Nghiên cứu chức năng của các yếu tố phiên mã liên quan đến quá trình phân hoá của rễ lúa bằng các ph

Header Page of 133 BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PHÁT TRIỂN NÔNG THÔN VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI HỢP TÁC KH&CN VIỆT NAM-CỘNG HÒA PHÁP NGHIÊN CỨU CHỨC NĂNG CỦA CÁC YẾU TỐ PHIÊN Mà LIÊN QUAN ĐẾN QUÁ TRÌNH PHÂN HÓA CỦA RỄ LÚA BẰNG PHƯƠNG PHÁP GÂY SIÊU BIỂU HIỆN VÀ BẤT HOẠT RNA (RNA INTERFERENCE) Chủ nhiệm đề tài: TS LÊ QUỲNH MAI 7825 26/3/2010 HÀ NỘI – 2009 Footer Page of 133 Header Page of 133 BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP CHƯƠNG TRÌNH HỢP TÁC KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM – CỘNG HÒA PHÁP BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ ðỀ TÀI/DỰ ÁN NGHIÊN CỨU CHỨC NĂNG CỦA CÁC YẾU TỐ PHIÊN Mà LIÊN QUAN ðẾN QUÁ TRÌNH PHÂN HÓA CỦA RỄ LÚA BẰNG PHƯƠNG PHÁP GÂY SIÊU BIỂU HIỆN VÀ BẤT HOẠT RNA (RNA interference) Chủ nhiệm ñề tài/dự án: (ký tên) Cơ quan chủ trì ñề tài/dự án: (ký tên ñóng dấu) TS Lê Quỳnh Mai Ban chủ nhiệm chương trình (ký tên) PGS TS Lê Huy Hàm Bộ Khoa học Công nghệ (ký tên ñóng dấu gửi lưu trữ) Hà Nội – 2009 Footer Page of 133 Header Page of 133 BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT VIỆN KHOA HỌC NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP CỘNG HOÀ Xà HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM ðộc lập - Tự - Hạnh phúc Hà Nội, ngày tháng năm 200 BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN ðỀ TÀI/DỰ ÁN SXTN I THÔNG TIN CHUNG Tên ñề tài/dự án: Nghiên cứu chức yếu tố phiên mã liên quan ñến trình phân hoá rễ lúa phương pháp gây siêu biểu gen bất hoạt RNA ( RNA interference) Mã số ñề tài, dự án: Thuộc: Chương trình hợp tác Khoa học Công nghệ Việt Nam – Cộng hòa Pháp Chủ nhiệm ñề tài/dự án: Họ tên: Lê Quỳnh Mai Ngày, tháng, năm sinh: 01/12/1980 Nam/ Nữ: Nữ Học hàm, học vị: Tiến sĩ Chức danh khoa học: Nghiên cứu viên Chức vụ: ðiện thoại: Tổ chức: +844 37544711 Nhà riêng: Mobile: Fax: E mail: lequynhmai80@gmail.com Tên tổ chức ñang công tác: Viện Di truyền Nông nghiệp ðịa tổ chức: Km2, Phạm Văn ðồng, Từ liêm, Cầu giấy, Hà Nội ðịa nhà riêng: Số nhà 11B, ngõ 27, phố Võng Thị, phường Bưởi, Quận Tây Hồ, Hà Nội Tổ chức chủ trì ñề tài/dự án: Tên tổ chức chủ trì ñề tài: Viện Di truyền Nông nghiệp ðiện thoại: +844 37544711 Footer Page of 133 Fax: 844 37540984 Header Page of 133 E-mail: VDT@agi.ac.vn Website: ðịa chỉ: Km2, Phạm Văn ðồng, Từ liêm, Cầu giấy, Hà Nội Họ tên thủ trưởng tổ chức: PGS TS Lê Huy Hàm Số tài khoản: 301.01.035.4 Ngân hàng: Kho bạc nhà nước Từ Liêm, Hà Nội Tên quan chủ quản ñề tài: Bộ Nông nghiệp Phát triển Nông thôn Chủ nhiệm ñề tài ñối tác nước Họ tên: Pascal Gantet Học hàm, học vị, chuyên môn: Giáo sư Chức danh khoa học: Giáo sư trường ðH Montppellier 2, Pháp ðiện thoại quan: +33 (0) 67 61 65 44 Fax: 33 (0) 67 61 56 05 E-mail: pgantet@univ-montp2.fr II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN Thời gian thực ñề tài/dự án: - Theo Hợp ñồng ñã ký kết: từ tháng 01/ năm 2008 ñến tháng 12/ năm 2009 - Thực tế thực hiện: từ tháng 01/năm 2008 ñến tháng 12/năm 2009 Kinh phí sử dụng kinh phí: a) Tổng số kinh phí thực hiện: 1.250 tr.ñ, ñó: + Kính phí hỗ trợ từ SNKH:1.250 tr.ñ + Kinh phí từ nguồn khác: tr.ñ + Tỷ lệ kinh phí thu hồi ñối với dự án (nếu có): ………… b) Tình hình cấp sử dụng kinh phí từ nguồn SNKH: Số TT Theo kế hoạch Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.ñ) 01/2008 – 400 Footer Page of 133 Thực tế ñạt ñược Thời gian Kinh phí (Tháng, năm) (Tr.