Giáo trình học môn công nghệ DNA tái tổ hợp

Lời nói đầu Công nghệ DNA tái tổ hợp (còn gọi kỹ thuật di truyền hay kỹ thuật gen) phận quan trọng công nghệ chìa khóa (key technology) lĩnh vực công nghệ sinh học Công nghệ DNA tái tổ hợp đời sở thành tựu sinh học phân tử đóng vai trò cách mạng phát triển sinh học cải tạo sinh giới Các kỹ thuật tái tổ hợp DNA cho phép nhà công nghệ sinh học phân lập khuếch đại gen đơn từ genome sinh vật để nghiên cứu, biến đổi chuyển vào thể sinh vật khác Các kỹ thuật gọi tạo dòng gen sản xuất số lượng lớn gen xác định Bên cạnh giáo trình như: sinh học phân tử, nhập môn công nghệ sinh học, công nghệ tế bào, công nghệ chuyển gen… giáo trình công nghệ DNA tái tổ hợp giúp sinh viên tiếp cận thêm lĩnh vực khác công nghệ sinh học thông qua việc cung cấp kiến thức theo hướng tạo dòng biểu gen sau: - Các enzyme dùng tạo dòng phân tử - Các hệ thống vector - Một số kỹ thuật tạo dòng gen: điện di, PCR… - Tạo dòng xây dựng thư viện genomic DNA cDNA - Biểu gen tạo dòng E coli Do giáo trình xuất lần đầu tiên, lĩnh vực công nghệ DNA tái tổ hợp lại phức tạp, nên khó tránh khỏi thiếu sót chưa đáp ứng yêu cầu bạn đọc Vì thế, mong nhận nhiều ý kiến đóng góp để lần xuất sau hoàn thiện Chúng chân thành cảm ơn Quỹ Nâng cao chất lượng-Dự án Giáo dục đại học hỗ trợ biên soạn giáo trình này, PGS TS Lê Trần Bình đọc thảo góp nhiều ý kiến quý báu Các tác giả Công nghệ DNA tái tổ hợp Chương Các enzyme dùng tạo dòng phân tử sinh vật prokaryote, chúng bacteriophage để , người ta tìm thấy từ khoảng 250 chủng vi sinh vật Các enzyme hạn chế có ba loại (type): I, II III Các enzyme dùng phổ biến thuộc type II, có chế tác động đơn giản Đây nuclease cắt vị trí đặc hiệu nằm bên sợi DNA (chứ không phân hủy DNA từ hai đầu), nên gọi endonuclease Tên gọi đầy đủ chúng restriction endonuclease type II, hay gọi đơn giản enzyme hạn chế (restriction enzyme, RE) Các enzyme hạn chế type II Cách gọi tên enzyme hạn chế dựa qui ước quốc tế Tên chi tên loài sinh vật, mà tìm thấy enzyme, dùng để đặt cho phần đầu tên enzyme (viết nghiêng) bao gồm: chữ thứ tên chi hai chữ đầu tên loài Ví dụ: enzyme tách chiết từ vi khuẩn Escherichia coli có tên Eco, enzyme tách chiết từ vi khuẩn Bacillus globigii viết Bgl… Ngoài ra, tên gọi enzyme hạn chế bổ sung thêm phần sau (viết thẳng), tùy thuộc vào chủng vi khuẩn liên quan tùy thuộc vào có mặt hay không yếu tố nhiễm sắc thể Ví dụ: RI enzyme EcoRI có nghĩa sau: R viết tắt chủng RY13, I bậc xác định vi khuẩn (first