NGHIÊN CỨU VAI TRÒ CỦA GEN stuA Ở NẤM SỢI Aspergillus niger SỬ DỤNG PHƯƠNG PHÁP CHUYỂN GEN NHỜ VI KHUẨN Agrobacterium tumefaciens

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN KHOA SINH HỌC Đỗ Thị Bình Xuân Lộc NGHIÊN CỨU VAI TRÒ CỦA GEN stuA Ở NẤM SỢI Aspergillus niger SỬ DỤNG PHƢƠNG PHÁP CHUYỂN GEN NHỜ VI KHUẨN Agrobacterium tumefaciens LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2019 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN KHOA SINH HỌC Đỗ Thị Bình Xuân Lộc NGHIÊN CỨU VAI TRÒ CỦA GEN stuA Ở NẤM SỢI Aspergillus niger SỬ DỤNG PHƢƠNG PHÁP CHUYỂN GEN NHỜ VI KHUẨN Agrobacterium tumefaciens Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 8420101.07 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS Trần Văn Tuấn Hà Nội - 2019 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc LỜI CẢM ƠN Để hồn thành luận văn thạc sĩ mình, em xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới TS Trần Văn Tuấn - Trưởng môn Vi sinh vật học, Trưởng Phòng Genomic, Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzym Protein, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà Nội, người dày công hướng dẫn, dạy tận tình, ln động viên tạo điều kiện tốt cho em suốt trình học tập nghiên cứu Em xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo thành viên Phòng thí nghiệm Trọng điểm Công nghệ Enzym Protein giúp đỡ, cung cấp sở vật chất tạo điều thuận lợi cho em hồn thành tốt nghiên cứu Luận văn thực với hỗ trợ kinh phí từ đề tài Quỹ NAFOSTED, mã số 106.04-2018.36 Em vô biết ơn thầy cô Bộ môn Vi sinh vật học Khoa Sinh học - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà Nội nhiệt tình bảo, truyền đạt kiến thức quý báu giúp đỡ em trình học tập Cuối cùng, em xin gửi lời cảm ơn gia đình, bạn bè thành viên phòng Genomic khích lệ, giúp đỡ em suốt trình thực luận văn sống Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 18 tháng 06 năm 2019 Học viên Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT AS Acetosyringone ATMT Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation bp Base pair CD Czapek-Dox DNA Deoxyribonucleic acid IM Induction medium (Môi trường cảm ứng) kb Kilobase Mb Megabase kDa Kilodalton LB Luria- Bertani/Left Border PCR Polymerase chain reaction PDA Potato dextrose agar RB Right Border SDS Sodium dodecyl sulfate Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc DANH MỤC BẢNG Trang Bảng 2.1 Danh sách chủng vi sinh vật vector dùng nghiên cứu 25 Bảng 2.2 Các thiết bị sử dụng nghiên cứu 26 Bảng 2.3 Các cặp mồi dùng nghiên cứu 28 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc DANH MỤC HÌNH Trang Hình 1.1 Hình thái nấm sợi A niger đĩa kính hiển vi Hình 1.2 Quá trình phát triển A niger theo dõi kính hiển vi điện tử quét Hình 1.3 So sánh nhóm protein chức A niger với số lồi nấm khác Hình 1.4 Vi khuẩn A tumefaciens kính hiển vi điện tử cấu trúc Ti plasmid 13 Hình 1.5 Sơ đồ hệ thống vector nhị thể dùng cho ATMT 14 Hình 1.6 Sơ đồ chế phương pháp ATMT 15 Hình 1.7 Hình thái cuống sinh bào tử A nidulans hoang dại (WT) đột biến stuA 23 Hình 3.1 Sự tương đồng stuA lồi Aspergillus khác 41 Hình 3.2 Mức độ mẫn cảm kháng sinh của A niger N402 với kháng sinh hygromycin clonNAT nồng độ khác 42 Hình 3.3 Sơ đồ tạo cấu trúc xóa gen stuA A niger sử dụng marker kháng kháng sinh 43 Hình 3.4 PCR xác nhận khuẩn lạc A tumefaciens 45 Hình 3.5 Sơ đồ chuyển cấu trúc vector xóa gen stuA vào chủng A niger N402 phương pháp ATMT 46 Hình 3.6 Sàng lọc PCR xác nhận thể chuyển cấu trúc xóa gen stuA A niger 48 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xn Lộc Hình 3.7 Sơ đồ tạo cấu trúc xóa gen stuA A niger sử dụng marker trợ dưỡng 50 Hình 3.8 Chuyển cấu trúc xác nhận chủng xóa gen stuA sử dụng marker trợ dưỡng A niger 52 Hình 3.9 Tạo cấu trúc xác nhận phục hồi stuA A niger 54 Hình 3.10 Hình thái, hệ sợi cấu trúc cuống sinh bào tử chủng A niger nghiên cứu 56 Hình 3.11 Khả sinh trưởng chủng A niger nguồn cacbon khác 58 Hình 3.12 Khả sinh trưởng chủng A niger nguồn nitơ khác 60 Hình 3.13 Khả đáp ứng stress chủng A niger 61 Hình 3.14 Tăng nhiệt độ giúp phục hồi phần khả