Nghiên cứu phân loại chi cóc (spondias l ) ở việt nam dựa trên hình thái và phân tử

TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HÀ NỘI KHOA SINH – KTNN ĐẶNG THỊ ÁNH NGHIÊN CỨU PHÂN LOẠI CHI CĨC (SPONDIAS L.) Ở VIỆT NAM DỰA TRÊN HÌNH THÁI VÀ PHÂN TỬ KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Chuyên ngành: Thực vật học Hà Nội, tháng 05 năm 2019 TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HÀ NỘI KHOA SINH – KTNN ĐẶNG THỊ ÁNH NGHIÊN CỨU PHÂN LOẠI CHI CĨC (SPONDIAS L.) Ở VIỆT NAM DỰA TRÊN HÌNH THÁI VÀ PHÂN TỬ KHOÁ LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC Chuyên ngành: Thực vật học Ngƣời hƣớng dẫn: TS Lê Chí Toàn Hà Nội, tháng 05 năm 2019 LỜI CAM ĐOAN Để đảm bảo tính trung thực khóa luận, tơi xin cam đoan: Khóa luận ―Nghiên cứu phân loại chi Cóc (Spondias L.) Việt Nam dựa hình thái phân tử‖ cơng trình nghiên cứu cá nhân tôi, thực hướng dẫn TS Lê Chí Tồn Các kết trình bày khóa luận trung thực chưa cơng bố cơng trình trước Xn Hòa, ngày 21 tháng năm 2019 Sinh viên Đặng Thị Ánh i LỜI CẢM ƠN Trong suốt khoảng thời gian hồn thành đề tài khóa luận này, tơi nhận quan tâm, giúp đỡ ủng hộ thầy cô, người thân bạn bè xung quanh Tôi cảm kích điều Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến quý thầy cô, cán khoa Sinh–KTNN, trường Đại học Sư phạm Hà Nội 2, lòng, nhiệt huyết, tri thức uyên bác truyền đạt cho kiến thức quý báu, học kinh nghiệm mà phải khoảng thời gian dài đúc kết Đặc biệt, với lòng biết ơn sâu sắc, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến TS Lê Chí Tồn – người thầy, người hướng dẫn trực tiếp đề tài khóa luận Thầy đồng hành, trợ giúp bước đọc tài liệu, chắt lọc, thu thập thơng tin, làm thí nghiệm; cho tơi kinh nghiệm hữu ích q trình nghiên cứu Với kiến thức non nớt, kinh nghiệm hạn chế việc thất bại trình nghiên cứu lẽ tất yếu, lời khuyên thầy giúp tơi nhận biết khắc phục sai sót gặp phải, vượt qua giới hạn thân để hoàn thành tốt đề tài khóa luận Một lần nữa, xin gửi lời cảm ơn tới thầy, chúc thầy có thật nhiều sức khỏe để có thêm nhiều đóng góp lĩnh vực nghiên cứu khoa học, chúc dự án mà thầy ấp ủ thực gặt hái nhiều thành cơng Ngồi xin trân thành cảm ơn trường Đại học Sư phạm Hà Nội hỗ trợ kinh phí cho nghiên cứu thông qua đề tài mã số C.2019.01 Thời gian làm quen, tiếp xúc với nghiên cứu khoa học chưa nhiều, kiến thức kinh nghiệm hạn hẹp nên khơng tránh thiếu sót, tơi mong nhận lời góp ý q thầy để khóa luận hồn thiện Tơi xin trân trọng cảm ơn! Xn Hòa, ngày 21 tháng năm 2019 Sinh viên Đặng Thị Ánh ii MỤC LỤC PHẦN MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài Mục đích nhiệm vụ nghiên cứu Nội dung đề tài Ý nghĩa khoa học thực tiễn PHẦN NỘI DUNG .4 CHƢƠNG – TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan đối tượng, lĩnh vực nghiên cứu 1.2 Tổng quan tình hình nghiên cứu nước 1.2.2 Lịch sử nghiên cứu chi Cóc Việt Nam CHƢƠNG – ĐỐI TƢỢNG, PHẠM VI, PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .11 2.1 Đối tượng