Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó phú quốc dựa trên trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM  THÁI KẾ QUÂN NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ CHĨ PHÚ QUỐC DỰA TRÊN TRÌNH TỰ HV1 THUỘC VÙNG CR TRÊN HỆ GEN TY THỂ LUẬN ÁN TIẾN SĨ NƠNG NGHIỆP THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM  THÁI KẾ QUÂN NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ CHÓ PHÚ QUỐC DỰA TRÊN TRÌNH TỰ HV1 THUỘC VÙNG CR TRÊN HỆ GEN TY THỂ Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 9420201 LUẬN ÁN TIẾN SĨ NÔNG NGHIỆP Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Trần Hoàng Dũng TS Chung Anh Dũng THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - 2019 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi định hướng, góp ý hai Thầy hướng dẫn giúp đỡ thành viên nhóm nghiên cứu Các kết trình bày luận án trung thực chưa công bố cơng trình người khác Các kết người tham gia thực đồng ý cho phép sử dụng luận án Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm số liệu, kết luận án Thành phố Hồ Chí Minh, ngày tháng Nghiên cứu sinh Thái Kế Quân năm 2019 ii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án, nhận nhiều giúp đỡ, hỗ trợ từ Thầy Cô, quan, đồng nghiệp người thân Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn đến: PGS.TS Trần Hoàng Dũng TS Chung Anh Dũng hướng dẫn, động viên tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành luận án Thầy Cơ, cán Viện Khoa học kỹ thuật nông nghiệp miền Nam hướng dẫn, truyền dạy kiến thức cho qua môn học, buổi sinh hoạt học thuật, tạo điều kiện thuận lợi cho việc hoàn thành thủ tục, hồ sơ trình học Ban Giám Hiệu Trường Đại học Sài Gòn tạo điều kiện cho tơi hồn thành tốt cơng việc học tập, nghiên cứu, hồn thành luận án việc giảng dạy Trường Công ty TNHH CNSH Khoa Thương tư vấn, hỗ trợ thiết bị máy đo OD, máy PCR, giải trình tự DNA, giúp tơi hồn thành tốt cơng việc luận án PGS.TS Lê Huyền Ái Thúy, giúp đỡ tơi lúc khó khăn, kết nối động viên bắt đầu với đề tài nghiên cứu Anh Lê Quốc Tuấn, chủ Trung tâm bảo tồn chó xốy Phú Quốc – Trang trại Thanh Nga cung cấp nhiều thơng tin đặc điểm, tập tính chó lưng xốy Phú Quốc, tạo điều kiện cho chúng tơi thu mẫu lơng chó lưng xốy Phú Quốc Các bạn, em Trần Quốc Thắng Hoa, Nguyễn Thị Ái Nữ (bác sĩ thú y Quận Bình Thạnh), Lại Kiều Oanh (bác sĩ thú y - Quận 1), Nguyễn Thị Như (Trạm Thú y Quận Bình Tân) hỗ trợ nhiều việc kết nối với chủ ni chó, thu thập mẫu lơng chó lưng xốy Phú Quốc khu vực Thành phố Hồ Chí Minh Các đồng nghiệp, thành viên nhóm nghiên cứu: Nguyễn Thành Cơng, Nguyễn Văn Tú, Hồng Thảo Thanh Tú, Trần Anh Hoàng, Quan Quốc Đăng, iii Huỳnh Văn Hiếu hỗ trợ tơi nhiều q trình thực hồn thành luận án Cảm ơn gia đình, cảm ơn Má, Huyền bên Quân TP Hồ Chí Minh, ngày tháng Thái Kế Quân năm 2019 iv MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iv DANH MỤC CÁC HÌNH viii DANH MỤC CÁC BẢNG x DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT xi MỞ ĐẦU 1 Giới thiệu Mục tiêu đề tài 2.1 Mục tiêu chung 2.2 Mục tiêu cụ thể Những đóng góp đề tài Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn đề tài 4.1 Ý nghĩa khoa học 4.2 Ý nghĩa thực tiễn Đối tượng phạm vi nghiên cứu 5.1 Đối tượng nghiên