Ứng Dụng Phương Pháp Phân Tích Dna Góp Phần Chỉnh Lý Tên Chi (Bambusa Schreb.) Cho Ba Loài Tre Và Đánh Giá Đa Dạng Nucleotide Cho Tám Loài Tre Chưa Có Tên Khoa Học (Bambusa Sp.) Ở Việt Nam

Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT VŨ THỊ THU HIỀN ỨNG DỤNG PHƢƠNG PHÁP PHÂN TÍCH DNA GĨP PHẦN CHỈNH LÝ TÊN CHI (BAMBUSA SCHREB.) CHO BA LOÀI TRE VÀ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG NUCLEOTIDE CHO TÁM LỒI TRE CHƢA CĨ TÊN KHOA HỌC (BAMBUSA SP.) Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Số hóa Trung tâm Học liệu http://www.lrc-tnu.edu.vn/ HÀ NỘI - NĂM 201 MỞ ĐẦU Chi tre (Bambusa Schreb.) phân bố rộng rãi khắp nơi Việt Nam Đây nguồn tài nguyên có giá trị nhiều lĩnh vực công nghiệp, gia dụng, cảnh quan, thực phẩm,… Lần vào cuối kỷ XIX, nhà thực vật học người Pháp Balansa (1890) phân loại tre Việt Nam có chi lồi, có lồi Nhưng đến cuối kỷ XX cơng trình phân loại tre Lê Nguyên (1971) Phạm Hoàng Hộ (1972, 1993, 2000) công bố đầy đủ với số lượng lên tới 22 chi 123 lồi Nguyễn Khắc Khơi Nguyễn Thị Đỏ (2005) cơng bố Danh lục lồi tre trúc Việt Nam có 29 chi 127 loài Trong hợp tác nghiên cứu Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam với chuyên gia Trung Quốc cơng bố danh sách lồi chi tre trúc Việt Nam có 25 chi 216 lồi [10], chi tre (Bambusa Schreb.) có 67 lồi, có tới 37 lồi chưa định loại tên lồi (dạng sp aff.)… Bên cạnh Lê Việt Lâm (2008) phát thêm loài mới, lồi chưa xác định tên Hiện nay, việc phân loại đ ương pháp hình thái Tuy nhiên phương pháp đòi hỏi mẫu vật phải có đầy đủ đặc điểm phân loại đặc biệt , hầu hết khơng có đặc điểm quan sinh sản (hoa, quả) chu kỳ hoa tới vài chục năm Hơn số trường hợp, phương pháp phân loại hình thái khó thực nhầm lẫn mẫu mang đặc điểm trung gian đồng hình Khó khăn khơng Việt Nam mà giới Vì vậy, việc định loại tên lồi chi tre nan giải cần có hỗ trợ kỹ thuật phân tích DNA Kỹ thuật phân tích DNA cho kết xác, giúp cho việc phát lồi mới, giải mối nghi ngờ vị trí phân loại, đánh giá đầy đủ tính đa dạng di truyền, chủng loại phát sinh tiến hóa nhiều loài động vật, thực vật vi sinh vật So với phương pháp hình thái phương pháp DNA cho độ xác cao mà khơng lệ thuộc vào yếu tố môi trường Đối với thực vật, hai nhóm gen nhân gen lục lạp (cpDNA) thường sử dụng nghiên cứu tiến hoá, sinh thái phát sinh chủng loại thực vật [26], [33], [41], [46] So với gen nhân gen lục lạp có mức độ bảo thủ việc thay vài nucleotide [34], [36], [39], [44] Nhờ có kỹ thuật này, mà ngân hàng Genbank (2012) lưu giữ 16542 trình tự nucleotide cho phân loại Họ phụ tre (Bambusoideae), có 607 trình tự nucleotide cho chi Bambusa, số nhiều lồi có Việt Nam [24], [25] Đây sở cho nghiên cứu Ở Việt Nam có nhiều cơng trình cơng bố hiệu việc giải mã trình tự số vùng gen giúp cho việc định loại tên loài nhiều đối tượng sinh vật [1], [3], [12], lồi tre có Nguyễn Minh Tâm (2006) sử dụng số thị isozyme để nhận dạng cho hai loài tre Việt Nam Mặc dù, kết thu nhận chưa nhiều sở để ứng dụng phương pháp phân tích DNA góp phần cho nghiên cứu để chỉnh lý tên chi đánh đa dạng nucleotide cho tám lồi tre chưa có tên khoa học (Bambusa Schreb.) Việt Nam Xuất phát từ sở trên, tiến hành nghiên cứu đề tài: “Ứng dụng phƣơng pháp phân tích DNA góp phần chỉnh lý tên chi (Bambusa Schreb.) cho