Xây dựng ngân hàng vi khuẩn với các dữ liệu về nguồn gốc chủng, tính chất vi thể, sinh hóa học, trình tự 16SrDNA, và tính chất đề kháng kháng sinh

Nghiên cứu được tiến hành với mục tiêu nhằm xây dựng ngân hàng vi khuẩn đã được định danh rõ ràng cùng với các dữ liệu về nguồn gốc chủng, tính chất vi thể, tính chất sinh hoá, kiểu đề kháng kháng sinh và trình tự của gene 16SrDNA. Mời các bạn cùng tham khảo đề tài qua bài viết này.

XÂY DỰNG NGÂN HÀNG VI KHUẨN VỚI CÁC DỮ LIỆU VỀ NGUỒN GỐC CHỦNG, TÍNH CHẤT VI THỂ, SINH HĨA HỌC, TRÌNH TỰ 16SrDNA, VÀ TÍNH CHẤT ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH Phạm Thái Bình(1,2), Lưu Ly Bích Ngân(2),Ngơ Thị Hồng Thủy(2), Phạm Hùng Vân(1,2) TĨM TẮT Đặt vấn đề: Ngân hàng chủng vi khuẩn thuộc nhiều giống, loài khác phương tiện hữu dụng dùng ñể huấn luyện ñào tạo vi sinh, ñể kiểm tra chất lượng phòng thí nghiệm, để hổ trợ nhiều nghiên cứu khác Mục tiêu nghiên cứu: Xây dựng ngân hàng vi khuẩn ñã ñược ñịnh danh rõ ràng với liệu nguồn gốc chủng, tính chất vi thể, tính chất sinh hố, kiểu đề kháng kháng sinh trình tự gene 16SrDNA Đối tượng phương pháp nghiên cứu: Thu nhận chủng vi khuẩn từ nguồn gốc khác nhau, ñịnh danh xác đến lồi dựa vào tính chất vi thể, đặc điểm khúm khuẩn, tính chất sinh hóa bản, trình tự gene 16rSDNA tính chất đề kháng kháng sinh Các chủng vi khuẩn sau ñã xác ñịnh ñầy ñủ tính chất ñã nêu ñược lưu giữ với đồ vị trí lưu trữ hộp lưu trữ vị trí để hộp lưu trữ Tạo phần mềm quản lý hồ sơ lưu trữ Kết nghiên cứu: Bước ñầu xây dựng ñược ngân hàng vi khuẩn với 155 chủng vi khuẩn thuộc152 loài khác Các chủng vi khuẩn bao gồm Bacillus (14 chủng); Corynebacterium (5 chủng); Listeria (03 chủng); Lactobacillus (07 chủng); Enterobacteriaceae (30 chủng); trực khuẩn Gram âm khác (30 chủng); Staphylococcus (07 chủng); Streptococcus (09 chủng); Enterococcus (04 chủng); cầu khuẩn Gram dương khác (02 chủng); Morexella (02 chủng); Neisseria (04 chủng); vi khuẩn kỵ khí (11 chủng) dòng vi khuẩn khác (27 chủng) Các chủng vi khuẩn có nguồn gốc phân lập từ mơi trường (74 chủng), từ chế phẩm men vi sinh (11 chủng), từ thực phẩm (07 chủng) từ nhiễm trùng người (65 chủng) Riêng vi khuẩn phân lập từ nhiễm trùng xác định thêm tính chất đề kháng kháng sinh Mỗi chủng có hồ sơ lưu giấy hồ sơ sở liệu Đã lưu trữ chủng hai ñiều kiện -70oC đơng khơ đóng nút áp lực 0.03-0.04 asmosphere, chủng lưu ñược cho vào hộp giữ chủng có đồ xác định vị trí dễ dàng tìm thấy truy cập sở liệu hồ sơ phần mềm Một kết đáng nói cơng trình xây dựng ñược phần mềm quản lý sở liệu ngân hàng chủng Kết luận: Đây ngân hàng vi khuẩn sống đơng khơ giữ 4oC đơng lạnh giữ -70oC ñược quản lý ñầy ñủ chi tiết có liên quan nguồn gốc tính chất vi sinh học Ngân hàng vi khuẩn ñược bổ sung liên tục ñể ngày phong phú ña dạng giúp cho việc giảng dạy nghiên cứu vi sinh học Việt Nam Từ khóa: ngân hàng vi khuẩn, ngân hàng vi khuẩn Việt Nam ESTABLISH THE BACTERIAL BANK WITH THE DATA RELATED