Nghiên cứu cơ chế nhân rộng trong tiến hóa của các gen mã hóa nhân tố phiên mã Nuclear factorYB ở cam ngọt (Citrus sinensis)

Nghiên cứu cơ chế nhân rộng trong tiến hóa của các gen mã hóa nhân tố phiên mã Nuclear factorYB ở cam ngọt (Citrus sinensis) Điều hòa phiên mã là một trong những cơ chế phân tử quan trọng và thiết yếu bậc nhất đối với sinh vật. Nghiên cứu quá trình điều hòa phiên mã tác động đến sự đóngmở hoạt động của gen được xem là chìa khóa để giải quyết các vấn đề liên quan đến tính chống chịu yếu tố bất lợi ở cây trồng. Trình tự đặc hiệu liên kết của phân tử DNA với các yếu tố phiên mã (transcription factor, TF) đóng vai trò trung tâm trong sự điều hòa hoạt động của bộ gen, từ đó có thể tác động đến các quá trình sinh học quan trọng như sự sinh trưởng, phát triển và phản ứng lại kích thích từ tác nhân môi trường. Nuclear factorY (NFY) là một trong những nhóm TF quan trọng và được tìm thấy ở tất cả các loài thực vật. Các nghiên cứu đã chứng minh rằng, NFY không chỉ liên quan đến quá trình sinh trưởng và phát triển ở thực vật mà còn tham gia vào cơ chế đáp ứng với các tác nhân bất lợi. Về cấu trúc, NFY gồm 3 tiểu phần, NFYA, NFYB và NFYC, liên kết với CCAAT trong vùng promoter của các gen mục tiêu để điều chỉnh biểu hiện của chúng. Các hệ gen thực vật thường có các họ đa gen mã hóa mỗi tiểu đơn vị và các gen này được biểu hiện khác nhau trong các mô hoặc các giai đoạn khác nhau. Do đó, các kết hợp tiểu đơn vị khác nhau có thể dẫn đến nhiều phức hợp NFY trong các mô, giai đoạn và điều kiện tăng trưởng khác nhau, cho thấy các chức năng đa dạng của phức hợp này trong thực vật. Gần đây, tiểu phần NFYA (Chu Đức Hà và cs., 2016) và NFYB (Chu Đức Hà và cs., 2017b) cũng đã được công bố ở cam ngọt (C. sinensis) (Xu et al., 2013), một trong những loại cây ăn quả hàng đầu Việt Nam hiện nay. Trong đó, 19 gen mã hóa cho tiểu phần NFYB, ký hiệu là CsNFYB đã được nghiên cứu ở cam ngọt (Chu Đức Hà và cs., 2017b). Với tiểu phần NFYB được nhân rộng như thế nào trong quá trình tiến hóa? Trong số các gen đó, gen nào đóng vai trò quan trọng và tham gia vào quá trình đáp ứng với điều kiện ngoại cảnh bất lợi của cây cam ngọt? Chính vì vậy, chúng tôi đã thực hiện đề tài: Nghiên cứu cơ chế nhân rộng trong tiến hóa của các gen mã hóa nhân tố phiên mã Nuclear factorYB ở cam ngọt (Citrus sinensis).

Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan nghiên cứu trực tiếp thực với hướng dẫn Th.S Chu Đức Hà - phòng Sinh học phân tử, Viện Di truyền Nông nghiệp Th.S Thân Thị Hoa - Trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang Các số liệu kết luận văn trung thực Tôi cam đoan thơng tin, trích dẫn luận văn dẫn nguồn gốc nghiên cứu đầy đủ Nếu sai tơi hồn tồn chịu trách nhiệm Sinh viên Chu Thị Hiền Lương Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A i Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học LỜI CẢM ƠN Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành anh chị cán thuộc phòng Sinh học phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp tạo điều kiện tốt cho suốt thời gian thực tập tốt nghiệp Tơi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Th.S Chu Đức Hà - phòng Sinh học phân tử, Viện Di truyền Nơng nghiệp tận tình bảo, hướng dẫn, giúp đỡ cho tơi suốt q trình thực đề tài hồn thành khóa luận tốt nghiệp Th.S Thân Thị Hoa - ngành Công nghệ Sinh học, trường Đại học Nông - Lâm Bắc Giang hướng dẫn em thời gian thực tập Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn chân thành đến gia đình, bạn bè ln động