ba loài tre đánh giá đa dạng nucleotide cho tám loài tre chƣa có tên khoa học (Bambusa sp.) Việt Nam”, với mục tiêu sau: - Chỉnh lý tên chi cho ba loài tre: Dùng cầu hai [Bambusa (Lingnania) sp.], Dùng phấn [Bambusa (Lingnania) chungii] Lùng hoá [Bambusa (Lingnania) longissima] thuộc chi Bambusa hay Lingnania - Đánh giá mức độ đa dạng nucleotide cho 08 loài tre chưa có tên khoa học (Bambusa sp.): Bạc mày, Mét ba vì, Mạy cượp, Mạy khơ, Tre đơng khê, Tre lục bình, Tre khơng gai tân an Tre trãi long an CHƢƠNG TỔNG QUAN TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU TRONG VÀ NGOÀI NƯỚC 1.1 Giới thiệu tổng quát chi tre (Bambusa Schreb.) Chi tre có danh pháp khoa học Bambusa Schreb thuộc họ Poaceae Tre phân bố vùng nhiệt đới, nhiệt đới ôn đới Châu Á nơi có số lồi nhiều với 65 chi 900 loài, châu Mỹ 20 chi 45 loài, châu Phi chi loài, châu Đại Dương chi loài, châu Âu khơng có tre Trung Quốc quốc gia chiếm nhiều chi, loài cá thể với 39 chi 500 loài, tiếp đến Nhật Bản 13 chi 237 loài, Việt Nam 25 chi 216 loài, Ấn Độ 23 chi 125 loài,…[10], [18] Cuối kỉ XIX, tre Việt Nam phân loại có chi lồi, có lồi [15] Đến cuối kỷ XX tre Việt Nam có tới 22 chi 123 loài [4], [5], [6] Năm 2005 theo Nguyễn Khắc Khôi Nguyễn Thị Đỏ cho tre Việt Nam có 29 chi 127 lồi [8] Năm 2006, hợp tác nghiên cứu Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam với chuyên gia Trung Quốc lại cơng bố danh sách lồi chi tre trúc Việt Nam có 25 chi 216 lồi [10], chi tre (Bambusa Schreb.) có 67 lồi, có tới 37 lồi chưa định loại tên lồi (dạng sp aff.) Vị trí phân loại chi tre (Bambusa Schreb.) theo phân loại hệ thống cổ điển, tre thuộc: Giới (regnum): Plantae Ngành (division): Magnoliophyta Lớp (classic): Liliopsida Bộ (ordo): Poales Họ (familia): Poaceae Phân họ: Bambusoideae Chi ( genus): Bambusa schreb 1.1.1 Một số đặc điểm sinh học ba lồi cần chỉnh lý tên chi a) Dùng cầu hai (Bambusa (Lingnania) sp.) Thân ngầm mọc cụm, thân khí sinh cao 12-13 cm, đường kính 4-5,8 cm, tròn màu xanh; thân non phủ phấn trắng đốt phía Lóng dài, 50-55 cm, vách dày mm Vòng mo nhô cao, phủ lớp lông màu dày cao mm, phía có vòng phấn trắng cao mm Mỗi đốt thân mang nhiều cành to gần nhau, cỡ mm Bẹ mo hình thang, đáy rộng 21,7 cm, cao 22-27 cm, đáy rộng 11,2 cm, rụng sớm Phiến mo cụp phía sau Tai mo rộng 3,5 cm, cao phía mm; mép ngồi thò dài cm, cao mm, có hàng lơng tua dài cm Lưỡi mo nhỏ cao giữa, cao 1,5 mm, mép có cưa thấp 0,5 mm Phiến hình giáo, dài 22-24 cm, rộng 2,4-2,5 cm, đầu nhọn, gốc tròn hay tim lệch Tai bên to (rộng mm) mang lông dài 1,1 cm; bên nhỏ thấp, mang lông, dài cm Cuống dài mm, rộng mm Măng tháng 6-8 [10] b) Dùng phấn (Bambusa (Lingnania) chungii Mc Clure) Thân ngầm dạng củ, mọc cụm thưa, thân khí sinh đứng thẳng, cong, cao 5-10 (18) m, đường kính 3-5 (7) cm Lóng dài 30-45(100) cm, vách dày 3-5 mm, non phủ dày phấn sáp màu trắng, nhẵn Vòng thân phẳng Mo thân có bẹ mo hình thang, cao 30-35 cm, đáy rộng 23-26 cm, cao 27-30 cm; đáy rộng 5,5-6,5 cm, hai đầu nhô cao; mỏng, cứng; màu vàng nhạt Tai mo hình dải hẹp; mép có lơng mi màu nhạt, dài mảnh có ánh bóng Lưỡi mo cao 1,5 mm Phiến mo hình lưỡi mác hay trứng; đầu nhọn, mép cuộn vào trong; gốc hình tròn thu hẹp; đáy rộng khoảng 1/5 đầu bẹ mo (dài 2,5-3 cm, cao 9-12 cm); màu lục-vàng nhạt