Nghiên cứu công nghệ RNAi để kiểm soát bệnh virus ở lúa và cà chua

Header Page of 133 BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NT CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04 BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU CÔNG NGHỆ RNAi ĐỂ KIỂM SOÁT BỆNH VIRUS Ở LÚA VÀ CÀ CHUA MÃ SỐ KC04 -11/2007-2010 Cơ quan chủ trì đề tài: VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP, VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM Chủ nhiệm đề tài: GS TS ĐỖ NĂNG VỊNH 8370 Hà Nội, 11- 2010 Footer Page of 133 Header Page of 133 BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NT CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04 BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU CÔNG NGHỆ RNAi ĐỂ KIỂM SOÁT BỆNH VIRUS Ở LÚA VÀ CÀ CHUA MÃ SỐ KC04 -11/2007-2010 Chủ nhiệm đề tài Cơ quan chủ trì đề tài GS.TS Đỗ Năng Vịnh PGS.TS Lê Huy Hàm Ban chủ nhiệm chương trình Bộ Khoa học Công nghệ (ký tên) (ký tên đóng dấu gửi lưu trữ) Hà Nội, 11- 2010 Footer Page of 133 Header Page of 133 VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc Hà nội , ngày tháng năm 2010 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I THÔNG TIN CHUNG VỀ ĐỀ TÀI Tên Đề tài/Dự án: Nghiên cứu công nghệ RNAi (RNA interference) để kiểm soát bệnh virus lúa cà chua Mã số: KC.04.11/06-10 Thời gian thực hiện: 36 tháng từ 12/2007 đến /11/2010 Kinh phí: 2.985 triệu đồng Chủ nhiệm Đề tài, Dự án: GS TS Đỗ Năng Vịnh Chức danh khoa học: Nghiên cứu viên Chức vụ: Phó Viện trưởng Viện Di truyền Nông nghiệp Điện thoại: 7544711 Nhà riêng: 7870542 Mobile: 0903466990 Fax: 7543196 E-mail: donangvinh@netnam.vn Tên tổ chức công tác: Viện Di truyền Nông nghiệp Địa tổ chức: Đường Phạm Văn Đồng, Từ liêm, Hà nội Địa nhà riêng: CT 1A, ĐN2, Chung cư Mỹ Đình, Từ liêm, Hà nội Tổ chức chủ trì đề tài: Viện Di truyền nông nghiệp Điện thoại: 7544712 Fax: 7543196 E-mail: lhham@agi.ac.vn Địa chỉ: Viện Di truyền nông nghiệp, Từ Liêm, Hà Nội Họ tên thủ trưởng tổ chức: PGS.TS Lê Huy Hàm Số tài khoản: 301.01.035.1 Ngân hàng: Kho bạc Từ Liêm - Hà Nội II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực đề tài/dự án: Theo Hợp đồng ký kết: từ tháng 12/2007 đến tháng 12/2010 Thực tế thực hiện: từ tháng 12/2007 đến tháng 12/2010 Footer Page of 133 Header Page of 133 Được gia hạn (nếu có): - Lần từ tháng… năm… đến tháng… năm… - Lần … Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 2.985 triệu đồng, đó: + Kính phí hỗ trợ từ SNKH: 2.985 triệu đồng + Kinh phí từ nguồn khác: + Tỷ lệ kinh phí thu hồi dự án (nếu có): b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn SNKH: Số TT Ghi Theo kế hoạch Thực tế đạt (Số đề nghị Thời gian Kinh phí Thời gian Kinh phí toán) (Tháng, năm) (Tr.đ) (Tháng, năm) (Tr.đ) 1/2008 560.0 5/2008 550.0 7/2009 745.539 745.539 7/2009 900.0 3/2010 1305.948 1305.948 3/2010 759.0 8/2010 454.649 454.649 8/2010 216.0 11/2010 462.724 462.724 Tổng cộng 2985.0 2968.86 2968.86 Kinh phí đề tài duyệt là: 3150.0 triÖu đồng Kinh phí sau điều chỉnh: 2985 triệu đồng, lý do: Viện Di truyền Nông nghiệp đăng ký thực nghiên cứu loại virus: virus RGSV, RTBV RRSV lúa virus TYLCV cà chua Qua năm nghiên cứu, xác định thực nghiệm loại virus RGSV, RRSV lúa phổ biến, chưa thấy mẫu bệnh virus Tungro gây Do vậy, xin đề nghị không nghiên chuyên đề virus Tungro nội dung nghiên cứu đề tài Tổng phần kinh phí dự trù cho chuyên đề virus RTBV 165,0 triệu xin chuyển trả nhà nước c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: Đối với đề tài: Đơn vị tính: Triệu đồng Số TT Nội dung khoản chi Trả công lao động (khoa học, phổ thông) Footer Page of 133 Theo kế hoạch Tổng 990.0 SNKH 990.0 Nguồn khác Thực tế đạt Tổng 825.0 SNKH 825.0 Nguồn khác Header Page of 133 Nguyên, vật liệu, 1520.0 1520.0 1514.23 1514.23 lượng Thiết bị, máy móc 50.0 50.0 50.0 50.0 Xây dựng, sửa 120.0 120.0 120.0 120.0 chữa nhỏ Chi khác 470.0 470.0 459.63 459.63 Tổng cộng - Lý thay đổi (nếu có): Giảm chi trả công lao động điều chỉnh giảm bớt 01 đối tượng nghiên cứu (RTBV lúa); Giảm nguyên vật liệu tiết kiệm đấu thầu; Giảm chi khác tiết kiệm chi đoàn vào Các văn hành trình thực đề tài/dự án: (Liệt kê định, văn quan quản lý từ công đoạn xác định nhiệm vụ, xét chọn, phê duyệt kinh phí, hợp đồng, điều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì đề tài, dự án (đơn, kiến nghị điều chỉnh có) Số Số, thời gian ban TT hành văn Quyết định số 956/QĐ-BKHCN Ngày 11 tháng năm 2007 Footer Page of 133 Tên văn Về việc phê duyệt danh mục đề tài thuộc chương trình khoa học công nghệ trọng điểm cấp nhà nước giai đoạn 2006-2010 để tuyển chọn thực kế hoach năm 2007 Quyết đinh số Phê duyệt kinh phí 04 đề tài, 03 dự 2809/QĐ-BKHCN án sản xuất thử nghiệm ban đầu thực Ngày 27 tháng 11 năm 2007 thuộc chương trình năm 2007 KH & CN trọng điểm cấp nhà nước giai đoạn 2006-2010 “Nghiên cứu, phát triển ứng dụng công nghệ sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số Về việc phê duyệt tổ chức, cá 1769/QĐ-BKHCN nhân trúng tuyển chủ trì thực Ngày 28 tháng đề tài năm 2007 (đợt II) thuộc năm 2007 chương trình “Nghiên cứu, phát triển ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v phê duyệt kế hoạch đấu thầu 437/QĐ-BKHCN mua sắm vật tư, hóa chất năm 2009 Ngày 30 tháng đề tài KC.04.11 thuộc chương năm 2009 trình “Nghiên cứu, phát triển ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Ghi Header Page of 133 Quyết đinh số 1111/QĐ-BKHCN Ngày 13 tháng năm 2008 Quyết đinh số 482/QĐ-BKHCN Ngày tháng năm 2009 V/v cử đoàn công tác nước V/v điều chỉnh thời gian công tác nước đề tài KC04/06-10 thuộc chương trình “Nghiên cứu, phát triển ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v phê duyệt kế hoạch đấu thầu 126/QĐ-BKHCN mua sắm vật tư, hóa chất đề tài Ngày tháng KC.04.11 thuộc chương trình năm 2009 “Nghiên cứu, phát triển ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v điều chỉnh nội dung kinh phí 1079/QĐ-BKHCN đề tài KC.04/06-10 thuộc Ngày 19 tháng chương trình KH&CN trọng điểm năm 2009 cấp nhà nước giai đoạn 2006-2010 “Nghiên