein tế bào Vị trí protein tế bào Chọn lồi có mức độ 100% tương đồng với protein Vị trí protein tế bào Vị trí protein tế bào Vào http://phobius.sbc.su.se/, copy trình protein vào chạy chương trình, ta kết quả: Ta thấy tỉ lệ % ngoại màng 78%, Dự đốn vị protein: ngồi tế bào chất Dự đoán chức protein Vào trang https://www.uniprot.org/uniprot/?query=reviewed:yes vào BLAST, copy trình tự protein vào chạy chương trình Dự đốn chức protein Ta chọn protein có tỉ lệ cao thu phần dự đoán chức năng: Dự đốn chức protein Ta chọn protein có tỉ lệ cao thu phần dự đoán chức năng: ...CHỌN GENE BIỂU HIỆN TÍNH TRẠNG Vào trang https://www.ncbi.nlm.nih.gov/, gõ tìm gene ? ?lumbrokinase? ?? mục Nucleotide, tìm trình tự gen lumbrokinase loài giun đất Eisenia fetida (mã... FASTA AY187629 Trình tự nucleotide FASTA U25644 Tìm vùng bảo thủ gene Chọn set of DNA Nhập trình tự gen gen chọn Submit Tìm đoạn mồi gene - Chọn trình tự Nu U25644 làm gốc + Forward primer from 40... https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx &PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome Chọn “Blast” Trình tự Protein gene tách dịng mã hóa Tìm Khối lượng phân tử, điểm đẳng nhiệt Tìm Khối lượng phân tử, điểm đẳng nhiệt