nghiên cứu 11 2.2 Phạm vi nghiên cứu, địa điểm thời gian 11 2.3 Phương pháp nghiên cứu 13 2.3.1 Cách tiếp cận 13 2.3.2 Phương pháp nghiên cứu 13 CHƢƠNG – KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 20 3.1 Kết nghiên cứu thực địa .20 3.2 Kết phân tích điện di phân tích khối liệu phân tử 20 3.3 Kết nghiên cứu mối quan hệ phát sinh loài 22 3.4 Các sửa đổi xếp phân loại cho spondias l Ở việt nam 28 CHƢƠNG – KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 32 4.1 Kết luận .32 4.2 Kiến nghị .32 TÀI LIỆU THAM KHẢO 33 iii PHỤ LỤC BẢNG Bảng 2.1 Thông tin mẫu vật số hiệu ngân hàng Gen giới trình tự DNA giải sử dụng nghiên cứu ―–‖ thể thiếu liệu, ―XXX‖ thể trình tự giải nghiên cứu 12 Bảng 2.2 Dụng cụ, máy móc sử dụng nghiên cứu 15 Bảng 2.3 Hóa chất cần thiết sử dụng cho thí nghiệm tách chiết DNA, PCR, điện di 17 Bảng 2.4 Thông tin mồi sử dụng nghiên cứu 18 iv PHỤ LỤC HÌNH Hình 3.1 Kết điện di cho trình tự chi Cóc 20 Hình 3.2 Kết alignment 21 Hình 3.3 Cây phát sinh lồi chi Cóc (Spondias) theo phân tích Maximum Likelihood từ liệu kết hợp Chỉ số ủng hộ ML PP phân tích BI trình bày nhánh ―–‖ thể số ủng hộ thấp 50%.22 Hình 3.4 Cây phát sinh lồi chi Cóc Spondias theo phân tích Maximum Likelihood từ liệu gen matK Chỉ số ủng hộ ML PP phân tích BI trình bày nhánh ―–‖ thể số ủng hộ thấp 50%.23 Hình 3.5 Cây phát sinh lồi chi Cóc Spondias theo phân tích Maximum Likelihood từ liệu gen trnLF Chỉ số ủng hộ ML PP phân tích BI trình bày nhánh ―–‖ thể số ủng hộ thấp 50% 23 Hình 3.6 Hình thái lá, số lượng chét Allospondias lakonensis (A) Spondias dulcis (B) 24 Hình 3.7 Gân mép (A) Spondias dulcis (B) Allospondias lakonenesis 25 Hình 3.8 Lơng bề mặt (A) Spondias dulcis (B) Allospondias lakonensis 25 Hình 3.9 Mẫu chuẩn Spondias petteloti (A) Allospondias laxiflora (B) 26 v PHỤ LỤC TỪ VIẾT TẮT Từ đầy đủ Từ viết tắt L Linnaeus PCR Polymerase Chain Reaction PTN SHTT Phòng thí nghiệm Sinh học trung tâm sp Species var Varietas Viện NCKH & ƯD Viện nghiên cứu Khoa học Ứng dụng vi PHẦN MỞ ĐẦU Lý chọn đề tài Chi Cóc (Spondias L.) chi nhỏ thuộc họ Ðào lộn hột hay gọi họ Xồi (Anacardiaceae R Br.) với khoảng 18 loài giới, chi Spondias tập trung phân bố Nam Mỹ, châu Á Madagascar [24] Spondias chi mẫu chuẩn phân họ Spondioideae Takht emend Pell & J D Mitch ủng hộ liệu phân tử qua nghiên cứu Pell (2004), Mitchell cộng (2006), Pell cộng (2011) Spondias chi thực vật có giá trị kinh tế cao Quả, rễ lồi Spondias có giá trị thương mại y dược Lịch sử phân loại chi Spondias phức tạp, chi họ Ðào lộn hột (Anacardiaceae) mô tả Linnaeus (1753) Bentham Hooker (1862) xếp chi họ Xồi thành nhóm chia họ Xồi thành hai tơng Anacardieae Spondieae Sau đó, Marchand (1869) công bố tông Spondiadeae (như Spondieae) lần hình thành mơ hình khái niệm Spondias [16] Hai quan điểm phân loại Spondioideae Châu Á nhiều đối lập phân chia loài Trong phiên sửa đổi chi Spondias nhiệt đới Châu Á, Airy Shaw Forman (1967) gộp Allospondias Solenocarpus với khái