Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó phú quốc dựa trên trình tự HV1 thuộc vùng CR trên hệ gen ty thể (tt)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM  THÁI KẾ QUÂN NGHIÊN CỨU ĐA DẠNG DI TRUYỀN QUẦN THỂ CHĨ PHÚ QUỐC DỰA TRÊN TRÌNH TỰ HV1 THUỘC VÙNG CR TRÊN HỆ GEN TY THỂ Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 9420201 TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ NƠNG NGHIỆP THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH - 2019 Cơng trình hồn thành tại: Thành phố Hồ Chí Minh Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Trần Hoàng Dũng TS Chung Anh Dũng Phản biện 1: Phản biện 2: Phản biện 3: Luận án bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp Viện họp Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam ngày năm 2018 Có thể tìm hiểu luận án tại: Thư viện Quốc gia Thư viện Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam Thư viện Viện KHKTNN Miền Nam tháng MỞ ĐẦU Giới thiệu Chó lưng xốy Phú Quốc giống chó q có nguồn gốc từ đảo Phú Quốc (Kiên Giang, Việt Nam), ba giống chó có xốy lơng lưng giới Hiện nay, chó lưng xốy Phú Quốc chưa xác định chứng nhận thức giống chó chưa xác định nguồn gốc Có ý kiến cho chó lưng xốy Phú Quốc có nguồn gốc từ chó lưng xốy Thái Lan có kiểu hình lưng xốy, nhiên, ý kiến chủ quan đưa không dựa khoa học DNA ty thể, đặc biệt vùng kiểm soát (Control Region – CR) có tốc độ đột biến cao, tạo khác biệt mặt di truyền cá thể Đề tài “Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó Phú Quốc trình tự vùng CR (control region) genome ty thể” đánh giá đa dạng di truyền vùng CR quần thể chó lưng xốy Phú Quốc, tìm hiểu mối quan hệ di truyền với giống chó khác giới, từ làm sở để suy đốn nguồn gốc giống chó q Mục tiêu đề tài Nhận định nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc dựa thơng tin đa dạng di truyền vùng CR genome ty thể chó Những đóng góp đề tài - Lần giới xây dựng phần mềm định loại haplotype vùng CR thuộc DNA ty thể giống chó giới - Đánh giá đa dạng di truyền vùng CR thuộc DNA ty thể chó lưng xốy Phú Quốc - Nhận định nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc dựa vào thơng tin sinh học phân tử Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn đề tài 4.1 Ý nghĩa khoa học Đề tài khảo sát xác định đa dạng di truyền vùng 582 cặp base chó lưng xoáy Phú Quốc, cung cấp liệu giúp suy đốn nguồn gốc hình thành chó lưng xốy Phú Quốc Đề tài cung cấp quy trình tách chiết DNA từ lơng chó, ứng dụng nghiên cứu khác di truyền lồi chó Phần mềm xác định nhanh haplotype vùng 582 cặp base vùng CR DNA ty thể chó sử dụng cộng đồng nghiên cứu vùng trình tự từ khắp nơi giới 4.2 Ý nghĩa thực tiễn Nghiên cứu cung cấp liệu, giúp suy đốn nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc Đề tài cung cấp thơng tin đa dạng di truyền nguồn gốc hình thành chó lưng xốy Phú Quốc, làm tiền đề cho cơng tác bảo tồn gen giống chó lưng xốy Phú Quốc quý Việt Nam Đối tƣợng phạm vi nghiên cứu 5.1 Đối tượng nghiên cứu Đề tài thực nghiên cứu vùng 582 cặp base thuộc vùng CR DNA ty thể chó Tổng cộng 200 chó bao gồm 100 chó lưng xốy Phú Quốc 100 chó nhà (chó cỏ) Việt Nam khảo sát phạm vi đề tài 5.2 Phạm vi nghiên cứu Đề tài tập trung nghiên cứu vùng trình tự 582 cặp base thuộc vùng CR DNA ty thể 100 chó lưng xốy Phú Quốc 100 chó nhà