Bài viết trình bày các kết quả bước đầu phân loại loài tảo Prorocentrum sp. thu được tại thành phố Hải Phòng bằng phương pháp dựa vào các đặc điểm hình thái kết hợp với so sánh trình tự Nucleotit của các giai đoạn gien 18S rDNA, ITS1-5,8S-ITS2.
28(1): 81-91 3-2006 Tạp chí Sinh học Định loại loài tảo PROROCENTRUM SP phân lập đợc thành phố Hải phòng DựA VàO Trình tự NUCLEOTIT củA oạn gien18S rDNA Và ITS1-5,8S-ITS2 đặng Diễm Hồng, Hoàng Minh Hiền, Hoàng Lan Anh Viện Công nghệ sinh học Chu Văn Thuộc Viện Tài nguyên Môi trờng biển Chi Prorocentrum thuộc ngành Dinoflagellatae bao gồm 31 loài tảo biển với cấu tróc tÕ bµo rÊt gièng [9] Ng−êi ta thÊy chúng có mặt nơi xuất thuỷ triều đỏ có nở hoa tảo độc không độc Độc tố DSP (Diarrhetic shellfish poisoning) có loài tảo giáp sống trôi sống đáy, hầu hết thuộc chi Dinophysis chi Prorocentrum, gây ảnh hởng đến hệ tiêu hóa ngời Hiện tợng nở hoa loài tảo biển thủy vực thờng kéo theo nhiễm độc cho loài hải sản ngời ăn phải chúng Do vậy, việc phát ngăn chặn nở hoa tảo độc cần thiết vµ cã ý nghÜa thùc tiƠn to lín viƯc giảm thiểu tác động xấu chúng tới môi trờng, đặc biệt công việc nuôi trồng hải sản bảo đảm an toàn thực phẩm [6, 9] Các nghiên cứu nở hoa tảo độc bao gồm việc xác định thống kê loài tảo gây độc hại, phân bố chúng không gian, thời gian yếu tố môi trờng liên quan đến tợng bùng phát số lợng tảo độc [1] biện pháp phòng ngừa giảm thiểu tác hại chúng Phơng pháp phân loại truyền thống dựa đặc điểm hình thái có vai trò quan trọng việc xác định loài tảo, nhiên, có nhiều khó khăn gặp loài có khả biến đổi hình thái để thích ứng điều kiện sống khác loài giống mặt hình thái biến thái chúng lại khó phân biƯt d−íi kÝnh hiĨn vi [6, 7] HiƯn nay, bªn cạnh phơng pháp phân loại truyền thống, kỹ thuật sinh học phân tử đ đợc sử dụng nhằm góp phần phân loại cách xác loài tảo Trong báo này, trình bày kết bớc đầu phân loại loài tảo Prorocentrum sp thu đợc thành phố Hải Phòng phơng pháp dựa vào đặc điểm hình thái kết hợp với so sánh trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA, ITS1-5,8S-ITS2 Trên sở kết thu đợc, tên mối quan hệ phát sinh chủng loại loài mà phân lập đợc với loài Prorocentrum spp khác đ đợc công bố Ngân hàng gien giới GENEBANK I Phơng pháp nghiên cứu Vật liệu - Vật mẫu Prorocentrum sp đợc phân lập Đồ Sơn, thành phố Hải Phòng Viện Tài nguyên Môi trờng biển cung cấp Độ khiết theo tiêu chuẩn hình thái tảo đợc kiĨm tra d−íi kÝnh hiĨn vi laser qt Axiovert 100M h ng CarlZeiis - Các trình tự đoạn gien 18S rDNA ITS1-5,8S-ITS2 10 loi Prorocentrum đ đợc công bố Ngân hng gien GENEBANK (bảng 1) đ đợc sử dụng - Vectơ pCRR2.1, chủng vi khuẩn E.coli Công trình đợc hỗ trợ Chơng trình khoa học KC.09.19 Chơng trình điều tra nghiên cứu ứng dụng công nghệ biển 81 DH5 v hóa chất chuẩn h ng Invitrogen Phơng pháp - T¸ch chiÕt DNA tỉng sè cđa Prorocentrum sp theo phơng pháp đ công bố [5] - Các đoạn gien 18S rDNA ITS1-5,8S-ITS2 đợc nhân kỹ thuật PCR từ DNA tổng số với cặp mồi đặc hiệu: 18S-F (5’-GAGAGGGAGCCTGAGAAACG-3’) vµ 18S-R (5’-GGCATCACAGACCTGTTATTGC-3’), ITS-F (5’-TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3’) vµ ITS-R (5’-CGACGCAAGAAGTAGACTCG-3’) - Điều kiện v thnh phần phản ứng PCR theo nh công bố [4, 5] - Quá trình tách dòng đoạn gien nhân đợc, đợc tiến hành theo công bố [4, 5, 8] - Trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 mẫu nghiên cứu đợc thực máy đọc trình tự tự ®éng ABI PRISM(R)3100-Avant Genetic Analyzer (ABI, Mü) cđa ViƯn C«ng nghệ sinh học - Dựa chơng trình Clustal X Multiple Sequence Alignment Program (version 1.81, June 2000) vµ DNASTAR, xây dựng phát sinh chủng loại loài Prorocentrum sp thu thập Hải Phòng với trình tự loài Prorocentrum có sẵn GENEBANK Bảng Các loi Prorocentrum có trình tự đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 đợc sử dụng để phân tích đa dạng di truyền STT Tên khoa học Số hiệu taxon (TaxID) GENEBANK 10 11 12 13 14 15 Prorocentrum lima (Ehrenberg) Dodge 1975 P arenarium Faust 1994 P maculosum Faust 1993 P concavum Fukuyo 1981 P panamensis sp nov P micans Ehrenberg 1834 P minimum var triangulatum