ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM CÁC DÒNG PCV TRÊN ĐÀN HEO TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI BẰNG KỸ THUẬT nPCR

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH *********** BÙI THỊ KIM HẰNG ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM CÁC DỊNG PCV TRÊN ĐÀN HEO TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI BẰNG KỸ THUẬT nPCR LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 10 /2011 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH *********** BÙI THỊ KIM HẰNG ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM CÁC DÒNG PCV TRÊN ĐÀN HEO TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI BẰNG KỸ THUẬT nPCR Chuyên ngành: Thú y Mã số : 60 62 50 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP Hướng dẫn khoa học: PGS.TS NGUYỄN NGỌC HẢI Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 10 / 2011 ĐÁNH GIÁ TÌNH TRẠNG NHIỄM CÁC DỊNG PCV TRÊN ĐÀN HEO TẠI MỘT SỐ TRẠI CHĂN NUÔI BẰNG KỸ THUẬT nPCR BÙI THỊ KIM HẰNG Hội đồng chấm luận văn: Chủ tịch: TS NGUYỄN THỊ PHƯỚC NINH Trường Đại Học Nông Lâm Tp.HCM Thư ký: TS TRẦN THỊ QUỲNH LAN Trường Đại Học Nông Lâm Tp.HCM Phản biện 1: TS NGUYỄN TẤT TOÀN Trường Đại Học Nông Lâm Tp.HCM Phản biện 2: PGS.TS TRẦN THỊ DÂN Hội Thú Y Ủy viên: PGS.TS NGUYỄN NGỌC HẢI Trường Đại Học Nông Lâm Tp.HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH HIỆU TRƯỞNG i LÝ LỊCH CÁ NHÂN Tôi tên Bùi Thị Kim Hằng, sinh ngày 24 tháng 10 năm 1982, Thủ Đức, TP Hồ Chí Minh Con Ơng Bùi Q Đạm Bà Nguyễn Thị Ngụ Tốt nghiệp PTTH năm 2000 Trường PTTH Nguyễn Hữu Huân, thành phố Hồ Chí Minh Tốt nghiệp Đại học chuyên ngành Thú y hệ quy năm 2005 trường Đại học Nơng Lâm, thành phố Hồ Chí Minh Từ tháng 09/2005 – tháng 1/2007 cơng tác phòng thí nghiệm (bộ phận giải phẫu bệnh) thuộc Công ty TNHH chăn nuôi CP Việt Nam Tháng 9/2007 học cao học chuyên ngành Thú y Trường Đại học Nông Lâm, Thủ Đức, thành phố Hồ Chí Minh Tình trạng gia đình: chồng Phạm Hữu Tùng, sinh năm 1972 Năm kết hôn 2005 Con Phạm Hữu Bảo Ngọc, sinh năm 2006 Địa liên lạc: C12/3 Phạm Hùng - Bình Hưng - Bình Chánh, thành phố Hồ Chí Minh Điện thoại: 0903921788 Email: kimhang82@yahoo.com ii LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan công trình nghiên cứu tơi Các số liệu, kết trình bày luận văn trung thực, chưa cơng bố cơng trình khác Được đồng ý người chủ trì đề tài (PGS-TS Nguyễn Ngọc Hải) cho sử dụng số liệu để báo cáo luận văn Bùi Thị Kim Hằng iii LỜI CẢM TẠ Thành kính ghi ơn gia đình tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập Lòng biết ơn sâu sắc gửi đến giáo viên hướng dẫn PGS.TS Nguyễn Ngọc Hải tận tình hướng dẫn, động viên giúp đỡ tơi suốt trình thực đề tài Chân thành cảm ơn: - Ban Giám Hiệu trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh - Phòng Đào Tạo Sau Đại Học - Thầy cô khoa Chăn nuôi Thú Y truyền đạt kiến thức giúp đỡ thời gian học tập trường Chân thành cảm ơn Kỹ sư Võ Khánh Hưng (BM CNSH – Trường ĐHNL) giúp đỡ kiến thức công nghệ sinh học trình thực đề tài Cảm ơn bạn lớp CH Thú y 2007 đoàn kết giúp đỡ tơi q trình học tập iv TĨM TẮT Đề