Xây dựng chứng nội (internal amplification control) cho quy trình phát hiện thành phần có nguồn gốc từ động vật trong thực phẩm chay dựa trên gen rDNA

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Tên đề tài: XÂY DỰNG CHỨNG NỘI (INTERNAL AMPLIFICATION CONTROL) CHO QUY TRÌNH PHÁT HIỆN THÀNH PHẦN CÓ NGUỒN GỐC TỪ ĐỘNG VẬT TRONG THỰC PHẨM CHAY DỰA TRÊN GEN 16S rDNA KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ GVHD: ThS Lao Đức Thuận SVTH: Phan Thị Trâm MSSV: 1153010895 Khóa: 2011 – 2015 Tp Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC MỞ TP HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Tên đề tài: XÂY DỰNG CHỨNG NỘI (INTERNAL AMPLIFICATION CONTROL) CHO QUY TRÌNH PHÁT HIỆN THÀNH PHẦN CÓ NGUỒN GỐC TỪ ĐỘNG VẬT TRONG THỰC PHẨM CHAY DỰA TRÊN GEN 16S rDNA KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC CHUYÊN NGÀNH: VI SINH – SINH HỌC PHÂN TỬ GVHD: ThS Lao Đức Thuận SVTH: Phan Thị Trâm MSSV: 1153010895 Khóa: 2011 - 2015 Tp Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015 LỜI CẢM ƠN Trong thực tế thành công không gắn liền với hỗ trợ, giúp đỡ dù hay nhiều, dù trực tiếp hay gián tiếp người khác Trong suốt thời gian từ bắt đầu học tập giảng đường đại học đến nay, em nhận nhiều quan tâm, giúp đỡ quý Thầy Cô, gia đình bạn bè Với lòng biết ơn sâu sắc nhất, em xin gửi đến quý Thầy Cô Khoa Công Nghệ Sinh Học - Trường Đại Học Mở Tp Hồ Chí Minh với tri thức tâm huyết để truyền đạt vốn kiến thức quý báu cho chúng em suốt thời gian học tập trường Và đặc biệt em xin chân thành cảm ơn thầy ThS Lao Đức Thuận tận tâm hướng dẫn, giúp đỡ em qua buổi nói chuyện, thảo luận đề tài Nếu lời hướng dẫn, dạy bảo thầy em nghĩ báo cáo em khó hoàn thiện Một lần nữa, em xin chân thành cảm ơn thầy Con cảm ơn gia đình tiếp thêm nguồn động lực, bên cạnh chăm sóc, an ủi, động viên lúc gục ngã, yếu lòng cảm ơn người bạn tốt bên chia sẻ vui buồn, bên lúc khó khăn Bài báo cáo thực khoảng thời gian tháng Kiến thức em hạn chế nhiều bỡ ngỡ Do vậy, không tránh khỏi thiếu sót điều chắn, em mong nhận ý kiến đóng góp quý báu quý Thầy Cô để kiến thức em hoàn thiện Sau cùng, em xin kính chúc quý Thầy Cô Khoa Công Nghệ Sinh Học thật dồi sức khỏe, niềm tin để tiếp tục thực sứ mệnh cao đẹp truyền đạt kiến thức cho hệ mai sau Trân trọng Tp Hồ Chí Minh, tháng 05 năm 2015 Sinh viên thực Phan Thị Trâm DANH MỤC VIẾT TẮT µL – microlit 16S rRNA – gen 16S ribosome RNA BLAST – Basic Local Alignment Search Tool bp – base pair DNA – Deoxyribo Nucleic Acid g – gam IDT – Integrated DNA Technologies mg – miligam mL – mililit mtRNA – mitochondria RNA NCBI – National Center for Biotechnology Information nm – nanomet OD – Optical Density PCR – Polymerase Chain Reaction RNA – Ribonucleic Acid S (16S) – đơn vị Svedberg (kí hiệu cho tốc độ lắng vật thể) Ta – nhiệt độ bắt cặp Tm – nhiệt độ nóng chảy mồi Trang iv DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Biểu đồ thể tình hình ăn chay người Việt Nam Hình 1.2 Bản đồ gen ty thể người Hình 