viên, khích lệ giúp đỡ tơi suốt q trình học tập Sinh viên Chu Thị Hiền Lương Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A ii Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN .i LỜI CẢM ƠN ii MỤC LỤC iii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU v DANH MỤC BẢNG vi DANH MỤC HÌNH vii MỞ ĐẦU 1 Tính cấp thiết đề tài Mục tiêu nghiên cứu Ý nghĩa khoa học thực tiễn 4.1 Ý nghĩa khoa học 4.2 Ý nghĩa thực tiễn CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan yếu tố phiên mã NF-YB 1.1.1 Cấu trúc NF-Y tiểu phần NF-YB 1.1.2 Vai trò NF-YB thực vật 1.2 Tình hình nghiên cứu NF-YB 1.2.1 Tình hình nghiên cứu NF-YB thế giới 1.2.2 Tình hình nghiên cứu NF-YB nước .9 1.3 Vài nét cam .10 1.3.1 Nguồn gốc phân loại cam 10 1.3.2 Đặc điểm cam 11 1.3.3 Vai trò cam 12 1.3.4 Tình hình sản xuất, tiêu thụ cam .14 Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A iii Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 17 2.1 Vật liệu nghiên cứu 17 2.2 Phương pháp nghiên cứu 17 2.2.1 Phương pháp dự đoán hiện tượng lặp gen 17 2.2.2 Phương pháp xác định trị số thay thế đồng nghĩa, trái nghĩa thời điểm lặp gen .18 2.2.3 Phương pháp phân tích vùng bảo thủ .19 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 20 3.1 Kết xác định kiện lặp gen ở họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam .20 3.2 Kết xác định vai trò chọn lọc tự nhiên đến chế nhân rộng họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam 25 3.3 Kết xác định thời điểm tương đối xảy kiện lặp gen ở họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam 29 3.4 Kết phân tích cấu trúc vùng bảo thủ tiểu phần NF-YB ở cam 31 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ .36 Kết luận 36 Đề nghị 36 TÀI LIỆU THAM KHẢO 37 PHỤ LỤC Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A iv Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU Tên viết tắt ABA C CDS CO DNA EU FAO HFM LEC1 Mb NF-Y pI RNA TF USD VIGS Giải thích tiếng Anh Abscisic acid Coulomb Coding sequence Constans Deoxyribonucleic acid European Union Food and Agriculture Organization of the United Nations Histone fold motif Leafy cotyledon Megabyte Nuclear factor Y Isoelectric point Ribonucleic acid Transciption factor United States dollar Virus induced gen silencing Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A v Giải thích tiếng Việt Acid abscisic Culong Chuỗi mã hóa DNA Các thành viên Acid đêoxyribơnucleic Liên minh Châu Âu Tổ chức Lương thực Nông nghiệp Liên Hiệp Quốc Motif gấp khúc histone Leafy cotyledon Megabit Yếu tố phiên mã Y Điểm đẳng điện Axit ribonucleic Yếu tố phiên mã Đô la Mỹ Virus vô hiệu hóa gen Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Kết mức độ tương đồng cặp gen lặp C.sinensis 20 Bảng 3.2 Kết phân tích đặc điểm tiến hóa họ gen CsNF-YB ở C sinensis 26 Bảng 3.3 Đặc tính CsNF-YB .28 Bảng 3.4 Kết phân tích đặc điểm tiến hóa họ gen CsNF-YB ở C sinensis 30 Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A vi Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học DANH MỤC HÌNH Hình 3.1 Mơ hình 3D cặp protein CsNF-YB3/CsNF-YB7 .21 Hình 3.2 Mơ hình 3D cặp protein CsNF-YB9/CsNF-YB17 .22 Hình 3.3 Mơ hình 3D cặp protein CsNF-YB11/CsNF-YB13 22 Hình 3.4 Sự kiện lặp gen họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam 23 Hình 3.5 Phân tích cấu trúc vùng bảo thủ tiểu phần NF-YB ở cam 32 Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A vii Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nơng học MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài Thực vật thích nghi với mơi trường sống nhờ khả điều hòa biểu gen chức Q trình điều hòa biểu gen đóng vai trò quan trọng đáp ứng thực vật với điều kiện bất lợi từ môi trường Các nghiên cứu gần chứng minh điều kiện bất lợi tác động tới tất bước q trình điều hòa hoạt động gen thực vật, bao gồm: điều hòa q trình phiên mã, điều hòa sau phiên mã, điều hòa q trình dịch mã, điều hòa sau dịch mã, điều hòa hoạt động gen thơng qua phân tử RNA khơng mã hóa yếu tố di truyền ngoại sinh Cơ thể thực vật cần điều kiện ngoại cảnh mà người ta thường gọi nhân tố sinh thái, ánh sáng, nhiệt độ, nước, dinh dưỡng để tồn sinh trưởng phát triển tái tạo hệ Những biến đổi nhân tố sinh thái thường có tính chất chu kỳ theo ngày theo mùa năm Điều hòa phiên mã chế phân tử quan trọng thiết yếu bậc sinh vật Nghiên cứu q trình điều hòa phiên mã tác động đến đóng/mở hoạt động gen xem chìa khóa để giải vấn đề liên quan đến tính chống chịu yếu tố bất lợi ở trồng Trình tự đặc hiệu liên kết phân tử DNA với yếu tố phiên mã (transcription factor, TF) đóng vai trò trung tâm điều hòa hoạt động gen, từ có thể tác động đến q trình sinh học quan trọng sinh trưởng, phát triển phản ứng lại kích thích từ tác nhân mơi trường Nuclear factor-Y (NF-Y) nhóm TF quan trọng tìm thấy ở tất lồi thực vật Các nghiên cứu chứng minh rằng, NF-Y không liên quan đến trình sinh trưởng phát triển ở thực vật mà tham gia vào chế đáp ứng với tác nhân bất lợi Về Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học cấu trúc, NF-Y gồm tiểu phần, NF-YA, NF-YB NF-YC, liên kết với -CCAAT- vùng promoter gen mục tiêu để điều chỉnh biểu chúng Các hệ gen thực vật thường có họ đa gen mã hóa tiểu đơn vị gen biểu khác mô hoặc giai đoạn khác Do đó, kết hợp tiểu đơn vị khác có thể dẫn đến nhiều phức hợp NF-Y mô, giai đoạn điều kiện tăng trưởng khác nhau, cho thấy chức đa dạng phức hợp thực vật Gần đây, tiểu phần NF-YA (Chu Đức Hà cs., 2016) NF-YB (Chu Đức Hà cs., 2017b) công bố ở cam (C sinensis) (Xu et al., 2013), loại ăn hàng đầu Việt Nam Trong đó, 19 gen mã hóa cho tiểu phần NF-YB, ký hiệu CsNF-YB nghiên cứu ở cam (Chu Đức Hà cs., 2017b) Với tiểu phần NF-YB nhân rộng trình tiến hóa? Trong số gen đó, gen đóng vai trò quan trọng tham gia vào q trình đáp ứng với điều kiện ngoại cảnh bất lợi cam ngọt? Chính vậy, chúng tơi thực đề tài: "Nghiên cứu chế nhân rộng tiến hóa gen mã hóa nhân tố phiên mã Nuclear factor-YB cam (Citrus sinensis)" Mục tiêu nghiên cứu Kết nghiên cứu cung cấp liệu quan trọng để phân tích chế tiến hóa họ gen mă hóa NF-YB ở cam nói riêng thực vật nói chung Nội dung nghiên cứu - Xác định kiện lặp gen ở họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam - Xác định vai trò chọn lọc tự nhiên đến chế nhân rộng họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học - Xác định thời điểm tương đối xảy kiện lặp ở họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam - Phân tích cấu trúc vùng bảo thủ tiểu phần NF-YB ở cam Ý nghĩa khoa học thực tiễn 4.1 Ý nghĩa khoa học Kết nghiên cứu nhằm cung cấp hiểu biết chế tiến hóa họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB nói riêng TF NF-Y nói chung ở đối tượng cam thực vật 4.2 Ý nghĩa thực tiễn Kết nghiên cứu cung cấp gen ứng viên có vai trò quan trọng trình đáp ứng với điều kiện ngoại cảnh bất lợi Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Nơng học Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A Khoa 34 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nơng – Lâm Bắc Giang Khoa Nơng học Hình 3.5 Phân tích cấu