ñ) 01/2008 – 12/ 379,5 Ghi (Số ñề nghị toán) Header Page of 133 12/2008 01/2009 – 12/ 2009 2008 01/2009 – 12/ 2009 850 766,55 c) Kết sử dụng kinh phí theo khoản chi: ðối với ñề tài: ðơn vị tính: Triệu ñồng Số TT Nội dung khoản chi Theo kế hoạch Trả công lao ñộng (khoa học, phổ thông) 350 350 Nguồn khác Nguyên, vật liệu, lượng Thiết bị, máy móc Xây dựng, sửa chữa nhỏ ðoàn ðoàn vào Chi khác Tổng cộng 500 500 497,825 497,825 202 64 134 1.250 202 64 134 1.250 0 0 201,912 201,912 46,5 46,5 99,879 99,879 1.146,1 1.146,1 0 Tổng SNKH Thực tế ñạt ñược Tổng SNKH 315,56 315,56 Nguồn khác 0 - Lý thay ñổi (nếu có): ðối với dự án: ðơn vị tính: Triệu ñồng Số TT Nội dung khoản chi Thiết bị, máy móc mua Nhà xưởng xây dựng mới, cải tạo Kinh phí hỗ trợ công nghệ Footer Page of 133 Theo kế hoạch Tổng SNKH Nguồn khác Thực tế ñạt ñược Tổng SNKH Nguồn khác Header Page of 133 Chi phí lao ñộng Nguyên vật liệu, lượng Thuê thiết bị, nhà xưởng Khác Tổng cộng - Lý thay ñổi (nếu có): Các văn hành trình thực ñề tài/dự án: (Liệt kê ñịnh, văn quan quản lý từ công ñoạn xác ñịnh nhiệm vụ, xét chọn, phê duyệt kinh phí, hợp ñồng, ñiều chỉnh (thời gian, nội dung, kinh phí thực có); văn tổ chức chủ trì ñề tài, dự án (ñơn, kiến nghị ñiều chỉnh có) Số TT Số, thời gian ban hành văn Quyết ñịnh số 355/QðBKHCN Ngày 10 tháng năm 2008 Quyết ñinh số 3152/Qð-BKHCN Ngày 27 tháng 12 năm 2007 Quyết ñinh số 2530/Qð-BKHCN Ngày 31 tháng 10 năm 2007 Hợp ñồng: 2008/HðNðT Ngày 19 tháng năm 2008 Quyết ñịnh số 2267/Qð-BKHCN Ngày 14 tháng 10 năm 2008 Tên văn Ghi Về việc phê duyệt nhiệm vụ hợp tác quốc tế khoa học công nghệ theo nghị ñịnh thư bắt ñầu thực từ năm 2008 Về việc thành lập Tổ thấm ñịnh ñề tài khoa học công nghệ theo Nghị ñịnh thư Về việc thành lập Hội ñồng khoa học công nghệ cấp Nhà nước thẩm ñịnh chuyển ngành xem xét nhiệm vụ nghiên cứu khoa học công nghệ theo Nghị ñinh thư năm 2008 Hợp ñồng thực hợp tác quốc tế khoa học công nghệ theo nghị ñịnh thư Quyết ñịnh Về việc thay ñổi Chủ nhiệm ñề tài nhiệm vụ Nghị ñịnh thư với cộng hòa Pháp Tổ chức phối hợp thực ñề tài, dự án: Số TT Tên tổ chức ñăng ký theo Thuyết minh Footer Page of 133 Tên tổ chức ñã tham gia thực Nội dung tham gia chủ yếu Sản phẩm chủ yếu ñạt ñược Ghi chú* Header Page of 133 - Lý thay ñổi (nếu có): Cá nhân tham gia thực ñề tài, dự án: (Người tham gia thực ñề tài thuộc tổ chức chủ trì quan phối hợp, không 10 người kể chủ nhiệm) Tên cá nhân ñăng ký theo Thuyết minh Lê Quỳnh Mai Lê Quỳnh Mai Nội dung tham gia Nội dung ðỗ Năng Vịnh ðỗ Năng Vịnh Nội dung Hà Thị Thúy Hà Thị Thúy Nội dung Nguyễn Văn Toàn Nguyễn Văn Toàn Nội dung Trần Ngọc Thanh Trần Ngọc Thanh Nội dung Khổng Ngân Giang Khổng Ngân Giang Nội dung Số TT Tên cá nhân ñã tham gia thực Nguyễn Văn Khiêm Nguyễn Văn Khiêm Nội dung Nguyễn Thành ðức Nguyễn Thành ðức Nội dung Pascal Gantet Pascal Gantet Nội dung 10 Jean-Christophe Breitler Jean-Christophe Breitler Nội dung - Lý thay ñổi ( có): Footer Page of 133 Sản phẩm chủ yếu ñạt ñược Các vector chuyển gen Các vector chuyển gen Quy trình tái sinh, chuyển gen Quy trình tái sinh, chuyển gen Chọn lọc, ñánh giá chuyển gen Chọn lọc, ñánh giá chuyển gen Chọn lọc, ñánh giá chuyển gen Chọn lọc, ñánh giá chuyển gen Các vector chuyển gen Các vector chuyển gen Ghi chú* Header Page of 133 Tình hình hợp tác quốc tế: Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, ñịa ñiểm, tên tổ chức hợp tác, số ñoàn, số lượng người tham gia ) Trung tâm quốc tế nghiên cứu phát triển nông nghiệp (CIRAD) chuyển giao vật liệu, phương pháp, dòng lúa chuyển gen, ñào tạo cán cho phía Việt Nam khoảng thời gian 2008 – 2009 Thực tế ñạt ñược (Nội dung, thời gian, kinh phí, ñịa ñiểm, tên tổ chức hợp tác, số ñoàn, số lượng người tham gia ) Trung tâm quốc tế nghiên cứu phát triển nông nghiệp (CIRAD) ñã chuyển giao vật liệu dòng