TO SOURCE, 16SRDNA SEQUENCE, BIOCHEMICAL CHARACTERS AND ANTIBIOTIC RESISTANT PATTERNS Phạm Thái Bình(2,2), Lưu Ly Bích Ngân(2),Ngơ Thị Hồng Thủy(2), Phạm Hùng Vân(1,2)* ABTRACT Background: A bacterial bank with various genus and species is very useful for training, quality control of the clinical laboratory of microbiology, and also supports various microbiological researches Objectives: Establish the bacterial bank containing the well identification strain, with source, 16SrDNA sequence, biochemical characters and antibiotic resistant patterns Đại Học Y Dược TP HCM, 2Phòng thí nghiệm NK-Biotek Đại Học Y Dược TP HCM, 2Phòng thí nghiệm NK-Biotek Liên Hệ: Phạm Thái Bình – ĐT : 0903866915 – Email: xetnghiemvisinh@gmail.com Materials and method: Collect the bacterial strains from various sources, identify to species based on the bacterial characters including microscopic/colony appearance, biochemical characters, 16SrDNA sequence, and the antibiotic resistant pattern The collected strains will be stored and kept in suitable boxes with located schema The data related to the collected strains are kept in the stored files either hard copies and digital copies managed by a created specific software Result: Until now, the bacterial bank of 155 strains of 152 species are built These strains include Bacillus (14 strains); Corynebacterium (5 strains); Listeria (03 strains); Lactobacillus (07 strains); Enterobacteriaceae (30 strains); others Gram negative rods (30 strains); Staphylococcus (07 strains); Streptococcus (09 strains); Enterococcus (04 strains); others Gram positive cocci (02 strains); Morexella (02 strains); Neisseria (04 strains); anaerobic bacteria (11 strains) others bacteria (27 strains) These strains are isolated from the environments (74), probiotic products (11), foods (7) and clinical specimens (65) The strains isolated from the clinical specimens were particularly determined antibiotic resistanct patterns Each collected strain in the bacterial bank had one form in harcopy format and in digital copy format All of the strains of the bacterial bank are stored in liophylized vials caped under 0.03-0.04 atmosphere kept at 4oC and also in frozen vials kept at -70oC The stored strains were kept in suirable box with located schema that were easily tracked by manage software and by hard copies file Another interesting result in this study is the specific software was created to manage the bacterial bank Conclusion: This is the bacterial bank included the bacterial strains stored in the lyophilized vials kept at 4oC and frozen vials kept at -70oC with hard copy files and digital copy files that were managed by a created specific softtware This bacterial bank will be supplemented continuously and will become a helpful tool for training and for bacteriological researches Key words: VBB, Bacterial bank, Vietnamese Bacterial Bank ĐẶT VẤN ĐỀ Ngân hàng vi khuẩn tập hợp