1.3 Cấu trúc lục lạp Hình 3.1 Kết đánh giá độ đặc hiệu mồi TP1 Hình 3.2 Kết đánh giá độ đặc hiệu mồi TP2 Hình 3.3 Cặp mồi TP1-TP2 kiểm tra độ đặc hiệu tương đồng phần mềm Annhyb Hình 3.4 Kết đánh giá độ đặc hiệu mồi xuôi CLO-1-F Hình 3.5 Kết đánh giá độ đặc hiệu mồi ngược CLO-1-R Hình 3.6 Cặp mồi chứng nội kiểm tra độ đặc hiệu tương đồng phần mềm Annhyb Hình 3.7 Kết điện di mẫu thực phẩm chay thị trường Hình 3.8 Kết giải trình tự mẫu thực phẩm chay (mẫu 1) mồi TP1 Hình 3.9 Kết giải trình tự mẫu thực phẩm chay (mẫu 1) mồi TP2 Hình 3.10 Một số nucleotide hiệu chỉnh mạch xuôi (H1-F) phần mềm Chromas lite 2.1.1 Hình 3.11 Kết BLAST giải trình tự mẫu thực phẩm chay mồi xuôi TP1 Hình 3.12 Trình tự DNA mẫu giao diện BLAST với kết loài tương đồng (Gallus gallus) Hình 3.13 Kết điện di với mẫu thực vật, mẫu động vật mẫu hỗn hợp thực vật : động vật Hình 3.14 Kết giải trình tự mẫu cải bắp mồi CLO-1-F Hình 3.15 Kết giải trình tự mẫu cải bắp mồi CLO-1-R Trang v Hình 3.16 Một số nucleotide hiệu chỉnh mạch xuôi (M1-F) phần mềm Chromas lite 2.1.1 Hình 3.17 Kết BLAST giải trình tự mẫu cải bắp mồi xuôi CLO-1-F Hình 3.18 Trình tự DNA mẫu cải bắp giao diện BLAST với kết loài tương đồng (Brassica oleracea) Hình 3.19 Kết điện di với mẫu thực phẩm chay thị trường Trang vi DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Bảng liệt kê trình tự gen 16S rRNA loài động vật, thực vật vi sinh vật Bảng 3.2 Các thông số đánh giá mồi IDT cho phản ứng PCR khuếch đại gen 16S rRNA Bảng 3.3 Bảng sở liệu trình tự gen cpDNA Bảng 3.4 Các thông số đánh giá mồi IDT cho phản ứng PCR khuếch đại gen lục lạp Bảng 3.5 Kết đo OD mẫu thực phẩm chay, mẫu động vật, mẫu thực vật Bảng 3.6 Bảng hiệu chỉnh nucleotide vị trí mạch xuôi (H1-F) Bảng 3.7 Bảng hiệu chỉnh nucleotide vị trí mạch xuôi (M1-F) Bảng 3.8 Kết đo OD mẫu thực phẩm chay, mẫu động vật, mẫu thực vật Trang vii MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN iii DANH MỤC VIẾT TẮT iv DANH MỤC HÌNH v DANH MỤC BẢNG vii MỤC LỤC viii ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN TỔNG QUAN 1.1 THỰC PHẨM CHAY .3 1.1.1 Khái niệm 1.1.2 Lợi ích việc ăn chay .3 1.1.3 Các thống kê/khảo sát việc sử dụng thực phẩm chay Việt Nam số quốc gia giới 1.2 THÔNG TIN VỀ GEN 16S rDNA 1.2.1 Ty thể 1.2.2 Gen 16S rDNA 1.3 CHỨNG NỘI - IAC (Internal Amplification Control) 1.4 HƯỚNG NGHIÊN CỨU, PHÁT HIỆN DNA ĐỘNG VẬT TRONG THỰC PHẨM CHAY .11 1.4.1 Trên giới .11 1.4.2 Việt Nam 12 PHẦN VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 KHẢO SÁT IN SILICO 14 2.1.1 Thu thập trình tự gen mục tiêu 14 2.1.2 Kế thừa cặp mồi, kiểm tra độ đặc hiệu tương đồng 14 2.1.3 Danh mục phần mềm sử dụng 14 2.2 THỰC NGHIỆM: KIỂM TRA TÍNH THUẦN CHAY CỦA MẪU THỰC PHẨM CHAY .15 Trang viii 2.2.1 Vật liệu .15 2.2.2 Phương pháp nghiên cứu 17 PHẦN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 3.1 KẾT QUẢ KHẢO SÁT IN SILICO TRÊN GEN TY THỂ 16S rRNA 24 3.1.1 Thu thập trình tự đích 16S rRNA .24 3.1.2 Kế thừa đánh giá mồi cho phản ứng PCR 