lúa chuyển gen siêu biểu bất hoạt gen yếu tố phiên mã ðào tạo 01 tiến sĩ, tập huấn thực tập sinh ngắn hạn trung tâm CIRAD Ghi chú* - Lý thay ñổi (nếu có): Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị: Số TT Theo kế hoạch (Nội dung, thời gian, kinh phí, ñịa ñiểm ) Thực tế ñạt ñược (Nội dung, thời gian, kinh phí, ñịa ñiểm ) Ghi chú* - Lý thay ñổi (nếu có): Tóm tắt nội dung, công việc chủ yếu: (Nêu mục 15 thuyết minh, không bao gồm: Hội thảo khoa học, ñiều tra khảo sát nước nước ngoài) Số TT Các nội dung, công việc chủ yếu (Các mốc ñánh giá chủ yếu) Nội dung 1: Nghiên cứu tạo lúa chuyển gen siêu biểu yếu tố phiên mă rễ Footer Page of 133 Thời gian (Bắt ñầu, kết thúc - tháng … năm) Theo kế Thực tế ñạt hoạch ñược 2008 – 2009 2008 – 2009 Người, quan thực Viện DTNN CIRAD Header Page of 133 lúa sử dụng kỹ thuật RNAi gây bất hoạt gen Xác ñịnh gen yếu tố phiên mă có liên quan ñến cấu trúc chức rễ lúa Nghiên cứu thiết kế gen RNAi có khả gây bất hoạt gen yếu tố phiên mã nghiên cứu Chuyển plasmids thu ñược vào callus lúa thông qua vi khuẩn A.tumefaciens Nội dung 2: Chọn lọc, phân tích, ñánh giá lúa chuyển gen 2008 – 2009 2008 – 2009 Viện DTNN CIRAD 2008 – 2009 2008 – 2009 Viện DTNN CIRAD 2009 2009 Viện DTNN CIRAD 2009 2009 Viện DTNN - Lý thay ñổi (nếu có): III SẢN PHẨM KH&CN CỦA ðỀ TÀI, DỰ ÁN Sản phẩm KH&CN ñã tạo ra: a) Sản phẩm Dạng I: Số TT Tên sản phẩm ðơn tiêu chất lượng chủ vị ño yếu Phương pháp thiết kế Phương vector mang gen pháp nghiên cứu Phương pháp thiết kế Phương vector mang pháp RNAi tương ứng gen nghiên cứu, biểu ñặc hiệu lúa Quy trình chuyển gen Quy yếu tố phiên mã trình Theo kế hoạch Số lượng Thực tế ñạt ñược 1 1 1 1-2 hệ rễ vào lúa thông qua vi khuẩn Agrobacterium Dòng lúa chuyển gen Footer Page of 133 Dòng 1-2 Header Page 10 of 133 có khả kháng hạn Phương pháp ñánh Phương giá biểu gen pháp 1 hệ rễ chuyển gen mức ñộ kiểu hình - Lý thay ñổi (nếu có): b) Sản phẩm Dạng II: Số TT Tên sản phẩm Yêu cầu khoa học cần ñạt Theo kế hoạch Thực tế ñạt ñược Ghi - Lý thay ñổi (nếu có): c) Sản phẩm Dạng III: Số TT Số lượng, nơi Yêu cầu khoa học công bố cần ñạt Tên sản phẩm (Tạp chí, nhà Theo Thực tế xuất bản) kế hoạch ñạt ñược Bài báo quốc tế: Giang N Khong, 01 01 01 Frédérique Richaud, Yoan Coudert, Tạp chí: Pratap k Pati, Carole Santi, Christophe Biotechnology Périn, Jean-christophe Breitler, and Genetic Donaldo Meynard, Do n Vinh, Engineering Emmanuel Guiderdoni, Pascal Gantet Reviews - Vol (2008) “Modulating Rice Stress 25, 381-404 Tolerance by Transcription Factors” - Lý thay ñổi (nếu có): d) Kết ñào tạo: Số TT Cấp ñào tạo, Chuyên ngành ñào tạo Thạc sỹ Footer Page 10 of 133 Số lượng Theo kế hoạch Thực tế ñạt ñược 01 01 Ghi (Thời gian kết thúc) 2010 cáo Header Page 109 Báo of 133 * tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài Sinh tổng hợp cDNA tương ðã sinh tổng hợp cDNA tương ứng từ ứng từ RNA ñược phân lập RNA phân lập từ rễ lúa: cDNA gen từ mẫu rễ lúa OsNAC1 (Os06); OsMADS56 (Os10), OsMADS26 (Os08) * Thiết kế cặp mồi ñặc ðã thiết kế cặp mồi ñặc hiệu tách hiệu tách dòng dòng cDNA tương ứng cDNA rễ lúa có trình tự ñặc hiệu tương ñồng ñă biết rễ Arabidopsis * Nghiên cứu thiết kế vector ðã thiết kế thành công vector pDON207 mang gen cần pDONR207 mang gen yếu tố nghiên cứu phiên mã OsNAC1; OsMADS26; OsMADS56 * Nghiên cứu thiết kế vector ðã thiết kế thành công vector pC5300.OE pC5300.OE mang gen cần mang gen nghiên cứu OsMADS26 nghiên cứu 1.2 Nghiên cứu thiết kế ðã thiết kế thành công vector gây bất gen RNAi có khả gây hoạt gen OsMADS26 bất hoạt gen yếu tố phiên mã nghiên cứu * Nghiên cứu tạo GST từ ðã xác ñịnh tạo ñược ñoạn GST khác cDNA thu ñược từ cDNA tương