gồm nhiều chủng vi khuẩn thuộc loài khác chủng vi khuẩn lồi có khác tính chất sinh hóa, biotype, serotype, đề kháng kháng sinh Ngân hàng đóng vai trò quan trọng nghiên cứu giảng dạy vi sinh vi sinh y học phương tiện dùng để huấn luyện ñào tạo xét nghiệm vi sinh, cơng cụ dùng để nội kiểm ngoại kiểm chất lượng phòng thí nghiệm18, đối tượng ñể thực nghiên cứu vi sinh Trên giới nay, có nhiều ngân hàng vi khuẩn gơi sưu tập vi khuẩn ATCC (American Type Culture Colection); NCTC (National Collection of Type Cultures)1,12 Tại Việt Nam, từ năm 1995 Viện Vi sinh vật Công nghệ sinh học thuộc Đại Học Quốc Gia Hà Nội ñã xây dựng sưu tập vi khuẩn VTCC (Vietnam Type Culture Collection)19 Tuy nhiên, sưu tập VTCC có 145 chủng vi khuẩn lại có nhiều chủng vi khuẩn xác định đến giống, có nhiều vi khuẩn có giống chẳng hạn giống Lactobacillus có đến 25 chủng vi khuẩn nên số lượng lồi vi khuẩn khơng ñược phong phú Ngoài ra, chủng vi khuẩn từ VTCC ña số chủng vi khuẩn phân lập từ tự nhiên (đất, nước, mơi trường ) nên khơng thể ứng dụng lĩnh vực vi sinh y học, vi sinh thực phẩm Một số nơi khác Bộ môn Xét nghiệm, Khoa ĐD&KTYH, ĐH Y Dược TP HCM có sưu tập vi khuẩn dùng giảng dạy xét nghiệm vi sinh lâm sàng số lượng hạn chế, khoảng 20 chủng ña phần chủng vi khuẩn khơng có nguồn gốc rõ ràng ñược ñịnh danh dựa vài tính chất sinh hóa học nên kết khơng thể chuẩn xác Chính thế, chúng tơi xây dựng sưu tập vi khuẩn ñược ñặt tên VBB (Vietnamese Bacterial Bank) Những chủng vi khuẩn VBB phong phú giống lồi định danh đến lồi nhờ giải trình tự 16SrDNA có đầy đủ liệu nguồn gốc phân lập, trình tự 16SsDNA, tính chất vi sinh, sinh hóa học ñề kháng kháng sinh VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Đối tượng nghiên cứu chủng vi khuẩn ñược phân lập từ nhiều nguồn gốc khác từ nhiễm trùng người, từ môi trường, từ chế phẩm probiotic v.v Tiêu chuẩn loại trừ chủng vi khuẩn có kết ñịnh danh trùng khớp liệu khác hồn tồn giống hệt lấy chủng Các chủng vi khuẩn ñược khảo sát tính chất vi thể thơng qua phết nhuộm (Gram, Methylen Blue Alkaline, Ziehl Neelsen)8,9,15 Tính chất khúm khuẩn xác định số mơi trường phân lập thơng dụng2,5,6,8,11,13,18 Thực thử nghiệm sinh hóa để xác định tính chất sinh hóa học2,4,5,6,8,9,11,13,18 Những liệu tính chất vi thể, khúm khuẩn, sinh hóa học ghi nhận hình ảnh Các chủng vi khuẩn ly trích DNA tổng số vi khuẩn khuếch đại trình tự gen 16SrDNA kỹ thuật PCR giải trình tự trực tiếp sản phẩm PCR hệ thống ABI 3130XL Trình tự giải ñược so chuỗi ngân hàng liệu NCBI nhờ vi khuẩn định danh đến lồi16 Tính chất đề kháng kháng sinh phương pháp ñĩa kháng sinh4,8,11,14,15, xác ñịnh giá trị nồng ñộ ức chế tối thiểu (MIC) Etest vi pha lỗng11,14,15 Ngồi ra, tùy vào loại vi khuẩn thực số kháng sinh ñồ ñặc biệt phát β-lactamase nitrocefin3,14,15, phát ESBL3,7,10,14,15, MRS14,15, D-test14,15 Các vi khuẩn sau ñịnh danh xác ñịnh tính chất lưu giữ hai điều kiện: đơng khơ sau đóng nắp áp lực 0.03-0.04 