cứu 5.2 Phạm vi nghiên cứu CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan chó lưng xốy Phú Quốc 1.1.1 Giới thiệu chó lưng xốy Phú Quốc 1.1.2 Phân loại chó lưng xốy Phú Quốc 1.1.3 Đặc điểm hình thái tập tính chó lưng xốy Phú Quốc 1.1.4 Các nghiên cứu nguồn gốc di truyền chó lưng xốy Phú Quốc 1.2 Đặc điểm di truyền tính trạng xốy lưng 11 1.3 Hệ gen ty thể chó 13 v 1.3.1 Cấu trúc hệ gen ty thể chó 13 1.3.2 Cấu trúc đặc điểm di truyền vùng CR hệ gen ty thể chó 14 1.4 Các nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa, phát sinh chủng loại đa dạng di truyền chó 16 1.4.1 Các nghiên cứu khảo cổ 16 1.4.2 Các nghiên cứu di truyền đại 20 1.4.2.1 Các thị phân tử dùng nghiên cứu 20 1.4.2.2 Nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa chó nhà 23 1.4.2.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền giống chó 27 1.5 Cơ sở liệu DNA GenBank liệu vùng trình tự HV1 DNA ty thể 31 1.5.1 Cơ sở liệu DNA GenBank 31 1.5.2 Dữ liệu trình tự vùng HV1 DNA ty thể GenBank 32 1.6 Nhận định chung vấn đề nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó lưng xoáy Phú Quốc 33 CHƢƠNG NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 35 2.1 Nội dung nghiên cứu 35 2.2 Phương pháp nghiên cứu 37 2.2.1 Xây dựng sở liệu công cụ định loại haplotype đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể 37 2.2.1.1 Xây dựng sở liệu trình tự đoạn 582 cặp base vùng HV1DNA ty thể 37 2.2.1.2 Đánh số nucleotide trình bày đột biến 39 2.2.1.3 Xác định haplotype hiệu chỉnh liệu 39 2.2.1.4 Công cụ xác định haplotype vùng HV1 DNA ty thể 40 2.2.1.5 Xây dựng phát sinh chủng loại 41 2.2.2 Xác định trình tự nucleotide đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó nhà Việt Nam chó lưng xốy Phú Quốc 41 2.2.2.1 Dụng cụ thiết bị sử dụng 41 2.2.2.2 Thu thập xử lý mẫu 42 vi 2.2.2.3 Tách chiết DNA tổng số từ lơng chó 44 2.2.2.4 Kiểm tra độ tinh DNA quang phổ kế 46 2.2.2.5 Khuếch đại trình tự vùng HV1 phản ứng PCR 47 2.2.2.6 Giải trình tự biên tập trình tự 48 2.2.3 Đánh giá đa dạng di truyền chó lưng xoáy Phú Quốc dựa đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể 49 2.2.3.1 Xác định độ đa dạng haplotype 49 2.2.3.2 Xác định độ đa dạng nucleotide 50 2.2.3.3 Xây dựng mạng lưới quan hệ haplotype 51 2.2.3.4 Xác định khoảng cách di truyền hai quần thể 51 2.2.3.5 Phân tích phương sai phân tử (AMOVA) 52 2.2.4 Nhận định nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc 53 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 54 3.1 Xây dựng sở liệu đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó 54 3.1.1 Cơ sở liệu đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó 54 3.1.2 Hiệu chỉnh liệu 55 3.1.3 Công cụ xác định haplotype vùng HV1 DNA ty thể 57 63 3.2 Xác định trình tự đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó nhà Việt Nam chó lưng xốy Phú Quốc 64 3.2.1 Xác định quy trình tách chiết DNA từ lơng chó 64 3.2.1.1 Khảo sát điều kiện cho quy trình tách chiết DNA 64 3.2.1.2 So sánh hiệu quy trình tách chiết DNA từ lơng chó 67 3.2.2 Tách chiết DNA từ lơng chó 70 3.2.3 Khuếch đại vùng HV1 70 3.2.4 Đọc biên tập trình tự nucleotide 72 3.2.5 Xác định haplotype mẫu chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam 73 3.3 Đa dạng