1. Trang chủ
  2. » Luận Văn - Báo Cáo

Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017

43 10 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Tiêu đề Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Tác giả ThS Nguyễn Trương Công Minh, PGS. TS. Lê Xuân Trường, ThS Lê Thị Xuân Thảo, PGS. TS. Bùi Thọ Thanh
Trường học Đại học Y Dược TP HCM
Năm xuất bản 2018
Thành phố TP.HCM
Định dạng
Số trang 43
Dung lượng 1,5 MB

Cấu trúc

  • CHƯƠNG 1: ĐẶT VẤN ĐỀ VÀ TỔNG QUAN TÀI LIỆU (9)
    • 1.1. Đặt vấn đề (9)
    • 1.2. Tổng quan (10)
      • 1.2.1. Phương pháp QSAR (11)
      • 1.2.2. Thông số cấu trúc phân tử (13)
      • 1.2.3. Hoạt tính (16)
      • 1.2.4. Sự nhiễm nấm (17)
      • 1.2.5. Chất kháng nấm (21)
  • Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU (29)
    • 2.1. Đối tượng nghiên cứu (29)
    • 2.2. Phương pháp nghiên cứu (29)
  • CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ và BÀN LUẬN (32)
    • 3.1. KẾT QUẢ (32)
    • 3.2. BÀN LUẬN (38)
  • CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN (41)
  • TÀI LIỆU THAM KHẢO (42)

Nội dung

Nội dung chính - Góp phần nghiên cứu các thành phần thuốc mới, có hoạt tính sinh học vượt trội, điển hình là các Sulfonamides thuộc nhóm hợp chất có dược tính, còn được gọi là "Sulfa dru

ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

Đối tượng nghiên cứu

Đối tượng khảo sát là các dẫn xuất Sulfonamides do Subramanyam và đồng nghiệp tại khoa Hóa học - Đại học Sri Venkateswara - Ấn Độ tổng hợp, nhằm nghiên cứu hoạt tính MIC Các thông số cấu trúc được lựa chọn từ bộ thông số được tối ưu bằng phương pháp cơ học lượng tử PM3 (Hyperchem 8.0.10) và cơ học phân tử trường lực MMFF94 (PaDel Descriptor 2.27), có thể ảnh hưởng đến hoạt tính MIC.

Phương pháp nghiên cứu

Sử dụng các phương pháp sau:

2.2.1 Phương pháp cơ học phân tử

Phương pháp cơ học phân tử sử dụng các định luật vật lý cổ điển để mô tả cấu trúc phân tử, bao gồm các nguyên tử liên kết với nhau Năng lượng trong hệ thống được tính toán từ tổng các yếu tố như năng lượng kéo căng theo độ dài nối, năng lượng bẻ cong theo góc nối, và năng lượng xoắn theo góc xoắn, cùng với các tương tác không liên kết như lực van der Waals và lực Coulomb.

Năng lượng biến dạng của phân tử thường được định nghĩa là năng lượng phản ánh sự thay đổi hình dạng thực tế của phân tử so với hình dạng lý tưởng của nó.

2.2.2 Phương pháp cơ học lượng tử

Cơ học lượng tử mô tả phân tử như là các tương tác giữa hạt nhân và electron, với hình dạng của phân tử thay đổi để đạt năng lượng tổng cộng thấp nhất Phương trình Schrӧdinger là phương trình cơ bản trong lĩnh vực này, cung cấp các nghiệm giúp làm sáng tỏ cấu trúc phân tử Thông tin về năng lượng được biểu diễn qua hàm sóng Ψ, mô tả chuyển động của electron và phụ thuộc vào tọa độ electron (r) và thời gian (t) Toán tử Hamilton (Ĥ) được sử dụng trong phương trình này là đơn vị nguyên tử, được xác định bởi một biểu thức cụ thể.

Z là điện tích hạt nhân, MA là khối lượng hạt nhân A, RAB là khoảng cách giữa hạt nhân

A và B, rij là khoảng cách giữa electron i và j, riA là khoảng cách giữa electron i và hạt nhân A

Khảo sát QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) là phương pháp nghiên cứu mối quan hệ giữa cấu trúc hóa học và hoạt tính sinh học của các hợp chất, đặc biệt là nhóm chất ức chế Phương pháp này bắt đầu bằng việc tổng hợp một nhóm hợp chất cụ thể và thu thập dữ liệu chi tiết về hoạt tính ức chế tương ứng với các đặc điểm cấu trúc khác nhau, bao gồm sự hiện diện của các nhóm chức quan trọng Tiếp theo, mô hình lý thuyết được phát triển để giải thích mối tương quan giữa các thông số cấu trúc và các đặc tính hóa lý của phân tử, từ đó dẫn đến sự thay đổi trong hoạt tính sinh học của từng hợp chất.