identified order in bacterium) Giá trị enzyme hạn chế tính đặc hiệu chúng riêng biệt bao - : enzyme Eco hexanucleotide (6 nucleotide): Công nghệ DNA tái tổ hợp 5’ GAATTC 3’ EcoRI 5’ G AATTC 3’ + 3’ CTTAAG 5’ 3’ CTTAA G 5’ Eco (protruding) 5’ khác (ví dụ: Pst 5’ Trong đó, m : SmaI) lại 1.1) Stt Tên enzyme EcoRI 5’…G AATTC…3’ 3’…CTTAA G…5’ 5’…G AATTC…3’ 3’…CTTAA G…5’ HindIII 5’…A AGCTT…3’ 3’…TTCGA A…5’ 5’…A AGCTT…3’ 3’…TTCGA A…5’ PstI 5’…CTGCA G…3’ 3’…G ACGTC…5’ 5’…CTGCA G…3’ 3’…G ACGTC…5’ HpaI 5’…GTT AAC…3’ 3’…CAA TTG…5’ 5’…GTT AAC…3’ 3’…CAA TTG…5’ HpaII 5’…C CGG…3’ 3’…GGC C…5’ 5’…C CGG…3’ 3’…GGC C…5’ HaeIII 5’…GG CC…3’ 3’…CC GG…5’ 5’…GG CC…3’ 3’…CC GG…5’ BamHI 5’…G GATCC…3’ 3’…CCTAG G…5’ 5’…G GATCC…3’ 3’…CCTAG G…5’ BglII 5’…A GATCT…3’ 3’…TCTAG A…5’ 5’…A GATCT…3’ 3’…TCTAG A…5’ SmaI 5’…CCC GGG…3’ 3’…GGG CCC…5’ 5’…CCC GGG…3’ 3’…GGG CCC…5’ 10 XmaI 5’…C CCGGG…3’ 3’…GGGCC C…5’ 5’…C CCGGG…3’ 3’…GGGCC C…5’ Công nghệ DNA tái tổ hợp Với bốn loại nitrogen base phân tử DNA giả thiết trình tự xếp chúng ngẫu nhiên, tần số mong đợi (kỳ vọng) đoạn trình tự xác định nào, theo tính toán 4n, n chiều dài đoạn nhận biết Từ đó, thấy với đoạn có bốn nucleotide cách 256 cặp base chúng lặp lại lần, đoạn sáu nucleotide cách 4096 cặp base lặp lại Tất nhiên, giá trị dao động lớn, nói chung chiều dài đoạn sinh gần với giá trị tính toán Chẳng hạn, enzyme nhận biết đoạn trình tự bốn nucleotide sản sinh đoạn ngắn so với đoạn sáu nucleotide (cohesive ends), gọi đầu lồi hay đầu so le -C Ví dụ: đầu dính tạo nhờ PstI 5’ CTGCAG 3’ PstI 5’ CTGCA G 3’ + 3’ GACGTC 5’ -C 3’ G ACGTC 5’ (blunt ends), gọi đầu thô Ví dụ: đầu tạo nhờ HaeIII 5’ GGCC 3’ HaeIII 5’ GG CC 3’ + 3’ CCGG 5’ - 3’ CC GG 5’ DNA : vào đầu (đoạn nối) cách t o có từ 10-20 nucleotide +G trình tự sau: 5’ NN GAATTC NN 3’ 3’ NN CTTAAG NN 5’ +D Công nghệ DNA tái tổ hợp (xem chương 6) Isochizomer 1.1 (4 nucleotide) : - Mbo Sau3AI : 5’ GATC 3’ 3’ CTAG 5’ - trình tự: Bam 5’ GGATCC 3’ 3’ CCTAGG 5’ khác (hybrid) (G TCGAC) : Sal XhoI cắt trình tự (C TCGAG) Sal 5’ G TCGAG 3’ 5’ GTCGAG 3’ C 5’ 3’ CAGCTC 5’ XhoI: + 3’ CAGCT Methyl hóa mục đích (CH3 : Eco : GAATTC CTTAAG Công nghệ DNA tái tổ hợp methyl hóa * GAATTC CTTAAG * , RE E coli dam : dcm - dam (DNA adenine methylase) 5’…G ATC…3’ me Nhưng DNA - dcm (DNA cystosine methylase) me 5’…C CAGG…3’ bên yếu dcm me 5’…C CTGG…3’ Enzyme chủ EcoRII, enzyme Bst Eco BstNI cho Eco E coli dcm 5.1 Các loại đệm dùng phản ứng cắt DNA : - (H) - (M) - (L) Công nghệ DNA tái tổ hợp ( o - -20 o 1.2 Cao NaCl Tris.HCl pH 7,5 MgCl2 Dithiothreitol (mM) (mM) (mM) (mM) 10 10 50 10 10 100 50 10 Riêng enzyme Sma , bao gồm: 20 mM KCl, 10 mM Tris.Cl (pH 8), 10 mM MgCl2, mM dithiothreitol 5.2 0,2-1 g DNA/20 L phản ứng : 17 L L phản ứng ( RE (vortex) Ví dụ: BstXI XbaI 10 (H) : 10 (H) EcoRI : 10 (H) Một unit ( sung unit/μL u) , ký hiệu 20 : BstXI : 1Công nghệ DNA tái tổ hợp o /50 C XbaI /37oC EcoRI /37oC 10 mM L( - - hai -20oC (hoặc -80oC (ice bath) II Các enzyme trùng hợp DNA polymerase (DNA-dependent DNA polymerase) DNA polymerase điều kiện in vitro E coli n DNA polymerase I enzyme E coli : - Hoạt tính polymerase 5’ 3’ cho tổng hợp DNA theo chiều 5’ nucleoti Công nghệ DNA tái tổ hợp E coli xúc tác - Hoạt tính exonuclease 3’ 5’ E coli cắt chuỗi nucleotide đầu tự DNA, xúc tác cho thoái biến bậc thang từ đầu 3’ DNA sợi đôi sợi đơn dNTPs Trong trường hợp có dNTPs, hoạt tính exonuclease sợi đôi bị ức chế hoạt tính polymerase Trong trình tổng hợp DNA, hoạt tính exonuclease thực chức đọc sửa (proofreading) cách cắt bỏ nucleotide lắp ráp sai - nuclease 5’ 3’ E coli Cơ chất 5’ 3’ DNA enzyme DNA polymerase DNAOH + ndNTP DNA DNA-(pdN)n + nPPi Mg2+ 3’ mang nhóm 3’-OH 5’ DNA sợi đơn sợi enzyme Exonuclease đôi có đầu 3’-OH 5’ pNOH dsDNA ho Mg2+ 5’ 3’ thể enzyme Exonuclease 5’ pNOH dsDNA lai RNA:DNA + 5’pN(pN)npNOH + ssDNA Mg2+ làm mẫu dò E coli 3’ 5’ Công nghệ DNA tái tổ hợp ) C 5’ 3’ DNA polymerase DNA enzyme DNAOH + ndNTP DNA-(pdN)n + nPPi 2+ Mg 3’ đơn/ nhóm 3’-OH tự 5’ DNA sợi đơn sợi enzyme đôi thoái biến từ đầu 5’ pNOH Exonuclease 2+ 3’-OH tự Mg exonuclease DNA sợi đôi polymerase 5’ 3’ - Ứng dụng + Làm đầy đầu khuyết 3’ enzyme hạn chế tạo [ 32 P]dNTPs để làm đầy đầu khuyết 3’ 3’ Đầu tiên, hoạt tính exonuclease 3’ 5’ loại bỏ đầu lồi 3’ để tạo đầu khuyết 3’ Sau đó, nhờ có mặt nồng độ cao tiền chất đánh dấu đồng vị phóng xạ, thoái biến bậc thang cân hợp dNTP đầu 3’ + Tổng hợp DNA sợi đôi từ khuôn mẫu sợi đơn phát sinh đột biến in vitro (T4-infected E coli) E coli nh polymerase Công nghệ DNA tái tổ hợp 10 Số ₫iều kiện (condition number) ƒ Số điều kiện (condition number): cond( A) = γ ( A) = σ / σ ƒ Trong đại số tuyến tính, cond(A) nói lên "sự nhạy cảm" hệ với sai số A y, tức khả tìm nghiệm Ax = b cách xác, cond(A) lớn bất lợi Ví dụ: ⎡ 0⎤ A= ⎢ ⎥ ⎣10 ⎦ ⎡10.1 ⎤ Σ(A) = ⎢ , cond(A) = 101 ⎥ ⎣ 0.1⎦ Nếu A12 thay đổi từ sang 0.1 dẫn tới A suy biến © 2004, HOÀNG MINH SƠN ƒ Trong lý thuyết hệ thống, cond(G(jω)) liên quan nhiều tới khả điều khiển, giới hạn chất lượng điều khiển © HMS – Số điều kiện lớn hệ nhạy cảm với sai lệch tham số mô hình – Số điều kiện liên quan tới tiêu chất lượng (miền tần số) đạt – Số điều kiện có phụ thuộc vào cách chỉnh thang/chuẩn hóa mô hình! Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 24 Loại bớt số biến vào/ra ƒ Dựa theo (Seborg et al., 2000): – Sau chuẩn hóa mô hình, phân tích SVD xếp giá trị suy biến theo thứ tự nhỏ dần, loại bớt số đầu vào/ra ƒ Ví dụ: σi+1 < σi / 10 © 2004, HOÀNG MINH SƠN ⎡ 0.48 0.90 −0.006⎤ G (0) = ⎢0.52 0.95 0.008 ⎥ ⎢ ⎥ ⎢⎣ 0.90 −0.95 0.020 ⎥⎦ © HMS ⎡ 0.5714 0.3766 0.7292 ⎤ U = ⎢ 0.6035 0.4093 −0.6843⎥ ⎢ ⎥ ⎢⎣ −0.5561 0.8311 0.0066⎥⎦ ⎡ −2.4376 3.0241 0.4135 ⎤ Λ = ⎢ 1.2211 −0.7617 0.5407 ⎥ ⎢ ⎥ ⎢⎣ 2.2165 −1.2623 0.0458⎥⎦ 0.0151⎤ ⎡ 0.0541 0.9984 V = ⎢ 0.9985 −0.0540 −0.0068⎥ ⎢ ⎥ ⎢⎣ −0.0060 0.0154 −0.9999 ⎥⎦ 0 ⎤ ⎡1.618 ∑ = ⎢⎢ 1.143 ⎥⎥ ⎢⎣ 0 0.0097 ⎥⎦ => Có thể cân nhắc loại bớt cặp vào/ra Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 25 6.4 Thiết kế cấu trúc ĐK phi tập trung © 2004, HOÀNG MINH SƠN ƒ Vấn đề cặp đôi biến vào/ra ƒ Tính ổn định cấu trúc phi tập trung ƒ Chất lượng điều khiển cấu trúc phi tập trung © HMS Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 26 © 2004, HOÀNG MINH SƠN Ví dụ ₫iều khiển tháp chưng: cấu hình LV © HMS Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 27 © 2004, HOÀNG MINH SƠN Cấu hình DV © HMS Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 28 © 2004, HOÀNG MINH SƠN Cấu hình D/(L+D) V © HMS Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 29 © 2004, HOÀNG MINH SƠN Cấu hình DB © HMS Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 30 Ma trận khuếch ₫ại tương ₫ối (RGA) ƒ Khái niệm RGA (Relative Gain Array): – Bristol đưa năm 1966 (AC-11) => số đánh giá mức độ tương tác kênh vào/ra hệ MIMO – Phục vụ lựa chọn cặp đôi biến vào/ra xây dựng cấu hình điều khiển phi tập trung – Có nhiều tính chất hay khác đánh giá tính ổn định chất lượng hệ điều khiển phi tập trung ƒ RGA ma trận số phức vuông m x m không suy biến ma trận số phức vuông m x m: © 2004, HOÀNG MINH SƠN RGA(G ) ≡ Λ(G )  G × (G −1 )T © HMS (3.17) phép nhân phần tử (tích Schur, tích Hadamard) Ví dụ: ⎡ −2 ⎤ ⎡ 0.4 0.2 ⎤ −1 ⎥, G = ⎢ ⎥ , Λ(G ) = G =⎢ ⎢⎣ ⎥⎦ ⎢⎣ −0.3 0.1 ⎥⎦ Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến ⎡ 0.4 0.6 ⎤ ⎢ ⎥ ⎢⎣ 0.6 0.4 ⎥⎦ © 2006 - HMS 31 Xét hệ 2x2: ⎡G11(s) G12(s) ⎤ ⎡ u1 ⎤ ⎡ y1 ⎤ ⎥ ⎢ ⎥ = G(s)u ⎢ ⎥ =⎢ y = ⎣⎢ y2 ⎦⎥ ⎣⎢G21(s) G22(s) ⎦⎥ ⎣⎢ u2 ⎦⎥ Đối với trình ổn định, trạng thái xác