SÀNG lọc IN SILICO các hợp CHẤT ALKALOID có tác DỤNG ức CHẾ THỤ THỂ ER ALPHA HƯỚNG điều TRỊ BỆNH UNG THƯ vú

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC BÙI PHÚC LỘC SÀNG LỌC IN SILICO CÁC HỢP CHẤT ALKALOID CÓ TÁC DỤNG ỨC CHẾ THỤ THỂ ER-ALPHA HƯỚNG ĐIỀU TRỊ BỆNH UNG THƯ VÚ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC Hà Nội – 2022 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC Người thực hiện: BÙI PHÚC LỘC SÀNG LỌC IN SILICO CÁC HỢP CHẤT ALKALOID CÓ TÁC DỤNG ỨC CHẾ THỤ THỂ ER-ALPHA HƯỚNG ĐIỀU TRỊ BỆNH UNG THƯ VÚ KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC (NGÀNH DƯỢC HỌC) Khóa : QH.2017.Y Người hướng dẫn : PGS.TS VŨ MẠNH HÙNG ThS NGUYỄN THỊ THÚY Hà Nội - 2022 LỜI CẢM ƠN Trước hết, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS.TS Vũ Mạnh Hùng công tác Học viện Quân y ThS Nguyễn Thị Thuý công tác Trường Đại học Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội tận tình bảo, động viên giúp đỡ tơi hồn thành khóa luận Tơi xin cảm ơn PGS.TS Bùi Thanh Tùng công tác Trường Đại học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội dẫn dắt bước thực khóa luận Tơi xin chân thành cảm ơn bạn Tạ Thị Thu Hằng, sinh viên lớp K62 Dược học, Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội nhiệt tình hỗ trợ tơi q trình thực đề tài Bên cạnh đó, tơi xin gửi lời cảm ơn tới lãnh đạo, thầy cô Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội giúp đỡ, tạo điều kiện để học tập, nghiên cứu, rèn luyện suốt năm qua thực đề tài Sau cùng, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới bố mẹ, anh chị em bạn bè sát cánh, đồng hành, ủng hộ, động viên tơi q trình học tập, nghiên cứu hồn thành khóa luận Mặc dù có nhiều cố gắng, song với kiến thức, kỹ thời gian cịn hạn chế, khóa luận tơi khó tránh khỏi thiếu sót Tơi mong nhận ý kiến đóng góp thầy để khóa luận tơi hồn thiện Tơi xin chân thành cảm ơn Hà Nội, ngày tháng năm 2021 Sinh viên Bùi Phúc Lộc DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT UTV Ung thư vú ER-alpha Thụ thể estrogen alpha HER2 Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì người DNA Acid deoxyribonucleic CT Hóa trị ET Điều trị nội tiết MTA1 Protein liên quan đến di SRC-1 Chất hoạt hóa thụ thể steroid Arg Arginine Ser Serine His Histidin Gln Glutamine Val Valin Glu Glutamate Lys Lysine Tyr Tyrosine Ala Alanin Asp Axit aspartic Phe Phenylalanin Trp Tryptophan Leu Leucin Met Methionin NMR Cộng hưởng từ hạt nhân SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu ADMET Hấp thu, Phân bố, Chuyển hóa, Thải trừ, Độc tính CSDL Cơ sở liệu RMSD Độ lệch bình phương trung bình MW Trọng lượng phân tử HBD Nhóm cho liên kết hydro HBA Nhóm nhận liên kết hydro LD50 Liều gây chết trung bình SBDD Phát minh thuốc dựa cấu trúc CADD Phát minh thuốc có hỗ trợ máy tính SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu DANH MỤC HÌNH VẼ Hình 1.1 Trình tự thụ thể estrogen alpha (ERα) Hình 1.2 Cấu trúc chiều ERα liên kết với estradiol (cấu trúc PDB 1A52) Hình 1.3 Vai trị thụ thể estrogen alpha chất đối