cứu, phát triển ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v điều chỉnh nội dung địa điểm 16/QĐ-BKHCN công tác nước đề tài Ngày 08 tháng 01 KC.04/06-10 thuộc chương trình năm 2010 “Nghiên cứu, phát triển ứng dụng công nghệ Sinh học” Mã số KC04/06-10 Quyết đinh số V/v cử cán công tác, học tập 162/QĐ-KHNNnước TCCB Ngày 07 tháng 03 năm 2008 Tổ chức phối hợp thực đề tài, dự án: Số TT Tên tổ chức đăng ký theo Thuyết minh Tên tổ chức tham gia thực Nội dung tham gia chủ yếu - Lý thay đổi (nếu có): Footer Page of 133 Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* Header Page of 133 Cá nhân tham gia thực đề tài, dự án: (Người tham gia thực đề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, không 10 người kể chủ nhiệm) Tên cá nhân đăng ký theo Thuyết minh Chủ nhiệm đề tài PGS.TS Đỗ NăngVịnh Tên cá nhân tham gia thực Chủ nhiệm đề tài PGS.TS Đỗ NăngVịnh TS Nguyễn Thuý Hà TS Lê Quỳnh Mai TS Nguyễn Văn Đồng TS Nguyễn Văn Khiêm Số TT Footer Page of 133 Nội dung tham gia Chỉ đạo quản lý hoạt động chung đề tài - Tổ chức, phối hợp đào tạo, hợp tác quốc tế, hội nghị, hội thảo, tổng hợp báo cáo - Chỉ đạo, kiểm tra, đánh giá kết thu thập giám định mẫu bệnh, thiết kế vectors, chuyển gen, biểu gen chọn dòng chuyển gen - Phân lập tách dòng gen virus gây bệnh vàng lùn lùn xuăn lúa - Thiết kế loại vector tái tổ hợp mang RNAi gen tạo hpRNA có gen đích gen virus lúa Thiết kế vector theo phương pháp Gateway - Thiết kế loại vectors mang gen virus vectors mang gen RNAi với gen đích CP gene - Đánh giá biểu gen RNAi Sản phẩm chủ yếu đạt Ghi chú* Header Page of 133 TS Phạm Xuân Hội ThS Nguyễn Thành Đức TS Võ Thị Thương Lan TS Hà Viết Cường Lê Hùng ThS Trần Ngọc Thanh TS Đoàn Duy Thanh ThS Tạ Kim Nhung Footer Page of 133 chuyển gen - Phân lập tách dòng gen virus TYLCV cà chua - Thiết kế loại vectors mang gen C1 (Rep) virus cà chua vectors mang gen RNAi có gen đích C1 cà chua - Đánh giá biểu gen RNAi cà chua chuyển gen - Phân lập tách dòng, nhân dòng RRSV, RGSV lúa, thư viện cDNA virus lúa - Phân lập RNA, DNA chủng virus thu thập - Thiết kế loại vector tái tổ hợp mang gen CP virus cà chua lúa gen RNAi có khả tạo hpRNA cho bất hoạt gen vỏ protein lúa cà chua - Chuyển gen RNAi vào giống lúa thông qua Agrobacterium bắn gen - Chọn dòng có tính kháng virus - Đánh giá biểu gen RNAi cà chua chuyển gen Header Page of 133 TS Hà Thị Thuý TS Nguyễn Văn Huấn TS Phạm Thị Vượng TS Hà Thị Thuý Thư ký đề tài - Giúp Chủ nhiệm đề tài công tác quản lý phối hợp n/c đề tài - Phân lập RNA, DNA chủng virus thu thập - Thiết kế loại vector tái tổ hợp mang gen CP virus cà chua lúa gen RNAi có khả tạo hpRNA cho bất hoạt gen vỏ protein lúa cà chua ThS Đỗ Thị - Phân lập tách Thu Hương dòng gen virus TYLCV cà chua - Thiết kế loại vectors mang gen C1 (Rep) virus cà chua vectors mang gen RNAi có gen đích C1 cà chua TS Phạm Thu thập mẫu lúa Thị Vượng cà chua nhiễm bệnh virus - Đánh giá dòng chuyển gen lúa cà chua nhà lưới - Chọn dòng có tính kháng virus qua gây nhiễm nhân tạo - Lý thay đổi ( có): Các cá nhân tham gia TS Võ Thị Thương Lan TS Lê Hùng thuộc khoa sinh học ĐHKHTN Sau đề tài phê duyệt, chuyển thuyết minh đề tài văn kèm theo đến TS Võ Thị Thương Lan TS Lê Hùng đề nghị xác nhận nội dung tham gia nghiên cứu cụ thể để tiến tới ký kết hợp đồng Footer Page of 133 Header Page 10 of 133 thức Sau nghiên cứu tài liệu tiến sỹ từ chối, không tham gia đề tài Theo biết, TS Hùng chuyển quan khác, không làm việc ĐHKHTN Thay vào đó, thảo luận mời TS Hà Viết Cường, chuyên gia virus , Giám đốc Trung tâm bệnh nhiệt đới thuộc Đại học Nông nghiệp I, cộng tác Tình hình hợp tác quốc tế: HỢP TÁC QUỐC TẾ CỦA ĐỀ TÀI (Quá trình hợp tác quốc tế (nếu có): tên đối tác nước ngoài; nội dung hợp tác; hình thức thực hiện; kết hợp tác, tác động việc hợp tác kết đề tài) STT Dr Sunil K Mukherjee thăm làm việc Viện DTNN Đối tác Các nội dung hợp tác Thời gian thực ĐOÀN VÀO IRRI, TS Philippe Nội dung làm việc: Hướng dẫn Thời gian làm HERVE, Trưởng PTN kỹ thuật, giảng bài, thảo luận việc từ 25 Công nghệ SH lúa, Bộ hợp tác RNAi ứng dụng tháng 11 đến môn Di truyền lúa tháng 12- 2007 CNSH lúa, chuyên gia - Thảo luận kỹ thuật phân RNAi lập gen virus lúa thiết kế vector RNAi - Làm việc với PTN kỹ thuật thiết kế amiRNA - Bài giảng hội trường (chiều): Tổng quan công nghệ sinh học lúa, Cách mạng xanh vai trò công nghệ RNAi - Một số thành tựu RNAi lúa xây dựng kế hoạch hợp tác: Highly Specific Gene Silencing by Artificial microRNA in Rice Toward a second Green Footer Page 10 of 133 10 Header Page 233 of 133 IV TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt 10 11 12 13 14 15 Chi cục bảo vệ thực vật thành phố Hồ Chí Minh Bệnh vàng lùn - lúa cỏ (Rice grassy stunt virus) http://www.mard.gov.vn/ppdhcmc/HTML/Tailieukt/luabenhvanglun.htm Đoàn Thị Thuyền, Lưu Việt Dũng, Vũ Triệu Mân (2003), “Sử dụng kháng huyết Trung tâm Bệnh nhiệt đới (ĐHNN I) sản xuất chẩn đoán số bệnh virus hại trồng”, Hội thảo bệnh sinh học phân tử lần thứ hai Trường Đại học Nông nghiệp I - Hà Nội, ngày 2325/10/2003, NXB Nông nghiệp, Hà Nội Tr 38-40 http://vietnamnet.vn/khoahoc/trongnuoc/2006/11/630029/ http://www.tuoitre.com.vn/Tianyon/Index.aspx?AricleID=172497&Channell D=11 Ngô Vĩnh Viễn,Hà Minh Trung (2006) Tổng quan bệnh virút hại lúa giải pháp ngăn chặn dịch bệnh lúa lùn xoắn virút lúa cỏ Đồng sông Cửu Long, TC Nông nghiệp phát triển nông thôn No 18 913 ISSN 0866-7020 Nguyễn Thị Hồng Châu Cs (2003), “Chuyển gen thông qua Agrobacterium tumefaciens vào giống lúa C71“, Tạp chí Công nghệ sinh học (2): 219 – 226 Nguyễn Thơ ( 2007), Cần nghiên cứu tượng tự nhiên thoát dịch Báo Nông nghiệp VN, số 93 (2678), ngày tháng năm 2007, trang 10 Nguyễn Thơ (1984), Điều tra nghiên cứu số bệnh virus chủ yếu ba trồng họ cà có ý nghĩa kinh tế (thuốc lá, cà chua, khoai tây), Luận án Phó tiến sĩ khoa học Nông nghiệp -Trường Đại học Nông nghiệp I - Hà Nội Phạm Văn Dư (2005) http://www.clrri.org/benhvanglun/tech/benhvanglun.2006.htm Phạm Văn Dư (2006) ‘’Bệnh vàng lùn’’ hại lúa Đồng sông cửu long