Tai mo cao 2-3 mm, dài 2-2,5 cm; mép có hàng lơng thơ cứng, cao 1,2 cm; mặt có lơng mềm dày Sự phân cành phía cao thân, khoảng đốt thứ trở lên; hay nhiều cành, mọc cụm, kích thước gần nhau, nhẵn, có phủ sáp Dùng phấn khác với loài tre khác, đốt mang nhiều cành phát triển từ gốc giống Nứa Phiến hình lưỡi mác đến lưỡi mác dài, già hình dải, dài 10-16 (20) cm, rộng 1-2 cm, hai bên gốc khơng đối xứng, đầu nhọn, gốc tròn hay gần tròn, dày; mặt nháp, phần có lơng; mặt non phủ lơng nhỏ, già nhẵn; gân cấp có 5-6 đơi Thìa lìa mm Tai thấp, có lơng cứng thưa, 5-6 cái, dài 1,5 cm Bẹ nhẵn Măng vào mùa thu [10] c)Lùng hoá (Bambusa (Lingnania) longissima) Thân ngầm mọc cụm dày, thân khí sinh đứng thẳng hay cong; cao 10-20 m, đường kính 6-10 cm Lóng dài 50-80 (100) cm, đơi 140-160 cm, tròn đều; non màu xanh lục, có phấn trắng; già màu xanh vàng, không phấn trắng; vách dày 6-7 mm Mắt nhỏ, tròn, đường kính cm Vòng đốt khơng phình to, khơng có vòng rễ; vòng mo nhơ cao, rộng mm, phía nhiều lơng màu tím dài mm Phân cành từ khoảng º 1/2 thân trở lên, đốt 10-11; nhiều cành gần nhau, góc chia cành 60 Bẹ mo hình chng hay thang, đáy rộng 31 cm, cao 20-30 cm, đáy rộng 7-8 cm Tai mo nhỏ, nhăn nheo, cong, nhiều lơng mi Phiến mo hình tam giác dài, thon, dài 67 cm, rộng 2-3 cm, thường lật phía sau Phiến hình mũi mác-thn hay giáo, dài 18-20 cm, rộng 2,5-3 cm; đầu nhọn, gốc nhọn; mặt màu xanh thẫm, mặt màu xanh nhạt, gân 8-9 đơi Bẹ có lớp lơng vàng nhạt hay bạc nửa phía trên, gân khoảng 18 Tai có 9-10 đơi lơng nhơ ngồi, màu bạc, dài mm Cuống dài mm Ở nơi khơ hạn có kích thước nhỏ (dài 15 cm, rộng cm) [10] 1.1.2 Một số đặc điểm sinh học tám lồi tre chƣa có tên khoa học (Bambusa sp.) a) Bạc mày (Bambusa sp.) Thân ngầm mọc cụm dày, thân khí sinh cao 13-18 m, đường kính 13-15 cm, cong xuống Lóng uốn khúc, dài 26-35 (40) cm; vách dày 2,80-3,00 cm; non có lơng màu nâu, thưa; già nhẵn; vòng đốt khơng phồng, có rễ khí sinh mọc rải rác; đốt có lơng dài 1,4-1,5 mm, màu nâu; phía đốt có vòng lơng tơ vòng mo Phân cành từ đốt 8-10, có vài cành hướng lên; cành dài đốt dài 4-5 m, gốc cành phồng có rễ Bẹ mo hình thang, cao 25-32 cm, có đáy rộng 40-42 cm, đáy rộng 20-22 cm, cao 35-37 cm; mặt lưng có lơng cứng 2/3 phía trên; rụng sớm Tai mo nhỏ Thìa lìa cao 4-6 mm, mép có lơng tua Phiến mo hình tam giác rộng, đáy rộng 3-4 cm, cao 6-8 cm, 1/2 chiều rộng đáy bẹ mo, đầu nhọn; phiến thẳng, tồn Phiến hình lưỡi mác-thn, dài 16-28 cm, rộng 3-4 cm; mặt màu xanh; mặt màu xanh nhạt; gân thứ cấp 9-10; gân ngang nhỏ khơng rõ; mép có lông Bẹ màu vàng Tai cong hình lưỡi liềm, dài 3-5 mm Thìa lìa cao 1mm Mùa măng tháng 7-9 [10] b) Mạy cượp (Bambusa sp.) Thân ngầm mọc cụm dày, 20-30 bụi, mọc sát Thân khí sinh cao 8-10 m, đường kính 8-10 cm, khơng thẳng, uốn cong Lóng dài 34-38 (50) cm, vách dày 2-3 cm; non có lơng màu bạc; vòng đốt nổi, có vòng tròn Phân cành từ gốc thân; đốt có cành to nhiều cành nhỏ, cành dài rủ xuống Bẹ mo hình thang, cao 12-25 cm, đoạn thân phía có đáy rộng 30-36 cm, cao 14-18 cm; đáy lõm, rộng 7-10 cm; mặt ngồi có lơng thưa màu nâu đen Tai mo rộng 3-3,5 cm, cao 2-2,5 cm; mép lượn sóng, có lơng cứng dài mm, thưa Thìa lìa cao mm, có lơng cứng dài mm, rụng lại cưa Phiến mo đáy rộng 33,3 cm, cao 5-5,6 cm, mặt có lơng Phiến hình mũi giáo, dài 23-30 cm, rộng 4,54,8 cm; gốc tù Bẹ cao mm, có lông dài mm, thưa, sớm rụng Cuống dài 2-3 mm c) Mạy khô (Bambusa sp.) Thân ngầm mọc cụm thưa, thân khí sinh cao 13-15 m, đường kính 4-5 (7) cm; lóng dài 20-25 cm, tròn đều, vách dày 2-3 cm Phân cành từ gốc: đốt có cành to nhiều cành nhỏ, nhiều cành nhỏ mọc dày bao quanh thân Bẹ mo hình thn đứng hay hình thang cao 25-32 cm, mép mỏng, có gân mịn dày, đáy lượn sóng, đáy nhỏ cao lõm ngồi; mặt ngồi có lơng màu đen, thưa, sớm rụng Đoạn thân phía bẹ mo có đáy rộng 29-30 cm, cao 20-21 cm, đáy rộng 15-17 cm; đoạn thân phía bẹ mo có đáy rộng 22-26 cm, cao 11-14 cm, đáy rộng 12-13 cm, tai mo bên xuôi xuống nhô ngoài; tai đứng, rộng cm cao cm, có lơng dày dài đến mm, thìa lìa cao mm; có lơng mịn thấp, dài mm Phiến mo đoạn thân phía có đáy rộng 1,5 cm, cao cm; có lơng thưa, ngắn; đoạn thân phía có đáy rộng cm, cao 1,2 cm; có lơng thưa dày, dài đến mm Phiến hình nêm, dài 7,5-8,5 (14) cm, rộng 1,5 (2) cm; gốc bằng, cắt ngang; gân 5-6 đơi Tai có lơng thưa, dài mm Bẹ khơng lơng Cuống dài mm Măng có vào tháng mùa mưa [10] d) Mét ba (Bambusa sp.) Thân ngầm mọc cụm, thân khí sinh cao 9-12 m, đường kính 7-8 cm, cong xuống Lóng dài 30-35 cm, uốn cong; non có lơng thưa; già nhẵn; vách dày 1,5-2,0 cm; vòng đốt cao 6-10 mm, phồng lên với vòng rễ, vòng mo có vòng màu xám, chồi mắt phồng lên Phân cành từ thấp; đốt phía gốc có cành; đốt phía có đến vài cành, cành to dài rõ rệt Bẹ mo hình thang, cao 30-35 cm, có đáy dài 40 cm, cao 30 cm, đáy dài 18 cm Tai mo rõ, có lơng cao 6-8 psbA-trnH khơng giống với lồi tre ngân hàng Genbank vùng gen KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ KẾT LUẬN Đã nhân thành công tất vùng gen với mẫu tre nghiên cứu có kích thước dự đốn (450 bp vùng gen PIF, 1000 bp vùng gen trnL-trnF, 1560 bp vùng gen matK, 680 bp vùng gen psbA-trnH 600 bp vùng gen rpoC2) Khơng có sai khác so sánh trình tự nucleotide mẫu lồi tre phân tích tất năm vùng gen nghiên cứu (giống 100%) So sánh mức độ tương đồng nucleotide ba loài tre cần chỉnh lý tên chi (Dùng cầu hai, Dùng phấn Lùng hố) với lồi thuộc chi Bambusa cơng bố trình tự ngân hàng Genbank cho kết quả: + Mức độ tương đồng nucleotide loài Dùng cầu hai với loài thuộc chi Bambusa Genbank dao động từ 63,6 đến 99,8% vùng gen PIF; 99,2 đến 100% vùng gen psbA-trnH; 99,7 đến 99,9% vùng gen matK từ 98,4 đến 100% vùng gen trnL-trnF + Mức độ tương đồng nucleotide loài Dùng phấn với loài thuộc chi Bambusa Genbank dao động từ 63,6 đến 99,8% vùng gen PIF; 98,7 đến 100% vùng gen psbA-trnH; 99,7 đến 99,9% vùng gen matK từ 98,9 đến 99,9% vùng gen trnL-trnF + Mức độ tương đồng nucleotide loài Lùng hố với lồi thuộc chi Bambusa Genbank dao động từ 63,0 đến 99,9% vùng gen PIF; 99,0 đến 100% vùng gen psbA-trnH; 99,7 đến 99,9% vùng gen matK từ 99,0 đến 99,9% vùng gen trnL-trnF Các kết nhận được, cho ph Bambusa So sánh mức độ đa dạng nucleotide lồi tre chưa có tên khoa học thuộc chi Bambusa với loài thuộc chi Bambusa cơng bố trình tự ngân hàng Genbank cho kết quả: + Mức độ đa dạng nucleotide loài tre dao động từ 0,000 đến 0,002%; từ 0,000 đến 0,003%; từ 0,000 đến 0,005%; từ 0,000 đến 0,011% từ 0,000 đến 0,009% tương ứng với năm vùng gen trnL-trnF, psbA-trnH, matK, rpoC2 PIF + Mức độ đa dạng nucleotide loài với loài thuộc