Hulburt 1959 P minimum (Pavillard) Schiller 1933 P mexicanum Osorio Tafall 1942 P emarginatum Fukuyo 1981 P micans Ehrenberg 1834 P minimum (Pavillard) Schiller 1933 P minimum var triangulatum Hulburt 1959 P triestinum Schiller 1918 P minimum var mariae-lebourae Hulburt 1959 39448 72679 72680 72681 72678 2945 39449 39449 72677 72682 2945 39449 39449 39450 39449 Y16235 Y16234 Y16236 Y16237 Y16233 AJ415519 AJ415520 Y16238 Y16232 Y16239 AF208245 AF352370 AF208244 AF208246 AF352371 M· sè Gien m· hãa 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA 18S rDNA ITS1-5,8S-ITS2 ITS1-5,8S-ITS2 ITS1-5,8S-ITS2 ITS1-5,8S-ITS2 ITS1-5,8S-ITS2 II Kết nghiên cứu Mô tả hình thái loài Prorocentrum sp đợc phân lập Hải Phòng Dới kính hiển vi lazer quét, Prorocentrum sp đơn bào chuyển động; tế bào gần giống hình ovan, dài 32,58-35,33 µm, réng 22,84-23,66 µm Nh− vËy, dùa vµo đặc điểm hình thái, vật mẫu Prorocentrum sp mà phân lập đợc Hải Phòng đợc xếp vào loài Prorocentrum mexicanum Osorio Tafall 1942 82 Hình Hình thái tế bo loi Prorocentrum sp thu Hải Phòng dới kính hiển vi lazer quột 2 Tách chiết DNA tổng số Kết tách DNA tổng số Prorocentrum sp đợc trình bày hình cho thấy DNA có chất lợng tốt, không bị đứt g y, phù hợp để làm nguyên liệu cho nghiên cứu M 1,0 kb cặp mồi 18S F-R v 0,6 kb với cặp mồi ITS F-R Sản phẩm PCR Prorocentrum sp với hai cặp mồi nói đợc hình Kết cho thấy đ nhân đợc đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 có kích thớc tơng ứng khoảng 1,0 kp v 0,6 kp Kích thớc sản phẩm PCR mà thu đợc phù hợp với khoảng cách hai mồi kích thớc theo tính toán lý thuyết Tách dòng đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 M Hình ảnh ®iƯn di kiĨm tra DNA cđa Prorocentrum sp GiÕng 1: mackơ 1Kb; giếng 1-4: mẫu DNA tách từ Prorocentrum sp 1,0 kb 0,6 kb Nhân đoạn gien 18S rDNA ITS15,8S-ITS2 b»ng kü thuËt PCR M 1,0 kb 0,6 kb Hình Điện di sản phẩm PCR kiểm tra đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 với cặp mồi 18S R-F v ITS F-R đ đợc gắn vào vectơ tách dòng pCRR2.1 Cột M: thang chuẩn cđa DNA cã kÝch th−íc kb; cét 1-4: c¸c dòng tế bào mang vectơ tái tổ hợp gắn đoạn gien 18S rDNA; cột 5-7: dòng tế bào mang vectơ tái tổ hợp gắn đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 M Hình Điện di s¶n phÈm PCR cđa lồi Prorocentrum sp Cét M: thang chn cđa DNA cã kÝch th−íc kb; cét 1: sản phẩm PCR với cặp mồi 18S F-R; cột 2: sản phẩm PCR với cặp mồi ITS F-R Để phân lập tách dòng phần đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 Prorocentrum sp., đ thiết kế cặp mồi đặc hiệu 18S F-R v ITS F-R dựa vo trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 chi Prorocentrum đ đợc công bố Ngân hàng gien quốc tế (GENEBANK) Trong đó, theo tính toán lý thuyết, sản phẩm PCR có kích thớc khoảng 1,0 kb 0,6 kb Hình Phân tích enzym giới hạn plasmit tái tổ hợp mang đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 Cột M: thang chuÈn DNA cã kÝch th−íc kb; cét 13: vectơ pCRR2.1 đ gắn sản phẩm PCR đoạn gien18S rDNA; cột 4-7: vectơ pCRR2.1 đ gắn sản phẩm PCR đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 83 Các đoạn gien nhận đợc đ đợc tiến hành tách dòng, xác định trình tự theo công bố [3, 4, 7] Để khẳng định có phải vectơ tái tổ hợp mang đoạn gien 18S rDNA ITS1-5,8SITS2 mong mn kh«ng, chóng t«i tiến hành phản ứng PCR-checking khuẩn lạc trắng với hai cặp mồi 18S F-R v ITS F-R (hình 4) v cắt DNA plasmit tái tổ hợp với enzym giới hạn EcoRI (hình 5) Kết hình 4, thu đợc đ chứng tỏ đoạn gien mà mong muốn đ đợc gắn thành công vào vectơ tách dòng pCRR2.1 Tiếp theo, dòng plasmit tái tổ hợp nói đợc tách chiết tinh lợng lớn để đọc trình tự So sánh trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 loài Prorocentrum Chúng đ tiến hành so sánh trình tự thu đợc Prorocentrum sp với 10 trình tự đoạn gien 18S rDNA loài Prorocentrum khác (hình 6) với trình tự đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 loài Prorocentrum khác đ đợc công bố Ngân hàng gien quốc tế (hình 7) Kết hình cho thấy có sai khác trình tự loài Prorocentrum với Tỷ lệ phần trăm tơng đồng cặp trình tự loài