http://www.clrri.org/benhvanglun/tech/benhvanglun.2006.htm Phạm Văn Dư (2006) Bệnh vàng lựn cõy lỳa bệnh mới, phối trộn loại vi-rỳt Lựn Lỳa cỏ, Lùn xoăn truyền bệnh rầy nõu Tungro rầy xanh truyền bệnh http://vietnamnet.vn/kh oahoc/trongnuoc/2006/11/630029/ Phạm Văn Dư (2006) Đề cương nghiên cứu đề tài “Nghiên cứu bệnh vàng lùn hại lúa Đồng Bằng sông Cửu Long” Trần Thị Cúc Hòa, Bùi Bá Bổng, (2003) “Hiệu chuyển gen thông qua vi khuẩn A tumefacients lúa (Oryza sativa L.) sử dụng hệ thống chọn lọc mannose” Tạp chí Nông nghiệp phát triển nông thôn, số 1+2: 60-63 Vũ Triệu Mân (1984), Một số kết nghiên cứu virus PVX PVY khoai tây giống Ackersegen vùng đồng miền Bắc Việt Nam, Luận án Phó tiến sĩ khoa học Nông nghiệp, Trường Đại học Nông nghiệp I- Hà Nội Vũ Triệu Mân (1986), Bệnh virus khoai tây, NXB KHKT Nông nghiệp, Hà Nội Footer Page 233 of 133 233 Header Page 234 of 133 Tài liệu tiếng nước ngoài: Abo M.E and A.A.Sy (1998) Rice virus diseases: Epidemiology and management strategies Journal of sustainable Agriculture 11(2/3):113-134 Accotto G.P., Bragaloni, Luison D., Davino S and Davino M (2003) First report of Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) in Italy New Disease Reports Available from Ajit Kumar (2007) Silent defense: Micro-RNA directed defense against HIV-1 replication Retrovirology 4:26 Aldemita R R, Hodges T K (1996) Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of japonica and indica rice varieties Planta, 199: 612-617 Amin M A., Uddin M A and Hossain M A (2004) Regeneration study some indica rice cultivars followed by Agrobacterium mediated transformation of highly regenerable cultivars, BR-8 Journal of Biological Sciences, 4(2):207-211 Archana Thakur (2003) RNA interference revolution http://www.ejb.org/content/vol16/issue1/full/1 AVRDC 2004, Publication 04-610 Bendahmane M & Gronenborn B (1997) Engineering resistance against tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) using antisense RNA Plant Molecular Biology 33: 351-357 Bernstein E, Caudy, AA, Hammond, SM, and Hannon, GJ (2001) Role for a bidentate ribonuclease in the initiation step of RNA interference Nature 409: 363-366 Bird J, AM Idris, D Rogan and JK Brown (2001) Introduction of the exotic Tomato leaf curl virus-Israel in tomato to Puerto Rico Plant Disease 79: 1250 10 Brown JK (1995) First report of an epidemic in tomato caused by two whitefly-transmitted geminiviruses in Puerto Rico Plant Disease 79: 1250 11 Brunetti A., Tavazza R., Noris E., Lucioli A., Accotto G., Tavazza M (2001) Transgenically Expressed T-Rep of Tomato Yellow Leaf Curl Sardinia Virus Acts as a trans-Dominant-Negative Mutant, Inhibiting Viral Transcription and Replication J Virol 75: 10573-10581 12 Burkhardt P K, Beyer P, Wunn J, Kloti A, Armstrong G A, Schledz M, Vonlintig J, Potrykus I (1997) Transgenic rice (Oryza sativa L.) endosperm expressing daffodil (Narcissus pseudonarcissus) phytoene synthase accumulates phytoene, a key intermediate of provitamin A biosynthesis Plant Journal, 11: 1071-1078 13 Cabauatan, Hibino, Lapis, Omura & Tsuchizaki (1985) Int Rice Res Pap Ser 106: 14 Cabunagan R C (2006) A trip report " Yellowing Syndrome" in Mekong Delta, Vietnam" PBGB, IRRI, August 27 - September Footer Page 234 of 133 234 Header Page 235 of 133 15 Chan M T, Lee T M, Chang H H (1992) Transformation of indica (Oryza sativa L.) mediated by Agrobacterium tumefaciens Plant Cell Physiology, 33:577-583 16 Chen L, Zhang S, Beachy R N, Fauquet C M (1998) A protocol for consistent, large-scale production of fertile transgenic rice plants Plant Cell Reports, 18: 25-31 17 Chen, C C., and R J Chiu (1982) www.tdais.gov.tw/search/issn/2130/doc/23-2.pdf 18 Chettanachit, Putta, Belaveang, Hongkajorn & Disthaporn (1985) Int Rice Res Newsl 10(2): 10, 19 Chomchan, P., G.J Miranda, and Y Shirako (2002) Detection rice grassy stunt tenuivirus nonstructural protein p2, p5 and p6 from infected rice plants and from viliferous brown planthoppers Arch Virol 147: 2291-2300 20 Christou P (1996) Transformation technology Trends Plant Science, 1: 423-431 21 Christou P, Ford T L (1995) Parameters influencing stable transformation of rice immature embryos and recovery of transgenic plants using electric discharge particle acceleration Ann Bot 75: 407-413 22 Christou P, Ford T L, Kofron M (1991) Production of transgenic rice (Oryza sativa L.) plants from agronomically important indica and japonica varieties via electric discharge particle acceleration of exogenous DNA into immature zygotic embryos Bio/Technology, 9: 957-962 23 Christou P, Ford T L, Kofron M (1992) The development of a varietyindependent gene-transfer method in rice Tibtech 10: 239-246 24 Cogoni C and Macino G (1999) Gene silencing in Neurospora crassa requires a protein homologus to RNA-depednet RNA polymerase Nature 399, 166-169 25 Cohen & Harpaz (1964) Entomologia Experimentalis et Applicata 7: 155, 26 Cohen S and FE Nitzany (1966) Transmission and host range of Tomato yellow leaf curl virus Phytopathology 56: 1127-1131 27 Covey, S, Al-Kaff, N Lỏngara, A and Turner, D (1997) Plants combat infection by gene silencing Nature 385: 781-782 28 Czosnek, Ber, Antignus, Cohen, Navot & Zamir (1988) Phytopathology 78: 508 29 Czosnek, Kheyr-Pour, Gronenborn, Remetz, Zeidan, Altman, Rabinowitch, Vidavsky, Kedar, Gafni & Czosnek (1993) Plant Molecular Biology 22: 995 30 Dai S, Zheng P, Marmey P, Zhang S, Tian W, Chen S, Beachy R N, Fauquet C (2001) Comparative analysis of transgenic rice plants obtained by Agrobacterium-mediated transformation and particle bombardment Molecular Breeding, 7: 25-33 31 Datta K, Datta K, Vasquez A, Tu J, Torrizo L, Alam M F, Oliva N, Abrigo E, Khush G S, Datta S K (1998) Constitutive and tissue specific Footer Page 235 of 133 235 Header Page 236 of 133 differential expression of cryIA (b) gene in transgenic rice plants conferring resistance to rice insect pest, Theoretical and Applied Genetics, 97: 20-30 32 Datta K, Koukolikova-Nicola Z, Baisakh N, Oliva N, Datta