hình thành bào tử chủng xóa gen stuA 64 Hình 3.15 Khả sinh axit hữu chủng A niger 65 Hình 3.16 Khả sinh enzym cellulase chủng A niger 66 Hình 3.17 Khả gây hỏng sau thu hoạch chủng A niger 67 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc MỤC LỤC MỞ ĐẦU Chƣơng TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan nấm sợi Aspergillus niger 1.1.1 Lịch sử nghiên cứu đặc điểm sinh học nấm sợi A niger 1.1.2 Đặc điểm di truyền nấm sợi A niger 1.1.3 Vai trò nấm sợi A niger .8 1.2 Phương pháp chuyển gen thông qua vi khuẩn Agrobacterium tumefaciens 11 1.2.1 Giới thiệu vi khuẩn A tumefaciens .12 1.2.2 Cơ chế chuyển gen vào nấm thông qua vi khuẩn A tumefaciens 14 1.2.3 Marker chọn lọc dùng cho chuyển gen vào nấm 16 1.2.4 Ưu, nhược điểm phương pháp 18 1.2.5 Triển vọng phương pháp ATMT nghiên cứu chức gen 20 1.3 Tổng quan gen stuA 21 1.3.1 Giới thiệu gen stuA 21 1.3.2 Vai trò gen stuA nấm sợi 22 Chƣơng VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP .25 2.1 Nguyên liệu .25 2.1.1 Chủng vi sinh vật vector 25 2.1.2 Hóa chất trang thiết bị 25 2.1.3 Môi trường nuôi cấy 27 2.1.4 Các cặp mồi PCR .28 2.2 Phương pháp nghiên cứu 30 2.2.1 Thu nhận bào tử nấm 30 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc 2.2.2 Tách chiết DNA hệ gen 30 2.2.3 Thành phần phản ứng PCR 31 2.2.4 Đánh giá mức độ mẫn cảm kháng sinh A niger 32 2.2.5 Tạo vector nhị thể dùng cho chuyển gen 32 2.2.6 Chuyển gen vào nấm sợi A niger thông qua vi khuẩn A tumefaciens 35 2.2.7 Điều tra vai trò gen stuA nấm sợi A niger .37 Chƣơng KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 40 3.1 Protein mã hóa gen stuA có mức độ tương đồng cao chi Aspergillus Penicillium 40 3.2 Xóa thành cơng gen stuA nấm sợi Aspergillus niger sử dụng marker kháng kháng sinh 42 3.2.1 Đánh giá mức độ mẫn cảm kháng sinh A niger N402 42 3.2.2 Tạo thành cơng cấu trúc xóa gen stuA 43 3.2.3 Xóa gen stuA A niger sử dụng marker kháng kháng sinh 44 3.3 Xóa thành cơng gen stuA A niger sử dụng marker trợ dưỡng pyrG 49 3.3.1 Tạo cấu trúc xóa gen stuA sử dụng marker trợ dưỡng pyrG 49 3.3.2 Xóa gen stuA A niger sử dụng marker trợ dưỡng pyrG từ A oryzae 51 3.4 Phục hồi thành công gen stuA chủng xóa gen .53 3.5 Điều tra vai trò gen stuA nấm sợi A niger 55 3.5.1 Gen stuA ảnh hưởng đến hình thái, cấu trúc cuống sinh bào tử A niger 55 3.5.2 Gen stuA ảnh hưởng đến khả sinh trưởng A niger nguồn cacbon khác 57 3.5.3 Gen stuA ảnh hưởng đến khả sinh trưởng A niger nguồn nitơ khác 59 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc 3.5.4 Gen stuA ảnh hưởng đến khả đáp ứng stress A niger 61 3.5.5 Nhiệt độ giúp phục hồi phần khả hình thành bào tử chủng A niger xóa gen stuA 63 3.5.6 Gen stuA ảnh hưởng đến khả sinh axit hữu A niger 66 3.5.7 Gen stuA ảnh hưởng đến khả sinh enzym cellulase A niger 67 3.5.8 Gen stuA ảnh hưởng đến khả gây hỏng sau thu hoạch A niger 67 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 70 TÀI LIỆU THAM KHẢO 71 PHỤ LỤC i Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Baker S E (2006), "Aspergillus niger genomics: past, present and into the future", Medical mycology, 44(Supplement_1), pp S17-S21 Bennett J W and Klich M A (1992), Aspergillus: biology and industrial applications, Butterworth-Heinemann Boston 10 Bhavsar K., Kumar V R and Khire J (2011), "High level phytase production by Aspergillus niger NCIM 563 in solid state culture: response surface optimization, up-scaling, and its partial characterization", Journal of industrial microbiology & biotechnology, 38(9), pp 1407-1417 11 Boeke J D., La Croute F and Fink G R (1984), "A positive selection for mutants lacking orotidine-5′-phosphate decarboxylase activity in yeast: 5fluoro-orotic acid resistance", Molecular and General Genetics MGG, 197(2), pp 345-346 12 Borneman A R., Hynes M J and Andrianopoulos A (2002), "A basic helix–loop–helix protein with similarity to the fungal morphological regulators, Phd1p, Efg1p and StuA, controls conidiation but not dimorphic growth in Penicillium marneffei", Molecular microbiology, 44(3), pp 621631 13 Breakspear A and Momany M (2007), "Aspergillus nidulans