Việt Nam Các giống chó giới sử dụng việc xác định mối quan hệ di truyền với chó lưng xốy Phú Quốc chọn dựa thơng tin hành trình di cư chó cơng bố, dựa sẵn có thơng tin, khơng bao gồm tất giống chó hữu tồn giới CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan chó lƣng xốy Phú Quốc 1.1.1 Giới thiệu chó lƣng xốy Phú Quốc Chó lưng xốy sống đảo Phú Quốc thuộc vùng biển tỉnh Kiên Giang giống chó đặc trưng với nhiều đặc tính quý Việt Nam Trên giới có ba giống chó có xốy lưng, đó, chó lưng xốy Rhodesian Nam Phi chó lưng xốy Thái Lan Tổ chức giống chó Thế giới (Federation Cynologique Internationale – FCI) công nhận danh sách giống chó giống, riêng chó lưng xốy Phú Quốc Việt Nam chưa chấp thuận Nhiều chứng lịch sử nhà khoa học công bố nhằm chứng minh nguồn gốc đặc chủng chó lưng xốy Phú Quốc tính thuyết phục dẫn liệu chưa cao Cho đến nay, nguồn gốc tiến hóa mối quan hệ di truyền giống chó chưa nghiên cứu cách tường tận 1.1.2 Phân loại chó lƣng xốy Phú Quốc 1.1.3 Đặc điểm hình thái tập tính chó lƣng xốy Phú Quốc 1.1.4 Các nghiên cứu nguồn gốc di truyền chó lƣng xốy Phú Quốc Đến nay, ngồi Việt Nam, chưa có nghiên cứu nguồn gốc di truyền chó Phú Quốc Trần Hồng Dũng cộng (2017) bước đầu phân tích DNA chứng minh có mối quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc mang haplotype E4 với giống chó Pungsan Triều Tiên 1.2 Đặc điểm di truyền tính trạng xốy lƣng Tính trạng xốy lưng chó lưng xoáy allele trội R nhiễm sắc thể số 18 quy định Ngồi ra, chó mang cặp allele RR có nguy bị u nang biểu bì cao, làm ảnh hưởng đến sức sống chó (Bảng 1.1) Bảng 1.1: Tương quan kiểu gen kiểu hình xốy lưng, u nang biểu bì Kiểu gen Xốy lƣng Mắc bệnh u nang biểu bì RR có khả cao Rr có khả thấp rr khơng khơng 1.3 Bộ gen ty thể chó 1.3.1 Cấu trúc gen ty thể chó 1.3.2 Cấu trúc đặc điểm di truyền vùng CR gen ty thể chó Vùng CR DNA ty thể chó bao gồm ba vùng nhỏ, vùng HV1 HV2 hai vùng siêu biến, có tính đa hình cao Trong vùng HV1 thường dùng nghiên cứu đa dạng di truyền nhằm tìm hiểu nguồn gốc phát sinh lồi giống chó Hình 1.4: Vị trí thành phần vùng CR DNA ty thể chó 1.4 Các nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa, phát sinh chủng loại đa dạng di truyền chó 1.4.1 Các nghiên cứu khảo cổ 1.4.2 Các nghiên cứu di truyền đại 1.4.2.1 Các thị phân tử dùng nghiên cứu Nhiều trình tự DNA mục tiêu khác sử dụng nghiên cứu di truyền chó siêu tiểu vệ tinh, nhiễm sắc thể Y, COI, CytB….Đặc biệt, nhiều nghiên cứu giới tập trung nghiên cứu đa hình vùng 582 cặp base DNA ty thể để tìm hiểu nguồn gốc hình thành nhiều giống chó khác 1.4.2.2 Nghiên cứu nguồn gốc tiến hóa chó nhà Trên phát sinh chủng loại dựa đoạn trình tự 582 cặp base vùng HV1 giống chó tồn giới, haplotype chó chó sói phân bố thành nhóm đặt tên haplogroup A, B, C, D, E F Có 72,34% chó giới thuộc haplogroup A; 97,40% chó thuộc haplogroup A, B C Chó mang haplotype thuộc nhóm D, E, F chiếm chưa đến 3%, có vị trí phân bố hẹp, cho kết lần hóa thứ hai chó chó sói Dựa vào phân bố haplotype, Wang cs (2016) nhận định vị trí khởi đầu đường di cư chó hình 1.8 Hình 1.8: Vị trí khởi đầu đường di cư chó 1.4.2.