tài “Đánh giá tình trạng nhiễm dòng PCV đàn heo số trại chăn nuôi kỹ thuật nested PCR” tiến hành từ tháng 12/2009 đến tháng 9/2010 số trại chăn nuôi địa bàn tỉnh Đồng Nai TP Hồ Chí Minh Đề tài đánh giá diện dòng PCV heo số trại chăn nuôi 107 mẫu (huyết thanh, hạch bạch huyết phân) từ 91 heo lấy để phát vi rút kỹ thuật PCR với kết ghi nhận sau:  Bằng kỹ thuật PCR phát có lưu hành PCV1 (1,1 %) PCV2 (70,33 %) đàn heo nuôi Đồng Nai TP.Hồ Chí Minh  Kỹ thuật nPCR cho phép xác định dòng PCV2a, PCV2b với tỷ lệ nhiễm tương ứng 1,57 % (1/64) 98,43 % (63/64) - Tỷ lệ phát PCV2b nhóm heo có biểu còi cao (86,49 %) Trên heo khơng có biểu bệnh cho kết dương tính PCV2 cao (55 %) cho thấy PCV2 lây lan rộng đàn heo khu vực phía Nam - PCV2 lây nhiễm nhiều hạng heo Tỷ lệ heo cai sữa dương tính PCV2 75 %, heo thịt 68,42 %, heo nái 55,56 % heo theo mẹ 57,4 % - Các mẫu: huyết thanh, hạch, phân sử dụng chẩn đốn PCV2 cho kết dương tính cao, mẫu hạch cao (100%), mẫu phân 69,39 % huyết 59,18 %  13 chủng PCV2 thu thập nằm subgenotype PCV2b PCV2d - chủng thuộc subgenotype PCV2b có độ tương đồng với cao 99,7 - 100 % - chủng thuộc PCV2d tương đồng 99,5 – 100 % v SUMMARY The title “Evaluating the status of PCV infection in pigs at several farms by nested PCR” was carried out from Dec 2009 to Sep 2010 at some pig farms in Dong Nai province and Ho Chi Minh City 91 pigs with 107 samples (serum, lymph node and feces) were collected to detect PCV by PCR test Results obtained as follows: A total of 91 pigs, PCV1 (1.1 %) and 64 PCV2 (70.33 %) were detected by PCR test  A nested polymerase chain reaction (nPCR) assay to detect and differentiate between PCV2a, PCV2b, accounting 1.57 % (1/64) and 98.43 % (63/64) respectively Prevalence of PCV2b infection on wasting pigs was highest (86.49 %) In pigs without clinical sign, the percentage of PCV2 possitive was so high (55 %) to indicate wide infection of PCV2 in pigs in South of Viet Nam PCV2 infected on many kinds of pig Percentage of suckling pigs, weaned pigs, fattening pigs and sows, which was PCV2 possitive, occupied 57.4 %, 75 %, 68.42 %, and 55.56 %, respectively Among types of samples used to test for PCV2, lymph nodes showed the highest percentage of PCV2 infection (100%), in feces and serum was 69.39 % and 59.18 % respectively  Total 13 PCV2 isolates were designated into two genotypes (PCV2b and PCV2d) with in sequence similarity 99.7 - 100 % and 99.5 – 100 % respectively vi MỤC LỤC CHƯƠNG TRANG Trang tựa Trang chuẩn y i Lý lịch cá nhân ii Lời cam đoan iii Cảm tạ iv Tóm tắt v Mục lục vii Danh sách chữ viết tắt x Danh sách sơ đồ, hình bảng xi 1.MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích 1.3 Yêu cầu 2.TỔNG QUAN 2.1 Giới thiệu chung porcine circovirus 2.1.1 Đặc điểm di truyền PCV1 PCV2 .3 2.1.2 Các kiểu di truyền PCV2 2.2 Hội chứng PMWS 2.2.1 Lịch sử phát bệnh vii 2.2.2 Hội chứng còi heo sau cai sữa PCV2 2.2.3 Sự truyền lây 2.2.4 Bệnh học 2.2.5 Miễn dịch liên quan PCV2 2.2.6 Triệu chứng 12 2.2.7 Bệnh tích 12 2.2.8 Chẩn đoán 13 2.3 Giới thiệu chung nested-PCR .14 2.4 Cơng trình nghiên cứu dòng PCV2 19 3.NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .22 3.