trúc vùng bảo thủ tiểu phần NF-YB ở cam Khóa luận tốt nghiệp Chu Thị Hiền Lương –35D – CNSH4A Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nơng học Trình tự bảo thủ tiểu phần NF-YB ở C sinensis ghi nhận ở S bicolor lồi thực vật khác Phân tích trình tự bảo thủ tách biệt họ NF-YB ở cam thành nhóm với có mặt gốc axit amin quan trọng Một số chuỗi axit amin, leucine - proline, asparagine, arginine, alanine - lysine, valine - glutamine, axit glutamic, leucine, serine, alanine, tyrosine, tìm thấy cấu trúc thành viên tiểu phần NF-YB ở cam Trước đó, axit amin chứng minh đóng vai trò quan trọng trình bám DNA tương tác với tiểu phần NF-YA NF-YC Những dẫn liệu cho thấy NF-YB khơng thực có chức cấu thành TF NF-Y mà có thể đóng vai trò trình sinh trưởng phát triển ở cam Theo nghiên cứu Quach, T N cộng (2015), đơn vị NF-YB đặc trưng bởi vùng tương tác NF-YA NF-YC bảo tồn miền liên kết DNA (Quach et al., 2015) Cơ cấu trình tự NF-YB liên quan đến mơ hình gấp histone histone H 2B (Mantovani, 1999) Histone có miền bảo tồn HFM 65-amino acid có nhận dạng chuỗi thấp có tương đồng cấu trúc cao Trong Arabidopsis, bề mặt kết hợp heterodimer NF-YB/NF-YC cần thiết cho tương tác với tiểu đơn vị NF-YA dịch chuyển phức hợp vào hạt nhân (Hackenberg et al., 2012b) Các dư lượng cần thiết cho tương tác tiểu đơn vị liên kết DNA bảo tồn cao số protein GmNF-YB ngoại trừ thay đổi tương đối dư lượng chức tương tự Arginine (R 55) aspartate (D 65) cho đóng vai trò quan trọng tương tác protein có liên kết hydro phân tử HFM (Hackenberg et al., 2012b, Romier et al., 2003) Những cặp arginineaspartate bảo toàn cao qua tiến hóa ở hầu hết lồi thực vật động vật quan trọng tương tác subunit NF-YB Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 36 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học NF-YC (Hackenberg et al., 2012b, Romier et al., 2003) Chúng diện tất protein NF-YB đậu nành ngoại trừ GmNF-YB16 GmNFYB22 có xóa bỏ miền có thể khơng thể hình thành phức hợp NF-Y Với số lượng GmNF-YB gần ba lần số GmNF-YA GmNF-YC khoảng gấp hai lần gen tương ứng ở Arabidopsis có thể protein GmNF-YB trải qua thay đổi chức lớn Các protein NF-YB có thể gán cho số nhóm chức Nhóm D chứa protein có liên quan mật thiết đến lúa mì TaNFYB3 điều chỉnh quang hợp (Stephenson et al., 2007), Arabidopsis AtNFYB2 AtNF-YB3, lúa OsHAP3S kiểm soát thời gian hoa Điều đáng ngạc nhiên nhiều gen đậu tương biểu nhiều ở nốt cho thấy chúng có thể hoạt động ở nốt sần dinh dưỡng nitơ Các thành viên nhóm E bao gồm GmNF-YB03, GmNF-YB10, GmNF-YB26 GmNFYB30 chia sẻ tính tương đồng với LEC1 LEC1 (AtNF-YB9 AtNFYB6) Tất trình tự có axit α-amino ở vị trí 28 (D 28) yếu tố quan trọng chức LEC1 khơng có mặt tất thành viên khác protein NF-YB chức nhóm LEC1 phát sinh phơi thai báo hiệu ABA (Warpeha et al., 2007) Các nhà khoa học giống LEC1 có chức bảo tồn sinh học axit béo sản xuất dầu hạt ở Brassica napus (Liang et al., 2014, Xu et al., 2014) Nhóm F tạo thành cụm rễ / nốt biểu khác biệt gen NFYB tương đồng với L japonicus protein LjNF-YB1, với LjNF-YA1 điều chỉnh phân chia tế bào vỏ não, bước khởi đầu cho hình thành quan nốt sưng (Soyano et al., 2013) Đáng ngạc nhiên, phần lớn gen khác biệt nốt sần Rhizobium gây nhóm bị kìm hãm Lồi Arabidopsis gần nhất, AtNF - YB1, gen quan trọng điều chỉnh khả chịu hạn (Nelson et al., 2007) Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 37 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học Từ nghiên cứu lúa miến, 33 protein SbNF-Y liên kết sử dụng ClustalX 2.0.10 lộ ràng buộc lĩnh vực cho SbNF-YA, SbNF-YB protein SbNF-YC DNA bảo tồn, protein SbNF-Y có khu vực bảo tồn cao bên cạnh trình tự khơng bảo tồn chủ yếu báo cáo thành viên Arabidopsis NF-Y (Siefers et al., 2009) Các trình tự vùng lõi peptide SbNF-YA đánh giá cao bảo tồn so với SbNF-YB SbNFYC Các nghiên cứu cấu trúc chức cho thấy protein NF-YA bị hạn chế mặt tiến hóa so với protein NF-YB hoặc NF-YC đột biến vùng pentamer làm hoàn toàn hoặc gần hoàn toàn ràng buộc NF-Y Protein NF-YA, bao gồm hai lĩnh vực bảo tồn cao ở tất sinh vật đáy tốt nghiên cứu ngày (Laloum et al., 2013) Nhóm bảo tồn 20 axit amin tiết lộ nghiên cứu hệ thống nấm men động vật có vú tạo thành ống xoắn alpha thấy cần thiết cho tương tác với NF-YB NF-YC (Mantovani, 1999) Miền lân cận 21 axit amin, tách biệt với miền bởi chuỗi liên kết bảo tồn, yêu cầu cho ràng buộc cụ thể với hộp CCAAT Khác với lĩnh vực bảo tồn, protein NF-YA thực vật có nhiều kích cỡ cấu trúc khác protein NF-YA lúa miến Các lĩnh vực bảo tồn đặt ở cuối C protein ở động vật có vú chúng có mặt ở trung tâm NF-YA Ba histidine ba chất arginine biết đến chủ yếu cần thiết cho gắn kết DNA trường hợp động vật có vú NFYA quan sát thấy bảo tồn cao ở tất tám SbNF-YA protein Tương tự ở Arabidopsis, Brachypodium lúa mì dư lượng bảo tồn quan sát thấy (Cao et al., 2011, Siefers et al., 2009, Stephenson et al., 2007) Các tiểu đơn vị NF-YB NF-YC ngược lại xem làm cho liên kết DNA với vùng lân cận trình tự CCAAT bảo tồn lỏng lẻo so với NF-YA Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 38 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Kết luận Đã xác định cặp gen lặp, CsNF-YB11/CsNF-YB13, CsNFYB3/CsNF-YB7 CsNF-YB9/CsNF-YB17, họ gen mã hóa NF-YB cam Hiện tượng chuyển lặp vùng cận đầu tận nhiễm sắc thể khác chế kiện lặp gen Các cặp gen lặp giữ nguyên toàn vẹn cấu trúc gen áp lực chọn lọc tự nhiên, CsNF-YB3/CsNF-YB7 CsNFYB11/CsNF-YB13 xảy trước C sinensis tiến hóa nên hai gen lặp chức năng, CsNF-YB9/CsNF-YB17 giữ chức kiện xảy sau C sinensis tiến hóa Cấu trúc bảo thủ NF-YB ở cam chứa cấu trúc vùng bám DNA, tương tác với tiểu phần NF-YA NF-YC Sự có mặt số axit amin bảo thủ cho thấy NF-YB đóng vai trò cấu trúc TF NF-Y có thể tham gia vào số trình sinh lý ở cam Đề nghị Cần tiếp tục nghiên cứu chức gen mã hóa NF-YB ở cam liên quan đến tính chống chịu điều kiện ngoại cảnh bất lợi Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 39 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng việt Chu Đức Hà, Lê Thị Thảo, Lê Quỳnh Mai, Phạm Thị Lý Thu (2017a), Xác định các gen mã hóa Nuclear factor-YB sắn (Manihot esculenta Crantz) cơng cụ tin sinh học, Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học Tự nhiên Công nghệ, Tập 33, Số 1S (2017) 133-137 Chu Đức Hà, Nguyễn Thu Trang, Đoàn Thị Hải Dương, Vũ Thị Thu Hiền, Nguyễn Văn Giang, Phạm Thị Lý Thu, Lê Tiến Dũng (2017b), Phân tích in silico họ gen mã hóa yếu tố phiên mã Nuclear factor-YB cam (Citrus sinensis), Tạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam, 3(76), trang 22-26 Lê Xuân Thanh (2008), Giáo tŕnh ăn quả, Nhà xuất Nông nghiệp Tài liệu tiếng anh Chu Duc Ha, Le Quoc Oai, Nguyen Van Giang, Pham Thi Ly Thu, Le Hung Linh (2016), Insight into the Nuclear factor-YA transcription factor family in sweet orange (Citrus sinensis), J Vietnam Agri Sci Tech, 1(2), tr 26-31 Cao S., Kumimoto R W., Siriwardana C L., Risinger J R., Holt B F., 3rd (2011) Identification and characterization of NF-Y transcription factor families in the monocot model plant Brachypodium distachyon PloS one, 6(6):e21805 Dorn A., Bollekens J., Staub A., Benoist C., Mathis D (1987) A multiplicity of CCAAT box-binding proteins 50(6):863-872 Feng Z.