di truyền vùng HV1 DNA ty thể chó lưng xốy Phú Quốc 76 vii 3.3.1 Sự đa dạng cấp độ nucleotide 76 3.3.2 Sự đa dạng cấp độ haplotype 79 3.3.3 Quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc với giống chó khác 86 3.3.3.1 Quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc với giống chó khác giới 86 3.3.3.2 Quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam 89 3.3.3.3 Quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam Kiên Giang 91 3.4 Nhận định nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc 93 KẾT LUẬN – KIẾN NGHỊ 100 I Kết luận 100 II Kiến nghị 101 CÁC CÔNG TRÌNH CƠNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 102 TÀI LIỆU THAM KHẢO 103 PHỤ LỤC PL-1 viii DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1: Chó lưng xoáy Phú Quốc Hình 1.2: Một số kiểu xốy lưng chó lưng xốy Phú Quốc Hình 1.3: Cấu trúc hệ gen DNA ty thể chó 14 Hình 1.4: Vị trí thành phần vùng CR DNA ty thể chó .15 Hình 1.5: Vị trí “điểm nóng” vùng HV1 16 Hình 1.6: Một vài cột mốc lịch sử tiến hóa chó người 19 Hình 1.7: Các haplotype DNA ty thể chó gom thành haplogroup A, B, C, D, E, F tiến hóa 24 Hình 1.8: Vị trí khởi đầu đường di cư chó 26 Hình 2.1: Quy trình thực nội dung nghiên cứu 36 Hình 2.2: Mơ hình liệu 37 Hình 2.3: Quy trình thu thập lưu trữ liệu 38 Hình 2.4: Sơ đồ hoạt động cơng cụ xác định haplotype "Haplotype identifier” 41 Hình 2.5: Vị trí thu mẫu số lượng mẫu thu 43 Hình 2.6: Quy trình tách chiết DNA 46 Hình 2.7: Vị trí mồi sử dụng phản ứng PCR giải trình tự 48 Hình 2.8: Một đoạn đồ thị huỳnh quang – kết giải trình tự mẫu PQ101 49 Hình 3.1: Phân bố trình tự thuộc haplogroup B 61 Hình 3.2: Giao diện trang chủ hỗ trợ khai thác sở liệu 63 Hình 3.3: Giao diện công cụ Haplotype identifier 63 Hình 3.4: Khảo sát điều kiện tách chiết DNA 65 Hình 3.5: Quy trình tách chiết DNA từ lơng chó 67 Hình 3.6: So sánh hiệu số quy trình tách chiết DNA 68 Hình 3.7: DNA tổng số tách chiết mẫu từ PQ33 đến PQ42 70 Hình 3.8: Một số sản phẩm DNA khuếch đại kỹ thuật PCR 71 PL-16 Haplotype Bộ đột biến B36 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G C15651T G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G B37 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G C15651T G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T G15938- C15955T A16003G B38 C15526T T15612C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T A15931- C15955T A16003G B39 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C C15814T T15815C C15955T A16003G B40 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C C15813T C15814T T15815C C15912T G15938- C15955T A16003G B41 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G B44 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G G15652A C15710T T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G B45 C15526T T15612C C15632T T15639G G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G B46 C15526T C15595T T15612C T15622C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T G15938- C15955T A16003G B47 C15526T T15557C C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G B48 -15464.1C C15526T T15612C T15625C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T C15959T A16003G B49 