ứng: OsNAC1; kỹ thuật PCR OsMADS26; OsMADS25; OsMADS56 Footer Page 109 of 133 95 cáo Header Page 110 Báo of 133 * tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài Nghiên cứu thiết kế vector ðã thiết kế thành công vector gây bất pANDA mang gen RNAi hoạt gen OsMADS26 mang 01 02 trình tự ñích khác (GST1 GST2) với vector gốc vector RNAi: pANDA 1.3 Chuyển plasmids thu ðã chuyển thành công plasmid thu ñược vào callus lúa ñược vào callus lúa (giống Nipponbare) thông qua vi khuẩn thông qua vi khuẩn A tumefaciens A.tumefaciens * Nghiên cứu tối ưu hoá hệ ðã xây dựng thành công mô hình tái sinh thống tái sinh in vitro lúa lúa invitro phục vụ công tác chuyển thích hợp cho việc chuyển gen quan tâm gen * Nghiên cứu hoàn thiện quy ðã xây dựng thành công quy trình chuyển tŕnh chuyển gen vào lúa gen với vector siêu biểu bất hoạt gen OsMADS26 thông qua vi khuẩn A tumefaciens Nội dung 2: Chọn lọc, ðã chọn lọc ñánh giá dòng lúa phân tích, ñánh giá chuyển gen siêu biểu bất hoạt lúa chuyển gen * Chọn lọc chuyển gen ðã chọn lọc chuyển gen siêu biểu siêu biểu gen bất hoạt gen dựa vào hình thái rễ nghiên cứu mức ñộ kiểu lúa, mật ñộ rễ bên, tính hướng trọng lực hình rễ Footer Page 110 of 133 96 cáo Header Page 111 Báo of 133 * tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài Chọn lọc chuyển gen ðã chọn lọc chuyển gen siêu biểu siêu biểu gen bất hoạt gen OsMADS26 mức ñộ nghiên cứu mức ñộ sinh sinh lý: chịu áp suất thẩm thấu lý * ðánh giá chuyển gen ðã ñánh giá chuyển gen siêu biểu siêu biểu gen bất hoạt gen OsMADS26 giai ñoạn nghiên cứu mức ñộ kiểu sinh trưởng (số nhánh, chiều cao cây), giai hình ñoạn hoa hạt chín (ngày hoa, hình thái rễ sau thu hạt) * ðánh giá chuyển gen ðã ñánh giá khả quang hợp, hàm siêu biểu gen lượng diệp lục dòng lúa chuyển nghiên cứu mức ñộ sinh gen siêu biểu bất hoạt gen lý OsMADS26 4.2 i) KHẢ NĂNG ÁP DỤNG VÀ ðÀO TẠO NHÂN LỰC Các vector chuyển gen yếu tố phiên mã xác ñịnh có chức tạo rễ dày ăn sâu giá thể ñược sử dụng ñể chuyển gen tạo giống lúa có khả chống chịu cao với hạn ii) Trong khuôn khổ ñề tài, với hợp tác khoa học ñào tạo Viện Di truyền Nông nghiệp, Việt Nam trung tâm CIRAD, Pháp ñang ñào tạo 01 nghiên cứu sinh trung tâm CIRAD Hàng năm ñều ñặn có thực tập sinh sang thực tập học hỏi kỹ thuật sinh học phân tử trung tâm CIRAD, chuyên gia 02 bên ñều có chuyến thăm thảo luận khoa học vần Footer Page 111 of 133 97 cáo Header Page 112 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài ñề liên quan ñề tài xây dựng chương trình dự án iii) ðã công bố 01 báo quốc tế: Giang N Khong, Frédérique Richaud, Yoan Coudert, Pratap k Pati, Carole Santi, Christophe Périn, Jean-christophe Breitler, Donaldo Meynard, Do N Vinh, Emmanuel Guiderdoni, Pascal Gantet (2008), “Modulating Rice Stress Tolerance by Transcription Factors” Biotechnology and Genetic Engineering Reviews - Vol 25, 381-404 Footer Page 112 of 133 98 cáo Header Page 113 Báo of 133 V 5.1 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN - Xác ñịnh ñược bốn gen có liên quan ñến cấu trúc chức rễ lúa ðó là: OsNAC2, OsMADS25, OsMADS26 OsMADS56 - Thiết kế ñược vector siêu biểu pC5300.OE mang gen nghiên cứu OsMADS26 vector pANDA mang ñoạn GST (GST1 GST2) có khả gây bất hoạt gen OsMADS26 - Tối ưu hóa hệ thống tái sinh invitro lúa (giống nipponbare) nhằm tạo tiền ñề cho công tác chuyển gen vào lúa - Hoàn thiện quy trình chuyển gen vào callus lúa (giống Nipponbare) thông qua vi khuẩn Agrobacterium tumefaciens - ðã tạo dòng lúa chuyển gen siêu biểu gen OsMADS26 là: PC8-7.2; PC8-51.1 dòng lúa chuyển gen bất hoạt gen OsMADS26 là: PD8.1-97.2; PD8.1-98.3 (GST1); PD8.2-115.6; PD8.2-121.1 (GST2) - ðã chọn lọc chuyển