ĐÁNH GIÁ TÍNH đa HÌNH một số SNP và TÍNH NHẠY cảm của GENE PSCA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ dạ dày

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TRẦN VĂN CHỨC ĐÁNH GIÁ TÍNH ĐA HÌNH MỘT SỐ SNP VÀ TÍNH NHẠY CẢM CỦA GENE PSCA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ DẠ DÀY ĐỀ CƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC HÀ NỘI – 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI TRẦN VĂN CHỨC ĐÁNH GIÁ TÍNH ĐA HÌNH MỘT SỐ SNP VÀ TÍNH NHẠY CẢM CỦA GENE PSCA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ DẠ DÀY Chuyên ngành : Hóa sinh Mã số : 60720106 ĐỀ CƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC Người hướng dẫn khoa học: GS TS TẠ THÀNH VĂN HÀ NỘI – 2017 DANH MỤC CÁC CHỮ VIÊT TĂT KDA : Ung thư dày PSCA : Prostate stem cell antigen SNP : Single-nucleotide polymorphism UTDD : ung thư dày MỤC LỤC DANH MỤC BẢNG DANH MỤC HÌNH, BIỂU ĐỒ ĐẶT VẤN ĐỀ Ung thư dày (KDD) bệnh lý ác tính, đứng thứ năm ung thư thường gặp đứng thứ ba nguyên nhân gây tử vong ung thư giới [1] Nhật Bản Hàn Quốc hai nước có tỉ lệ mắc KDD cao giới Tỷ lệ mắc KDD Nhật Bản chuẩn hoá theo tuổi nam 69.2/100 000 28.6/100 000 nữ [2] Các khu vực tỉ lệ mắc KDD cao cịn bao gồm: Đơng Nam Á, Đơng Âu, Trung Nam Mỹ [3] Việt Nam nằm khu vực có tỷ lệ mắc ung thư dày cao, nam 30.3/100 000 dân nữ giới 15/100 000 dân [4] Ngày nay, có nhiều tiến việc chuẩn đốn điều trị ung thư dày nhiên việc chuẩn đoán ung thư dày bệnh nhân thường diễn giai đoạn muộn, hiệu điều trị chưa cao địi hỏi việc tiếp tục tìm phương pháp giúp dự báo sớm nguy cơ, chẩn đoán phát bệnh sớm nâng cao hiệu điều trị Cùng với việc công bố đồ gen người năm 2003 , cơng trình nghiên cứu khoa học vai trò gen chế sinh bệnh, phát triển không ngừng kĩ thuật sinh học phân tử hứu hẹn giúp người tìm biện pháp giúp nâng cao hiệu chẩn đoán, điều trị bệnh ung thư có ung thư dày Cơ chế bệnh sinh KDD tranh phức tạp, bao gồm vấn đề nhiễm khuẩn Helicobacter pylori (H.pylori) yếu tố gen, môi trường, lối sống nhiều tác nhân khác [5], [3] Các nghiên cứu mối liên quan gen bệnh tật (GWAS) áp dụng nhiều loại hình bệnh tật, có ung thư Nghiên cứu GWAS KDD báo cáo vào năm 2008 phát mối liên quan với SNP thuộc gen prostate stem cell antigen (PSCA) với KDD [6] Gen PSCA nằm NST 8q24.3, mã hóa cho protein gồm 123 acid amin PSCA protein màng tế bào gắn với glycosylphosphatidylinositol (GPI), thuộc loại Thy-1/Ly-6 PSCA xuất tế bào biểu mô tuyến tiền liệt, bàng quang, thận, da, thực quả, dày rau thai [7] Mặc dù có tên “kháng thể tế bào