kháng thụ thể estrogen alpha (tamoxifen, fulvestrant, letrozole anastrozole) ung thư vú Hình 2.1 Cấu trúc 3D thụ thể ER-alpha tải từ CSDL Protein Data Bank Hình 3.1 RMSD 4-hydroxytamoxifen trước sau re-dock Hình 3.2 Các tương tác 4-hydroxytamoxifen vị trí hoạt động Hình 3.3 Tương tác Pityriacitrin B Tubocuraran với ERα SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Kết mô docking Bảng 3.2 Kết thông số quy tắc Lipinski Bảng 3.3 Kết phân tích thơng số ADMET (hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ độc tính) Bảng 3.4 Kết tương tác phối tử với ERα SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu MỤC LỤC DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC HÌNH VẼ DANH MỤC BẢNG ĐẶT VẤN ĐỀ .1 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN .3 1.1 Tổng quan bệnh ung thư vú 1.1.1 Đại cương ung thư vú 1.1.2 Nguyên nhân – Các yếu tố nguy 1.1.3 Điều trị ung thư vú 1.2 Tổng quan thụ thể ER-alpha .7 1.2.1 Sơ lược thụ thể ER-alpha .8 1.2.2 Một số hợp chất có tác dụng ức chế thụ thể ER-alpha 10 1.3 Tổng quan nhóm hợp chất alkaloid 12 1.4 Tổng quan nghiên cứu in silico 15 1.4.1 Docking phân tử 16 1.4.2 Quy tắc Lipinski hợp chất giống thuốc 18 1.4.3 Dự đốn ADMET thơng số dược động học độc tính 19 CHƯƠNG 2: NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 21 2.1 Nguyên liệu thiết bị .21 2.2 Nội dung nghiên cứu 22 2.3 Phương pháp nghiên cứu 22 2.3.1 Sàng lọc docking phân tử 22 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu 2.3.2 Nghiên cứu đặc điểm giống thuốc 24 2.3.3 Nghiên cứu đặc tính dược động học độc tính (ADMET) 25 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ 26 3.1 Mô protein docking 26 3.1.1 Đánh giá quy trình docking .26 3.2 Tìm kiếm chất tiềm từ kết docking .27 3.3 Sàng lọc hợp chất giống thuốc .37 3.4 Dự đoán thông số ADMET 38 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN .43 4.1 Về kết 43 4.1.1 Pityriacitrin B (ID: 56649543) 43 4.1.2 Tubocuraran (ID: 9548771) .43 4.2 Về phương pháp 44 4.3 Những hạn chế thách thức mô hình nghiên cứu in silico .46 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 47 TÀI LIỆU THAM KHẢO SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu ĐẶT VẤN ĐỀ Ung thư vú trở thành thách thức lớn sức khỏe cộng đồng tỷ lệ mắc bệnh ngày tăng gánh nặng gây nước phát triển nước phát triển Theo báo cáo ghi nhận ung thư toàn cầu Globocan 2020, ung thư vú bệnh ung thư phổ biến giới, ước tính có khoảng 2,3 triệu ca mắc (chiếm 11,7%, đứng hàng đầu), 685 nghìn ca tử vong (chiếm 6,9%, đứng hàng thứ năm) Tại Việt Nam, ước tính có 21.555 ca mắc 9345 ca tử vong, khiến ung thư vú trở thành bệnh ung thư phổ biến phụ nữ nguyên nhân gây tử vong ung thư đứng hàng thứ tư Tuy nhiên, khả sống sót tăng lên nhờ thay đổi mạnh mẽ phương pháp sàng lọc, chẩn đoán sớm đột phá phương pháp điều trị2 Thụ thể ER-alpha đích tác dụng quan trọng liệu pháp điều trị ung thư vú Thụ thể estrogen (ER) protein tăng cường kích hoạt phối tử, thành viên siêu họ thụ thể steroid/nhân ER động vật có vú mã hóa hai