gen siêu biểu bất hoạt gen mức ñộ kiểu hình: hình thái rễ lúa, mật ñộ rễ bên, tính hướng trọng lực rễ; mức ñộ sinh lý: chịu áp suất thẩm thấu - ðã ñánh giá chuyển gen siêu biểu bất hoạt gen OsMADS26 mức ñộ kiểu hình: giai ñoạn sinh trưởng (số nhánh, chiều cao cây), giai ñoạn hoa hạt chín (ngày hoa, hình thái rễ sau thu hạt); mức ñộ sinh lý: khả quang hợp, hàm lượng diệp lục Footer Page 113 of 133 99 cáo Header Page 114 Báo of 133 5.2 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài KIẾN NGHỊ Do thời gian thực ñề tài có hạn nên nhóm nghiên cứu ñã chọn gen OsMADS26 ñể nghiên cứu sâu tiến hành thiết kế vector, chuyển gen nhằm gây siêu biểu bất hoạt gen Trong thời gian tới, ñược tiếp tục hướng nghiên cứu, làm tiếp nội dung sau ñể ñề tài có kết toàn diện - ðánh giá chọn lọc chuyển gen siêu biểu bất hoạt gen OsMADS26 ñiều kiện gây hạn - So sánh phát triển rễ ñiều kiện hạn - Lai chỗ, nhằm mục ñích nghiên cứu vùng biểu gen OsMADS26 phận, mô khác lúa - ðánh giá dòng chuyển gen ñiều kiện hạn, theo dõi ñặc tính sinh lý cường ñộ quang hợp, hàm lượng diệp lục, ñóng mở tế bào khí khổng, ñộ khô, héo lá… - Tiếp tục nghiên cứu chức yếu tố phiên mã số gen khác OsMADS25, OsMADS56 Footer Page 114 of 133 100 cáo Header Page 115 Báo of 133 VI tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài TÀI LIỆU THAM KHẢO Abe H, Urao T, Ito T, Seki M, Shinozaki K, Yamaguchi-Shinozaki K 2003 Arabidopsis AtMYC2 (bHLH) and AtMYB2 (MYB) function as transcriptional activators in abscisic acid signaling The Plant Cell 15, 63-78 Abe H,Yamaguchi-Shinozaki K, Urao T, Ito T, Iwasaki T, Hosokawa D, Shinozaki K 1997 Role of Arabidopsis MYC and MYB homologogs in drought-and abscisic acid-regulated gene expression The Plant Cell 15, 1859-1867 AJAY AMAR VASHISHT ; TUTEJA Narendra (2006) Stress responsive DEAD-box helicases: A new pathway to engineer plant stress tolerance Journal of photochemistry and photobiology B, Biology Vol 84, no2, pp 150-160 Bartels, D., and R Sunkar 2005 Drought and salt tolerance in plants Crit Rev in Plant Sci, 24:1-36 Becker, A and Theissen, G (2003) The major clades of MADS-box genes and their role in the development and evolution of flowering plants Molecular Phylogenetics and Evolution 29: 464-489 Bowman, J.L., Baum, S.F., Eshed, Y., Putterill, J and Alvarez, J (1999) Molecular genetics of gynoecium development in Arabidopsis Curr Top Dev Biol 45, 155-205 Burgeff, C., Liljegren, S.J., Tapia-Lopez, R., Yanofsky, M.F., AlvarezBuylla, E.R (2002) MADS-box gene expression in lateral primordia, meristems and differentiated tissues of Arabidopsis thaliana roots Planta 214 (3): 365-372 Footer Page 115 of 133 101 cáo Header Page 116 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài Choi, H., Hong, J., Ha, J., Kang, J., and Kim, S.Y (2000) ABFs, a family of ABA-responsive element binding factors J Biol Chem 275, 1723–1730 Colombo, L., Franken, J., Koetje, E., van Went, J., Dons, H.J.M., Angenet, G.C and van Tunen, A.J (1995) The petunia MADSbox gene FBP11 determines ovule identity Plant Cell, 7, 1859-1868 10 Conte MG, Gaillard S, Droc G, Pộrin C (2008) Phylogenomics of plant genomes: a methodology for genome-wide searches for orthologs in plants BMC Genomics 183 11 Conte MG, Gaillard S, Lanau N, Rouard M, Pộrin C (2008) GreenPhylDB: a database for plant comparative genomics Nucleic Acids Research 36: D991–D998 12 Dubouzet JG, Sakuma Y, Ito Y, Kasuga M, Dubouzet EG, Miura S, Seki M, Shinozaki K, Yamaguhchi-Shinozaki K 2003 OsDREB genes in rice, (Oryza sativa L), encode transcription activators that function in drought-high-salt-and cold-responsive gene expression The Plant Journal 33, 751-763 The Plant Cell 14, 3089-3099 13 Fowler SG, Thomashow MF 2002 Arabidopsis transcriptome profiling indicates that multiple regulatory pathways are activated during cold acclimation in addition to the CBF cold response pathway The Plant Cell 14, 1675-1690 14 Frederiksen et al., 1993 Water ressource managements in Asia Vol.1, Main Report, World Bank technical Paper N0 212, The World Bank, Washington, D.C.) 15 Fujita M, Fujita Y, Maruyama K, Seki M, Hiratsu K, Ohme-Takagi M, Tran LSP, Yamaguchi-Shinozaki K, Shinozaki K 2004 A dehydration- Footer Page 116 of 133 102 cáo Header Page 117 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài induced NAC protein, RD26, is involved in a novel ABA-dependent stress-signaling pathway The Plant Journal 39, 863-876 16 Fukao, T., Xu, K., Rona ld, P C., and Bailey-Serres, J (2006) A variable cluster of ethylene response factor-like genes regulates metabolic and developmental acclimation responses to submergence in rice The Plant Cell 18, 2021-34 17 Hu, H., Dai, M., Yao, J., Xiao, B., Li, X., Zhang, Q., and Xiong , L (2006) Overexpressing a NA M, ATAF, and CUC (NAC ) transcription factor enhances drought resistance and salt tolerance in rice Proceedings of the National Academy of Sciences USA 103, 12987-92 18 Inukai, Y., Sakamoto, T., Ueguchi- Tanaka, M., Shibata, Y., Gomi, K., Umemural, I., Hasegaway, Y., Ashikari, M., Kitano, H., Matsuoka, M., 2005 Crown rootless1, which is essential for crown root formation in rice, is a target of an auxin response factor in auxin signaling.The Plant cell 2005;17(5):1387-96 19 Ito Y, Katsura K, Maruyama K, Taji T, Kobayashi M, Seki M, Shinozaki K, Yamaguchi-Shinozaki K 2006 Functional analysis of rice DREB1/CBF-type transcription factors involved in cold-responsive gene expression in transgenic rice Plant and Cell Physiology 47, 141153 20 Iuchi S, Kobayshi M, Taji T, Naramoto M, Seki M, Kato T, Tabata S, Kakubari Y, Shinozaki K 2001 Regulation of drought tolerance by gene manipulation of 9-cis-epoxycarotenoid, a key enzyme in abscisic acid biosynthesis in Arabidopsis The Plant Journal 27, 325-333 Footer Page 117 of 133 103 cáo Header Page 118 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài 21 Jaglo-Ottosen KR, Gilmour SJ, Zarka DG, Schabenberger O, Thomashow MF 1998 Arabidopsis CBF1 overexpression includes coe genes and enhances freezing tolerance Science 280, 104-106 22 Kasuga M, Liu Q, Miura S, Yamaguhchi-Shinozaki K, Shinozaki K 1999 Improving plant drought, salt and freezing tolerance by gene transfer of a single stress-inductible transcription factor Nature Biotechnology 17, 287-291 23 Liu Q, Sakuma Y, Abe H, Kasuga M, Miura S, Yamaguhchi-Shinozaki K, Shinozaki K 1998 Two transcription factors, DREB1 and DREB2, with an EREBP/AP2 DNA binding domain, separate two cellular signal transduction pathways in drought- and low temperature-responsive gene expression, respectively, in Arabidopsis The Plant Cell 10, 1491-1506 24 Liu, X Q., Bai, X Q., Qian , Q., Wang , X J., Chen, M S., and Chu, C C (2005b) OsWRKY03, a rice transcriptional activator that functions in defense signaling pathway upstream of OsNPR1 Cell Research 15, 593-603 25 Liu, X., Bai, X., Wang, X., and Chu, C (2007) OsWRKY71, a rice transcription factor, is involved in rice defense response Journal of Plant Physiology 164, 969-79 26 Ma, H., Yanofsky, M F and Meyerowitz, E M (1991) AGL1-AGL6, an Arabidopsis gene family with similarity to floral homeotic and transcription factor genes Genes Dev 5, 484 – 495 27 Maruyama K, Sakuma Y, Kasuga M, Ito Y, Seki M, Goda H, Shimada Y, Yoshida S, Shinozaki K, Yamaguhchi-Shinozaki K 2004 