Nghiên cứu đa dạng di truyền của sò lông anadara antiquata phân bố tại vùng ven biển miền trung (tt)

I H C HU TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM  BÁO CÁO TỔNG KẾT Ề TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƢ NG NĂM 2018 Tên đề tài: NGHIÊN CỨU A DẠNG DI TRUYỀN CỦA SỊ LƠNG Anadara antiquata PHÂN BỐ TẠI VÙNG VEN BIỂN MIỀN TRUNG Demo Version - Select.Pdf SDK Mã số: T.18 – TN – 23 Chủ nhiệm đề tài: Trần Thị Kim Anh Thời gian thực hiện: 12 tháng Thừa Thiên Huế, 11/2018 I H C HU TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM  BÁO CÁO TỔNG KẾT Ề TÀI KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƢ NG NĂM 2018 Tên đề tài: NGHIÊN CỨU A DẠNG DI TRUYỀN CỦA SỊ LƠNG Anadara antiquata PHÂN BỐ TẠI VÙNG VEN BIỂN MIỀN TRUNG Demo Version - Select.Pdf SDK Mã số: T.18 – TN – 23 Chủ nhiệm đề tài: Trần Thị Kim Anh Cố vấn khoa học: TS Trần Văn Giang PHỐI HỢP NGHIÊN CỨU: Thừa Thiên Huế, 11/2018 MỤC LỤC PHẦN MỞ ẦU Lí chọn đề tài .3 Mục tiêu đề tài 3 Tổng quan sò lơng Anadara antiquata 3.1 Danh pháp phân loại .4 3.1.1 Danh pháp 3.1.2 Phân loại 3.2 ặc điểm hình thái 4 Phân bố .5 Sinh trưởng .5 ặc điểm dinh dưỡng Vai trò .5 Tình hình khai thác sò lơng Việt Nam Các nghiên cứu sò lơng .6 9.1 Trên giới .6 Version - Select.Pdf SDK 9.2 Ở ViệtDemo Nam 11 10 Ứng dụng thị phân tử nghiên cứu đa dạng di truyền 13 10.1 Kỹ thuật đa hình đoạn khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD) 13 10.2 Một số kỹ thuật khác 15 10.2.1 Kỹ thuật đa hình chiều dài đoạn giới hạn (RFLP) 15 10.2.2 Kỹ thuật đa hình độ dài đoạn khuếch đại (AFLP) 16 10.2.3 Vi vệ tinh 17 PHẦN NỘI DUNG 19 Chƣơng ỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19 ối tượng, nguyên vật liệu thiết bị nghiên cứu 19 1.1 ối tượng nghiên cứu 19 1.2 Nguyên vật liệu nghiên cứu .19 1.3 Hóa chất thiết bị sử dụng nghiên cứu 21 Thời gian địa điểm nghiên cứu 21 2.1 ịa điểm nghiên cứu 21 iii 2.2 Thời gian nghiên cứu .22 Phương pháp nghiên cứu 22 3.1 Phương pháp nghiên cứu đặc điểm hình thái 22 3.2 Tách chiết DNA tổng số 22 3.3 Phương pháp PCR-RAPD .23 3.4 Phương pháp điện di gel agarose .24 3.5 Phương pháp tinh sản phẩm PCR 25 3.6 Phương pháp xử lý số liệu .25 3.7 Xây dựng giản đồ phả hệ 25 Chƣơng KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN .26 2.1 Một số đặc điểm hình thái sò lơng A antiquata 26 2.1.1 Kích thước vỏ 26 2.1.2 Thể tích vỏ thể tích khoang vỏ 28 2.2 Kết tách chiết DNA tổng số 29 2.3 Kết thực RAPD-PCR 30 2.3.1 Kết RAPD với primer OPD11 31 Demo Version - Select.Pdf SDK 2.3.2 Kết RAPD với primer OPN06 32 2.3.3 Kết RAPD với primer OPG17 33 2.3.4 Kết RAPD với primer OPA03 34 2.3.5 Kết RAPD với primer OPB01 35 2.3.6 Kết RAPD với primer OPA04 36 2.3.7 Kết RAPD với primer OPF04 36 2.3.8 Kết RAPD với primer OPB11 37 2.4 Phân tích mối quan hệ di truyền sò lơng A antiquata 38 2.4.1 Mối quan hệ di truyền cá thể sò lơng A antiquata 38 2.4.2 Mối quan hệ di truyền quần thể sò lơng A antiquata 40 PHẦN KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 42 TÀI LIỆU THAM KHẢO 43 PHỤ LỤC iv DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Hàm lượng trung bình Pb Cu sò lơng ven biển Nẵng 11 Bảng Các mẫu sò lơng A antiquata sử dụng nghiên cứu 19 Bảng Trình tự primer ngẫu nhiên sử dụng nghiên cứu .20 Bảng Các hóa chất sử dụng nghiên cứu 21 Bảng Những thiết bị sử dụng nghiên cứu .21 Bảng 2.1 Kích thước vỏ sò lơng A antiquata (mm) 27 Bảng 2.2 Thể tích vỏ thể tích khoang vỏ sò lơng A antiquata (ml) 29 Bảng 2.3 Các mẫu DNA sò lơng sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền 31 Bảng 2.4 Khoảng cách di truyền (dưới đường chéo) hệ số tương đồng di truyền (trên đường chéo) bốn quần thể sò lơng A antiquata 40 Demo Version - Select.Pdf SDK v DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Hình thái vỏ sò lơng A antiquata A Mặt ngồi; B Mặt .4 Hình Các địa điểm thu mẫu sò lơng A antiquata .20 Hình 2.2 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPD11 .31 Hình 2.3 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPN06 .32 Hình 3.4 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPG17 .33 Hình 2.5 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA03 .34 Hình 2.6 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB01 .35 Hình 2.7 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA04 36 Hình 2.8 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPF04 37 Hình 2.9 Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB11 38 Hình 2.10 Giản đồ phả hệ DNA cá thể sò lơng A antiquata nghiên cứu .39 Hình 2.11 Giản đồ phả hệ thu phương pháp UPGMA dựa khoảng cách di truyền Nei (1972) bốn quần thể sò lơng A antiquata 41 Demo Version - Select.Pdf SDK vi DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT AFLP Amplified fragment length polymorphism ( a hình độ dài đoạn khuếch đại) Bp Base pair (cặp base nitơ) Cs cộng DNA Deoxyribonucleic acid EDTA Ethylenediamine tetraacetic acid NTSYSpc Numerical Taxonomy System for personal computer PCI Phenol: Chloroform: Isoamylalcohol PCR Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) PPB Percentage of polymorphic band (Tỷ lệ băng đa hình) PBS Phosphate buffered saline RAPD Random amplified polymorphic DNA ( a hình đoạn khuếch đại ngẫu nhiên) RFLP Restriction fragment length polymorphism ( a hình độ dài đoạn cắt hạn chế) SDS Demo Version Select.Pdf SDK Sodium-dodecylsulfate SSR Simple sequence repeat (Sự lặp lại trình tự đơn giản) TAE Tris base: Acetic acid: EDTA vii TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM KHOA SINH HỌC THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA Ề TÀI Thông tin chung: - Tên đề tài: NGHIÊN CỨU A D NG DI TRUYỀN CỦA SỊ LƠNG Anadara antiquata PHÂN BỐ T I VÙNG VEN BIỂN MIỀN TRUNG - Sinh viên thực hiện: Trần Thị Kim Anh - Lớp: ộng vật học Khoa: Sinh học Năm thứ: Số năm đào tạo: năm - Người hướng dẫn: TS Trần Văn Giang Mục tiêu đề tài: ánh giá đa dạng di truyền sò lơng A antiquata số tỉnh thuộc miền Trung Việt Nam Tính sáng tạo: Lần đánh giá đa dạng di truyền sò lơng Anadara antiquata thị phân tử RAPD nghiên cứu Việt Nam Kết nghiên cứu: Sau thời gian tiến hành đề tài, thu kết sau: - Một số đặc điểm hình thái sò lơng A antiquata - Tách chiết DNA tổng số - Kết thực RAPD-PCR - Phân tích mối quan hệ di truyền sò lơng A antiquata óng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh, quốc phòng khả Demo Version - Select.Pdf áp dụng đề tài: Lần cung cấp cácSDK liệu sở khoa học đặc điểm hình thái đa dạng di truyền sò lơng A antiquata thị RAPD Việt Nam Công bố khoa học sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài (ghi rõ tên tạp chí có) nhận xét, đánh giá sở áp dụng kết nghiên cứu (nếu có): Bài báo “ Một số đặc điểm hình thái sò lơng Anadara antiquata (Linnaeus, 1758) miền Trung Việt Nam” Hội đồng Biên tập Tạp chí Khoa học Giáo dục Trường ại học Sư phạm chọn đăng số 04(48)/2018 Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) Nhận xét ngƣời hƣớng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài (phần người hướng dẫn ghi): Ngày tháng năm Xác nhận đơn vị (ký tên) Ngƣời hƣớng dẫn (ký, họ tên) TRƢ NG ẠI HỌC SƢ PHẠM KHOA SINH HỌC THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN Ề TÀI I SƠ LƢỢC VỀ SINH VIÊN: Họ tên: Trần Thị