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 22 3.2 Đối tượng khảo sát 22 3.3 Nội dung nghiên cứu .22 3.4 Các tiêu theo dõi 22 3.5 Vật liệu dụng cụ 23 3.6 Phương pháp tiến hành 23 3.6.1 Phương pháp thu thập bảo quản mẫu 23 3.6.2 Phương pháp tiến hành phòng thí nghiệm 24 3.7 Giải trình tự gen phân tích đặc tính di truyền dòng vi rút PCV2 28 3.8 Phương pháp xử lý số liệu .29 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 30 4.1Tỷ lệ nhiễm PCV1- PCV2 31 4.1.1 Tỷ lệ nhiễm PCV1 31 4.1.2 Tỷ lệ nhiễm PCV2 33 viii circovirus type in semen with sperm morphologycal analysis fromnaturally infected boars J Vet Diagn Invest., 18: 308-384 63 McIntosh K.A., Harding J.C., Parker S., Ellis J.A., Krakowka S., Allan G., 2008 Quantitative polymerase chain reaction for Porcine circovirus-2 in swine feces in a Porcine circovirus disease-affected commercial herd and a non-affected commercial herd Can Vet Journal, 49: 1189-1194 64 McKeown N.E., Opriessnig T., Thomas P., Guenette D.K., Elvinger F., Fenaux M., Halbur P.G and Meng X.J., 2005 Effects of porcine circovirus type (PCV2) maternal antibodies on experimental infection of piglets with PCV2 Clinical and Diagnostic Laboratory Immunology, 12 (11): 347-1351 65 Meehan B.M., McNeilly, F., Todd, D., Kennedy, S., Jewhurst, V.A., Ellis, J.A., Hassard, L.E., Clark, E.G., Haines, D.M., Allan, G.M., 1998 Characterization of novel circovirus DNA associated with wasting syndromes in pigs J Gen Virology, 79: 2171-2179 66 Meehan B.M., McNeilly, F., McNair I., 2001 Isolation and characterization of porcine circovirus from cases of sow abortion and porcine dermatitis and nephropathy syndrome Arch Virol., 146: 835-842 67 Morozov I., Sirinarumit T., Sorden S.D., Halbur P.G., Morgan M.K, Yoon K.J and Paul P.S.,1998 Detection of a novel strain of porcine circovirus in pigs with postweaning multisystemic wasting syndrome Journal of Clinical Microbiology, 36 (9): 2535–2541 68 Muirhead M., 2005 Post-weaning Multisystemic Wasting Syndrome (PMWS) and Porcine Dermatitis and Nephropathy Syndrome (PDNS) booklet http://www.thepigsite.com 69 Nawagitgul P., Morozov I., Bolin S.R., Harms P.A., Sorden S.D., Paul P.S., 2000 Open reading frame of porcine circovirus type encodes a major capsid protein J Gen Viro., 81: 2281-2287 56 70 Nawagitgul P., Harms P.A., Morozov I., Sorden S.D., and Paul P.S., 2002 Modified indirect PCV2 based and recombant capsid protein (ORF2)based enzyme linkied immunosorbent assays for detection of antibodies to PCV Clinical and diagnostic Lab Immunology, 7: 33-40 71 Olvera A., Cortey M., Segales J., 2007 Molecular evolution of porcine circovirus type genomes: phylogeny and clonality Virology, 357: 175185 72 Opriessnig T., Yu S., Thacker E.L., Halbur P.G., 2004 Derivation of porcine circovirus type 2-negative pigs from positive breeding herds J Swine Health and Production, 12 (4): 186-191 73 Opriessnig T., Halbur P.G., 2006a Transmission of PCV2 through consumption of meat or other products from pigs experimentally infected with PCV2 