niệm rộng cho chi Spondias, điều làm chi đặc điểm nhận biết đặc trưng như: đơn với kép lơng chim, nỗn đơn với nỗn đa, chét có khơng có đường gân mép [6] Mitchell Daly (2015) đưa quan điểm chấp nhận Allospondias lakonensis rời khỏi Spondias dựa đặc điểm gân phát triển Tương tự vậy, Solenocarpus indicus không thuộc chi Spondias Ngoài loài Spondias philippinensis, Haplospondias brandisiana, Spondias bipinnata vấn đề chưa rõ ràng có lẽ không thuộc chi Spondias với đặc điểm hình thái khác biệt Ngồi ra, Mitchell Daly (2015) nhấn mạnh rằng, DNA Spondias khó khuếch đại với mẫu tươi [19] Hiện liệu phân tử dựa trình tự DNA đoạn gen chuẩn hay gọi DNA barcoding sử dụng phổ biến giới nghiên cứu hệ thống tiến hóa thực vật Kết từ liệu phân tử thường đảm bảo chất lượng đem lại mức độ tin tưởng cao cho nghiên cứu Tuy nhiên việc áp dụng công nghệ vào nghiên cứu nước mức hạn chế chất lượng số lượng nghiên cứu Đối với Spondias, kết từ liệu phân tử gợi ý rằng, phân họ Spondioideae chia thành hai nhánh, Spondias Nam Mỹ chi Spondias châu Á [27] Chi Cóc (Spondias L.) Việt Nam ghi nhận bao gồm loài S cytherea, S petelotii, S pinnata tập trung phân bố tỉnh miền núi phía bắc Nam (Lạng Sơn, Lai Châu, Sơn La, Hòa Bình, Lâm Đồng, Đồng Nai) [1] Mặc dù chi nhỏ Spondias chi có giá trị kinh tế số loài chi trồng rộng rãi Tuy việc nghiên cứu phân loại mối quan hệ phát sinh loài chi Spondias Việt Nam chưa thực Do đó, nghiên cứu phân loại cho chi Spondias Việt Nam cần thiết Xuất phát từ lí trên, tiến hành đề tài: ―Nghiên cứu phân loại chi Cóc (Spondias L.) Việt Nam dựa hình thái phân tử‖ Mục đích nhiệm vụ nghiên cứu Tiến hành điều tra khẳng định số lượng loài thuộc chi Spondias Việt Nam Điều tra thực địa, tiến hành thu mẫu cho việc tách chiết, phân lập DNA xây dựng sưu tập tiêu khơ số lồi thuộc chi Spondias Việt Nam Xây dựng khóa định loại phát sinh loài liệu phân tử cho chi Spondias Việt Nam Kết phân tích phân tử thể Allospondias (chi Dâu gia xoan) có quan hệ gần gũi với Spondias mặt di truyền (Hình 3.3) Allospondias ghi nhận gồm có 02 loài giới Allospondias laxiflora A lakonensis Tuy nhiên, theo Thực vật chí Trung Quốc, Min Barfod (2008) ghi nhận Allospondias tên đồng nghĩa Spondias với loài Spondias lakonensis [18] Kết từ liệu phân tử ủng hộ mạnh mẽ Allospondias chi riêng biệt so với Spondias (Hình 3.3) Hình 3.4 Cây phát sinh lồi chi Hình 3.5 Cây phát sinh lồi chi Cóc Spondias theo phân tích Cóc Spondias theo phân tích Maximum Likelihood từ liệu gen Maximum Likelihood từ liệu matK Chỉ số ủng hộ ML PP gen trnLF Chỉ số ủng hộ ML PP phân tích BI đƣợc trình bày phân tích BI đƣợc trình bày nhánh ―–‖ thể số ủng hộ nhánh ―–‖ thể số thấp 50% ủng hộ thấp 50% Pell cộng (2011) công nhận Allospondias thành viên họ Xoài Anacardiaceae [21] Hơn nữa, Allospondias dễ dàng phân biệt với Spondias theo đặc điểm hình thái như: 11–23 cặp chét, thường có lớp lơng mặt khơng có gân ngoại vi (so với 4–11 cặp chét, hai mặt nhẵn, lơng, có gân ngoại vi