S K (2000) Agrobacterium-mediated engineering for sheath blight resistance of indica rice cultivars from different ecosystems Theoretical and Applied Genetics, 100: 832-839 33 Datta K, Potrykus I, Datta S K (1992a) Efficient fertile plant regeneration from protoplasts of the indica rice breeding line IR72 (Oryza sativa L.) Plant Cell Reports, 11: 229-233 34 Datta K, Tu J, Oliva N, Ona I, Velazhahan R, Mew T W, Muthukrishnan S, Datta S K (2001) Enhanced resistance to sheath blight by constitutive expression of infection related rice chitinase in transgenic elite indica rice cultivars Plant Science, 60:405-414 35 Datta S K, Datta K, Soltanifar N, Donn G, Potrykus I (1992a) Herbicide resistant indica rice plants from IRRI breeding line IR72 after PEG-mediated transformation of protoplasts Plant Molecular Biology, 20: 619-629 36 Datta S K, Peterhans A, Datta K, Potrykus I (1990b) Genetically engineered fertile indica rice recovered from protoplast Bio/Technology, 8:736-740 37 Datta S.K., A Peterhans, K Datta, I Potrykus (1990) Genetically engineered fertileindica-rice recovered from protoplast, Biotechnology 8: 736–739 38 de Carvalho F., Gheyson G., Kushnir S., van Montagu M., Inzộ D et al (1992) Suppression of beta-1,3-glucanase transgene expression in homozygous plants EMBO J 11: 2595-2602.318 39 Dong J, Teng W, Buchholz W G, Hall T C (1996) Agrobacterium mediated transformation of javanica rice, Molecular Breeding, 2: 267-276 40 Dry IB, Rigden JE, Krake LR, Mullineaux PM, Rezaian MA (1993) Nucleotide sequence and genome organization of tomato leaf curl geminivirus Journal of General Virology 74: 147–51 41 Du Pham Van, R.C Cabunagan and I.R Choi (2005) Rice "yelowing syndrome" in Mekong River Delta Omonrice 13: 135-138 42 Duan X, Li X, Xue Q, Abo-El-Saad M, Xu D, Wu R (1996) Transgenic rice plants harboring an introduced potato proteinase inhibitor II gene are insect resistant Nature Biotechnology, 14: 494-498 43 Enri’quez-Obregon G A, Prieto-Samso’nov D L, De La Rive G A, Perez M, Selman-Housein G, Va’zquez-Padron (1999) Agrobacterium mediated japonica rice transformation: a procedure assisted by an antinecrotic treatment Plant Cell Tissue and Organ Culture, 59:159-168 44 Etienne Herzog, Orlene Guerra-Peraza and Thomas Hohn (2000) The Rice Tungro Bacilliform Virus Gene II Product Interacts with the Coat Protein Domain of the Viral Gene III Polyprotein Journal of Virology, Vol 74, No 5, 2073-2083 Footer Page 236 of 133 236 Header Page 237 of 133 45 Fang, R X., Wang, Q., Xu, B Y., Pang, Z., Zhu, H T., Mang, K Q., Gao, D M., Qin, W S & Chua, N H (1994) Structure of the nucleocapsid protein gene of rice yellow stunt rhabdovirus Virology 204, 367–375 46 Fire, A, Xu, S, Montgomery, MK, Kostas, SA, Driver, SE, and Mello, CC (1998) Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans Nature 391: 806-811 47 Fujimoto H, Itoh K, Yamamoto M, Kyozuka J, Shimamoto K (1993) Insect resistant rice generated by introduction of a modified δ-endotoxin gene of Bacillus thuringiensis Bio/Technology, 11: 1151-1155 48 Ganesan Sunilkumar , LeAnne M Campbell , Lorraine Puckhaber, Robert D Stipanovic, and Keerti S Rathore (2006) Engineering cottonseed for use in human nutrition by tissue-specific reduction of toxic gossypol.PNAS,November 28,2006,Vol.103, No48: 18054-18059 49 Ge X., Chu Z., Lin Y (2006) A tissue culture system for different germplasms of indica rice Plant Cell Reports, 25: 392-402 50 Green, S.K and Kalloo, G (1994) Leaf curl and yellowing viruses of peper and tomato: An overview, Technical bulletin, AVRDC, No.21, 51p 51 Hajimorad MR, A Kheyr-Pour, V Alavi, A Ahoonmanesh, M Bahar, MA Rezaian and B Gronenborn (1996) Identification of whitefly transmitted Tomato yellow leaf curl geminivirus from Iran and a survey of its distribution with molecular probes Plant Phytopathology 4: 418-425 52 Hall, IM, Shankaranarayana, GD, Noma K, Ayoub, N, Cohen, A and Grewal SI (2002) Establishment and maintenance of a heterochromatic domain Science 297: 2232-2237 53 Hamilton, A.J & Baulcome, D.C (1999) A species of small antisense RNA in posttranscriptional gene silencing in plants Science 286: 950-952 54 Hammond, SM (2005) Dicing and slicing The core machinery of the RNA interference pathway FEBS Lett 579: 5822-5829 55 Han J, Lee Y, Yeom K-H, Nam J-W, Heo I, Rhee J-K, Sohn SY, Cho Y, Zhang B-T, Kim VN (2006) "Molecular basis for the recognition of primary microRNAs by the Drosha-DGCR8 complex" Cell 125 (5): 887– 901 56 Hanley-Bowdoin, L., S B Settlage, B M Orozco, S Nagar, and D Robertson (1999) Geminiviruses: models for plant DNA replication, transcription, and cell cycle regulation Crit Rev Plant Sci 18:71–106 57 Hannon, GJ (2002), RNA interference Nature 418: 244-251 58 Hayakawa T, Zhu Y, Itoh K, Kimura Y, Izawa T, Shimamoto K, Toriyama S (1992) Genetically engineered rice resistant to rice stripe virus, an insect-transmitted virus Proc Natl Acad Sci USA 89: 9865-9869 59 Hayashimoto A, Li Z, Murai N (1990) A polyethylene glycol mediated protoplast transformation system for production of fertile transgenic rice plants Plant Physiology, 93: 857-863 Footer Page 237 of 133 237 Header Page 238 of 133 60 Helliwell C and Waterhouse, P (2005) Constructs and Methods for hairpin RNA-mediated Gene Silencing in Plants Methods in Enzymology 392, RNA Interference, edited by David R Engelke and John Rossi 61 Helliwell, C and Waterhouse, P (2003) Constructs and methods for highthroughput gene silencing in plants Methods 30: 289-95 62 Hibino & Cabauatan (1983a) Int Rice Res Newsl 8(2): 12 63 Hibino (1979) Rev Pl Prot Res 12: 98 64 Hibino, Cabauatan, Omura & Tsuchizaki (1983b) Int Rice Res Newsl 8(6): 11 65 Hibino, Cabauatan, Omura & Tsuchizaki (1985) Pl Dis 69: 538 66 Hibino, H., Ishikawa, K., Omura, T., Cabauatan, P Q & Koganezawa, H (1991) Characterization of rice tungro bacilliform and rice tungro spherical viruses Phytopathology 81: 1130-1132 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/00.065.0.02.001.htm 