chi Bambusa Genbank dao động từ 0,000 đến 0,005%; từ 0,000 đến 0,003%; từ 0,000 đến 0,005%; từ 0,000 đến 0,011% từ đến 0,571% tương ứng với vùng gen trnL-trnF, psbAtrnH, matK, rpoC2 PIF + Lồi Tre khơng gai tân an cho mức độ đa dạng nucleotide cao năm vùng gen trnL-trnF, psbA-trnH, matK, rpoC2 PIF từ 0,000 đến 0,002%; từ 0,001 đến 0,003%; từ 0,003 đến 0,005%; từ 0,000 đến 0,006% từ 0,005 đến 0,009%, tương ứng + Duy có Tre khơng gai tân an giống với loài Tre trãi long an vùng gen psbA-trnH khơng giống với lồi tre ngân hàng Genbank vùng gen Thông qua kết phân tích phân tử cho phép nhận định lồi Tre khơng gai tân an lồi Việt Nam ĐỀ NGHỊ - Thống viết tên chi Bambusa cho ba loài Dùng cầu hai, Dùng phấn Lùng hóa (bỏ Lingnania) - Để có sở khoa học cho việc xác định tên khoa học cho loài tre dạng sp Việt Nam nói chung lồi khác nói riêng cần phải có kết hợp thật chặt chẽ nhà phân loại học nhà nghiên cứu sinh học phân tử (đặc điểm hình thái với đặc điểm phân tử) - Tiếp tục xác định thêm trình tự số vùng gen để khẳng định tên khoa học cho loài tre dạng sp nghiên cứu Đây sở cho việc xác định tên khoa học loài tre dạng sp khác chi Bambusa nói riêng phân họ tre nói chung (Bambusoideae) TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Lê Trần Bình, Phan Văn Chi, Nơng Văn Hải, Trương Nam Hải, Lê Quang Huấn (2003), Áp dụng kỹ thuật phân tủ nghiên cứu tài nguyên sinh vật Việt Nam, Nxb Khoa Học Kỹ Thuật Hà Nội Hồ Huỳnh Thùy Dương (2008), Sinh học phân tử, Nxb Giáo dục, Hà Nội Vũ Thị Thu Hiền, Lưu Đàm Cư, Đinh Thị Phòng (2009), Xác định trình tự đoạn gen tRNA –Leu cho hai loài D tonkinensis D conchinchinensis phục vụ việc phân loại mẫu vật Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, Tạp chí Cơng nghệ sinh học, (4), tr 471-477 Phạm Hoàng Hộ (1972), Bambusoideae, Cây cỏ miền Nam Việt Nam, Bộ giáo dục, trung tâm học liệu, Sài Gòn, (2), tr 844-869 Phạm Hoàng Hộ (1993), Bambusoideae, Cây cỏ Việt Nam, (3), tr 742-774 Phạm Hoàng Hộ (2000), Bambusoideae, Cây cỏ Việt Nam, Nxb Trẻ, Thành phố Hồ Chí Minh, (3), tr 600-627 Nguyễn Khắc Khôi (2007), Bambusoideae, Danh lục đỏ Việt Nam, Nxb Khoa học tự nhiên Công nghệ, Hà Nội, tr 346-347 Nguyễn Khắc Khôi, Nguyễn Thị Đỏ (2005), Bambusoideae, Danh lục loài thực vật Việt Nam, Nxb Nông Nghiệp, Hà Nội, tr 750-773 Võ Thị Thương Lan (2009), Sinh học phân tử tế bào ứng dụng, Nxb Giáo dục, Hà Nội 10 Nguyễn Hồng Nghĩa (2006), Tre trúc Việt Nam, Nxb Nơng nghiệp, Hà Nội 11 Lê Nguyên (1971), Nhận biết, gây trồng, bảo vệ khai thác tre trúc, Nxb Nông thôn, Hà Nội, tr 75 12 Đinh Thị Phòng, Nguyễn Văn Hùng, Dương Văn Tăng, Trần Thị Việt Thanh, Vũ Thị Thu Hiền (2011), Ứng dụng phương pháp phân tích DNA vào việc định loại mẫu vật quý Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, Proceeding Hội nghị khoa học toàn quốc lần thứ hệ thống Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, tr 195-201 13 Nguyễn Minh Tâm (2006), Đa dạng di truyền hai lồi tre có giá trị kinh tế cao Việt Nam, Báo cáo tổng kết dự án hợp tác với Nhật (IPGRI), Hà Nội TIẾNG ANH 14 Alvarez I., Wendel J F (2003), Ribosomal ITS sequences and plant phylogenetic inference, Mol Phylogenet Evol, 29 (3), pp 34-417 15 Balansa B (1890), Catalogue des Gramine’es de I’ Indo-chine Francaise: Bambuse’es, J Bot