Prorocentrum đợc thống kê dới dạng ma AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 84 trận tam giác bảng Theo kết bảng 3, thấy độ tơng đồng đoạn gien 18S rDNA loài Prorocentrum từ 92-100% đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 từ 77-99% Nh vậy, việc đọc so sánh trình tự đoạn gien 18S rDNA ITS1-5,8S-ITS2 chi Prorocentrum công cụ hữu hiệu để kiểm tra xác định mối quan hệ phát sinh chủng loại loài dới loài điều kiện địa lý, sinh thái khác Điều đợc so sánh nhóm P minimum với nhau, độ tơng đồng đoạn gien 18S rDNA gi÷a hai nhãm P minimum 100% (bảng 2) nhng với đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 l 99,3-99,5% (bảng 3) Cũng bảng 2, nhận thấy Prorocentrum sp có độ tơng đồng cao nhất, đạt đến 99,9% so sánh với P mexicanum (Y16232), tiếp 99,8% víi P micans (AJ415519), 99,6% víi P minimum (AJ415520 Y16238), 96,5% víi P concavum (Y16237), 96,4% víi P panamensis (Y16233), 95,6% víi P emarginatum (Y16239) thÊp nhÊt 94,1% víi P arenarium (Y16234) P maculosum (Y16236) Kết hợp với đặc điểm hình thái Prorocentrum sp miêu tả phần II.1 với kết phân tích trình tự đoạn gien 18S rDNA đây, kết luận Prorocentrum sp thuộc loài Prorocentrum mexicanum GAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCCGAGACATGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC GAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACATCTAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACC *********** **** * ******************************* ******** CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATAATTGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATAATTGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATATCTGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATATCTGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATATCTGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACACGGCATATTTGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAAGGCATCCATGTCTTGTA CAATCCTGACATAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATTCTTGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATCCATGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATCCATGTCTTGTA CAATCCTGACACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATACAGGGCATCCATGTCTTGTA *********** ****************************** ***** ********* ATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCCCTTTACGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCCCTTTACGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCCCTTTACGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCCCTTTACGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCCCTTTACGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 ATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCCCTTTACGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAACTCAAACTCCTCTACAAGTACCGATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAACTTAAATCCCTTTGCGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAACTTAAATCTCTTTGTGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAACTTAAATCTCTTTGTGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC ATTGGAATGAGTAGAATTTAAATCTCTTTATGAGTACCAATTGGAGGGCAAGTCTGGTGC **************** * *** ** * ****** ********************* CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATGGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC CAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCATATATTAAAGTTGTTGCGGTTAAAAAGC **************************** ** **************************** TCGTAGTTGGATTTCTGCCGAGGACGACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGG TCGTAGTTGGATTTCTGCCGAGGACGACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGG TCGTAGTTGGATTTCTGCCGAGGACGACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGG TCGTAGTTGGATTTCTGCCGAGGACGACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGG TCGTAGTTGGATTTCTGCCGAGGACGACCGGTCCGCC-TCTGGGTGAGTATCTGGCTCGG TCGTAGTTGGAAGTCTGCCTAGGAAGACTGGTCCGCCCTCCGGGTGAGTATCTGGCTCGG TCGTAGTTGGACTTCTGCTGAGGACGACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGCATCTGGCTCGG TCGTAGTCGGATTTCTGCCGAGGACGACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGTATCTGGCTCGG TCGTAGTCGGATTTCTGCCGAGGACAACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGCATCTGGCTTGA TCGTAGTCGGATTTCTGCCGAGGACAACCGGTCCGCCCTCTGGGTGAGCATCTGGCTTGA TCGTAGTCGGATTTCTGCCGAGGACAACCGGTCCGCCCTCTGGGCGAGCATCTGGCTTGA ******* *** ***** **** ** ******** ** *** *** ******** * CCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT CCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT CCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT CCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT CCTGGGCATCTTCTTGGAGAACGTAGCTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT CCTGGGCATTTTCTTGGAGAATGTAGGTGCACTTGGCTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACC CCTTGGCATCTTCTTGGAGAACGCAACTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGCATCCAGGACT CCTGGGCATCTTCTTGGAAAGCGTGGCTGCACTTGATTGTGTGGCGCGGTAGCCAGGGCT TCTGGGCATCTTCTTGGAGAGCGTAGCTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT TCTGGGCATCTTCTTGGAGAGCGTA-CTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT TCTGGGCATCTTCTTGGAGAGCGTAGCTGCACTTGACTGTGTGGTGCGGTATCCAGGACT ** ***** ******** * * ******** ******* **** * ***** * TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCTTACGCCTTGAATACATTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCTTACGCCTTGAATACATTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCTTACGCCTTGAATACATTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCTTACGCCTTGAATACATTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCTTACGCCTTGAATACATTAGCATGG TGTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCTGATGCCTTGTATACGTTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCACACGCTTTGAATACATTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTTTCAAGCAGGCGCATGCTTTGAATACTTTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTCCTAAGCAGGCCCATGCCATAAATACATTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTCCTAAGCAGGCCCATGCCATATATACATTAGCATGG TTTACTTTGAGGAAATTAGAGTGTCCCAAGCAGGCCCATGCCATAAATACGTTAGCATGG * ********************** ******** * ** * **** ********* AATAATAAGATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGAGG-TAATGATTA AATAATAAGATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGAGG-TAATGATTA AATAATAAGATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGAGG-TAATGATTA AATAATAAGATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGAAG-TAATGATTA AATAATAAGATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGAGG-TAATGATTA CATACTAAGATAGGACCTCGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCTGAGG-TAATGGTTA AATAATAAGATAGGACCTTGGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCCGAGGGTAATGATTG AATAATAAGATAGGACCTCTGTTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCAGAGG-TAATGATTA AATAATAAGGTAGGACCTACTCTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCAGAGG-TAATGGTCA AATAATAAGGTAGGACCTACTCTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCA-AGG-TAATGGTCA AATAATAGGGTAGGACCTTTTCTCTATTTTGTTGGTTTCTAGAGCAGAGG-TAATGGTCA *** ** * ******** *********************** * * ***** * 85 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 86 ATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATAGGGATAGTTGGGGGTGTTCGTACTTAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATAGGGATAGTTGGGGGCATTCGAATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATAGGGATAGTTGGGGGCACTCGTATTTAACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTTA ATGGGGATAGTTGGGGGTATTCGTATTTGACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTCA ATGGGGATAGTTGGGGGTATTCGTATTTGACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTCA ATGGGGATAGTTGGGGGTATTCGTATTTGACTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTGTCA ** ************** *** * ** * *************************** * AAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGGACAACTGCGAAAGCATTCGCCAAGGATGTTCTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGATGGACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAAGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAGGGATGTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGAACCAATGCGAAAGCATTTGCCAGAGATGTTTTCCTTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGAACCAATGCGAAAGCATTT-CCAGAGATGTTTTCCTTGATCAAGAACGAAAGTT