gen: alpha beta (ERα ERβ) có chức vừa đầu dị tín hiệu vừa yếu tố phiên mã để điều chỉnh biểu gen mục tiêu ERα biểu khơng q 10% biểu mơ vú bình thường xấp xỉ 50-80% khối u vú Nó tìm thấy tế bào biểu mơ ống tiểu thùy mơ đệm Vai trị ERα phát triển tuyến vú chứng minh chuột bị loại bỏ ERα (ERαKO) ERα thúc đẩy hình thành khối u tiến triển ung thư vú4 Nhiều dược chất phát triển dựa thụ thể này, điển hình thuốc ức chế thụ thể ERα tamoxifen, raloxifene, fulvestrant,… Bên cạnh tác dụng có lợi với bệnh ung thư vú, thuốc ức chế ERα cho thấy tác dụng không mong muốn sử dụng thời gian dài nguy mắc ung thư nội mạc tử cung, tăng tỷ lệ hình thành cục máu đơng,…5 Vì vậy, nhiều nghiên cứu thực hợp chất từ tự nhiên sàng lọc ứng cử viên tiềm trở thành thuốc có tác dụng hỗ SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu 3.4 Dự đoán thông số ADMET Tiếp tục sử dụng công cụ trực tuyến pkCSM để dự đốn thơng số dược động học độc tính (ADMET) bao gồm thơng số hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ độc tính Kết trình bày Bảng 3.3 Bảng 3.3 Kết phân tích thơng số ADMET (hấp thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ độc tính) Độ tan nước (log mol/l) Hấp thu Phân bố Pityriacitrin B Tubocuraran -2.907 -4.641 Tính thấm màng Caco2 (log 0.749 Papp 10-6 cm/s) 0.828 Hấp thu ruột (người) (%) 72.993 95.002 Tính thấm qua da -2.735 -2.735 Cơ chất P-glycoprotein Có Có Ức chế P-glycoprotein I Khơng Có Ức chế P-glycoprotein II Khơng Có Thể tích phân bố (người) -1.345 (VDss) (log L/kg) -0.338 Thành phần tự (Fu) 0.064 0.267 Tính thấm hàng rào máu não -0.882 0.029 (log BB) Chuyể Tính thấm hệ thần kinh trung -1.882 ương (log PS) -0.388 Cơ chất CYP2D6 Không Khơng Cơ chất CYP3A4 Khơng Có Ức chế CYP1A2 Khơng Có 40 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu n hóa Thải trừ Độc tính Ức chế CYP2C19 Không Không Ức chế CYP2C9 Không Không Ức chế CYP2D6 Khơng Có Ức chế CYP3A4 Khơng Khơng Độ thải toàn phần 0.78 0.808 Cơ chất OCT2 thận Khơng Khơng Độc tính AMES Khơng Khơng Liều dung nạp tối đa (người) 0.565 0.439 Ức chế hERG I Khơng Khơng Ức chế hERG II Khơng Có (log ml/min/kg) Độc tính cấp đường uống 2.569 chuột (LD50) (mol/kg) 3.136 Độc tính mạn đường uống 2.119 chuột (LD50) 0.343 (log mg/kg_bw/day) Độc tính gan Có Có Kích ứng da Không Không Về hấp thu, khả hấp thu chất đánh giá dựa vào thơng số: độ tan nước, tính thấm qua màng Caco2 khả hấp thu ruột (người) Một chất cho có khả thấm tốt tính thấm qua màng Caco2 (log Papp 10-6 cm/s) có giá trị lớn 0,928 Kết từ bảng 3.3 cho thấy, chất có giá trị nhỏ 0,9, khả thấm qua màng thấp Tuy 41 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu nhiên, khả hấp thu ruột người hợp chất tốt (73% với Pityriacitrin B tới 95 % với Tubocuraran) Về phân bố, hợp chất cho phân bố tốt đến mô giá trị log VDss > 0.45 phân bố log VDss < -0.15 28, chất phân bố tới mô Ngồi ra, hai thơng số tính thấm qua hàng rào máu não (BBB) hệ thần kinh trung ương (CNS) quan trọng đánh giá tính an tồn hệ thần kinh dược chất Giá trị logBB lớn 0,3 cho có khả hấp