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền giống chó Độ đa dạng di truyền giống chó khác nhau, phản ảnh vị trí phân bố thời điểm hình thành giống chó Các giống chó phân bố vùng bị cách ly độ đa dạng haplotype thấp, giống chó Castro Laboreiro Bồ Đào Nha (0,1) Trong đó, giống chó Shiba Nhật Bản có nguồn gốc từ dòng chó thuộc vùng địa lý khác có độ đa dạng haplotype cao (0,8161) 1.5 Cơ sở liệu DNA GenBank liệu vùng trình tự HV1 DNA ty thể 1.5.1 Cơ sở liệu DNA GenBank 1.5.2 Dữ liệu trình tự vùng HV1 DNA ty thể GenBank Dữ liệu trình tự vùng HV1 DNA ty thể lưu trữ nhiều ngân hàng gen GenBank Cũng nhiều trường hợp công bố trước đây, liệu trình tự DNA có nhiều thơng tin khơng xác khơng qn, cần phải sửa sai thống 1.6 Nhận định chung vấn đề nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó lƣng xốy Phú Quốc - Đoạn trình tự 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể giúp hiểu rõ đa dạng di truyền chó lưng xốy Phú Quốc - Cần tạo liệu xác, đáng tin cậy haplotype chó tồn giới để so sánh, nghiên cứu đa dạng di truyền chó lưng xốy Phú Quốc - Sự đa dạng di truyền chó lưng xốy Phú Quốc với mối quan hệ di truyền giống chó với giống chó khác giới sở nhận định nguồn gốc giống chó CHƢƠNG NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Nội dung nghiên cứu - Nội dung 1: Xây dựng sở liệu phần mềm định loại haplotype đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó - Nội dung 2: Xác định trình tự nucleotide đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó nhà Việt Nam chó lưng xốy Phú Quốc - Nội dung 3: Đánh giá đa dạng di truyền chó lưng xốy Phú Quốc dựa đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể - Nội dung 4: Nhận định nguồn gốc chó lưng xoáy Phú Quốc 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 2.2.1 Xây dựng sở liệu phần mềm định loại haplotype đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể 2.2.1.1 Xây dựng sở liệu trình tự đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể Cơ sở liệu thiết kế theo mơ hình quan hệ bao gồm bảng có mối quan hệ ràng buộc với Mỗi bảng chứa thông tin riêng biệt trình tự: haplotype, trình tự nucleotide, tên lồi Các trình tự nucleotide thu thập từ GenBank phần mềm tự xây dựng Thơng tin trình tự tách từ bảng ghi GenBank lưu trữ vào sở liệu 2.2.1.2 Đánh số nucleotide trình bày đột biến 2.2.1.3 Xác định haplotype hiệu chỉnh liệu Những thông tin haplotype trình tự DNA bị sai lệch không rõ ràng phát điều chỉnh Quá trình tiến hành với luật sau: 12 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1 Xây dựng sở liệu đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó Bằng cơng cụ BLAST tìm sở liệu DNA GenBank, 5567 trình tự nucleotide có nguồn gốc từ cá thể thuộc lồi Canis lupus có độ tương đồng cao với vùng trình tự HV1 trình tự chuẩn (mã số truy cập GenBank U96639.2) xác định lưu trữ vào sở liệu Trong số này, 1921 trình tự chứa phần vùng trình tự 582 cặp base nên không đủ sở để xác định haplotype; 414 trình tự xác định haplotype theo hệ thống chia thành haplogroup từ A đến F thơng dụng nay, 3232 trình tự có thơng tin haplotype khơng xác khơng theo hệ thống thơng dụng khơng có thơng tin haplotype định loại haplotype lưu trữ sở liệu Phần mềm xác định nhanh haplotype vùng HV1 DNA ty thể xây dựng ngơn ngữ lập trình Perl, chạy Web truy cập miễn phí qua Internet địa http://chd.vnbiology.com Thử nghiệm 50 trình tự ngẫu nhiên sở liệu cho thấy phần mềm hoạt động xác, cho kết định loại haplotype thích hợp nhanh kỹ thuật định loại haplotype phát sinh