AAGACGAACCAATGCGAAAGCATTTGCCAGAGATGTTTTCCTTGATCAAGAACGAAAGTT **** * ** * ************ *** ****** ** ******************* AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACCATGCCGACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACAATGCCAACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACTATGCCAACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACTATGCCAACTAGAG AGGGGATCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTTAACCATAAACTATGCCAACTAGAG ********************************************** ***** ******* ATTGGAGGTCGTTATTTATACGACTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGTCGTTATTTATACGACTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGTCGTTATCTATACGACTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGTCGTTATCTATACGACTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGTCGTTATCTATACGACTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGCCGTTATCTATGTGGCTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTATTTGGG ATTGGAGGTTGTTATCTTCTCGACTCCTCCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGTCGTTAGCTATACGACTCCTTCAGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCCTTGGG ATTGGAGGTCGTTATGTTGACGACTCTTTCGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGT-GTTATGTTGACGACTCTTTCGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ATTGGAGGTCGTTAGATTTACGACTCTTTCGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTCTTTGGG ******** **** * * *** * * ********************** ***** TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC TTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACC ************************************************************ AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCAGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCAGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCAGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCAGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCGGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCAGACA Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AJ415520 Y16238 Y16232 Prorocentrum sp AJ415519 Y16239 Y16233 Y16237 Y16234 Y16235 Y16236 AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCGGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCGGACA AGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGG-AAACTTACCAGGTCCGGACA *************************************** *************** **** TAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTTAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATGGACAGATTGATAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGACAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGACAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG TAGTAAGGATTGACAGATTGACAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCG **** ***** ********** ************************************** TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACCTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACTTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACTTG TTCTTAGTTGGTGGAGTGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTTAACTTG ********************************************************* ** CTAAATAGTTACACGTAACTTCGGTTACGTGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTG-CGTGT CTAAATAGTTACACGTAACTTCGGTTACGTGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTG-CGTGT CTAAATAGTTACACGTAACTTCGGTTACGTGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTG-CGTGT CTAAATAGTTACACGTAACTTCGGTTACGTGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTG-CGTGT CTAAATAGTTACACGTAACTCCGGTTACGTGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTG-CGTGT CTAAATAGCTACACATAACTCCAGTCATGTGGGCAGCTTCTTAGAGGGACTTTG-TGTGT CTAAATAGTTACATGTAATTTCGGTTATGTGGGCAACTTCTTAGAGGGACTTTG-CGTGT CTAAATAGTTACACGTAACTCTGGCTACGTGGGCAGCTTCTTAGAGGGACTTTGCTGTGT CTGAATAGCTACATCTAACTCCGGTTACATGGGCAGCTTCTTAGAGGGACTTTGCTGTGT CTGAATAGCTACATCTAACTCCGGTTACATGGGCAGCTTCTTAGAGGGACTTTGCTGTGT CTGAATAGCTACATCTAACTCCGGTTACATGGGCAGCTTCTTAGAGGGACTTTGCTGTGT ** ***** **** *** * * * ****** ****************** **** CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC CTAACGCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCC ****************************************** Hình So sánh trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA Prorocentrum sp với 10 trình tự đoạn gien loài Prorocentrum khác: P minimum có m số Ngân gµng gien quèc tÕ lµ AJ 415520 vµ Y16238, P mexicanum-Y16232; P micans-AJ415519; P emarginatum-Y16239; P panamensis-Y16233; P concavum-Y16237; P arenarium-Y16234; P lima-Y16235; P maculosum-Y16236 AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 AF208245 Prorocentrum sp GCACGCATCCAATAGATTCACTGTGAACTCGA-ACTCGTGAGGGTCTGGGTTGGGGTGGA GCACGCATCCAATCGATTCACTGTGAACGAAC-TTTTGTGAGGGTCTGGGTGAGGGTGGA GCACGCATCCATTCGAATCATTGTGAACAACA-GTTGGTGAGGCTCTGGGTGGGGATGGA GCACGCATCCATTCGAATCATTGTGAACAACA-GTTGGTGAGGCTCTGGGTGGGGATGGA GCACGCATCCATTCGAATCATTGTGAACAACA-GTTGGTGAGGCTCTGGGTGGGGATGGA GCACGCATCCAACCAAATCACCGTGAATAACACGTTGGTGAAGCTCTGGGTGGGGATGGA *********** * *** ***** * **** * ******* ** **** GATAGCATCAATGCCCTTATGCAGGCGCTCGAGGGCAGTAAGCCAGGATTGGACTGTCTT GATTGCATCAATCCCCTTATGCAGGCGCTCGAGGGCAGTAAGCCAGGCTTGGATTGTCTT 87 AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 GATAGCATCGATGCCCCCATGCAGAGACTCAAGGGCAGCAAGCCAGGCTCAGACCGTCTT GATAGCATCGACGCCCCCATGCAGAGACTCAAGGGCAGCAAGCCAGGCTCAGACCGTCTT GATAGCATCGACGCCCCCATGCAGAGACTCAAGGGCAGCAAGCCAGGCTCAGACCGTCTT GATAGCATCGATTCCCCCATGCAGAC-TTCAAGGGCACTGGGCCAGGTGCGGACCGTCTT *** ***** * *** ****** ** ****** ****** ** ***** AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 CCTTTCCTGTCCCTGCTGCCATGTCTTCAACTTGCTACAAAGCATTTATTGTTCCATTTG CCTTGCCTGCCCCTGCTGCCATCGCTTCAACTTGCTATTCAGCATTTATTGTTTC TTT CTGTGCCTGTCCTTGCTGTCG-GGTGTCTTCCTGATCTTCTGTGTTTTTGAATTC T CTGTGCCTGTCCTTGCTGTCG-GGTGTCTTCCTGATCTTCTGTGTTTTTGAATTC T CTGTGCCTGTCCTTGCTGTCG-GGTGTCTTCCTGATCTTCTGTGTTTTTGAATTC T CTGCATCTGCGCCTGCTGCCA-ATTGTCTTTTGACTTATTGGTTTCTTCATATCC T * *** * ***** * ** * * * * * * AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 TTCTCGAGTGGTTATCCACTTGTTTATTGTATTACAACTTTCAGCGACGGATGTCTCGGC TCTTCGAGTGGTTATCCACTTATTCATCGCATTACAACTTTCAGCGACGGATGTCTCGGC CTCCTGAGTGGTC-TCCACTCTCACATCTACTTACAACTTTCAGCGACGGATGTCTCGGC CTCCTGAGTGGTC-TCCACTCTCACATCTACTTACAACTTTCAGCGACGGATGTCTCGGC CTCTTGAGTGGTC-TCCACTCTCACATCTACTTACAACTTTCAGCGACGGATGTCTCGGC ATCTCTTGTGGCTTGTTCCACATGTCTTCTCATACAACTTTCAGCGATGGATGTCTCGGC **** * * *************** ************ AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 TCGAACAACGATGAAGGGCGCAGCGAAGTGTGATAAGCATTGTGAATTGCAGAATTCCGT TCGAACAACGATGAAGGGCGCAGCGAAGTGTGATAAGCATTGTGAATTGCAGAATTCCGT TCGAACAACGATGAAGGGCGCAGCGAAGTGTGATAAGCATTGTGAATTGCAGAATTCCGT TCGAACAACGATGAAGGGCGCAGCGAAGTGTGATAAGCATTGTGAATTGCAGAATTCCGT TCGAACAACGATGAAGGGCGCAGCGAAGTGTGATAAGCATTGTGAATTGCAGAATTCCGT TCGAACAACGATGAAGGGCGCAGCGAAGTGTGATAAGCATTGTGAATTGCAGAATTCCGT ************************************************************ AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 GAACCAATAGGGACTTGAACGTATACTGCGCTTTCGGGATATCCCTGAAAGCATGCCTGC GAACCAATAGGGACTTGAACGTACACTGCGCTTTCGGGATATCCCTGAAAGCATGCCTGC GAACCAATAGGGACTTGAACGTATACTGCGCTTTCGGGATATCCCTGAAAGCATGCCTGC GAACCAATAGAGACTTGAACGTATACTGCGCTTTCGGGATATCCCTGAAAGCATGCCTGC GAACCAATAGGGACTTGAACGTATACTGCGCTTTCGGGATATCCCTGAAAGCATGCCTGC GAACCAATAGGGACTTGAACGTATACTGCGCTTTCGGGATATCCCTGAAAGCATGCCTGC ********** ************ ************************************ AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 TTCAGTGTCTATTCTTTTTCATTCCAGCGATCTTGGGTTTCCAGCGTCGCTTGTGTGTCT TTCAGTGTCTATTCTTTTTCATTCCAGCGACCTGGTTTCTCCAGAGTCGCTTGCGTGTCT TTCAGTGTCTATTCTGTATCATTCCAGCT-TCTGGCCTGTCCAGAA-CGCTTGTGTGTTT TTCAGTGTCTATTCTGTATCATTCCAGCT-TCTGGCCTGTCCAGAA-CGCTTGTGTGTTT TTCAGTGTCTATTCTGTATCATTCCAGCT-TCTGGCATGTCCAGAA-CGCTTGTGTGTTT TTCAGTGTCTAATTCATTTCATTCCAGCAACCTGGT-TTTCCAGTGCTGCTTGGGTGTAT *********** * * ********** ** * * ***** ***** **** * AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 TTGTGCGTTAGAGCGCTCGCCTTGCGCAGCCTTTGACGCATTTAATGCA-CAGGGACCCC TTGTGCGTTAGGGCGCTCGCTTCTTGCGGCCCTTGACGCATTCAATGCA-CAGGGACCCC CTGTGTGCCAGGGCGCCC TGCGGCCTCTGGCGCATTCAGTGCA-CAGGGTCTTC