Màu thực phẩm phụ thuộc rất nhiều vào các loại sắc tố và sự phản xạ hay tán xạ ánh sáng. Chính vì vậy, nó cho phép mắt người nhận thức được các loại màu sắc như đỏ, xanh lá hay xanh dương. Sắc tố là các thành phần thông thường của tế bào hay mô mà tạo ra màu. Thực vật, động vật và vi sinh vật đều là nguồn sắc tố tự nhiên. Tuy nhiên đối với tế bào vi sinh vật để sản xuất màu thì ta phải dùng cụm từ (Sắc tố vi sinh vật – Microbial Pigments). Các loại sắc tố có thể được chiết xuất từ nhiều loại vi sinh vật. Vi sinh vật như Monascus, Rhodotorula, Bacillus, Achromobacter, Yarrowia và Phaffia có thể tạo ra một lượng lớn các sắc tố. Vi sinh vật lí tưởng nhất để tạo sắc tố là loại có thể sử dụng đa dạng các nguồn N, C; chịu được pH, nhiệt độ và các loại khoáng và tạo được sản lượng sắc tố hợp lý. Không độc và không mang mầm bệnh, dễ dàng tách từ sinh khối tế bào. Để trong quá trình sản xuất sắc tố vi sinh vật diễn ra thuận lợi, chúng ta không thể không quan tâm đến điều kiện thời tiết, tốc độ sinh trưởng nhanh và dễ dàng, màu sắc khác nhau và sinh trưởng trên những cơ chất rẻ tiền, có sẵn. Các nghiên cứu đã chỉ ra sự mất ổn định, suy thoái và nhạy cảm với nhiệt độ, ánh sáng và hoạt độ nước đối với đặc tính màu. Vì vậy nghiên cứu để tăng cường sự ổn định, an toàn và khả năng hòa tan của sắc tố vi sinh vật trong việc sử dụng rộng rãi trong ngành công nghiệp thực phẩm đó là vấn đề rất qua trọng.