chủng loại Các ưu điểm việc định loại haplotype phần mềm Haplotype identifier so với phương pháp xây dựng phát sinh chủng loại tóm tắt bảng sau (Bảng 3.5) 13 Bảng 3.5: So sánh việc định loại haplotype Haplotype identifier xây dựng phát sinh chủng loại Trình Haplotype Xây dựng phát identifier sinh chủng loại có Xác định Khơng xác định tự haplotype trùng với xác haplotype haplotype cơng bố Trình có Xác định Xác tự haplotype haplogroup định haplogroup không trùng với haplotype công bố Thời gian xác Nhanh định haplotype Thời gian xác định lâu, (~ giây/trình tự) tùy vào phương pháp sử dụng (10 phút đến giờ) Phần mềm Không cần Cần chuyên dụng Yêu cầu kinh Người nghiệm dùng Người dùng phải nắm không cần biết kỹ thuật xây kỹ thuật định dựng phát sinh loại haplotype chủng loại 14 3.2 Xác định trình tự đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó nhà Việt Nam chó lƣng xốy Phú Quốc 3.2.1 Xác định quy trình tách chiết DNA từ lơng chó Bằng cách sử dụng hóa chất thơng dụng phòng thí nghiệm sinh học phân tử, khảo sát điều kiện ủ mẫu (nhiệt độ, thời gian), quy trình tách chiết DNA từ lơng chó xây dựng sau (Hình 3.5) Hình 3.5: Quy trình tách chiết DNA từ lơng chó Quy trình tách chiết cho phép thu DNA toàn phần (gồm DNA nhân DNA ty thể) từ nguồn nguyên liệu khoảng 40 sợi lơng chó DNA thu được sử dụng nghiên cứu 3.2.2 Tách chiết DNA từ lơng chó Hai trăm mẫu lơng chó (gồm 100 chó lưng xốy Phú Quốc 100 chó nhà Việt Nam) được sử dụng để tách chiết DNA theo quy trình xây dựng Các mẫu DNA thu có chất lượng tốt, sử dụng phản ứng PCR khuếch đại vùng trình tự HV1 15 3.2.3 Khuếch đại vùng HV1 DNA sau tách chiết sử dụng làm nguyên liệu cho phản ứng khuếch đại vùng trình tự HV1 DNA ty thể, để tiếp đó, nguồn nguyên liệu – sản phẩm PCR – sử dụng việc giải trình tự nucleotide Sản phẩm phản ứng khuếch đại DNA kiểm tra thông qua điện di gel agarose 1% Tín hiệu băng DNA sáng đậm, rõ nét, tập trung vị trí băng 1000 cặp base 1500 cặp base thang DNA 1Kb, phù hợp với kích thước mong đợi theo lý thuyết vào khoảng 1200 cặp base 3.2.4 Đọc hiệu chỉnh trình tự nucleotide Sản phẩm khuếch đại vùng HV1 giải trình tự với cặp mồi 15412F 16114R Kết giải trình tự đọc phần mềm FinchTV Ở mẫu, hai trình tự nucleotide đọc mồi 15412F 16114R so sánh với để kiểm chứng Trình tự cuối khẳng định hai mồi trình tự nucleotide mẫu tương ứng Hai trăm mẫu DNA khảo sát đề tài mẫu có kết giải trình tự rõ ràng, đặc biệt vùng trình tự 582 cặp base cần phân tích 3.2.5 Xác định haplotype mẫu chó lƣng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam Tồn 200 trình tự khảo sát đưa vào phần mềm định loại haplotype để xác định nhanh haplotype Đa số mẫu có haplotype thuộc haplogroup thường gặp A, B, C Hầu hết mẫu (197/200) có haplotype cơng bố giới Ngồi ra, mẫu có haplotype chưa cơng bố giới, đặt tên An1 (thuộc haplogroup A), Cn1, Cn2 (thuộc 16 haplogroup C) Đặc biệt, mẫu chó lưng xốy Phú Quốc xuất với tỷ lệ lớn haplotype thuộc haplogroup E nhóm haplotype hiếm, vốn có tỷ lệ thấp giới 3.3 Đa dạng di truyền vùng HV1 DNA ty thể chó lƣng xốy Phú Quốc 3.3.1 Sự đa dạng cấp độ nucleotide Ở chó lưng xốy Phú Quốc, 100 trình tự khảo sát nhóm lại thành 19 nhóm dựa giống trình tự nucleotide, tương ứng với 19 haplotype ghi nhận Trên toàn chiều dài 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể chó lưng xốy Phú Quốc có tổng cộng 33 vị trí đa hình, gồm 31 vị trí có đột biến thay nucleotide vị trí có đột biến hay thêm nucleotide (indel) Hầu hết đột biến thay đồng hoán (30/31 vị trí), có vị trí (nucleotide thứ 15479 15639) có dị hốn (biến đổi G C; biến đổi T A,G), vị trí 15639, vừa xảy đồng hốn dị hốn Ở chó nhà Việt Nam, tổng cộng có 34 vị trí đa hình ghi nhận, có 32 vị trí vị trí đột biến thay nucleotide vị trí có đột biến hay thêm nucleotide Tất vị trí đột biến thay nucleotide xuất đồng hốn, có vị trí 15639 tương tự thấy nhóm chó lưng xốy Phú Quốc, vừa xảy đồng hoán, vừa xảy dị hoán Mức độ đa dạng nucleotide chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam (tương ứng 0,014588 ± 0,007534 0,014035 ± 0,007270) mức cao so với nhiều giống chó khác giới 3.3.2 Sự đa dạng cấp độ haplotype Một trăm trình tự 582 cặp base chó lưng xốy Phú Quốc giải trình tự xác định bao gồm 19 haplotype khác nhau, 17 có haplotype chưa cơng bố, 18 haplotype lại ghi nhận trước giống chó giới Các trình tự mang haplotype thuộc haplogroup thường gặp A, B, C chiếm đến 77%, khơng có trường hợp mang haplotype thuộc haplogroup D F Đáng ý, 23% trình tự mang haplotype thuộc haplogroup E nhóm giới, vốn chiếm tỷ lệ thấp giới (cùng với haplotype thuộc haplogroup D, F chiếm chưa đến 3%) Với 19 haplotype phát số 100 mẫu khảo sát, số đa dạng haplotype giống chó lưng xốy Phú Quốc lên đến 0,9042 ± 0,0127, nghĩa xác suất để bắt gặp hai mẫu có haplotype khác khoảng 90% So với số giống chó khác giới, mức độ đa dạng haplotype chó lưng xốy Phú Quốc thấp nhóm chó Thái Lan thuộc nhóm cao, tương tự chó Pungsang (Triều Tiên), chó nhà Việt Nam cao nhiều so với giống chó chăn cừu Bồ Đào Nha, chó Shepherd Đức, chó Ngao Tây Tạng, chó Kangal (Thổ Nhĩ Kỳ) , hay chó Shiba (Nhật Bản) chó Jindo (Hàn Quốc) 3.3.3 Quan hệ di truyền chó lƣng xốy Phú Quốc với giống chó khác 3.3.3.1 Quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc với giống chó khác giới Phân tích phương sai phân tử (AMOVA) cho thấy khác biệt di truyền giống chó giới nhỏ, có ý nghĩa thống kê (Bảng 3.11) 18 Bảng 3.11: Phân tích AMOVA số quần thể chó giới Nguồn biến thiên Giữa nhóm chó Giữa quần thể Tổng bình phƣơng sai khác Độ biến thiên Tỷ lệ phần trăm biến thiên 512,086 0,55663 13 111,69 0,348993 8,15 2538,619 3,37582 78,85 3162,395 4,28145 100 nhóm Trong nội quần thể Tổng cộng Chỉ số F Giá trị P 0,130 0,013 01 69 0,093 69 0,211 52 0 Một điểm đáng ý chó Thái Lan khơng q gần gũi mặt di truyền với chó nhà Việt Nam (Hình 3.13) Khoảng cách di truyền chó lưng xốy Phú Quốc chó Thái Lan lên đến 2,27668, gần gấp lần so với khoảng cách di truyền chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam (0,33899) Đây sở cho phép khẳng định chó lưng xốy Phú Quốc có nguồn gốc từ chó nhà Việt Nam, khơng phải từ chó Thái Lan đốn trước 19 Hình 3.13: Khoảng cách di truyền số giống chó giới 3.3.3.2 Quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam Kết phân tích AMOVA cho thấy chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam khơng có sai khác di truyền đáng kể (Bảng 3.12) Bảng 3.12: Phân tích AMOVA quần thể chó sống Việt Nam Nguồn biến thiên Giữa hai nhóm chó Giữa quần thể nhóm Trong nội quần thể Tổng cộng Tổng bình phƣơng sai khác Độ biến thiên Tỷ lệ phần trăm biến thiên Chỉ số F Giá trị P 21,120 0,19002 4,38 