gốc” nhiều nghiên cứu PSCA biểu chủ yếu tế bào biệt hóa khơng phải tế bào gốc, cụ thể tế bào biểu mô tiền liệt tuyến dày [8-9] Gen PSCA biểu biểu mơ dày giảm hoạt động phần mô dày bị dị sản ruột [9] Những nghiên cứu Nhật Bản Hàn Quốc chứng minh loại SNP (rs2294008C>T rs2976392G>A) gen PSCA làm tăng nguy mắc ung thư dày [9], [10], [11], [12] Nghiên cứu Yan cộng chứng minh rs2976392 làm tăng nguy mắc ung thư dày lên 37% [13] Trong tình hình Việt Nam, quốc gia nằm khu vực Đông Á với tỷ lệ mắc ung thư dày cao, song song nghiên cứu tác động yếu tố mơi trường như: tỷ lệ nhiễm khuẩn HP cao, thói quen sử dụng rượu, thuốc lá, chế độ ăn rau, nhiều muối… cần tiến hành nghiên cứu dấu ấn giúp chẩn đoán sớm theo dõi điều trị tiên lượng KDD, nhằm góp phần giảm tỷ lệ mắc bệnh tử vong Hiện chưa có nghiên cứu Việt Nam tiến hành để tìm hiểu vai trị snp rs2294008, rs2976392 gen PSCA phát sinh ung thư người Việt Nam Chính chúng tơi tiến hành nghiên cứu “Đánh giá tính đa hình SNP tính nhạy cảm gen PSCA bệnh nhân ung thư dày” với hai mục tiêu sau: Xác định tính đa hình số SNP gen PSCA bệnh nhân ung thư dày Xác định tính nhạy cảm gen PSCA bệnh nhân ung thư dày CHƯƠNG TỔNG QUAN 1.1 Sơ lược ung thư dày 1.1.1 Dịch tễ học  Trên giới: UTDD ung thư phổ biến giới, có ảnh hưởng to lớn đến sức khỏe cộng đồng Theo nghiên cứu ước tính gánh nặng ung thư giới năm 2013, UTDD đứng thứ 10 loại ung thư hay gặp nhất, có 984.000 trường hợp mắc 841.000 trường hợp tử vong UTDD phân bố không đồng mặt địa lý, với 77% nước phát triển, 23% nước phát triển [14] Tỷ lệ mắc cao thấy Nhật Bản, Nam Mỹ, Đông Âu, tỷ lệ mắc thấp Bắc Mỹ, Ấn Độ, Nigieria Úc [15] Bệnh gặp nam giới nhiều phụ nữ Trung bình 36 nam giới 84 nữ giới có trường hợp phát triển thành ung thư dày trước tuổi 79 [14] Hình 1.1: Tỷ lệ mắc UTDD chuẩn hóa theo tuổi giới (trên 100.000 người) [16] 10  Tại Việt Nam: Việt Nam nằm khu vực có tỷ lệ mắc UTDD cao, với tỷ lệ mắc UTDD chuẩn hóa theo tuổi nam 21,8/100.000 10,0/100.000 nữ [17] Theo nghiên cứu Trần Văn Huy Bệnh viện Trung ương Huế năm 2002, nhóm bệnh ung thư tiêu hóa, UTDD chiếm tỉ lệ cao (52,4%) [17] Theo tác giả Lại Phú Thưởng cộng nghiên cứu UTDD tỉnh, thành phố: Hà Nội, Hải Phòng, Thái Nguyên, Huế Cần Thơ giai đoạn 2001 – 2004 cho thấy tỷ lệ mắc UTDD Hà Nội cao nhất, chiếm tỷ lệ 2309/3311 (69,3%) [18] Các tác giả cho thấy, tuổi hay gặp UTDD nước ta 50 – 60 tuổi, bệnh gặp người Việt Nam 40 tuổi [19] 1.1.1.1 Các yếu tố nguy UTDD hậu tương tác phức tạp yếu tố vật chủ với môi trường  Yếu tố môi trường Nhiều nghiên cứu cho thấy