bài tiểu luận NCBI và một số ứng dụng

Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Bài tiểu luận: NCBI VÀ MỘT SỐ ỨNG DỤNG Người hướng dẫn: PGS.TS Chu Hoàng Mậu NCS: Nguyễn Thị Thu Ngà Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Chào mừng bạn đến NCBI Trung tâm Quốc gia Thông tin Công nghệ sinh học tiến bộ khoa học và sức khỏe bằng cách cung cấp truy cập vào thông tin y sinh học và di truyền. Giới thiệu về các NCBI | Sứ mệnh | Tổ chức | Nghiên cứu | RSS Feeds Bắt đầu Công cụ : Phân tích dữ liệu bằng cách sử dụng phần mềm NCBI Downloads : NCBI dữ liệu hoặc phần mềm Làm thế nào-Để : Tìm hiểu làm thế nào để hoàn thành nhiệm vụ cụ thể tại NCBI Bao gồm cả những phản hồi và những đề nghị, gợi ý : Gửi dữ liệu GenBank hoặc cơ sở dữ liệu NCBI NCBI Trang chủ Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Sơ đồ trang web Một B C D E F G H I J L M N O P R S T U V Các mục in đậm. A Amino acid Explorer ASN.1 Định dạng Tóm tắt Hội Lưu Trữ B Sắp Công cụ Tìm kiếm địa phương cơ bản (BLAST ) Hàng loạt Entrez Sinh thử nghiệm dịch vụ BioProject (trước đây là Genome Project) BioProject thông tin BioSample Biosystems BLAST (Stand-alone) Liên kết BLAST (nhấp nháy) BLAST vi khuẩn Genome BLAST RefSeqGene Hướng dẫn BLAST Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Cơ sở dữ liệu BioProject (trước đây là Genome Project) Một bộ sưu tập gen, gen chức năng, nghiên cứu di truyền học và các liên kết để tập hợp dữ liệu kết quả. Tài liệu này mô tả phương pháp để lấy các bộ dữ liệu thường rất khó để tìm thấy do chú thích không phù hợp, kiểu dữ liệu đa dạng thường được lưu trữ trong cơ sở dữ liệu khác nhau. BioSample BioSample cơ sở dữ liệu chứa các mô tả về nguồn nguyên liệu sinh học được sử dụng trong các xét nghiệm thử nghiệm. Biosystems Cơ sở dữ liệu các nhóm y sinh học, các phân tử nhỏ, và dữ liệu trình tự trong các mối quan hệ sinh học. Kệ sách Một bộ sưu tập các sách y sinh học có thể được tìm kiếm trực tiếp hoặc từ các dữ liệu liên kết trong cơ sở dữ liệu NCBI khác. tài nguyên di truyền như GeneReviews, và các hướng dẫn sử dụng giúp NCBI. Ung thư nhiễm sắc thể Biên soạn các dữ liệu từ ba nguồn: SKY NCI / NCBI / M-FISH và CGH Cơ sở dữ liệu, NCI Mitelman Cơ sở dữ liệu sai lệch nhiễm sắc thể trong ung thư, và các quang sai NCI tái phát trong ung thư. Giao diện hỗ trợ tìm kiếm thông qua di truyền tế bào, lâm sàng, và / hoặc thông tin tham khảo. Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Dữ liệu và phần mềm Cơ sở dữ liệu NCBI C + + Toolkit Hướng dẫn sử dụng Một hướng dẫn toàn diện về các NCBI C + + bộ công cụ, C + + thư viện tham khảo, ví dụ phần mềm và trình diễn, câu hỏi thường gặp. Hướng dẫn sử dụng là tìm kiếm trực tuyến và có thể được tải về như các tài liệu PDF. NCBI Trang Web Search Một cơ sở dữ liệu của các trang web tĩnh NCBI, tài liệu, và các công cụ trực tuyến. Những trang này bao gồm nội dung như công cụ phân tích chuyên ngành trực tuyến trình tự. Tìm kiếm cơ sở dữ liệu này là tương đương với một công cụ tìm kiếm trang web cho toàn bộ trang web của NCBI, ngoại trừ các thư mục. Tải BLAST (Stand-alone) Cơ sở dữ liệu định dạng trước cho protein BLAST, nucleotide, và tìm kiếm dịch cũng có sẵn để tải về theo db thư mục con. Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Cơ sở dữ liệu Kệ sách Một bộ sưu tập các sách y sinh học có thể được tìm kiếm trực tiếp hoặc từ các dữ liệu liên kết trong cơ sở dữ liệu NCBI khác. Bộ sưu tập bao gồm sách giáo khoa y sinh học, tài nguyên di truyền như GeneReviews, và các hướng dẫn sử dụng giúp NCBI. GeneReviews mô tả bệnh, Bookshelf NCBI áp dụng thử nghiệm di truyền để chẩn đoán, quản lý, và tư vấn di truyền của bệnh nhân và gia đình với điều kiện kế thừa. Các tạp chí trong cơ sở dữ liệu NCBI Tập hợp con của cơ sở dữ liệu Danh mục NLM cung cấp thông tin trên các tạp chí được tham chiếu trong hồ sơ cơ sở dữ liệu NCBI, bao gồm tóm tắt PubMed. Tập hợp con này có thể được tìm kiếm bằng cách sử dụng tên tạp chí, MEDLINE hoặc viết tắt ISO, ISSN, hoặc ID Danh mục NLM. Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn SO SÁNH GENEBANK Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn SO SÁNH GENEBANK http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn [...]... quả được tải xuống và lưu lại thành một file Notepad • Collections: lưu các file đã chọn vào bộ sưu tập trong My NCBI (Folder cá nhân trong Pubmed) • Clipboard: lưu tạm thời các thư mục đã chọn • Email: gởi các file thư mục đã chọn qua email Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn My NCBI Bấm vào liên kết này đăng ký dịch vụ NCBI My NCBI là gì? Là một công cụ cho phép người sử dụng lưu các phép tìm... thẩm quyền của Thư viện Y Khoa và Viện Nghiên Cứu Sức Khỏe Quốc gia Hoa Kỳ • Chứa hơn 20 triệu bài trích dẫn từ các tạp chí thuộc lĩnh vực Y khoa & khoa học Sự Sống, và sách điện tử • Có thể liên kết trực tiếp đến bài viết toàn văn từ nhiều nhà xuất bản và các trang web khác nhau Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Tìm kiếm cơ bản • Gõ từ khóa, chủ đề vào ô search • Sử dụng AND, OR, NOT (luôn để... mở rộng kết quả: • Sử dụng các từ đồng nghĩa: H1N1 = influenza A, swine flu Management = control, prevention • Sử dụng các từ chặt cụt (truncation) Management = manag* Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Trang Kết Quả Tổng số bài toàn văn miễn phí Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Chọn xem bài toàn văn Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Xem bài toàn văn Click vào logo của NXB để xem... My NCBI Lưu các phép tìm trong My NCBI 1 Thực hiện phép tìm trong PubMed 2 Khi trang kết quả hiện ra, bấm chọn Save Search (A) 3 Đăng nhập (B) (nếu chưa) Ở màn hình Save Search, có thể đổi tên của phép tìm Bấm vào nút Save 4 Chọn các kiểu cập nhật qua e-mail 5 Bấm chọn Save Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Sách điện tử - NCBI Bookshelf Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Sách điện tử - NCBI. .. NCBI Bookshelf http://www .ncbi. nlm.nih.gov/sites/entrez?db=Books • Là một bộ sưu tập sách có chọn lọc, miễn phí về y, sinh • Hiện có hơn 90 nhan đề về sinh học phân tử, hóa sinh, sinh học tế bào, di truyền, vi sinh học… • Có thể tìm sách bằng cách sử dụng từ khóa, có thể tải sách miễn phí lần lượt theo từng chương một Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Sách điện tử - NCBI Bookshelf Tài liệu chia... (Limits) • Chọn tab Limits • Chức năng này sẽ giới hạn kết quả theo: - bài toàn văn - năm xuất bản tạp chí - ngôn ngữ - loại bài báo, loại nghiên cứu… Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Giới hạn kết quả Chọn t.gian xuất bản Nghiên cứu về con người Giới hạn ngôn ngữ Giới hạn giới tính Giới hạn nhóm tuổi Chọn nhóm tạp chí Chọn liên kết bài tóm tắt / toàn văn Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Tìm... Cao • Cho phép tìm theo trường cụ thể (a specific field), sử dụng chức năng Search Builder • Chọn trường tìm kiếm (field) • Gõ thuật ngữ/từ khóa • Chọn AND, OR, NOT để nối các thuật ngữ/từ khóa lại với nhau • Bấm chọn nút Search để thực hiện phép tìm Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Kết quả Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Tải bài toàn văn Liên kết toàn văn Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn . wWw.SinhHoc.edu.vn Bài tiểu luận: NCBI VÀ MỘT SỐ ỨNG DỤNG Người hướng dẫn: PGS.TS Chu Hoàng Mậu NCS: Nguyễn Thị Thu Ngà Tài liệu chia sẻ tại: wWw.SinhHoc.edu.vn Chào mừng bạn đến NCBI Trung. GeneReviews, và các hướng dẫn sử dụng giúp NCBI. GeneReviews mô tả bệnh, Bookshelf NCBI áp dụng thử nghiệm di truyền để chẩn đoán, quản lý, và tư vấn di truyền của bệnh nhân và gia đình với. wWw.SinhHoc.edu.vn Dữ liệu và phần mềm Cơ sở dữ liệu NCBI C + + Toolkit Hướng dẫn sử dụng Một hướng dẫn toàn diện về các NCBI C + + bộ công cụ, C + + thư viện tham khảo, ví dụ phần mềm và trình diễn,