Spondias) xem Hình 3.6, 3.7, 3.8); đài có nhiều lơng tơ (so với, đài nhẵn Spondias); 23 hạch hình trứng đến tròn (so với, hạch hình elip Spondias) Vì từ chứng trên, cập nhật xếp cho Allospondias với Allospondias lakonensis thực vật chi Trung Quốc cần thiết Hình 3.6 Hình thái lá, số lƣợng chét Allospondias lakonensis (A) Spondias dulcis (B) 24 Hình 3.7 Gân mép (A) Spondias dulcis (B) Allospondias lakonenesis Hình 3.8 Lơng bề mặt (A) Spondias dulcis (B) Allospondias lakonensis 25 Trong ―Danh lục loài Thực vật Việt Nam‖, Nguyễn Tiến Bân cộng (2003) ghi nhận 03 loài chi Cóc Spondias Việt Nam bao gồm S Petteloti - lồi đặc hữu Đồng Mơ, tỉnh Lạng Sơn [1] Tuy nhiên, qua điều tra thực địa thị trấn Đồng Mơ, kết phân tích liệu phân tử mẫu Spondias petteloti thu Đồng Mơ, Lạng Sơn (kí hiệu Le04) cho thấy rằng, Spondias petteloti có quan hệ gần gũi mặt di truyền nằm nhánh với Allospondias kết ủng hộ mạnh mẽ liệu phân tử Phân tích hình thái chúng tơi thể đặc điểm hình thái Spondias petteloti tương đồng với Allospondias lakonensis như: gồm 11–23 cặp chét, khơng có gân mép lá, hoa bao bẹ hoa có kích thước 0.5–1 mm, bầu 5, ống nhụy 1, có kích thước 8–10×6–7 mm (Hình 3.6, 3.9) Do đó, từ chứng trên, ghi nhận xếp cho Spondias petteloti tên đồng nghĩa Allospondias lakonensis cần thiết, nghiên cứu đề xuất Spondias petteloti tên đồng nghĩa Allospondias lakonensis dựa liệu hình thái phân tử Hình 3.9 Mẫu chuẩn Spondias petteloti (A) Allospondias laxiflora (B) 26 Ngoài ra, Pell cộng (2011) gợi ý Allospondias laxiflora ghi nhận chi độc lập riêng rẽ dựa khác biệt như: đầu nhụy chia thành nhánh riêng biệt, hình dạng đầu nhụy (hình tròn), khơng có ngăn khơng có thịt khoang hạt [21] Tuy nhiên, đề xuất nghiên cứu sử dụng liệu phân tử Allospondias laxiflora tương lại cần tiến hành để khẳng định ý kiến Pell cộng (2011) Spondias ủng hộ nhóm đơn phát sinh (monophyletic group), hai nhánh ghi nhận Spondias Nhánh bao gồm thành viên Cóc Nam Mỹ ủng hộ (Hình 3.3) Nhánh thứ hai gồm có S radlkoferi, S mombin từ Nam Mỹ cộng với thành viên Cóc châu Á Các lồi Cóc có Việt Nam S pinnata S dulcis không nằm liền phát sinh loài, chúng đặt nằm nhánh Cóc châu Á Ngồi ra, số tài liệu thực vật Việt Nam sử dụng tên S cytherea Sonn công bố năm 1782 tên thức hay tên hợp pháp, nhiên điều khơng xác Nghiên cứu mạnh mẽ đề nghị S dulcis Parkinson công bố năm 1773 tên hợp pháp cho lồi Cóc mà nhắc đến, ngược lại, S cytherea Sonn tên đồng nghĩa S dulcis Parkinson Phạm HH (2003) ghi nhận chi Cóc (Spondias) Việt Nam bao gồm S mombin [2] Tuy nhiên, ông ý rằng, ông chưa quan sát thấy S mombin Việt Nam Michell Daly (2015) gợi ý S mombin lồi tự nhiên có nguồn gốc Mexico đến nam đông nam Brazil Mặc dù S mombin người trồng rộng rãi vùng nhiệt đới dựa phân tích phân tử chúng tơi, S mombin thành viên Cóc Nam Mỹ khơng thuộc vào nhánh Cóc châu Á Do đó, ghi nhận S mombin tự nhiên Việt Nam không hợp lý khơng xác Nghiên cứu ghi nhận hai loài S dulcis S pinnata cho chi Cóc Việt Nam 27 3.4 Các sửa đổi xếp phân loại cho Spondias L Việt Nam Spondias Linnaeus, Sp Pl 1: 371 1753 Mẫu chuẩn.