67 Hibino, H., Roechan, M., Sudarisman, S and Tantera, DM (1977) Contr Centr Res Inst Agric Bogor No 35: 15 68 Hiei Y, Komari K, Kubo T (1997) Transformation of rice mediated by Agrobacterium tumefaciens Plant Molecular Biology, 35: 205-218 69 Hiei Y, Komari T (2006) Improved protocol for transformation of indica rice mediated by Agrobacterium tumefaciens Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 85: 271-283 70 Hiei Y, Ohta S, Toshihiro K, Komari T (1994) Efficient transformation of rice (Oryza sativa L.) mediated by Agrobacterium and sequences analysis of the boundaries of the T-DNA Plant Journal, 2: 271-282 71 Hiei Y., S Ohta, T Komari, T Kumashiro (1994) Efficient transformation of rice (Oryza sativaL.) mediated by Agrobacteriumand sequence analysis of the boundaries of the T-DNA, Plant J 6: 271–282 72 Hironori Nishitsuji, Tamako Ikeda, Hiroyuki Miyoshi, Takashi Ohashi, Mari Kannagi and Takao Masuda (2004) Expression of small hairpin RNA by lentivirus-based vector confers efficient and stable gene-suppression of HIV-1 on human cells including primary non-dividing cells Microbes and Infection 6: 76-85 73 Hiroyuki Hibino (1996).Biology and epidemiology of rice viruses.Annual Review of Phytopathology, Vol 34: p249-274 74 Hiroyuki K, Terauchi R (2008) Regulation of expression of rice thaumatin-like protein: inducibility by elicitor requires promoter W-box elements Plant Cell Reports, 27:1521–1528 75 Hoa T T C, Al-Babili S, Schaub P, Potrykys I, Beyer P (2003) Golden indica and japonica rice lines amenable to deregulation Plant Physiology, 133:161-169 76 http://bulletin.irri.cgiar.org/bulletin/2007.22/default.asp 77 http://trithuc.thanhnienkhcn.org.vn/home/detail.php?module=news&iCha=57 &iCat=139&iNew=496) 78 http://www.eppo.org/QUARANTINE/virus Footer Page 238 of 133 238 Header Page 239 of 133 79 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=109140000 80 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=109140056 81 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=14279200 82 http://www.rice.com.vn/Vietnamese/TinTucGao?action=viewNews&id=128 ); 83 http://www.sciencenews.org/articles/20061125/fob1.asp 84 http://www.vietrade.gov.vn/old/news.asp?cate=75&article=10835&lang=vn) 85 http://www.vietrade.gov.vn/old/news.asp?cate=75&article=10835&lang=vn 86 Huang Y.W., Y.-F Geng, X.-B Ying, X.-Y Chen, and R.-X Fang (2005) Identification of a Movement Protein of Rice Yellow Stunt Rhabdovirus J Virol 79(4): 2108 - 2114 87 Husnain T, Khanum F, Riazuddin S, Gordon M P (1995) Transformation of Basmati rice (Oryza sativa L.) with bacterial genes by particle bombardment Pak J Pl Sci 1: 219-228 88 Hutvagner G, Zamore PD (2002) A microRNA in a multiple-turnover RNAi enzyme complex Science 297: 2056–2060 89 Ioannau,N., Iordanou,N (1985) Epidermiology of Tomato yellow leaf curle virus in relation to the population density of its whitefly vector, Bemisia tabaci (Genn.) Tech Bull.71, Agricultural Research Institute, Nicosia, CY.7.p 90 Jeon JS, Lee S, Jung KH, Jun SH, Jeong DH, Lee J, Kim C, Jang S, Lee S, Yang K, Nam J, An K, Han MJ, Sung RJ, Choi HS, Yu JH, Choi JH, Cho SY, Cha SS, Kim SI, An G (2000) T-DNA insertional mutagenesis for functional genomics in rice Plant J 22:561–570 91 Jiang J, Linscombe S D, Wang J, Oard J H (2000) High efficiency transformation of U.S rice lines from mature seed derived calli and segregation of glufosinate resistance under field conditions Crop Science, 40:1729-1741 92 Kathuria H, Giri J, Tyagi H, Tyagi AK (2007) Advances in transgenic rice biotechnology Crit Rev Plant Sci 26:65–103 93 Kenjirou Ozawa (2009) Establishment of a high efficiencyAgrobacteriummediated transformation system of rice (Oryza sativa L.) Plant Science 176:522–527 94 Khanna H K., Raina S K (1999) Agrobacterium mediated transformation of indica rice cultivars using binary and superbinary vectors Aust Journal Plant Physiology, 26: 311-324 95 Khanna HK, Raina SK (2002) Elite indica transgenic rice plants expressing modified Cry1Ac endotoxin of Bacillus thuringiensis show enhanced resistance to yellow stem borer (Scirpophaga incertulas) Transgenic Res 11:411–423 96 Kim S T, Yu S, Kang Y H, Kim S G, Kim J-Y, Kim S-H, Kang K Y (2007) The rice pathogen-related protein 10 (JIOsPR10) is induced by Footer Page 239 of 133 239 Header Page 240 of 133 abiotic and biotic stress and exhibits ribonuclease activity Plant Cell Reports, 27(3):593-603 97 Koetje D S, Grimes H D, Wang Y C, Hodes T K (1989) Regeneration of indica rice (Oryza sativa L.) from primary callus derived from immature embryos Journal of Plant Physiology, 135:184-190 98 Komari T, Hiei Y, Saito Y, Murai N, Kumashoro T (1996) Vectors carrying two separate T-DNAs for co-transformation of higher plants mediated by Agrobacterium tumefaciens and segregation of transformants free from selection markers Plant Journal, 10: 165-174 99 Kumria, R Waie, B and Rajam (2001) Plant regeneration from transformed embryogenic callus of an elite indica rice via Agrobacterium Plant Cell tissue Organ Cult, 67, 63-71 100 Kurihara Y, Watanabe Y (2004) Arabidopsis micro-RNA biogenesis through Dicer-like protein functions Proc Natl Acad Sci USA 101(34):12753-8 101 Lagos-Quintana, M, Rauhut, R, Lendeckel, W and Tuschl, T (2001) Identification of novel genes coding for small expressed RNAs Science 294: 853-858 102 Lau, NC, Lim, LP, Weinstein, EG, and Bartel, DP (2001) An abundant class of tiny RNAs with probable regulatory roles in Caenorhabditis elegans Science 294: 858-862 103 Lee RC, Feinbaum RL, Ambros V (1993) The C elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14 Cell 75: 843-854 104 Lee, K., Jeon, H and Kim, M (2002) Optimization of a mature embryo-base in vitro culture system for high-frequence somatic embryogenic callus induction and plant regeneration from japonica rice cultivars Plant Cell Tissue Cult 71: 237-244 105 Lee, RC and Ambros, V (2001) An extensive class of small RNAs in Caenorhabditis elegans Science 294: 862-864 