conidiation genes dewA, fluG, and stuA are differentially regulated in early vegetative growth", Eukaryotic cell, 6(9), pp 1697-1700 14 Bundock P., den Dulk‐Ras A., Beijersbergen A and Hooykaas P (1995), "Trans‐kingdom T‐DNA transfer from Agrobacterium tumefaciens to Saccharomyces cerevisiae", The EMBO journal, 14(13), pp 3206-3214 15 Bundock P., van Attikum H., den Dulk‐Ras A and Hooykaas P J (2002), "Insertional mutagenesis in yeasts using T‐DNA from Agrobacterium tumefaciens", Yeast, 19(6), pp 529-536 16 Busby T M., Miller K Y and Miller B L (1996), "Suppression and enhancement of the Aspergillus nidulans medusa mutation by altered dosage of the bristle and stunted genes", Genetics, 143(1), pp 155-163 72 Luận văn tốt nghiệp 17 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Chung K.-R., Shilts T., Li W and Timmer L (2002), "Engineering a genetic transformation system for Colletotrichum acutatum, the causal fungus of lime anthracnose and postbloom fruit drop of citrus", FEMS microbiology letters, 213(1), pp 33-39 18 Citovsky V., Wong M L and Zambryski P (1989), "Cooperative interaction of Agrobacterium VirE2 protein with single-stranded DNA: implications for the T-DNA transfer process", Proceedings of the National Academy of Sciences, 86(4), pp 1193-1197 19 Clutterbuck A (1969), "A mutational analysis of conidial development in Aspergillus nidulans", Genetics, 63(2), pp 317-327 20 Cole G T (1986), "Models of cell differentiation in conidial fungi", Microbiological reviews, 50(2), pp 95 21 Combier J.-P., Melayah D., Raffier C., Gay G and Marmeisse R (2003), "Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation as a tool for insertional mutagenesis in the symbiotic ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum", FEMS microbiology letters, 220(1), pp 141-148 22 Covert S F., Kapoor P., Lee M.-h., Briley A and Nairn C J (2001), "Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of Fusarium circinatum", Mycological Research, 105(3), pp 259-264 23 Dave K K and Punekar N S (2015), "Expression of lactate dehydrogenase in Aspergillus niger for L-lactic acid production", PloS one, 10(12), pp e0145459 24 Davidson R C., Cruz M C., Sia R A., Allen B., Alspaugh J A and Heitman J (2000), "Gene disruption by biolistic transformation in serotype D strains of Cryptococcus neoformans", Fungal Genetics and Biology, 29(1), pp 38-48 25 De Groot M J., Bundock P., Hooykaas P and Beijersbergen A (1998), "Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of filamentous fungi", Nature biotechnology, pp 16 73 Luận văn tốt nghiệp 26 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc de Vries R P and Visser J (2001), "Aspergillus enzymes involved in degradation of plant cell wall polysaccharides", Microbiology and molecular biology reviews, 65(4), pp 497-522 27 Deacon J W (2013) , Fungal biology, John Wiley & Sons 28 Degefu Y and Hanif M (2003), "Agrobacterium-tumefaciens-mediated transformation of Helminthosporium turcicum, the maize leaf-blight fungus", Archives of microbiology, 180(4), pp 279-284 29 Dhar P and Kaur G (2009), "Optimization of different factors for efficient protoplast release from entomopathogenic fungus Metarhizium anisopliae", Annals of microbiology, 59(1), pp 183 30 Dijksterhuis J (2013), Development of Aspergillus niger, The Netherlands: CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre 31 Dürrenberger F., Crameri A., Hohn B and Koukolíková-Nicola Z (1989), "Covalently bound VirD2 protein of Agrobacterium tumefaciens protects the T-DNA from exonucleolytic degradation", Proceedings of the National Academy of Sciences, 86(23), pp 9154-9158 32 Gelvin S B (2000), "Agrobacterium and plant genes involved in T-DNA transfer and integration", Annual review of plant biology, 51(1), pp 223-256 33 Gimeno C J and Fink G R (1994), "Induction of pseudohyphal growth by overexpression of PHD1, a Saccharomyces cerevisiae gene related to transcriptional regulators of fungal development", Molecular and Cellular Biology, 14(3), pp 2100-2112 34 Harland B F and Morris E R (1995), "Phytate: a good or a bad food component?", Nutrition Research, 15(5), pp 733-754 35 Hoekema A., Hirsch P., Hooykaas P and Schilperoort R (1983), "A binary plant vector strategy based on separation of vir-and T-region of the Agrobacterium tumefaciens Ti-plasmid" 74 Luận văn tốt nghiệp 36 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Hooykaas P and Beijersbergen A G (1994), "The virulence system of Agrobacterium tumefaciens", Annual review of phytopathology, 32(1), pp 157-181 37 Horng J S., Chang P.