Bước đầu ứng dụng kỹ thuật PCR giải trình tự hỗ trợ định danh một số loài ong ký sinh dựa trên các gen đích 16s rRNA và COI

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP.HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP TÊN ĐỀ TÀI: BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR – GIẢI TRÌNH TỰ HỖ TRỢ ĐỊNH DANH MỘT SỐ LOÀI ONG KÝ SINH DỰA TRÊN CÁC GEN ĐÍCH 16S rRNA VÀ COI KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ GVHD: PGS.TS LÊ HUYỀN ÁI THÚY ThS TRƯƠNG KIM PHƯỢNG SVTH: NGUYỄN DUY HẠNH MSSV: 1153010210 KHÓA: 2011-2015 Tp.Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP.HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP TÊN ĐỀ TÀI: BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR – GIẢI TRÌNH TỰ HỖ TRỢ ĐỊNH DANH MỘT SỐ LOÀI ONG KÝ SINH DỰA TRÊN CÁC GEN ĐÍCH 16S rRNA VÀ COI KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ Chữ ký GVHD GVHD: PGS.TS LÊ HUYỀN ÁI THÚY ThS TRƯƠNG KIM PHƯỢNG SVTH: NGUYỄN DUY HẠNH MSSV: 1153010210 KHÓA: 2011-2015 Tp.Hồ Chí Minh, tháng 05 Năm 2015 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP LỜI CẢM ƠN Trên thực tế thành công không gắn liền với hỗ trợ, giúp đỡ dù hay nhiều, dù trực tiếp hay gián tiếp người khác Trong năm học vừa qua quan tâm, giúp đỡ quý Thầy Cô, gia đình bạn bè em nghĩ em thành công ngày hôm Em xin chân thành cảm ơn cô Lê Huyền Ái Thúy cô Trương Kim Phượng, Người tận tâm bảo giúp đỡ em suốt trình làm đề tài khóa luận Trong thời gian làm việc với cô, em tiếp thu thêm nhiều kiến thức bổ ích mà học tập tinh thần làm việc nghiêm túc, sáng tạo, hiệu từ cô Nếu động viên giúp đỡ cô em nghĩ không hoàn thành khóa luận tốt nghiệp Một lần em xin chân thành cảm ơn cô Em xin gửi lời cảm ơn đến Ban Giám Hiệu nhà trường Đại Học Mở Tp.HCM quý Thầy Cô khoa công nghệ sinh học với tâm huyết kiến thức tận tâm dạy bảo em suốt năm học Bên cạnh em xin gửi lời cảm ơn đến Ban Lãnh Đạo sở Thầy Cô phụ trách phòng thí nghiệm sinh học phân tử tạo điều kiện thuận lợi cho em suốt trình làm đề tài phòng thí nghiệm sở Em không quên gửi lời cảm ơn đến anh chị khóa 2010 bạn bè khóa hỗ trợ em trình làm đề tài Cuối xin cảm ơn Ba Mẹ, Người động viên, giúp đỡ suốt thời gian ngồi ghế nhà trường Trân trọng Tp Hồ Chí Minh, ngà 27 tháng 05 năm 2015 Nguyễn Duy Hạnh SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang i KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT BLAST Basic Local Alignment Search Tool bp Base Pair DNA Deoxyribonucleic Acid NCBI National Center Biotechnology Information PCR Polymerase Chain Reaction rRNA Ribosomal Ribonucleic acid Tm Nhiệt độ nóng chảy COI Cytochrome Oxidase I HTPL Hệ Thống Phân Loại CboL Consortium for Barcode of Life dNTP Deoxyribomucleoside triphotphate IDT OligoAnalyzer Integrated DNA technologies OligoAnalyzer MEGA Molecular Evolutionary Genetics Analysis mtDNA Mitochondrial deoxyribonucleic acid Nucleotide Nucleotide PCR Polymerase Chain Reaction OTUs Operational taxonomic units NJ Neighbour-Joining ML Maximum likelihood MP Maximum parsinomy SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang ii KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP DANH