106 Lin YJ, Zhang QF (2005) Optimising the tissue culture conditions for high efficiency transformation of indica rice Plant Cell Rep 23:540–547 107 Lindbo J.A & Dougherty W.G (1992) Untranslatable transcripts of the tobacco etch virus coat protein gene sequence can interfere with tobacco etch virus replication in transgenic plants and protoplasts Virology 189: 725–733 108 Ling, K.C (1977) Int Rice Res Newsl 2: 109 Liu, Q., Singh, S.P and Green, A.G (2002) High-stearic and higholeic cotton seed oils produced by hairpin RNA-mediated posttranscriptional gene silencing Plant Physiology 129: 1732-1743 110 Luo, Z L & Fang, R X (1998) Structure analysis of the rice yellow stunt rhabdovirus glycoprotein gene and its mRNA Arch Virol 143: 2453–2459 Footer Page 240 of 133 240 Header Page 241 of 133 111 M A Zaidi, M Narayanan, et al (2006) Optimizing tissue culture media for efficient transformation of different indica rice genotypes Agronomy Research 4(2): 563-575 112 Maneewan K, Bunnag S, Theerakulpisut P, Kosittrankun M, Suwanagul A (2005) Transformation of rice (Oryza sativa L.) cv Chainat using chitnase gene Songklakarin Journal of Sci Technology, 27(6):11511162 113 Mariappan, Hibino & Shanmugam (1984) Int Rice Res Newsl 9(6): 114 Maruthasalam S, Kalpana K, Kumar K, Loganathan M, Poovannan K (2007) Pyramiding transgenic resistance in elite indica rice cultivars against the sheath blight and bacterial blight Plant Cell reports, 26: 791-804 115 Matzke M, Primig, M, Trnovsky, J and Matzke, A (1989) Reversible methylation and inactivation of marker genes in sequentially transformed plants EMBO J 8: 643-649 116 Meister, G and Tuschl, T (2004) Mechanisms of gene silencing by double-stranded RNA Nature 431: 343-349 117 Mello, CC and Conte Jr, D (2004) Revealing the world of RNA interference Nature 431: 338-342 118 Mette, MF, Aufsatz, W, van der Winden, J, Matzke, M and Matzke A (2000) Transcriptional gene silencing and promoter methylation triggered by double stranded RNA EMBO J 19: 5194-5201 119 Miki.D and Shimamoto K (2004) Simple RNAi vectors for stable and transient suppression of gene function in rice Plant Cell Physiol.45(4): 490-495 120 Mohanty A, Sharma N P, Tyagi A K (1999) Agrobacteriummediated high frequency transformation of an elite indica rice variety Pusa Basmati-1 and transformation of the transgenes to R2 progeny Plant Science, 147: 127-137 121 Montgomery, MK, Xu S, and Fire A (1998) RNA as target of double-stranded RNA-mediated genetic interference in Caenorhabditis elegans Proc Natl Acad Sci 95: 15502-15507 122 Moriones, E and Navas-Castillo, J (2000) Tomato yellow leaf curl virus, an emerging virus complex causing epidemics worldwide Virus Res 71: 123–134 123 Morita T, Mochizuki Y, Aiba H (2006) Translational repression is sufficient for gene silencing by bacterial small noncoding RNAs in the absence of mRNA destruction Proc Natl Acad Sci U S A 103 (13): 4858–63 124 Murchison, EP and Hannon, GJ (2004) miRNAs on the move: miRNA biogenesis and the RNAi machinery Curr Opin Cell Biol 16: 223229 125 Nakhla, M.K and Maxwell, D.P (1998) Epidemiology and management of tomato yellow leaf curl disease In: Plant Virus Disease Footer Page 241 of 133 241 Header Page 242 of 133 Control (Hadidi, A., Khetarpal, R.K & Koganezawa, H eds), pp 565–583 St Paul, MN: APS Press 126 Nakhla, Maxwell, Martinez, Carvalho,Gilbertson (1994) Plant Disease 78: 926 127 Napoli, C, Lemieux, C and Jorgensen, R (1990) Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible cosuppression of homologous genes in trans Plant Cell 2: 279-289 128 Navas-Castillo J, Sanchez-Campos S, Noris E, Louro D, Accotto GP and Moriones E (2000) Natural recombination between Tomato yellow leaf curl vir 129 Navot, Pichersky, Zeidan, Zamir & Czosnek (1991) Virology 185: 151 130 Nono-Womdim, R et al (1997) Tomato yellow leaf curle virus and Tomato leaf curle-like viruses in Eastern and Southern Africa 131 Palmer, Soepriaman & Kartaatmadja (1978) Pl Dis Reptr 62: 962 132 Palomar & Ling (1968) Philipp Phytopath 4: 14 Plant vrirus online http://image.fs.uidaho.edu/vide/sppindex.htm 133 Park S.H, Morris J.L.; Park J.E.u.n.; Hirschi K.D.; Smith R.H.(2003) Efficient and genotype-independent Agrobacterium - mediated tomato transformation; Journal of Plant Physiology, Volume 160, Number 10, October 2003 , pp 1253-1257(5) 134 Peng J, Wen F, Lister R L, Hodges T K (1995) Inheritance of gus A and neo genes in transgenic rice Plant Molecular Biology, 27: 91-104 135 Plasterk, RHA (2002) RNA Silencing: The Genome's Immune System Science 296: 1263-1265 136 Polston 2nd Intl Workshop on Bemisia and Geminiviral Diseases, San Juan, Puerto Rico, L-40, 1998 137 Powell- Abel, P et al (1986) Delay of disease development in transgenic plants that express the tobacco mosaic virus coat protein gene Science 232: 738–743 138 Praveen S, Dasgupta A & Varma A (2004) Phylogenetic Analysis and Homologies of the Replicase of Tomato Leaf Curl Geminiviruses: Implications for Obtaining Pathogen Derived Resistance Virus Gene 28(1): 197-201 139 Praveen S, Mishra AK & Dasgupta A (2005) Antisense suppression of replicase gene expression recovers tomato plants from leaf curl infection Plant Science 168: 1011-1014 140 Praveen Shelly, Anil K Mishra and Ginny Antony (2006) Viral Suppression in Transgenic Plants Expressing Chimeric Transgene from Tomato Leaf Curl Virus and Cucumber Mosaic Virus Plant Cell, Tissue and Organ Culture, Volume 84, Number 1: 49 – 55 Footer Page 242 of 133 242 Header Page 243 of 133 141 Praveen Shelly, Ramesh S.V, Mishra A.K, 2010 Silencing potencial of viral derived RNAi cónstructs in Tomato leaf curl virus – AC4 gene suppression in tomato Transgenic Research, 19:45-55 142 Rachmawati D, Anzai H (2006) Studies on callus induction, plant regeneration and transformation of javanica rice cultivars Plant Biotechnology, 23:521-524 143 Rai M, Datta K, Parkhi V, Tan J, Oliva N, Chawla H S, Datta S K (2007) Variable T-DNA linkage configuration affects