Appl, (Desvaux), 4, pp 27-32 16 Baldwin B G., Sanderson M J., Porter J M., Wojciechowski M F., Campbell C S., Donoghue M J (1995), The ITS region of nuclear ribosomal DNA: a valuable source of evidence on angiosperm phylogeny, Ann Missouri Bot Gard, 82, pp 247–277 17 Baldwin B G (1993), Molecular phylogenetics of Calycadenia (Compositae) based on ITS sequences of nuclear ribosomal DNA: chromosomal and morphological evolution reexamined, American Journal Botany, 80, pp 222– 238 18 Biswas S (1995), Diversity and genetic resources of Indian bamboos and the strategies for their conservation, Rao and Rao (eds), Bamboos and Rattan Genetic Resources and Use, IPGRI and INBAR, pp 29-34 19 Chia L C., Fung H L (1980), On the validity of th egenera Sinocalamus McClure and Lingnania McClure, Acta Phytotax Sin, 18, pp 211–216 20 Doyle J J., Doyle J (1987), A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochemical Bulletin, 19, pp 11-15 21 Goh W L., Chandran S., Lin R S., Xia N H., Wong K M (2010), Phylogenetic relationships among Southeast Asian climbing bamboos (Poaceae: Bambusoideae) and the Bambusa complex, Biochemical Systematics and Ecology, 38, pp 764-773 22 Hillils D M., Moitz C., Mable B K (1996), Molecular Systematics, Sinauer Associates, Inc., Second edition 23 Hollingsworth, Graham, Little (2011), Choosing and using a plant DNA barcode, PLoSONE 6, e19254 24 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=Bambusa 25 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=Bambusoideae 26 Kim S C., Chunghee L., Mejias J A (2007), Phylogenetic analysis of chloroplast DNA matK gene and ITS of rDNA sequences reveals polyphyly of the genus Sonchus and new relationships among the subtribe Sonchinae (Asteraceae: Cichorieae), Mol Phylogenet Evol, 44(2), pp 578-597 27 Kress W J., Wurdack K J., Zimmer E A., Lee A., Janzen D H (2005), Use of DNA barcodes to identify flowering plants, Proc Natl Acad Sci USA, 102(23), pp 8369-8374 28 Le Viet Lam (2008), A Taxonomic Revision of the genus Bambusa (PoaceaeBambusoideae) from North Vietnam A thesis submitted for the Degree of Doctoral at the graduate school of the Chinese Academy of Sciences 29 McClure F A (1938), Bambusa ventricosa a new species with a teratological bent, Lingnan Science Journal, 17, pp 57-63 30 Mort M E., Levsen N., Randle R P., Jaarseld E V., Palmer A (2005), Phylogenetics and versification of Cotyledon (Crassulaceae) inferred from 79 nuclear and chloroplast DNA sequences data, American Journal of Botany, 92 (7), pp 1170-1176 31 Mort M E., Soltis D E., Soltis P S., Francisco-Ortega J., Santos-Guerra A (2001), Phylogenetic relationships and evolution of Crassulaceae inferred from matK sequence data, American Journal of Botany, 88, pp 76-91 32 Saitou N., Nei M (1987), The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees, Molecular Biology Evolution, 4, pp 406-425 33 Sang T., Crawford D J., Stuessy T F (1997), Chloroplast DNA phylogeny, reticulate evolution, and biogeography of Paeonia (Paeoniaceae), American Journal of Botany, 84(8), pp 1120 – 1136 34 Sato S., Nakamura Y., Kaneko T., Asamizu E., Tabata S (1999), Complete Structure of the Chloroplast Genome of Arabidopsis thaliana, DNA Research, 6, pp 283-290 35 Shaw J E., Small R L (2005), Chloroplast DNA phylogeny and phylogeography of the North American plums (Prunus subgenus Prunus section Prunocerasus, Rosaceae), American Journal of Botany, 92, pp 2011-2030 36 Son J H., Park K C., Kim T W., Park Y J., Kang J H., Kim N S (2010), Sequence diversification of 45S rRNA ITS, trnH-psbA spacer, and matK genic regions in several Allium species, Genes & Genomics, 32(2), pp 165-172 37 Stapleton C M A., Xia N H (1996), A new combination in Bambusa (Gramineae-ambusoideae), Kew Bull, 52, pp 235–238 38 Sun Y., Xia N., Lin R (2005), Phylogenetic analysis of Bambusa (Poaceae: Bambusoideae) based on internal transcribed spacer sequences of nuclear ribosomal AND, Biochemical Genetics, 43(11-12), pp 12-603 39 Taberlet P., Coissac E., Pompanon F., Gielly L., Miguel C., Valentini A., Vermat T., Corthier G., Brochmann C., Willerslev E (2006), Power and limitations of the chloroplast trnL (UAA) intron for plant DNA barcoding, Nucleic Acid Research, 35, pp 14 40 Tate J A., Simpson B B (2003), Paraphyly of Tarasa (Malvaceae) and diverse origins of the polyploidy species, Systemtatic Botany, 28, pp 723-737 41 Weiguo Z., Yile P., Shihai Z J., Xuexia M., Yongping H (2005), Phylogeny of the genus Morus (Urticales: Moraceae) inferred from ITS and trnL-F sequences, African Journal of Biotechnology, (6), pp 563-569 42 Wu F H., Kan D P., Lee S B., Daniell H., Lee Y W., Lin C C., Lin N S., Lin C S (2009), Complete nucleotide sequence of Dendrocalamus latiflorus and Bambusa oldhamii chloroplast genomes, Tree Physiology 29(6), pp 56 – 847 43 Yang H Q., Sheng P., Zhu L D (2007), Generic delimitations of Schizostachyum and its allies (Gramineae: Bambusoideae) inferred from GBSSI and trnL-Fsequence phylogenies, Taxon, 56 (1), pp 45-54 44 Yang H Q., Yang J B., Peng Z H., Gao J., Yang Y M., Peng S., Li D Z (2008), A molecular phylogenetic and fruit evolutionary analysis of the major groups of the paleotropical woody bamboos (Gramineae: Bambusoideae) based on nuclear ITS, GBSSI gene and plastid trnL-F DNA sequences, Molecular Phylogenetics and Evolution, 48(3), pp 24-809 45 Yang J B., Yang H Q., Li D Z., Wong K M., Yang Y M (2010), Phylogeny of Bambusa and its allies (Poaceae: Bambusoideae) inferred from nuclear GBSSI gene and plastid psbA-trnH, rpl32-trnL and rps16 intron DNA sequences, Taxon, 59 (4), pp 1102-1110 46 Zhang Y J., Ma P F., Li D Z (2011), High-throughput sequencing of six Bamboo Chloroplast genomes: Phylogenetic implications for temperate woody Bamboos (Poaceae: Bambusoideae), Plos one, 6(5) 47 Zhou M B., Lu J J., Zhong H., Liu X M., Tang D Q (2010), Distribution and diversity of PIF-like transposable elements in the Bambusoideae subfamily, Plant Science, 179, pp 257-266 PHỤ LỤC Hình ảnh 11 loài tre nghiên cúu A B C D Ảnh Nguyễn Khắc Khơi, 2012 Hình Dùng cầu hai (Bambusa (Lingnania) sp.) số hiệu K3001 (A:bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) A B C D Hình Dùng phấn (Bambusa (Lingnania) chungii) số hiệu K3002 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) A B C D Hình Lùng hố (Bambusa (Lingnania) longissima) số hiệu K3003 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) A C B D Hình Bạc mày (Bambusa sp.) số hiệu K3004 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) A