MỤC BẢNG Bảng III.1: Bộ trình tự gen COI gen 16S rRNA loài ong ký sinh thu thập từ nguồn liệu Genbank (NCBI) 31 Bảng III.2 Bộ trình tự kết hợp gen COI 16S rRNA số loài ong ký thu thập từ nguồn liệu GenBank (NCBI) 37 Bảng III.3 Trình tự mồi khảo sát 39 Bảng III.4 Thông số khảo sát cặp mồi CO1490F - CO2198R IDT analyzer 41 Bảng III.5 Thông số khảo sát cặp mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R IDT analyzer 49 Bảng III.6 Kết đo mật độ quang huyền dịch DNA mẫu ong ký sinh 56 Bảng III.7 Kết thiết lập chu kỳ nhiệt PCR khuếch đại vùng gen COI mẫu ong ký sinh 58 Bảng III.8 Kết thiết lập chu kỳ nhiệt PCR khuếch đại vùng gen COI mẫu ong ký sinh 60 Bảng III.9 Mức độ tương đồng trình tự IS1_COI_F với trình tự gen COI NCBI loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae 62 Bảng III.10: Mức độ tương đồng IS2_COI_F với trình tự gen COI NCBI loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae 63 Bảng III.11 Mức độ tương đồng IS1_16S_F với trình tự gen 16S NCBI loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae 64 Bảng III.12 Mức độ tương đồng IS2_16S_F với trình tự gen 16S NCBI loài ong ký sinh thuộc họ Braconidae 65 Bảng III.13 Giá trị Bootstrap phát sinh loài 104 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang iii KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP DANH MỤC HÌNH Hình I.1: Đặc điểm cấu tạo côn trùng Hình I.2 Loài Pimpla thuộc họ Ong Cự Hình I.3 Loài Cotesia thuộc nhóm Ong Kén Nhỏ Hình I.4 Loài Brachymeria podagrica thuộc nhóm Ong Nhỏ Hình I.5 Loài Tricograma thuộc nhóm Ong Mắt Đỏ 10 Hình I.6 Loài Encyrtus aurantii thuộc nhóm Ong Nhảy Nhỏ 10 Hình I.7 Loài Cirrospilus thuộc nhóm Ong Nhỏ Râu Ngắn 11 Hình I.8 Loài Miscogatrinae thuộc nhóm Ong Xanh Nhỏ 11 Hình III.1 Kết Blast mồi CO1490F 42 Hình III.2 Kết Blast mồi CO2198R 42 Hình III.3: Kết kiểm tra vị ví bắt cặp mồi CO1490F - CO2198R với trình tự Venturia Canescens 43 Hình III.4: Kết Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự Cotesia Vestalis 44 Hình III.5: Kết Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự Diachasmimorpha Longicaudata 45 Hình III.6: Kết Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự Macrocentrus Camphoraphilus 46 Hình III.7: Kết Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự Phanerotoma Flava 47 Hình III.8: Kết Blast mồi CO1490F - CO2198R với trình tự Spathius Agrili 48 Hình III.9 Kết Blast mồi 16S_outer_F 50 Hình III.10 Kết Blast mồi 16S_Wb_R 50 Hình III.11 Kết Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự Aphidius gifuensis 51 Hình III.12 Kết Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự Cotesia vestalis 52 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang iv KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình III.13 Kết Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự Diachasmimorpha longicaudata 53 Hình III.14 Kết Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự Macrocentrus camphoraphilus 54 Hình III.15 Kết Blast mồi 16S_outer_F/ 16S_Wb_R với trình tự Spathius agrili 55 Hình III.16 Hình thái ong ký sinh sử dụng tách chiết 56 Hình III.17 Kết khảo sát nhiệt độ lai cặp mồi CO1490F/CO2198R nhiệt độ 57 Hình III.18 Kết khuếch đại vùng gen COI DNA mẫu ong ký sinh IS1 IS258 Hình III.19 Kết khảo sát nhiệt độ lai cặp mồi 16S_outer_F/16S_Wb_R nhiệt độ 59 Hình III.20 Kết khuếch đại vùng gen 16S rRNA DNA mẫu ong ký sinh IS1 IS2 60 Hình III.21 Kết Blast trình tự gen COI mẫu IS1 GenBank 62 Hình III.22 Kết Blast trình tự gen COI IS2 GenBank 63 Hình III.23 Kết Blast trình tự gen 16S rRNA mẫu IS1 GenBank 64 Hình III.24 Kết Blast trình tự gen 16S rRNA mẫu IS2 GenBank 65 Hình III.25 Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FA sản phẩm giải trình tự IS1 67 Hình III.26 Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FB-1 sản phẩm giải trình tự IS1 68 Hình III.27 Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FB-2 sản phẩm giải trình tự IS1 69 Hình III.28 Hiệu chỉnh vùng trình tự IS1_COI_FB-3 sản phẩm giải trình tự IS1 70 Hình III.29 Hiệu chỉnh vùng IS1_COI_FC mẫu IS1 71 Hình III.30 Kết Blast trình tự IS1_COI_F_P 72 Hình III.31 Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FA mẫu IS2 73 Hình III.32 Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FB-1 mẫu IS2 74 Hình III.33 Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FB-2 mẫu IS2 75 Hình III.34 Hiệu chỉnh trình tự IS2_COI_FB-3 mẫu IS2 76 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang v KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình III.35: Hiệu chỉnh vùng IS2_COI_FC mẫu IS 77 Hình III.36 Kết Blast trình tự IS2_COI_F_P NCBI 78 Hình III.37 Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FA (phần đầu trình tự) sản phẩm IS1 80 Hình III.38 Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FB-1 (phần đầu trình tự) sản phẩm IS1 82 Hình III.39 Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FB-2 (phần đầu trình tự) sản phẩm IS1 83 Hình III.40 Hiệu chỉnh trình tự IS1_16S_FC sản phẩm IS1 84 Hình III.41 Kết Blast trình tự IS1_16S_F sau hiệu chỉnh 85 Hình III.42 Hiệu chỉnh trình tự IS2_16S_FA mẫu IS2 86 Hình III.43 Hiệu chỉnh trình tự IS2_16S_FB sản phẩm IS2 88 Hình III.44: Hiệu chỉnh trình tự IS2_16S_FC sản phẩm IS2 89 Hình III.45: Kết Blast trình tự IS2_16S_F sau hiệu chỉnh NCBI 90 Hình III.46 Cây NJ xây dựng từ trình tự dựa gen COI 92 Hình III.47 Cây ML xây dựng từ trình tự dựa gen COI 93 Hình III.48 Cây MP xây dựng từ trình tự dựa gen COI 94 Hình III.49.Cây NJ xây dựng từ trình tự dựa gen 16S rRNA 96 Hình III.50 Cây ML xây dựng từ trình tự dựa gen 16S rRNA 97 Hình III.51 Cây MP xây dựng từ trình tự dựa gen 16S rRNA 98 Hình III.52 Cây NJ xây dựng từ trình tự dựa gen COI gen 16S rRNA 100 Hình III.53: Cây ML xây dựng trình tự dựa gen COI gen 16S rRNA 101 Hình III 54 Cây MP xây dựng trình tự dựa gen COI gen 16S rRNA 102 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang vi KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT ii DANH MỤC BẢNG iii DANH MỤC HÌNH iv ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN I TỔNG QUAN TÀI LIỆU I.1 SƠ LƯỢC VỀ CÔN TRÙNG I.1.1 Khái niệm côn trùng I.1.2 Cấu tạo côn trùng I.1.3 Đặc điểm sinh lý I.2 PHÂN LOẠI CÔN TRÙNG I.3 BỘ CÁNH MÀNG (HYMENOPTERA) I.3.1 Một số họ thuộc Cánh Màng: I.3.1.1 Họ Ong Cự (Icheneumonidae) I.3.1.2 Họ Ong Kén