asmosphere giữ 4oC đơng lạnh giữ -70oC Các chủng đơng khơ đơng lạnh ñược giữ hộp chuyên dụng có sơ ñồ vị trí Mỗi chủng có hồ sơ gi nhận tất tính chất xác định hình ảnh kèm vị trí giữ hộp giữ chủng Hồ sơ chủng có hai: giấy nhập vào máy tính Để quản lý hồ sơ, xây dựng phần mềm chuyên dũng ñể nhập hồ sơ truy cập KẾT QUẢ Bước ñầu VBB ñã thu nhận ñược 155 chủng vi khuẩn thuộc 152 lồi vi khuẩn khác Trong đó, 74 chủng có nguồn gốc từ mơi trường (đất, nước, trồng, thường trú da người ); 65 chủng ñược phân lập từ nhiễm trùng người; 11 chủng có nguồn gốc từ chế phẩm men vi sinh cho người, gia cầm thủy sản; 07 chủng vi khuẩn ñược phân lập từ thực phẩm Giống Bacillus gồm có 14 chủng vi khuẩn, 08 chủng có nguồn gốc từ mơi trường (B amyloliquefaciens, B firmus, B flexus, B halodurans, B megaterium, B mycoides, B polyfermenticus, B pumilus); 05 chủng ñược phân lập từ probiotic người thủy sản (B clausii, B licheniformis, B sphaericus, B subtilis, B thuringiensis) 01 chủng có nguồn gốc từ thực phẩm (B cereus) Giống Corynebacterium gồm có 05 chủng vi khuẩn với 01 chủng ñược phân lập từ nhiễm trùng người (C diphtheriae) 04 chủng có nguồn gốc từ môi trường (C aurimucosum, C striatum, C urealyticum, C ureicellerivorans) Giống Listeria với 03 chủng vi khuẩn ñược phân lập từ thực phẩm (L monocytogenes, L innocua, L welshimeri) Giống Lactobacillus với 07 chủng vi khuẩn gồm 02 chủng từ men vi sinh (L acidophilus, L casei); 04 chủng từ môi trường (L farciminis, L fermentum, L platarum, L suntoryens) 01 chủng phân lập từ thực phẩm (L lactis) Họ Enterobacteriaceae thu nhận 30 chủng thuộc 12 giống, chủng có nguồn gốc từ mơi trường 23 chủng phân lập từ nhiễm trùng người Những chủng vi khuẩn gồm có Citrobacter (C brakii, C diversus, C freundii, C koseri); Edwarsiella (E tarda); Enterobacter (E aerogenes, E agglomerans, E cancerogenus, E cloacae, E hormaechei, E sakazakii); Escherichia (E coli, E coli inactive); Hafnia (H alvei); Klebsiella (K oxytoca, K ozaenae, K pneumoniae); Morganella (M morganii); Proteus (P mirabilis, P vulgaris); Providencia |(P rettgeri, P stuartii); Salmonella (S arizonae, S cholerasuis, S enterica, S enteritilis, S paratyphi A, S typhi); Serratia (S marcescens); Shigella (S sonnei) Nhóm trực khuẩn Gram (-) không lên men với 11 chủng phân lập từ môi trường 07 chủng có nguồn gốc từ nhiễm trùng người Bao gồm giống Acinetobacter (A baumanii, A johnsonii, A haemoliticus, A junii, A calcoaceticus); Burkholderia (B cenocepacia, B pseudomallei, B tropica, B cepacia); Pseudomonas (P aeruginosa, P stutzeri, P nitroreducens, P pseudoalcaligenes); Chryseobacterium (C gleum, C jejuense, C taiwanense); Stenotrophomonas maltophilia Achromobacterium xylosoxidans Trực khuẩn Gram (-) khác gồm có 03 chủng phân lập từ mơi trường 09 chủng phân lập từ nhiễm trùng người Haemophilus (H influenzae có tiết khơng tiết β-lactamase, H haemoliticus, H parainfluenzae); Campylobacter (C jejuni, C fetus, C coli); Vibrio (V cholerae O1 biotype cổ ñiển, serotype Ogawa, V harveyi, V parahaemolyticus); Helicobacter pylori Aeromonas veronii Giống Staphylococcus gồm có 07 chủng thuộc 05 lồi Với 06 chủng ñược phân lập từ nhiễm trùng người S aureus (MSSA, MRSA D-test [-], MRSA D-test [+]), S epidermidis, S haemolyticus, S saprophyliticus 01 chủng phân lập từ mơi trường (S sciuri) Giống Streptococcus thu nhận 06 chủng có nguồn gốc từ nhiễm trùng người (S pyogenes, S agalactidae, S dysagalactidae, S mitis, S suis, S pneumoniae) 03 chủng phân lập từ môi trường (S arlettae, S salivarius, S thermophilus) Giống Enterococcus gồm có loài E faecalis, E faecium (từ nhiễm trùng), E durans, E hirae (từ môi trường) Cầu khuẩn Gram (+) khác có 02 lồi vi khuẩn Micrococcus luteus (từ mơi trường) Pediococcus acidilactici (từ thực phẩm) Nhóm cầu khuẩn Gram (-) gồm có 06 chủng thuộc 02 giống Moraxella (M catarrhalis, M osloensis) Neisseria (N meningitidis, N gonorrhoeae, N lactamica, N sicca) Vi khuẩn kỵ khí có 11 chủng với 07 chủng từ nhiễm trùng, 03 chủng phân lập từ men vi sinh 01 chủng từ môi trường Các vi khuẩn gồm có Clostridium (C butyricum, C cochlearium, C hastiforme, C ramnosum); Streptococcus (S anginosus, S constellatus, S gordonii); Bacteroides fragilis, Propionibacterium acnes, Peptostreptococcus anaerobius, Prevotella buccae Hình 1: Một hồ sơ chủng ngân hàng vi khuẩn Đây chủng V cholera O1 có mã số VBB0012 phân lập từ phân bệnh nhân bị tiêu chảy Hồ sơ ghi nhân tính chất vi thể phất nhuộm Gram chụp hình qua kính hiển vi, tính chất khúm mơi trường phân lập chụp hình, tính chất sinh vật hố học hụp hình, kết trình tự 16SrDNA giúp định danh vi khuẩn nhờ NCBI blast search Các vi khuẩn khác chưa ñược thực phân loại với 27 chủng, có 01 chủng từ thực phẩm (Acetobacter tropicalis), 01 chủng phân lập từ men vi sinh (Sporosarcina seromensis), lại chủng có nguồn gốc từ mơi trường Các vi khuẩn bao gồm: Agrobacterium tumefaciens, Alpha proteobacterium, Pantoea stewartii, Anoxybacillus beppuensis, Gordonia terrae, Brevibacillus borstelensis, Brevibacillus brevis, Caldimonas manganoxidans, Xanthomonas sacchari, Glomerella angulata, Microbacterium marinilacus, Firmicuter bacterium, Geobacillus thermoglucosidasius, Issatchenkia occidentalis, Meiothermus ruber, Microbacterium oleivorans, Oerskovia xanthineolytica, Pseudacidovorax intermedius, Pseudoxanthomonas taiwanensis, Ralstonia picktii, Shewanella algae, Streptomyces cellulose, Tepidimonas ignava, Tepidimonas taiwanensis, Weissella parasenteroides Tất chủng vi khuẩn ñều giữ ỡ hai dạng: đơng khơ đóng nắp áp lực thấp giữ 4oC Hình 2: Một hồ sơ chủng ngân hàng vi khuẩn Đây chủng C diphtheria có mã số VBB0032 phân lập từ quệt họng Hồ sơ ghi nhân tính chất vi thể phất nhuộm Gram chụp hình qua kính hiển vi, tính chất khúm mơi trường phân lập chụp hình, tính chất sinh vật hố học hụp hình, kết trình tự 16SrDNA giúp ñịnh danh vi khuẩn nhờ NCBI blast