thu tốt qua hàng rào máu não giá trị logPS lớn -2 cho có khả thấm qua hệ thần kinh trung ương Kết cho thấy, logBB hợp chất nhỏ 0,3, hai hợp chất không qua hàng rào máu não Tuy nhiên log PS hai lớn -2, tức hai hợp chất thấm qua hệ thần kinh trung ương, nhiên log PS Pityriacitrin B -1.882 nên tính thấm qua hệ thần kinh trung ương Pityriacitrin B Về chuyển hóa, hệ cytochrome P450 hệ enzym quan trọng q trình chuyển hóa thuốc gan với hai CYP quan trọng CYP3A4 CYP2D6 Tubocuraran chất CYP3A4, bị chuyển hóa gan Ngồi ra, Tubocuraran dự đốn ức chế CYP2D6, làm giảm hình thành chất chuyển hóa có hoạt tính làm giảm hiệu lực số thuốc Pityriacitrin B không chất không ức chế hai enzym quan trọng này, khơng bị chuyển hóa gan Về thải trừ, hai hợp chất có khả thải trừ qua thận nhanh, Pityriacitrin B có độ thải toàn phần (log ml/min/kg) 0.78, Tubocuraran có độ thải tồn phần (log ml/min/kg) 0.808 Về độc tính, hợp chất dự đốn có độc tính gan, khơng gây kích ứng da, khơng có độc tính AMES (nguy ung thư có độc tính AMES) Cũng cần ý Tubocuraran gây độc tính tim dự đốn ức chế hERG II Sau phân tích kết ADMET, thấy Pityriacitrin B có đặc tính dược động học độc tính tốt hẳn Tubocuraran Tuy nhiên để trở 42 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu thành ứng cử viên thuốc mới, cần thêm trình nghiên cứu phát triển sâu để tối ưu hóa, cải thiện nhược điểm hợp chất Tương tác Pityriacitrin B Tubocuraran với ERα minh họa hai chiều phần mềm Discovery Studio 2021 Client Hình 3.4 Pityriacitrin B Tubocuraran Hình 3.3 Tương tác Pityriacitrin B Tubocuraran với ERα Xét khả tạo tương tác, Pityriacitrin B tạo liên kết hydro với axit amin His356, Val355, liên kết cộng hóa trị với Ile358 Trp360 Tubocuraran tạo liên kết π- π với Tyr526 Xét giá trị điểm tương tác, Pityriacitrin B cho lượng liên kết -9.8 kCal/mol, Tubocuraran cho lượng liên kết -10.2 kCal/mol Có thể thấy Pityriacitrin B có khả tạo tương tác với ERα tốt Tubocuraran Bảng 3.4 Kết tương tác phối tử với ERα Tên hợp chất ID Năng lượng liên Axit amin tạo liên kết kết (kCal/mol) Pityriacitrin B 56649543 -9.8 His356, Val355, Ile358, Trp360 43 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu Tubocuraran 9548771 4-hydroxytamoxifen -10.2 Tyr526 -9.8 Glu353, Arg394, Ala350, Leu387, Leu391, Leu525, Met421 44 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN 4.1 Về kết Trong nghiên cứu này, tiến hành sàng lọc ảo 52 hợp chất alkaloid có nguồn gốc thiên nhiên tải từ thư viện hóa học PubChem Nhiều hợp chất cho thấy khả gắn kết tốt có vịng thơm tạo tương tác π-π ổn định nhiều nhóm hydroxy cần thiết cho hoạt động ức chế ERα Tuy nhiên, sau trình sàng lọc có hợp chất số cho thấy tính khả quan mặt dược động học độc tính Pityriacitrin B, cịn Tubocuraran có đặc tính chuyển hóa độc tính cần nghiên cứu thêm 4.1.1 Pityriacitrin B (ID: 56649543) Pityriacitrin indole alkaloid có khả hấp thụ tia cực tím có nguồn gốc từ nấm men Malassezia furfur31 Các nghiên cứu sinh học pitriacitrin có hoạt tính chống tăng sinh yếu nhóm bệnh ung thư vú tuyến tiền