lập ta có: ⎡ k11 k12 ⎤ ⎥ G(0) = lim G(s) = ⎢ s −>0 ⎢⎣ k21 k22 ⎥⎦ u y u G K1 © 2004, HOÀNG MINH SƠN u u © HMS y 2 y y G r Δy1 Δu1 u2 = const = k11 Δy1 = k11Δu1 + k12Δu2 Δy2 = k21Δu1 + k22Δu2 r K2 1 k21 ⇒ Δ u = − Δu1 Để trì Δy2 = k22 ⎛ k12k21 ⎞⎟ Δy1 = ⎜⎜ k11 − ⎟ Δu ⎝ k22 ⎠⎟ Δy1 Δu1 y2 = const = k11 − Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến k12k21 k22 © 2006 - HMS 32 λ11 Δy1 Δu1 = Δy1 Δu1 u2 = const y2 = const = k11 = k k k k − 12 21 k11 − 12 21 k22 k11k22 λ12 = − λ11 λ21 = − λ11 λ22 = − λ21 = λ11 © 2004, HOÀNG MINH SƠN RGA(G ) ≡ Λ(G )  G × (G −1 )T ⎡ k11 k12 ⎤ ⎡ k11 k12 ⎤−T ⎥×⎢ ⎥ =⎢ ⎢⎣ k21 k22 ⎥⎦ ⎢⎣ k21 k22 ⎥⎦ ⎡ λ11 λ21 ⎤ ⎥ =⎢ ⎢⎣ λ12 λ22 ⎥⎦ © HMS Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 33 Diễn giải ý nghĩa © 2004, HOÀNG MINH SƠN ƒ λ11 = 1: Hệ số khuếch đại tĩnh từ u1 tới y1 hở mạch khép mạch hoàn toàn => hai kênh tương tác, cặp đôi dễ dàng: (u1, y1) (u2, y2) ƒ λ11 = 0: Hệ số khuếch đại tĩnh từ u1 tới y1 phải 0, u1 hoàn toàn ảnh hưởng tới y1 => cặp đôi (u1, y2) (u2, y1): hai kênh điều khiển tương tác ƒ < λ11 < 1: Hệ số khuếch đại tĩnh từ u1 tới y1 hở mạch nhỏ khép mạch Tương tác hai kênh điều khiển mạnh λ11 = 0.5, lựa chọn cặp đôi không dễ dàng ƒ λ11 > 1: Khi khép mạch hệ số khuếch đại tĩnh từ u1 tới y1 bị giảm Hai vòng điều khiển tương tác chống lại Giá trị λ11 lớn mức độ tương tác mạnh, nhiên phương án cặp đôi khác: (u1, y1) (u2, y2) © HMS Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 34 Một số tính chất ma trận RGA ƒ Tổng phần tử hàng cột = ∑λ = ∑λ ij i ij = 1.0 j ƒ Ma trận RGA không phụ thuộc vào việc chỉnh thang (chuẩn hóa mô hình): Λ(G) = Λ(D1GD2 ), ∀D1 = diag(d1i ), D2 = diag(d2i ) © 2004, HOÀNG MINH SƠN ƒ Hoán đổi hai hàng (hai cột) G dẫn tới hoán đổi hai hàng (hai cột) Λ(G) ƒ Λ(G) ma trận đơn vị G ma trận tam giác (tương tác chiều) ƒ G(s) ma trận hàm truyền Λ(G(jω)) tính toán tương ứng với tần sốω dải tần quan tâm ƒ Số RGA  Λ(G) − I © HMS sum = ∑ gij i≠ j số cho mức độ tương tác trình (quan trọng xung quanh tần số cắt) Chương 7: Thiết kế cấu trúc điều khiển trình đa biến © 2006 - HMS 35 Phương pháp cặp ₫ôi vào/ra dựa RGA ƒ Luật 1: Cặp đôi vào/ra (j,i) tương ứng với phần tử λij có giá trị gần xung quanh tần số cắt mong muốn hệ kín, ưu tiên số lớn – Dải tần mà λij ≈ rộng tốt – Trong trường hợp đơn giản chọn hàm truyền trạng thái xác lập (s=0) ƒ Luật 2: Tránh chọn λij Chọn cặp đôi cho Λ(G) ≈ I xung quanh tần số cắt Nếu điều khiển sử dụng tác động tích phân cặp đôi tương ứng với phần tử Λ(G(0)) có giá trị âm thì: z Toàn hệ ổn định, z Vòng đơn tương ứng ổn định, z Toàn hệ ổn định vòng đơn tương ứng hở mạch © 2004, HOÀNG MINH SƠN Nếu điều khiển phản hồi i sử dụng tác động tích phân ổn định vòng khác hở mạch, số Niederlinski © HMS NI = det G(0) n ∏ g (0) i=1 [...]