— Spondias mombin L Mơ tả.— Cây nhỏ to, rụng hồn tồn phần Lá mọc xen kẽ, xếp theo kiểu xoắn ốc, có cuống, khơng cân đối; mép có cưa phần tồn Cụm hoa hình chùy, đầu cành nách Hoa mẫu 5, lưỡng tính hay đơn tính mặt chức Nhị hoa 8–10; nhị nhỏ, có độ dài Bầu có ơ, với nỗn ơ; ống nhụy 5, tự do, ống nhụy Quả có hột cứng; thịt ngọt; hạt hóa gỗ, bao phủ hệ thống xơ; phôi kéo dài, dạng thẳng đến cong Phân bố.— Trong tổng số 18 loài Spondias giới, 10 loài tự nhiên Nam Mỹ, phân bố từ Mexico đến phía nam Brazil; loài tự nhiên Madagascar; loài tự nhiên châu Á nam Thái Bình Dương Khóa định loại cho Spondias Việt Nam Cuống hoa rõ ràng; vỏ hạt chứa nhiều sợi xơ thẳng cong tỏa ngẫu nhiên, sợi xơ không xếp theo chiều dọc, khơng có lớp màng ngoại vi; nhu mô (thịt quả) phát triển; trồng; đến trạng thái hoang rã …Spondias dulcis Gần khơng có cuống hoa; vỏ hạt khơng có sợi xơ tỏa ngẫu nhiên, sợi xơ theo chiều dọc, hình thành lớp màng ngoại vi nhẵn; nhu mô (thịt quả) không phát triển; hoang rã Spondias pinnata Spondias dulcis Parkinson, J voy South Seas 39 1773 Poupartia dulcis (Parkinson) Blume, Bijdr fl Ned Ind 1161 1826–27 Evia dulcis (Parkinson) Blume, Mus Bot 1(15): 233 1850 Type:— based on Spondias dulcis Parkinson Spondias cytherea Sonn., Voy Indes orient 3: 242, t 123 1782 28 Type:— Mauritius (cultivated), Commerson s.n (P!) Spondias dulcis Parkinson var commersonii Engl in A DC & C DC., Monogr phan 4: 247 1883 Type:— Several syntypes cited Spondias dulcis Parkinson var mucroserrata Engl in A DC & C DC., Monogr phan 4: 247 1883 Type:— Mexico, w/o date, Pavón 744 (G n.v.; GH–photo!, NY–photo!) Spondias dulcis Parkinson var integra Engl in A DC & C DC., Monogr phan 4: 248 1883 Type:— Indonesia Amboin, w/o date, Reinwardt s.n (W!) Mẫu chuẩn:— TAHITI (without date), Capt Cook [Banks & Solander] s.n (lectotype, BM–793299 n.v., designated by A C Smith 1985: 453) Mơ tả:— Cây gỗ, lưỡng tính, cao từ 10–25 m Đường kính thân 20–40 cm; vỏ ngồi có màu xám nhạt nâu nhạt, nhẵn đến nhám, bắc muộn, dạng đĩa mỏng, thân hoàn tồn nhẵn trừ số tuyến có lơng Lá thường rụng rụng phần, 4–11 cặp chét, dài 11–60 cm, cuống dài 9–15 cm, cuống chét dài 2–8 mm, đỉnh dài 10–30 mm, kích thước 4.3–7.5 × 1.3–3.5 cm, đơi lớn tới 5–15 × 1.7–5 cm, tất chét thn dài có hình mũi mác đến hình ovan, chét đầu có kích thước 5–9 × 1.9–3.5 cm, có dạng elip với nhọn bản, chét đỉnh thuôn nhọn nhọn sắc, mũi nhọn dài 4–13 mm, chét bán đối xứng với nhau, mép có viền vòng quanh thường có cưa lồi lõm Cụm hoa thường phát triển với mới, đầu cành nách lá, tập trung nhiều đầu cành, dài 9–32.5 cm, đường kính 3–7 mm, trục thứ cấp dài tới 11.5 cm, bắc dài 0.4–5 mm, bắc 0.3–0.9 mm, hình trứng, cuống dài 1–3 mm, bắc cuống nhỏ có lơng Đài hoa dài 0.7–1.2 mm, sẻ đến gần đáy, thùy dài 0.5–1 mm, cánh hoa có kích thước 2–3 29 × 0.5–1.1 (1.3) mm, thn dài đến ovan, đỉnh nhọn