0,04378 0,10655 6,923 -0,04919 -1,13 0,01185 0,84360 818,857 4,19927 96,76 0,03245 0,06647 451,278 4,31726 100% 20 Theo tính tốn Savolainen trước đây, khác biệt nucleotide vùng 582 cặp base DNA ty thể (hay đơn vị khoảng cách di truyền hai quần thể) tương ứng với khoảng 40000 năm Như vậy, xét toàn quần thể chó khảo sát đề tài, với khoảng cách di truyền 0,33899 tiền thân chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam ngày phân hóa từ tổ tiên chung vào khoảng 6780 năm trước 3.3.3.3 Quan hệ di truyền chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam Kiên Giang Sự tương đồng thành phần haplotype hai nhóm chó lưng xốy Phú Quốc chó nhà Việt Nam Kiên Giang, đặc biệt haplotype chung chiếm tỷ lệ cao quần thể cho thấy có tượng chuyển dịch di truyền (gene flow) từ đất liển đảo (Hình 3.14) Hình 3.14: Sự tương đồng haplotype nhóm chó đất liền Kiên Giang nhóm chó đảo Phú Quốc Phân tích phương sai phân tử hai nhóm chó sinh sống khu vực Kiên Giang cho thấy khơng có khác biệt di truyền nhóm chó (Bảng 3.13) 21 Bảng 3.13: Phân tích AMOVA quần thể chó Kiên Giang Nguồn biến thiên Giữa hai nhóm chó Giữa quần thể nhóm Trong nội quần thể Tổng cộng Độ biến thiên Tỷ lệ phần trăm biến thiên Chỉ số F Giá trị P 10,204 0,14484 3,38 0,03383 0,34018 2,970 -0,03645 -0,85 -0,00881 0,52590 438,104 4,17242 97,47 0,02532 0,13392 451,278 4,31726 100% Tổng bình phƣơng sai khác Đáng ý, khoảng cách di truyền chó nhà Việt Nam đất liền Kiên Giang chó lưng xốy Phú Quốc đảo (0,36176) tương tự khoảng cách di truyền chó nhà Việt Nam chó lưng xốy Phú Quốc nói chung (0,33899) Trong đó, khoảng cách di truyền chó nhà Việt Nam chó lưng xốy Phú Quốc đảo nhỏ nhiều (0,07154) Tính theo thời gian hình thành sai khác vùng trình tự 582 cặp base này, thời điểm phân hóa hai giống chó đảo Phú Quốc vào khoảng 1430 năm trước (0,07154 x 40000/2) 3.4 Nhận định nguồn gốc chó lƣng xốy Phú Quốc Dựa kết thu đề tài, với nghiên cứu trước đường di cư chó giới, nguồn gốc hình thành giống chó dingo châu Úc, đặc điểm di truyền tính trạng có xốy lưng, đưa giả thuyết nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc sau: 22 Chó nhà hóa vùng ranh giới Việt Nam – Trung Quốc di cư vùng đất khác hình thành nên đa dạng phân bố rộng giống chó ngày Ngồi nhóm chó di chuyển phía Tây đến châu Âu, nhóm chó di chuyển lên phía Bắc, địa điểm hóa này, nhóm chó di cư phía Nam, tổ tiên chó nhà Việt Nam ngày Trong trình di cư phía Nam, giao phối chó đực chó sói mang haplotype E bổ sung nguồn gen vào vốn gen loài chó Khoảng 6780 năm trước, nhóm chó nhà Việt Nam tách khỏi quần đàn, hình thành quần thể di cư phía Kiên Giang ngày Đến khoảng 1430 năm trước, trình di cư người từ đất liền (tỉnh Kiên Giang ngày nay) mang đồng thời nhóm cá thể chó nhà Việt Nam mang haplotype dòng A, B, C E lên đảo Phú Quốc Những chó khơng có xốy lưng, mang hai allele r nhiễm sắc thể số 18 Tại đây, điều kiện cách ly địa lý, nguồn dinh dưỡng bị hạn chế, allele r bị đột biến thành allele R chó mang haplotype thuộc haplogroup khác Sự phát triển ưu cá thể mang haplotype E, với lai giống cận huyết bị cách ly địa lý, góp phần nâng cao tần suất haplotype E allele R quần thể chó lưng xoáy Phú Quốc 23 KẾT LUẬN – KIẾN NGHỊ I Kết luận Từ 5567 trình tự lưu trữ ngân hàng gen GenBank, xây dựng sở liệu công cụ định loại nhanh haplotype HV1 