inheritance of carotenogenic transgenes and carotenoid accumulation in transgenic indica rice Plant Cell reports, 26(8):1221-1231 144 Raineri D M, Bottino P, Gordon M P, Nester E W (1990) Agrobacterium-mediated transformation of rice (Oryza sativa L.) Bio/Technology, 8:33-38 145 Rashid H, Yokoi S, Toriyama K, Hinata K (1996) Transgenic plant production mediated by Agrobacterium in indica rice, Plant Cell Reports 15: 727-730 146 Rashid, H., Bokhari, S.Y.A and Quaraishi, A (2001) Callus induction, regeneration and hygromycin selection of rice (Super Basmati) online J Biological Sci 1, 1145-1146 147 Ratcliff, F, Harrison, B and Baulcombe, D (1997) A similarity between viral defence and gene silencing in plants Science 276: 1558-1560 148 Reinhart, BJ, Weinstein, EG, Rhodes, MW, Bartel, B and Bartel DP (2002) MicroRNAs in plants Genes Dev 16, 1616-1626 149 Rivera, Ou & Lida (1966) Pl Dis Reptr 50: 453 150 Romano, N and Macino, G (1992) Quelling: Transient inactivation of gene expression in Neurospora crassa by transformation with homologous sequences Mol Microbiol 6: 3343-3353 151 Ruvkun, G (2001) Molecular biology Glimpses of a tiny RNA world Science 294 (5543): 797-9 152 S Tamura (1968) Shoot formation in calli originated from rice embryo, Proc Jpn Acad.44: 544–548 153 S Toki, N Hara, H Onodera, A Tagiri, S Oka, H Tanaka (2006) Early infection of scutellum tissue withAgrobacterium allows highspeed transformation of rice, Plant J 47: 969–976 154 Sanford JC & Johnston SA (1985) The concept of parasite-derived resistance – deriving resistance genes from the parasite's own genome J Theor Biol 113: 395-405 155 Sato Y, Yokoya S (2008) Enhanced tolerance to drought stress in transgenic rice plants over-expressing a small heat shock protein, sHSP17.7 Plant Cell Reports, 27:329-334 156 Sharp, PA (2006) The Biology of Short RNAs In "RNA World", Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY 157 Shikata, E., Leelopang, Tiongo, E.R and Ling, K.C (1977) Int Rice Res Newsl 2: Footer Page 243 of 133 243 Header Page 244 of 133 158 Sijen, T, Vijn, I, Rebocho, A, van Blokland R, Roelofs, D et al (2001) Transcriptional and posttranscriptional gene silencing are mechanistically related Curr Biol 11: 436-440 159 Sinisterra X.H., Polston N.J.E., Abouzid A.M & Hiebert E (1999) Tobacco plants transformed with a modified coat protein of tomato mottle begomovirus show resistance to virus infection Phytopathology 89: 701– 706 160 Smith N.A., Singh S.P., Wang M-B., Stoutjesdijk P.A., Green A.G., Waterhouse P.M (2000) Total silencing by intronspliced hairpin RNAs Nature 407: 319-320 161 Smith, CJS, Watson, CF, Bird, CR, Ray, J Schuch, W and Grierson, D (1990) Expression of a truncated tomato polygalacturonase gene inhibits expression of the endogenous gene in transgenic plants Mol Gen Genet 224: 447-481 162 Soutschek, J et al (2004) Therapeutic silencing of an endogenous gene by systematic administration of modified siRNAs Nature 432: 173178 163 Sridevi, G., Sabapathi, N., Meana, P., et al (2003) Transgenic indica rice variety Pusa basmati Constitutively expressing a rice chitinase gene exhibits enhanced resistance to Rhizoctonia solani.J Plant Biochem Biotech.12, 93-101 164 Sripriya R, Raghupathy V, Veluthambi K (2008) Generation of selectable marker-free sheath blight resistant transgenic rice plants by efficient co-transformation of a cointegrate vector T-DNA and a binary vector T-DNA in one Agrobacterium tumefaciens strain Plant Cell Reports, 27:1635–1644 165 Stark A, Bushati N, Jan CH, et al (2008) A single Hox locus in Drosophila produces functional microRNAs from opposite DNA strands Genes Dev 22 (1): 8–13 166 Tabara H, Grishok A., Mello C.C (1998) RNAi in C elegans: Soaking in the genome sequence Science 282: 430-431 167 Tabara, H, Sarkissian M, Kelly WG, Fleenor, J, Grishok, A, Timmons, L, Fire, A and Mello CC (1999a) Mut-7 of C elegans, required for transposon silencing and RNA interference, is a homolog of Werner syndrome helicase and RNase D Cell 99: 133-141 168 Tabara, H, Sarkissian M, Kelly WG, Fleenor, J, Grishok, A, Timmons, L, Fire, A and Mello CC, (1999b) The rde-1 gene, RNA interference, and transposon silencing in C elegans Cell 99: 123-132 169 Tada T, M Sakamoto, T Fujimura, (1990) Efficient gene introduction into rice by electroporation and analysis of transgenic plants: use of electroporation buffer lacking chloride ions, Theory Appl Genet 80 475–480 Footer Page 244 of 133 244 Header Page 245 of 133 170 Tavernarakis N., Wang.S.L, Doroskov, M.,Ryazonov,A., Driscoll M (2000) Heritable and inducible genetic interference by double stranded RNA encoded by transgenes Nat Genet 24: 180-183 171 Terada R., H Asao, S Iida, (2004) A large-scaleAgrobacteriummediated transformation procedure with a strong positive–negative selection for gene targeting in rice (Oryza sativa L.), Plant Cell Rep 22 653–659 172 Timmons L and Fire A (1998) Specific interference by ingested dsRNA Nature 395: 854 173 Tobias D J, Manoharan M, Prisch C, Dahleen L S (2007) Cobombardment, integration and expression of rice chitinase and thaumatin-like protein gene in barley (Hordeum vulgare cv Conlon) Plant Cell Reports, 26:631-639 174 Toki S, Hara N, Ono K, Onodera H, Tagiri A, Oka S, Tanaka H (2006) Early infection of scutellum tissue with Agrobacterium allows highspeed transformation of rice The Plant Journal, 47:969-976 175 Toki S (1997) Rapid and efficient Agrobacterium-mediated transformation in rice Plant Molecular Biology Reports, 15: 16-21 176 Toriyama K, Arimoto Y, Uchimeya H, Himata K (1988) Transgenic rice plants after direct gene transfer into protoplasts Biotechnology, 6: 1072-1074 177 Tuschl, T, Zamore, PD, Lehmann, R, Bartel, DP, and Sharp PA (1999) Targeted mRNA degradation by double-stranded RNA in vitro Genes Devel 13: 3191-3197 178 Us-Is and Tomato leaf curl virus Journal of General Virology 81: 2797-2801 179 van Blokland, K, van der Geest, N, Mol, J, and Kooter, J (1994) Transgene-mediated