In Proceedings of the 19th IPVS Congress, Copenhagen, Denmark, July 16 to 19: 164 74 Opriessnig T., McKeown N.E., Zhou E.M., Meng X.J and Halbur P.G., 2006b Genetic and experimental comparison of porcine circovirus type (PCV2) isolates from cases with and without PCV2-associated lesions provides evidence for differences in virulence Journal of General Virology, 87 (10): 2923-2932 75 Opriessnig T., Fenaux M., Thomas P., Hoogland M.J., Rothschild M.F., Meng X.J and Halbur P.G., 2006c Evidence of breed-dependent differences in susceptibility to porcine circovirus type-2-associated disease and lesions Veterinary Pathology, 43: 281-293 76 Opriessnig T., Meng X.J., Halbur P.G., 2007 Porcine circovirus type associated disease: up date on current terminology, clinical manifestations, pathogenesis, diagnosis, and intervention strategies Journal of Veterinary Diagnostic Investigation, 19: 591-615 77 Opriessnig T., Ramamoorthy S., Madson D.M., Patterson A.R., Pal N., Carman S., Meng X.J and Halbur P.G., 2008 Differences in virulence 57 among porcine circovirus type isolates are unrelated to cluster type 2a or 2b and prior infection provides heterologous protection J Gen Virol., 89: 2482-2491 78 Opriessnig T., Patterson A.R., Madson D.M., Pal N., Halbur P.G., 2009 Comparion of efficacy of commercial one dose and two dose PCV2 vaccines using and mixed PRRSV-PCV2-SIV clinical infection model 2-3 months post vaccination Vaccine, 27: 1002-1007 79 Ostanello F., Caprioli A., Di Francesco A., Battilani M., Sala G., Sarli G., Mandrioli L., McNeilly F., Allan G.M and Prosperi S., 2005 Experimental infection of 3-week-old conventional colostrum-fed pigs with porcine circovirus type and porcine parvovirus Veterinary Microbiology, 108: 179-186 80 Ouardani M., Wilson L., Jette R., 1999 Multiplex PCR for detection and typing of porcine circoviruses J Clin Microbiol., 37: 3917–3924 81 Patterson A R and Opriessnig T (2010) Epidemiology and horizontal transmission of porcine circovirus type (PCV2) Animal Health Research Reviews, 11(2): 217–234 82 Pogranichnyy R.M., Yoon K.J., Harms P.A., Swenson S., Zimmerman J.J and Sorden S.D., 2000 Characterization of Immune Response of Young Pigs to Porcine Circovirus Type Infection Viral Immunology, 13 (2): 143153 83 Puvanendiran S., Stone S., Yu W., Jonhson C., Jimenez L.G., Griggs T., Fuentes M., Murtaugh M., Haley C., Wager B., 2008 Differentiating PCV1 and PCV2 infections in swine American Association of Swine Veterinarians: 131-135 84 Rodriguez-Arrioja G.M., Segalés J., Balasch M., Rosell C., Quintana., Folch J.M., Plana-Duran J., Mankertz A., Domingo M., 2000 Serum antibodies to porcine circovirus type and type in pigs with and without PMWS Vet Rec., 146: 762-764 58 85 Rosell C., Segalés J., Plana-Duran J., Balasch M., Rodriguez-Arrioja G.M., Kennedy S., Allan G.M., McNeilly F., Latimer K.S and Domingo M., 1999 Pathological, Immunohistochemical, and In-situ Hybridization Studies of Natural Cases of Postweaning Multisystemic Wasting Syndrome (PMWS) in Pigs Journal of Comparative Pathology, 120 (1): 59-78 86 Segalés