-K., Pestka J J and Linz J E (1990), "Development of a homologous transformation system for Aspergillus parasiticus with the gene encoding nitrate reductase", Molecular and General Genetics MGG, 224(2), pp 294-296 38 Howard E A., Zupan J R., Citovsky V and Zambryski P C (1992), "The VirD2 protein of A tumefaciens contains a C-terminal bipartite nuclear localization signal: implications for nuclear uptake of DNA in plant cells", Cell, 68(1), pp 109-118 39 Hu P., Wang Y., Zhou J., Pan Y and Liu G (2015), "AcstuA, which encodes an APSES transcription regulator, is involved in conidiation, cephalosporin biosynthesis and cell wall integrity of Acremonium chrysogenum", Fungal Genetics and Biology, 83 pp 26-40 40 IpCho S V., Tan K.-C., Koh G., Gummer J., Oliver R P., Trengove R D and Solomon P S (2010), "The transcription factor StuA regulates central carbon metabolism, mycotoxin production, and effector gene expression in the wheat pathogen Stagonospora nodorum", Eukaryotic cell, 9(7), pp 11001108 41 Jesenská Z., Piecková E and Bernat D (1993), "Heat resistance of fungi from soil", International journal of food microbiology, 19(3), pp 187-192 42 Jin F J., Maruyama J.-i., Juvvadi P R., Arioka M and Kitamoto K (2004), "Adenine auxotrophic mutants of Aspergillus oryzae: development of a novel transformation system with triple auxotrophic hosts", Bioscience, biotechnology, and biochemistry, 68(3), pp 656-662 43 Jørgensen T R., Nielsen K F., Arentshorst M., Park J., van den Hondel C A., Frisvad J C and Ram A F (2011), "Submerged conidiation and product formation by Aspergillus niger at low specific growth rates are affected in 75 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc aerial developmental mutants", Applied and environmental microbiology, 77(15), pp 5270-5277 44 Kado C I (2000), "The role of the T-pilus in horizontal gene transfer and tumorigenesis", Current opinion in microbiology, 3(6), pp 643-648 45 Klich M A (2002), Indentification of common Aspergillus species, Centraalbureau voor Schimmelcultures 46 Kochupurakkal B S and Iglehart J D (2013), "Nourseothricin N-acetyl transferase: a positive selection marker for mammalian cells", PloS one, 8(7), pp e68509 47 Krijgsheld P., Bleichrodt R v., Van Veluw G., Wang F., Müller W., Dijksterhuis J and Wösten H (2013), "Development in Aspergillus", Studies in mycology, 74, pp 1-29 48 Lei X., Ku P., Miller E and Yokoyama M (1993), "Supplementing cornsoybean meal diets with microbial phytase linearly improves phytate phosphorus utilization by weanling pigs", Journal of Animal Science, 71(12), pp 3359-3367 49 Li A., Pfelzer N., Zuijderwijk R and Punt P (2012), "Enhanced itaconic acid production in Aspergillus niger using genetic modification and medium optimization", BMC biotechnology, 12(1), pp 57 50 Li M., Zhou L., Liu M., Huang Y., Sun X and Lu F (2013), "Construction of an Engineering Strain Producing High Yields of α-Transglucosidase via Agrobacterium tumefaciens-Mediated Transformation of Asperillus niger", Bioscience, biotechnology, and biochemistry, 77(9), pp 1860-1866 51 Liu Z and Friesen T L (2012), "Polyethylene glycol (PEG)-mediated transformation in filamentous fungal pathogens", Plant Fungal Pathogens: Methods and Protocols, pp 365-375 52 Machida M., Asai K., Sano M., Tanaka T., Kumagai T., Terai G., Kusumoto K.