Nhỏ (Braconidae) I.3.1.3 Họ Ong Nhỏ (Chalcididae) I.3.1.4 Họ Ong Mắt Đỏ (Trichogrammatidae) 10 I.3.1.5 Họ Ong Nhảy Nhỏ (Encyrtidae) 10 I.3.1.6 Họ Ong Nhỏ Râu Ngắn (Eulophidae) 11 I.3.1.7 Ong Xanh Nhỏ (Pteromalidae) 11 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang vii KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP I.4 HỌ BRACONIDAE 12 I.5 ĐỊNH DANH CÔN TRÙNG 12 I.6 TỔNG QUAN VỀ GEN COI VÀ GEN 16S rRNA 13 I.6.1 Gen COI 13 I.6.2 Gen 16S rRNA 13 I.7 NGHIÊN CỨU PHÁT SINH LOÀI 14 I.7.1 Phả hệ phân tử nghiên cứu phát sinh loài 14 I.7.2 Các bước xây dựng phát sinh loài 16 I.7.3 Một số phương pháp dựng phát sinh loài 20 I.7.4 Giá trị Bootstrap 21 I.8 Các phương pháp sinh học phân tử 21 I.8.1 PCR (Polymerase Chain Reaction) [3] 21 I.8.2 Điện di 22 I.8.3 Giải trình tự 22 PHẦN II VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 24 II.1 Vật liệu 24 II.1.1 Mẫu Ong ký sinh 24 II.1.2 Dụng Cụ - Thiết Bị - Hóa Chất 24 II.1.2.1 Dụng cụ 24 II.1.2.2 Thiết bị 24 II.1.2.3 Hóa Chất 24 II.1.2.4 Các phần mềm trang web trực tuyến: 25 II.2 Phương pháp nghiên cứu 25 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang viii KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Braconidae: Microgastrinae): combined analysis of four genes, Systematic Entomology 29 (3), pp 371–382 45 Nei M., Kumar S (2000), Molecular evolution and phylogenetics, New York: Oxford University Press 46 Nicolas D et al (2009), Cryptic Species of Parasitoids Attacking the Soybean Aphid communisand (Hemiptera: Binodoxys Aphididae) in Asia:Binodoxys koreanus(Hymenoptera: Braconidae: Aphidiinae), Annals Entomological Society of America, 102(6), pp 925 - 936 47 Niranjan Reddy B P (2011), Basics For The Construction of Phylogenetic trees, webmedcentral, pp 1-13 48 Page R D M., Holmes E C (1998), Molecular evolution: a phylogenetic approach Wiley-Blackwell, pp 417 49 Phillips C B., Vink C J., Blanchet A., Hoelmer K A (2008), Hosts are more important than destinations: What genetic variation in Microctonus aethiopoides(Hymenoptera: Braconidae) means for foreign exploration for natural enemies, Moleculer Phylogenetics and Evolution, 49(2), pp 467-76 50 Procter J.B., Thompson J., Letunic I., Creevey C., Jossinet, F., Barton G.J., (2010), Visualization of multiple alignments, phylogenies and gene family evolution, Nature Methods, pp 16-25 51 Quicke D L J., Achterberg van C (1990), Phylogeny of the subfamilies of the family Braconidae (Hymenoptera: Ichneumonoidea), Zoologische VerhadeLingen, 258, pp 1-95 52 Raghavendra K., Cornel A J., Reddy B P N., Collins F H., Nanda N., Chandra D., Verma V., Dash A P., Subbarao S K., (2009), Multiplex PCR assay and phylogenetic analysis of sequences derived from D2 domain of 28S rDNA distinguished members of the Anopheles culicifacies complex into two groups, A/D and B/C/E, Infection Genetics and Evolution, pp 271-277 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 112 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP 53 Razowski J., Tarcz S., Wojtusiak J., Pelz V (2013), Reassessment of the systematic position of Orthocomotis Dognin (Lepidoptera: Tortricidae) based on molecular