suppression of chalcone synthase expression in Petunia hybrida results from an increase in RNA turnover Plant J 6: 861-877 180 van der Krol, A, Mur, L Beld, M, Mol, JNM, and Stuitje, AR (1990) Flavonoid genes in petunia: Addition of a limited number of gene copies may lead to a suppression of gene expression Plant Cell 2: 291-299 181 van Wezel, R., Liu, H., Tien, P., Stanley, J and Hong, Y (2001) Gene C2 of the monopartite geminivirus tomato yellow leaf curl virus-China encodes a pathogenicity determinant that is localized in the nucleus Mol Plant-Microbe Interact 14: 1125–1128 182 Veluthambi K, Gupta A K, Sharma A (2003) The current status of plant transformation technologies Current Science, 84 (3): 368-380 183 Vera Thole and Roger Hull (2002) Characterization of a protein from Rice tungro spherical virus with serine proteinase-like activity Journal of General Virology 83: 3179-3186 184 Visarada K.B.R.S and N.P Sarma, 2004, Transformation of Indica Rice Through Particle Bombardment: Factors Influencing Transient Expression and Selection Biologia Plantarum, Vol.48, No1, 25-31 Footer Page 245 of 133 245 Header Page 246 of 133 185 Volpe, TA, Kidner, C, Hall, IM, Teng, G, Grewal, SI and Martienssen, RA (2002) Regulation of heterochromatic silencing and histone H3 lysine-9 methylation by RNAi Science 297: 1833-1837 186 Wang LJ, Ming XT et al (2002) Callus induction and regeneration from mature seeds of indica rice Minghui 63 and anti-fungi assay of transgenic rice plants Cheng Xue Bao 18:323-326 187 Wang M.B., Abbott D.C., Waterhouse P.M (2000) A single copy of a virus-derived transgene encoding hairpin RNA gives immunity to barley yellow dwarf virus Molecular Plant Path 1: 347-356 188 Wang, M.-B and Waterhouse, P.M (2002) Application of gene silencing in plants Current Opinion in Plant Biology 5: 146-150 189 Wasaki, Nakano & Shinkai (1980) Proc Assoc Pl Prot Kyushu 26: 190 Wassenegger, M, Heimes, S, Riedel, L and Sọnger H (1994) RNAdirected de novo methylation of genomic sequences in plants Cell 76: 567576 191 Waterhouse P.M., Graham M.W & Wang M-B (1998) Virus resistance and gene silencing in plants can be induced by simultaneous expression of sense and antisense RNA Proc Natl Acad Sci USA 95: 13959–13964 192 Waterhouse, P.M., Smith, N.A and Wang, M.-B (1999) Virus resistance and gene silencing: killing the messenger Trends in Plant Science 4: 452-457 193 Waterhouse, P.M., Wang, M.-B and Lough T (2001) Gene silencing as an adaptive defence against viruses Nature 411: 834-842 194 Wesley, S.V., Helliwell, C.A., Smith, N.A., Wang, M.B., Rouse, D.T., Liu, Q., Gooding, P.S., Singh, S.P., Abbott, D., Stoutjesdijk, P.A., Robinson, S.P., Gleave, A.P., Green, A.G and Waterhouse, P.M (2001) Construct design for efficient, effective and high-throughput gene silencing in plants Plant J 27:581–590 195 Wunn J, Kloti A, Burkhardt P K, Ghosh Biswas G C, Launis K, Iglesias V A, Potrykus I (1996) Transgenic indica rice breeding line IR58 expressing a synthetic crylA (b) gene from Bacillus thuringiensis provides effective insect pest control Bio/Technology, 14: 171-176 196 Xu D, Duan X, Wang B, Hong B, David Ho T-H, Wu R (1996) Expression of a late embryogenesis abundant protein gene, Hva1, from barley confers tolerance to water deficit and salt stress in transgenic rice Plant Physiology, 110: 249-257 197 Y.J Lin, Qifa Zhang (2005) optimising the tissue culture conditions for high efficiency transformation of indica rice Plant cell Rep 23:540-547 198 Yang X, Liang Z, Wen X, Lu C (2008) Genetic engineering of the biosynthesis of glycinebetaine leads to increased tolerance of photosynthesis to salt stress in transgenic tobacco plants Plant Molecular Biology, 66:7386 Footer Page 246 of 133 246 Header Page 247 of 133 199 Yanwei Huang, Heng Zhao, Zongli Luo, Xiaoying Chen and Rong-Xiang Fang (2003) Novel structure of the genome of Rice yellow stunt virus: identification of the gene 6-encoded virion protein J Gen Virol Vol 84, Issue 8: 2259-64 200 Yin,Q., Yang, H.,Gong, Q.,Wang, H., Liu, Y., Hong., Y.,Tien,P (2001) Tomato yellow leaf curl China virus: monopartite genome organization and agroinfection of plants Virus Research 81: 69–76 201 Yoshimura S, Yamanouchi U, Katayose Y, Toki S, Wang Z-X, Kono I, Kurata N, Yano M, Iwata N, Sasaki T (1998) Expression of Xa1, a bacterial blight-resistance gene in rice, is induced by bacterial inoculation Proc Natl Acad Science, 95: 1663-1668 202 Zakay, Navot, Zeidan, Kedar, Rabinowitch, Czosnek & Zamir (1991) Plant Disease 75: 279 203 Zamore, PD and Haley, B (2005) Ribo-gnome: The Big World of Small RNAs Science 309: 1519-1524 204 Zeng Y, Cullen BR (2005) "Efficient processing of primary microRNA hairpins by Drosha requires flanking nonstructured RNA sequences" J Biol Chem 280 (30): 27595–603 205 Zhang S, Song W-Y, Chen L, Ruan D, Taylor N, Ronald P, Beachy R, Fauquet C (1998) Transgenic elite Indica rice varieties, resistant to Xanthomonas oryzae pv oryzae Molecular Breeding, 4: 551-558 206 Zhang W, Wu R (1988) Efficient regeneration of transgenic plants from rice protoplasts and correctly regulated expression of the foreign gene in the plants Theoretical and Applied Genetics, 76: 835-840 207 Zhong-Liang Ma, Yang Huai-Yi, Wang Rong, Tien Po (2004) Construct hairpin RNA to fight against Rice dwarf virus Acta Botanica Sinica 46 (3): 332-336 Footer Page 247 of 133 247 ... HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NT CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04 BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU CÔNG NGHỆ RNAi ĐỂ KIỂM SOÁT BỆNH VIRUS Ở LÚA VÀ... mã trình tự gen đặc thù gây bệnh vàng lùn, lùn xoăn lúa xoăn cà chua 2.1 Nghiên cứu phân lập DNA virus RTBV lúa 2.2 Nghiên cứu phân lập DNA-A virus gây bệnh TYLCV cà chua 2007 2009 2007 2008 Xây... mẫu bệnh xoăn cà chua mẫu bệnh vàng lùn, lùn xoăn lúa từ vùng bệnh 2007 Xác định mẫu nhiễm bệnh virusTYLCV cà chua nhiễm virus lúa (RGSV, 2007 RRSV) Giải mã trình tự gen đặc thù gây bệnh vàng