-I., Arima T., Akita O and Kashiwagi Y (2005), "Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae", Nature, 438(7071), pp 1157 76 Luận văn tốt nghiệp 53 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Mahadik N D., Puntambekar U S., Bastawde K B., Khire J M and Gokhale D V (2002), "Production of acidic lipase by Aspergillus niger in solid state fermentation", Process biochemistry, 38(5), pp 715-721 54 Maldonado M and De Saad A S (1998), "Production of pectinesterase and polygalacturonase by Aspergillus niger in submerged and solid state systems", Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 20(1), pp 34-38 55 Mathur J and Koncz C (1998), "PEG-mediated protoplast transformation with naked DNA", Arabidopsis Protocols, pp 267-276 56 McCullen C A and Binns A N (2006), "Agrobacterium tumefaciens and plant cell interactions and activities required for interkingdom macromolecular transfer", Annu Rev Cell Dev Biol., 22 pp 101-127 57 Mehra S K and Jaitly A K (1995), "pH and temperature optima for growth and sporulation in some common fungi from city waste", Mycoscience, 36(2), pp 243-246 58 Meijer M., Houbraken J., Dalhuijsen S., Samson R and De Vries R (2011), "Growth and hydrolase profiles can be used as characteristics to distinguish Aspergillus niger and other black aspergilli", Studies in mycology, 69 pp 1930 59 Meyer V (2008), "Genetic engineering of filamentous fungi—progress, obstacles and future trends", Biotechnology advances, 26(2), pp 177-185 60 Meyer V., Arentshorst M., El-Ghezal A., Drews A.-C., Kooistra R., van den Hondel C A and Ram A F (2007), "Highly efficient gene targeting in the Aspergillus niger kusA mutant", Journal of Biotechnology, 128(4), pp 770775 61 Meyer V., Mueller D., Strowig T and Stahl U (2003), "Comparison of different transformation methods for Aspergillus giganteus", Current genetics, 43(5), pp 371-377 77 Luận văn tốt nghiệp 62 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Michielse C., Arentshorst M., Ram A and Van den Hondel C (2005), "Agrobacterium-mediated transformation leads to improved gene replacement efficiency in Aspergillus awamori", Fungal Genetics and Biology, 42(1), pp 9-19 63 Michielse C., Ram A., Hooykaas P and Van den Hondel C (2004), "Role of bacterial virulence proteins in Agrobacterium-mediated transformation of Aspergillus awamori", Fungal Genetics and Biology, 41(5), pp 571-578 64 Michielse C B., Hooykaas P J., van den Hondel C A and Ram A F (2008), "Agrobacterium-mediated transformation of the filamentous fungus Aspergillus awamori", Nature protocols, 3(10), pp 1671-1678 65 Michielse C B., Hooykaas P J., van den Hondel C A and Ram A F (2005), "Agrobacterium-mediated transformation as a tool for functional genomics in fungi", Current genetics, 48(1), pp 1-17 66 Miller K Y., Toennis T M., Adams T H and Miller B L (1991), "Isolation and transcriptional characterization of a morphological modifier: the Aspergillus nidulans stunted (stuA) gene", Molecular and General Genetics MGG, 227(2), pp 285-292 67 Miller K Y., Wu J and Miller B L (1992), "StuA is required for cell pattern formation in Aspergillus", Genes & Development, 6(9), pp 1770-1782 68 Nguyen K T., Ho Q N., Do L T B X., Mai L T D., Pham D N., Tran H T T., Le D H., Nguyen H Q and Tran V T (2017), "A new and efficient approach for construction of uridine/uracil auxotrophic mutants in the filamentous fungus Aspergillus oryzae using Agrobacterium tumefaciensmediated transformation", World Journal of Microbiology and Biotechnology, 33(6), pp 107 69 Nguyen K T., Ho Q N., Pham T H., Phan T N and Tran V T (2016), "The construction and use of versatile binary vectors carrying pyrG auxotrophic marker and fluorescent reporter genes for Agrobacterium- 78 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc mediated transformation of Aspergillus oryzae", World Journal of Microbiology and Biotechnology, 32(12), pp 204 70 Nicolás-Santiago D., Regalado-González C., García-Almendárez B., Fernández F J., Téllez-Jurado A and Huerta-Ochoa S (2006), "Physiological, morphological, and mannanase production studies on Aspergillus niger uam-gs1 mutants", Electronic Journal of Biotechnology, 9(1), pp 0-0 71 Ohara T and Tsuge T (2004), "FoSTUA, encoding a basic helix-loop-helix protein, differentially regulates development of three kinds of asexual