C B D Hình Mạy cượp (Bambusa sp.) số hiệu K3009 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: lávà D: mo) A C B D Hình Mạy khơ (Bambusa sp.) số hiệu K3010 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) B A C D Hình Mét ba (Bambusa sp.) số hiệu K3007 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) A B C D Hình Tre đơng khê (Bambusa sp.) số hiệu K3012 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) A B C D Hình Tre khơng gai tân an (Bambusa sp.) số hiệu K3014 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) A C B D Hình 10 Tre lục bình (Bambusa sp.) số hiệu K3013 (A: bụicây; B: đoạn thân; C: D: mo) A C B C Hình 11 Tre trãi long an (Bambusa sp.) số hiệu K3015 (A: bụi cây; B: đoạn thân; C: D: mo) PHỤ LỤC Các báo đăng 1) Vũ Thị Thu Hiền, Trần Thị Việt Thanh, Nguyễn Khắc Khơi, Đinh Thị Phòng “Làm sáng tỏ tên khoa học cho số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) Việt Nam dựa sở giải trình tự vùng gen trnL-trnF, psbA-trnH matK” Tạp chí Khoa học Công nghệ, 50 (4), 2012 2) Đinh Thị Phòng, Vũ Thị Thu Hiền, Nguyễn Thị Thuý Hằng, Nguyễn Đăng Tơn, Nơng Văn Hải – “Góp phần xác định tên khoa học dạng biến đổi hình thái cho hai loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) sở giải trình tự gen PIF” Tạp chí Cơng nghệ Sinh học, 10 (3), 2012 3) Đinh Thị Phòng, Vũ Thị Thu Hiền, Trần Thị Việt Thanh, Trần Thị Liễu, Nguyễn Tường Vân, Nguyễn Khắc Khơi – “Góp phần chỉnh lý tên chi cho ba loài tre Việt Nam sở xác định trình tự vùng gen trnL-trnF psbA-trnH” Hội nghị Khoa học toàn quốc nghiên cứu giảng dạy sinh học Việt Nam lần thứ tháng 12, 2012 4) Vũ Thị Thu Hiền, Đinh Thị Phòng, Nguyễn Tường Vân, Nguyễn Khắc Khơi – “Đa dạng nucleotide bốn vùng gen loài tre thuộc chi Bambusa Schreb chưa xác định tên khoa học Hội nghị khoa học Thanh niên lần thứ 12 Viện KH&CNVN; PHỤ LỤC Các mã trình tự đăng ký ngân hàng Genbank STT 10 11 12 13 14 17 18 19 20 21 22 25 26 27 28 29 30 31 32 33 Tên loài Bambusa sp Bambusa chungii Mã hiệu mẫu VNMNB000197 VNMNB000201 VNMNB000202 VNMNB000218 VNMNB000221 VNMNB000222 VNMNB000197 VNMNB000201 VNMNB000202 VNMNB000218 VNMNB000221 VNMNB000222 VNMNB000197 VNMNB000201 VNMNB000202 VNMNB000218 VNMNB000221 VNMNB000222 VNMNB000203 VNMNB000206 VNMNB000212 VNMNB000203 VNMNB000206 VNMNB000212 VNMNB000203 VNMNB000206 VNMNB000212 Vùng gen trnL-trnF psbA-trnH matK trnL-trnF psbA-trnH matK Mã số đăng ký Genbank KC734465 KC734466 KC734467 KC734471 KC734472 KC734473 KC734456 KC734457 KC734458 KC734462 KC734463 KC734464 KC734447 KC734448 KC734449 KC734453 KC734454 KC734455 KC734468 KC734469 KC734470 KC734459 KC734460 KC734461 KC734450 KC734451 KC734452 ... nhận dạng cho hai loài tre Việt Nam Mặc dù, kết thu nhận chưa nhiều sở để ứng dụng phương pháp phân tích DNA góp phần cho nghiên cứu để chỉnh lý tên chi đánh đa dạng nucleotide cho tám lồi tre chưa. .. có tên khoa học (Bambusa Schreb.) Việt Nam Xuất phát từ sở trên, tiến hành nghiên cứu đề tài: Ứng dụng phƣơng pháp phân tích DNA góp phần chỉnh lý tên chi (Bambusa Schreb.) cho ba loài tre đánh. .. giá đa dạng nucleotide cho tám lồi tre chƣa có tên khoa học (Bambusa sp.) Việt Nam , với mục tiêu sau: - Chỉnh lý tên chi cho ba loài tre: Dùng cầu hai [Bambusa (Lingnania) sp.], Dùng phấn [Bambusa