... ĐIỀU KHIỂN QUÁ TRÌNH TĐH quá trình TĐHcông quá nghệ trình TĐHcông quá nghệ trình công nghệ Chương 1: Mở đầu Điều khiển máy (ĐK chuyển ₫ộng, Robot, CNC) TĐH quá trình TĐHcông quá nghệ trình TĐHcông xí nghiệp nghệ công nghiệp © 2005 - HMS 3 Mục ₫ích của môn học ƒ Sinh viên nắm ₫ược các khái niệm và kiến thức cơ sở phục vụ: — Tìm hiểu, phân tích yêu cầu ₫iều khiển của các quá trình công nghệ — Đặt bài... phức hợp protein :DNA (DNase footprinting) + Loại bỏ DNA trong các phân đoạn RNA hay protein 2 Nuclease S1 (Aspergillus oryzae) 5’ mono DNA Cơ chất Nuclease đặc hiệu DNA sợi đơn hoặc enzyme 5’ pdN DNA sợi đơn hoặc RNA hoặc 5’prN sợi đơn RNA, hoạt tính trên DNA lớn hơn trên RNA DNA sợi đôi bị đứt (nick) Zn2+ enzyme (một lượng vừa đủ) (pH 4,5) + - Ứng dụng chính :RNA Công nghệ DNA tái tổ hợp 19 + Một... RNA-dependent DNA polymerase) - : AMV (avian myeloblastosis virus), Mo-MLV (m (retrovirus: : 5’ 3’ Tổng hợp DNA theo chiều 5’ (sợi đơn hoặc sợi đôi): C 5’ 3’ enzyme DNA polymerase DNAOH + ndNTP DNA- (pdN)n + nPPi Mg2+ một enzyme : RNAOH + ndNTP nhóm 3’-OH RNA-(pdN)n + nPPi Mg2+ Công nghệ DNA tái tổ hợp 13 - nuclease 5’ 3’ Cơ chất RNase H pUpCpCpGpUpA 3’ enzyme 5’ pUpC 3’ 5’ RNA 5’ exoribonuclease) DNA 3’... coli) Công nghệ DNA tái tổ hợp 12 Quá trình tổng hợp này không cần mồi 5’ 3’ RNA polymerase enzyme dsDNA + nrNTP 2+ RNA + PPi Mg promoter của bacteriophage SP6, T3 hoặc T7 - Ứng dụng chính + Sản xuất RNA để làm mẫu dò + Xác định trình tự của một phân tử DNA được tạo dòng trong một vector có mang promoter đặc trưng cho bacteriophage SP6, T7 hoặc T3 + Sản xuất một lượng lớn RNA từ một phân tử DNA được... để làm mẫu dò + Biến đổi đầu sole của DNA sợi đôi thành đầu bằng 1.4 Taq DNA polymerase (Thermus aquaticus) Thermus aquaticus in vitro (PCR) (xem chương 3) Taq pol thay thế cho DNA polymerase I của E coli do có khả năng chịu nhiệt cao phù hợp với điều kiện phản ứng của PCR, và nó có thể tổng hợp một sợi DNA dài 1 kb trong vòng 30 giây ở 72oC Công nghệ DNA tái tổ hợp 11 - Một trong những hạn chế của... thuật ƒ Quá trình là một trình tự các diễn biến vật lý, hóa học hoặc sinh học, trong ₫ó vật chất, năng lượng hoặc thông tin ₫ược biến ₫ổi, vận chuyển hoặc lưu trữ (ANSI/ISA 88.01, DIN 19222) ƒ Quá trình kỹ thuật là một quá trình với các ₫ại lượng kỹ thuật ₫ược ₫o hoặc/và ₫ược can thiệp ƒ Quá trình công nghệ là một quá trình kỹ thuật nằm trong một dây chuyền công nghệ => quan tâm tới các quá trình vật... Oxford, UK Công nghệ DNA tái tổ hợp 23 Điều khiển quá trình © 2004, HOÀNG MINH SƠN Chương 1: Mở ₫ầu 12/08/2006 Nội dung chương 1 1.0 1.1 1.2 1.3 1.4 1.5 1.6 Giới thiệu môn học Các khái niệm cơ bản Mục ₫ích ₫iều khiển Cấu trúc cơ bản một HT ĐKQT Các chức năng ₫iều khiển quá trình Các nhiệm vụ phát triển hệ thống Mô tả chức năng hệ thống Chương 1: Mở đầu © 2005 - HMS 2 1.0 Giới thiệu môn học Lý thuyết... + RNA :DNA ApGpGpCpApT 5’ 5’ 3’ pCpGpUpA (xem chương 6) 4 Terminal transferase (Tuyến ức của bê) Phản ứng gắn này là ngẫu nhiên, do đó thành phần nucleotide của đầu lồi phụ thuộc vào nồng độ của bốn loại nucleotide có trong phản ứng Terminal enzyme transferase ssDNAOH + ndNTP - DNA- (pdN)n + nPPi 2+ Mg 2+ hoặc Mn : DNA 3’-OH - Ứng dụng chính Công nghệ DNA tái tổ hợp 14 + Thêm đuôi đồng trùng hợp (homopolymer)... tận cùng 3’-OH 5’ P của DNA sợi đôi có enzyme 5’ P đầu bằng hoặc đầu 3’-OH ở điểm 3’ OH 3’ OH đứt trong DNA sợi đôi 5’ P + 5’ pNOH 3’ phosphatase 3’ P enzyme 5’ 5’ 3’ P + 2Pi 5’ 3’ OH 3’ OH DNA sợi đôi hoặc sợi 5’ đơn có đầu 3’ phosphate - Ứng dụng chính Công nghệ DNA tái tổ hợp 20 + Tạo ra các cấu trúc sợi đơn ở một số vùng trên phân tử DNA dùng làm cơ chất cho đoạn Klenow của DNA polymerase I (để sản... cắt đặc hiệu RNA trong thể lại RNA :DNA mà không cắt DNA hoặc RNA không ở trong thể lai, enzyme này thường được dùng để phá hủy khuôn mẫu RNA sau khi tổng hợp sợi cDNA thứ nhất bằng phiên mã ngược, để tiếp tục tổng hợp sợi cDNA thứ hai tạo thành một sợi đôi cDNA - ; Nhờ - Ứng dụng chính + -loops + protein hiệu /đọc thêm 1 Hồ Huỳnh Thùy Dương 1998 Sinh học phân tử NXB Giáo dục, Hà Nội 2 Ausubel FM, Brent ... Exonuclease 5’ pNOH dsDNA lai RNA :DNA + 5’pN(pN)npNOH + ssDNA Mg2+ làm mẫu dò E coli 3’ 5’ Công nghệ DNA tái tổ hợp ) C 5’ 3’ DNA polymerase DNA enzyme DNAOH + ndNTP DNA- (pdN)n + nPPi 2+ Mg... ₫ược can thiệp ƒ Quá trình công nghệ trình kỹ thuật nằm dây chuyền công nghệ => quan tâm tới trình vật chất lượng  Trong nội dung môn học, khái niệm trình ₫ược hiểu trình công nghệ Chương 1: Mở... có khả chịu nhiệt cao phù hợp với điều kiện phản ứng PCR, tổng hợp sợi DNA dài kb vòng 30 giây 72oC Công nghệ DNA tái tổ hợp 11 - Một hạn chế Taq pol xác không cao trình chép bị chế đọc sửa (hoạt