spores, macroconidia, microconidia, and chlamydospores, in the fungal plant pathogen Fusarium oxysporum", Eukaryotic cell, 3(6), pp 1412-1422 72 Özyiğit İ İ (2012), Agrobacterium tumefaciens and its use in plant biotechnology, in Crop Production for Agricultural Improvement, Springer pp 317-361 73 Pandey A., Nigam, P., Soccol, C R., Soccol, V T., Singh, D., & and Mohan R (2000), "Advances in microbial amylases", Biotechnology and Applied Biochemistry, , 31 (pt 2), pp 135–152 74 Pandey A., Selvakumar P., Soccol C R and Nigam P (1999), "Solid state fermentation for the production of industrial enzymes", Current science, pp 149-162 75 Papagianni M (2007), "Advances in citric acid fermentation by Aspergillus niger: biochemical aspects, membrane transport and modeling", Biotechnology advances, 25(3), pp 244-263 76 Pardo J M., Malpartida F., Rico M and Jiménez A (1985), "Biochemical basis of resistance to hygromycin B in Streptomyces hygroscopicus-the producing organism", Microbiology, 131(6), pp 1289-1298 77 Park S., Lee B.-M., Salas M., Srivatanakul M and Smith R (2000), "Shorter T-DNA or additional virulence genes improve Agrobactrium-mediated transformation", Theoretical and Applied Genetics, 101(7), pp 1015-1020 79 Luận văn tốt nghiệp 78 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Pasquali M., Spanu F., Scherm B., Balmas V., Hoffmann L., HammondKosack K E., Beyer M and Migheli Q (2013), "FcStuA from Fusarium culmorum controls wheat foot and root rot in a toxin dispensable manner", PLoS One, 8(2), pp e57429 79 Pel H J., de Winde J H., Archer D B., Dyer P S., Hofmann G., Schaap P J., Turner G., de Vries R P., Albang R and Albermann K (2007), "Genome sequencing and analysis of the versatile cell factory Aspergillus niger CBS 513.88", Nature biotechnology, 25(2), pp 221 80 Punt P J., van Biezen N., Conesa A., Albers A., Mangnus J and van den Hondel C (2002), "Filamentous fungi as cell factories for heterologous protein production", Trends in biotechnology, 20(5), pp 200-206 81 Raba J and Mottola H A (1995), "Glucose oxidase as an analytical reagent", Critical reviews in Analytical chemistry, 25(1), pp 1-42 82 Raj H., Saxena M., Allameh A and Mukerji K (1992), "Metabolism of foreign compounds by fungi", Handbook of applied mycology, pp 881904 83 Regensburg-Tuink A and Hooykaas P (1993), "Transgenic N glauca plants expressing bacterial virulence gene virF are converted into hosts for nopaline strains of A tumefaciens", Nature, 363(6424), pp 69 84 Rosell C M., Haros M., Escrivá C and Benedito de Barber C (2001), "Experimental approach to optimize the use of α-amylases in breadmaking", Journal of agricultural and food chemistry, 49(6), pp 2973-2977 85 Ruijter G., Kubicek C and Visser J (2002), Production of organic acids by fungi, in Industrial Applications, Springer pp 213-230 86 Ruiz‐Díez B (2002), "Strategies for the transformation of filamentous fungi", Journal of applied microbiology, 92(2), pp 189-195 87 Ryan K (2004), "Candida, Aspergillus, and other opportunistic fungi", Sherris Medical Microbiology, pp 659-668 80 Luận văn tốt nghiệp 88 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Salihu A., Abbas O., Sallau A B and Alam M Z (2015), "Agricultural residues for cellulolytic enzyme production by Aspergillus niger: effects of pretreatment", Biotech, 5(6), pp 1101-1106 89 Sambrook J., Fritsch E F and Maniatis T (1989), Molecular cloning, Vol 2, Cold spring harbor laboratory press New York 90 Sauer M., Branduardi P., Rußmayer H., Marx H., Porro D and Mattanovich D (2014), Production of metabolites and heterologous proteins, in Molecular mechanisms in yeast carbon metabolism, Springer, pp 299-326 91 Schrammeijer B., Dulk‐Ras A d., Vergunst A C., Jurado Jácome E and Hooykaas P J (2003), "Analysis of Vir protein translocation from Agrobacterium tumefaciens using Saccharomyces cerevisiae as a model: evidence for transport of a novel effector protein VirE3", Nucleic acids research, 31(3), pp 860-868 92 Schuster E., Dunn-Coleman N., Frisvad J and Van Dijck P (2002), "On the safety of Aspergillus niger–a review", Applied