25 3.2 KẾT QUẢ KHẢO SÁT IN SILICO CHỨNG NỘI .29 3.2.1 Thu thập trình tự gen mục tiêu 29 3.2.2 Kế thừa đánh giá mồi chọn làm chứng nội .31 3.3 THỰC NGHIỆM .34 3.3.1 Kiểm tra tính chay mẫu thực phẩm chay 34 3.3.2 Kết đo mật độ quang sản phẩm tách chiết 35 3.3.3 Kết khảo sát với số mẫu thực phẩm chay thị trường 36 3.3.4 Kết giải trình tự hiệu chỉnh trình tự cặp mồi TP1-TP2 37 3.3.5 Bước đầu thiết lập quy trình multi-PCR để khảo sát mồi chứng nội 41 3.3.6 Kết giải trình tự hiệu chỉnh trình tự cặp mồi CLO-1 .42 3.3.7 Kết khảo sát multi-PCR với số mẫu thực phẩm chay thị trường 46 PHẦN KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 KẾT LUẬN .50 4.2 ĐỀ NGHỊ 50 TÀI LIỆU THAM KHẢO 51 Trang ix ĐẶT VẤN ĐỀ Những tiến nghiên cứu dinh dưỡng vài thập kỷ qua thay đổi hiểu biết nhà khoa học lợi ích chế độ ăn chay sức khỏe người bệnh tật [36] Vì lý tôn giáo, y tế, kinh tế bảo tồn sinh thái, người ăn chay trở thành phần lớn dân số, tạo hội kinh doanh lớn ngành công nghiệp thực phẩm [24] Hiện nay, thị trường Việt Nam có nhiều sản phẩm thực phẩm chay từ công ty tiểu thương chợ như: chả cá chay, bò lát chay, cá thu sốt cà chay,…nhưng tính “thuần chay” chưa xác nhận đảm bảo Một chế độ ăn chay định nghĩa không bao gồm thịt, hải sản, sản phẩm có chứa thành phần kể [12] Nhiều người ăn chay trọng đến tính “thuần chay”, nghĩa không lẫn thành phần có nguồn gốc từ động vật Đây đặc tính quan trọng chế biến sản xuất thực phẩm chay [2] Trình tự gen 16S ribosome RNA (rRNA) trình tự sử dụng rộng rãi để xác định loài vi khuẩn thực nghiên cứu phân loại [9] Trình tự đích chọn thuộc gen 16S rRNA lí sau: (i) diện hầu hết loài vi khuẩn, (ii) có nhiều tế bào, (iii) bảo tồn cao, chức qua thời gian thường thay đổi, (iv) gen 16S rRNA (1,500 bp) đủ lớn cho mục đích nghiên cứu thông tin [33] , (v) mtDNA di truyền theo dòng mẹ nên có tính ổn định cao [30] Một nhược điểm hầu hết nghiên cứu sử dụng phương pháp PCR công bố cho thấy chúng không chứa chứng nội - điều khiển khuếch đại bên (IAC) [18] Ủy ban Tiêu chuẩn hóa châu Âu (CEN), phối hợp với tổ chức tiêu chuẩn hóa quốc tế (ISO), đề xuất hướng dẫn chung cho thử nghiệm PCR đòi hỏi phải có diện IAC hỗn hợp phản ứng Vì vậy, PCR chứa IAC trải qua thử nghiệm hợp tác đa trung tâm điều kiện tiên cho việc chuẩn hóa [8] Trong việc thiết lập chứng nội cho phản ứng PCR, tiến hành chọn trình tự gen đích cpDNA (chloroplast DNA) Lý lựa chọn trình tự gen đích Trang Chú thích: 1: Thực vật (cải bắp) (-): Chứng âm 2: Động vật (heo) L: Thang chuẩn 100 bp 3: Mẫu trộn (1ĐV : 1TV) Nhận xét: Kết điện di cho thấy chứng âm băng chứng tỏ trình thao tác không bị nhiễm Giếng (mẫu Thực vật - cải bắp) xuất băng vị trí 426 bp, kết phù hợp với kết khảo sát in silico cặp mồi CLO-1 Giếng (mẫu Động vật - heo) xuất băng vị trí 155 bp với sản phẩm 16S rRNA cặp mồi TP1-TP2 Giếng (mẫu trộn) xuất băng mong đợi băng vị trí 155 bp băng vị trí 426 bp Từ khảo sát cho thấy cặp mồi CLO-1 phổ quát với tất gen lục lạp thực vật, phù hợp chọn làm chứng nội