Indentification of cold-inductible downstream genes of the Arabidopsis Footer Page 118 of 133 104 cáo Header Page 119 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài DREB1A/CBF3 transcriptional factor using two microarray systems The Plant Journal 38, 982-993 28 Montiel G., Gantet P., Jjay-Allemand C., Breton C (2004) Transcription factor networks Pathways to the knowledge of root development Plant Phys 136, 3478-3485 29 Mustilli AC, Merlot S, Vavasseur A, Fenzi F, Giraudat J 2002 Arabidopsis OST1 protein kinase mediates the regulation of stomatal apertube by abscisic acid and acts upstream of reactive oxygen species production The Plant Cell 14, 3089-3099 30 Nabara E, Marion-Poll M 2005 Abscisic acid biosynthesis and catabolism Annual Review of Plant Biology 56, 165-185 31 Nguyễn Tấn Hinh Cs (2006) Công tác trồng lúa vùng ñất khó khăn Kết nghiên cứu Khoa học giai ñoạn 2001-2005 Viện Cây lương thực Cây thực phẩm 61-67 32 Ogo, Y., Ita i, R N., Nakan ishi, H., Inoue, H., Koba yas hi, T., Suzuki, M., Taka has hi, M., Mori, S., and Nishizawa, N K (2006) Isolation and characterization of IRO2, a novel iron-regulated bHLH transcription factor in graminaceous plants Journal of Experimental Botany 57, 2867-78 33 Ogo, Y., Ita i, R N., Nakan ishi, H., Koba yas hi, T., Taka has hi, M., Mori, S., and Nishizawa, N K (2007) The rice bHLH protein OsIRO2 is an essential regulator of the genes involved in Fe uptake under Fedeficient conditions The Plant Journal 51, 366-77 34 Rabbani MA, Maruyama K, Abe H, Khan MA, Katsura K, Ito Y, Yoshiwara K, Seki M, Shinozaki K, Yamaguchi-Shinozaki K 2003 Minotering expression profile of rice (Oryza sativa L.) genes under cold, Footer Page 119 of 133 105 cáo Header Page 120 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài drought and high-salinity stresses, and ABA application using both cDNA microarray and RNA gel blot analyses Plant Physiology 133, 1755-1767 35 Riechmann, J L., and E M Meyerowitz 1997 MADS domain proteins in plant development Biol Chem 378:1079-1101 36 Riechmann, J.L., and Ratcliffe, O.J (2000) A genomic perspective on plant transcription factors Curr Opin Plant Biol 3, 423–434 37 Rounsley, S.D., Ditta, G.S and Yanofsky, M.F (1995) Diverse roles for MADS box genes in Arabidopsis development Plant Cell 7: 12591269 38 Sakuma Y, Maruyama K, Osakabe Y, Qin F, Seki M, Shinozaki K, Yamaguchi-Shinozaki K 2006 Functional analysis of an Arabidopsis transcription factor, DREB2A, involved in drought responsive gene expression The Plant Cell 18, 1291-309 39 Seki M, Narusaka M, Abe H, Kasuga M, Yamaguhchi-Shinozaki K, Carnici P, Hayashizaka Y, Shinozaki K 2001 Monitoring the expression pattern of 1300 Arabidopsis genes under drought and cold stresses by using a full length cDNA microarray The Plant Cell 13, 6172 40 Shinozaki K, Yamaguhchi-Shinozaki K, Seki M 2003 Regulatory network of gene expression in the drought and cold stress responses Curent Opinion in Plant Biology 6, 410-417 41 Shore, P., and Sharrocks, A.D (1995) The MADS-box family of transcription factors Eur J Biochem 229, 1–13 Footer Page 120 of 133 106 cáo Header Page 121 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài 42 Taji T, Ohsumi C, Iuchi S, , Seki M, Kasuga M, Kobayashi M, Yamaguhchi-Shinozaki K, Shinozaki K 2002 Important roles of drought-and cold-inducible gene for galactinol synthase in stress tolerance in Arabidopsis thaliana The Plant Journal 29, 417-426 43 Umezawa T, Fujita M, Fujita Y, Yamaguchi-Shinozaki K, Shinozaki K 2006 Engineering drought tolerance in plants: discovering and tailoring genes unlock the future Curent Opinion in Plant Biology 17, 113-122 