DNA ty thể chó Đã xây dựng thành cơng quy trình tách chiết DNA từ lơng chó Đã giải trình tự, phân tích biên tập đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể 100 chó lưng xốy Phú Quốc 100 chó nhà Việt Nam Ở chó lưng xốy Phú Quốc, 19 haplotype thuộc haplogroup khác phát hiện, có đến 23 mẫu thuộc haplogroup E Trong đó, chó nhà Việt Nam có 24 haplotype thuộc haplogroup khác phát hiện, có mẫu thuộc haplogroup E Chó lưng xốy Phú Quốc có đa di truyền vùng HV1 DNA ty thể mức cao nhiều so với giống chó khác giới, với độ đa dạng haplotype 0,9042 ± 0,0127 độ đa dạng nucleotide 0,014588 ± 0,007534 Chó lưng xốy Phú Quốc có mối quan hệ di truyền gần gũi với chó nhà Việt Nam, với khoảng cách di truyền 0,33899 quan hệ di truyền xa với chó Thái Lan, với khoảng cách di truyền lên đến 2,27668 Những liệu khoa học nêu bước đầu khẳng định chó lưng xốy Phú Quốc bắt nguồn từ chó nhà Việt Nam khơng bắt nguồn từ chó Thái Lan nhận định trước Các điều 24 kiện tự nhiên đảo Phú Quốc q trình lai gần quần thể khép kín làm xuất nâng cao tần suất allele R haplotype E quần thể, từ dần hình thành nên chó lưng xốy Phú Quốc ngày với đặc tính khả săn mồi tồn tốt điều kiện không thuận lợi II Kiến nghị Để tiến tới công tác bảo tồn nguồn gen chó lưng xốy Phú Quốc, cần mở rộng nghiên cứu thêm mối tương quan haplotype E đặc điểm kiểu hình, đặc điểm di truyền DNA nhân, từ xác định đặc trưng kiểu gen, kiểu hình làm tiêu chí chọn lọc giống CÁC CƠNG TRÌNH CÔNG BỐ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU Thái Kế Quân, Nguyễn Văn Tú, Huỳnh Văn Hiếu, Nguyễn Thành Công, Trần Hồng Dũng (2016), “Quy trình tách chiết DNA đơn giản hiệu từ lơng chó” Tạp chí Sinh học, 38(1): 124-132 Thai Ke Quan, Nguyen Van Tu, Tran Ngoc Trinh, Huynh Van Hieu, Chung Anh Dung, Tran Hoang Dung (2016), “Evaluation of genetic diversity of Phu Quoc ridgeback dogs based on mitochondrial DNA Hypervariable-1 region” Vietnam Journal of Biotechnology, 14(1A): 245-253 (Số đặc biệt Tạp chí Cơng nghệ Sinh học, Việt Nam) Trần Hoàng Dũng, Thái Kế Quân, Nguyễn Thành Công, Huỳnh Văn Hiếu, Chung Anh Dũng (2016), “Phân tích nguồn gốc chó lưng xốy Phú Quốc dựa trình tự vùng D-loop ty thể” Tạp chí Sinh học, 38(2):269-278 Quan Thai Ke, Van-Hieu Huynh, Anh-Dung Chung, Hoang- Dung Tran (2016), “Evaluation of genetic diversity of Vietnamese dogs based on mitochondrial DNA hypervariable-1 region”, Research result, Belgorod State National Research University, Russia 3(9), 45-49 Quan Ke Thai, Dung Anh Chung, Hoang-Dung Tran (2017), “Canis mtDNA HV1 database: a web-based tool for collecting and surveying Canis mtDNA HV1 haplotype in public database”, BMC Genetics 18(1), 60 ... mặt di truyền cá thể Đề tài Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó Phú Quốc trình tự vùng CR (control region) genome ty thể đánh giá đa dạng di truyền vùng CR quần thể chó lưng xốy Phú Quốc, ... trúc gen ty thể chó 1.3.2 Cấu trúc đặc điểm di truyền vùng CR gen ty thể chó Vùng CR DNA ty thể chó bao gồm ba vùng nhỏ, vùng HV1 HV2 hai vùng siêu biến, có tính đa hình cao Trong vùng HV1 thường... định chung vấn đề nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể chó lƣng xốy Phú Quốc - Đoạn trình tự 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể giúp hiểu rõ đa dạng di truyền chó lưng xốy Phú Quốc - Cần tạo liệu