sản phẩm có kích thước (426 bp) khác với sản phẩm khuếch đại DNA đích (155 bp) nhờ phân biệt điện di 3.3.6 Kết giải trình tự hiệu chỉnh trình tự cặp mồi CLO-1 Sau kết multi-PCR, tiến hành đem mẫu cải bắp giải trình tự Kết giải trình tự hiệu chỉnh trình tự mẫu cải bắp cặp mồi CLO-1 trình bày đây: Hình 3.14 Kết giải trình tự mẫu cải bắp mồi CLO-1-F Hình 3.15 Kết giải trình tự mẫu cải bắp mồi CLO-1-R Từ kết giải trình tự hai chiều sản phẩm PCR mẫu cải bắp sử dụng cặp mồi CLO-1 Trong báo cáo này, trình bày việc hiệu chỉnh trình tự đại diện Trang 42 mẫu cải bắp mạch xuôi phần mềm Chromas lite 2.1.1 Chiều dài trình tự mẫu trước hiệu chỉnh: mạch xuôi 397 bp mạch ngược 392 bp Nhìn chung, hai mạch có tín hiệu r với peak r ràng, vài vị trí hai đầu trình tự có tín hiệu không r ràng Do đó, cần phải tiến hành hiệu chỉnh (các nucleotide hiệu chỉnh kí hiệu chữ in thường) Các vị trí nucleotide hiệu chỉnh trình bày đây: Hình 3.16 Một số nucleotide hiệu chỉnh mạch xuôi (M1-F) phần mềm Chromas lite 2.1.1 Chú thích: M1-F: Mạch xuôi M1-R: Mạch ngược M1-F-R: Trình tự M1-F M1-R (đã reverse & complement) gióng cột phần mềm Seaview Trang 43 Bảng 3.7 Bảng hiệu chỉnh nucleotide vị trí mạch xuôi (M1-F) Vị trí (mạch F) Nucleotide gốc Nucleotide hiệu chỉnh G c T a T a T a 11 C t 12 T c 13 A t 15 C t 17 A t 18 T g 19 G a 20 A c 21 C a 73 T c 74 G c 75 A c (Trong đó: (G) guanine, (A) adenine, (T) thymine, or (C) cytosine) Sau hiệu chỉnh trình tự, chiều dài trình tự mạch xuôi mẫu cải bắp sau hiệu chỉnh 364 bp Tiến hành BLAST để tìm kiếm trình tự tương đồng ngân hàng Genbank Kết BLAST trình bày đây: Trang 44 Hình 3.17 Kết BLAST giải trình tự mẫu cải bắp mồi xuôi CLO-1-F Hình 3.18 Trình tự DNA mẫu cải bắp giao diện BLAST với kết loài tƣơng đồng (Brassica oleracea) Nhận xét: Kết BLAST giải trình tự sản phẩm PCR mẫu cải bắp cặp mồi CLO-1 mồi xuôi CLO-1-F cho thấy sản phẩm PCR cặp mồi tương đồng với trình tự gen lục lạp loài Brassica oleracea (cải bắp) với mã số truy cập GQ268028 trị số phù hợp E - value = 0; Max score = 664; Total score = 664; Query coverage = 100%; Ident = 99% Điều chứng tỏ, cặp mồi CLO-1 khuếch đại vùng gen lục lạp mẫu cải bắp Trang 45 3.3.7 Kết khảo sát multi-PCR với số mẫu thực phẩm chay thị trƣờng Chúng tiến hành áp dụng quy trình multi-PCR với cặp mồi TP1-TP2 đặc hiệu cho gen 16S rRNA động vật cặp mồi CLO-1 sử dụng cho việc khuếch đại vùng gen không mã hóa lục lạp thực vật sử dụng làm chứng nội Khảo sát thực mẫu thực vật, mẫu động vật mẫu thực phẩm chay thị trường Các mẫu sau tách chiết đem đo mật độ quang (OD) Kết đo OD trình bày đây: Bảng 3.8 Kết đo OD mẫu thực phẩm chay, mẫu động vật, mẫu thực vật Kí hiệu Tên mẫu A260 A260/A280 CDNA (µg/mL) Lúa mạch nâu hạt 0,632 1,9636 31,6110 Bột gà nêm chay 0,437 2,1048 21,8618 Amila vàng nhỏ 0,695 1,7828 34,7358 Amila bạch kê cục 0,760 1,7752 38,0153 Bột nêm bào ngư 0,392 1,0838 19,5970 ĐV Heo 0,089 1,9144 4,4562 TV Cải bắp 0,080 1,2596 3,97691 Nhận xét: Nhìn chung giá trị tỉ lệ A260/A280 