data Folia Biologica, 61, pp 125-134 54 Razowskis J., Jzrcz S (2004), Molecular Variability of the COI fragment Supports the Systematic Position of Enarmoniini within the Subfamily Olethreutinae (Lepidoptera: Tortricidae) Fobia biologica, 62 (2), pp 91- 55 Schroeder H., Degen B (2008) Genetic structure of the green oak leaf roller (Tortrix viridana L.) and one of its hosts Quercus robur L For Ecol Manage 256, pp 1270-1279 56 Simon C., Frati F., Beckenbach A., Crespi B., Liu H., Flook P (1994), Evolution, weighting, and phylogenetic utility of mitochondrial gene sequences and a compilation of conserved polymerase chain reaction primers, Annals Entomologica Society America, 87, pp 651–701 57 Van de Peer Y., De Wachter R., (1997), Construction of evolutionary distance trees with TREECON for Windows: accounting for variation in nucleotide substitution rate among sites Computer Applications in the Biosciences, 13, pp 227-230 58 Walker A K., Kitching I J., Austin A D (1990), A reassessment of the phylogenetic relationships within the Microgastrinae (Hymenoptera: Braconidae), Cladistics, 6, pp 291–306 59 Whitfield J B (1997b), Molecular and morphological data suggest a single origin of the Polydnaviruses among braconid wasps, Naturwissenschaften, 84, pp 502–507 60 Yu Dicky S., van Avhterberg K., Klaus Horsmann (2005), World Ichneumonoidea 2004: Taxnomy, biology, morphology and distrib Tài liệu internet: 61 http://bugguide.net/node/view/12325 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 113 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP PHẦN V Phụ lục: V.1 Hệ thống phân loại chia lớp côn trùng làm 31 bộ: Lớp phụ cánh (Apterygota) Bộ đuôi nguyên thuỷ(Protura) Bộ đuôi bật (Collembola) Bộ đuôi (Diplura) Bộ đuôi (Thysanura) Lớp phụ có cánh (Pterygota) Bộ phù du (Ephemerida) Bộ chuồn chuồn (Odonata) Bộ gián (Blattaria) Bộ bọ ngựa (Mantodea) Bộ cánh (Isoptera) Bộ chân dệt (Embioptera) Bộ cánh úp (Plecoptera) Bộ bọ que (Phasmida) Bộ cánh thẳng (Orthoptera) Bộ cánh da (Dermaptera) Bộ có (Corrodentia) Bộ ăn lông (Mallophaga) Bộ rận (Anoplura) Bộ cánh tơ(Thysanoptera) Bộ cánh nửa (Hemiptera) Bộ cánh (Homoptera) Bộ cánh cứng (Coleoptera) Bộ cánh quấn (Strepsiptera) Bộ cánh rộng (MEGAloptera) Bộ bọ lạc đà (Rhaphidiodea) Bộ cánh mạch (Neuroptera) Bộ cánh dài (Mecoptera) SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 114 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Bộ cánh lông (Trichoptera) Bộ cánh vảy (Lepidoptera) Bộ cánh màng (Hymenoptera) Bộ cánh (Diptera) Bộ bọ chét (Siphonaptera V.2 Kết Quả Phân tích IDT analyzer Bảng V.1 Bảng thông số cấu trúc kẹp tóc mồi LCO1490 G (kcal/mole) H Tm S (kcal/mole) (0C) (kcal/mole) Cấu trúc -0,44 -52,7 27,5 175,27 Cấu trúc -0,32 -11,3 33,7 - 36,83 Cấu trúc 4,01 - 17,4 18,2 - 59,72 Cấu trúc 0,48 -47,4 22 - 160,6 Bảng V.2: Thông số vật lý hình thành cấu trúc kẹp tóc mòi 16SWb G (kcal/mole) H Tm S (kcal/mole) (0C) (kcal/mole) Cấu trúc -2,23 -37,7 43,8 -118,96 Cấu trúc -2,04 -37,3 42,3 -118,26 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 115 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Bảng V.3: Thông số hình thành cấu