CTGTGTGCCAGGGCGCCC TGCGGCCTCTGGCGCATTCAGTGCA-CAGGGTCTTC CTGTGTGCCAGGGCGCCC TGCGGCCTCTGGCGCATTCAGTGCA-CAGGGTCTTC TTGTGTGTCAGTGTGCTT -TTTGCCTTTGACACATTGAGCTCATCAGGTTTTCC **** * ** * ** *** ** * **** * ** **** * AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 TCGCACAAGCAACTAGAAGAGCCTC TTGGCGTTTCCTTGTTGTCTTGCCTGCGAGGAG TTGCACAAGCAACTAGAAGAGCCTC TGGGCGTTTCCTTGTTGTCTTGCATGCGAGCGG CCACGCAAGCAACTAGAAGAGTGTC TCTGATGCTATCTGTTGCCTTGTTGTTGGGCAT CCACGCAAGCAACTAGAAGAGTGTC TCTGATGCTATCTGTTGCCTTGTTGTTGGGTAT CCACGCAAGCAACTAGAAGAGTGTC TCTGATGCTATCTGTTGCCTTGTCGTTGGGCAT TTGCGCAAGCAATTAGAAGGGTGTTATTATGACGCTATCTGTTTGCTTGTTTGCTAAGGG * ******* ****** * * * * * **** **** AF208245 Prorocentrum sp AF208244 AF352371 AF352370 AF208246 GGCCTTGCCATCCAGTGCCTAGCGCACTCCA GGCTTTGCCATCCAGTGCAGAACGCACTCCA GGCCTTGCTGTCTAGTGCCCAGCGCACTCCT GGCCTTGCTGTCTAGTGCCCAGCGCACTCCT GGCCTTGCTGTCTAGTGCCCAGCGCACTCCT AAGCTTGGCTTGCAGTGCCTTGTGCACTCAA *** * ***** ****** Hình So sánh trình tự nucleotit đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 cđa Prorocentrum sp víi tr×nh tù nucleotit đoạn gien loài khác: P micans với m số ký hiệu Ngân hàng gien quốc tÕ lµ AF208245, P minimum-AF208244, AF352371, AF352370 vµ P triestinum-AF208246 88 Bảng Tỷ lệ % tơng đồng (ma trận tam giác trên) khoảng cách di truyền (ma trận tam giác dới) đoạn gien 18S rDNA loài chi Prorocentrum Khoảng cách di truyền 1 10 11 0,4 0,2 0,1 3,7 5,8 6,0 5,9 3,3 0,4 4,4 99,6 99,8 99,9 99,6 99,7 0,4 99,9 0,3 0,1 3,7 3,7 3,6 5,9 6,1 5,9 6,1 6,2 6,1 5,9 6,1 6,0 3,4 3,5 3,4 0,0 0,4 0,3 4,6 4,6 4,5 Tû lÖ % tơng đồng 96,4 94,3 94,0 94,3 96,4 94,2 93,9 99,2 96,4 94,1 93,8 94,1 96,4 94,2 94,0 94,2 92,9 92,9 92,7 7,3 99,9 99,0 7,2 0,1 98,5 7,5 1,0 1,1 6,0 5,9 6,1 5,9 3,7 5,9 6,1 5,9 7,6 8,9 8,8 8,7 96,7 96,6 96,5 96,5 94,2 94,3 93,9 94,2 3,4 6,9 10 99,6 100 99,6 99,7 96,3 94,2 93,8 94,2 96,6 11 95,7 95,6 95,6 95,7 92,8 91,8 91,8 92,0 93,6 95,6 10 4,6 11 10 11 AJ415519 AJ415520 Prorocentrum sp Y16232 Y16233 Y16234 Y16235 Y16236 Y16237 Y16238 Y16239 B¶ng Tỷ lệ % tơng đồng (ma trận tam giác trên) khoảng cách di truyền (ma trận tam giác dới) đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 loài chi Prorocentrum Tỷ lệ % tơng đồng Khoảng cách di ruyền 1 6 80,3 79,6 77,4 99,3 80,1 79,2 99,5 79,6 79,0 99,1 79,9 91,5 77,4 79,9 79,1 25,2 28,2 0,7 0,5 24,5 30,9 24,9 25,7 10,3 28,5 28,8 32,5 0,9 24,5 25,4 X©y dùng phát sinh chủng loại số loài Prorocentrum Dựa vào khoảng cách di truyền đoạn gien 18S rDNA từ số loài Prorocentrum khác chơng trình DNASTAR để tính toán khả lớn xảy ra, xây dựng phát sinh chủng loại loài Prorocentrum (hình 8) Cây phát sinh chủng loại cho thấy loài đợc chia thành nhóm: nhóm thứ có nhÊt loµi lµ P emarginatum vµ nhãm thø gồm loài lại; đó, lại đợc chia lµm nhãm nhá: nhãm nhá thø nhÊt gåm loài: P aenarium, P lima, P maculosum, P concavum vµ P panamensis vµ nhãm nhá thø gåm: Prorocentrum sp., P mexicanum, P micans vµ P minimum AF208244 AF208245 AF208246 AF352370 AF352371 Prorocentrum sp Prorocentrum sp nằm cạnh loài P mexicanum phát sinh chủng loại, có hệ số đồng d¹ng di trun cao nhÊt 99,9% chóng chØ cã khác biệt nucleotit so sánh trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA Sự khác biệt nucleotit khác biƯt ë cïng loµi P mexicanum Nh− vËy, Prorocentrum sp loài Prorocentrum mexicanum v kết phân loại phù hợp với việc phân loại dựa vào đặc điểm hình thái mà đ đề cập Sau đ xác định đợc Prorocentrum sp loài Prorocentrum mexicanum, trình tự nucleotit đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 loài Prorocentrum mexicanum đ đợc đăng ký Ngân hàng gien quốc tế, với số đăng ký đợc cấp AY 886 763 89 Y16234 P arenarium Y16235 P lima Y16236 P maculosum Y16237 P concavum Y16233 P panamensis Prorocentrum sp Y16232 P mexicanum AJ415519 P micans AJ415520 P minimum Y16238 P minimum Y16239 P emarginatum 3,9 Hình Cây phát sinh chủng loại số loài Prorocentrum dựa so sánh trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA III Kết luận Chúng đ phân lập, tách dòng đọc thành công trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA ITS1-5,8S-ITS2 cđa