Kim Anh Sinh ngày: 21 tháng năm 1994 Nơi sinh: Quảng Trị Lớp: ộng vật học Khóa: 2016 - 2018 Khoa: Sinh học ịa liên hệ: 13/85 Nguyễn Huệ - TP Huế iện thoại: 0975670720 Email: kimanhqt1112@gmail.com II QUÁ TRÌNH HỌC TẬP: * Năm thứ 1: Ngành học: ộng vật học Khoa: Sinh học Kết xếp loại học tập: 8,93 * Năm thứ 2: Ngành học: ộng vật học Khoa: Sinh học Kết xếp loại học tập: 8,9 Demo Version - Select.Pdf SDK Ngày tháng Xác nhận đơn vị (ký tên) năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) PHẦN MỞ ẦU Lí chọn đề tài Thân mềm hai mảnh vỏ hay nhuyễn thể hai mảnh vỏ (danh pháp khoa học: Bivalvia, trước gọi Lamellibranchia hay Pelecypoda) nhóm động vật thủy sản có độ đa dạng sinh học phong phú Lớp động vật không xương sống diện hầu khắp môi trường thủy sinh Chúng phân bố khắp vùng biển, đầm phá Việt Nam So với loại thịt động vật, thực phẩm từ động vật thân mềm có thành phần chất dinh dưỡng cao, lượng đạm cao, lượng mỡ thấp Trong đó, sò lơng Anadara antiquata loại thực phẩm có giá trị dinh dưỡng cao, thơm ngon người ưa thích Ngồi việc làm thực phẩm, thịt vỏ sò lơng y học cổ truyền dùng làm thuốc ông y gọi thịt sò lơng mao kham nhục, có vị ngọt, mặn, tính ấm, khơng độc có tác dụng bổ huyết ôn trung, kiện vị, nhuận ngũ tạng, tiêu khát, khai vị, trị lỵ kinh niên gây sốt lạnh, chữa thiếu máu, huyết hư, tiêu hóa kém, đau dày Vỏ sò lơng gọi mao kham tử có thành phần chủ yếu calcium carbonate (trên 97%), dược liệu có vị ngọt, mặn, tính lạnh, có tác dụng tiêu tích, hóa đàm, chữa vết máu tụ, tím bầm tê bại, đại tiện máu mủ, kiết lỵ, cam Demo Select.Pdf SDKmở rộng khu dân cư răng… Tuy nhiên, ngàyVersion cùng- với thị hóa, khai thác q mức làm cho nguồn lợi sò lơng đầm phá, ven biển nước ta bị giảm sút nghiêm trọng Việt Nam nằm vùng nhiệt đới gió mùa, có địa hình, kiểu đất, cảnh quan đa dạng, tạo điều kiện thuận lợi cho phát triển loài sinh vật Ở nước ta, sò lơng tập trung chủ yếu vùng ven biển tỉnh Quảng Ninh, Hải Phòng, Quảng Nam, Nẵng, Bình Thuận [18] Tuy nhiên, chưa có cơng bố đặc điểm hình thái đa dạng di truyền sò lơng A antiquata nước ta nói chung vùng ven biển miền Trung nói riêng Xuất phát từ lý đó, tiến hành thực đề tài: “Nghiên cứu đa dạng di truyền sò lơng Anadara antiquata phân bố vùng ven biển miền Trung” Mục tiêu đề tài ánh giá đa dạng di truyền sò lơng A antiquata số tỉnh thuộc miền Trung Việt Nam 3 Tổng quan sò lơng Anadara antiquata 3.1 Danh pháp phân loại 3.1.1 Danh pháp Tên khoa học: Anadara antiquata Tên thường gọi: sò lông 3.1.2 Phân loại Bộ: Arcoida Họ: Arcidae Giống: Anadara Lồi: sò lơng Anadara antiquata 3.2 ặc điểm hình thái Sò lơng có vỏ dạng hình bầu dục Cấu trúc vỏ khơng nhau, vỏ trái nhiều lớn vỏ phải, mặt có 3-35 gờ phóng xạ, gờ phóng xạ có nhiều hạt (ụ nhỏ), hạt gờ phóng xạ rõ nét Vỏ thường có màu sắc khác nâu, kem trắng Da vỏ màu nâu phát triển thành lông (nên gọi sò lơng) Bản lề hẹp hướng phía sau Demo Version - Select.Pdf SDK A B Hình Hình thái vỏ sò lơng A antiquata A Mặt ngoài; B Mặt ... nói chung vùng ven biển miền Trung nói riêng Xuất phát từ lý đó, chúng tơi tiến hành thực đề tài: Nghiên cứu đa dạng di truyền sò lơng Anadara antiquata phân bố vùng ven biển miền Trung Mục... giá đa dạng di truyền sò lơng A antiquata số tỉnh thuộc miền Trung Việt Nam Tính sáng tạo: Lần đánh giá đa dạng di truyền sò lơng Anadara antiquata thị phân tử RAPD nghiên cứu Việt Nam Kết nghiên. .. KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ CẤP TRƢ NG NĂM 2018 Tên đề tài: NGHIÊN CỨU A DẠNG DI TRUYỀN CỦA SỊ LƠNG Anadara antiquata PHÂN BỐ TẠI VÙNG VEN BIỂN MIỀN TRUNG Demo Version - Select.Pdf SDK Mã số: T.18 – TN