microbiology and biotechnology, 59(4-5), pp 426-435 93 Sheppard D C., Doedt T., Chiang L Y., Kim H S., Chen D., Nierman W C and Filler S G (2005), "The Aspergillus fumigatus StuA protein governs the up-regulation of a discrete transcriptional program during the acquisition of developmental competence", Molecular biology of the cell, 16(12), pp 58665879 94 Siala R., Kamoun A., Hajji M., Abid L., Gharsallah N and Nasri M (2009), "Extracellular acid protease from Aspergillus niger I1: purification and characterization", African Journal of Biotechnology, 8(18) 95 Sigl C., Haas H., Specht T., Pfaller K., Kürnsteiner H and Zadra I (2011), "Among developmental regulators, StuA but not BrlA is essential for penicillin V production in Penicillium chrysogenum", Applied and environmental microbiology, 77(3), pp 972-982 81 Luận văn tốt nghiệp 96 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Sonneborn A., Bockmühl D P and Ernst J F (1999), "Chlamydospore formation in Candida albicans requires the Efg1p morphogenetic regulator", Infection and immunity, 67(10), pp 5514-5517 97 Stafford H A (2000), "Crown gall disease and Agrobacterium tumefaciens: A study of the history, present knowledge, missing information, and impact on molecular genetics", The Botanical Review, 66(1), pp 99-118 98 Talhinhas P., Muthumeenakshi S., Neves-Martins J., Oliveira H and Sreenivasaprasad S (2008), "Agrobacterium-mediated transformation and insertional mutagenesis in Colletotrichum acutatum for investigating varied pathogenicity lifestyles", Molecular biotechnology, 39(1), pp 57-67 99 Teertstra W R., Tegelaar M., Dijksterhuis J., Golovina E A., Ohm R A and Wösten H A (2017), "Maturation of conidia on conidiophores of Aspergillus niger", Fungal genetics and biology, 98 pp 61-70 100 Tkacz J S and Lange L (2004), Advances in fungal biotechnology for industry, agriculture, and medicine, Springer Science & Business Media 101 Toro N., Datta A., Carmi O., Young C., Prusti R and Nester E (1989), "The Agrobacterium tumefaciens virC1 gene product binds to overdrive, a T-DNA transfer enhancer", Journal of bacteriology, 171(12), pp 6845-6849 102 Tran V T., Braus‐Stromeyer S A., Kusch H., Reusche M., Kaever A., Kühn A., Valerius O., Landesfeind M., Aßhauer K and Tech M (2014), "Verticillium transcription activator of adhesion Vta2 suppresses microsclerotia formation and is required for systemic infection of plant roots", New Phytologist, 202(2), pp 565-581 103 Twumasi-Boateng K., Yu Y., Chen D., Gravelat F N., Nierman W C and Sheppard D C (2009), "Transcriptional profiling identifies a role for BrlA in the response to nitrogen depletion and for StuA in the regulation of secondary metabolite clusters in Aspergillus fumigatus", Eukaryotic cell, 8(1), pp 104-115 82 Luận văn tốt nghiệp 104 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Van Hartingsveldt W., Mattern I E., van Zeijl C M., Pouwels P H and van den Hondel C A (1987), "Development of a homologous transformation system for Aspergillus niger based on the pyrG gene", Molecular and General Genetics MGG, 206(1), pp 71-75 105 Vergunst A C., van Lier M C., den Dulk-Ras A and Hooykaas P J (2003), "Recognition of the Agrobacterium tumefaciens VirE2 translocation signal by the VirB/D4 transport system does not require VirE1", Plant physiology, 133(3), pp 978-988 106 Vohra A and Satyanarayana T (2003), "Phytases: microbial sources, production, purification, and potential biotechnological applications", Critical Reviews in Biotechnology, 23(1), pp 29-60 107 Ward M P., Gimeno C J., Fink G R and Garrett S (1995), "SOK2 may regulate cyclic AMP-dependent protein kinase-stimulated growth and pseudohyphal development by repressing transcription", Molecular and cellular biology, 15(12), pp 6854-6863 108 Weld R J., Plummer K M., Carpenter M A and Ridgway H J (2006), "Approaches to functional genomics in filamentous fungi", Cell research, 16(1), pp 31 109 Winans S., Mantis N., Chen C.-Y., Chang C.