lồi Prorocentrum sp ph©n lập đợc Hải Phòng Dựa đặc điểm hình thái so sánh trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA ITS1-5,8S-ITS2 loài Prorocentrum sp với trình tự tơng ứng Prorocentrum khác đ đợc công bố Ngân hàng gien quốc tế, đ cho phép xác định loài tảo Prorocentrum mexicanum Trình tự nucleotit đoạn gien ITS15,8S-ITS2 loài Prorocentrum mexicanum thu đợc Hải Phòng có số đăng ký Ngân hàng gien quốc tế AY 886 763 Tài liệu tham khảo Altamirano R C and Beltran A P S., 2003: J Phycol., 39: 221-225 Asai R et al., 2003: Phycological Research, 51: 118-125 Casas M S et al., 2002: Diseases of Aquatic Organisms, 50: 51-65 90 Đặng Diễm Hồng cs., 2004: Tuyển tập báo cáo khoa học Hội nghị khoa học Biển Đông 2002: 424-436 Nha Trang Đặng Diễm Hồng cs., 2002: Tạp chí Khoa học v Công nghệ, 40: 161-167 Đặng Đình Kim, Đặng Hong Phớc Hiền, 1999: Công nghệ sinh học Vi tảo Nxb Nông nghiệp, H Nội Faust M A., 1997: J Phycol., 33: 851-858 Nguyễn Đức Bách cs., 2003: T¹p chÝ Sinh häc, 25(3): 1-5 Taylor F J R., 1993: The species problem and its impact on harmful phytoplankton studies, with emphasis on dinoflagellate morphology In: T J Smayda and Y Shimizu (eds), Toxic Phytoplankton Blooms in the Sea: 81-86 New York, Elsevier Science Inc 10 Takano Y and Horiguchi T., 2004: Phycological Research, 52: 107-116 11 Witek B., Plinski M., 2000: Oceanologia, 41(2): 29-36 12 Grzebyk D et al., 1998: J Phycol., 34: 1055-1068 TAXONOMY OF PROROCENTRUM SP SAMPLED FROM HAIPHONG CITY BY BASING ON THE NUCLEOTIDE SEQUENCES OF THE 18S rDNA And ITS1-5.8S-ITS2 GENE FRAGMENTS Dang Diem Hong, Hoang Minh Hien, Hoang Lan Anh, Chu Van Thuoc Summary The nucleotide sequences of the 18S rDNA and ITS1-5.8S-ITS2 gene fragments were determined in Prorocentrum sp., which was collected from Haiphong city, Vietnam in 2004 The length of the 18S rDNA and ITS1-5.8S-ITS2 gene fragments in Prorocentrum sp were 1059 bp and 657bp, respectly By comparing the Prorocentrum sp sequence data with the published sequences of P lima, P arenarium, P maculosum, P concavum, P panamensis, P micans, P minimum, P mexicanum, P emarginatum and P.triestinum in the GeneBank and constructing the phylogenetic tree, the phylogenetic relationships between Prorocentrum sp and the ten other Prorocentrum species were established The classification of Prorocentrum species based on the 18S rRNA gene coincided with the classification based on the ITS1-5.8S-ITS2 gene The results showed that the genetic distances between the species within these two groups were low The similar of these Prorocentrum species was 94% and they were divided into two groups The first group included P emarginatum The second group included other species with subgroups; the first subgroup included P arenarium, P lima, P maculosum, P concavum and P panamensis and the second subgroup included Prorocentrum sp., P mexicanum, P micans and P minimum Among these species, Prorocentrum sp had a close phylogenetic relationship with P mexicanum (99.9%) The morphological characteristics of Prorocentrum sp also showed a relatively high similarity with P mexicanum It has been shown that Prorocentrum sp collected from Haiphong belonged to the species P mexicanum The nucleotide sequence of the ITS1-5.8S-ITS2 gene fragments of P mexicanum (collected from Haiphong) was submitted to the GeneBank with accession number-AY886 763 Ngµy nhËn bµi: 11-05-2005 91 ... 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 loài Prorocentrum Chúng đ tiến hành so sánh trình tự thu đợc Prorocentrum sp với 10 trình tự đoạn gien 18S rDNA loài Prorocentrum khác (hình 6) với trình tự đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2. .. nucleotit đoạn gien 18S rDNA III Kết luận Chúng đ phân lập, tách dòng đọc thành công trình tự nucleotit đoạn gien 18S rDNA v ITS1-5,8S-ITS2 loi Prorocentrum sp phân lập đợc Hải Phòng Dựa đặc điểm... phù hợp với việc phân loại dựa vào đặc điểm hình thái mà đ đề cập Sau đ xác định đợc Prorocentrum sp loài Prorocentrum mexicanum, trình tự nucleotit đoạn gien ITS1-5,8S-ITS2 loài Prorocentrum mexicanum