mẫu đạt khoảng - Một số mẫu có giá trị 2, cho thấy trình tách chiết mẫu bị nhiễm RNA Mẫu mẫu ĐV có giá trị nằm khoảng 1,8 - cho Tuy đa số mẫu có giá trị OD không nằm khoảng cho phép (1,8 - 2) giá trị nồng độ nucleic acid mẫu (CDNA) từ bảng cho thấy mẫu tách chiết có lượng DNA định sử dụng mẫu cho thực nghiệm Trang 46 Tiến hành phản ứng multi-PCR nhiệt độ lai 55ºC Kết điện di trình bày hình sau: 426 bp 155 bp Hình 3.19 Kết điện di với mẫu thực phẩm chay thị trƣờng Chú thích: 1: Lúa mạch nâu hạt ĐV: Động vật (heo) 2: Bột gà nêm chay TV: Thực vật (cải bắp) 3: Amila vàng nhỏ (-): Chứng âm 4: Amila bạch kê cục L: Thang chuẩn 100 bp 5: Bột nêm bào ngư Nhận xét: Kết điện di cho thấy chứng âm băng chứng tỏ trình thao tác không bị nhiễm Giếng TV (mẫu Thực vật - cải bắp) xuất băng vị trí 426 bp, kết phù hợp với kết khảo sát in silico cặp mồi CLO-1 Giếng ĐV (mẫu Động vật - heo) xuất băng vị trí 155 bp với sản phẩm 16S rRNA cặp mồi TP1-TP2 Giếng 1, 3, xuất băng vị trí 426 bp, không xuất băng vị trí 155 bp nên kết luận mẫu thực phẩm chay âm tính (không nhiễm thành phần động vật) Giếng không xuất Trang 47 băng chứng tỏ mẫu kiểm tra DNA mẫu có thành phần phụ gia ức chế phản ứng PCR Giếng xuất băng mờ băng vị trí 155 bp băng vị trí 426 bp, nên kết luận mẫu dương tính (bị nhiễm thành phần động vật) Kết luận: Chúng bước đầu thành công áp dụng phân tích tính nhiễm thành phần động vật thực phẩm chay kết hợp cặp mồi TP1-TP2 khuếch đại gen 16S rRNA ty thể động vật cặp mồi CLO-1 sử dụng làm chứng nội khuếch đại vùng gen không mã hóa lục lạp Trang 48 PHẦN KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 4.1 KẾT LUẬN Đề tài: “Xây dựng chứng nội (internal amplification control) cho quy trình phát thành phần có nguồn gốc từ động vật thực phẩm chay dựa gen 16S rDNA” sau tháng thực thu kết trọng tâm sau: Bước đầu xây dựng thành công chứng nội Thực nghiệm: Xây dựng thành công quy trình phát thành phần có nguồn gốc từ động vật thực phẩm chay dựa gen 16S rDNA kiểm tra tính chay số mẫu thực phẩm chay Mẫu (Hình 3.7) tiến hành giải trình tự xác định bị nhiễm thịt gà trình chế biến Áp dụng chứng nội vào quy trình kiểm tra tính “thuần chay” mẫu thực phẩm chay đó: 1/5 mẫu bị nhiễm thành phần động vật (chiếm 20%), 3/5 mẫu không bị nhiễm thành phầm động vật (chiếm 60%) 1/5 mẫu nghi ngờ mẫu DNA có thành phần phụ gia ức chế phản ứng PCR mẫu (chiếm 20%) 4.2 ĐỀ NGHỊ Do thời gian, kinh phí thực đề tài hạn hẹp Nếu có điều kiện, muốn tiếp tục phát triển nghiên cứu với nội dung sau: Tiến hành áp dụng chứng nội vào quy trình phát thành phần có nguồn gốc từ động vật thực phẩm chay dựa gen 16S rDNA số lượng mẫu lớn để đánh giá tính hiệu quy trình thực tế Khảo sát độ nhạy quy trình phát thành phần có nguồn gốc từ động vật thực phẩm chay dựa gen 16S rDNA Trang 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt [1] Hồ Huỳnh Thùy Dương (2008), Sinh học phân tử, NXB Giáo Dục, tr.196-207 [2] Lao Đức Thuận, Nguyễn Thị Thanh Nhàn, Nguyễn Thị Thiên Hương, Trần Kiến