liệt32 Pityriacitrin B cho thấy khả liên kết tốt với ERα với điểm số docking -9.8 kCal/mol, khả hấp thu tốt (73% ruột), tính thấm màng Caco2 0.749 log Papp 10-6 cm/s), tính thấm qua hàng rào máu não hệ thần kinh trung ương kém, thải trừ qua thận nhanh, có độc tính gan Hiện nay, chưa có nghiên cứu thực nghiệm tác dụng ức chế ERα Pityriacitrin B Vì vậy, có khả tương tác tốt với thụ thể đích có đặc tính giống thuốc, cần có nghiên cứu sâu tác dụng Pityriacitrin B thể người 4.1.2 Tubocuraran (ID: 9548771) Tubocuraran có khả liên kết tốt với ERα với điểm số docking 10.2 kCal/mol, khả hấp thu tốt (95% qua ruột, tính thấm màng Caco2 : 0.828), khơng qua hàng rào máu não, thấm phần qua hệ thần kinh trung ương Hợp chất có độc tính gan, độc tính tim, bị chuyển hóa gan ức chế chất chuyển hóa 45 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu 4.2 Về phương pháp Việc ứng dụng kĩ thuật sàng lọc ảo in silico trình nghiên cứu phát triển thuốc trở thành xu chung ngành cơng nghiệp dược phẩm tồn giới nhiều ưu điểm so với phương pháp tổng hợp hóa học truyền thống Ngày nay, với nhiều CSDL lớn hợp chất tự nhiên, tổng hợp cập nhật liên tục nhà khoa học khắp giới, việc dự đốn tính chất dược lý, dược động học trở nên dễ dàng Cơng việc thực máy tính sàng lọc số lượng lớn hợp chất CSDL, giúp tiết kiệm công sức, thời gian chi phí nghiên cứu Về mặt nhược điểm, sàng lọc ảo sử dụng nhiều phễu lọc với nhiều phần mềm khác làm tăng sai số cho q trình, bên cạnh việc sử dụng thuật tốn học máy phức tạp Ngồi ra, việc xác định xác cấu trúc 3D protein đích, khác biệt mơ hình thực tế diễn thể người lý khiến sàng lọc ảo gặp nhiều khó khăn Vì vậy, việc phối hợp kỹ thuật in silico, in vitro, in vivo cần thiết trình nghiên cứu phát triển thuốc Về kỹ thuật docking Docking kỹ thuật sàng lọc ảo phổ biến để mô tương tác protein phối tử, ứng dụng vào sàng lọc thư viện lớn chất để tìm hợp chất tiềm năng, thiết kế thuốc dựa cấu trúc, tối ưu hóa hợp chất dẫn đường hay nghiên cứu chế tác dụng thuốc mức độ phân tử Phân tích hàm tính điểm (năng lượng liên kết) tương tác từ kết đầu docking cho phép kết luận cách sơ chất có hay khơng hoạt tính ức chế protein Điều giúp thu hẹp CSDL, loại bỏ hợp chất hoạt tính, lựa chọn hợp chất thiết kế có hoạt tính trước tiến hành thử nghiệm sau Mặc dù vậy, kết docking phụ thuộc vào độ xác phần mềm sử dụng Nghiên cứu sử dụng Autodock Vina, phần mềm học thuật 46 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu đánh giá cao tính xác cơng suất lấy mẫu cơng suất cho điểm, với độ xác cao phần mềm thương mại 33 Bên cạnh đó, chất tiến hành dock ba lần lấy kết trung bình để tăng độ tin cậy trình Về dự đốn đặc tính hóa lý thơng số ADMET Việc kết hợp dự đốn tính giống thuốc thông số dược động học độc tính với kĩ thuật docking giúp dự đốn khả trở thành thuốc hợp chất, thu gọn tập liệu giảm bớt gánh nặng cho nghiên cứu thực nghiệm sau Các đặc điểm ADMET dự đốn cơng cụ trực tuyến pkCSM cho kết dựa cấu trúc hóa học hợp chất Tính thấm qua tế bào Caco2 ruột tiêu chuẩn quan trọng đánh giá