Khảo sát khả năng gắn kết in silico của các chất trên virus Variola

Nghiên cứu này khảo sát khả năng gắn kết in silico của các chất trên các đích tác động của virus Variola nhằm hướng đến việc tìm ra thuốc mới có tiềm năng ức chế virus Variola.

Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 Nghiên cứu Y học KHẢO SÁT KHẢ NĂNG GẮN KẾT IN SILICO CỦA CÁC CHẤT TRÊN VIRUS VARIOLA Lưu Vĩnh Phong*, Đinh Thị Oanh*, Nguyễn Thụy Việt Phương* TÓMTẮT Mở đầu mục tiêu: Đậu mùa bệnh truyền nhiễm người, virus Variola gây Trong năm gần đây, đậu mùa xuất trở lại xem vũ khí sinh học nguy hiểm Tuy nhiên, chưa có thuốc điều trị đặc hiệu cho virus phải phụ thuộc vào vaccin đậu mùa Nghiên cứu khảo sát khả gắn kết in silico chất đích tác động virus Variola nhằm hướng đến việc tìm thuốc có tiềm ức chế virus Variola Đối tượng - Phương pháp nghiên cứu: Đích tác động protein H1 phosphatase thymidylate kinase (VarTMK) virus Variola Ligand khảo sát thuốc kháng virus lấy từ sở liệu thuốc Cấu trúc H1 phosphatase (PDB id: 2P4D) tải từ ngân hàng liệu protein Cấu trúc VarTMK chưa có nên xây dựng mơ hình tương đồng với protein mẫu thymidylat kinase virus Vaccinia sử dụng Swiss-Model Tất ligand khảo sát khả gắn kết thông qua docking protein mục tiêu phần mềm Autodock Vina Kết quả: Các chất khảo sát gắn tốt protein mục tiêu, với lượng gắn kết khoảng -2,5 đến 8,8 kcal.mol-1 (protein H1 phosphatase) -3,5 đến -10,6 kcal.mol-1 (VarTMK với mơ hình tương đồng xây dựng đạt) Kết hợp phân tích tương tác ligand protein đích chọn thuốc kháng virus Variola tiềm Raltegravir (-10,6 kcal.mol-1) Kết luận: Nghiên cứu cung cấp thông tin hữu ích cho khám phá thuốc điều trị bệnh đậu mùa Từ khóa: bệnh đậu mùa, virus Variola, molecular docking, H1 phosphatase, thymidylate kinase ABSTRACT IN SILICO LIGAND BINDING AFFINITY AS INHIBITORS FOR VARIOLA VIRUS Luu Vinh Phong, Dinh Thi Oanh, Nguyen Thuy Viet Phuong * Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Supplement of Vol 23 - No 2- 2019: 551 – 559 Background and Objectives: Smallpox is a contagious disease in humans, caused by Variola virus In recent years, smallpox is re-emerged and considered as the most serious bioterrorist threat However, there is currently no specific drug available for the treatment of this virus, and medication only depends on the vaccine This study was conducted to investigate in silico ligand binding affinity as potential inhibitors for Variola virus from existing therapeutic drugs Method: Target proteins were the H1 phosphatase protein (2P4D) and thymidylate kinase protein (VarTMK) Ligands included tested compounds for Variola antiviral activity and other antiviral drugs, were downloaded from the PubChem and the Drugbank databases The structure of protein H1 phosphatase (PDB id: 2P4D) was retrieved from the protein data bank The structure of VarTMK was unknown, so homology model of VarTMK was constructed from the vacTMK by Swiss-Model workspace Molecular docking on these target proteins for all the compounds was analyzed in terms of their affinity and the * Khoa Dược, Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh Tác giả liên lạc: TS Nguyễn Thụy Việt Phương ĐT: 0919 52 0708 Chuyên Đề Dược Email: ntvphuong@ump.edu.vn 551 Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 protein-ligand interactions by using Autodock Vina Results: All of the ligands fitted well into the binding sites of target proteins with the binding energies from -2.5 to -8.8 kcal.mol-1for H1 phosphatase and -3.5 to -10.6 kcal.mol-1 for VarTMK According to docking scores and interaction analsysis, the best compound is Raltegravir with a docking score of -10.6 kcal.mol-1 for VarTMK Conclusion: This study provided helpful information to considerably assist in drug discovery of antiviral agents for Variola virus Key words: smallpox, Variola virus, molecular docking, H1 phosphatase, thymidylate kinase virus, với giá trị IC50 5,5 ± 0,95 µg/ml MỞĐẦU thử nghiệm hấp thu màu đỏ trung Virus Variola tác nhân gây bệnh đậu tính (1) Cidofovir khơng độc tế bào, mùa thành viên nguy hiểm họ điều trị chủ yếu tiêm tĩnh mạch, có Orthopoxvirus(15) Virus Variola có hai dạng: thể gây tích lũy thuốc nhanh gây độc Variola major gây tử vong gần 30% bệnh nhân thận(4) Nỗ lực thực hướng đến biến đổi Variola minor gây tử vong với tần số cidofovir thành thuốc uống hay chuyển hơn(15) Virus Variola virus ADN, có dạng dạng phân phối thuốc(4) hình khối chữ nhật, kích thước khoảng 280 Hướng nghiên cứu phát 320 nm x 200 - 250 nm với sợi ADN thẳng, kép triển thuốc ngày lựa chọn chứa khoảng 190 kbps vòng kẹp tóc phân tử thuốc FDA chấp thuận sử đầu tận(2) Những năm gần đây, bệnh đậu mùa xuất trở lại xem vũ dụng khảo sát thuốc đích tác (13,14) khí sinh học Trong nước giới động mới(19) Việc tìm tác dụng có báo nghiên cứu virus cho loại thuốc sử dụng lâm Variola phần lớn đánh giá thấp khả sàng giúp giảm chi phí rút ngắn thời quay trở lại nó(1,2,4,6-8,11,18) Hiện tại, bệnh gian phát triển thuốc hầu hết hợp chất đậu mùa chưa có thuốc đặc hiệu cho điều phê duyệt biết sinh khả dụng hồ trị, phần lớn bệnh ngăn ngừa nhờ vào vaccine đậu mùa(14) sơ an tồn, vào giai đoạn lâm Gần đây, cidofovir [CDV; (S)-1(3-hydroxy-2-phosphonylmethoxypropyl)cytosin Vistide], thuốc chứng nhận điều trị viêm võng mạc cytomegalovirus bệnh nhân AIDS, phép sử dụng để điều trị khẩn cấp trường hợp bùng phát bệnh đậu mùa(1,4,18) Trong thử nghiệm phòng thí nghiệm, Tecovirimat chứng minh có hiệu chống lại virus gây bệnh đậu mùa an toàn người(2) Tecovirimat ức chế protein p37, protein có tính bảo tồn cao loài orthopoxvirus, với liều hiệu EC50 khoảng 0,010 đến 0,068 µM/l (2) Cidofovir ức chế ADN polymerase virus dẫn đến ức chế trình nhân đôi sàng nhanh hơn(19) Cùng với việc lựa chọn 552 protein, lựa chọn hợp chất có tiềm gắn kết tốt với protein mục tiêu việc cần thiết Do đó, mục tiêu nghiên cứu khám phá thuốc có khả kháng virus Variola thông qua docking để khảo sát khả gắn kết in silico thuốc hai đích tác động protein H1 phosphatase thymidylat kinase virus Variola (VarTMK) Thymidylat kinase enzym xúc tác cho phản ứng phosphoryl hóa thể sống sinh vật, đồng thời enzym quan trọng trình tổng hợp ADN (6,7) ; Chuyên Đề Dược Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 H1 phosphatase cần thiết cho việc sản xuất hạt virus trưởng thành(8,11,16) ĐỐITƯỢNG-PHƯƠNGPHÁPNGHIÊNCỨU Đối tượng nghiên cứu Đối tượng nghiên cứu đề tài hai protein chọn làm đích tác động: protein H1 phosphatase protein VarTMK với ligand chất thuộc nhóm thuốc thử nghiệm kháng virus Variola nhóm thuốc kháng virus khác lấy từ sở liệu DrugBank Nghiên cứu Y học Đề tài chọn 65 ligand để tiến hành khảo sát protein đích, 65 ligand bao gồm Nhóm thuốc thử nghiệm kháng virus Variola (Hình 1), có Cidofovir(4), Imatinib(12) giai đoạn thử nghiệm in vitro Tecovirimat giai đoạn thử nghiệm pha 1(2) nhóm 62 thuốc kháng virus khác lấy từ ngân hàng liệu DrugBank, chứng minh có khả kháng nhiều loại virus herpes, influenza, HIV, (9) Hình 1: Cơng thức cấu tạo thuốc (Cidofovir, Imatinib Tecovirimat) thử nghiệm kháng virus Variola Phần mềm máy tính kiếm để xác định protein mẫu thích hợp AutoDock Vina 1.5.7rc1: Cho phép thực trình gắn kết phân tử (molecular docking)(17) (https://swissmodel.expasy.org)(3) BIOVIA Discovery Studio 4.5: Phần mềm cho phép quan sát protein, ligand không gian ba chiều, phân tích tương tác protein với ligand dự đốn vị trí gắn kết protein (tải từ trang web http://accelrys.com) OpenBabel 2.4.1: Phần mềm cho phép tìm kiếm, chuyển đổi, phân tích lưu trữ liệu từ mơ hình phân tử, hóa học, sinh học lĩnh vực liên quan (tải từ http://openbabel.org) SWISS-MODEL workspace: Với protein mục tiêu cung cấp, thư viện cấu trúc protein thực nghiệm tìm Chuyên Đề Dược Cơ sở liệu Cấu trúc khơng gian ba chiều protein đích virus Variola tải xuống từ ngân hàng sở liệu protein (Protein Data Bank: http://www.rcsb.org) Cấu trúc protein H1 phosphatase (PDB id: 2P4D) với độ phân giải 1,8 Å lựa chọn làm protein đích VarTMK chưa có cấu trúc nên đề tài thực xây dựng mơ hình tương đồng VarTMK dựa cấu trúc protein thymidylate kinase virus Vaccinia (VacTMK) – virus thuộc họ Orthopoxvirus (PDB id: 2V54, độ phân giải 2,4 Å) Dữ liệu ligand bao gồm hai nhóm: nhóm thuốc thử nghiệm kháng virus Variola nhóm thuốc kháng vius 553 Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 Nghiên cứu Y học khác lấy từ sở liệu DrugBank Tổng cộng 65 ligand chuẩn bị, ligand tải từ sở liệu PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) Xây dựng mơ hình tương đồng protein VarTMK vị trí ligand đồng kết tinh thymidine-5’- diphosphate (TDP) gắn vào, protein H1 phosphatase thực docking mù – nghĩa phạm vi docking bao phủ toàn protein để Các giai đoạn xây dựng mơ hình tương đồng cho ligand lựa chọn vị trí gắn kết tốt Đầu tiên chuỗi đơn VarTMK tải toàn protein Sau cài đặt thông số xuống từ Expasy (https://www.expasy.org) sử tọa độ phạm vi cho hộp lưới (Grid box) dụng UniProtKB cho đảm bảo bao phủ hồn tồn vị trí gắn kết (http://www.uniprot.org) Sau đó, tìm kiếm phải cách acid amin xung quanh ligand protein mẫu dạng cấu trúc ba chiều khoảng Å Thơng số tọa độ vị trí gắn kết công cụ BLAST (Basic Local Alignment Search với protein trình bày Bảng Tool) VacTMK protein xuất có độ Bảng 1: Thơng số tọa độ phạm vi vùng gắn kết cho protein H1 phosphatase VarTMK sở liệu tương hợp cao với VarTMK, VacTMK chọn protein mẫu để xây dựng mơ hình tương đồng cho VarTMK Chuỗi đơn VarTMK dạng FASTA (*.fa) với mơ hình VacTMK dạng *.PDB gửi lên máy chủ SWISSMODEL workspace để bắt đầu trình mơ hình hóa với chức User Template Model Đánh giá chất lượng mơ hình thu qua giá trị Clash Score, biểu đồ Ramachandran dựa residues Gắn kết phân tử cho protein ligand Các giai đoạn chuẩn bị protein, chuẩn bị ligand docking, sau đánh giá kết Cấu trúc protein tải từ ngân hàng liệu protein, thêm hydro AutoDock Tools loại bỏ nước BIOVA Discovery Studio lưu dạng đuôi *.pdbqt Các ligand cho docking: dùng AutoDock Tools thêm hydro lưu dạng đuôi *.pdbqt để phục vụ cho trình docking (để thuận tiện cho trình khảo sát vị trí gắn, torsion hay gọi liên kết xoay giữ cố định) Quá trình docking thực vào vị trí gắn kết protein, vị trí gắn kết 554 Thơng số center_x center_y center_z size_x size_y size_z Spacing Tọa độ (Å) H1 phosphatase VarTMK 71,636 8,224 -0,083 22,592 27,665 0,352 20 40 20 40 20 40 1,00 1,00 Đánh giá kết docking bao gồm cấu dạng gắn kết ligand với protein đích lực gắn kết (kcal.mol-1) cấu dạng với protein Chọn cấu dạng có lực gắn kết tốt để tiếp tục phân tích tương tác ligand acid amin protein đích KẾTQUẢ Mơ hình tương đồng cho cấu trúc VarTMK Vì cấu trúc VarTMK chưa có nên đề tài thực xây dựng mơ hình tương đồng VarTMK dựa cấu trúc protein thymidylate kinase virus Vaccinia (VacTMK) – virus thuộc họ Orthopoxvirus (PDB id: 2V54, phân giải 2,4 Å, với 204 acid amin) Sự chồng thẳng hàng hai chuỗi protein VarTMK VacTMK lên cho thấy hai protein đồng với acid amin đến 98,5% (Hình 2) Protein VarTMK có số acid amin 204, vùng gắn kết tạo thành từ acid amin Asp13, Chuyên Đề Dược Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 Lys17, Thr18, Asn37, Phe38, Pro39, Arg41, Leu53, Phe68, Arg72, Asp92, Gly98, Tyr101, Glu142, Tyr144 Sự khác biệt nhỏ cấu trúc acid amin (Thr30, Thr103, Ala148, Glu165) chuỗi protein VarTMK khác với VacTMK khơng có acid amin thuộc vùng gắn kết Như so với mơ hình mẫu, mơ hình Nghiên cứu Y học tương đồng VarTMK thu đạt độ tin cậy cao, sử dụng đích tác động việc thiết kế thuốc tìm chất ức chế tiềm lên protein Về đánh giá chất lượng mơ hình thu được, so sánh kết mơ hình trình bày bảng Hình 2: Sự chồng lên hai chuỗi protein VarTMK VacTMK (Acid amin không phù hợp chuỗi tô màu xám nhạt) Bảng 2: So sánh kết mơ hình tương đồng xây dựng protein mẫu VacTMK Cấu trúc Mơ hình xây dựng Protein mẫu (template, 2V54) Số lượng residues vùng quan tâm (%) 97,78 93,05 Nhóm thuốc thử nghiệm kháng virus Variola (nhóm 1) Với protein H1 phosphatase, lượng gắn kết ba chất nhóm dao động từ -4,3 đến -6,5 kcal.mol-1: Cidofovir (-4,3 kcal.mol-1), Imatinib (-7,7 kcal.mol-1), Tecovirimat (-6,5 kcal.mol-1) Với protein VarTMK, lượng gắn kết nhóm dao động tốt từ -6,2 đến -9,4 kcal.mol-1 Cidofovir (-6,2 kcal.mol-1), Imatinib (-7,7 kcal.mol-1), Tecovirimat (-9,4 kcal.mol-1) Dựa vào kết quả, chất có khả gắn kết tốt với protein H1 phosphatase Imatinib (-7,7 kcal.mol-1) Phân tích cho thấy Imatinib khơng thực nằm khoang gắn kết tạo liên kết hydro với acid amin Arg13, hình thành tương tác vòng thơm - với Lys8, Tyr9 tương tác kỵ nước với Leu6, Lys8, Tyr9, Leu12 Chất có khả gắn kết tốt với protein VarTMK Tecovirimat (-9,4 kcal.mol-1) Chuyên Đề Dược Số lượng residues vùng (%) 0,48 1,49 Clash Score 0,91 12,1 Tecovirimat nằm gần trọn vào khoang gắn kết, tạo liên kết hydro với Lys17, Arg41, Arg93, hình thành tương tác vòng thơm - với Phe68, Tyr101 tương tác kỵ nước với Phe68, Tyr101 Nhóm thuốc kháng virus khác (nhóm 2) Với protein H1 phosphatase điểm số docking chất dao động từ -2,5 đến 8,8 kcal.mol -1 , với protein VarTMK điểm số từ -3,5 đến -10,6 kcal.mol -1 Bảng phân loại vùng với lượng gắn kết số chất vùng trình bày: protein H1 phosphatase (Bảng 3) VarTMK (Bảng 4) Bảng 3: Bảng phân loại vùng theo lượng gắn kết chất số chất vùng protein H1 phosphatase Năng lượng gắn kết) -1 -2,5 đến -4,9 kcal.mol -1 -5,0 đến -6,9 kcal.mol -1 < -7,0 kcal.mol Số chất 24 34 555 Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 Bảng 4: Bảng phân loại vùng theo lượng gắn kết chất số chất vùng protein VarTMK Năng lượng gắn kết -1 -3,5 đến -6,9 kcal.mol -1 -7,0 đến -9,3 kcal.mol -1 < -9,4 kcal.mol Số chất 33 26 Bảng cho thấy điểm số docking chất tập trung vùng từ -5,0 đến -6,9 kcal.mol-1 nhiều Điểm số docking chất vùng thuộc mức độ trung bình Vùng từ 2,5 đến -4,9 kcal.mol-1 gồm chất phân tử nhỏ nên không tạo nhiều liên kết với protein mục tiêu tương tác Ngoài ra, đa số chất thuộc vùng 5,0 đến -6,9 kcal.mol-1 có cấu trúc phân tử phức tạp hơn, nhiên lại tận dụng không tốt tương tác với protein mục tiêu Các chất nằm rải rác khắp bề mặt protein mục tiêu chứng tỏ protein khơng có vị trí gắn tối ưu cho chất Những chất thuộc vùng có điểm số docking tốt (< -7,0 kcal.mol-1) tận dụng tốt mô hình protein tương tác tốt với protein Chất có điểm số docking tốt nhóm thuốc kháng virus Hypericin (-8,8 kcal.mol-1) Hypericin có tương tác vòng thơm - với Tyr9 H1 phosphatase tương tác kỵ nước với Leu6, Tyr9, Leu148 H1 phosphatse Ngồi nhóm thuốc kháng virus khác có chất có điểm số docking đánh giá tốt (< -7,0 kcal.mol-1) Etravirin, Maraviroc, Tipranivir Các liên kết hydro, tương tác vòng thơm -, tương tác kỵ nước, chất với H1 phosphatase Quan sát nhận thấy chất Etravirin, Hypericin, Tipranavir tập trung vị trí gắn kết Hypericin cho điểm số docking tốt nhất, cấu trúc đa vòng thơm Hypericin tạo đến liên kết tương tác vòng thơm - với Tyr9 liên kết kỵ nước với acid amin H1 phosphatase 556 Ở Bảng 4, nhìn chung chất vùng lượng gắn kết thể khả gắn với protein mục tiêu vị trí gắn kết cố định (vị trí ligand đồng kết tinh), nên so với phương pháp docking mù protein H1 phosphatase với VarTMK chất cho điểm số docking tốt Bảng cho thấy tập trung vùng -3,5 đến -6,9 kcal.mol-1 nhiều hơn, lý giải chất phân tử nhỏ nên tương tác tạo liên kết với protein mục tiêu nên điểm số docking thuộc mức độ thấp Các chất vùng -7,0 đến 9,3 kcal.mol-1, phân tử lớn tương tác không tốt với protein mục tiêu tận dụng vài điểm lồi lõm protein không tương tác với acid amin quan trọng Do đó, điểm số docking chất vùng thuộc mức độ trung bình Những chất thuộc vùng < -9,4 kcal.mol-1 có điểm số docking tốt tương tác tốt với protein Xét chất thuộc vùng này: chất có điểm số docking tốt nhóm thuốc kháng virus khác Raltegravir (-10,6 kcal.mol-1) Raltegravir tạo liên kết hydro với Lys14, Lys17, Thr18, Asn37, Phe38, Arg72 VarTMK có tương tác vòng thơm - với Phe68 VarTMK, tương tác kỵ nước với Lys17của VarTMK thể Hình Quan sát cho thấy phân tử Raltegravir khớp với chỗ lồi lõm khoang gắn kết VarTMK Như vậy, nhóm, chất có điểm số docking tốt trình bày Bảng 5, với Raltegravir chất tốt chọn Chuyên Đề Dược Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 Nghiên cứu Y học Hình 3: Vị trí - tương tác Raltegravir protein VarTMK Bảng 5: Các chất có điểm số docking tốt protein VarTMK H1 phosphatase TT Tên thuốc Dolutegravir Điểm số docking (kcal.mol-1) -9,5 Raltegravir -10,6 Rilpivirin -9,6 Chuyên Đề Dược Cấu trúc 557 Nghiên cứu Y học Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 BÀNLUẬN Kết mơ hình tương đồng xây dựng đạt độ tin cậy với tương đồng trình tự acid amin cao, mơ hình cấu trúc Variola thymidylat kinase đạt chất lượng cao Như vậy, vị trí gắn kết cấu trúc VarTMK xác định nhờ vào vị trí đồng kết tinh ligand cấu trúc VacTMK Quá trình docking thực đích tác động cho 65 ligand đó, Cidofovir thuốc sử dụng điều trị làm đối chiếu Kết cho thấy hai protein cấu trúc, thuốc khác có khả gắn kết vào cấu trúc so với Cidofovir Tuy nhiên, tương tác vòng thơm - với Tyr9 H1 phosphatase tương tác kỵ nước với Leu6, Tyr9, Leu148 H1 phosphatse hay với VarTMK, tương tác vòng thơm - với Phe68, Tyr101 tương tác kỵ nước với Phe68, Tyr101 đóng vai trò quan trọng Do so với Cidofovir, chất Imatinib Tecovirimat cho điểm số docking cao, tạo gắn kết tốt hơn, nên xem chất tiềm Điều phù hợp với thực tế thuốc thử nghiệm tác dụng kháng virus Variola cho giá trị IC50 Imatinib 10 µM(10) Tecovirimat với EC50 0,01 µM(18) Ngoài ra, nghiên cứu đề xuất thử nghiệm ức chế virus Variola cho thuốc tiềm Raltegravir, Dolutegravir Rilpivirin virus khác sử dụng cho trình docking protein mục tiêu Với H1 phosphatase, Hypericin cho lượng gắn kết thấp (-8.8 kcal/mol) VarTMK, Raltegravir cho lượng gắn kết thấp (-10.6 kcal/mol) Hai chất thuộc nhóm thuốc kháng virus khác, nhiên nhóm thuốc thử nghiệm kháng virus, loại protein mục tiêu, có thuốc cho kết tốt Imatinib (-7.7 kcal/mol) H1 phosphatase Tecovirimat (-9.4 kcal/mol) VarTMK Ngoài nhóm thuốc kháng virus khác có số thuốc có kết đánh giá tốt Từ kết trên, đề tài khẳng định việc dùng thuốc có để làm sở liệu ligand từ khảo sát khám phá chất ức chế tiềm đích tác động hướng đến hướng nghiên cứu nên quan tâm; đề nghị tiến hành khảo sát sâu thêm gắn kết Hypericin Raltegravir H1 phosphatase VarTMK, hướng tới mục tiêu đưa hai thuốc thử nghiệm kháng virus Variola TÀILIỆUTHAMKHẢO KẾTLUẬN Đề tài xác định protein đích tác động cho q trình khám phá thuốc kháng virus Variola dựa vai trò quan trọng protein trình bệnh sinh virus Các protein protein H1 phosphatase (PDB id: 2P4D) protein thymidylat kinase virus Variola (VarTMK) thu nhờ xây dựng thành cơng mơ hình tương đồng từ protein thymidylat kinase virus Vaccinia (VacTMK) 65 chất thuộc nhóm: nhóm thuốc thử nghiệm kháng virus Variola nhóm thuốc kháng 558 Baker RO, Bray M, Huggins JW, (2003) Potential antiviral therapeutics for smallpox, monkey pox and other orthopoxvirus infections Antiviral Research, 57(1-2): pp.13-23 Bolken TC, Hruby DE (2010) Tecovirimat for smallpox infections, Drugs Today, 46 (2): pp.109 Bordoli L, Kiefer F, Arnold K, Benkert P, Battey J, and Schwede T, (2009) Protein structure homology modeling using SWISS-MODEL workspace Nature Protocols, 4(1): pp.1-13 Bray M, Roy CJ, (2004) Antiviral prophylaxis of smallpox Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 54(1): pp.1-5 Esposito JJ, Sammons SA, Frace AM, Osborne JD, OlsenRasmussen M, Zhang M, Govil D, Damon I K, Kline R, Laker M, Li Y, Smith G L, Meyer H, Leduc JW, Wohlhueter RM, (2006) Genome sequence diversity and clues to the evolution of variola (smallpox) virus Science, 313(5788): pp.807-812 Guimaraes AP, Ramalho TC and Fransa TCC (2014) Preventing the return of smallpox: molecular modeling studies on thymidylate kinase from Variola virus Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 32 (10): pp.1601-12 Guimaraes AP, Souza FR de, Oliveira AA, Gonsalves AS, Alencastro RB de, Ramalho TC, Fransa TCC (2015) Design of inhibitors of thymidylate kinase from Variola virus as new selective drugs against smallpox European Journal of Medicinal Chemistry, 91: pp.72-90 Chuyên Đề Dược Y Học TP Hồ Chí Minh * Phụ Bản Tập 23 * Số * 2019 10 11 12 13 14 Harrison SC, Alberts Bruce, Ehrenfeld E, Enquist L, Fineberg H, McKnight SL, Moss B, O’Donnell M, Ploegh H, Schmid S L, Wlater KP and Theriot J (2004) Discovery of antivirals against smallpox Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 101 (31): pp.11178-11192 https://www.drugbank.ca/categories/DBCAT000066#drugs Patrick MR, Smith SK, Victoria AO, Steve HT, et al (2011) Varioa and monkeypox viruses utilize conserved mechanisms of virion motility and release that depend on Abl and Src family tyrosine kinases Journal of Virology, 85(1): pp.21-31 Phan J, Tropea JE and Waugh DS (2007) Structure-assisted discovery of Variola major H1 phosphatase inhibitors Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography, 63(6): pp.698-704 Reeves PM, Bommarius B, Lebeis S, McNulty S, Christensen J, Swimm A, Chahroudi A, Chavan R, Feinberg MB, Veach D, Bornmann W, Sherman M, and Kalman D (2005) Disabling poxvirus pathogenesis by inhibition of Abl-family tyrosine kinases Nature medicine, 11(7): pp.731-739 Sergei NS (2011) Emergence and reemergence of smallpox: The need for development of a new generation smallpox vaccine Vaccine, 29: pp D49-D53 Sharon M, Tomer I, Nir P (2018) Challenges and achievements in prevention and treatment of smallpox Vaccines, 6(8): pp.1-20 Chuyên Đề Dược 15 16 17 18 19 Nghiên cứu Y học Theves C, Biagini P, Crubnezy, (2014) The rediscovery of smallpox Clinical Microbiology and Infection, 20(3): pp.210-218 Tropea JE, Phan J, Waugh DS (2006) Overproduction, purification and biochemical characterization of the dual specificity H1 protein phosphatase encoded by variola major virus Protein Expression and Purification, 50: pp.31-36 Trott O, Olson AJ (2010) AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading Journal of Computational Chemistry, 31(2): pp.455–461 Yang G, Dniel CP, Marc HD, Marc SC, Bailey T, et al (2005) An orally bioavailable antipoxvirus compound (ST246) inhibits extracellular virus formation and protects mice from lethal Orthopoxvirus challenge Journal of Virology, 79(20): pp.13139-13149 Yella JK, Yaddanapudi S, Wang Y and Jegga AG, (2018) Changing trends in computational drug repositioning Pharmaceuticals, 11 (57): pp.1-21 Ngày nhận báo: 18/10/2018 Ngày phản biện nhận xét báo: 01/11/2018 Ngày báo đăng: 15/03/2019 559 ... thuốc có khả kháng virus Variola thông qua docking để khảo sát khả gắn kết in silico thuốc hai đích tác động protein H1 phosphatase thymidylat kinase virus Variola (VarTMK) Thymidylat kinase enzym... phục vụ cho trình docking (để thuận tiện cho trình khảo sát vị trí gắn, torsion hay gọi liên kết xoay giữ cố định) Q trình docking thực vào vị trí gắn kết protein, vị trí gắn kết 554 Thơng số center_x... Tyr9 liên kết kỵ nước với acid amin H1 phosphatase 556 Ở Bảng 4, nhìn chung chất vùng lượng gắn kết thể khả gắn với protein mục tiêu vị trí gắn kết cố định (vị trí ligand đồng kết tinh), nên