Đức, Võ Phi Phi Nguyên, Phan Thị Trâm, Lê Huyền Ái Thúy (2014), “Bước đầu xây dựng quy trình PCR nhằm phát thành phần động vật thực phẩm chay dựa vùng 16S rDNA ty thể”, Tạp chí khoa học Trường Đại Học Mở Thành Phố Hồ Chí Minh, 4(37), tr.3-10 [3] Nguyễn Đức Thành, Nguyễn Thúy Hạnh, Trần Quốc Trọng (2013), “Kết sử dụng số chuỗi gen lục lạp nghiên cứu đa dạng di truyền xuất xứ lâm nghiệp”, Tạp chí Công nghệ Sinh học, 5(1), tr 77-83 [4] Nguyễn Hoàng Lộc, Trần Thị Lệ, Hà Thị Minh Thi (2007), Giáo trình Sinh học phân tử, NXB Đại Học Huế [5] Phạm Thành Hổ (2002), Sinh học đại cương, NXB Đại Học Quốc Gia [6] Thích Phụng Sơn (2007), Những nét văn hóa đạo Phật, NXB Văn Hóa Sài Gòn Tiếng Anh [7] Aaij C., Borst P (1972), “The gel electrophoresis of DNA”, Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Nucleic Acids and Protein Synthesis, 269(2), p.192-200 [8] Anonymous (2002), “Microbiology of food and animal feeding stuffs Polymerase chain reaction (PCR) for the detection of foodborne pathogens”, General method and specific requirements, Draft international standard ISO/DIS 22174 DIN, Berlin, Germany [9] Chakravorty S., Helb D., Burday M., Connell N., and Alland D (2007), “A detailed analysis of 16S ribosomal RNA gene segments for the diagnosis Trang 50 of pathogenic bacteria”, Journal of Microbiological Methods, 69(2), p.330-339 [10] Chen Y C., Chiang C I., Lin R S., Pu Y S., Lai M K., Sung F C (2005), “Diet, vegetarian food and prostate carcinoma among men in Taiwan”, British Journal of Cancer, 93, p.1057-1061 [11] Clegg M T., Gautt B S., Learn G H., Morton B R (1994), “Rates and patterns of chloroplast DNA evolution”, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 91, p.6795-6801 [12] Craig W J., Mangels A R (2009), “Position of the American Dietetic Association: Vegetarian Diets”, Journal of the American Dietetic Association, 109(7), p.1266-1282 [13] Dann L (2002), “Green DNA simple isolation, restriction and electrophoresis of chloroplast DNA”, Bioscience Explained, 1(2), p.1-11 [14] Deriemaeker P., Aerenhouts D., De Ridder D., Hebbelinck M., Clarys P (2011), “Health aspects, nutrition and physical characteristics in matched samples of institutionalized vegetarian and non-vegetarian elderly (> 65yrs)”, Journal of Nutrition and Metabolism (Lond), 8, p.37 [15] Ginter E., 2008, “Vegetarian diets, chronic diseases and longevity”, Bratisl Lek Listy, 109(10), p.463-469 [16] Government Information Office, Republic of China (Taiwan) (2007), Greens Are Good For You [17] Hamby R K., Zimmer E A (1992), “Ribosomal RNA as a Phylogenetic Tool in Plant Systematics”, Molecular Systematics of Plants, p.50-91 [18] Hoorfar J., Cook N., Malorny B., Wagner M., Abdulmawjood A Fach P (2003), “Making Internal Amplification Control Mandatory for Diagnostic PCR”, Journal of Clinical Microbiology, 41(12), p.5835 Trang 51 [19] Hopwood A J., Fairbrother K S., Lockley A K., Bardsley R G (1999), “An actin gene-related polymerase chain reaction (PCR) test for identification of chicken in meat mixtures”, Meat Science, 53, p.227-231 [20] Horreo J L., Ardura A., Pola I G., Martinez J L., Garcia-Vazquez E (2013), “Universal primers for species authentication of animal foodstuff in a single polymerase chain reaction”, Journal of the Science of Food and Agriculture, 93, p.354-361 [21] Khan R (2010), A Textbook of BIOTECHNOLOGY Volume-I Genetics and Molecular Biology, University Science Press, p.197-201 [22] Kjeldsen-Kragh J (1999), “Rheumatoid arthritis treated with vegetarian diets”, The American Journal of Clinical Nutrition, 70(3), p.594-600 [23] Leitzmann C (2014), “Vegetarian nutrition: past, present, future”, The American Journal of Clinical Nutrition, 100(1), p.496-502 [24] Lih-Ching Chiueh, Shiou-Wei Tsuei, Pei-Chun Hsieh, Tsung-Hsi Wu, YangChih Shih, Shu-Kong Chen (2009), “Detection method for differentiating between chicken-derived ingredients and egg-derived ingredients in products”, Patent no US 7592162 B2 [25] Mane B G., Mendiratta S K., Tiwari A K (2009), “Polymerase chain reaction assay for identification of chicken in meat and meat products”, Food Chemistry, 116(3), p.806-810 [26] Marsh K., Zeuschner C., Saunders A (2012), “Health Implications of a Vegetarian Diet”, American journal of lifestyle medicine, 6(3), p.250-267 [27] Matsunaga T., Chikuni K., Tanabe R., Muroya S., Shibata K., Yamada J., Shinmura Y (1999), “A quick and simple method for the identification of meat species and meat products by PCR assay”, Meat Science, 51(2), p.143-148 Trang 52 [28] Misener S., Krawetz S A (1999), “Methods in Molecular Biology”, Humana Press, 132, p.365-386 [29] Mitani T., Akane T., Tokiyasu T., Yoshimura S., Okii Y., Yoshida M (2009), “Identification of animal species using the partial sequences in the mitochondrial 16S rRNA gene”, International Symposium Advances in legal Medicine, 11(1), p.449-450 [30] Murphy M J (2011), “Molecular Diagnostics in Dermatology and Dermatopathology”, Humana Press Journals, Chapter Principles of Molecular Biology, p.16 [31] Pace N R (1997), “A molecular view of microbial diversity and the biosphere”, Science, 276(5313), p.734-740 [32] Parker A., Kornfield I (1996), “An improved amplification and sequencing strategy for phylogenetic studies using the mitochondrial large subunit rRNA gene”, Genome, 39(4), p.793-797 [33] Patel J B., 2001, “16S rRNA gene sequencing for bacterial pathogen identification in the clinical laboratory”, The Journal of Molecular Diagnostics, 6, p.313-321 [34] Roberts G A., Dryden D T (2013), “DNA Electrophoresis: Historical and Theoretical Perspectives”, DNA Electrophoresis (Methods in Molecular Biology), 1054, p.1-9 [35] Sabaté J (1999), “Nut consumption, vegeTarian diets, ischemic heart disease risk, and all-cause mortality: evidence from epidemiologic studies”, The American Journal of Clinical Nutrition, 70(3), p.500-503 [36] Sabaté J (2003), “The contribution of vegetarian diets to health and