dược chất đường uống, FDA khuyến cáo sử dụng qua trình phát triển thuốc Theo mơ hình dự đốn PkCSM, hợp chất coi có tính thấm Caco2 cao giá trị dự đốn > 0,9 Mơ hình hấp thu ruột sử dụng để dự đoán tỷ lệ phần trăm hấp thu loại thuốc uống qua ruột non người, mơ hình dự đốn PkCSM cho biết phân tử có độ hấp thu 30% coi loại thuốc hấp thu Các hợp chất cho thấy khả hấp thu tốt qua ruột non người hấp thu 50%, vài chất cho giá trị 90% Khối lượng phân phối cao, lượng thuốc đến mô nhiều, giá trị log VDss < -0,15 cho thấy khối lượng phân phối thấp giá trị > 0,45 cho thấy khối lượng phân phối cao Tính thấm qua hàng rào máu não (BBB) thông số quan trọng tính thẩm thấu hợp chất, với khả vào hệ thần kinh trung ương (CNS) liên quan đến tính an tồn dược chất hệ thần kinh Một dược chất coi không thấm qua hàng rào máu não giá trị BBB < -1 vượt qua BBB có giá trị > 0.3 Nếu log PS > 2, hợp chất vào hệ thần kinh trung ương ngược lại có giá trị < -3 Vì hầu hết loại thuốc chuyển hóa enzym cytochrom P450, cần phải biết liệu chất có ức chế hệ enzym hay khơng, để xác định khả chất đưa vào thể có ảnh hưởng đến dược động học thuốc dùng kèm34 Trừ Tubocuraran, Pityriacitrin B không ức chế enzym CYP2D6 47 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu CYP3A4, cho khơng ảnh hưởng đến chuyển hóa thuốc khác Chất vận chuyển cation hữu (OCT2) đóng vai trị quan trọng q trình thải trừ dạng ion hóa thuốc hợp chất nội sinh thận vận chuyển chất từ máu vào tế bào ống thận bước trình thải trừ Việc biết hợp chất có phải chất cho OCT2 hay khơng có giá trị, dự đốn kiểu loại bỏ Dự đốn độc tính hợp chất quan trọng để đưa ý tưởng nguy xảy giúp phát liều lượng an toàn hợp chất cho Độc tính AMES dùng để đánh giá khả gây đột biến DNA vi khuẩn S typhi, gây ung thư Kênh kali tim mã hóa gen hERG bị ức chế dẫn đến hội chứng QT dài có nguy đột tử Vì vậy, cần tránh chất có khả ức chế hERG Liều gây chết cấp tính chuột biểu thị LD50 liều tiêm lúc gây chết cho 50% số động vật thử nghiệm, với mức liều > mol/kg coi an tồn 28,34 Pityriacitrin B đáp ứng tiêu chí an toàn cần ý đến khả ức chế hERG II Tubocuraran 4.3 Những hạn chế thách thức mơ hình nghiên cứu in silico Nghiên cứu mơ hình in silico giúp tiết kiệm thời gian trình nghiên cứu phát triển thuốc Tuy nhiên, bên cạnh hạn chế nghiên cứu mơ hình in silico ln tồn song song Việc sử dụng nhiều phần mềm, địi hỏi hệ điều hành máy tính phải đáp ứng điều kiện phần mềm Một sai sót nhỏ q trình nhập liệu làm sai kết nghiên cứu Mơ hình in silico đòi hỏi sở liệu lớn 48 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu 49 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ KẾT LUẬN Từ kết nghiên cứu trình bày trên, rút kết luận sau: Từ 52 hợp chất alkaloid tải từ thư viện hóa học PubChem, có hợp chất có khả liên kết tốt vị trí hoạt động thụ thể ER-alpha bao gồm: Penitrem A, Pityriacitrin B, Penitrem B, Tubocuraran Trong hợp chất này, có hợp chất cho thấy đặc tính giống thuốc thỏa mãn quy tắc Lipinski Pityriacitrin B (56649543), Tubocuraran (9548771) Từ hợp chất