J., Sitjar M., Domingo M., Dee S., Del Pozo M., Noval R., Sacristan C., De las Heras A., Ferro A and Latimer K.S., 1997 First report of postweaning multisystemic wasting syndrome in pigs in Spain Veterinary Record, 141: 600-601 87 Segalés J., Allan G.M and Domingo M., 2005 Porcine circovirus diseases Animal Health Research Reviews, (2): 119-142 88 Sibila M., Calsamiglia M., Segalés J., Blanchard P., Badiella L., Dimna L.M., Jestin A., Domingo M., 2004 Use of polymerase chain reaction assay and an ELISA to monitor porcine circovirus type infection in pigs from farm with and without postweaning multisystemic wasting syndrome Am J Vet Res., 65: 88-92 89 Shibata I., Okuda Y., Yazawa S., Ono M., Sasaki T., Itagaki M., Nakajima N., Okabe Y and Hidejima Y., 2003 PCR detection of porcine circovirus type DNA in whole blood, serum, oropharyngeal swab, nasal swab and feces from experimetally infected pigs and field cases Journal of Veterinary Medical Science, 65: 405-408 90 Tischer I., Gelderblom H., Vettermann W., Koch M.A., 1982 A very small porcine virus with circular single-stranded DNA Nature, 295: 64-66 91 Tischer I., Mields W., Wolff D., Vagt M and Girem W., 1986 Studies on epidemiology and pathogenicity of porcine circovirus Arch Virol., 91: 271-276 59 92 Tischer I., Peters D., Rasch R., Pociuli S., 1987 Replication of porcine circovirus: induction by glucosamine and cell cycle dependence Arch Virol., 96: 39-57 93 Wang C., Huang T.S., Huang C.C., Tu C., Jong M.H., Lin S.Y and Lai S.S., 2003 Characterization of porcine circovirus type in Taiwan J Vet Med Sci., 66 (5): 469-475 94 Wellenberg G.J., Stockhofe-Zurwieden N., Boersma W.J.A., de Jong M.F and Elbers A.R.W., 2004 The presence of co-infections in pigs with clinical signs of PMWS in The Netherlands: a case-control study Research in Veterinary Science, 77: 177-184 95 West K H., Bystrom J M., Wojnarowicz C., Shantz N., Jacobson M., Allan G.M., Haines D.M., Clark E.G., Krakowka S., McNeilly F., Konoby C., Martin K., and Ellis J.A , 1999 Myocarditis and abortion associated with intrauterine infection of sows with porcine circovirus Journal of Veterinary Diagnostic Investigation, 11: 530-532 96 Wiederkehr D.D., Sydler T., Buergi E., Haessig M., Zimmermann D., Pospischil A., Brugnera E and Sidler X., 2007 A new emerging genotype subgroup within PCV-2b dominates the PMWS epizooty in Switzerland Vet Microbiol., 136: 27-35 60 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Tỷ lệ heo dương tính PCV2b theo biểu lâm sàng Tabulated statistics: tc, kq Using frequencies in Tổng Rows: tc Columns: kq BT 18 22 45.00 CÒI 100.00 32 13.51 37 86.49 All 40 55.00 VDA All 100.00 10 14 28.57 71.43 27 64 29.67 70.33 Cell Contents: Count 100.00 91 100.00 % of Row Pearson Chi-Square = 9.141, DF = 2, P-Value = 0.010 Likelihood Ratio Chi-Square = 9.555, DF = 2, P-Value = 0.008 * NOTE * cells with expected counts less than 1.1 Tabulated statistics: tc, kq Using frequencies in Tổng Rows: tc All Columns: kq All 18 22 40 45.00 55.00 100.00 32 37 13.51 86.49 100.00 23 54 77 29.87 70.13 100.00 Cell Contents: Count % of Row Pearson Chi-Square = 9.097, DF = 1, P-Value = 0.003 Likelihood Ratio Chi-Square = 9.545, DF = 1, P-Value = 0.002 61 1.2 Tabulated statistics: tc, kq Using frequencies in Tổng Rows: tc Columns: kq All 18 22 40 45.00 55.00 100.00 10 14 28.57 71.43 100.00 22 32 54 40.74 59.26 100.00 All Cell Contents: Count % of Row Pearson Chi-Square = 1.159, DF = 1, P-Value = 0.282 Likelihood Ratio Chi-Square = 1.195, DF = 1, P-Value = 0.274 1.3Tabulated statistics: tc, kq Using frequencies in Tổng Rows: tc All Columns: kq All 32 37 13.51 86.49 100.00 10 14 28.57 71.43 100.00 42 51 17.65 82.35 100.00 Cell Contents: Count % of Row Pearson Chi-Square = 1.585, DF = 1, P-Value = 0.208 Likelihood Ratio Chi-Square = 1.474, DF = 1, P-Value = 0.225 * NOTE * cells with expected counts less than 62 Phụ lục 2: Tỷ lệ mẫu dương tính theo nhóm tuổi Tabulated statistics: tuổi, kq Using frequencies in tổng Rows: tuổi All Columns: kq All 42.86 57.14 100.00 14 26 40 35.00 65.00 100.00 12 12 0.00 100.00 100.00 4 0.00 100.00 100.00 22.22 77.78 100.00 10 40.00 60.00 100.00 44.44 55.56 100.00 27 64 91 29.67 70.33 100.00 Cell Contents: Count % of Row Pearson Chi-Square = 9.570, DF = 6, P-Value = 0.144 Likelihood Ratio Chi-Square = 13.948, DF = 6, P-Value = 0.030 NOTE * cells with expected counts less than 63 Phụ lục 2’: Tỷ lệ mẫu dương tính theo nhóm tuổi 1- 2,5 weeks 4-10 weeks 13-18 weeks >18 weeks Dương tính (+) 42 13 Âm tính (-) 14 Tổng 56 19 Loại heo (tuổi) Kết Tabulated statistics: Tuổi, KQ Using frequencies in Tổng Rows: Tuổi All Columns: KQ All 42.86 57.14 100.00 14 42 56 25.00 75.00 100.00 13 19 31.58 68.42 100.00 44.44 55.56 100.00 27 64 91 29.67 70.33 100.00 Cell Contents: Count % of Row Pearson Chi-Square = 2.143, DF = 3, P-Value = 0.543 Likelihood Ratio Chi-Square = 2.058, DF = 3, P-Value = 0.561 * NOTE * cells with expected counts less than 64 Phụ lục Tabulated statistics: Tuổi, KQ Using frequencies in Tổng Rows: Tuổi All Columns: KQ All 42.86 57.14 100.00 14 42 56 25.00 75.00 100.00 13 19 31.58 68.42 100.00 44.44 55.56 100.00 27 64 91 29.67 70.33 100.00 Cell Contents: Count % of Row Pearson Chi-Square = 2.143, DF = 3, P-Value = 0.543 Likelihood Ratio Chi-Square = 2.058, DF = 3, P-Value = 0.561 * NOTE * cells with expected counts less than 65 Phụ lục : Tỷ lệ phát PCV2b loại mẫu 4.1 Tabulated statistics: Loại mẫu, KQ Using frequencies in Tổng Rows: Loại mẫu 1 All 20 29 49 40.82 59.18 100.00 0.00 100.00 15 34 30.61 69.39 35 72 32.71 67.29 All Columns: KQ Cell Contents: 100.00 49 100.00 107 100.00 Count % of Row Pearson Chi-Square = 5.936, DF = 2, P-Value = 0.051 Likelihood Ratio Chi-Square = 8.641, DF = 2, P-Value = 0.013 4.2 So sánh HThanh-Phân Tabulated statistics: Loại mẫu, KQ Using frequencies in Tổng Rows: Loại mẫu HT (-) (+) All 20 29 49 40.82 Phân All Columns: KQ 15 59.18 34 100.00 49 30.61 69.39 100.00 35 63 98 35.71 64.29 100.00 Cell Contents: Count % of Row Pearson Chi-Square = 1.111, DF = 1, P-Value = 0.292 Likelihood Ratio Chi-Square = 1.114, DF = 1, P-Value = 0.291 66 Phụ lục 5:Các chủng PCV2 phân lập từ Đồng Nai Tp.HC M giải trình tự STT Ký hiệu Nơi phân lập SGCC2M TP.HCM 2010 PCV2d SGCCPL2 TP.HCM 2010 PCV2b DNTBY5 Đồng Nai 2010 PCV2d DNTBY13 Đồng Nai 2010 PCV2b DNTBH21 Đồng Nai 2010 PCV2b DNTBH22 Đồng Nai 2010 PCV2d DNTBH28 Đồng Nai 2010 PCV2d DNTBH34 Đồng Nai 2010 PCV2d DNTBHA2 Đồng Nai 2010 PCV2d 10 DNTBHT2P Đồng Nai 2010 PCV2d 11 DNTB43 Đồng Nai 2010 PCV2b 12 DNTB44 Đồng Nai 2010 PCV2b 13 DNTB47 Đồng Nai 2010 PCV2d 67 Năm phân lập Genotype Phụ lục 6: Các chủng PCV tham chiếu giới (từ ngân hàng gene NCBI) Phụ lục 7: Tính hệ số kappa Có loại trắc nghiệm thống kê thường dùng để kết luận số thống kết xét nghiệm Mức độ thống gọi trị số thống kê Kappa (K) Trị số K biến động từ -1 (không thống nhất) qua zero (thống ngẫu nhiên mà thơi) đến +1 (thống hồn tồn) Thơng thường K từ đến 0,2 nhẹ, 0,2 đến 0,4 = được, 0,4 đến 0,6 = vừa, 0,6 đến 0,8 = nhiều, 0,8 đến = hoàn toàn thống Mẫu huyết Tổng Dương tính Âm tính Mẫu phân Dương tính Âm tính (a) (b) (c) (d) 10 (a+c) (b+d) 68 Tổng 10 (a+b) (c+d) 15 (a+b+c+d) a +d Phù hợp quan sát : a+b+c+d Phù hợp kỳ vọng a : 7+3+3+2 = 0,6 10 x 10 = 15 (c +d) x (b+ d) a+b+c+d Phù hợp kỳ vọng bình quân : = (a + b) x (a+ c) a+b+c+d Phù hợp kỳ vọng d : +2 = 6,67 5x5 = 15 = 1,67 6,67 + 1,67 = 15 55,6 % Phù hợp quan sát – phù hợp kỳ vọng bình quân Trị số kappa: 100 % - Phù hợp kỳ vọng bình quân 69 = 0,1 Phụ lục 8: Tỷ lệ tương đồng trình tự thu Seq-> DNTB DNTB DNTBY DNTBH SGCCPL DNTBH DNTBY SGCCTT DNTBH DNTBH DNTBH DNTBH DNTB 43 44 13 21 T2P 22 28 A2 34 47 DNTB43 ID 1 0.997 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.948 DNTB44 ID 0.997 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.948 DNTBY13 1 ID 0.997 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.948 WB-H-8 DNTBH21 0.997 0.997 0.997 ID 0.997 0.944 0.944 0.944 0.944 0.944 0.944 0.944 0.946 sc-10 SGCCPL2 1 0.997 ID 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.946 0.948 Aust DNTBHT2P 0.946 0.946 0.946 0.944 0.946 ID 1 1 0.997 0.997 hk102 DNTBY5 0.946 0.946 0.946 0.944 0.946 ID 1 1 0.997 0.997 No35 SGCCTT2 0.946 0.946 0.946 0.944 0.946 1 ID 1 0.997 0.997 GER1 DNTBH22 0.946 0.946 0.946 0.944 0.946 1 ID 1 0.997 0.997 JMS DNTBH28 0.946 0.946 0.946 0.944 0.946 1 1 ID 0.997 0.997 SH DNTBHA2 0.946 0.946 0.946 0.944 0.946 1 1 ID 0.997 0.997 S2 DNTBH34 0.946 0.946 0.946 0.944 0.946 0.997 0.997 0.997 0.997 0.997 0.997 ID 0.995 Fd3 DNTB47 0.948 0.948 0.948 0.946 0.948 0.997 0.997 0.997 0.997 0.997 0.997 0.995 ID DK1987PMWS JF MDJ WB-H8 NLControl sc-10 Aust sc-5 SPA1 GER1 JMS 70 SH S2 Fd3 _3 ... C12/3 Phạm Hùng - Bình Hưng - Bình Chánh, thành phố Hồ Chí Minh Điện thoại: 0903921788 Email: kimhang82@yahoo.com ii LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi Các số liệu, kết trình... phức tạp, gây thi t hại lớn kinh tế cho ngành chăn nuôi heo công nghiệp giới vi rút PCV2 xem tác nhân quan trọng gây nên hội chứng Cho đến nay, vi rút có mặt hầu khắp quốc gia, gây thi t hại hàng... đản Chẩn đốn phân biệt bệnh PCV2 so với nguyên nhân khác làm heo còi, suy nhược dinh dưỡng, thi u ăn, thi u nước, 14 loét dày, viêm phổi địa phương, viêm ruột E coli, bệnh hồng lỵ heo, hội chứng