đến nhọn, màu kem trắng xanh trắng, bóng, nhị hoa lan rộng, bao phấn dài 0.7–0.8 mm, mặt trước sau hình elip đến ovan, mặt bên thuôn dài, đĩa hoa cao 0.3–0.5(0.7) mm, dày 0.2–0.4 mm, màu vàng, chụy hoa dài 1.3 mm, giẹp–hình trứng đến hình trụ, dài 0.8 mm, nhụy dạng trứng ngược (đầu nhỏ phía cuối lá), mở rộng Quả có kích thước 4–7 × 2–4 cm, hình elip, tròn thn dài, chín có màu vàng cam; xơ tỏa từ vỏ hạt ngẫu nhiên Phân bố:— Vùng nhiệt đới Nam Mỹ, châu Á, châu Úc Phân bố Việt Nam:— Được trồng rộng rãi Việt Nam Thời gian sinh sản:— Ra hoa từ tháng 3–5; từ tháng 6–12 Mẫu vật nghiên cứu:— Việt Nam Phú Thọ: 21/8/2018, C.T Le LCT01 (*); Vĩnh Phúc: 23/8/2018, C.T Le LCT02 (*); Phú Thọ: 26/8/2018, V.H Nguyen & C.T Le LCT03 (*); Ha Noi: 02/11/1981, K.L Phan P1831 (HNU); Lạng Sơn: 28/4/ 1938, A Petelok 6384 (HNU); 28/4/1938, A Petelok 6384 (A) Peru 1777, L.H Ruiz s.n (HAL); Thailand Bangkok: 4/1927, Kerr & G Arthur Francis 12795A (TCD) Spondias pinnata (Linnaeus f.) Kurz, Prelim Rep Forest Pegu, App A, 44; App B, 42 1875 Type:— INDIA, (without date), König, J.G., s.n Mô tả:— Cây rụng lá, cao từ 10–15 m, cành màu nâu vàng, nhẵn Cuống dài 10–15 cm, cuống cuống chét nhẵn, chét 5–11 cặp đối diện, cuống có kích thước 3–5 mm, phiến có hình dạng ovan thn dài đến kiểu thn hình elip, kích thước 7–12 × 4–5 cm, mỏng, hai mặt nhẵn, đáy hình nêm đến vòng tròn, thường khơng đối xứng, mép có cưa khơng, đỉnh nhọn, gân bên có 12–25 cặp, gân ngoại vi mép tập hợp lại Cụm hoa hình chùy, dài 25–35cm, nhẵn Hoa khơng có cuống ngắn, màu trắng, nhẵn Đài hoa có thùy hình tam giác, khoảng 0.5 mm, cánh hoa hình ovan đến thn dài, kích 30 thước 2.5 × 1.5 mm, đỉnh nhọn Nhị hoa dài 1.5 mm Bầu nhụy hình cầu mm; ống nhụy 5, tự do, 0.5 mm Quả hạch hình elip đến hình trứng, chín có màu cam vàng, 3.5–5 × 2.5–3.5 cm, phần bên hóa gỗ có rãnh, sợi xơ xếp theo chiều dọc hình thành lớp màng mịn phía ngồi; chín thường có hạt Phân bố:— Trung Quốc, Bhutan, Campuchia, Ấn Độ, Indonesia, Lào, Malaysia, Myanmar, Nepal, Philippines, Singapore, Thái Lan, Việt Nam Phân bố Việt Nam:— Lai Châu, Sơn La, Hòa Bình, Nghệ An, Quảng Nam, Gia Lai, Lâm Đồng, Ninh Thuận, Đồng Nai Thời gian sinh sản:— Ra hoa tháng 4–6; tháng 7–9 Mẫu vật nghiên cứu:— Việt Nam Lai Châu: 13/10/2018, C.T Le et al LCT010 (*); 27/9/ 2000, D.K Harder et al DKH 5685 (HN); Tuyên Quang: 1/11/2003, N.Q Binh & D.D Cuong VN 1203 (HN); Gia Lai: 4/11/2002, T Tuan 153 (**); Trung Quốc Vân Nam: 18/11/2000, Y.M Shiu & W.H Chun 13125 (KUN); 10/1936, C.W Wang 79418 (KUN); 8/1936, C.W Wang 77690 (KUN); 8/1936, C.W Wang 77620 (PE); Hải Nam: 20/8/ 1929, F.A McClure 704 (PE); 26/6/ 1936, S.K Lau 27277 (KUN); 16/6/ 1932, S.K Lau 98 (PE); Ấn Độ: J.G König s.n (C); INDONESIA Java: C.L Blume s.n (L) 31 CHƢƠNG – KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 4.1 Kết luận Nghiên cứu tiến hành dựa liệu hình thái phân tử, nghiên cứu chúng tơi giải thành cơng trình tự gen có tính tương đồng cao so với mạch gen