trên, sàng lọc hợp chất có đặc tính dược động học độc tính tốt là: Pityriacitrin B (56649543) Phân tích tương tác Pityriacitrin B, Tubocuraran với thụ thể ER-alpha, định hướng điều trị bệnh ung thư vú KIẾN NGHỊ Kết luận nghiên cứu đưa dựa kết trình sàng lọc ảo in silico, cịn nhiều hạn chế sai số q trình khác biệt mơ hình máy tính với thực nghiệm Vì vậy, để tiếp tục phát triển kết nghiên cứu khóa luận tìm kiếm hợp chất alkaloid có tác dụng ức chế thụ thể ER-alpha định hướng điều trị ung thư vú, xin đưa đề xuất sau: Tiến hành nghiên cứu thêm chất sàng lọc in vitro, in vivo: thử hoạt tính, tính an tồn nồng độ nghiên cứu cải thiện tính thấm hợp chất Tiếp tục áp dụng mơ hình sàng lọc in silico cho nghiên cứu phát triển thuốc điều trị ung thư vú đích khác, nhóm hợp chất khác 50 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu TÀI LIỆU THAM KHẢO Sung H, Ferlay J, Siegel RL, et al Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries CA: a cancer journal for clinicians May 2021;71(3):209-249 doi:10.3322/caac.21660 Nounou MI, ElAmrawy F, Ahmed N, Abdelraouf K, Goda S, Syed-ShaQhattal H Breast Cancer: Conventional Diagnosis and Treatment Modalities and Recent Patents and Technologies Breast Cancer (Auckl) 2015;9(Suppl 2):1734 doi:10.4137/BCBCR.S29420 Klinge CM Estrogen receptor interaction with estrogen response elements Nucleic Acids Research 2001;29(14):2905-2919 doi:10.1093/nar/29.14.2905 Jia M, Dahlman-Wright K, Gustafsson J Estrogen receptor alpha and beta in health and disease Best practice & research Clinical endocrinology & metabolism Aug 2015;29(4):557-68 doi:10.1016/j.beem.2015.04.008 Sharma D, Kumar S, Narasimhan B Estrogen alpha receptor antagonists for the treatment of breast cancer: a review Chem Cent J 2018;12(1):107-107 doi:10.1186/s13065-018-0472-8 Cushnie TPT, Cushnie B, Lamb AJ Alkaloids: An overview of their antibacterial, antibiotic-enhancing and antivirulence activities International Journal of Antimicrobial Agents 2014/11/01/ 2014;44(5):377-386 doi:https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2014.06.001 Martínez-Campa C, Casado P, Rodríguez R, et al Effect of vinca alkaloids on ERalpha levels and estradiol-induced responses in MCF-7 cells Breast cancer research and treatment Jul 2006;98(1):81-9 doi:10.1007/s10549005-9134-3 WHO Breast cancer SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu Jedy-Agba E, McCormack V, Adebamowo C, dos-Santos-Silva I Stage at diagnosis of breast cancer in sub-Saharan Africa: a systematic review and metaanalysis The Lancet Global Health 2016/12/01/ 2016;4(12):e923-e935 doi:https://doi.org/10.1016/S2214-109X(16)30259-5 10 Lan NH, Laohasiriwong W, Stewart JF Survival probability and prognostic factors for breast cancer patients in Vietnam Glob Health Action 2013;6:1-9 doi:10.3402/gha.v6i0.18860 11 Hướng dẫn chẩn đoán điều trị ung thư vú (Bộ Y tế) (2020) 12 Sun Y-S, Zhao Z, Yang Z-N, et al Risk Factors and Preventions of Breast Cancer Int J Biol Sci 2017;13(11):1387-1397 doi:10.7150/ijbs.21635 13 