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C A15811G C15814T T15815C G15901A C15912T G15938- C15955T A16003G B50 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G G15652A C15750T T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G B52 C15526T A15553G C15595T T15612C T15625C C15632T T15639G A15643G G15652A T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G B55 C15526T C15595T T15612C C15632T T15639G A15643G G15646A G15652A C15750T T15800C C15814T T15815C C15912T C15955T A16003G C1 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C T15800C C15814T C15912T C15955T A16003G C2 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C3 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C C15710T T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C4 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C C15781T T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C5 C15508T C15526T T15611C T15639A T15650C T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C6 T15465- C15508T C15526T T15611C T15639A T15650C T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G PL-17 Haplotype Bộ đột biến C7 C15508T C15526T A15553G T15611C T15639G T15650C T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C8 C15508T C15526T T15611C C15621T T15639G T15650C T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C10 C15508T C15526T T15639G T15650C T15800C C15814T C15912T G15938C15955T A16003G C11 A15466G C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C C15710T T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C12 C15508T C15526T T15611C T15639A T15650C T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T C13 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C C15710T T15800C A15809T C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C14 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C C15710T T15800C A15811G C15814T C15912T C15955T A16003G C15 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C T15800C C15814T C15912T A15931- C15955T A16003G C16 C15508T C15526T T15611C T15639A T15650C T15800C C15912T G15938C15955T A16003G C17 C15508T C15526T T15611C T15639G T15650C C15710T T15800C C15814T C15912T C15955T A16003G C18 C15508T C15526T A15553G T15611C T15639G T15650C C15710T T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G C19 C15508T C15526T T15611C T15625C T15639G T15650C C15710T T15800C C15814T C15912T C15955T A16003G C20 C15508T C15526T T15611C T15639A T15650C T15800C C15814T C15912T C15955T A16003G C21 C15508T C15520T C15526T T15611C T15639G T15650C C15710T T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G D1 T15625C C15632T G15634A T15636C T15639G A15643G T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T C15955T C15959T A16003G D2 T15625C C15632T G15634A T15636C T15639G A15643G T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T G15938- C15955T C15959T A16003G D3 T15625C C15632T G15634A T15636C T15639G A15643G T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T A15931- C15955T C15959T A16003G D4 T15625C C15632T G15634A T15636C T15639G A15643G T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T C15955T C15959T D5 T15625C C15632T T15636C T15639A T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T