search ñông lạnh giữ o -70 C Các giữ chũng giữ hộp thích hợp có vị trí Mỗi chủng có hồ sơ ghi đầy đủ liệu hình ảnh Hình minh họa cho hồ sơ chủng ngân hàng Hồ sơ chủng ñược lưu hai loại: lưu giấy lưu máy tính Hồ sơ lưu máy tính trình bày hồ sơ lưu giấy ñược quản lý phần mềm chuyên dụng ñược tạo ñể nhập liệu truy cập Hình minh họa hiển thị phần mềm BÀN LUẬN Mỗi chủng vi khuẩn ñều ñược khảo sát tính chất vi thể kỹ thuật nhuộm Gram, riêng giống Corynebacterium ñược thực thêm nhuộm Methylen Blue Alkaline Tính chất khúm khuẩn ghi nhận nuôi cấy vi khuẩn số môi trường thông dụng thạch thường, thạch máu, thạch Mac Conkey Ngồi ra, số dòng vi khuẩn nuôi cấy môi trường chuyên biệt thạch máu telluride (Corynebacterium), TCBS (Vibrio), MRS (Lactobacillus) Các liệu vi thể khúm khuẩn ghi nhận hình ảnh nên nguồn tư liệu hữu ích tham khảo giảng dạy vi sinh Tính chất sinh hóa học thực chủng vi khuẩn, ngoại trừ vi khuẩn thuộc nhóm chưa phân loại khơng thực khảo sát tính chất sinh hóa học Tính chất sinh hóa học thực mơi trường sinh hóa hoặc/và kits thương mại Tùy vào giống vi khuẩn mà thực thử nghiệm sinh hóa khác nhau, kết ghi nhận hình ảnh Các chủng vi khuẩn ngân hàng giải trình tự 16SrDNA nên kết định danh xác đến lồi nhờ vào kết hợp liệu vi thể, tính chất sinh hóa trình tự 16SrDNA Đối vi khuẩn có nguồn gốc từ môi trường, men vi sinh, thực phẩm không thực thử nghiệm kháng sinh đồ Hình 3: Minh hoạ hiển thị phần mềm quản lý ngân hàng chủng vi khuẩn Trong phần mềm truy cập vi khuẩn muốn tìm theo danh mục hay theo thơng tin Nhưng với chủng vi khuẩn phân lập từ nhiễm trùng khảo sát tính chất đề kháng kháng sinh Chọn lựa kháng sinh thực kháng sinh ñồ theo khuyến cáo CLSI 201014 kỹ thuật ñĩa kháng sinh khuếch tán thạch thực xác ñịnh MIC số loại kháng sinh phương pháp Etest vi pha lỗng Ngồi ra, số chủng vi khuẩn thực kháng sinh đồ đặc biệt phát ESBL (E coli, Klebsiella, Enterobacter), phát D-test (Staphylococcus, Streptococus), phát HLAR (Enterococcus), β-lactamase với nitrocefin (H influenzae, N gonorrhoeae, Enterococcus ) phát MRS (Staphylocccus) Kết kháng sinh ñồ ñược ghi nhận số liệu hình ảnh Bộ sưu tập quản lý phần mềm nên nhập liệu truy tìm chủng vi khuẩn theo u cầu cách nhanh chóng Ngồi ra, phần mềm cho phép chỉnh sữa liệu, bổ sung thêm chủng vi khuẩn với vài thao tác ñơn giản KẾT LUẬN Bộ sưu tập vi khuẩn bước ñầu ñược xây dựng với 155 chủng vi khuẩn thuộc 152 loài vi khuẩn khác Mỗi chủng vi khuẩn bao gồm liệu tính chất vi thể, khúm khuẩn, sinh hóa học, trình tự gen 16SDNARNA đề kháng kháng sinh Phần mềm quản lý sưu tập ñược xây dựng kèm theo công cụ hỗ trợ TÀI LIỆU THAM KHẢO American Type Culture Collection www.atcc.org Betty A Forbes, Daniel F Sahm, Alice S Weissefeld 2002 Bailey and Scott’s Diagnostic Microbiology, 11th edition, Mosby David M Livermore, Derek F J Brown 2001 Detection of β-lactamase mediated resistance Journal of Antimicrobial Chemotherapy (2001), 48, Suppl S1, 59-64 