-H and Han D C (1994), "Host recognition by the VirA, VirG two-component regulatory proteins of Agrobacterium tumefaciens", Research in microbiology, 145(5-6), pp 461473 110 Wirsel S G., Voegele R T., Bänninger R and Mendgen K W (2004), "Cloning of β-tubulin and succinate dehydrogenase genes from Uromyces fabae and establishing selection conditions for their use in transformation", European journal of plant pathology, 110(8), pp 767-777 111 Wösten H A (2001), "Hydrophobins: multipurpose proteins", Annual Reviews in Microbiology, 55(1), pp 625-646 83 Luận văn tốt nghiệp 112 Đỗ Thị Bình Xn Lộc Wưsten H A., Richter M and Willey J M (1999), "Structural proteins involved in emergence of microbial aerial hyphae", Fungal Genetics and Biology, 27(2-3), pp 153-160 113 Wösten H A., van Wetter M.-A., Lugones L G., van der Mei H C., Busscher H J and Wessels J G (1999), "How a fungus escapes the water to grow into the air", Current Biology, 9(2), pp 85-88 114 Wösten H A and Willey J M (2000), "Surface-active proteins enable microbial aerial hyphae to grow into the air", Microbiology, 146(4), pp 767773 115 Wu J and Miller B L (1997), "Aspergillus asexual reproduction and sexual reproduction are differentially affected by transcriptional and translational mechanisms regulating stunted gene expression", Molecular and Cellular Biology, 17(10), pp 6191-6201 116 Yang P., Zhang H., Cao L., Zheng Z and Jiang S (2016), "Construction of Aspergillus niger integrated with cellulase gene from Ampullaria gigas Spix for improved enzyme production and saccharification of alkaline-pretreated rice straw", Biotech, 6(2), pp 236 117 Yao G., Zhang F., Nie X., Wang X., Yuan J., Zhuang Z and Wang S (2017), "Essential APSES transcription factors for mycotoxin synthesis, fungal development, and pathogenicity in Aspergillus flavus", Frontiers in microbiology, pp 2277 118 Zeilinger S (2004), "Gene disruption in Trichoderma atroviride via Agrobacterium-mediated transformation", Current genetics, 45(1), pp 5460 119 Zhang J., Mao Z., Xue W., Li Y., Tang G., Wang A., Zhang Y and Wang H (2011), "Ku80 gene is related to non-homologous end-joining and genome stability in Aspergillus niger", Current microbiology, 62(4), pp 1342-1346 84 Luận văn tốt nghiệp 120 Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Zulkifli N A and Zakaria L (2017), "Morphological and molecular diversity of Aspergillus from corn grain used as livestock feed", HAYATI Journal of Biosciences, 24(1), pp 26-34 85 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc PHỤ LỤC Các cơng trình cơng bố có liên quan đến luận văn Đỗ Thị Bình Xuân Lộc, Trần Văn Tuấn (2017), Xác định đặc điểm sinh học bước đầu nghiên cứu chuyển gen vào chủng nấm mốc Aspergillus niger TL8 phân lập Việt Nam, Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên Cơng nghệ, 33 (2S), tr 8-13 Van Tuan Tran, Thi Binh Xuan Loc Do, Thi Khuyen Nguyen, Xuan Tao Vu, Bich Ngoc Dao, Hoai Ha Nguyen (2017), A simple, efficient and universal method for the extraction of genomic DNA from bacteria, yeasts, molds and microalgae suitable for PCR-based applications, Vietnam Journal of Science, Technology and Engineering, 59 (4), pp 66-74 Khuyen Thi Nguyen, Quynh Ngoc Ho, Loc Thi Binh Xuan Do, Linh Thi Dam Mai, Duc-Ngoc Pham, Huyen Thi Thanh Tran, Diep Hong Le, Huy Quang Nguyen, Van-Tuan Tran (2017), ―A new and efficient approach for construction of uridine/uracil auxotrophic mutants in the filamentous fungus Aspergillus oryzae using Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation, World Journal of Microbiology and Biotechnology, 33:107 i ... Mã số: 8420101.07 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: TS Trần Văn Tuấn Hà Nội - 2019 Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn thạc sĩ mình, em... Genomic khích lệ, giúp đỡ em suốt trình thực luận văn sống Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 18 tháng 06 năm 2019 Học viên Đỗ Thị Bình Xuân Lộc Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc DANH... nhiên, vai trò gen A niger chưa điều tra Do đó, đề tài luận văn với tiêu đề: ―Nghiên cứu vai trò gen stuA nấm sợi Aspergillus niger sử Luận văn tốt nghiệp Đỗ Thị Bình Xuân Lộc dụng phƣơng pháp