Łukasiewicz S, Czeczelewski M, Forma A, Baj J, Sitarz R, Stanisławek A Breast Cancer-Epidemiology, Risk Factors, Classification, Prognostic Markers, and Current Treatment Strategies-An Updated Review Cancers (Basel) 2021;13(17):4287 doi:10.3390/cancers13174287 14 Giacinti L, Claudio PP, Lopez M, Giordano A Epigenetic Information and Estrogen Receptor Alpha Expression in Breast Cancer The Oncologist 2006;11(1):1-8 doi:10.1634/theoncologist.11-1-1 15 Kumar R, Zakharov MN, Khan SH, et al The dynamic structure of the estrogen receptor Journal of amino acids 2011;2011:812540 doi:10.4061/2011/812540 16 Ekins S, Mestres J, Testa B In silico pharmacology for drug discovery: methods for virtual ligand screening and profiling British journal of pharmacology Sep 2007;152(1):9-20 doi:10.1038/sj.bjp.0707305 17 Shaker B, Ahmad S, Lee J, Jung C, Na D In silico methods and tools for drug discovery Computers in Biology and Medicine 2021/10/01/ 2021;137:104851 doi:https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2021.104851 18 Yadava U Search algorithms and scoring methods in protein-ligand docking Endocrinology&Metabolism International Journal 11/13 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu 2018;6doi:10.15406/emij.2018.06.00212 19 Dias R, de Azevedo WF, Jr Molecular docking algorithms Current drug targets Dec 2008;9(12):1040-7 doi:10.2174/138945008786949432 20 Ferreira LG, Dos Santos RN, Oliva G, Andricopulo AD Molecular docking and structure-based drug design strategies Molecules (Basel, Switzerland) Jul 22 2015;20(7):13384-421 doi:10.3390/molecules200713384 21 Meng XY, Zhang HX, Mezei M, Cui M Molecular docking: a powerful approach for structure-based drug discovery Current computer-aided drug design Jun 2011;7(2):146-57 doi:10.2174/157340911795677602 22 Morris GM, Lim-Wilby M Molecular docking Methods in molecular biology (Clifton, NJ) 2008;443:365-82 doi:10.1007/978-1-59745-177-2_19 23 Lipinski CA, Lombardo F, Dominy BW, Feeney PJ Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings Advanced drug delivery reviews Mar 2001;46(1-3):3-26 doi:10.1016/s0169-409x(00)00129-0 24 Lipinski CA Lead- and drug-like compounds: the rule-of-five revolution Drug discovery today Technologies Dec 2004;1(4):337-41 doi:10.1016/j.ddtec.2004.11.007 25 van de Waterbeemd H, Gifford E ADMET in silico modelling: towards prediction paradise? Nature reviews Drug discovery Mar 2003;2(3):192-204 doi:10.1038/nrd1032 26 Ferreira LLG, Andricopulo AD ADMET modeling approaches in drug discovery Drug discovery today May 2019;24(5):1157-1165 doi:10.1016/j.drudis.2019.03.015 27 Kar S, Leszczynski J Open access in silico tools to predict the ADMET profiling of drug candidates Expert opinion on drug discovery Dec 2020;15(12):1473-1487 doi:10.1080/17460441.2020.1798926 SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu SANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vuSANG.loc.IN.SILICO.cac.hop.CHAT.ALKALOID.co.tac.DUNG.uc.CHE.THU.THE.ER.ALPHA.HUONG.dieu.TRI.BENH.UNG.THU.vu