A15931- C15955T C15959T A16003G T16039C D6 T15625C C15630T C15632T T15636C T15639A T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T A15931- C15959T A16003G T16039C D7 T15625C C15630T C15632T T15636C T15639A T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T A15931- C15959T A16003G C16038T T16039C PL-18 Bộ đột biến Haplotype D8 T15625C C15632T G15634A A15635G T15636C T15639G A15643G T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T A15931- C15955T C15959T A16003G D10 T15620C T15625C C15630T C15632T T15636C T15639A T15800C C15814T T15815C G15848A C15912T A15931- C15959T A16003G T16039C E1 C15526T A15553G C15632T T15639A G15652A T15800C A15811G C15814T C15912T G15938- C15955T A16003G E2 C15526T A15553G T15625C T15639A A15643G G15652A T15800C C15814T C15912T G15938- C15955T E3 -15464.1C C15526T A15553G C15632T T15639A G15652A T15800C A15811G C15814T C15912T G15938- C15955T E4 C15526T A15553G C15632T T15639A G15652A T15800C A15811G C15814T C15912T G15938- A16003G A15490G T15523C C15524- T15525- C15526- C15527- C15528- C15529- T15530T15611C A15627G T15628C T15639A G15652A T15800C C15814T C15912T F1 F2 A15490G C15491A C15496T T15523C -15534.1C T15611C A15627G T15628C T15639A G15652A T15800C C15814T C15912T F3 A15490G T15523C -15534.1C T15611C A15627G T15628C T15639A G15652A T15800C C15814T C15841T C15912T Phụ lục 7: Mã số truy cập GenBank trình tự vùng HV1 DNA ty thể chó lưng xốy Phú Quốc STT Ký hiệu mẫu 10 11 12 13 14 15 16 17 PQ1 PQ2 PQ3 PQ5 PQ6 PQ11 PQ12 PQ13 PQ14 PQ15 PQ16 PQ17 PQ18 PQ19 PQ20 PQ21 PQ22 Mã số GenBank MG793253 MG793254 MG793255 MG793256 MG793257 MG793258 MG793259 MG793260 MG793261 MG793262 MG793263 MG793264 MG793265 MG793266 MG793267 MG793268 MG793269 PL-19 STT Ký hiệu mẫu 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 PQ23 PQ24 PQ25 PQ26 PQ28 PQ30 PQ31 PQ32 PQ33 PQ34 PQ35 PQ36 PQ37 PQ38 PQ39 PQ40 PQ41 PQ42 PQ43 PQ44 PQ45 PQ46 PQ47 PQ48 PQ49 PQ50 PQ51 PQ52 PQ53 PQ54 PQ55 PQ56 PQ57 PQ58 PQ59 PQ60 PQ61 PQ62 PQ63 Mã số GenBank MG793270 MG793271 MG793272 MG793273 MG793274 MG793275 MG793276 MG793277 MG793278 MG793279 MG793280 MG793281 MG793282 MG793283 MG793284 MG793285 MG793286 MG793287 MG793288 MG793289 MG793290 MG793291 MG793292 MG793293 MG793294 MG793295 MG793296 MG793297 MG793298 MG793299 MG793300 MG793301 MG793302 MG793303 MG793304 MG793305 MG793306 MG793307 MG793308 PL-20 STT Ký hiệu mẫu 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 PQ64 PQ65 PQ66 PQ67 PQ68 PQ69 PQ70 PQ71 PQ72 PQ73 PQ74 PQ75 PQ76 PQ77 PQ78 PQ79 PQ80 PQ81 PQ82 PQ83 PQ84 PQ85 PQ86 PQ87 PQ88 PQ89 PQ90 PQ91 PQ92 PQ93 PQ94 PQ95 PQ96 PQ97 PQ98 PQ99 PQ100 PQ101 PQ102 Mã số GenBank MG793309 MG793310 MG793311 MG793312 MG793313 MG793314 MG793315 MG793316 MG793317 MG793318 MG793319 MG793320 MG793321 MG793322 MG793323 MG793324 MG793325 MG793326 MG793327 MG793328 MG793329 MG793330 MG793331 MG793332 MG793333 MG793334 MG793335 MG793336 MG793337 MG793338 MG793339 MG793340 MG793341 MG793342 MG793343 MG793344 MG793345 MG793346 MG793347 PL-21 STT Ký hiệu mẫu 96 97 98 99 100 PQ103 PQ104 PQ105 PQ106 PQ107 Mã số GenBank MG793348 MG793349 MG793350 MG793351 MG793352 Phụ lục 8: Mã số truy cập GenBank trình tự vùng HV1 DNA ty thể chó nhà Việt Nam STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 Ký hiệu mẫu VD1 VD2 VD3 VD4 VD5 VD6 VD7 VD8 VD9 VD10 VD11 VD12 VD13 VD14 VD15 VD16 VD17 VD18 VD19 VD20 VD21 VD22 VD23 VD24 VD25 VD26 VD27 VD28 Mã số GenBank MG799222 MG799223 MG799224 MG799225 MG799226 MG799227 MG799228 MG799229 MG799230 MG799231 MG799232 MG799233 MG799234 MG799235 MG799236 MG799237 MG799238 MG799239 MG799240 MG799241 MG799242 MG799243 MG799244 MG799245 MG799246 MG799247 MG799248 MG799249 PL-22 STT 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 Ký hiệu mẫu VD29 VD30 VD31 VD32 VD33 VD34 VD35 VD36 VD37 VD38 VD39 VD40 VD41 VD42 VD43 VD44 VD45 VD46 VD47 VD48 VD49 VD50 VD51 VD52 VD53 VD54 VD55 VD56 VD57 VD58 VD59 VD60 VD61 VD62 VD63 VD64 VD65 VD66 VD67 Mã số GenBank MG799250 MG799251 MG799252 MG799253 MG799254 MG799255 MG799256 MG799257 MG799258 MG799259 MG799260 MG799261 MG799262 MG799263 MG799264 MG799265 MG799266 MG799267 MG799268 MG799269 MG799270 MG799271 MG799272 MG799273 MG799274 MG799275 MG799276 MG799277 MG799278 MG799279 MG799280 MG799281 MG799282 MG799283 MG799284 MG799285 MG799286 MG799287 MG799288 PL-23 STT 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 Ký hiệu mẫu VD68 VD69 VD70 VD71 VD72 VD73 VD74 VD75 VD76 VD77 VD78 VD79 VD80 VD81 VD82 VD83 VD84 VD85 VD86 VD87 VD88 VD89 VD90 VD91 VD92 VD93 VD94 VD95 VD96 VD97 VD98 VD99 VD100 Mã số GenBank MG799289 MG799290 MG799291 MG799292 MG799293 MG799294 MG799295 MG799296 MG799297 MG799298 MG799299 MG799300 MG799301 MG799302 MG799303 MG799304 MG799305 MG799306 MG799307 MG799308 MG799309 MG799310 MG799311 MG799312 MG799313 MG799314 MG799315 MG799316 MG799317 MG799318 MG799319 MG799320 MG799321 Phụ lục 9: Các giống chó (và thơng tin haplotype) giới sử dụng đề tài STT Giống chó Serra da Estrela Haplotype Số lƣợng Tài liệu tham khảo 34 van Asch cs (2005) PL-24 A33 A186 A18 A24 A71 B1 C2 D6 Chó chăn cừu Bồ Đào Nha A18 A24 B1 B36 C3 German Shepherd A11 A17 A19 C1 C15 Chó Maltese A17 An5 An6 An7 A18 B1 B6 B10 C2 Cn3 Cn4 Cn5 Cn6 Kangal A5 A11 A16 A18 A20 A22 A24 28 20 2 19 10 30 1 1 13 1 1 115 2 van Asch cs (2005) Savolainen cs (2002) Pang cs (2009) Takahasi cs (2001) Koban cs.(2009) Savolainen cs (2002) Pang cs (2009) PL-25 A27 A40 A49 An2 An3 B1 B2 B10 B13 B41 Bn1 C2 C5 C6 D5 Chó Ngao Tây Tạng A11 A18 A44 A45 A53 A55 A117 A226 Jindo A1 A11 A15 A16 A18 A22 A73 A153 A161 A162 B14 C2 C3 E1 Pungsan A3 A11 1 41 1 2 15 110 14 30 31 17 53 27 3 1 1 40 Ren cs (2017) Savolainen cs (2002) Pang cs (2009) Savolainen cs (2002) Pang cs (2009) PL-26 A19 A29 A49 A73 A159 A160 B1 B2 B5 C5 C14 E1 Shiba A11 A17 A18 A64 A68 A69 B1 C3 E1 10 Chó Thái Lan A2 A3 A6 A7 A8 A11 A12 A16 A18 A19 A27 A29 A35 A44 A46 A65 A71 A73 A75 1 1 30 2 1 105 1 19 2 1 1 Okumura cs (1996) Savolainen cs (2002) Savolainen cs (2002) Pang cs (2009) PL-27 A92 A103 A116 A119 A120 A122 A128 A130 A132 A143 A216 A219 A220 A221 A222 A223 A224 A226 A227 B1 B4 B8 B49 C2 C3 E1 E4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 Phụ lục 10: Phân tích phương sai phân tử (AMOVA) giống chó giới ================================================================= AMOVA ANALYSIS ================================================================= Genetic structure to test : No of Groups = [[Structure]] StructureName = "World dog by continent" NbGroups = #Group1 PL-28 Group={ "Serra da Estrela" "Portuguese Sheepdog" "German Shepherd" "Maltese dog" } #Group2 Group={ "Kangal" } #Group3 Group={ "Shiba" "Jindo" "Pungsan" } #Group4 Group={ "Tibet mastiff" } #Group5 Group={ "Thai" } #Group6 Group={ "Phu Quoc ridgeback dog" "VN village dog" } Distance method: Pairwise difference -AMOVA design and results : -Weir, B.S and Cockerham, C.C 1984 Excoffier, L., Smouse, P., and Quattro, J 1992 Weir, B S., 1996 -Source of Sum of Variance Percentage variation d.f squares components of variation -Among groups 512.086 0.55663 Va 13.00 Among populations within groups 111.690 0.34899 Vb 8.15 PL-29 Within populations 752 2538.619 3.37582 Vc 78.85 -Total 763 3162.395 4.28145 -Fixation Indices FSC : 0.09369 FST : 0.21152 FCT : 0.13001 -Significance tests (1023 permutations) -Vc and FST : P(rand value < obs value) = P(rand value = obs value) = P-value = 0.00000 0.00000 0.00000+-0.00000 Vb and FSC : P(rand value > obs value) = P(rand value = obs value) = P-value = 0.00000 0.00000 0.00000+-0.00000 Va and FCT : P(rand value > obs value) = P(rand value = obs value) = P-value = 0.01369 0.00000 0.01369+-0.00367 PL-30 Phụ lục 11: Khoảng cách di truyền (D - nửa dưới) khác biệt di truyền (Fst - nửa trên) số giống chó giới Serra da Estrela (1) Chó chăn cừu Bồ Đào Nha (2) Chó Shepherd Đức (3) 0.15196 0.15835 0.09592 Chó Maltese (4) Shiba (6) 0.1442 0.10818 0.15886 0.15223 0.08236 0.31056 0.13317 0.15727 0.0759 0.05115 0.18891 0.09072 0.20103 0.10854 0.40551 0.14233 0.17235 0.08899 0.08826 0.24464 0.07573 0.2003 0.12841 0.43327 0.14462 0.1971 0.12733 0.13771 0.03359 0.25121 0.13396 0.45242 0.20543 0.08891 0.05165 0.19929 0.2796 0.15754 0.39944 0.26339 0.06883 0.05051 0.21367 0.12977 0.44133 0.18198 0.11465 0.08552 0.05933 0.3187 0.02535 0.26088 0.15271 0.25914 0.02210 0.13391 0.05016 0.24317 0.41133 0.33615 0.24515 0.13336 Jindo (7) 1.37111 1.585 0.51963 1.42527 0.31924 0.61452 1.09356 1.9443 2.7942 1.3789 1.61908 0.60241 0.53842 0.24276 2.14465 1.07654 1.04723 1.02469 1.63441 2.86498 1.34278 0.72604 0.92389 1.03805 1.57241 1.01599 0.30965 0.71771 Pungsan (8) Chó Thái Lan (10) Chó lƣng xốy Phú Quốc (11) Chó Kangal (5) Chó Ngao Tây Tạng (9) 2.30267 2.75491 3.05913 3.67751 4.28048 3.55423 1.80904 1.58407 10 0.97321 0.91245 0.94437 1.50268 2,61798 1.30030 0.13868 0.12480 1.51343 11 1.63422 1.65373 2.03053 0.81241 0.64393 1.07634 2.45772 1.24606 4.24085 2.27668 12 0.68948 0.77252 1.19089 0.44487 0.45585 0.75513 1.22613 0.4206 2.99637 1.05461 Chó nhà Việt Nam (12) 0.03905 0.33899 ... xốy Phú Quốc dựa thơng tin đa dạng di truyền trình tự HV1 thuộc vùng CR hệ gen ty thể chó 2.2 Mục tiêu cụ thể Xây dựng sở liệu định loại haplotype vùng HV1 hệ gen ty thể chó cơng cụ Haplotype... Identifier thiết kế 3 Xác định đa dạng di truyền chó lưng xốy Phú Quốc dựa trình tự HV1 thuộc vùng CR hệ gen ty thể chó mối quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc với số giống chó giới Có chứng khoa... NGHIỆP VIỆT NAM  THÁI KẾ QUÂN NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ CHĨ PHÚ QUỐC DỰA TRÊN TRÌNH TỰ HV1 THUỘC VÙNG CR TRÊN HỆ GEN TY THỂ Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 9420201 LUẬN