nhóm nguy mơi trường quan trọng chế độ ăn uống, hút thuốc nhiễm H pylori - Chế độ ăn uống có nhiều nitrat loại cá, thịt chế biến sẵn, loại thức ăn xơng khói, ướp muối, làm tăng nguy UTDD Nitrosamin có thức ăn số loại thức ăn chứa nitrat tạo chất gây UTDD [20], [21] Ăn rau trái làm tăng nguy UTDD [20] - Hút thuốc làm tăng nguy UTDD lên 1,56 lần [22] Theo Gonzalez, xấp xỉ 18% trường hợp UTDD quy cho hút thuốc Nguy UTDD tăng theo thời gian hút thuốc giảm sau 10 năm cai thuốc [23] - H pylori Tổ chức Y tế Thế giới (TCYTTG) xếp vào tác nhân gây ung thư nhóm I [21] Có nhiều chứng dịch tễ mối liên quan nhiễm H pylori với UTDD, đặc biệt UTDD không thuộc tâm vị Nhiễm H pylori làm tăng nguy UTDD không thuộc tâm vị xấp xỉ lần 38 dụng để so sánh tỷ lệ, test t-student sử dụng so sánh trung bình Các mơ hình hồi quy đơn đa biến đ ược s dụng đ ể xác định mối liên quan 2.4 Đạo đức nghiên cứu Các bệnh nhân hoàn toàn tự nguyện tham gia vào nghiên cứu Bệnh nhâncó quyền rút lui khỏi nghiên cứu không muốn tiếp tục tham gia vào nghiên cứu Thông tin bệnh nhân đảm bảo bí mật 39 CHƯƠNG DỰ KIẾN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Thông tin chung đối tượng nghiên cứu Bảng 3.1: Thông tin chung Thông tin Nhóm bệnh n (%) Nhóm chứng n (%) P Nam Nữ < 50 50 – 59 60 – 69 70 – 79 ≥ 80 Giới Tuổi Bảng 3.2: Đặc điểm nhóm bệnh Đặc điểm Giới Tuổi Nhóm bệnh P Nam Nữ < 50 50 – 59 60 – 69 70 – 79 ≥ 80 Bảng 3.3: Đặc điểm nhóm tuổi theo giới nhóm bệnh Nhóm bệnh Nhóm tuổi < 50 Nam n (%) Nữ n (%) P 40 50 – 59 60 – 69 70 – 79 ≥ 80 3.2 Đánh giá tính đa hình SNP rs2976392 rs2294008 gen PSCA bệnh nhân ung thư dày Bảng 3.4: Tỷ lệ kiểu gen alen SNP rs2976392 gen PSCA Nhóm bệnh n (%) Kiểu gen Alen AA AG GG A G Nhóm chứng n (%) Tổng số n (%) p 41 Bảng 3.5: Tỷ lệ kiểu gen alen SNP rs2294008 gen PSCA Nhóm bệnh n (%) Kiểu gen Alen Nhóm chứng n (%) Tổng số n (%) p CC CT CT C T Bảng 3.6 Tính đa hình SNP rs2976392 rs2294008 gen PSCA p rs2976392 Rs2294008 G vs A GG vs GA GG vs  GG vs (GA + AA) (GA + AG) vs AA C vs T CC vs CT CC vs TT CC vs (CT + TT) (CC vs CT) vs TT OR CI (95%) 42 3.3 Xác định tính nhạy cảm rs2976392 rs2294008 gen PSCA bệnh nhân ung thư dày Bảng 3.7: Mối liên quan gen PSCA tới nguy nguy UTDD Kiểu gen rs297639 Rs22940 08 GG AG AA AG + AA CC CT TT CT + TT Nhóm bệnh Nhóm chứng p OR CI 95% 43 3.4 Phân tích đa biến mối liên quan tính đa hình rs2976392 nguy UTDD Bảng 3.8 Mối liên quan đa hình rs2976392 nguy UTDD Yếu tố liên quan Giới Tuổi Hút thuốc Uống rượu Typ lan tỏa Vị trí tâm vị Bệnh/ chứng AG + GG AA p OR CI 95% Nam Nữ