-J., He G.-H., Zheng W.-J., Lu P.-P., Chen M., Gong Y., Ma Y.-Z., Xu Z.-S (2015) Foxtail millet NF-Y families: genome-wide survey and evolution analyses identified two functional genes important in abiotic stresses Frontiers in Plant Science Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 40 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học Fornari M., Calvenzani V., Masiero S., Tonelli C., Petroni K (2013) The Arabidopsis NF-YA3 and NF-YA8 genes are functionally redundant and are required in early embryogenesis PloS one, 8(11):e82043 Gasteiger E., Gattiker A., Hoogland C., Ivanyi I., Appel R D., Bairoch A (2003) ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis Nucleic acids research, 31(13):3784-3788 Gaut B S., Morton B R., McCaig B C., Clegg M T (1996) Substitution rate comparisons between grasses and palms: synonymous rate differences at the nuclear gene Adh parallel rate differences at the plastid gene rbcL 93(19):10274-10279 Goodstein D M., Shu S., Howson R., Neupane R., Hayes R D., Fazo J., Mitros T., Dirks W., Hellsten U., Putnam N., Rokhsar D S (2012) Phytozome: A comparative platform for green plant genomics Nucleic acids research, 40(Database issue):D1178-D1186 Hackenberg D., Keetman U., Grimm B (2012a) Homologous NF-YC2 subunit from Arabidopsis and tobacco is activated by photooxidative stress and induces flowering International journal of molecular sciences, 13(3):3458-3477 10 Hackenberg D., Wu Y., Voigt A., Adams R., Schramm P., Grimm B (2012b) Studies on differential nuclear translocation mechanism and assembly of the three subunits of the Arabidopsis thaliana transcription factor NF-Y Molecular plant, 5(4):876-888 11 Hall T A (1999) BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT Nucleic Acids Symp Ser, 41(95-98 12 Han X., Tang S., An Y., Zheng D C., Xia X L., Yin W L (2013) Overexpression of the poplar NF-YB7 transcription factor confers drought Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 41 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học tolerance and improves water-use efficiency in Arabidopsis Journal of experimental botany, 64(14):4589-4601 13 Hurst L D (2002) The Ka/Ks ratio: diagnosing the form of sequence evolution Trends in genetics : TIG, 18(9):486 14 Kumar S., Stecher G., Tamura K (2016) MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets Molecular biology and evolution, 33(7):1870-1874 15 Laloum T., De Mita S., Gamas P., Baudin M., Niebel A (2013) CCAAT-box binding transcription factors in plants: Y so many? Trends in plant science, 18(3):157-166 16 Larkin M A., Blackshields G., Brown N P., Chenna R., McGettigan P A., McWilliam H., Valentin F., Wallace I M., Wilm A., Lopez R., Thompson J D., Gibson T J., Higgins D G (2007) Clustal W and Clustal X version 2.0 Bioinformatics (Oxford, England), 23(21):2947-2948 17 Li J., Zhang Z., Vang S., Yu J., Wong G K.-S., Wang J (2009) Correlation Between Ka/Ks and Ks is Related to Substitution Model and Evolutionary Lineage 68(4):414-423 18 Li S., Li K., Ju Z., Cao D., Fu D., Zhu H., Zhu B., Luo Y (2016) Genome-wide analysis of tomato NF-Y factors and their role in fruit ripening BMC genomics, 17(1):36 19 Li W.-X., Oono Y., Zhu J., He X.-J., Wu J.-M., Iida K., Lu X.-Y., Cui X., Jin H., Zhu J.