The British Society for Antimicrobial Chemotherapy Don J Brenner, Noel R Krieg, James T Staley, et al, 2005 Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd edition, Vol 2, Part C Springer Elme W Koneman 1997 Color Atlas and textbook Diagnostic Microbiology, 5th edition Lippincott Fritz H Kayser, Kurt A Bienz, Johannes Eckert, Rolf M Zinkernagel 2005 Medical Microbiology Thieme Stuttgart George A Jacoby, Paula Han 1996 Detection of Extended-spectrum β-lactamases in Clinical Isolates of Klebsiella pneumoniae and Escherichia coli Journal of Clinical Microbiology, Apr 1996, Vol 34, No 4, p 908911 American Society for Microbiology John P Harley, Lansing M Prescott 2002 Harley−Prescott: Laboratory Exercises in Microbiology, 5th edition The McGraw−Hill Companies Kathleen Park Talaro, Arthur Talaro 2002 Foundations in Microbiology, 4th edition The McGraw−Hill Companies 10 Martin G Cormican, Steven A Marshall, Ronald N Jone 1996 Detection of Extended-spectrum β-lactamases (ESBL) producing strains by the Etest screen Journal of Clinical Microbiology, Aug 1996, Vol 34, No 8, p 1880-1884 American Society for Microbiology 11 Mindy J Perilla, et.al 2003 Manual for the Laboratory Identification and Antimicrobial Susceptibility Testing of Bacterial Pathogens of Public Health Importance in the Developing World World Health Organization: Department of Communicable Disease Surveillance and Response 12 National Collection of Type Cultures www.hpacultures.org.uk/collections/nctc.jsp 13 Patrick R.Murray 1995 Manual of Clinical Microbiology, 6th edition American Society for Microbiology 14 Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing, 9th Informational Supplement 2010 Vol 30 No Clinical and Laboratory Standards Institute 15 Phạm Thái Bình 2009 Bài giảng kỹ thuật xét nghiệm vi sinh Bộ môn Xét nghiệm 16 Richard C Huard 2007 16S rRNA sequencing in the clinical microbiology laboratory Infectious Diseases Association of American 17 Sudarshan Kumari, Rajesh Bhatia 2003 Guidelines for Peripheral and Intermediate Laboratories in Quality Assurance in bacteriology and immunology World Health Organization 18 Vandepitte J., et.al 2003 Basic laboratory procedures in clinical bacteriology World Health Organization 19 Vietnam Type Culture Collection (VTCC) www.biotechvnu.edu.vn/vtcc/index.php ... chủng vi khuẩn ngân hàng giải trình tự 16SrDNA nên kết định danh xác đến loài nhờ vào kết hợp liệu vi thể, tính chất sinh hóa trình tự 16SrDNA Đối vi khuẩn có nguồn gốc từ mơi trường, men vi sinh, ... chủng vi khuẩn thuộc 152 loài vi khuẩn khác Mỗi chủng vi khuẩn bao gồm liệu tính chất vi thể, khúm khuẩn, sinh hóa học, trình tự gen 16SDNARNA ñề kháng kháng sinh Phần mềm quản lý sưu tập ñược xây. .. sát tính chất sinh hóa học Tính chất sinh hóa học thực mơi trường sinh hóa hoặc /và kits thương mại Tùy vào giống vi khuẩn mà thực thử nghiệm sinh hóa khác nhau, kết ghi nhận hình ảnh Các chủng vi