2.2.4 Xây dựng mô hình, tối ưu hóa cấu trúc và tính toán các thông số cấu trúc phân tử

Tính toán các thông số cấu trúc phân tử được thực hiện bằng các phần mềm: Gaussian 09w, Hyperchem 8.0.10 và PaDel Descriptor 2.21

Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng phần mềm Gaussian 09w và Hyperchem 8.0.10 để xây dựng mô hình và tối ưu hóa cấu trúc các hợp chất thông qua hai phương pháp cơ học lượng tử: bán kinh nghiệm PM3 và phiếm hàm mật độ DFT với hàm cơ sở B3LYP và tập cơ sở 6-31G(d,p) Kết quả tính toán bao gồm 17 thông số cấu trúc hóa lượng tử, như diện tích bề mặt trung bình, diện tích bề mặt toàn phần, thể tích, năng lượng hydrat hóa, hệ số phân bố giữa octan và nước, chỉ số khúc xạ, hệ số phân cực, khối lượng phân tử, năng lượng vân đạo biên Lumo và năng lượng vân đạo biên.

Homo là mức năng lượng cao nhất trong các orbital phân tử, trong khi chênh lệch năng lượng giữa các vân đạo biên ảnh hưởng đến tính chất hóa học của phân tử Năng lượng tổng cộng, năng lượng gắn kết và sinh nhiệt đều là những yếu tố quan trọng trong việc đánh giá tính ổn định của cấu trúc phân tử Năng lượng điện tử, năng lượng core-core và moment tổng cộng cũng đóng vai trò quan trọng trong việc xác định các tính chất vật lý của phân tử PaDel Descriptor 2.21 cho phép sử dụng các cấu trúc phân tử đã được tối ưu hóa để thực hiện các tính toán chính xác hơn.

16018 thông số cấu trúc lý hóa bao gồm các nhóm thông số cấu trúc 2D và 3D

2.2.5 Xử lý dữ liệu và sàng lọc các thông số cấu trúc bằng phép phân tích hồi quy đa biến tuyến tính

Sàng lọc các thông số cấu trúc thông qua phân tích hồi quy tuyến tính đa biến sử dụng phần mềm Statgraphics Centurion XVI Chọn lựa các biến có mối tương quan thống kê có ý nghĩa (p

Ngày đăng: 31/12/2023, 15:56

Nguồn tham khảo

Tài liệu tham khảo Loại Chi tiết
1. “Hyperchem® Computational Chemistry”, Hypercube, Inc. (1996) Sách, tạp chí
Tiêu đề: Hyperchem® Computational Chemistry
2. Allen BR, Stanley SY (2008), “An Introduction to QSAR Methodology”, Network Science – NetSci Sách, tạp chí
Tiêu đề: An Introduction to QSAR Methodology”
Tác giả: Allen BR, Stanley SY
Năm: 2008
3. Ambure, P., Aher, R. B., Gajewicz, A., Puzyn, T., & Roy, K. (2015). “NanoBRIDGES software: Open access tools to perform QSAR and nano-QSAR modeling”, Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems, 147, p. 1–13 Sách, tạp chí
Tiêu đề: NanoBRIDGES software: Open access tools to perform QSAR and nano-QSAR modeling”, "Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems
Tác giả: Ambure, P., Aher, R. B., Gajewicz, A., Puzyn, T., & Roy, K
Năm: 2015
4. Ch. Subramanyam, Sk. Nayab Rasool, D. B. Janakiramudu, S. Rasheed, A. Uday Sankar, and C. Naga Raju (2017), “Synthesis and bioactivity evaluation of some novel sulfonamide derivatives”, Phosphorus, Sulfur, and Silicon and the Related Elements, pp. 1–5 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Synthesis and bioactivity evaluation of some novel sulfonamide derivatives”, "Phosphorus, Sulfur, and Silicon and the Related Elements
Tác giả: Ch. Subramanyam, Sk. Nayab Rasool, D. B. Janakiramudu, S. Rasheed, A. Uday Sankar, and C. Naga Raju
Năm: 2017
5. Chun Wei (2001), “PaDEL-Descriptor”, National University of Singapore Sách, tạp chí
Tiêu đề: PaDEL-Descriptor”
Tác giả: Chun Wei
Năm: 2001
6. James BF, Frisch AE (1996), “Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods 2nd Edition” Sách, tạp chí
Tiêu đề: Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods 2nd Edition
Tác giả: James BF, Frisch AE
Năm: 1996
7. James, William D., Berger, Timothy G. (2006), “Andrews' Diseases of the Skin: clinical Dermatology”, Saunders Elsevier, pp. 308–311 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Andrews' Diseases of the Skin: clinical Dermatology”, "Saunders Elsevier
Tác giả: James, William D., Berger, Timothy G
Năm: 2006
8. Mark HB, Martin TH, Howard BD (2013), “Neural Network Toolbox TM User’s Guide”, The MathWorks, Inc Sách, tạp chí
Tiêu đề: Neural Network ToolboxTM User’s Guide”
Tác giả: Mark HB, Martin TH, Howard BD
Năm: 2013
9. Meredith Blackwell, Rytas Vilgalys, John W. Taylor (2005), “Eumycota: mushrooms, sac fungi, yeast, molds, rusts, smuts, etc…”, Tree Of Life Web Project Sách, tạp chí
Tiêu đề: Eumycota: mushrooms, sac fungi, yeast, molds, rusts, smuts, etc…”
Tác giả: Meredith Blackwell, Rytas Vilgalys, John W. Taylor
Năm: 2005
10. Myers RS (2006), “Immunizing and Antimicrobial Agents”, Medicinal Chemistry 401 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Immunizing and Antimicrobial Agents”
Tác giả: Myers RS
Năm: 2006
11. R Core Team (2012), “R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing”, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0 Sách, tạp chí
Tiêu đề: R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing”
Tác giả: R Core Team
Năm: 2012
12. R. Todeschini, V. Consonni (2000), “Handbook of Molecular Descriptors”, Methods and Principles in Medicinal Chemistry, 11 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Handbook of Molecular Descriptors”, "Methods and Principles in Medicinal Chemistry
Tác giả: R. Todeschini, V. Consonni
Năm: 2000
13. R.T. Sanderson (1981), “Electronegativity and Bond Energy”, J. Am. Chem. Soc., 105, p. 2259-2261 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Electronegativity and Bond Energy”, "J. Am. Chem. Soc
Tác giả: R.T. Sanderson
Năm: 1981
14. Rakesh Bhatia, “A Review on role of molecular descriptors in QSAR: A computational methods approach”, PharmaTutor – Pharmacy Infopedia Sách, tạp chí
Tiêu đề: A Review on role of molecular descriptors in QSAR: A computational methods approach”
15. Warren J. Hehre (2003), “A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations”, Wavefunction Incorporation, 18 Sách, tạp chí
Tiêu đề: A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations”, "Wavefunction Incorporation
Tác giả: Warren J. Hehre
Năm: 2003