-K (2008) The Arabidopsis NFYA5 Transcription Factor Is Regulated Transcriptionally and Posttranscriptionally to Promote Drought Resistance 20(8):2238-2251 20 Li X Y., Mantovani R., Hooft van Huijsduijnen R., Andre I., Benoist C., Mathis D (1992) Evolutionary variation of the CCAAT-binding transcription factor NF-Y 20(5):1087-1091 Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 42 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học 21 Liang M., Yin X., Lin Z., Zheng Q., Liu G., Zhao G (2014) Identification and characterization of NF-Y transcription factor families in Canola (Brassica napus L.) Planta, 239(1):107-126 22 Librado P., Rozas J (2009) DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data Bioinformatics (Oxford, England), 25(11):1451-1452 23 Malviya N., Jaiswal P., Yadav D (2016) Genome- wide characterization of Nuclear Factor Y (NF-Y) gene family of sorghum Sorghum bicolor (L.) Moench: a bioinformatics approach Physiology and molecular biology of plants : an international journal of functional plant biology, 22(1):33-49 24 Mantovani R (1999) The molecular biology of the CCAAT-binding factor NF-Y Gene, 239(1):15-27 25 Mantovani R (1998) A survey of 178 NF-Y binding CCAAT boxes Nucleic acids research, 26(5):1135-1143 26 Mantovani R., Li X Y., Pessara U., Hooft van Huisjduijnen R., Benoist C., Mathis D (1994) Dominant negative analogs of NF-YA The Journal of biological chemistry, 269(32):20340-20346 27 Mei X., Liu C., Yu T., Liu X., Xu D., Wang J., Wang G., Cai Y (2015) Identification and characterization of paternal-preferentially expressed gene NF-YC8 in maize endosperm Molecular genetics and genomics : MGG, 290(5):1819-1831 28 Miyoshi K., Ito Y., Serizawa A., Kurata N (2003) OsHAP3 genes regulate chloroplast biogenesis in rice The Plant journal : for cell and molecular biology, 36(4):532-540 29 Nelson D E., Repetti P P., Adams T R., Creelman R A., Wu J., Warner D C., Anstrom D C., Bensen R J., Castiglioni P P., Donnarummo M G., Hinchey B S., Kumimoto R W., Maszle D R., Canales R D., Krolikowski Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 43 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học K A., Dotson S B., Gutterson N., Ratcliffe O J., Heard J E (2007) Plant nuclear factor Y (NF-Y) B subunits confer drought tolerance and lead to improved corn yields on water-limited acres Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104(42):1645016455 30 Petroni K., Kumimoto R W., Gnesutta N., Calvenzani V., Fornari M., Tonelli C., Holt B F., 3rd, Mantovani R (2012) The promiscuous life of plant NUCLEAR FACTOR Y transcription factors The Plant cell, 24(12):4777-4792 31 Quach T N., Nguyen H T., Valliyodan B., Joshi T., Xu D., Nguyen H T (2015) Genome-wide expression analysis of soybean NF-Y genes reveals potential function in development and drought response Molecular genetics and genomics : MGG, 290(3):1095-1115 32 Romier C., Cocchiarella F., Mantovani R., Moras D (2003) The NFYB/NF-YC structure gives insight into DNA binding and transcription regulation by CCAAT factor NF-Y The Journal of biological chemistry, 278(2):1336-1345 33 Scora R W (1975) On the History and Origin of Citrus 102(6):369-375 34 Siefers N., Dang K K., Kumimoto R W., Bynum W E t., Tayrose G., Holt B F., 3rd (2009) Tissue-specific expression patterns of Arabidopsis NF-Y transcription factors suggest potential for extensive combinatorial complexity Plant physiology, 149(2):625-641 35 Sorin C., Declerck M., Christ A., Blein T., Ma L., Lelandais-Briere C., Njo M F., Beeckman T., Crespi M., Hartmann C (2014) A miR169 isoform regulates specific NF-YA targets and root architecture in Arabidopsis The New phytologist, 202(4):1197-1211 Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 44 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học 36 Soyano T., Kouchi H., Hirota A., Hayashi M (2013) NODULE INCEPTION Directly Targets NF-Y Subunit Genes to Regulate Essential Processes of Root Nodule Development in Lotus japonicus 9(3):e1003352 37 Stephenson T J., McIntyre C L., Collet C., Xue G P (2007) Genomewide identification and expression analysis of the NF-Y family of transcription factors in Triticum aestivum Plant molecular biology, 65(12):77-92 38 Thirumurugan T., Ito Y., Kubo T., Serizawa A., Kurata N (2008) Identification, characterization and interaction of HAP family genes in rice Molecular genetics and genomics : MGG, 279(3):279-289 39 Thompson J., Gibson T., Plewniak F., Jeanmougin F., Higgins D (1997) The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools 25(4876 - 4882 40 Thompson J D., Gibson T J., Higgins D G (2002) Multiple sequence alignment using ClustalW and ClustalX Current protocols in bioinformatics/editoral board, Andreas D Baxevanis [et al], Chapter (Unit 2.3) 41 Warpeha K M., Upadhyay S., Yeh J., Adamiak J., Hawkins S I., Lapik Y R., Anderson M B., Kaufman L S (2007) The GCR1, GPA1, PRN1, NF-Y Signal Chain Mediates Both Blue Light and Abscisic Acid Responses in Arabidopsis 143(4):1590-1600 42 Xu L., Lin Z., Tao Q., Liang M., Zhao G., Yin X., Fu R (2014) Multiple NUCLEAR FACTOR Y transcription factors respond to abiotic stress in Brassica napus L PloS one, 9(10):e111354 43 Xu Q., Chen L L., Ruan X., Chen D., Zhu A., Chen C., Bertrand D., Jiao W B., Hao B H., Lyon M P., Chen J., Gao S., Xing F., Lan H., Chang J W., Ge X., Lei Y., Hu Q., Miao Y., Wang L., Xiao S., Biswas M K., Zeng W., Guo F., Cao H., Yang X., Xu X W., Cheng Y J., Xu J., Liu J H., Luo Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 45 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Khoa Nông học O J., Tang Z., Guo W W., Kuang H., Zhang H Y., Roose M L., Nagarajan N., Deng X X., Ruan Y (2013) The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis) Nature genetics, 45(1):59-66 44 Yamamoto A., Kagaya Y., Toyoshima R., Kagaya M., Takeda S., Hattori T (2009) Arabidopsis NF-YB subunits LEC1 and LEC1-LIKE activate transcription by interacting with seed-specific ABRE-binding factors 58(5):843-856 45 Yang W., Lu Z., Xiong Y., Yao J (2017) Genome-wide identification and co-expression network analysis of the OsNF-Y gene family in rice 5(1):21-31 Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 46 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nông – Lâm Bắc Giang Nơng học Khoa PHỤ LỤC Khóa luận tốt nghiệp CNSH4A 47 Chu Thị Hiền Lương – D – Trường Đại học Nơng – Lâm Bắc Giang Khóa luận tốt nghiệp Khoa Nông học Chu Thị Hiền Lương –48D – CNSH4A ... tiến hóa gen mã hóa nhân tố phiên mã Nuclear factor-YB cam (Citrus sinensis)" Mục tiêu nghiên cứu Kết nghiên cứu cung cấp liệu quan trọng để phân tích chế tiến hóa họ gen mă hóa NF-YB ở cam. .. dung nghiên cứu - Xác định kiện lặp gen ở họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam - Xác định vai trò chọn lọc tự nhiên đến chế nhân rộng họ gen mã hóa tiểu phần NF-YB ở cam Khóa luận tốt nghiệp... nhân rộng q trình tiến hóa? Trong số gen đó, gen đóng vai trò quan trọng tham gia vào trình đáp ứng với điều kiện ngoại cảnh bất lợi cam ngọt? Chính vậy, thực đề tài: "Nghiên cứu chế nhân rộng tiến