44 Uno Y, Furihata T, Abe H, Yoshida R, Shinozaki K, YamaguhchiShinozaki K 2000 Arabidopsis basic leucine zipper transcriptional transcription factors involved in an abscisic acid-dependent signal transduction pathway under drought and high salinity conditions Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 97, 1163211637 45 Vogel, J.T., Zarka, D.G., Van Buskirk, H.A., Flower, S.G and Thomashow, M.F (2005) Roles of the CBF2 and ZATI2 transcription factors in configuring the low temperature transcriptome of Arabisopsis, Plant J 41: 195-211 46 Weigel, D (1995) The genetics of fower development from floralinduction to ovule morphogenesis Annu Rev Genet 29,19-39 47 Xu, K., Xu, X., Fuka o, T., Can las , P., Mag hirang -Rodriguez, R., Heuer, S., Ismail, A M., Bailey-Serres, J., Rona ld, P C., and Mack ill, D J (2006) Sub1A is an ethylene-response-factor-like gene that confers submergence tolerance to rice Nature 442, 705-8 48 Yamaguchi-Shinozaki K and Shinozaki K (1994) A novel cis-acting element in an Arabidopsis gene is involved in responsiveness to drought, low-temperature, or high-salt stress The Plant Cell 251–264 Footer Page 121 of 133 107 cáo Header Page 122 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài 49 Yamaguchi-Shinozaki K and Shinozaki K (2005) Organization of cisacting regulatory elements in osmotic- and cold-stress-responsive promoters Trends in Plant Science 10 88–94 50 Yi, K., Wu, Z., Zhou, J., Du, L., Guo, L., Wu, Y., and Wu, P (2005) OsPTF 1, a novel transcription factor involved in tolerance to phosphate starvation in rice Plant Physiology 138, 2087-96 51 Yoshida R, Hobo T, Ichimura K, Mizoguchi T, Takahashi F, Alonso J, Ecker JR, Shinozaki K (2002) ABA-activated SnRK2 protein kinase is required for dehydration stress signaling in Arabidopsis Plant Cell Physiology 43 1473–1483 52 Zhang, Y.-C., W.B Rossow, A.A Lacis, V Oinas, and M.I Mishchenko, 2004: Calculation of radiative fluxes from the surface to top of atmosphere based on ISCCP and other global data sets: Refinements of the radiative transfer model and the input data J Geophys Res., 109, D19105, doi: 10.1029/2003JD004457 53 Zhang, J., Peng, Y., and Guo, Z (2008) Constitutive expression of pathogen-inducible OsWRKY31 enhances disease resistance and affects root growth and auxin response in transgenic rice plants Cell Research 18, 508-521 54 Zhang H, Forde BG 1998 An Arabidopsis MADS box gene that controls nutrient-induced changes in root architecture Science 279, 407–409 55 Shimono, M., Sugan o, S., Naka yama, A., Jiang, C J., Ono, K., Toki, S., and Takats uji, H (2007) Rice WRKY45 plays a crucial role in benzothiadiazole-inducible blast resistance The Plant Cell 19, 2064-76 Footer Page 122 of 133 108 cáo Header Page 123 Báo of 133 tổng kết Khoa học Kỹ thuật ðề tài 56 Wang, H., Hao, J., Chen, X., Hao, Z., Wang, X., Lou, Y., Peng, Y., and Guo, Z (2007) Overexpression of rice WRKY89 enhances ultraviolet B tolerance and disease resistance in rice plants Plant Molecular Biology 65, 799-815 Footer Page 123 of 133 109 ... ðể ñạt tới siêu biểu yếu tố phiên mã có lợi, người ta ñã nghiên cứu chế hoạt ñộng yếu tố phiên mã: Tổng hợp yếu tố phiên mã: yếu tố phiên mã tất protein khác ñược phiên mã từ gen nhiễm sắc thể... vào trình ph n nhánh rễ lúa cho ph p sử dụng thị ph n tử vào việc chọn lọc tính trạng cấu trúc rễ lúa ph hợp với khả chịu hạn lúa Mục tiêu dự án nghiên cứu chức số gen mã hóa số yếu tố phiên mã. .. tài Nghiên cứu chức yếu tố phiên mã liên quan ñến trình ph n hoá rễ lúa ph ơng ph p gây siêu biểu gen bất hoạt RNA (RNA interference)”, ñược thực sở hợp tác khoa học với nhóm nghiên cứu Ph t