disease: a paradigm shift?”, American Society for Clinical Nutrition, 78(3), p.502507 [37] Sabaté J (2003), “The contribution of vegetarian diets to human health”, Forum of Nutrition, 56, p.218-220 Trang 53 [38] Sharma S., Sharma R K., Parashar A (2014), “Comparison of the nutritional status and outcome in thermal burn patients receiving vegetarian and non-vegetarian diets”, Indian Journal Plastic Surgery, 47(2), p.236-241 [39] Specter S., Bendinelli M., Friedman H (1998), Rapid Detection of Infectious Agents, A Division of Plenum Publishing Corporation, p.118-119 [40] Starr C., Evers C., Starr L (2010), Biology: Concepts and Applications without Physiology, Cengage Learning, p.224 [41] Stellwagen N C., Gelfi C., Righetti P G (1997), “The free solution mobility of DNA”, Biopolymers, 42, p.687-703 [42] Stellwagen N C., Stellwagen E (2008), “Effect of the matrix on DNA electrophoretic mobility”, Journal of Chromatography A, 1216(10), p.1917-1929 [43] Taberlet P., Gielly L., Pautou G., Bouvet J (1991), “Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA”, Plant Molecular Biology, 17, p.1105-1109 [44] Taylor R W., Turnbull D M (2005), “Mitochondrial DNA mutations in human disease”, Nature Reviews Genetics, 6, p.390 [45] Thorne H V (1966), “Electrophoretic separation of polyoma virus DNA from host cell DNA”, Virology, 29(2), p.234-239 [46] UN Food and Agriculture Organisation (2007), Meat Consumption Per Person [47] Woese C R (1987), Bacterial evolution, Microbiol Reviews, 51, p.221-271 [48] Wolfe K H., Li W H., Sharp P M (1987), “Rates of nucleotide substitution vary greatly among plant mitochondrial, chloroplast, and nuclear DNAs”, Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 84(24), p.9054-9058 Trang 54 [49] Yang-Chih Shih, Lih-Ching Chiueh, Hsu-Yang Lin, Che-Yang Lin, Tsung-Hsi Wu, Yuan-Hsin Chang (2006), “Method of test for animal-derived ingredients in foods”, Patent no US 20060099617 A1 Trang web [50] Http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Chloroplast.svg [51] Http://micro.magnet.fsu.edu/cells/mitochondria/mitochondria.html [52] Http://neuromuscular.wustl.edu/mitosyn.html#general [53] Http://www.bio-rad.com/cmc_upload/Literature/38717/M1704400B.PDF [54] Http://www.premierbiosoft.com/tech_notes/PCR_Primer_Design.html [55] Http://www.vegeTarians.co.nz/articles/500-million-vegetarians-in-india Trang 55 ... đề tài xây dựng chứng nội - IAC (internal amplification control) cho quy trình phát thành phần có nguồn gốc từ động vật thực phẩm chay dựa gen 16S rDNA Trang PHẦN TỔNG QUAN 1.1 THỰC PHẨM CHAY 1.1.1... TỐT NGHIỆP Tên đề tài: XÂY DỰNG CHỨNG NỘI (INTERNAL AMPLIFICATION CONTROL) CHO QUY TRÌNH PHÁT HIỆN THÀNH PHẦN CÓ NGUỒN GỐC TỪ ĐỘNG VẬT TRONG THỰC PHẨM CHAY DỰA TRÊN GEN 16S rDNA KHOA CÔNG NGHỆ SINH... hoàn thiện tìm hiểu thực chuyên đề khóa luận tốt nghiệp: Xây dựng chứng nội (internal amplification control) cho quy trình phát thành phần có nguồn gốc từ động vật thực phẩm chay dựa gen 16S rDNA