Genbank Qua nghiên cứu này, nhận thấy hai đoạn gen matK trnLF có tính bảo thủ khơng cao khó gióng hàng, xếp (alignment) so với rbcL Nhưng mà hai gen cung cấp nhiều thông tin cho xây dựng phát sinh giúp xác định mối quan hệ lồi nghiên cứu Kết phân tích nghiên cứu khẳng định rằng, chi Dâu gia xoan (Allospondias) có mối quan hệ gần gũi với chi Cóc (Spondias) mặt di truyền Một đề xuất ghi nhận chi Dâu gia xoan cho hệ thực vật Trung Quốc Dựa chứng từ liệu sinh thái liệu phân tử, khẳng định chi Cóc Việt Nam có lồi Spondias dulcis Spondias pinnata, hai lồi Cóc Việt Nam khơng có quan hệ di truyền q gần gũi chúng đề nằm nhánh phát sinh Cóc châu Á Một lưu ý cho việc sử dụng tên hợp pháp cho loài Spondias dulcis Nghiên cứu khẳng đinh Spondias petteloti tên đồng nghĩa Allospondias lakonensis dựa chứng hình thái phân tử 4.2 Kiến nghị Với kết có độ tin cậy cao kết hợp phân tích liệu phân tử hình thái, cho thấy nhiều tiềm hướng nghiên cứu Hơn nữa, nghiên cứu sử dụng phương pháp phân tích liệu đại cơng nhận (được cơng bố tạp chí ISI uy tín giới) sử dụng nghiên cứu hướng giới Chúng đề nghị thực nhiều nghiên cứu hướng đối tượng thuộc tơng Cóc, họ Xồi nhiều họ thực vật Việt Nam 32 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu nước Nguyễn Tiến Bân (2003) Danh lục loài thực vật Việt Nam Tập 2, 132 Nxb Nơng Nghiệp Phạm Hồng Hộ (2003) Cây cỏ Việt Nam Tập II, 372–373 Nxb Trẻ Lê Thị Kim Phụng Trần Thị Tướng An (2013) ―Chiết xuất pectin từ vỏ cóc (Spondias cytherea) phương pháp hỗ trợ vi sóng‖, Tạp chí Hóa học, 51 Nguyễn Xuân Quyền (2015) Giá trị sử dụng loài họ xoài (Anacardiaceae r Br.) Ở Việt Nam Hội nghị khoa học toàn quốc sinh thái tài nguyên sinh vật lần thứ Nguyễn Nghĩa Thìn (2007), Các phương pháp nghiên cứu thực vật, tr 5–7, Nxb Đại học quốc gia Hà Nội Tài liệu nước Airy–Shaw HK, Forman LL (1967) ―The genus Spondias L (Anacardiaceae) in tropical Asia‖, Kew Bulletin, 21, 1–19 Al–Saghir MG (2017) ―Karyotyping of Spondias L (Anacardiaceae) using fluorescent microscope‖, Advances in plants and Agriculture research, 7, 00280 APG III (2009) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III Botanical Journal of the Linnean Society 161: 105–121 Bentham G, Hooker JD (1862) Anacardiaceae In: Genera Plantarum Reeve & Co., London 1, 415–428 10 Chayamarit K (1997) ―Molecular phylogeny analysis of Anacardiaceae in Thailand‖, Thai Forest Bulletin (BOT), 25, 1–13 11 Darriba D cộng (2012) JModelTest 2: More models, new heuristics and parallel computing Nature Methods, 9: 772 33 12 Doyle JJ, Doyle JL (1987) ―A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue‖, Phytochem Bull, 19, 11–15 13 Drummond AJ, Rambaut A ( 2007) BEAST: Bayesian evolutionary analysis by sampling trees BMC Evolution Biology, 7: 214 14 Jing YU cộng (2011) ―New universal matK primers for DNA barcoding angiosperms‖, Journal of Systematics and Evolution, 49 (3), 176–181 15 Kearse M cộng (2012) Geneious basic: an integrated and extendable