trúc kẹp tóc mồi 16S outer G (kcal/mole) H Tm S (kcal/mole) (0C) (kcal/mole) Cấu trúc 1,3 -9 -12,6 -34,54 Cấu trúc 1,38 -13,3 -3,1 -49,24 Cấu trúc 1,65 -8,1 -25,4 -32,7 Cấu trúc 1,89 -12,1 -15,3 -46,92 Cấu trúc 1,99 -15,4 -9,2 -58,33 Cấu trúc 2,06 -12,4 -17,5 -48,5 Cấu trúc 2,11 -10,7 -24 -42,95 Hình V.1: Thông số vật lý hình thành cấu trúc kẹp tóc mồi LCO1490 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 116 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.2: Kết đánh giá cấu trúc kẹp tóc mồi LCO1490 Hình V.3: Kết khả tự bắt cặp mồi LCO1490 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 117 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.4: Kết đánh giá khả bắt cặp với mồi HCO2198 Hình V.5: Kết khảo sát thông số vật lý mồi HCO2198 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 118 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.6: Khả hình thành cấu trúc kẹp tóc mồi HCO2198 Hình V.7: Kết khả tự bắt cặp mồi HCO2198 SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 119 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.8: Kết đánh giá thông số vật lý mồi 16SWb Hình V.9: Kết khả hình thành cấu trúc kẹp tóc mồi 16SWb SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 120 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.10: Kết khả tự bắt cặp mồi 16SWb Hình V.11: Kết khả bắt cặp mồi ngược mòi 16SWb với giá trị G nhỏ SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 121 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.12: kết đánh giá thông số vật lý mồi 16S outer Hình V.13: Kết khả hình thành cấu trúc kẹp tóc mồi 16S outer SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 122 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.14: Kết khả tự bắt cặp với giá trị G nhỏ V.3 Kết giải trình tự Hình V.15: Kết giải trình tự IS1_COI_F SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 123 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.16: Kết giải trình tự IS2_COI_F Hình V.17: kết giải trình tự IS2_16S_F SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 124 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.18: kết giải trình tự IS2_16S_F Hình V 19 Mô hình tiến hóa gen COI SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 125 KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Hình V.20 Mô hình tiến hóa gen 16S rRNA Hình V 21 Mô hình tiến hóa gen COI gen 16S rRNA SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang 126 ... “BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR – GIẢI TRÌNH TỰ HỖ TRỢ ĐỊNH DANH MỘT SỐ LOÀI ONG KÝ SINH DỰA TRÊN CÁC GEN ĐÍCH 16S rRNA VÀ COI Mục tiêu : - Xác định đặc điểm di truyền phân tử gen COI 16S rRNA. .. VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP.HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP TÊN ĐỀ TÀI: BƯỚC ĐẦU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR – GIẢI TRÌNH TỰ HỖ TRỢ ĐỊNH DANH MỘT SỐ LOÀI ONG KÝ SINH DỰA TRÊN CÁC GEN ĐÍCH... truyền phân tử gen COI 16S rRNA loài ong ký sinh cách sử dụng kỹ thuật PCR giải trình tự nhằm hỗ trợ định danh số loài ong ký sinh tập trung hai gen đích COI 16S rRNA SVTH: Nguyễn Duy Hạnh Trang