nghiên cứu gen mã hoá tính trạng sinh cellulase ở vi khuẩn bacillus subtilus

TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI VIỆN CN SINH HỌC VÀ CN THỰC PHẨM BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN-SINH HỌC NGHIÊN CỨU GEN MÃ HỐ TÍNH TRẠNG SINH CELLULASE Ở VI KHUẨN BACILLUS SUBTILUS • Enzyme Cellulase • Vi khuẩn Bacillus Subtilis sinh Cellulase Đặt vấn đề  Enzyme cellulase Enzyme cellulase ứng dụng nhiều lĩnh vực: nơng nghiệp, cơng nghiệp, y học, mơi trường, … • Trong nông nghiệp công nghiệp thực phẩm: enzyme dùng để chế biến thức ăn cho vật nuôi, cải thiện giá trị dinh dưỡng thức ăn gia súc, gia cầm • Trong y học: cellulase dùng để trích ly chất từ thuốc, tạo nên bước phát triển vượt bậc cho ngành công nghiệp dược phẩm • Ngồi ra, cellulase cịn ứng dụng quy trình tạo cồn sinh học hướng đến việc tạo nguồn nhiên liệu thay dần cho nguồn dầu mỏ ngày cạn kiệt  Vi khuẩn Bacillus subtilus Các chủng vi khuẩn Bacillus subtilis, vi nấm Tricodeman, có khả sinh enzyme cellulase mạnh Bước 1: Tìm trình tự mã hóa tính trạng sinh cellulase chủng bacillus subtilis khác NCBI Quy trình thực Bước 2: Xác định vùng bảo thủ bằng chương trình Clustal Omega Bước 3: Thiết kế mồi nhờ chương trình Primer - BLAST Bước 4: PCR đoạn gen sinh cellulase so sánh với sở liệu nhờ chương trình BLAST Bước 5: Tạo vector tách dịng gen BƯỚC  Tìm kiếm thơng tin chủng Bacillus subtilis sinh Cellulase sở liệu NCBI BƯỚC  Sau tìm kiếm, ta thu chủng sau: Chủng 1: Bacillus subtilis strain OTBS3 phân lập từ cà chua BƯỚC Chủng 2: Bacillus subtilis strain OTBS2 phân lập từ cà chua BƯỚC Chủng 3: Bacillus subtilis strain OTBS1 phân lập từ cà chua BƯỚC  Sử dụng phần mềm Clustal Omega để tìm vùng cấu trúc bảo thủ từ chủng BƯỚC Chọn submit chờ kết hiển thị lên hình BƯỚC  Đếm số thứ tự Nucleotide thuộc vùng mà ta chọn để thiết kế mồi Chọn Nu bắt đầu thiết kế mồi xuôi từ Nu 98– 120 BƯỚC Chọn Nu bắt đầu thiết kế mồi ngược 1478– 1500 BƯỚC  Sử dụng phần mềm Primer-Blast NCBI để thiết kế mồi cho phản ứng PCR ảo Nhập liệu vào phần mềm BƯỚC BƯỚC Chạy chương trình đưa kết cặp mồi  Dựa vào phần mềm Blast NCBI, tiến hành so sánh sản phẩm PCR ảo với sở liệu BƯỚC Mục đích: Dựa vào tương đồng trình tự Nu mà phán đốn tương đồng tính trạng => Cụ thể: Xem xét sản phẩm PCR có trình tự tương đồng với chủng Bacillus subtilis sinh cellulase không, qua phán đốn có khả sinh cellulase ? BƯỚC BƯỚC Kết chạy BLAST  Total score = max score: có vùng bảo thủ  E value: nhỏ nên khác biệt không lớn  Per ident: 100% nghĩa tương đồng 100 % tính trạng BƯỚC Tìm đọc thơng tin chủng có tương đồng lớn BƯỚC KẾT LUẬN:  Sản phẩm thu qua thực chương trình PCR có khả sinh cellulase  Kết thu mang tính tham, để có kết luận xác ta cần tiến hành tìm hiểu để đưa khn ảo tốt hơn, so sánh với nhiều trình tự nhiều báo khác  BƯỚC Phương án tách dòng gen ảo Chọn vector tách dòng Chọn đoạn DNA insert (đoạn gen đích tách riêng PCR lên số lượng lớn) Lựa chọn enzyme thích hợp cắt nối thích hợp với vị trí vector Chèn đoạn DNA inseart vào vector Chuyển vector tái tổ hợp vào tế bào chủ giữ gen Phân lập tế bào có chứa vector tái tổ hợp thị (kháng sinh, lac Z) Giữ giống glycerol đông khô BƯỚC Chọn vector pCB301_EXP1 8116bp ...NGHIÊN CỨU GEN MÃ HỐ TÍNH TRẠNG SINH CELLULASE Ở VI KHUẨN BACILLUS SUBTILUS • Enzyme Cellulase • Vi khuẩn Bacillus Subtilis sinh Cellulase Đặt vấn đề  Enzyme cellulase Enzyme cellulase. .. kiệt  Vi khuẩn Bacillus subtilus Các chủng vi khuẩn Bacillus subtilis, vi nấm Tricodeman, có khả sinh enzyme cellulase mạnh Bước 1: Tìm trình tự mã hóa tính trạng sinh cellulase chủng bacillus. .. Bước 4: PCR đoạn gen sinh cellulase so sánh với sở liệu nhờ chương trình BLAST Bước 5: Tạo vector tách dòng gen BƯỚC  Tìm kiếm thơng tin chủng Bacillus subtilis sinh Cellulase sở liệu NCBI BƯỚC