desktop software platform for the organization and analysis of sequence data, Bioinformatics 28, 1647–1649 16 Marchand NL (1869) Révision du Groupe des Anacardiacées Baillière JB et Fils, Paris 17 Miller MA, Pfeiffer W, Schwartz T (2010) ―Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees, in: Proceedings of the gateway computing environments workshop (GCE)‖, Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE), New Orleans, USA, pp 1–8 18 Min T, Barfod A (2008) Anacardiaceae In: Wu A, Raven PH, Hong D (Eds) Flora of China Science Press, Beijing and Missouri Botanical Garden Press, St Louis, 11, 335–357 19 Mitchell JD, Daly DC (2015) ―A revision of Spondias L (Anacardiaceae) in the Neotropics‖, Phytokeys, 55, 1–92 20 Pell (2004) ―Molecular systematics of the cashew family (Anacardiaceae)‖ LSU Digital Commons, 4–9 21 Pell S K cộng (2011), Anacardiaceae, in: Kubitzki K (Ed.), The families and genera of vascular plants, Flowering plants: Eudicots; Sapindales, Cucurbitales, Myrtaceae, vol 10 Springer, Hamburg, Germany 7–51 22 Ronquist F, Huelsenbeck JP (2003) MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models Bioinformatics, 19: 1572–1574 34 23 Seung–Chul Kim cộng (2007) ―Phylogenetic analysis of chloroplast DNA matK gene and ITS of nrDNA sequences reveals polyphyly of the genus Sonchus and new relationships among the subtribe Sonchinae‖, Molecular Phylogenetics and Evolution, 44, 578–597 24 Silva JN, Costa AB, Silva JV (2015) ―DNA barcoding and phylogeny in Neotropical species of the genus Spondias‖, Biochemical Systematics and Ecology, 61, 240–243 25 Stamatakis cộng (2008) A rapid bootstrap algorithm for the RaxML web servers Systematic Biologists, 575: 758–771 26 Stamatakis (2006) RAxML–VI–HPC, Maximum Likelihood–based phylogenetic analyses with thousands of taxa and mixed models Bioinformatics, 2221: 2688–2690 27 Weeks A cộng (2014) ―To move or to evolve: Contrasting patterns of intercontinental connectivity and climatic niche evolution in ―Terebinthaceae‖ (Anacardiaceae and Burseraceae)‖, Frontiers in Genetics, 409, 1–20 Tài liệu trực tuyến 28 https://vi.wikipedia.org/wiki/Cóc_(cây) 29 https://vi.wikipedia.org/wiki/gen_matK, rbcL, trnLF 35 Hình S1 Hình thái phát hoa, (A) Spondias dulcis (B) Spondias pinata 36 Hình S2 Một số tiêu đƣợc sử dụng nghiên cứu (A) Buchanania Blume, (B) Spondias pinata 37 ... thực Do đó, nghiên cứu phân loại cho chi Spondias Việt Nam cần thiết Xuất phát từ l trên, tiến hành đề tài: Nghiên cứu phân loại chi Cóc (Spondias L. ) Việt Nam dựa hình thái phân tử Mục đích... đó, nghiên cứu phân loại phát sinh cho Spondias Việt Nam cần thiết Sử dụng phương pháp phân loại dựa liệu hình thái phân tử tiến hành thực đề tài: Nghiên cứu phân loại chi Cóc (Spondias L. ) Việt. .. năm 2019 L I CAM ĐOAN Để đảm bảo tính trung thực khóa luận, tơi xin cam đoan: Khóa luận Nghiên cứu phân loại chi Cóc (Spondias L. ) Việt Nam dựa hình thái phân tử cơng trình nghiên cứu cá nhân