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

Hình 1: Các bước cơ bản xây dựng QSAR - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 1 Các bước cơ bản xây dựng QSAR (Trang 11)
Hình 2: Thông số dạng hình học phân tử - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 2 Thông số dạng hình học phân tử (Trang 14)
Hình 4: (A) Một đơn vị cấu trúc của chitin; (B) Sợi nấm dưới kính hiển vi quang học - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 4 (A) Một đơn vị cấu trúc của chitin; (B) Sợi nấm dưới kính hiển vi quang học (Trang 17)
Hình 5: Một số hình ảnh các dòng nấm tiêu biểu - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 5 Một số hình ảnh các dòng nấm tiêu biểu (Trang 19)
Bảng 1: Bệnh nấm da và chủng nấm gây bệnh - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Bảng 1 Bệnh nấm da và chủng nấm gây bệnh (Trang 20)
Hình 6: Cấu trúc cơ bản của tế bào nấm - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 6 Cấu trúc cơ bản của tế bào nấm (Trang 21)
Bảng 2: Bệnh nấm phổi và chủng nấm gây bệnh - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Bảng 2 Bệnh nấm phổi và chủng nấm gây bệnh (Trang 21)
Hình 7: Chất kháng nấm polyen - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 7 Chất kháng nấm polyen (Trang 23)
Bảng 3. Các thông số cấu trúc có tương quan thống kê với hoạt tính kháng E.coli và Aspergillus niger - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
ng 3. Các thông số cấu trúc có tương quan thống kê với hoạt tính kháng E.coli và Aspergillus niger (Trang 34)
Bảng 4: Dữ liệu trọng số W cho mỗi biến cấu trúc theo thứ tự giảm dần - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Bảng 4 Dữ liệu trọng số W cho mỗi biến cấu trúc theo thứ tự giảm dần (Trang 35)
Bảng 5: Mô hình mạng nơron cho trường hợp hoạt tính MIC E.coli - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Bảng 5 Mô hình mạng nơron cho trường hợp hoạt tính MIC E.coli (Trang 36)
Bảng 6: Mô hình mạng nơron cho trường hợp hoạt tính MIC Aspergillus niger - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Bảng 6 Mô hình mạng nơron cho trường hợp hoạt tính MIC Aspergillus niger (Trang 37)
Hình 11. Biểu đồ xu hướng ảnh hưởng MATS1e – JGI9 – Log(MIC) với E.coli - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 11. Biểu đồ xu hướng ảnh hưởng MATS1e – JGI9 – Log(MIC) với E.coli (Trang 38)
Hình 13. Biểu đồ xu hướng ảnh hưởng MATS2s – GATS3s – Log(MIC) với - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 13. Biểu đồ xu hướng ảnh hưởng MATS2s – GATS3s – Log(MIC) với (Trang 39)
Hình 14. Hợp chất Sulfonamide dự đoán có hoạt tính kháng Aspergillus niger vượt trội - Đặc điểm viêm màng não phế cầu ở trẻ em tại khoa nhiễm bệnh viện nhi đồng 1 từ năm 2012 đến năm 2017
Hình 14. Hợp chất Sulfonamide dự đoán có hoạt tính kháng Aspergillus niger vượt trội (Trang 40)

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN